RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测和区分SARS-CoV-2 Omicron BA.4/5变异株

目的 建立一种基于CRISPPR-Cas12a基因编辑技术对新型冠状病毒（SARS-CoV-2）奥密克戎BA.4/5变异株快速检测与鉴别的方法。方法 结合逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）与CRISPR基因编辑技术,基于次优原间隔区相邻基序（suboptimal-PAM）设计奥密克戎BA.4/5变异株特异性的CRISPR RNA(crRNA),从而建立RT-PCR/CRISPR-Cas12a快速检测新冠病毒BA.4/5变异株的方法。本研究检测了43例新冠病毒阳性的临床样本（包括新冠病毒野生株以及变异株Alpha、Beta、Delta、奥密克戎BA.1和BA.4/5）以及20例新冠病毒阴性的临床样本（包括11种常见呼吸道病原体）,并以测序结果为金标准计算PCR/CRISPR-Cas12a检测方法的ROC曲线下面积（AUC）以及灵敏度（SEN）、特异性（SPE）、一致性（Kappa）评价检测方法的性能。结果 本研究筛选到两条特异性crRNA-1和crRNA-2,所建立的方法可在30 min内快速特异地检测出SARS-CoV-2奥密克戎BA.4/5变异株,最低检测限为10 copies/μ...     

SARS-CoV-2溯源新进展

从2019年12月~2020年11月19日,COVID-19大流行已导致全球55 928 327例确诊病例,造成1 344 003人死亡。但是,我们对这次疫情的病原体-新型冠状病毒（SARS-CoV-2）的来源仍然未了解清楚。本综述总结和分析SARS-CoV-2溯源研究进展,为进一步的研究提供启示。现有证据表明SARS-CoV-2有可能是在40~70年前由蝙蝠冠状病毒分化而来;该病毒在进化过程中同时存在多种变异及自然选择现象,病毒基因不同区域可能发生不同变异并受到不同的选择压力,这些都增加了病毒溯源的困难性;有多种动物被认为可能是SARS-CoV-2的宿主,包括猫、狮子、老虎、狗、水貂等;SARS-CoV-2可能可由人类传播给动物,且该病毒也可以在动物间互相传播;现有证据不支持该病毒的源头是中国。我们仍未清楚该病毒如何传播到人类,仍然需要更多的研究去探索SARS-CoV-2的来源、宿主、中间宿主及其跨物种传播的机制。     

新型冠状病毒的研究进展

由于新型冠状病毒(SARS-CoV-2)传播快,病情潜伏期长,且具有较强的传染性,引发了全球新型冠状病毒肺炎(COVID-19)疫情的爆发。SARS-CoV-2与重症急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)、中东呼吸系统综合征冠状病毒(MERS-CoV)的基因序列、传播途径、临床特征等方面具有高度相似性,但其传染性、变异性和适应性更强。SARS-CoV-2主要传播途径为呼吸道传播、气溶胶和接触传播。SARS-CoV-2通过表面S蛋白入侵表面有ACE2受体的细胞,通常最先攻击肺,亦可波及心脏、血管、肾脏、肠道和大脑等多个器官。而识别和消除人畜共患病源是阻止新的病毒从动物宿主传染到人类的重要任务,预防和控制SARS-CoV-2感染最有效的措施仍然是早发现、早隔离新的感染源、疑似感染者及无症状感染者,并对感染者进行早期诊断和支持治疗。同时建议建立全球性健康保护体系,统筹安排各种防疫资源,以积极应对现阶段的全球疫情。     

当前新冠病毒的主要检测手段

2019年,由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)感染引起的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)被报道,随后疫情在世界上各个国家和地区暴发且迅速流行.COVID-19的传染性强、病死率高,为有效控制疫情的发展,新冠病毒的检测至关重要,国内外各研究团队及机构已研发出各种检测新冠病毒的有效手段和仪器设备,本文从背景原理、应...     

