甘肃省HIV-1毒株基因序列测定和亚型分析

目的对甘肃省流行的艾滋病病毒（HIV）开展分子流行病学调查.方法用套式聚合酶链反应对23份甘肃省HIV-1感染者外周血淋巴细胞中前病毒脱氧核糖核酸（DNA）的膜蛋白基因进行扩增,并对C2-V3及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析.结果甘肃省流行的HIV-1分属B＇亚型（6例）、C亚型（1例）、CRF-BC亚型（16例）.其中CRF-BC亚型（70%）为主要流行毒株.结论甘肃省HIV-1流行亚型以重组毒株CRF-BC为主,在吸毒人群中广为流行;加强对高危人群监控,是遏制艾滋病在甘肃省蔓延的重中之重.     

重庆市HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的对重庆市流行的艾滋病（AIDS）病毒1型（HIV-1）进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据.方法用套式聚合酶链反应（nested-PCR）对31份重庆市HIV-1抗体阳性者外周血单个核细胞（PBMC）中前病毒DNA的膜蛋白基因的C2-V3区,及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析.结果31份标本中有21份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为67.6%.经过基因离散率计算和系统树分析后证实：1份标本为CRF01-AE流行重组毒株,20份标本为HIV-1 BC重组毒株.结论目前重庆市HIV-1 BC重组病毒为优势流行株,为有效控制HIV流行,需要重点在吸毒人群中开展行为干预措施.     

1例输入性HIV-1 G亚型毒株的检出及基因组序列分析

目的 对1例输入性HIV-l G亚型感染者病毒基因组进行序列测定,并进行系统进化分析.方法 采集在本地区艾滋病监测中发现的1例HIV-1 G亚型感染者的血清,提取病毒RNA,利用反转录巢式-PCR技术扩增并测定病毒近似全长基因序列.结果 获得此毒株近似全长基因组序列,长度为8695 bp.重组分析结果显示,此毒株序列中...     

浙江省HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的 利用脱氧核糖核酸(DNA)序列分析浙江省境内艾滋病病毒1型(HIV-1)流行毒株的亚型，为艾滋病预防控制工作提供参考。方法 采取14份浙江省HIV-1抗体阳性者的全血，提取前病毒DNA作为扩增模板，设计引物对enz，基因的C2-V3区进行聚合酶链反应(PCR)扩增并测定其序列。所得序列用Wisconsin公司的GCG软件包进行分析，确定亚型。结果 14份标本中有9份扩增阳性并得到相应序列，扩增率为64．3％。经过离散率计算和系统树分析后证实：4份标本为E亚型的A／1三流行重组模式，3份标本为B亚型，1份标本为C亚型的B／C流行重组模式，1份标本为G亚型。结论 目前浙江省境内有多种亚型的HIV-1毒株存在，流行形势严峻。迫切需要深入调查研究，并在高危人群中开展行为干预措施。     

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的?对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株（BD226AJ）进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法?提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果?经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE（HXB2, 823—4224 nt）、ⅡB（HXB2,4225—5991 nt）、ⅢCRF01_AE（HX B2,5992—9295 nt）、ⅣB（HXB2,9296—9406 nt）。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者（men who have sex with men,MSM）中的CRF112_01B序列聚集。结论?本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1 CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。     

我国HIV-1 B''亚型毒株GAG蛋白抗原表位变异研究

在HIV-1感染者体内针对病毒病原体产生特异性免疫应答的过程中，病毒自身所携带的抗原表位是机体免疫系统直接作用的靶点，对激活机体免疫应答起着至关重要的作用。但HIV的抗原表位不是一成不变的，而是在宿主免疫压力下不断地发生着各种各样的变化，这种变化正是HIV-1病毒逃避机体免疫监视的重要机制之一。我们试从抗原表位的角度对我国HIV-1B’亚型毒株gag基因的变异进行分析，以期获得的抗原表位变化的数据资料可以为我国HIV-1B’亚型疫苗的研制提供指导。     

