用基因芯片筛选胃黏膜癌变相关基因

目的 用基因芯片技术筛选与胃黏膜癌变相关的基因。方法 利用Affymetrix公司生产的U133A基因芯片，对癌旁黏膜和切缘正常胃黏膜基因表达谱进行检测，并利用生物信息学方法对检测结果进行分析。结果 （1）癌旁黏膜与正常胃黏膜比较差异3倍以上共有150个基因，其中表达上调[SLR（信号比的对数值）〉1．5]有130个，表达下调（SLR〈-1．5）有20个。从表达差异的基因功能分类看，以酶和酶调控子活性改变最多（28，占18．7％）；其次是与核酸结合活性相关基因（17，占11．3％）；第三是与信号传导活性相关基因（15，占10％）；第四是与蛋白结合活性相关基因（13，占8．7％）。除了40个功能未知的基因占总数26．7％外，以上4大类共占基因总数的48．7％。（2）癌旁黏膜（P）和胃癌（T）同时与正常胃黏膜比较，有71个相同的基因表达差异。其中表达上调（癌旁上皮SLR〉1．5）有61个，表达下调（癌旁上皮SLR〈-1．5）有10个。71个同时出现癌旁黏膜和胃癌的基因在染色体定位，发现19号染色体异常基因最多有11个；其次是1、2、16、17号染色体，分别是6个；5、14、22号和Y染色体未发现异常的基因。结论 71个癌旁黏膜与胃癌同时出现、表达相同的基因可能与早期胃癌的演化有关。酶和酶调控子活性、核酸结合活性、信号传导活性和蛋白结合活性4大类相关基因是研究胃癌发生的重要基因。19号染色体及1、2、16、17号染色体是研究胃癌发生的重要基因位点。     

单纯性肺泡癌和含有肺泡癌成分的腺癌基因差异比较

目的 比较单纯性肺泡癌(Pure BAC)与含有肺泡癌成分的腺癌(AWBF)的基因表达谱,研究与Pure BAC进展相关的基因.方法 选取Pure BAC标本8例,以8例AWBF作对照.采用Agiilent人4*44K arrays全基因组芯片进行检测,应用DAVID、通路studio 5.0、特征提取软件9.1等软件对基因芯片的结果进行统计学、聚类和差异表达分析.选取两组间差异表达的43个侵袭和转移的基因(P＜0.01),采用Real-time聚合酶链反应(PCR)验证基因芯片结果.应用SPSS统计软件分析.结果 表达谱芯片共得到581个基因的有效数据,筛选出43个侵袭和转移的基因(P＜0.01),差异表达上调基因23个,下调基因20个.实时定量RT-PCR检测结果显示ATF-2基因的相对表达量单纯性BAC组明显高于AWBF组,而CLDN18基因在AWBF组明显增高(P＜0.01),而且CLDN18和AT2在BAC和AWBF中的基因表达差异倍数＞10倍.结论 CLDN18和ATF2在BAC中和AWBF中基因表达有明显差异,两者的异常表达可能与单纯性BAC的进展有关.     

肠型胃癌组织异常表达miRNAs的鉴定

目的 筛选肠型胃癌组织异常表达的miRNAs.方法 采用miRCURYTM基因芯片(v.14.0)分析6例肠型胃癌组织和邻近非肿瘤组织之间差异表达的miRNA,设定平均上升或下降倍数大于2倍和P值小于0.01为显著性差异标准;选取部分基因芯片分析中呈异常表达的miRNAs,采用实时荧光定量PCR( RT-qPCR)方法在29例肠型胃癌组织和邻近非肿瘤组织中进一步检测,并对两者结果进行相关性分析.结果 基因芯片结果显示,40个miRNAs呈显著表达上调,其中24个基因已证实在胃癌癌组织中表达升高;36个miRNAs呈显著表达下调,其中19个已报道在胃癌组织中异常表达降低.用RT-qPCR检测6个在基因芯片分析中表达上调的miRNAs和5个在基因芯片分析中表达下调的miRNAs,结果与基因芯片分析结果相一致,两种方法分析的结果呈高度正相关(P＜0.o1).结论 该研究鉴定了肠型胃癌组织中一系列新的异常表达的miRNAs,为进一步研究提供了基础.     

