通督活血汤治疗腰椎管狭窄症的网络药理学和分子对接机制研究

目的 运用网络药理学和分子对接探讨通督活血汤治疗腰椎管狭窄症（LSS）的作用机制。方法通过TCMSP、ETCM数据库及文献筛选出通督活血汤活性成分；利用Swiss Target Prediction和Genecards数据库预测活性成分作用靶点及LSS疾病靶点。通过STRING数据库构建潜在作用靶点的蛋白相互作用（PPI）网络并通过Cytoscape 3.8.0软件筛选潜在靶点。通过DAVID工具进行潜在靶点的GO和KEGG富集分析。利用Discovery Studio 2016软件进行分子对接验证。结果 通督活血汤核心活性成分为熊竹素、（3R）-去-O-甲基毛狄泼老素、12-甲基十四烷酸和苏木查尔酮；治疗LSS的核心靶点为肿瘤坏死因子（TNF）、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、白细胞介素（IL）-6、IL-1β 和AKT1。关键作用通路为TNF信号通路、FoxO信号通路、甲状腺激素信号通路等。核心活性成分与核心作用靶点具有稳定的结合性能。结论 本研究初步揭示了通督活血汤的核心活性成分及其多成分、多靶点、多通路治疗LSS的作用机制，为通督活血汤的临床开发提供了依据。     

基于网络药理学及分子对接方法研究复方三黄酊抗菌机制

目的 采用网络药理学及分子对接的研究方法对复方三黄酊抗菌活性的作用机制进行研究。方法 运用大数据背景下的TCMSP数据库对复方三黄酊的化学成分和靶点进行预测。应用GeneCards数据库对相关的靶点基因进行一定程度的挑选,应用Cytoscape3.7.1软件形成一个由复方三黄酊药物、成分、靶点组成的完整的网络体系,同时应用String数据平台对存在的蛋白质进行相互作用的网络构建,应用Omicshare数据库分析GO和KEGG的作用通路。应用MOE分子对接软件将核心靶点与化合物进行分子对接,应用Discovery Studio分子建模软件将结果可视化。结果 复方三黄酊发挥抗菌作用的主要潜在成分包括槲皮素、丁香油酚、β-谷甾醇、药根碱、汉黄芩素等,其作用的核心靶点为AKT1、IL6、TP53、VEGFA、TNF等35个。复方三黄酊通过关键靶点激活MAPK信号通路、磷脂酰肌醇3激酶—蛋白激酶B信号通路、IL-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。核心靶点(AKT1、IL6、TP53、VEGFA、TNF)与化合物(槲皮素、丁香油酚、β-谷甾醇、药根碱)具有较好的亲和性。结论 复方三黄酊通过干预...     

基于网络药理学的左归丸治疗骨质疏松作用机制探讨

目的:采用网络药理学方法探究左归丸对治疗骨质疏松的有效活性成分、作用靶点和潜在分子机制.方法:利用TC-MSP数据库预测左归丸活性成分,筛选潜在的活性成分及作用靶点,在GeneCards数据库检索出骨质疏松相关的疾病靶点基因,通过Drugbank和Uniprot数据库筛选后,得到左归丸—骨质疏松疾病交集基因.采用Cytoscape3.8.2软件构建药物成分—疾病网络图,利用交集基因构建蛋白质互作网络,并获得左归丸治疗骨质疏松的核心网络和核心靶点基因,利用MCODE和Metascape数据库分析核心靶点基因,通过Metascape数据库对相关靶点进行GO生物富集分析和KEGG通路分析.最后,利用体外细胞实验进一步验证.结果:预测得到左归丸245个有效靶点和骨质疏松相关的疾病靶点4576个,两者共同靶点有171个.有效成分中度值较高的是槲皮素、山奈酚、异鼠李素、β-谷甾醇、24-亚甲基苯酚,PPI网络中核心基因是APP、NTRK1、EGFR、CUL3、HSP90AA1.GO富集分析涉及DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶Ⅱ特异性DNA结合转录因子结合、核受体活性;KEGG通路富集分析结果显示,共同靶点可通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路等多条信号通路发挥作用.体外细胞实验表明左归丸可能抑制破骨细胞的形成.结论:左归丸可能通过抑制破骨细胞生成相关作用机制发挥预防和治疗骨质疏松症,为后续基础实验研究提供新的思考路线及方法.     

