中金钗石斛相关序列扩增多态性反应体系的正交优化研究药大质量观及实践

目的 建立金钗石斛Dendrobium nobile相关序列扩增多态性 (SRAP) 反应体系,为金钗石斛分子生物学研究提供技术支持。方法 运用 L25(56) 正交设计对影响金钗石斛 SRAP 反应的5个因素：模板 DNA、Mg2+、dNTPs、Taq 酶、引物在5个水平上进行优化试验,对 PCR 结果进行极差分析。结果 金钗石斛 SRAP 反应最佳体系为：25 μL PCR 体系中含有 20 ng 模板 DNA,2.0 mmol/L Mg2+,0.2 mmol/L dNTPs, 1 U Taq 酶,0.6 μmol/L 引物。各因素对 SRAP 反应的影响依次为：〖WTBX〗Taq 酶＞Mg2+＞dNTPs＞模板 DNA＞引物。结论 所建立的金钗石斛 SRAP 反应体系具有标记位点清晰、多态性丰富、稳定性好等特点,可用于金钗石斛分子生物学的研究。     

家蝇相关序列扩增多态性扩增体系的建立与优化

目的:建立和优化家蝇的相关序列扩增多态性(SRAP-PCR)扩增体系.方法:以驯养家蝇为材料,通过单因子实验分别研究了模板DNA、Mg2+、dNTPs、引物浓度及Taq DNA聚合酶用量对家蝇SRAP分子标记扩增体系的影响,并对扩增体系进行了优化.结果:优化后的反应体系总体积为30 μl,含50 ng模板DNA、1.5mmol/L Mg2+、0.20 mmol/L dNTPs、0.15 μmol/L引物和0.50 U Taq DNA聚合酶.结论:家蝇SRAP-PCR扩增优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行家蝇遗传多样性分析、基因定位奠定了基础.     

大黄ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用正交设计和单因素试验相结合的方法对影响大黄ISSR-PCR反应体系的重要因素(Mg2+、Taq DNA聚合酶、dNTPs、引物、DNA模板)进行优化,通过统计软件分析和直观分析获得最佳的反应体系:DNA模板30 ng,2.5 μL 10×Taq Buffer,dNTPs 0.4 mmol/L、引物0.25 μmol/L、Mg2+ 2.5mmol/L、Taq DNA聚合酶1.25 U.     

环带库蚊ISSR-PCR反应体系的建立及优化

目的:建立及优化适宜环带库蚊(Culex annulus)ISSR-PCR的反应体系,为环带库蚊遗传多样性研究奠定技术基础.方法:选用引物IS01,应用正交试验及单因素试验对的ISSR-PCR反应体系中的BSA、模板DNA、Mg2+、引物、dNTP、Taq DNA聚合酶浓度6个关键因素进行优化筛选.结果:20 μL反应体系中最佳因素为BSA 2.0 g/L、DNA模板1.00×10-4mg/L、Mg2+2.0 mmol/L、引物1.0 μmol/L、dNTP0.15 mmol/L、TaqDNA聚合酶0.20 5U/μL.结论:优化后的反应体系适于环带库蚊的ISSR-PCR扩增.     

胡黄连SRAP反应体系的建立与引物筛选

目的:建立胡黄连SRAP的反应体系,并筛选出适合胡黄连的引物组合,为胡黄连的遗传多样性研究奠定基础.方法:采用5因素(dNTP、Mg2+、Taq酶、引物、DNA)4水平正交试验一步法建立SRAP -PCR的反应体系,采用梯度温度法筛选PCR反应程序的最佳退火温度,对已发表的SRAP引物组合进行了筛选.结果:胡黄连SRAP - PCR的最佳反应体系,即20μL反应体系:10×buffer 2μL,dNTP 150μmol·L-1,Mg23 mmol·L-1,Taq酶2U,引物为0.5μmol·L-1,DNA为20ng,DMSO 1μL;最适的退火温度是30.0℃～33.2℃:最适的引物组合为Me1Em1,Me1Em2,Me1Em3,Me3Em3,Me1Em4,Me2Em4,Me3Em4,Me4Em4,Me1Em5,Me3Em5,Me4Em5,Me3Em6,Me4Em6.结论:该体系是适合胡黄连SRAP - PCR反应的最适宜体系,为今后胡黄连遗传多样性研究奠定了基础.     

