32种不同产地与品种商品燕窝的DNA基源鉴定

目的：利用DNA条形码鉴定技术,快速、准确地鉴别不同种类及产地的商品燕窝,揭示其不同基源的物种差异。方法：采用试剂盒提取基因组DNA,利用PCR技术扩增Cytb序列,应用DNAStar软件进行校对拼接,采用MEGA 6.0软件对32份样品的条形码序列进行比对,构建邻接树（Neighbor-Joining tree,NJ）,并进行遗传距离分析。结果：实验所用的Cytb条形码可鉴别出燕窝的物种及亚种;收集的32个商品燕窝中,23个官燕窝的基源为爪哇金丝燕Aerodramus fuciphagus,8个官燕窝的基源为其亚种淡腰金丝燕Aerodramus fuciphagus germani,而1个毛燕窝的基源为大金丝燕Aerodramus maximus或其亚种Aerodramus maximus lowi。结论：不同来源的商品燕窝基源差异较大,利用Cytb条形码可快速、准确鉴别出燕窝基源。     

燕窝DNA条形码的鉴定研究

应用Cytb序列对燕窝进行DNA条形码(DNA barcodes)研究,为燕窝的溯源研究及全面评价燕窝质量提供理论依据。以马来西亚、印度尼西亚、越南、泰国等地的燕窝,共计39个样本为研究对象,提取基因组DNA,扩增Cytb序列并双向测序。采用MEGA 7.0软件,对39条样本序列及36条从Gen Bank中下载5种金丝燕的Cytb序列进行序列特征分析,基于Kimura双参数法计算序列种内、种间遗传距离,构建NJ和UPGMA系统聚类树进行分析。研究结果表明,39个样本共来源于3个不同的金丝燕物种。Cytb序列种间变异显著大于其种内变异,可以准确地区分不同种类的燕窝。所构建的NJ和UPGMA系统发育树,也能将全部物种区分开。表明基于Cytb序列的DNA条形码技术可用于准确快速地鉴别燕窝的生物基原。     

基于DNA条形码技术的知母种子基原鉴定

目的:建立基于中药材DNA条形码技术的知母种子基原鉴定方法,保障知母种子基原的真实性。方法:收集知母的30份基原植物样品和9份生药材样品,获取其参考DNA条形码序列,采用克隆测序方法验证参考序列的准确性。收集51份待检测知母种子样品,获取其DNA条形码序列,基于BLAST法、遗传距离法和邻接(NJ)系统发育树法进行物种鉴定。结果:对于基原植物和生药材样品,由于基因组内存在异质性,核糖体DNA第2内部转录间隔区(ITS2)序列无法稳定获得,但可成功获得psbA-trnH序列。知母psbA-trnH序列分为6个单倍型,有3个变异位点,2处插入/缺失,种内变异最大值0.003 5,种间变异最小值0.1,在NJ系统发育树上聚为独立的支。共获得153条知母种子的psbA-trnH序列,经BLAST法、遗传距离法和NJ系统发育树法鉴定均为百合科植物知母Anemarrhena asphodeloides。结论:psbA-trnH是知母种子鉴定的适合条形码序列,可用于知母种子的真实性鉴定。所收集51份知母种子样品的基原均符合2015年版《中国药典》(一部)相关项下规定,未发现伪品。     

基于ITS2序列的人参及同属易混品西洋参种子的分子鉴定

目的基于DNA条形码技术建立人参与西洋参种子的分子鉴别方法。方法采用生药鉴定方法研究其性状、显微特征,并结合DNA条形码技术,基于中药材DNA条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和构建临接(NJ)系统发育树,对人参与西洋参的种子进行鉴别研究。结果人参与西洋参种子的种内遗传距离分别小于种间遗传距离,系统发育树图中各物种均聚为一支,来自9个产地的42份人参及西洋参的种子均为正品,且容易区分。结论基于ITS2序列DNA条形码技术可以快速、准确、有效地鉴别人参与西洋参种质资源。     

