基于TCGA数据库胆管癌自噬-临床预后模型的构建和评估

目的 探讨自噬相关基因（autophagy-related genes,ATGs）在临床预后方面的价值,并构建自噬基因的预后风险模型,评估胆管癌（cholangiocarcinoma,CCA）患者的生存及预后状况。方法 在癌症基因组图谱数据库（TCGA）中下载CCA的转录组数据和临床数据,从人类自噬数据库（HADb）中提取自噬相关基因,筛选出CCA样本中差异表达的自噬相关基因（DEATGs）;GO富集分析与KEGG通路分析进一步阐明DEATGs在CCA中的作用;通过Cox回归分析构建自噬预后风险评分模型,并运用生存分析、风险曲线、ROC曲线及独立预后分析验证预后模型的准确性。结果 CCA组织样本和非肿瘤组织样本一共筛选出49 个DEATGs（上调的基因48 个,下调的基因1 个）;通过单因素Cox回归分析及多因素Cox回归分析筛选出5个最有预后价值的基因（RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1）,并基于这5个基因构建自噬预后风险评分模型,模型公式为：风险值=NRG1表达量×1.1207+BNIP3表达量×1.4002+ATG101表达量×1.3457-PPP1R15A表达量×1.1613-RHEB表达量×1.3279。生存分析表明低风险组的生存率要显著高于高风险组,风险曲线表明患者风险值与生存时间及生存状态显著相关,ROC曲线提示自噬预后模型具有良好的准确性,是一个独立的预后因素（HR 1.427,95%CI 1.161～1.756,P＜0.001）。结论 5个自噬基因（RHEB、PPP1R15A、ATG101、BNIP3、NRG1）构建的自噬相关预后风险模型,可以有效预测CCA患者的预后情况。     

转录组分析鉴定腰椎椎间盘退行性变中潜在免疫相关生物标志物

目的 通过转录组分析鉴定腰椎椎间盘退行性变（IDD）中潜在的免疫相关生物标志物，寻找IDD免疫相关的关键靶点。方法 从基因表达汇编数据库（GEO）的GSE67567数据集中获得基因表达谱，并筛选差异表达mRNA、长链非编码RNA（lncRNA）和微RNA（miRNA）。使用加权基因共表达网络分析（WGCNA）和基因集富集分析（GSEA）筛选免疫相关模块，并使用Cytoscape构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA（ceRNA）网络，通过免疫浸润分析确定相关的免疫细胞，使用Pearson相关分析筛选免疫相关的关键靶点。通过GSEA筛选关键的生物过程和途径。使用GEO的GSE124272数据集验证关键靶基因的表达。结果 WGCNA结果表明，蓝绿色模块与免疫力有关。免疫浸润分析显示，CD4幼稚T细胞可能是关键的免疫细胞。Pearson相关分析表明，4个mRNA（UHMK1、ZFP36L2、ZCCHC3、ZBTB20）和1个lncRNA（LINC00641）可能是IDD免疫相关的关键靶点，建立了一个免疫调节相关的ceRNA网络。GSEA结果显示，LINC00641可能通过TGF-β信号通路调节IDD。验证结果表明，这些关键基因在GSE124272数据集中存在差异表达。结论 mRNA（UHMK1、ZFP36L2、ZCCHC3、ZBTB20）和lncRNA（LINC00641）是IDD免疫相关的关键靶点。     