应用基因芯片技术筛选结直肠癌及癌旁组织基因的差异表达

目的用基因芯片技术筛选结直肠癌及癌旁组织基因差异表达,寻找结直肠癌相关基因并了解其在肿瘤发生及转移过程中的作用。方法选用有8000条人类基因的cDNA表达谱芯片,以6例临床手术切除的结直肠癌组织、癌旁3cm和5cm肠黏膜组织及正常肠黏膜组织为研究对象,筛查相关基因的差异表达。结果与正常对照组相比．在癌组织样品中存在显著性表达差异的基因有769个,其中发生上调表达的有363个．下调表达的有406个：在癌旁3cm样品中存在显著性表达差异的基因有155个．其中发生上调表达的有52个．下调表达的有103个：在癌旁5cm样品中存在显著性表达差异的基因有230个．其中发生上调表达的有46个,下调表达的有184个。在癌组织与正常对照组间,具有差异表达的基因较多（19．5％．769／3944）,而在癌旁3Cm、5cm两组直肠黏膜组织与正常对照组间．差异表达的基因则较少．占总体基因数量的3．9％～5．8％。差异表达的基斟中具有明显功能类型的基因主要包括肿瘤相关基因、细胞增殖与凋亡调控基因、基因转录调控基因及细胞外基质成份及其降解相关的基因。结论不同来源组织间在生物学性质上具有各自的特性,多种基因参与了结直肠癌的发生与发展。癌旁组织也存在着基因的差异表达．显示其也有恶变倾向。     

糖蛋白(MUC1与MUC7)基因在膀胱移行细胞癌的表达研究

目的 探讨糖蛋白MUC1与MUC7基因在膀胱移行细胞癌（BTCC）组织及细胞株中的表达及意义。方法 采用MUC1与MUC7特异性巢式逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）对分离的4种组织标本及3种细胞株的mRNA样本进行检测。结果 所有4种组织标本及3种膀胱癌细胞株的MUC1基因表达均为阳性。MUC7基因表达仅见于3种膀胱癌细胞株和侵袭性移行细胞癌标本。半定量结果显示MUC1 mRNA基因表达在正常膀胱黏膜同腺性膀胱炎及各期膀胱癌之间差异有统计学意义（P〈0．05）。浅表性膀胱癌与侵袭性膀胱癌之间差异有统计学意义（P〈0．05）。不同细胞系BIU-87与T24之间表达差异无统计学意义（P〉0．05），耐药细胞株BIU-87／A同敏感细胞株BIU-87与T24之间表达差异有统计学意义（P〈0．05）。MUC7 mRNA基因表达在3种细胞株及侵袭性膀胱癌组织之间差异无统计学意义（P〉0．05）。结论 MUC1基因的上调表达与MUC7基因的差异性表达可能影响膀胱癌细胞的生物学行为，导致相应的临床后果-恶性转变、侵袭转移、耐药。MUC7基因表达是尿路上皮恶性侵袭性转化的开始。     

用基因表达谱芯片筛选原发性下肢静脉曲张相关基因的研究

目的运用基因表达谱芯片研究原发性下肢静脉曲张基因表达谱的变化。方法选取原发性下肢静脉曲张患者隐 股交界瓣膜区静脉 5条 ,取 5条正常静脉作对照。抽提总RNA、纯化mRNA、反转录制备杂交探针 ,应用含有 4 0 96种人类基因全长cDNA的表达谱芯片进行差异表达谱分析 ,随后应用反转录PCR验证部分差异表达基因。结果曲张大隐静脉瓣膜区表达谱中差异表达基因共有 16 8条 ,上调基因 96条 ,下调基因 72条 ;5例标本均差异表达的基因共 39条 ,其中上调2 8条 ,下调 11条 ;多条细胞凋亡相关基因、细胞信号和传递蛋白基因、原癌基因和抑癌基因等均有差异表达 ;反转录PCR证实caspase 9及MAP3K基因及其蛋白产物在曲张静脉中差异表达。 结论应用基因表达谱芯片筛选致病相关基因 ,可能为下肢静脉曲张的发病机制研究提供新思路。     