广西凭祥市和宾阳县HIV-1流行毒株gag基因的序列测定和亚型分析

目的了解广西壮族自治区凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对HIV-1阳性的10例吸毒人员和1例受血者进行流行病学调查,采集外周静脉抗凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,并对获得的gag区基因的核酸片段进行测序和分析。结果宾阳县的6份样品为CRF08-BC重组株,凭祥市的4份样品均为CRF01-AF重组株,一份输血引起的样品为B’亚型。结论在凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的是不同的HIV-1重组株,而且在同一地区的亚型之间进化比较接近。以上资料表明,CRF08-BC和CRF01-AE在这两地区的静脉吸毒者中成为主要的流行株。     

河南省HIV-1流行毒株pol基因的分型与系统发生分析

目的了解河南省艾滋病病毒1型(HIV1)流行毒株pol基因的亚型及其系统发生情况。方法采集河南省20名艾滋病病人的抗凝全血,分离血浆,用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)扩增pol基因部分序列(PR与RT的p55区)并直接进行序列测定,登陆Web站点http://hivweb.lanl.gov确定毒株亚型。用BioEdit和DNASTAR软件的MegAlign模块进行系统发生分析,SPSS软件包对数据进行统计学分析。结果20份标本的pol基因序列系统发生分析显示均为B亚型,且具有较高的系统发生同源性,与东北地区流行毒株的相似度≥97%,PR基因离散率<0.2%,RT基因平均离散率为3.15%(0.7%～5.1%)。PR和RT基因遗传变异的差异具有显著的统计学意义(P<0.001)。结论pol基因的系统发生分析可以作为河南省HIV1毒株亚型确定的方法。河南与东北两地pol基因相似性以及PR与RT基因进化差异的意义,有待进一步研究。     

深圳地区艾滋病患者HIV-1毒株膜蛋白V3环的氨基酸变异分析

目的了解深圳地区艾滋病患者体内不同HIV-1亚型膜蛋白V3环的氨基酸序列特征及变异特点.方法采用逆转录套式聚合酶链反应（RT-nested-PCR）对艾滋病患者血浆HIV RNA进行扩增,对扩增产物直接测序并进行序列对比、翻译和分析.结果深圳地区艾滋病患者感染HIV病毒分属B与CRF01-AE亚型,病毒V3顶端的四肽特征主要为：GPGQ 48%、GPGR 36%、其他形式16%;其中AE亚型GPGQ百分比为76.9%,B亚型GPGR百分比为75%;还发现DQDR、DQGQ等少见V3环顶端四肽组成形式.V3环发生与SI表型有关的氨基酸突变形式高达80%.结论深圳地区艾滋病患者感染病毒V3环顶端四肽主要为GPGQ与GPGR,V3环序列高度变异,出现一些少见的V3环顶端四肽组成形式值得进一步研究.     

北京市同性恋HIV-1感染者的包膜基因C2-V3区序列测定和亚型分析

目的 了解北京市同性恋HIV-1感染者HIV-1的亚型类型及传播来源和流行时间。方法 应用套式聚合酶链式反应（PCR）对12份1993～2001年北京市HIV-1阳性同性恋者外周血单个核细胞（PBMC）的核酸样品进行扩增,并对其包膜区的C2-V3段的306个核酸序列进行测定和分析。结果12份样品全部是B亚型的HIV-1毒株序列,其亚型内的基因离散率为 10.35± 2.06,与国际 A-E亚型共享序列比较后发现其与 A、C、D、E亚型的共享序列的基因离散率均大于 25％,而与国际 B亚型共享序列的基因离散率仅为11.25±3.60。系统树分析显示,12个毒株与B亚型共享序列聚在一起并远离其它国际亚型,并且12个毒株与SF162紧密相连,而与国际B亚型共享序列和泰国B亚型代表株TH14可以分开。对gp120中最重要的中和抗体决定簇V3环序列进行对比分析发现,12毒株在V3环中变化较大,其中4毒株带有GPGR这一欧美B亚型V3环顶端四肽序列特征,占33.33％,1个毒株带有GLGR,占8.33％,而其它7个毒株为GWGR,占58.34％。结论HIV-1在北京市同性恋人群中流行的为B亚型,流行来源为欧美,流行时间10年左右,V3环顶端四肽序列特征以GWGR为主。     