通过生物信息学分析发现胃癌的靶点基因和生物学特性

目的从公共数据库获取数据，筛选差异表达基因，旨在发现胃癌潜在的靶点基因并揭示其生物学特征。 方法基因表达谱（GSE29272、GSE54129、GSE13911、GSE79973、GSE19826）从GEO数据库获得；差异表达基因通过GEO2R筛选出，韦恩图绘制出5个基因表达谱的交集，从而得出共同差异表达基因；使用DAVID数据库进行共同差异表达基因的KEGG通路分析和GO富集分析；共同差异表达基因通过STRING数据库获取其蛋白质-蛋白质互作（PPI）网络图并用Cytoscape软件进行可视化，同时通过Cytoscape软件中的插件CytoHubba筛选胃癌靶点基因；靶点基因在GEPIA数据库和UALCAN数据库中进一步验证其表达及生存分析；CMap数据库预测其潜在的靶向小分子化合物。 结果韦恩图筛选出105个共同差异表达基因，其中包括57个下调基因和48个上调基因；经DAVID数据库中的KEGG通路分析和GO富集分析显示，这些上调基因主要与细胞外基质组织、细胞黏附、局灶性黏附、PI3K-Akt信号传导途径、细胞外基质-受体相互作用相关。通过Cytoscape软件筛选出8个靶点基因：BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1；在GEPIA数据库和UALCAN数据库验证后，确认了这8个关键基因与胃癌发生发展有关。生存分析显示，COL4A1（P=0.029，HR=1.4）和COL5A2（P=0.009 5，HR=1.5）的高表达与生存能力降低有关。CMap数据库分析显示吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能逆转胃癌的状态。 结论BGN、SPARC、COL5A2、COL5A1、COL1A2、COL4A1、COL6A3和COL11A1可能被用作改善胃癌诊断和免疫疗法生物标志物的潜在靶标，吡咯酰胺和芳香维甲酸最有可能成为治疗胃癌的小分子化合物，这些分析结果为胃癌的病因研究提供了新的方向，也为深入探究其发病机制提供了理论基础。     

肝细胞癌自噬相关长链非编码RNA预后模型的建立与分析

背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差。自噬的失调可以促进HCC的发生与进展,本研究旨在分析自噬相关长链非编码RNA(lnc RNA)在HCC患者中的潜在预后作用,并构建自噬相关lnc RNA风险预测模型。方法:利用生物信息学方法分析TCGA数据库中374例HCC及50例正常对照样本的转录组数据及临床资料,从HADb网站获取自噬基因列表。采用Person相关性分析筛选与自噬基因相关的lnc RNA,采用R软件caret程序包将筛选后的342例HCC样本按70%与30%的比例随机分为训练集及验证集,在训练集中采用Kaplan-Meier法及单因素Cox回归分析筛选出具有预后意义的lnc RNA,随后采用多因素Cox回归分析筛选具有独立预后意义的自噬相关lnc RNA,建立构建预后模型。使用多因素Cox回归系数计算风险评分,将患者分为低风险组和高风险组,分析算风险评分与HCC患者临床特征及总体生存的关系,并使用验证集加以验证。结果:347个lnc RNA鉴定为自噬相关lnc RNA(|R~2|0.3,P0.001),其中26个lnc RNA对HCC患者具有预后价值(均P0.05)。多因素Cox回归分析得到基于12个自噬相关lnc RNA(CYTOR、DANCR、LINC01138、LUCAT1、MAPKAPK5-AS1、NRAV、NRSN2-AS1、LINC01871、LINC00864、LINC02362、TMEM220-AS1和PSMB8-AS1)的预测患者预后的风险模型。高风险组HCC患者总生存期明显低于低风险组HCC患者(P0.05)。12-自噬相关lnc RNA预后模型评分与肿瘤分级、肿瘤分期和T分期有关(均P0.05),与患者的年龄、性别无明显关系(均P0.05)。在训练集中该预后模型的1、3、5年生存的时间依赖性ROC曲线的曲线下面积(AUC)分别为0.801,0.819和0.787,在验证集中其1、3、5年生存的时间依赖性ROC曲线的AUC分别为0.694、0.733和0.746。结论:所筛选的自噬相关lnc RNA在HCC的肿瘤生物学中可能起关键作用,12-自噬相关lnc RNA的模型对HCC具有预后判断价值。     