黄芩ITS2条形码数据库构建及其种子的DNA条形码鉴定方法建立

目的:通过构建黄芩核糖体DNA内转录间隔区2(ITS2)条形码数据库,建立黄芩种子DNA条形码鉴定新方法,保障黄芩种子基原准确。方法:收集黄芩对照药材、基原植物、生药材、公共数据库及其常见代用品的ITS2序列,构建黄芩DNA条形码数据库;收集62份市售黄芩种子样品,每份种子获取3~4条ITS2序列,基于BLAST方法、遗传距离法和邻接(NJ)系统发育树法进行物种鉴定。结果:共获得101条黄芩及其代用品的ITS2序列。黄芩的种内序列变异小于种间序列变异,黄芩、甘肃黄芩和粘毛黄芩在NJ系统发育树上分别聚为独立的支,可相互区分。共获得195条黄芩种子的ITS2序列,DNA条形码鉴定结果表明193条为黄芩序列,2条为真菌序列。结论:黄芩ITS2条形码数据库稳定可靠,可满足黄芩种子DNA条形码鉴定的需求。DNA条形码技术可用于黄芩种子的物种鉴定。     

基于ITS2、trnH-psbA条形码的不同产地连翘及其伪品DNA分子鉴定

目的:研究探讨基于ITS2、trnH-psbA条形码的不同产地连翘及其伪品DNA分子鉴定新技术。方法:采用植物DNA条形码候选序列中的ITS2、trnH-psbA作为目标条形码,探讨了其对不同产地连翘、正品连翘与其易混伪品金钟花的鉴别。结果:从聚类树形图可见,连翘与金钟花能够明显地分为两支,不同产地的连翘也表现出了一定的区域相似性。结论:基于ITS2序列、trnH-psbA序列可以作为连翘药材真伪鉴别的一种有效的分子鉴定手段。其中trnH-psbA序列构建的NJ树、UP树不仅能实现连翘真伪鉴别,而且可以用于不同产地连翘区域性的鉴别。     

基于ITS2条形码的中药材天南星及其混伪品DNA分子鉴定

该研究收集天南星及其混伪品7种,共58份样品,通过DNA提取和PCR扩增,经注释后获得其ITS2条形码,然后进行序列变异分析和NJ树聚类分析。结果表明天南星3种基原天南星、异叶天南星和东北天南星的种内K2P距离均小于其种间K2P距离,在NJ聚类树上天南星3种基原分别聚为独立的支。天南星3种基原与天南星混伪品聚为不同的支。因此,ITS2作为DNA条形码可以鉴定天南星3种基原及其混伪品,DNA条形码技术可为天南星及其混伪品的鉴定提供新的方法。     

中药五味子种子的基源快速鉴定

目的鉴于传统方法难以对市场流通中五味子种子进行快速有效鉴别,为提高鉴定效率,保证种质资源的准确性,该研究采用DNA条形码技术对五味子种子进行分子鉴定。方法采用DNA条形码技术,基于《中国药典》物种标准条形码数据库,通过ITS2序列比对、遗传距离比较和系统NJ树构建,对9个产地的五味子种子进行鉴别研究。结果五味子与混用品南五味子种子的序列长度皆为230 bp,BLAST鉴定五味子种子的基源为五味子Schisandra chinensis(Turcz.)Baill.,南五味子种子基源为华中五味子S.sphenanthera Rehd.et Wils.。五味子与南五味子种子的种内遗传距离分别小于种间遗传距离,系统发育树图中各物种均聚为一支,且容易区分。结论基于ITS2序列DNA条形码技术可以快速、准确、有效的鉴别五味子的种质资源。     