肝细胞癌中SEMA3B基因的表达及其意义

目的 通过对SEMA3B基因在原发性肝细胞癌（HCC）组织中表达的检测，探讨该基因与HCC发生机制的关系。方法 采用逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）方法检测35例HCC组织及癌旁肝组织SEMA3BmRNA表达水平。结果 （1）在所有受检的癌旁肝组织中，SEMA3BmRNA表达率为85．7％（30／35），明显高于癌组织的表达率20．0％（7／35），差异有统计学意义（P〈0．01）；（2）合并有肝硬化（20／28）或者乙肝（19／28）的患者，其癌组织中SEMA3B基因的表达缺失率显著高于无肝硬化（8／28）或乙肝阴性（9／28）患者（P〈0．05）；（3）SEMA3B基因的异常表达情况与年龄、性别的差异无统计学意义（P〉0．05），与HCC患者术前肝功能Child—Pugh分级评价和血清AFP的检测值高低无相关（P〉0．05）；（4）SEMA3B的表达缺失率与TNM分期关系无统计学差异，低分化型癌组织中SEMA3B基因缺失率高于中、高分化型，但差异无统计学意义（P〉0．05）。此外，该基因的缺失与肿瘤大小无关（P〉0．05）。结论 SEMA3B基因在HCC组织中的高频表达缺失说明该基因的失活与HCC的发生密切相关。SEMA3B基因是定位于染色体3p21．3区域的与HCC相关的抑癌基因，并且可能在HCC的发生发展方面起重要作用。     

应用微矩阵表达谱基因芯片检测食管癌的基因改变

目的：应用微矩阵表达谱基因芯片研究食管癌的基因变化。方法：按一步法抽提三例食管癌及其对照癌旁组织的总RNA，分别逆转录成荧光分子掺入的探针，混合后杂交基因芯片（14114种基因）。经严格洗片后用扫描仪扫描芯片荧光信号图像，计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果：在所检测的3例临床标本中，共有的差异表达基因31条，上调基因10条，下调基因21条，有多类基因，有与信号转导有关、与细胞周期调控有关、与癌基因同源的基因等等。结论：食管癌和对照癌旁组织间存在差异表达的基因。     

全基因组寡核苷酸表达谱筛选哈萨克族食管癌相关靶基因

目的 筛选哈萨克族食管癌与正常食管黏膜的差异表达基因.方法 新鲜标本取自哈萨克族食管鳞癌患者.采用RNA保护技术保护组织标本,分离癌组织、正常食管黏膜组织标本,提取RNA,线性扩增获得足量cRNA,利用基因芯片分别检测癌组织和正常食管黏膜组织基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析.结果 癌组织和正常食管黏膜组织比较差异10倍以上共有170个基因,其中表达上调(信号比的对数值>3)有39个,表达下调(信号比的对数值<-3)有131个.表达异常的基因与细胞周期调节、细胞凋亡、细胞骨架、细胞外基质、细胞内信号传递、蛋白质的翻译合成及免疫功能等相关.结论 利用全基因组寡核苷酸芯片可准确、高效地筛选出哈萨克族食管癌相关的候选靶基因170个,这些基因与哈萨克族食管癌的发生、发展有关.     