基于网络药理学和分子对接探讨三七-骨碎补治疗股骨头坏死的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探究“三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对“三七-骨碎补”药对的活性成分及成分靶点进行采集、筛选，通过CNKI、PubMed数据库对其进行补充，并利用UNIPORT数据库对靶点进行转换；通过GeneCards、TTD和OMIM数据库收集股骨头坏死的作用靶点，取得交集靶点后导入STRING数据库，生成PPI网络，并通过Cytoscape 3.9.0软件构建中药-活性成分-靶点网络；通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。结果 共得到“三七-骨碎补”药对的20个活性成分和229个潜在靶点，1386个股骨头坏死的靶点。GO富集分析主要包括炎症反应、凋亡过程、调节血管生成、与雌性激素响应等功能；KEGG富集分析主要包括脂质与动脉硬化、白细胞介素-17信号通路、类风湿性关节炎等信号通路。结论 “三七-骨碎补”药对治疗股骨头坏死具有成分多、靶点广、通路复杂的特点，可能通过IL6、TNF、TP53等靶点以及脂质代谢、白细胞介素-17等信号通路共同发挥治疗股骨头坏死的作用。     

基于网络药理学探讨贝母瓜蒌散干预哮喘气道黏液高分泌及气道重塑的作用机制

目的 基于网络药理学探讨贝母瓜蒌散治疗哮喘气道黏液高分泌及气道重塑的潜在作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和2020年版《中华人民共和国药典》中贝母瓜蒌散组方药物化学成分,筛选其活性成分和靶点,并使用UniProt数据库进行靶点名称校正。检索GeneCards、OMIM数据库获得哮喘、气道重塑和气道黏液高分泌靶点。将药物靶点和疾病靶点取交集,采用STRING 11.5数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用DAVID 6.8数据库对交集靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。结果 共获得贝母瓜蒌散的32个活性成分;得到贝母瓜蒌散治疗哮喘气道黏液高分泌及气道重塑的交集靶点45个,其中核心靶点有AKT1、TP53、JUN、TNF、IL6、RELA、EGFR、CASP3、MAPK1。GO功能富集分析获得条目422条,KEGG通路富集得到105条信号通路,涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、HTLV-Ⅰ感染、乙型肝炎、TNF信号通路、HIF-1信号通路等。结论 贝母瓜蒌散可能通过多成分、多靶点、多通路协同作用治疗哮喘气道黏液高分泌及气道重塑,为以后机制研究提...     

基于网络药理学探讨银翘散治疗上呼吸道感染的作用机制*

目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染（upper respiratory tract infection,URTI）的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论（GO）富集分析与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。     

基于网络药理学和分子对接探究五指毛桃治疗重症肌无力的作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术预测五指毛桃治疗重症肌无力(Myasthenia Gravis, MG)的活性成分和靶点,并探讨其潜在的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库平台(TCMSP)、SwissADME、OMIM、GeneCards等数据库获取五指毛桃作用靶点及MG的疾病靶点间的交集靶点,利用STRING数据库平台解析各靶点间的相互作用、构建PPI网络图。利用Cytoscape 3.9.0软件进行“活性成分-疾病靶点”网络分析,在此基础上采用David数据库进行GO与KEGG基因功能富集分析。筛选出五指毛桃关键活性成分和靶基因后,利用Autodock vina和PyMol软件将活性成分与重要靶点进行分子对接,验证结合活性。结果:从五指毛桃中筛选出具有作用靶点的8个有效活性成分,预测得到TNF、IL6、EGFR、IL1B等8个五指毛桃治疗重症肌无力的可能蛋白靶点,通过介导TNF、Toll样细胞受体、PI3K-Akt、MAPK等信号通路,产生抗炎、提高自身免疫能力的作用,从而达到对抗重症肌无力的发生及进展,且初步验证得到成分与靶点间活性皆较为良好。结论:通过网络药理学和分子对...     