基于ITS2条形码序列的山豆根基原植物及其混伪品的DNA分子鉴定

山豆根是我国常用中药材,对山豆根基原植物及其易混伪品进行DNA分子鉴定研究具有重要意义。本文对5科9属38个物种84份山豆根基原植物及其混伪品样品的ITS2序列进行序列变异分析、K-2p遗传距离比较及NJ系统发育聚类树构建。结果表明所研究山豆根基原植物样品种内ITS2序列无变异,与其同属密切相关物种的ITS2序列变异位点为102个,平均K-2p遗传距离为0.072,与其他混伪品的ITS2序列变异位点为200个,平均K-2p遗传距离为0.594。山豆根基原植物在NJ系统发育聚类树上聚为一支,支持率为98。因此,ITS2作为DNA条形码序列能够有效的区分山豆根基原植物及其混伪品,为山豆根药材及其混伪品的鉴定提供基础。     

市售白花蛇舌草药材的DNA条形码鉴定研究

目的:基于ITS2序列检测市场药材白花蛇舌草,为白花蛇舌草药材鉴定提供一种新的分子手段。方法:实验获取白花蛇舌草及其常见混伪品基原植物ITS2序列,结合Gen Bank下载序列共7个物种53条序列。经Codon Code Aligner V3.7.1拼接,利用MEGA 6.0软件进行变异位点分析,遗传距离计算和构建邻接(NJ)系统发育聚类树。同时随机检测37份市场药材白花蛇舌草,经中药材DNA条形码鉴定系统进行序列比对并构建邻接(NJ)系统聚类树确定物种,鉴别真伪。结果:白花蛇舌草基原植物ITS2序列种内K2P平均遗传距离远小于其与混伪品种间K2P平均遗传距离,NJ树结果表明白花蛇舌草基原植物可与其混伪品明显区分;市场药材中正品29份,伪品8份,其中半枝莲和远志为新发现的伪品。结论:基于ITS2序列DNA条形码技术可有效准确鉴定白花蛇舌草及其混伪品,为其用药安全提供了有力保障。     

五味子与南五味子药材的DNA条形码鉴定

目的:利用内转录间隔区2(ITS2)序列对五味子及南五味子药材进行DNA条形码鉴定。方法:对五味子和南五味子样品的ITS2序列进行聚合酶链式反应(PCR)扩增和测序。从Gen Bank中下载了五味子属10个近缘种和2个外类群的ITS2序列。利用Codon Code Aligner软件拼接,采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建聚类树(NJ树),应用Blast法进行鉴定分析。获取所测样品序列的ITS2二级结构信息,分析各样品间ITS2序列二级结构的差异。结果:五味子、南五味子样品序列长度分别为231,225~227 bp,Blast鉴定五味子药材原植物为五味子Schisandra chinensis,南五味子药材原植物为华中五味子S.sphenanthera。五味子与南五味子药材的种间K2P遗传距离(0.010 4~0.015 7)远大于五味子种内K2P遗传距离(0~0.002 5)和南五味子种内K2P遗传距离(0~0.005 1)。在NJ树模型中,五味子样品被独聚为1支,南五味子样品被独聚为1支,皆表现出单系性,Bootstrap支持率较高,可与五味子属近缘种区分开。结论:以ITS2序列为标准的DNA条形码能够有效地鉴定五味子和南五味子药材。     