胃癌基因表达谱和蛋白质表达谱的分析研究

目的从转录组水平和蛋白质组水平寻找胃癌组织与正常胃组织间的差异表达基因和蛋白。方法应用含有14592个已知基因及表达序列标签的cDNA表达谱芯片获取基因表达谱信息．50％以上样本中Cy3／Cy5荧光强度比大于或等于2和小于或等于0．5的基因分别为在胃癌中表达上调或下调的基因。采用双向凝胶电泳（2-DE）分离32例经手术切除的胃癌患者的胃癌组织和正常胃组织总蛋白．对差异表达蛋白质点利用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱（MALDI—TOF—MS）进行分析．获取肽质量指纹图谱（PMF）。同时搜索SWISS-PROT数据库鉴定蛋白质。结果与正常组织相比．胃癌组织中差异表达基因共有387个,其中表达上调的有149个基因．上调超过3倍的有29个基因：表达下调的有238个基因．其中下调超过5倍的有21个基因。在蛋白质水平鉴定了15个差异表达蛋白．在肿瘤组织中高表达的有10个．其余5个在肿瘤组织中低表达。胃癌中过表达的基凶与蛋白产物主要与细胞骨架运动、细胞增殖及信号传导有关．表达下调的则主要与细胞免疫防御、毒理代谢有关。结论从转录组水平和蛋白质组水平对胃癌基因表达谱进行分析．不仅有助于从分子水平全方位理解胃癌的发病机制及生物学特性．同时也有助于进一步发现新的胃癌相关标志物和基因治疗的靶点。     

Metastases-related genes in the classification of liver and peritoneal metastasis in human gastric cancer

INTRODUCTION: With the aim of identifying metastases-related genes in gastric cancer, we performed a broad analysis of differential gene expression between low-metastatic parental cell lines and established highly metastatic sublines. MATERIALS AND METHODS: We established novel cell lines, AZ-H5c, NUGC-3H5, and TMK-1H7, with a high potential of liver metastasis, and AZ-P7a, NUGC-3P4T, and TMK-1P4a, with a high potential of peritoneal metastasis. These cell lines were derived from low-metastatic parental AZ-521, NUGC-3, and TMK-1 cell lines, respectively. Furthermore, to investigate different levels of gene expression implicated in metastatic potentials in gastric cancer, we investigated approximately 2000 expressed genes in each cell line using a DNA microarray. RESULTS: Varieties of genes were up-regulated or down-regulated in highly metastatic liver and peritoneal cell lines. Fifty-eight genes, including the transferrin receptor, ras-related rho, and osteopontin, and 22 genes, including apolipoprotein E and inhibin A-submit, were up-regulated and down-regulated in two or three liver metastatic sublines. On the other hand, 19 genes, the transferrin receptor, c-fos, and RANTES, and 26 genes, including MAC25, PISSLRE, and RNA polymerase, were up-regulated and down-regulated in two or three peritoneal metastatic sublines. CONCLUSION: How gene expression is implicated in gastric cancer metastasis has never been thoroughly explained, and further studies are necessary to understand the involvement of genes in cancer metastasis more thoroughly. We hope that our highly metastatic liver and peritoneal experimental models are helpful for further study and gene therapy of human gastric cancer.     

miR-126在胃癌中的表达及其靶基因Crk的鉴定

目的:分析miR-126在胃癌中的表达水平并鉴定miR-126的靶基因,以阐明miR-126在胃癌发生机制中的功能。方法:采用qRT-PCR分别检测miR-126在胃癌细胞株、正常胃黏膜组织、永生化胃黏膜上皮细胞、胃癌及配对癌旁组织的表达水平,并与胃癌组织的临床病理指标进行相关性分析。采用生物信息学方法预测出miR-126的靶基因,并通过荧光素酶报告系统加以验证;采用qRT-PCR及Western印迹法检测miR-126对靶基因mRNA及蛋白质表达水平的影响。结果:qRT-PCR检测结果显示,miR-126在胃癌细胞株中的表达水平明显低于其在正常胃黏膜组织及永生化胃黏膜上皮细胞株的表达水平。miR-126在60例病人的胃癌组织中表达的水平显著低于其在配对癌旁组织中表达的水平;且胃癌组织miR-126表达水平低者,肿瘤组织体积较大,胃壁浸润较深,易发生淋巴结转移,病理分期也较晚。生物信息学分析提示Crk mRNA的3′UTR含有miR-126直接作用的靶序列,荧光素酶报告系统检测进一步验证了该靶序列,qRT-PCR及Western印迹法证实miR-126对Crk蛋白表达的调控发生在转录后水平。结论:miR-126有望成为研究胃癌的新型标志物;miR-126通过对其靶基因Crk的调控参与了胃癌的发生、发展过程。     