肝脏缺血再灌注损伤的ceRNA网络构建和潜在治疗药物筛选

背景与目的 肝脏缺血-再灌注（I/R）损伤是肝移植和肝切除手术过程中常涉及的共同病理生理变化。竞争性内源性RNA（ceRNA）调控网络可参与多种疾病的发生发展。然而ceRNA网络在肝脏I/R损伤中的功能仅有少量报道。本研究旨在应用生物信息学方法构建与肝脏I/R损伤相关的ceRNA网络,同时基于差异表达基因筛选潜在治疗药物。方法 从GEO数据库获取肝脏I/R损伤的mRNA及miRNA表达芯片数据。使用R语言中的limma包进行基因差异表达分析,并使用ggplot2包进行散点图、火山图和热图绘制。使用String数据库及Cytoscape软件进行蛋白互作（PPI）网络构建。利用Metascape数据库对筛选出的差异mRNA进行GO/KEGG功能富集分析。通过转录调控网络数据库分析可能调控这些差异基因的转录因子。使用miRTarBase数据库构建miRNA-差异表达基因网络。通过starBase：ceRNA数据库构建ceRNA网络。使用比较毒物基因组学数据库（CTD）筛选对关键差异基因表达具有潜在作用的天然药物。结果 从GEO数据库获得2个肝脏I/R损伤mRNA数据集（GSE10654和GSE117066）和1个肝脏I/R损伤miRNA数据集（GSE72315）。通过limma包及Venn图分析mRNA表达数据集,筛选到16个在I/R组上调表达,在缺血后适应（IPO）组下调表达的基因;7个在I/R组下调表达,在IPO组上调表达的基因。GO/KEGG功能富集分析结果显示差异基因主要参细胞死亡的正调控及对细胞外刺激反应的生物学过程,并参与MAPK信号通路。转录调控网络数据库分析获得6个转录因子（Trp53、Cebpb、Crebbp、Fos、Nfkb1及SP1）可能参与这些差异基因的调控。通过miRTarBase数据库分析,并结合GSE72315数据集中miRNA在I/R损伤后的差异表达,获得两个可能在肝脏I/R损伤中发挥重要的作用miRNA-mRNA轴（mmu-miR-32-5p-Btg2与mmu-miR-9-5p-Mt2）。通过starBase：ceRNA数据库分析,最终获得9条ceRNA网络,分别是：XIST/MEG8/LINC00963/MALAT1-miR-32-5p-Btg2轴、XIST/NEAT1-miR-132-3p-Btg2轴及HSPA9P1/RALGAPA1P1/RPS26P39-miR-9-5p-Dusp6轴。CTD数据库筛选到7种植物药（槲皮素、白藜芦醇、染料木黄酮、香豆雌酚、姜黄素、辣椒素及东莨菪碱）可降低关键基因的表达发挥潜在治疗作用。结论 通过生物信息学方法筛选了肝脏I/R损伤过程中的关键ceRNA网络及治疗的潜在天然药物,为进一步研究肝脏I/R损伤的发病机制及治疗药物提供重要依据。     

成骨分化内源性竞争性lncRNA-miRNA-mRNA网络与核心基因的研究

目的 揭示成骨分化中内源性竞争性长链非编码核糖核酸lncRNA（long noncoding RNA,lncRNA）与下游潜在的微小核糖核酸(micro-ribonucleic acid,microRNA,miRNA),及信使核糖核酸（messenger RNA,mRNA）的表达关系,构建内源性竞争性lncRNA-miRNA-mRNA网络。方法 选取NCBI基因表达综合数据库基因芯片GSE89330、GSE72429、GSE74837,应用GEO2R获得差异基因(differentially expressed genes,DEGs)、差异lncRNA（differentially expressed lncRNA,DElncRNAs）和差异miRNA （differentially expressed miRNA,DEmiRNAs）。通过DAVID数据库(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)进行DEGs功能富集分析（GO analysis）和KEGG分析（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes analysis）。利用miRWalk在线工具、DIANA在线分析工具lncBASE 2.0预测DEGs的上游潜在靶点和DEmiRNAs的lncRNA潜在靶点,互相比对,利用Cytoscape构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络。应用STRING(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes)、Cytoscape和MCODE(Molecular Complex Detection)软件建立蛋白相互作用网络（PPI network）,计算DEGs 的各个连接度并分析和筛选网络集簇模块,并进行关键基因（hub gene）筛选。结果 共获得186个DEGs,包含81个下调基因和105个上调基因;89个DEmiRNA,包括25个下调miRNA和64个上调miRNA;441个DElncRNA,包括205个下调lncRNA和236个上调lncRNA。最终筛选出84个DEGS和7个DEmiRNA及11个DElncRNAs构建lncRNA-miRNA-mRNA互作网络。对186个DEGs GO分析发现其功能主要富集在炎症反应和血管生成中,其分子功能主要在生长因子活化中。通过PPI网络分析,筛选出两个网络集簇模块,并得到10个关键基因（IL6、CXCL12、CXCL8、CCL2、HGF、LEP、VCAM1、CXCL1、SAA1、FOS）。结论 通过lncRNA-miRNA-mRNA互作网络,预测了新的潜在内源性竞争性lncRNA与下游miRNA-mRNA存在联系。     