黔产宽叶缬草叶绿体trnL-F,matK基因遗传关系的分析

目的:探讨贵州省宽叶缬草在叶绿体基因trn L-F,mat K上的遗传关系。方法:利用trn L-F,mat K序列对宽叶缬草进行序列分析,运用Bioedit,MEGA 5.0软件计算贵州省宽叶缬草居群遗传距离,并进行聚类分析建立系统发育树。结果:不同居群宽叶缬草trn L-F序列长度为947~985 bp,鸟嘌呤和胞嘧啶质量分数为35.92%~36.55%,其中差异位点8个,变异位点5个,居群间的遗传距离为0.000 0~0.005 4,最小进化法(minimum-evolution,ME),最大似然法(maximum likelihood,ML),邻接法(neighbor-joining,NJ),非加权配对算数平均法(unweighted pair group method with arithmetic mean,UPGMA)4种聚类构树结果显示15(江口县官和乡泗渡村寨上组),18(江口县凯德镇育苗基地)号样品明显与大部分的宽叶缬草样品区分出来;不同居群宽叶缬草mat K序列长度为1 080~1 088 bp,鸟嘌呤和胞嘧啶质量分数为35.19%~36.64%,差异位点2个,变异位点1个,简约信息位点1个,居群间的遗传距离为0.000 0~0.000 9,ML,NJ,ME,UPGMA 4种聚类构树结果显示2(剑河县太拥乡太平村),5(剑河县岑松镇稿旁村),6(剑河县关么乡苗岭村),20(江口县闵孝镇渔凉溪村)号样品聚为一类,其余19份样品聚为一类。结论:贵州省宽叶缬草居群内trn L-F,mat K序列具有高度保守性。     

基于ITS序列对独活17个种的分子鉴定

目的 通过对17个种共26个独活样本的ITS序列分析,为国内中药市场上的常见独活的分子鉴定提供依据,并探索其科学分类标准.方法 对26个样本的ITS进行PCR扩增和测序.通过MEGA 5.0软件比较各序列间的差异性,计算K2P遗传距离;采用邻接法构建NJ系统树并应用Network4.2.0.1软件进行中间连接网法分析构建单倍型网状图.结果 NJ 系统树和单倍型网状图显示,26个样本聚集为5大类群,综合分析后将17种独活归为4大类;重齿毛当归Angelica pubescens 的ITS序列具有特征碱基片段,可明显区别于其他样本;除牛尾独活类中3个样本不能通过ITS序列鉴定到种以外,其他样本均可以通过ITS序列鉴定到种.结论 ITS序列可为药用独活的鉴定和分类提供有力证据,四带芹类可以作为独活的首选替补品,牛尾独活类其次,九眼独活为最后之选.     

基于ITS2序列的茄科酸浆属植物的DNA分子鉴定

目的:利用内转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列对茄科酸浆属植物进行分子鉴定。方法:对酸浆属与散血丹属植物样本的ITS2序列进行逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)扩增和测序。为扩大研究范围,从Gen Bank中下载了上述2个属植物样本的ITS2序列。所有序列经Codon Code Aligner V3.0.1软件拼接,DNAMAN软件比对分析,采用MEGA 5.10计算相关数据,基于K2P模型构建邻接聚类树。从ITS2数据库中获得所测样本及下载序列的ITS2二级结构信息,分析各样本间ITS2序列二级结构的差异。结果:从邻接聚类树分析可知,所有样本被聚为两大支。酸浆属植物自成1支,散血丹属植物为1支,且除极个别样本外,2个属的各物种种内样本可各为1支,表现出单系性;且每2支之间的Bootstrap支持率均很高。结论:ITS2序列在近缘物种间的系统学研究、品种的鉴定方面具有较大的应用潜力,适用于酸浆属植物的分子鉴定。     