湖北地区人类免疫缺陷病毒-1主要流行株外膜蛋白基因V3-V4区序列变异分析

目的 分析湖北地区HIV-1主要流行株外膜蛋白V3-V4区序列特征,了解其流行特点和变异规律.方法 对湖北地区HIV-1主要流行区域进行流行病学调查,应用套式PCR对102例HIv-1感染者的env基因V3-V4区进行扩增,对阳性扩增样本进行基因测序和序列分析.比较基因距离的差异用卡方检验;基因距离的变异性分析使用描述性分析法.结果 湖北地区共发现4种HIV亚型和重组亚型,其中B'亚型占82.69%,B'/C重组毒株、CRF01_AE重组毒株各占7.69%,C亚型占1.92%.湖北地区HIV-1B'亚型与来源于云南和河南等地的HIV-1B'亚型代表株之间的基因距离分别为7.08±2.19和7.88±2.28.其流行时间约为10年;氨基酸序列变异分析显示,HIV-1B'亚型毒株env基因V3、C3、V4区域均发生不同程度变异,其中以V4区的变异程度最大,V3环顶端四肽表现为GPGR、GPGK、GPGQ和GQGR,分别占46.5%、30.2%、13.6%和9.3%;V3环辅助受体预测显示,其中16.28%为CCR5型,13.95%为CXCR4型,69.77%无法预测;糖基化位点分析显示.湖北地区HIV-1主要流行株env V3-V4区9个糖基化位点有8个存在不同程度丢失.结论 B'亚型仍是湖北地区HIV优势流行株,与来源于云南和河南等地的毒株有较高同源性.     

河南省HIV流行毒株env膜蛋白基因C2-V3区序列特征和亚型研究

目的 了解河南省内艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行株的亚型及序列变异特征。方法 用套式聚合酶链反应(nested-PCR)，对河南省内28份HIV-1感染者外周血单个核细胞(PBMc)中前病毒脱氧核糖核酸(DNA)的膜蛋白基因进行扩增，并对C2-V3及其邻区350～450个核苷酸序列进行测定和分析。结果 28份样品间的基因离散率为5．72％，与流行于云南省的(泰国B)毒株基因距离为5.80％，与欧美B亚型基因距离为18．05％，而与其它A、C、D、F、G、H、J、O等亚型的基因距离均在24％以上。系统树分析显示，28份样本与泰国B亚型聚在一起而远离其它国际亚型。对于其V3环四肽序列的分析表明，具有泰国B亚型基因型GPGQ的8例，占28．57％；具有欧美B亚型基因型GPGR的13例，占46．4％。结论 河南省流行的HIV株属B‘亚型，其毒株来自与泰国接壤的云南省，在河南省流行的时间约在6～10年，其V3环顶端四肽序列特征以GPGR为主。     

中国人类免疫缺陷病毒-1 vpr基因多态性及其临床意义

目的 分析来自中国不同地区HIV-1感染者的vpr基因序列变异位点及与国外以往研究的异同,为进一步研究HIV-1 vpr基因变异的意义及其与感染者临床病情的关系奠定基础.方法 RT-PCR及套式PCR法对398例HIV-1感染者行HIV-1 vpr基凶扩增,并进行氨基酸序列分析,了解HIV vpr基冈的多念性、离散率和常见变异位点.同时将发现常见变异位点感染者的相应病毒水平、淋巴细胞亚群及临床病程的进展进行对比分析.结果 对398份血标本行HIV-1 vpr基因扩增,分析后可用氨基酸序列为153份.HIV-1 Vpr氨基酸序列分型主要足CRF01_AE 51,63%,C亚型24.84%,B亚型17.65%,CRF03_AB 3.92%,CRF08_BC 1.31%.HIV Vpr序列中第77位氨基酸84.3%为谷氨酸,与以往国外报道的R77Q变异与AIDS长期病情无进展(LTNP)璃彳切卡廿关的观点有明显差异.HIV Vpr第、63、70、85、86、89、94位氨基酸的变异,有可能使感染者的临床进展趋缓.结论 我围HIV Vpr分型仍以M组为主,其中 CRF01_AE占优势.HIV-1 Vpr中氨基酸序列某些位点的变异可能与感染者临床表现相关.     