生物信息学与机器学习识别诊断绝经后骨质疏松症患者的生物标志物

目的 利用生物信息学及机器学习方法研究潜在的诊断绝经后骨质疏松症（postmenopausal osteoporosis, PMOP）的生物标志物，为诊断和治疗绝经后骨质疏松症提供新的思路。方法 使用GEO数据库下载绝经后骨质疏松症相关的芯片数据集GSE56815和数据集GSE7429，借助R软件Limma包进行数据的差异表达分析，通过R软件ClusterProfiler包对差异基因进行GO功能分析，借助STRING数据库构建调控网络中靶基因的蛋白互作网络，用SVM-RFE分析和LASSO回归模型筛选可能的标志物，利用CIBERSORT软件测定PMOP 22种免疫细胞组成，作关键基因与免疫细胞的相关性分析。结果 ①数据差异表达分析共获得差异表达基因30个（9个上调，21个下调）；②基于蛋白互作网络、LASSO分析、SVM-REF分析得到潜在基因S100A12；③ROC分析得到S100A12的表达具有诊断意义；④S100A12与PMOP中免疫细胞的相关性分析显示显示S100A12与免疫细胞T cells CD8、T cells CD4 memory resting、T cells CD4 memory activated、Plasma cells、Monocytes、Mast cells resting、Macrophages M0、Macrophages M1 、Macrophages M2、Eosinophils、Dendritic cells resting等相关。结论 S100A12在PMOP中的差异表达具有诊断意义，且可能通过调节多个免疫细胞参与了PMOP的进展，其可能成为潜在的诊断绝经后骨质疏松症的生物学标志物及治疗靶点。     

结直肠癌奥沙利铂耐药关键基因的生物信息学分析及意义

目的筛选与结直肠癌（CRC）中奥沙利铂（OXA）耐药性相关的基因和通路。 方法首先通过GEO数据库分析GSE76092的基因表达谱,筛选出CRC的OXA敏感和OXA耐药细胞系之间的差异表达基因（DEGs）。利用DAVID数据库进行基因本体论（Go）分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过STRING工具构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。经MCODE插件选择关键基因,并利用GEPIA工具进行生存分析。最后使用miRWalk数据库预测相关的miRNA。 结果通过数据分析总共获得474个DEGs,并筛选了相关的信号通路和PPI网络。筛选出15个中心基因,其中7个显著参与NF-κB和趋化因子信号等通路。对7个关键基因的生存分析表明,CXCL8、IL-1β和PTGS2表达水平与CRC患者的总体生存相关。预测hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-7851-3p和hsa-miR-96-3p是OXA耐药相关核心miRNA。 结论基于生物信息学筛选出来的OXA耐药关键基因和信号通路,为CRC中OXA耐药的潜在机制提供更深入的了解。     

基于生物信息学的糖尿病肾脏疾病上皮间充质转化的差异基因表达及中药预测研究

目的 本研究基于生物信息学分析糖尿病肾脏疾病（diabetic kidney disease,DKD）患者与健康人群之间的基因芯片数据,筛选DKD上皮间充质转化的差异表达基因,从而探讨其相关发病机制,进而预测治疗DKD的潜在中药。方法 从基因表达数据库下载GSE23338芯片数据,采用R语言筛选相关差异表达基因,并对差异基因进行基因本体论、京都基因与基因组百科全书数据库分析,通过STRING网站构建蛋白互作网络,运用Cytoscape软件及其插件分析得到差异基因的核心基因,将核心基因与医学本体信息检索平台相互映射,筛选治疗DKD的相关中药。结果 筛选出差异基因187个,其中上调基因94个,下调基因93个。其通路富集结果主要包括肿瘤坏死因子信号通路、TGF-β信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。筛选得到关键核心基因主要包括FN1、TGFB1、COL1A1、SERPINE1、SNAI2、THBS1、MMP1、CDH2、JAG1、VCAM1。筛选获得相关治疗中药主要包括黄芪、车前草、积雪草、黄连、黄芩、三七等。结论 本研究对差异表达基因和关键核心基因的分析促进了对DKD发病...     