网络药理学视角下泻心汤对胃溃疡的作用机制

目的：通过网络药理学方法，以“药物-成分-靶点-通路-疾病”网络使泻心汤治疗胃溃疡的作用机制得以具体化、精准化、可视化展示，为进一步探讨泻心汤治疗胃溃疡作用机理奠定基础。方法：在TCMSP数据库中检索泻心汤的有效成分和作用靶点，在Uniprot数据库中检索药物靶点所对应的人类基因；在GeneCards数据库中检索胃溃疡的疾病靶点；使用韦恩图获取有效成分与疾病的共有靶点；在String数据库中进行蛋白相互作用（PPI）数据分析，在Cytoscape 3.7.1中进行PPI可视化分析；使用Metascape数据库实现GO功能、KEGG通路富集分析，使用在线网络作图工具绘制高级气泡图。在Cytoscape 3.7.1中制作“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络图。结果：泻心汤有63个有效成分、228个作用靶点，与胃溃疡有109个交集靶点，获得1 803个GO条目、176条KEGG富集通路。结论：泻心汤通过槲皮素、汉黄芩素、黄芩素、刺槐素、芦荟大黄素等有效成分调控AKT1、TP53、IL6、TNF、VEGFA等核心靶点，以及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等主要通路，发挥抗炎、抑酸、抗幽门螺杆菌、保护胃粘膜、防癌抑癌等作用，对胃溃疡起到治疗目的。     

基于网络药理学研究葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的分子作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨葛根芩连汤治疗溃疡性结肠炎的具体分子机制.方法:通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库对葛根芩连汤主要成分及潜在作用靶点进行收集.从DisGeNET数据库中寻找与溃疡性结肠炎相关的疾病基因与潜在靶点进行映射,得出该方治疗溃疡性结肠炎的最终作用靶标.将最终靶标输入STRING数据库得出"蛋白-蛋白"相互作用关系,并用Cytoscape软件进行可视化.输入DAVID数据库进行GO、KEGG PATHWAY富集,得出其可能作用的分子机制并构建"成分-靶标-信号通路"网络图.结果:通过网络药理学预测后发现,葛根芩连汤中有127个有效成分可用于治疗溃疡性结肠炎,其中涉及155个靶基因及包括TNF、NF-kB、HIF-1等在内的22个信号通路.结论:从网络药理学角度初步揭示了其治疗溃疡性结肠炎的分子机制,为后续的研究提供了基础.     

运用网络药理学与分子对接法探讨阳和汤治疗股骨头坏死的核心作用机制

目的 运用网络药理学与分子对接法,探究阳和汤(Yanghe Tang,YHT)治疗股骨头坏死(osteonecrosis of the femoral head, ONFH)的分子作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP数据库)、Uniprot数据库、GeneCards数据库和DAVID数据库,探究阳和汤方中有效化合物治疗ONFH的核心化合物、核心靶点和信号通路,并将YHT核心化合物与ONFH的重要靶点HIF-1a和血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)进行分子对接。结果 通过TCMSP数据库搜索中药的化合物成分与对应靶点,依据口服吸收利用度(OB)≥30%,药物相似性(DL)≥0.18的筛选标准,去除重复值,最终检索到阳和汤方中主要活性化合物119个。靶点通过Uniprot基因校正后,得到226个靶点基因。通过GeneCards数据库共获得284个疾病靶点基因,将疾病靶点与化合物靶点交叉映射,进而获得阳和汤治疗ONFH的潜在作用靶点40个,并在STRING数据库中获得40个潜在作用靶点的PPI蛋白互作网络,通过Cytoscape 3.7.1软件对PPI网络进行拓扑分析,得到5个核心作用靶点:IL-6、TNF、TP53、VEGFA、CASP3。此外,与ONFH直接相关的重要靶点包括VEGFA、CASP3、HIF-1α、IL-6、TNF等。通过DAVID数据库,对潜在靶点进行GO功能注释和KEGG功能富集分析,最终获得与骨质代谢相关作用通路有PI3K-Akt 信号通路,与免疫与炎症反应相关的通路有TNF 信号通路,与血液供应作用相关的通路为HIF-1 信号通路、VEGF 信号通路、 血管生成的正调控等。分子对接显示槲皮素与HIF-1α的结合能最低,豆甾醇与VEGFA的结合能最低,这两种分子对接方式更易发生。结论 预测YHT可通过HIF-1 信号通路、TNF 信号通路、PI3K-Akt 信号通路等途径,调控股骨头坏死进程中的免疫炎症反应、骨代谢和血液循环,达到干预和治疗ONFH的作用。     