青葙SRAP体系的建立和优化

目的 探讨影响青葙SRAP(sequence-related amplified polymorphism)扩增的各种因素,建立并优化青葙SRAP反应体系,为分子水平鉴定青葙子及其伪品,探讨青葙不同种质问的亲缘关系奠定基础.方法 用CTAB法提取青葙DAN,设计Taq酶浓度(0.02、0.04、0.06 U/μL)、dNTP浓度(0.10、0.20、0.30 mmol/L)、Primer浓度(0.15、0.30、0.45μmol/L)3水平3因素试验和Mg2 浓度(0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0 mmol/L)8水平单因素试验.在25 μL体系中加入模板DNA 20 ng,对体系进行优化,用琼脂糖进行检测.结果 建立了适合青葙的SRAP体系,在25 μL体系中,DNA为20 ng,Taq酶浓度为0.04 U/μL,dNTP浓度为0.30 mmol/L,Primer浓度为0.30 μmol/L,Mg2 浓度为2.5 mmol/L,优化后的体系目标条带增多,且比较稳定,重现性好,得到了较好的扩增效果.结论 本研究建立的反应体系适合青葙SRAP的研究.为从分子水平鉴定青葙子正品与伪品以及鉴定青葙不同种质资源奠定了基础.     

两面针ISSR-PCR反应体系的建立及优化

【目的】建立适合两面针简单重复序列—聚合酶链反应(ISSR-PCR)体系和扩增程序。【方法】采用改良的高盐低pH法提取两面针基因组DNA,通过单因素试验和正交试验相结合对ISSR反应体系中的主要成分(Mg2+、Taq DNA聚合酶、引物和模板)进行筛选和优化,并考察退火温度对扩增结果的影响。【结果】最佳的PCR反应体系为:总体积为25μL,含1.50 mmol/L Mg2+、150μmol/L dNTPs、0.04 U/μL Taq DNA聚合酶、0.60μmol/L引物、2.40 ng/μL DNA模板。扩增程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30 s,51.4℃退火45 s,72℃延伸2 min;35个循环;72℃再延伸10 min。【结论】优化了两面针ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为两面针ISSR遗传多样性分析打下基础。     

红花SRAP扩增体系的建立和优化

目的:探讨影响红花SRAP扩增的各种因素,建立能够稳定扩增红花基因组的体系,为研究红花重要性状的遗传基础及建立分子辅助标记育种的技术平台奠定基础.方法:用CTAB法提取红花DNA,设计Taq酶浓度(0.02、0.04、0.06 U/μl)、dNTP浓度(0.15、0.25、0.30 mmol/L)、Primer浓度(0.15、0.30、0.45 μmol/L)3因素3水平27次实验和Mg2 浓度(0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0 mmol/L)8水平单因素实验.在25 μl体系中加入模板DNA 20 ng.对体系进行优化,用琼脂糖进行检测.结果:本研究建立了适合红花的SRAP体系,Taq酶浓度为0.02 U/μl,dNTP浓度为0.25 mmol/L,Primer 浓度为0.30 μmol/L,Mg2 的浓度为3.0 mmol/L,优化后的体系目标条带增多,重现性好,得到了较好的扩增效果.结论:本研究建立的反应体系适合红花SRAP的研究.     

蠕形螨ISSR-PCR的反应体系优化及引物筛选

目的以蠕形螨的DNA为模板,对蠕形螨简单重复序列锚定PCR(ISSR-PCR)反应体系优化并对ISSR引物进行筛选,为ISSR分析奠定基础。方法用自然沉降法收集山羊蠕形螨,用基因组DNA提取试剂盒提取山羊蠕形螨DNA,并以此为模板,以(CA)8RG(R为1分子的嘧啶)为引物,利用正交实验法,从Mg2+浓度、引物用量、dNTPs、DNA模板用量和TaqDNA聚合酶以及退火温度对蠕形螨ISSR-PCR反应体系进行优化,并以优化的反应体系筛选ISSR-PCR的引物。结果 ISSR-PCR 25μL最佳反应体系包括:0.4 mmol/L Mg2+、30 pmol引物、30～60 ng模板DNA、2u Taq酶,最佳退火温度为49℃、循环35次。筛选出10条条带清晰、多态性好、重复性高的引物。结论筛选出蠕形螨ISSR-PCR最佳反应体系和理想的引物,为蠕形螨的分子生物学研究奠定了基础。     