基于基因表达汇编数据库的外周血中脊柱椎间盘退行性变诊断标志物的生物信息学分析

目的 通过生物信息学分析椎间盘退行性变（IDD）相关的差异表达基因（DEG）,寻找疾病的新型诊断标志物。方法 通过基因表达汇编（GEO）数据库GSE124272、GSE150408数据集下载IDD相关的外周血样本芯片数据,筛选出IDD组和正常组之间的DEG。使用DAVID在线数据库对DEG进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集,然后利用STRING在线数据库和Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并获取关键基因,并利用GSE23130数据集中的纤维环样本芯片数据进行验证。利用GSE124272、GSE150408数据集中的数据,采用受试者工作特征（ROC）曲线评估外周血中关键基因的诊断效能。结果 联合分析后筛选出597个DEG,包含363个上调基因和234个下调基因。GO功能富集分析发现DEG主要参与细胞黏附、细胞凋亡、趋化作用和细胞迁移等功能,KEGG分析发现DEG主要参与细胞外基质受体相互作用和癌症中的信号通路。PPI网络分析筛选出17个关键基因,经验证获得RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C这4个基因,ROC曲线分析显示这4个基因对IDD诊断效能显著,曲线下面积分别为0.763、0.741、0.710、0.702。结论 RBMX、EEF1A1、SSR1和POLR2C或可成为IDD的新型诊断标志物,为该病进一步的功能研究提供理论依据。     

人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡增强纤维化肝脏再生能力

目的 探讨人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡（h UC-MSC-EV）在纤维化肝脏再生中的作用。方法将C57BL/6小鼠随机分为正常肝脏70%肝切除组（Oil+PHx组）、肝纤维化70%肝切除组（CCl4+PHx组）、肝纤维化70%肝切除+间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EV）治疗组（CCl4+PHx+MSC-EV组）,每组8只。将LX-2细胞分为磷酸盐缓冲液（PBS）组、转化生长因子（TGF）-β组、TGF-β+MSC-EV组。检测各组小鼠肝部分切除术后丙氨酸转氨酶（ALT）、天冬氨酸转氨酶（AST）、乳酸脱氢酶（LDH）水平,分析各组小鼠肝组织纤维化及增殖相关指标的表达情况。检测各组LX-2细胞表皮细胞生长因子（EGF）、成纤维母细胞生长因子（FGF）、血管内皮生长因子（VEGF）、肝细胞生长因子（HGF）信使RNA(m RNA)的表达水平。观察对小鼠肝脏HGF表达的影响。结果 与Oil+PHx组比较,CCl4+PHx组小鼠血清AST、ALT、LDH水平升高,纤维化程度较高,天狼星红及α-平滑肌肌动蛋白（α-SMA）染色阳性区域面积增大,α-SMA蛋白表达水平升高;与CCl4...     