低水平病毒载量长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者的人类免疫缺陷病毒-1的遗传分析

目的 分析低水平病毒载量长期不进展(LTNP)HIV-1感染者HIV-1的遗传特征.方法 采用有限稀释套式PCR、终点PCR和序列确证分析等技术对5例低病毒载量LTNP HIV-1感染者不同随访时间点HIV-1前病毒enw基因c2-v3-c3区域和gag基因p17区域进行扩增和序列分析.分别计算不同时间点内以及不同时间点与用于分析的最早时间点之间上述两个基因区域的基因多样性和基因离散率,依据基因离散率计算基因的进化率,统计学分析用GraphPad Prism 5软件.结果 5例患者在21个随访时间点共获得115条c2-v3-c3序列和173条p17序列.进化树分析表明,不同患者的序列分开,同一患者的序列特异地聚集,序列质量可靠.5例患者env基因c2-v3-c3区域不同时间点基因多样性为0～6.38%,平均为2.1%,病例1、3和5基因多样性随感染时间的增加逐渐升高(r=0.7257、0.4954、0.3288),病例2和4基因多样性随感染时间的增加逐渐下降(r=-0.3759、-0.5028);基因离散率为0.1%～6.5%,平均为2.9%,除病例1外,基因离散率均随感染时间间隔的增加逐渐升高,进化率分别为每年每位点-0.13%、0.81%、0.09%、0.14%和0.16%,平均为0.21%.gag基因p17区域基因多样性为0～2.5%,平均为1.2%,基因离散率为0.2%～2.7%,平均为1.4%,除病例3基因多样性和基因离散率随感染时间或时间间隔的增加下降外,其余病例均随感染时间或时间间隔的增加而逐渐升高,进化率分别为每年每位点0.087%、0.064%、-0.014%、0.081%和0.087%,平均为0.061%.结论 低水平病毒载量LTNP HIV-1感染者HIV-1有复制能力,病毒基因维持较低水平的进化;HIV-1 env基因变化的程度大于gag基因.     

广西西部地区吸毒人群HIV-1毒株基因序列测定和亚型分析

目的了解吸毒人群HIV-1流行毒株的亚型类型和变异特征，为艾滋病的疫苗预防、诊治提供依据。方法采集血清和外周血单个核细胞，用ELISA法检测HIV-1的抗体；PEIA检测HIV-1血清亚型；PCR扩增HIV-1膜蛋白基因片段，荧光标记未端终止物循环测序法进行测序反应，自动DNA序列分析仪测定产物序列。结果HIV-1毒株至少有C、E两个亚型。C为优势亚型，其株间基因离散率最大为2．93％，与A亚型等其他9个亚型参考株相比较，基因离散率为12．42～19．05％，gp120 V3环多肽序列相似。还可能存在其它亚型或混合感染。结论吸毒人群HIV-1流行毒株亚型呈现多样性，应加强对HIV-1亚型及其变异的监测和研究，指导疫苗预防、诊断和治疗。     

深圳地区HIV-1母婴垂直传播实验室诊断方法探索及其分子流行病学研究

目的 探索艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)阳性孕产妇新生婴儿核酸检测的辅助性诊断方法,了解深圳地区母婴传播所感染的HIV-1阳性婴儿HIV-1毒株的分子流行情况,帮助分析HIV-1在该人群中传播的危险因素.方法 收集深圳市2000-2007年19例HIV-1阳性孕产妇的血样,她们所生新生儿中28人的血样,应用套式聚合酶链式反应(Nested-PCR),对该样本膜蛋白基因(env基因)和核心蛋白(gag基因)进行扩增,并对其各基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 28例婴儿中共得到6例PCR诊断为阳性的婴儿样本,6例样本中共存在CRF01_AE和CRF07_BC两种重组毒株以及B一种亚型,其在所有分析样本中的比例分别为4/6、1/6和1/6;在env基因区与对应的流行代表株01_AE.TH.90.CM240的基因离散率为(9.200±1.600)%;CRF01_AE重组株组内离散率为(11.700±4.000)%;在gag基因区与对应的流行代表株01_AE.TH.90.CM240、07_BC.CN.97.97CN001和B.CN.RL42的基因离散率分别为(4.075±0.763)%、(5.500±0.566)%和(7.150±1.485)%;CRF01_AE重组株、CRF07_BC重组株和B亚型组内离散率分别为(4.033±1.692)%、0.800%和1.900%.结论 该方法有望成为HIV母婴垂直传播中新生婴儿的早期辅助性诊断方法.在深圳地区HIV-1阳性婴儿中,HIV-1流行株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是B亚型.并且在母婴传播过程中,HIV-1 env和gag基因变异性较小.     