胃癌顺铂耐药细胞株的建立和基因表达谱分析

目的 建立人胃癌顺铂耐药细胞株,探讨其基因表达谱与顺铂耐药的相关性.方法 采用浓度梯度递增法诱导胃癌SGC7901细胞株,建立对顺铂耐药的SGC7901/DDP细胞株.应用Affymetrix基因芯片HG-U133 Plus 2.0筛选SGC7901和SGC7901/DDP的耐药相关的差异基因.结果 建立可耐受1.0 mg/L顺铂浓度的耐药株SGC7901/DDP,耐药指数22.85.应用电镜观察其形态学变化,细胞计数法绘制生长曲线,噻唑蓝(MTT)检测检测药物敏感性,流式细胞术分析细胞周期.利用基因芯片筛选得到在耐药细胞株和敏感株中表达差异大于10倍的基因共107条,其中JNK1和JNK2为与耐药相关的明显上调基因.Western blot证实JNK的磷酸化活性形式P-JNK在耐药株中表达明显升高.SP600125抑制P-JNK表达后耐药蛋白P-gp表达明显减低.结论 高通量的基因芯片筛选得到大量有意义的与顺铂耐药相关的差异基因,P-JNK可成为逆转耐药的新的靶点.     

通过生物信息学分析发现胃癌的靶点基因和生物学特性

目的从公共数据库获取数据，筛选差异表达基因，旨在发现胃癌潜在的靶点基因并揭示其生物学特征。 方法基因表达谱（GSE29272、GSE54129、GSE13911、GSE79973、GSE19826）从GEO数据库获得；差异表达基因通过GEO2R筛选出，韦恩图绘制出5个基因表达谱的交集，从而得出共同差异表达基因；使用DAVID数据库进行共同差异表达基因的KEGG通路分析和GO富集分析；共同差异表达基因通过STRING数据库获取其蛋白质-蛋白质互作（PPI）网络图并用Cytoscape软件进行可视化，同时通过Cytoscape软件中的插件CytoHubba筛选胃癌靶点基因；靶点基因在GEPIA数据库和UALCAN数据库中进一步验证其表达及生存分析；CMap数据库预测其潜在的靶向小分子化合物。 结果韦恩图筛选出105个共同差异表达基因，其中包括57个下调基因和48个上调基因；经DAVID数据库中的KEGG通路分析和GO富集分析显示，这些上调基因主要与细胞外基质组织、细胞黏附、局灶性黏附、PI3K-Akt信号传导途径、细胞外基质-受体相互作用相关。通过Cytoscape软件筛选出8个靶点基因：BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1；在GEPIA数据库和UALCAN数据库验证后，确认了这8个关键基因与胃癌发生发展有关。生存分析显示，COL4A1（P=0.029，HR=1.4）和COL5A2（P=0.009 5，HR=1.5）的高表达与生存能力降低有关。CMap数据库分析显示吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能逆转胃癌的状态。 结论BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1可能被用作改善胃癌诊断和免疫疗法生物标志物的潜在靶标，吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能成为治疗胃癌的小分子化合物，这些分析结果为胃癌的病因研究提供了新的方向，也为深入探究其发病机制提供了理论基础。     