湘产百合核心种质库的SRAP体系的建立

目的确立适用于湘产百合核心种质库的相关序列扩增多态性（SRAP）反应体系。方法根据构建核心种质库的需求,对实验步骤、评分规则进行针对性改良,通过Mg2＋、d NTPs、引物、Taq酶、模板5因素4水平的正交试验与单因素试验构建SRAP体系,并筛选出适用引物。结果最佳反应体系（20μL）：Mg^2＋浓度2.5 mmol/L,d NTPs浓度0.20μmol/L,引物浓度0.20μmol/L,Taq酶1.0 U,模板DNA 50 ng能获得明亮清晰的扩增条带;并由144对引物组合中筛选出32对产物稳定、多态性丰富的引物组合。结论该体系具有较高的稳定性,并可提高引物使用率,满足百合核心种质构建对大信息量的需求,适用于湘产百合核心种质库的研究。     

白芨ISSR-PCR反应体系的建立及优化

目的：建立并优化白芨ISSR-PCR反应体系,为白芨种质资源分子评价奠定技术基础.方法：应用单因素和正交试验研究ISSR-PCR反应体系中模板DNA、Mg2、引物、dNTP、BSA及Taq DNA聚合酶等6个主要成分对扩增结果的影响,优化出ISSR-PCR最佳反应体系.结果：优化后25 μL反应体系中含100 ng DNA模板、2.0 mmol/L Mg2＋、2.5 μmol/L引物、0.2 mmol/L dNTP浓度、3.75 g/L BSA及1.25 UTaq DNA聚合酶.结论：建立了适用于白芨的ISSR-PCR最佳反应体系.     

正交设计优化脑膜炎奈瑟氏菌PCR反应体系

目的:建立脑膜炎奈瑟氏菌PCK检测的最佳反应体系,探讨影响检测的多个因素.方法:利用正交设计,对膜炎奈瑟氏菌PCR反应体系的4因素(Taq DNA聚合酶、引物、Mg2 、dNTP)在3个水平上进行优化实验,筛选出各反应因素的最佳水平.结果:正交实验结果表明,最佳反应体系为(50μl):Taq DNA聚合酶2.0U,引物0.3μmol/L,Mg2 3.0mmol/L,dNTP100μmol/L.结论:所得体系反应稳定,正交法实验设计高效、快捷,科学性强,值得推广.     

夏枯草ISSR分子标记技术的建立与体系优化

目的 建立并优化夏枯草ISSR-PCR反应体系和扩增程序,为探讨夏枯草种质间遗传多样性奠定基础。方法 采用单因子试验和正交设计方法,研究Mg2+、dNTP、引物、 Taq DNA聚合酶、模板DNA、退火温度及循环次数对PCR扩增的影响。结果 夏枯草ISSR-PCR的最佳反应体系为：在20 μL的反应体系中含模板DNA 30 ng,Mg2+2.2 mmol/L、dNTP 175 μmol/L、引物0.75 μmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U。在此基础上,从92条引物中筛选出18条扩增稳定、多态性丰富的ISSR引物,并通过梯度PCR试验,确定引物最佳退火温度。结论 采用单因子试验和正交设计方法可以快速建立ISSR-PCR反应体系,经过24份夏枯草种质检验,证明该体系稳定可靠,可用于夏枯草遗传分析。     

玉竹ISSR反应体系的优化

目的建立稳定性高、重复性好的适合玉竹ISSR-PCR扩增的反应体系。方法以玉竹根茎为材料,采用改良的CTAB法提取玉竹基因组DNA,并利用单因素多水平试验,分别对模板DNA、引物、Mg2 、Taq酶、dNTP的浓度和退火温度进行考察。结果玉竹的最佳反应体系为:在20μL的反应体系中,含1×buffer、15 ng模板DNA、0.4μmol/L引物、2 mmol/L Mg2 、1.0 U Taq酶、200μmol/L dNTP。此反应体系以52℃的退火温度扩增出来的玉竹电泳图谱清晰,重复性好。结论本实验反应体系适宜于玉竹ISSR-PCR的扩增,为玉竹下一步分子生物学的研究打下基础。     