藏药兔耳草常用基原的ITS2序列鉴定研究

目的 利用DNA条形码内转录间隔区2（internal transcribed spacer 2,ITS2）序列针对自采及流通使用环节的不同基原兔耳草进行分析,建立一种快速鉴定常用兔耳草的方法,并分析市场流通的主流品种。方法 采用试剂盒提取101份兔耳草样品的DNA,针对其ITS2片段进行PCR扩增并双向测序,获取ITS2序列信息;并从GenBank上下载相关序列28条。运用MEGA6.0对129条ITS2序列进行比对分析,计算种内和种间K2P遗传距离,构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统进化树,并预测ITS2二级结构。采用BLAST法及NJ聚类分析法分析市场流通兔耳草基原。结果 除四川部分区域所产全缘兔耳草Lagotis integra与革叶兔耳草L.alutacea种间亲缘关系近外,短筒兔耳草L.brevituba、全缘兔耳草、圆穗兔耳草L.ramalana、革叶兔耳草、短穗兔耳草L.brachystachya及紫叶兔耳草L.praecox的种内最大遗传距离均小于种间最小遗传距离,具有明显的条形码间距。系统进化树显示短筒兔耳草、圆穗兔耳草、短穗兔耳草及紫叶兔耳草单独聚为一支,四川部分区域所产全缘兔耳草与革叶兔耳草聚为一支,其余全缘兔耳草聚为一支。通过ITS2二级结构发现,各基原兔耳草在茎环数目、大小及位置均有一定差异,可区分亲缘关系近的全缘兔耳草与革叶兔耳草。市场分析显示,市面上流通的兔耳草有6种基原,以全缘兔耳草使用占比最高,短筒兔耳草次之,短穗兔耳草及圆穗兔耳草较低,紫叶兔耳草及革叶兔耳草最低。结论 ITS2序列可以作为DNA条形码用来鉴别常用藏药兔耳草的基原,市场主流兔耳草品种为全缘兔耳草、短筒兔耳草及短穗兔耳草。     

基于ITS2序列的市售木通药材及其混伪品的分子鉴定

目的 建立基于核糖体内部转录间隔区2(internal transcribed spacer 2,ITS2)序列的木通药材DNA条形码鉴定方法,对市售木通药材进行物种分析。方法 收集河北、安徽、贵州等地的样品总计45份,其中木通药材及其混伪品的原植物样品18份,市售木通药材样品27份。通过提取DNA、聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）扩增、双向测序获得ITS2序列,基于邻接（neighbor joining,NJ）系统发育树和单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms,SNP）位点进行物种鉴定分析。结果 基于木通药材及其混伪品原植物ITS2序列构建的NJ树分析结果表明,木通药材正品及其混伪品在NJ树上聚为独立的分支,木通药材正品及其混伪品在NJ树上可明确区分;基于NJ树对27份市售木通药材的物种分析表明,市售样品中仅有4份为正品木通,2份为小木通,21份为粗齿铁线莲,正品率为14.8%。结论 基于ITS2序列的DNA条形码技术可以准确区分中药材木通及其混伪品,市售木通药材物种较混乱。     

基于ITS2序列的翻白草与委陵菜分子鉴定

目的 应用DNA条形码技术对翻白草及易混品委陵菜进行分子鉴定,保障药材质量和临床用药安全。方法 提取翻白草及委陵菜的基因组DNA,扩增内转录间隔区2（ITS2）序列并双向测序,所得序列用SeqMan软件校对、拼接;在线双序列比对翻白草对照药材（F_R）及委陵菜对照药材（W_R）的ITS2序列,并预测其二级结构;从GenBank下载部分相关序列,运用MEGA X软件进行多序列比对,分析序列变异位点,计算种内、种间遗传距离,采用邻接法（NJ）构建系统进化树。结果 所有样品均成功扩增出ITS2序列,翻白草和委陵菜的ITS2序列长度均为210 bp。双序列比对结果表明,F_R与W_R的ITS2序列相似性为92.9%,二级结构存在明显差异。多序列分析结果表明,翻白草ITS2序列平均鸟嘌呤（G）+胞嘧啶（C）占比为63.0%,存在2个变异位点,种内遗传距离为0~0.009 6;委陵菜ITS2序列平均G+C占比为64.4%,存在5个变异位点,种内遗传距离为0~0.019 3;种间遗传距离为0.054 8~0.075 8。NJ树结果显示,翻白草、委陵菜聚为不同分支,可明显区分。结论 利用ITS2序列可以准确鉴别翻白草与委陵菜,为保障其安全用药提供了新的技术手段。     