转移抑制基因Kiss-1和KAI-1在胃癌组织中表达的原位杂交研究

目的研究胃癌及其癌旁组织Kiss-1和KAI-1转移抑制基因信使核糖核酸（Kiss-1mRNA和KAI-1 mRNA）的表达水平及其临床意义。方法将49例胃癌组织和20例癌旁组织常规制作石蜡包埋切片．用Kiss-1 mRNA和KAI-1 mRNA染色方法作为原位杂交染色法。结果胃癌组织中Kiss-1 mRNA和KAI-1 mRNA表达阳性率明显低于癌旁组织（P〈0．01）；正常至轻度不典型增生癌旁组织两者Kiss-1 mRNA和KAI-1 mRNA表达阳性率及其评分明显高于中至重度不典型增生病例（P〈0．05，P〈0．01）。侵袭深度T1～T2、区域淋巴结无转移、第1站淋巴结转移及无远处转移的胃癌Kiss-1 mRNA和KAI-1 mRNA表达阳性率及其评分明显高于侵袭深度T3～T4、区域淋巴结有转移、第2站或第3站淋巴结转移及有远处转移的病例（P〈0．05，P〈0．01）；但两者的表达与胃癌其他临床病理特征无明显关系。胃癌组织中Kiss-1 mRNA表达评分与KAI-1 mRNA表达评分呈密切正相关（r=0．53，P〈0．01）。结论Kiss-1 mRNA和KAI-1 mRNA表达可能是反映胃癌侵袭和转移潜力及预后的重要生物学标记物，对胃良性病变者检测Kiss-1 mRNA和／或KAI-1 mRNA可能对早期发现及预防胃癌发生有重要临床意义。     

p53、bcl-2、c-erbB-2在胃癌及癌前病变中表达的意义

目的：研究p53、bcl-2、c-erbB-2基因在胃癌及癌前病变中的表达，探讨其与胃癌发生的关系。方法：采用免疫组化SABC法，检测p53、bcl-2、c-erbB-2基因蛋白在98例胃癌、39例肠上皮化生、40例不典型增生和20例正常胃粘膜中的表达。结果：①p53在胃癌中的阳性表达率为55．1％，早期胃癌和进展期胃癌分别为50．0％，55．4％；在肠上皮化生中的表达率为12．8％，与早期胃癌比较有统计学差异（P〈0．05），随不典型增生程度的加重p53的表达率逐渐升高，依次为5％，20％，60％，其中轻中度与重度不典型增生差异有统计学意义（P〈0．05），而在正常胃粘膜中未见p53表达②bcl-2在正常胃粘瞑中有弱阳性表达（10．0％），在不典型增生中为50．0％，在胃癌中为44．9％，不典型增生与胃癌中的表达均显著高于正常胃粘膜（P〈0．05）。③c-erbB-2在胃癌中的阳性表达率为55．1％，其中在早期胃癌中的表达率较低（16．7％），在重度不典型增生和进展期胃癌中的表达率较高，分别为60．0％和57．6％，二者与早期胃癌比较差异有统计学意义（P〈0．05）。④c-erbB-2表达与肿瘤浸润深度、淋巴结转移有关（P〈0．05），与胃癌分化程度无关（P〉0．05）；bcl-2表达与胃癌的分化程度有关（P〈0．05），低分化者bcl-2表达率高，与淋巴结转移，浸润深度无关（P〉0．05）；p53表达与上述临床病理因素均无关（P〉0．05）。结论：p53，bcl-2，c-erbB-2参与了胃粘膜的癌变过程。     

Pokemon、Ki-67及Livin蛋白在胃癌中的表达及意义

目的：检测胃癌组织中Pokemon、Ki-67及Livin的表达,探讨其在胃癌的表达及意义。方法：应用Western-Blot方法检测80例胃癌标本及正常胃组织中Pokemon、Ki-67及Livin的表达。结果：胃癌组织中Pokemon、Ki-67及Livin的表达分别为67.5%（54/80）、42.5%（34/80）和52.5%（42/80）。正常胃组织中Pokemon、Ki-67及Livin的表达为12.5%（10/80）、7.5%（6/80）、11.3%（9/80）。胃癌组织中Pokemon、Ki-67、Livin的表达与临床TNM分期、淋巴结转移有关,与年龄、性别、部位、Borrman分型无关。Pokemon与Ki-67、Livin的表达呈正相关（P〈0.05）。结论：Pokemon、Ki-67、Livin共同参与了胃癌的发生、发展和转移,可能成为胃癌临床诊断指标。