黄花蒿SRAP-PCR反应体系的建立与优化

目的用序列相关扩增多态性(SRAP)这一新的分子标记技术建立稳定可重复的黄花蒿Artemisia annua的SRAP最佳反应体系。方法以黄花蒿DNA为模板,分析了SRAP反应体系中的一些重要参数对PCR扩增的影响。结果建立了稳定可重复的SRAP反应体系;25μL反应体系中,模板DNA为30～105ng,MgCl2为2.0mmol/L,dNTP为0.25mmol/L,Taq酶为1.0U,引物为2.0μmol/L;扩增程序:94℃预变性3min,94℃变性1min,35℃复性1min,72℃延伸1min,5个循环;94℃变性1min,50℃复性1min,72℃延伸1min,35个循环,72℃延伸7min。结论本研究建立的黄花蒿SRAP体系重复性好,稳定性强。     

药用植物诃子ISSR-PCR反应体系的建立与优化

目的 建立和优化药用植物诃子的ISSR-PCR反应体系.方法 以诃子叶片为实验材料,采用CTAB法提取诃子DNA为模板,通过单因素和双因素实验,研究诃子ISSR-PCR反应体系中DNA模板、Taq DNA聚合酶、Mg2+、引物、dNTPs等的用量,以及退火温度对扩增结果的影响.结果 建立了适合诃子ISSR分析的反应体系...     

小鼠RAPD-PCR反应体系及扩增程序的筛选

目的:筛选优化小鼠RAPD-PCR反应体系及扩增程序.方法:以40条引物对9个品系的小鼠基因组DNA在各种不同条件下进行RAPD-PCR,分析比较扩增结果.结果:在下列反应体系及扩增程序下结果较好:在25 μl的反应体系中含有10×buffer 2.5 μl,dNTP 200μmol/L, Mg2+ 2.5 mmol/L,引物0.2 μmol/L,Taq酶1.5 U,模板DNA 20 ng,扩增程序为94℃变性1 min,38℃退火1 min,72℃延伸2 min,40个循环后接10 min延伸.结论:以上述反应体系及扩增程序进行小鼠RAPD-PCR,扩增结果稳定.     

正交实验法优化千金藤属植物的DALP反应体系

目的建立一套稳定的千金藤植物DALP反应体系,为开展该属植物的DALP分子标记奠定基础.方法采用正交实验设计,以云南地不容Stephania yunnanensesLo与地不容Stephania epigaeaLo基因组DNA为模板,对DALP反应程序的重要参数进行优化.结果最佳的反应体系为20μL,包含模板DNA2.0μL,2.5 mmol/L的MgCl22.5μL,2.5 mmol/L的dNTPs 2.0μL,5 pmol/L的选择性引物1μL,5 pmol/L的反向引物3μL,0.5 U/μL的Taq酶5μL,10×Buffer 2.0μL,灭菌超纯水2.5μL.结论该DALP应用反应体系稳定、可靠、重现性好,可有效的地应用于千金藤植物的种间及居群间分类鉴定.     

红树植物秋茄ISSR条件的优化

目的:探讨红树植物秋茄简单序列重复区间扩增多态性分子标记(ISSR-PCR)分析的最优条件,以获得清晰、重复性好的简单序列重复区间扩增多态性(ISSR)扩增结果。方法:对ISSR-PCR多个条件中的单个条件包括DNA的提取、模板浓度、Taq酶的选择与用量、Mg2+和三磷酸脱氧核糖核苷酸(dNTP)浓度等进行了比较、优化。结果:从单条件中得出每个条件的最优条件,从而获得清晰、重复性高的电泳图谱。结论:秋茄ISSR-PCR分析最适宜的扩增条件为:25μL PCR反应体积中,0.75～1.0 U Taq DNA聚合酶,0.8μmol/L引物,0.2 mmol/L dNTP,2.0～2.5 mmol/L MgCl2,40 ng/μL模板DNA。     

水蛭ISSR-PCR反应体系的建立及优化

目的 建立并优化水蛭ISSR-PCR反应体系及扩增程序,为水蛭进行遗传多样性研究提供依据。方法 使用引物ISSR825,采用正交优化方法对影响PCR反应的Mg²⁺、dNTP、引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA进行了体系优化,同时对引物的最佳退火温度进行了选择。结果 在25 μL总体积中,其中包括10×PCR 缓冲液 2.5 μL、Mg²⁺ 2.0 mmol/L、dNTP 0.25 mmol/L、引物0.8 μmol/L、Taq DNA聚合酶2.5 U、模板DNA 2.0 ng/μL,最佳退火温度为49.7 ℃。结论 所建立的最佳ISSR-PCR反应体系稳定可靠,可用于水蛭遗传多样性评价、不同种源鉴定及亲缘关系分析。