长期不进展人类免疫缺陷病毒-1感染者准种膜蛋白V3环氨基酸特点分析

目的 了解长期不进展HIV-1感染者HIV-1准种膜蛋白V3环氨基酸序列特征及变异特点.方法 应用终点有限稀释套式PCR方法,对5例长期不进展HIV-1感染者不同时间点单个HIV-1前病毒env基因c2-v3-c3区域进行扩增和序列测定,用序列确证分析技术分析env基因区V3环氨基酸序列特征.结果 5例患者不同随访时间点获得的准种序列中,V3环35个氨基酸中出现多样性的位点分别有1～10个不等,同一患者不同随访时间点准种优势株序列完全一致或仅有1～2个位点不同;4例患者V3环顶端四肽为GPGR,1例患者为GPGK,同一患者不同随访时间点V3环顶端四肽一致;根据V3环11和25位氨基酸及V3环的电荷推测HIV-1辅助受体均为趋化因子受体(CCR)5.结论 长期不进展HIV-1感染者V3环序列存在不同程度变异,顶端四肽稳定性高,感染的HIV-1毒株可能为非合胞体诱导型毒株.     

人类免疫缺陷病毒1型HXB2株Tat突变体的构建、原核表达及免疫原性分析

目的 构建HIV-1 HXB2株Tat基因半胱氨酸富集区3'末端移位突变体,经原核表达和纯化,分析该突变体蛋白(Tat-cct)的免疫原性.方法 用PCR方法将HIV-1 HXB2株Tat基因的半胱氨酸富集区(64～111位核苷酸)移位至Tat基因的3'末端,获得其突变体DNA序列,并构建其原核表达质粒pET32a-Tat-cct,转入大肠埃希菌E.coli BL21(DE3)中进行诱导表达及纯化.以Tat-cct融合表达蛋白免疫BALB/c小鼠,ELISA方法对该抗血清进行免疫原性检测分析.结果 pET32a-Tat-cct重组质粒可在E.coli BL21(DE3)中诱导表达,纯化后其融合蛋白相对分子质量约为31 000.Tat-cct重组蛋白免疫小鼠诱导产生的抗体滴度为1:1600,该抗体与Tat-cct蛋白和Tat蛋白(1～101位氨基酸)均呈特异性结合反应.结论 Tat突变体重组蛋白Tat-cct能在大肠埃希菌中有效表达.并较好保留其免疫原性,为HIV-1 Tat疫苗的基础研究提供了有价值的实验结论.     

中国部分地区应用高效抗逆转录病毒治疗HIV-1患者的耐药性检测

目的了解我国应用高效抗逆转录病毒治疗的人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者中耐药情况.方法收集我国上海、河南及安徽等地116份应用抗病毒治疗患者的血浆标本,采用逆转录聚合酶链反应扩增pol基因片段并进行序列测定,通过HIV耐药性数据库进行耐药相关性突变分析,并构建进化树.结果共获得44例HIV-1分离株的pol基因序列,有70%（31/44）的标本发现了针对常用的三类抗逆转录病毒药物的主要耐药性突变,其中有34%（15/44）的标本发现了针对核苷类逆转录酶抑制剂（NRTIs）的耐药性突变;有68%（30/44）的标本发现了针对非核苷类逆转录酶抑制剂（NNRTIs）的耐药性突变;仅有2%（1/44）的标本发现了对蛋白酶抑制剂（PIs）类药物的主要耐药性突变.亚型分析表明91%（40/44）为B亚型.结论在我国应用抗逆转录病毒治疗的患者中耐药性的产生已经十分严重,尤其是针对NNRTIs的高度耐药性较为突出,迫切需要应用耐药性检测进行指导.