基于网络药理学探讨赤芍治疗肺动脉高压的活性成分及作用机制

目的 采用网络药理学研究赤芍治疗肺动脉高压的潜在作用靶点及信号通路。方法 检索TCMSP数据库得到赤芍的有效成分及作用靶点,肺动脉高压相关疾病靶点主要通过检索TTD、GeneCards和OMIM等数据库获得。通过绘制韦恩图获取赤芍和肺动脉高压的交集靶点,交集靶点蛋白相互作用网络（PPI）利用STRING数据库构建。利用DAVID数据库在线工具对赤芍和肺动脉高压的交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 获得赤芍有效活性成分共29个,包括鞣花酸、芍药苷、黄芩素和黄芩苷等,通过PPI图得到IL-6、AKT1、TNF、TP53、VEGFA等关键蛋白。富集分析显示,参与的通路主要集中在HIF-1信号通路、Toll-受体信号通路、NF-kB信号通路、和TNF信号通路等。结论 赤芍治疗肺动脉高压可能通过调节IL-6、AKT1、TNF、VEGFA和MMP9等关键蛋白,干预HIF-1信号通路、Toll-受体信号通路、NF-kB信号通路和TNF信号通路等来发挥作用,确切机制仍需要进一步的实验验证。     

基于网络药理学探讨七味白术散治疗脾虚泄泻的潜在机制

目的：通过网络药理学研究中药复方七味白术散治疗婴幼儿脾虚泄的潜在机制。方法：首先，通过传统中医药数据分析平台（Traditional Chinese Medicine Database and Analysis Platform，TCMSP）、传统中医药整合数据库（Traditional Chinese Medicine Integrated Database，TCMID）查找七味白术散各药物的有效成分与潜在靶点，同时利用GeneCards人类基因组数据库、OMIM人类孟德尔遗传数据库构建脾虚泄疾病靶点数据库。其次，使用STIRING蛋白互作网络分析数据库、Metascape基因富集分析等数据库进行蛋白互作分析及京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）、基因本体论（Gene Ontology，GO）功能富集分析。最后，使用可图形化显示网络软件Cytoscape、微生信数据分析软件Bioinformatics等对研究内容进行可视化分析。结果：七味白术散有66个活性成分，47个潜在治疗脾虚泄的靶点，12个核心靶点。七味白术散可能是通过STAT3、TNF、IL6、AKT1、EGFR、CXCL8、IL1B、TP53、STAT1、IL4、EGF、IL2等靶点来治疗脾虚泄。结论：通过网络药理学揭示了七味白术散治疗脾虚泄的靶点机制，为进一步实验验证具体机制提供了研究思路。     

刺山柑治疗系统性硬化症机制的网络药理学探究及分子对接验证

目的：基于网络药理学探究刺山柑治疗系统性硬化症（SSC）的分子机制。方法：使用GEO、GeneCards、PharmGkb、TTD以及DrugBank数据库获取SSC靶点,查阅相关文献及SwissTargetPrediction数据库获取刺山柑主要成分及其所对应靶点,取交集获取预测靶点。登录String数据库对预测靶点进行蛋白互作分析（PPI）,进一步使用Cytoscape对网络拓扑分析获取核心基因,并将核心基因与刺山柑主要成分进行分子对接验证。使用R软件对预测靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果：共获取刺山柑有效成分15个及其靶点178个,SSC靶点3 171个,取交集得到预测靶点66个。拓扑分析得到PPI核心基因VEGFA、TNF、AKT1、PTGS2、MMP9等10个,GO分析涉及活性氧代谢过程、蛋白激酶B信号、炎症反应的调节、磷脂酰肌醇3-激酶信号等多项生物过程,KEGG通路分析得到PI3K-Akt信号通路、蛋白聚糖与癌症、黏着斑、Rap1信号通路等信号通路。结论：通过网络药理学方法预测刺山柑治疗SSC的分子机制,为刺山柑治疗SSC...     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...     