基于TCGA数据初步探查肝内胆管癌预后相关基因

目的 分析tCGA数据库中肝内胆管癌（ICC）高通量测序数据，寻找其预后相关基因，构建风险模型，并研究其在ICC组织中表达及作用通路。方法 下载tCGA数据库中33例ICC组织和8例癌旁组织中的RNA-seq表达矩阵数据和患者临床资料信息，利用edgeR软件包进行基因差异表达分析，通过单因素Cox回归分析筛选出预后相关差异基因，对差异基因绘制生存曲线，筛选出具有临床意义的基因，经多因素Cox回归分析并构建风险模型，通过京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解预后相关基因的作用通路。结果 通过edgeR分析后得到6 617个差异基因（筛选标准为|log2 Fold Change|＞1，P＜0.05），其中高表达组4 094个，低表达组2 523个。通过功能富集发现，这些基因主要集中在化学物致癌作用、药物代谢-细胞色素P450系统、细胞色素P450对异生物质的代谢影响以及视黄醇代谢通路。经单因素Cox回归、R软件“survival”包生存曲线分析显示，UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT五个基因对ICC患者预后存在显著性影响。通过多因素Cox回归分析，CST1、PEMT、PROS1构建的风险模型对ICC患者预后具有判断作用。结论 UCN2、CST1、PROS1、SLC35E4、PEMT基因可能成为ICC预后判断指标，为后续临床试验提供数据支持。     

骨性关节炎软骨下骨改变中的潜在生物标志物

目的:通过生物信息学分析骨性关节炎(OA)软骨下骨改变过程中的潜在生物标志物及相关通路。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE51588数据集,鉴定差异表达基因(DEGs)并进行富集分析。构建蛋白互作网络(PPI),模块分析并筛选Hub基因。预测Hub基因的靶向MicroRNAs(miRNAs),鉴定关键miRNA...     

骨关节炎软骨细胞衰老潜在生物标志物的筛选

[目的]采用生物信息分析学方法,筛选骨关节炎（osteoarthritis, OA）软骨细胞衰老潜在生物标志物,为揭示OA的发生机制及探索新的治疗方法提供理论依据。[方法]从基因表达综合数据库（gene expression omnibus, GEO）获取OA软骨组织数据集,使用RStudio软件筛选出差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）,并进行富集分析,再将DEGs与SenMayo衰老基因集取交集获得Hub基因,并进行验证,最后用miRNet在线平台及Cytoscape软件构建竞争性内源性RNA(competing endogenous RNA, ceRNA)网络。[结果]数据集GSE169077和GSE114007经差异分析并取交集后共得到DEGs 272个;对DEGs行基因本体论（Gene Ontology, GO）分析,发现其主要富集在细胞外基质组织、细胞外结构组织等条目中;行京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG）分析,发现其主要富集在PI3K-A...     

PKD1基因对主动脉平滑肌细胞自噬的影响

目的阐明多囊肾病基因1(PKD1)对小鼠主动脉平滑肌细胞自噬的影响。方法构建PKD1基因的shRNA慢病毒干扰及PKD1基因促进剂ETS-1慢病毒过表达载体,转染小鼠主动脉平滑肌细胞,采用实时荧光定量核酸扩增(qPCR)检验干扰及过表达效率。同时通过qPCR及Western blotting检测对照组、shPKD1组及ETS-1组小鼠主动脉平滑肌细胞自噬标志分子Atg5、Beclin1和LC3的表达水平。结果与正常对照组相比,shPKD1组PKD1 mRNA表达量下降(P<0.05),而ETS-1组ETS-1 mRNA及PKD1 mRNA表达量明显升高(P<0.05)。与对照组相比,shPKD1组自噬标志物Atg5和Beclin1 mRNA表达水平明显降低(P<0.05),ETS-1组Atg5和Beclin1 mRNA表达水平明显升高(P<0.001)。与对照组相比,shPKD1组Atg5、Beclin1和LC3蛋白表达水平明显降低(P<0.05),ETS-1组Atg5、Beclin1和LC3蛋白表达水平明显升高(P<0.05)。结论PKD1基因的表达能够影响小鼠主动脉平滑肌细胞自噬,即PKD1基因表达下调可抑制主动脉平滑肌细胞自噬,而PKD1基因过表达能够促进小鼠主动脉平滑肌细胞自噬。     