基于ITS2序列的苍术属植物遗传关系

目的:应用内部转录间隔区2(ITS2)序列鉴定东北产栽培和野生苍术及其近缘种药材,明确其种间遗传关系远近,并对东北产朝鲜苍术的栽培起源进行初步探索。方法:提取不同栽培区包括北苍术、朝鲜苍术在内的五种苍术属40份样本以及朝鲜苍术7份野生种质样本的基因组DNA,通过聚合酶链式反应(PCR)扩增ITS2序列并进行双向测序,所得所有序列用MEGA5. 0软件进行比对分析(clustal W),去除两端5. 8S和28S序列,获得完整的ITS2序列,构建系统聚类树(NJ树)。结果:苍术属5种药材ITS2序列长度均为232 bp。根据NJ树和ITS2二级结构结果,除北苍术和朝鲜苍术未被区分开,其余几种药材均可明显区分,表现出良好的单系性。根据NJ树结果可知,朝鲜苍术的栽培品系和野生种质也能很好的聚在一起。结论:ITS2序列能稳定、准确鉴别苍术属5种药材。朝鲜苍术与北苍术亲缘关系很近,可认为是苍术北方分支中的一种变种,建议将朝鲜苍术并入北苍术。且在辽宁有大规模栽培的朝鲜苍术可能起源于辽宁本地的野生群体,种源可能来自于辽宁岫岩等地的野生种。     

基于psbA-trnH序列的辽宁省黄精药材DNA条形码研究

目的 基于psbA-trnH序列,运用DNA条形码技术对辽宁省12个地区及省外2个地区黄精药材样本进行鉴别分析,为辽宁省黄精药材的鉴别和遗传多样性分析提供参考。方法 利用DNA试剂盒提取法,从38个黄精样本的药用部位中提取DNA,对psbA-trnH部分进行聚合酶链式反应（PCR）扩增及双向测序,并从GenBank下载药用植物黄精的不同来源和外群序列,运用SeqMan软件对测序结果进行拼接,使用MEGA软件对数据进行分析比对,计算K2P（Kimura 2-parameter）遗传距离,并采用邻接法（NJ）建立系统发育树进行分析。结果 根据NJ系统发育树结果可知,不同来源的所有黄精样品聚为一大支,外群猪牙花聚为一支,区别较明显;辽宁省、湖北省及贵州省黄精与美国国家生物技术信息中心（NCBI）所下载的黄精聚为一支,并且结合变异位点与遗传距离可知,辽宁省、湖北省及贵州省的黄精物种为黄精Polygonatum sibiricum Red.,种间差异较小,辽宁省所收集的黄精有4个样品出现了变异位点,其余样本碱基序列均相同。结论 使用psbA-trnH序列DNA条形码技术能够对黄精药材不同的基原植物进行区分鉴别且成功率较高,可用于对黄精属物种进行种内和种间鉴别,为保障辽宁省黄精药材来源的准确鉴定提供参考。     

峨嵋山区姜科药用植物ITS2序列分析

目的:评价以ITS2序列作为DNA条形码对峨眉山地区姜科药用植物的鉴定。方法:于四川省峨眉山地区采集姜科药用植物样本43个,提取其基因组DNA,进行转录间隔区(ITS) 2序列PCR扩增、测序,从Gen Bank上下载40条姜科植物ITS2序列;运用MEGA6. 0软件对所有样本序列种间和种内遗传距离进行计算分析,构建neighbor joining(NJ)系统进化树;利用TAXON DNA软件分析序列种内、种间变异并作barcoding gap分析;从ITS2数据库中预测并比较样本ITS2序列的二级结构差异。结果:姜科样本种间最小距离大于种内最大距离,有较为明显的barcoding gap; NJ进化树中各属样本分别聚山姜属(Alpinia),姜黄属(Curcuma),舞花姜属(Globba),姜花属(Hedychium),姜属(Zingiber)五大支,种内之间于各属分支中各聚为小支;各属及各种样本ITS2二级结构存在差异明显。结论:以ITS2序列作为DNA条形码,能够对姜科药用植物进行准确、快速的识别和鉴定,准确地弄清物种之间的系统进化关系,为该属药用植物的分布、种群及种群量研究提供指导,对其质量控制、安全用药及资源保护及合理开发利用提供理论依据。