通过综合网络信息方法深入了解EPA治疗ANCA相关血管炎的分子机制

目的 通过网络药理学和分子对接的研究方法预测二十碳五烯酸(EPA)辅助治疗ANCA相关性血管炎(AAV)的分子作用机制。方法 通过PubChem获取EPA的三维结构和相应的结构式,在STITCH、Swiss Target Prediction、Pharmmapper和CTD数据库获取药效团预测靶点,并将获取药效团预测靶点并与GeneCards、OMIM和Disgenet数据库获取的AAV疾病靶点做交集,得到关键靶点,运用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络;对有效靶点进行GO分析及KEGG相关通路的富集分析;通过Autodock对成分靶点进行分子对接验证。结果 获得116个EPA治疗AAV潜在作用靶点,关键靶点包括TNF,IL6,ALB,TP53,IL1β,MAPK3,CASP3,PTGS2,PPARG,CCL2等。GO富集分析有1503个GO术语(P<0.05),KEGG中有1503个信号通路(P<0.05)主要富集在癌症、脂质和动脉硬化、TNF信号传导途径、神经变性的途径——多种疾病和IL-17信号传导途径等多个信号通路。分子对接结果发现EPA与免...     

基于网络药理学探讨左金丸治疗功能性消化不良作用机制

目的 基于网络药理学分析左金丸治疗功能性消化不良（FD）的作用靶点和分子机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得左金丸的有效成分及作用靶点,检索GeneCards数据库获取FD的疾病靶点,并使用韦恩图获取药物与疾病的共同靶点。采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析,使用Cytoscape 3.7.1进行PPI网络拓扑分析。使用Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。采用Cytoscape 3.7.1构建“药物-有效成分-关键靶点-通路”网络。结果 获得左金丸33个有效成分,作用靶点203个,其关键有效成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇、吴茱萸次碱、氢化小檗碱等,关键靶点为AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA。GO功能富集到1 989个条目,KEGG通路富集到202条通路,主要包括癌症通路、脂质与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎等。结论 左金丸治疗FD具有多成分、多靶点、多通路的特点,通过调控AKT1、TP53、TNF、IL6、VEGFA等核心靶点和PI3K-Akt信号通路等,发挥抗凋亡、抗炎、...     

基于网络药理学探究黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折的作用机制

目的:基于网络药理学探讨黄芪白术药对治疗骨质疏松性骨折(osteoporotic fracture, OPF)的潜在作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪、白术的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选OPF的作用靶点,进而筛选黄芪、白术与OPF的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物靶点疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果:基于TCMSP数据库筛选黄芪白术治疗OPF的活性成分19个和交集靶点115个；GO功能富集分析得到条目568个,其中生物过程条目433个、细胞组成条目43个、分子功能条目92个；KEGG通路富集分析得出条目111个,主要包括糖尿病并发症中的AGE-RAGE、IL-17、TNF、前列腺癌、Toll样受体、HIF-1、NF-κB等信号通路。结论:黄芪白术药对可能通过调控TNF、NF-κB、HIF-1等信号通路,发挥调控炎症反应以及破骨细胞和成骨细胞的内在平衡作用,从而对OPF产生治疗作用。     