SPARC基因缺失对小鼠脾脏边缘区B细胞抗凋亡机制影响的初步探讨

目的 ：探讨富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白（SPARC）的基因缺失对小鼠脾脏边缘区B细胞抗凋亡机制的影响。方法：10只对SPARC缺失纯合的小鼠指定为缺失组，从对SPARC缺失杂合的小鼠杂交获得。10只野生型（WT）小鼠设置为WT组。小鼠常规饲养到4个月，行小鼠称重和脾脏称重以计算脾脏指数。每组收集5只小鼠脾脏，通过苏木精-伊红染色计算脾脏中白浆的面积百分比。每组5只小鼠脾脏，通过流式细胞术筛选脾边缘区B细胞。结果：缺失组的脾脏质量、脾脏指数、白浆面积百分比和边缘区B细胞百分比均显著高于WT组（P<0.05）。缺失组的体质量低于WT组（P<0.05）。两组在不同时间和相互作用，边缘区B细胞凋亡、Caspase8 m RNA和相对蛋白表达差异均有统计学意义（P<0.05）。缺失组的边缘区B细胞凋亡率、Caspase8 m RNA和蛋白质表达水平均低于WT组（P<0.05）。结论：SPARC基因缺失可引起脾肿大和边缘区B细胞增生，降低脾脏边缘区B细胞凋亡率，可能与SPARC基因缺失导致Caspase8 m RNA和蛋白的异常低表达水平有关。     

基于TCGA数据库的肾上腺皮质腺癌关键基因挖掘

目的基于TCGA数据库挖掘出肾上腺皮质腺癌(ACC)发病相关的关键基因, 为以后ACC相关的基础以及临床研究提供重要参考依据。方法从TCGA数据库获取150例ACC样本和3例癌旁正常组织样本, 利用R语言软件进行差异表达分析, 利用DAVID在线工具进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析, 最后应用STRING在线检索工具及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并筛选出前10位的hub基因。结果从TCGA数据库共挖掘出1 744个差异表达基因, 包括1 199个表达上调基因和545个表达下调基因, 对其进行GO和KEGG PATHWAY功能富集分析以及功能注释, 获取关键通路信息:差异表达基因(DEGs)主要富集于细胞黏附、膜的组成成分、网格蛋白结合及神经活性配体-受体相互作用, 最后构建PPI网络并筛选得到GNG2、GNG3、GNG4、GNG8、GNB3、BDKRB1、MCHR1、SAA1、ADCY2、LPAR3这10个关键基因。结论本研究发现10个与ACC发生发展相关的关键基因, 这10个关键基因与多种肿瘤的增殖与转移密切相关, 有望成为ACC早期诊...     

小鼠睾丸特异性新基因TSAF76的克隆及其在睾丸组织中的表达

目的筛选与精子发生和（或）睾丸发育相关的基因。方法将不同发育阶段的小鼠睾丸组织cDNA与小鼠睾丸DNA芯片进行杂交，通过杂交信号比较，筛选出差异表达基因。利用网络信息资源对该基因进行生物学信息分析。RT-PCR方法分析该基因在小鼠不同组织及不同发育阶段睾丸组织中的表达。结果通过4日龄和18日龄小鼠睾丸芯片信号比较筛选出一个差异表达的基因，命名为TSAF76基因（GenBank登录号：AF503943），测序提示该基因全长1052bp，包含1个474bp的开放阅读框，编码157个氨基酸。对TSAF76蛋白质序列分析表明该蛋白质理论相对分子量为18．77kDa，等电点PI为9．782。TSAF76蛋白与表达于人类睾丸和成熟精子中的AAT1蛋白类似。RT-PCR分析表明TSAF76基因在处于精子发生中的睾丸组织特异性表达。结论TSAF76基因可能在小鼠精子发生过程中起作用。     