基于网络药理学探讨左归丸治疗早发性卵巢功能不全机制

目的基于网络药理学分析左归丸治疗早发性卵巢功能不全的有效活性成分,预测其作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法采用中药系统药理学技术平台筛选左归丸的活性成分及预测作用靶点,并在Uniprot数据库搜索靶点基因,在GeneCards数据库、CTD数据库、OMIM数据库筛选出早发性卵巢功能不全的靶点基因,通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络和"药物-活性成分-靶点"网络,通过DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路富集分析并利用R语言和Cytoscape软件绘图。结果以OB值和DL值两个参数筛选得到83个有效化合物,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、豆甾醇等。与疾病相关的候选作用靶点共181个,关键靶点涉及细胞肿瘤抗原53(TP53)、RAC-α丝氨酸/苏氨酸-蛋白激酶(AKT1)、转录因子AP-1家族成员(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)。GO富集分析涉及对药物、毒物的应答,基因转录,抑制凋亡等。KEGG通路富集分析显示含靶点数较多的是癌症信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、叉头框蛋白O亚家族信号通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B通路和丝裂原活化蛋白激酶信号通路。结论研究通过网络药理学系统探讨了左归丸有效成分对应的靶点,以及治疗早发性卵巢功能不全的作用机制,可为今后基础或临床研究提供科学依据。     

基于气相色谱-质谱和网络药理学探讨蒙药嘎拉图呼和挥发油成分抗胃癌的作用机制

【摘要】 目的 通过提取蒙药嘎拉图呼和挥发油部位，进行化学成分鉴定，结合网络药理学分析探讨传统蒙药复方嘎拉图呼和抗胃癌潜在作用机制。方法 采用气相色谱-质谱（GC-MS) 联用法定性分析嘎拉图呼和挥发油部位成分，并结合 Pubchem 和 Swiss Target Prediction 数据库，进行活性成分靶点的筛选；在 Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb、TTD、DrugBank 数据库中检索胃癌相关的靶点；利用在线 Venn 将查到的靶点信息取交集；Cytoscape 3.9.0 软件构建成分-靶点-疾病网络图筛选关键成分；STRING 11.0数据库构建蛋白互作网络筛选核心作用靶点，利用DAVID 数据库进行 GO 功能和 KEGG通路富集分析；利用 Discovery Studio 2019进行核心靶点与相应小分子化合物之间分子对接。结果 通过 GC-MS 共鉴定出嘎拉图呼和挥发油部位中56种成分；以GC-MS 结果为基础，通过化学成分靶点预测数据库搜索并获得 46个活性成分，150 个活性靶点；化学成分靶点与胃癌相关靶点取交集，获得 135 个潜在治疗基因；进行 GO 功能富集与 KEGG 通路分析，获得包括 G 蛋白偶联信号通路、乙酰胆碱受体信号通路等多条胃癌相关信号通路；PPI 蛋白互作筛选核心基因，结果显示VEGFA、KDR、PTGS2和MAPK14为挥发油治疗胃癌的潜在作用靶点。结论 蒙药嘎拉图呼和挥发油中的46个有效成分可能通过调控 VEGFA、KDR、PTGS2和MAPK14参与多条信号通路共同发挥抗胃癌作用。本研究为进一步探讨蒙药复方抗胃癌作用机制提供数据依据。     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子治疗膝骨关节炎的潜在作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法获取枸杞子有效成分靶点,探究其治疗膝骨关节炎(KOA)的潜在作用机制。方法 利用TCMSP、Uniprot、Gene Cards、OMIM等数据库获取枸杞子有效成分的潜在靶点及KOA疾病相关靶点基因,在DAVID数据库进行GO富集分析与信号通路富集分析,利用微生信在线绘图软件进行可视化分析,借助String数据库及Cytoscape3.9.2软件构建枸杞子活性成分-疾病靶点网络、枸杞子治疗KOA蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,最后运用StoneMIND Collector和Discovery Studio Client 2019对有效成分及主要作用靶点进行分子对接。结果 网络药理学预测显示枸杞子治疗KOA主要活性成分可能为槲皮素、β-谷甾醇、黄豆黄素等,关键靶点为肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6 (IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT-1),通过参与调控晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体(AGEs-RAGE)信号通路、癌症信号通路、白细胞介素17 (IL-17)信号通路发挥治疗作用。分子对接结果提示关键活性成分与关键靶点具有较好的...