基于蛋白质组学对脊柱结核患者外周血浆差异蛋白筛选及功能分析

【摘要】 目的：利用蛋白质组学技术筛选脊柱结核（spinal tuberculosis,STB）患者外周血浆中表达差异的蛋白质,探讨STB致病机制及代谢途径。方法：收集30例STB患者和30例健康志愿者的外周血,取其中3例STB患者（观察组）和3例健康志愿者（对照组）的外周血浆通过蛋白质组学同位素标记相对及绝对定量技术和液相色谱-质谱分析技术鉴定差异蛋白,筛选出表达差异显著（差异倍数>1.2,P<0.05）的蛋白质,并进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析;然后将30例STB患者和30例健康志愿者的血浆进行实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-PCR）和酶联免疫吸附测定法（enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA）验证其差异基因及蛋白。结果：STB患者外周血浆中共筛选出16个与对照组存在显著性差异的蛋白;其中11个蛋白[脂多糖蛋白（lipopolysaccharide-binding protein,LBP）、S100-A8蛋白（protein S100-A8）、S100-A9蛋白（protein S100-A9）、淀粉样蛋白A-2（serum amyloid A-2 protein,SAA2）、富含亮氨酸α-2糖蛋白（leucine-rich alpha-2-glycoprotein,LRG2）、蛋白聚糖4（proteoglycan 4,PRG4）、补体因子Ⅰ（complement factor I,CFI）、α-1-抗胰蛋白酶（alpha-1-antitrypsin,SERPINA1）、组织蛋白酶D（cathepsin D,CTSD）、血浆铜蓝蛋白（ceruloplasmin,CP）和λ免疫球蛋白（lambda-immunoglobulin 4-60,IGLV4-60）]表达上调,5个蛋白[黏着斑蛋白（vinculin,VCL）、3-64D免疫球蛋白（immunoglobulin heavy variable 3-64D,IGHV3-64D）、2D-29免疫球蛋白（immunoglobulin kappa variable 2D-29,IGKV2D-29）、非功能性免疫球蛋白（non-functional immunoglobulin 6D-41,IGKV6D-41）和1-45免疫球蛋白（immunoglobulin heavy variable 1-45,IGHV1-45）]表达下调。LBP、S100-A8蛋白和S100-A9蛋白在STB患者外周血浆的基因和蛋白表达与对照组比较均显著性升高（P＜0.05）,主要参与白介素-17信号通路和自噬信号通路,且在以上信号通路中与炎症、自噬、趋化因子等生物学功能相关。SAA2、LRG2、PRG4、CFI、SERPINA1、CTSD、CP和VCL的基因和蛋白表达与对照组无统计学差异;IGLV4-60、IGHV3-64D、IGKV2D-29、IGKV6D-41和IGHV1-45的基因表达与对照无显著性差异（P＞0.05）,蛋白表达未验证。结论：蛋白质组学可用于STB患者外周血差异蛋白的筛选及STB发病机制的研究,LBP、S100-A8和S100-A9蛋白可能是STB发病相关的重要表达蛋白,主要参与IL-17信号通路和自噬相关信号通路且集中于炎症、自噬、趋化因子等生物学功能。     

利用IGF-1基因敲除鼠乳腺癌模型研究IGF-1对血管生成的影响

目的探讨在低血清胰岛素样生长因子-1（IGF-1）水平与正常IGF-1水平的小鼠乳腺癌模型中应用血管生长抑制剂——人参皂甙（GS）Rg3后，IGF-1对血管生成的影响。方法应用7，12-二甲基苯蒽（DMBA）诱导肝脏特异性IGF-1基因敲除鼠（IAD鼠）及对照鼠建立原发乳腺癌模型，应用GSRg3进行干预治疗，利用免疫组化法检测乳腺癌组织中血管内皮生长因子（VEGF）和Ⅷ因子相关抗原（F8-RAg）表达水平，同时利用基因芯片技术检测小鼠乳腺癌及正常乳腺组织中相关基因的表达情况。结果LID鼠乳腺癌的发生率低于对照鼠（P〈0．05）；LID鼠乳腺癌组织中VEGF表达水平与微血管密度均低于对照组（P〈0．05）。LID鼠乳腺癌组织中IGF-1、成纤维细胞生长因子（FGF）1、肝细胞生长因子（HGF）和转化生长因子（TGF）-β1基因较对照组上调，成纤维细胞生长因子受体（FGFR）-2、血小板源性生长因子（PDGF）-A和PDGF-B基因较对照组下调；应用GSRg3后，LID鼠乳腺癌组织中VEGFa、表皮生长因子（EGF）、表皮生长因子受体（EGFR）、PDGF—A和FGFR-2基因较对照组上调，而IGF1和TGF-β1基因较对照组下调。结论IGF1促进小鼠乳腺癌的发生、发展，且与血管生长密切相关。血管生长抑制剂可能通过IGF-1及TGF-β1发挥抗肿瘤作用。