新型冠状病毒SARS-CoV-2特异性可检测靶点的确认与重叠PCR合成

高敏感的检测试剂盒的基因检测,是防控新冠疫情的关键手段之一。鉴于目前国内外新型冠状病毒(SARS-CoV-2)检测试剂盒在敏感性方面存在的不足,我们认为与其所检测靶点数量的局限性有关。本研究结合生物信息学分析和采用重叠PCR合成策略,获得了可用于新型冠状病毒检测的8个新靶点。这些靶点主要呈现为两个方面的特点:一是增加了扩增引物的SARS-CoV-2特异性;二是增强了适宜于TaqMan探针检测的SARS-CoV-2特异性。这些新的靶点有望成为未来SARS-CoV-2高灵敏度检测及试剂盒开发的重要对象。     

一种新型胶体金免疫层析双抗体夹心法新型冠状病毒抗原检测试剂的研制

目的 采用胶体金免疫层析技术进行新型冠状病毒(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)抗原检测试剂的研制,并对制备试剂的主要性能指标进行评价。方法 采用碳酸钾、大颗粒胶体金、SARS-CoV-2抗体制备胶体金抗体标记物,筛选不同浓度SARS-CoV-2抗体进行结合垫制备,选择不同浓度SARS-CoV-2抗体包被工作液进行包被膜的制备,硝酸纤维素膜上分别包被SARS-CoV-2抗体和羊抗鼠IgG多抗作为检测线和质控线,按工艺要求进行组装生产。对研制的抗原检测试剂进行最低检出限、交叉反应性、加速稳定性试验及临床性能评估。结果 试剂检测SARS-CoV-2灭活病毒的最低检出限为3.3×10² TCID₅₀/ml(TCID₅₀为半数组织培养感染剂量);检测10种常见病原体(人冠状病毒、副流感病毒、流感病毒、呼吸道合胞病毒、腺病毒、鼻病毒、肠道病毒、溶血性链球菌、金黄色葡萄球菌、大肠埃希菌)不同浓度样本均无交叉反应;试剂经37℃28 d高温热加速实验,试...     

全球等温扩增技术发展态势研究

目的：研究等温扩增技术发展态势,为我国开展相关研究提供数据参考。方法：通过文献计量方法、科学知识图谱等方法对等温扩增技术及新型冠状病毒（SARS-CoV-2）等温扩增检测相关的研究论文进行数据分析和知识挖掘,研究技术发展脉络、研究热点和发展趋势。结果：中国在等温扩增技术研究上具有较强的研究基础,SARS-CoV-2等温扩增检测技术研究处于全球领先水平。中国科学院等国内机构成为全球等温扩增技术的重要研究力量。研究较多的等温扩增技术主要为环介导等温扩增(LAMP)、滚环扩增(RCA)、重组酶聚合酶扩增(RPA)和依赖核酸序列的扩增(NASBA)。主要的研究对象为SARS-CoV-2、HIV、HPV、Salmonella和Malaria等病毒和细菌及癌症标记物。重点关注的技术工具为CRISPR/Cas基因编辑、生物传感器、微流控芯片等。结论：2000年以前,等温扩增技术主要集中于NASBA和链替代扩增（SDA）技术;2000年以后,LAMP、RCA等新技术出现,LAMP迅速成为主流技术。新型冠状病毒肺炎疫情发生以来,等温扩增技术广泛应用于SARS-CoV-2的快速性和便捷性检测。     

新型冠状病毒SARS-CoV-2的变异和进化分析

目的 分析新型冠状病毒SARS-CoV-2的进化、变异情况。方法 从GISAID、NCBI中下载相关病毒全基因组序列,运用生物信息学软件MEGA-X、BEAST、TempEst等软件,构建基因组进化树,推测病毒的时间进化信号,计算病毒出现的tMRCA时间,分析病毒进化的选择压力。结果 基因组进化树显示SARS-CoV-2与蝙蝠冠状病毒Beta CoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013、 bat-SL-CoVZC45、bat-SL-CoVZXC21和SARS-CoV等病毒共同构成冠状病毒β属的Sarbecovirus亚属。现在的病毒序列有微弱的时间进化信号,tMRCA平均时间为73 d,95%可信区间（38.9~119.3 d）,与BetaCoV/bat/Yunnan/RaTG13/2013病毒不具正性时间进化信号,与bat-SL-CoVZC45和SARS-CoV具有强的正性时间进化关系。病毒在流行期间存在变异,主要是净化选择压力。 结论 病毒SARS-CoV-2可能出现在2019年11月左右,来源于蝙蝠相关冠状病毒。结果将有助于研究病毒SARS-CoV-2的溯源、进化,对疾病进行正确防控具有指导意义。     

新型冠状病毒肺炎：核酸、抗体与疫苗

正新型冠状病毒(SARS-CoV-2)是继严重急性呼吸道综合症冠状病毒(SARS-CoV)和中东呼吸综合症冠状病毒(MERS-CoV)后,出现的第三个人群间突发传播的冠状病毒,三者属于同一个病毒种。但新型冠状病毒具有更强的传染性,它所感染导致的新型冠状病毒肺炎(COVID-19)由于存在大量轻症和无症状感染者,传播速度快、人群感染率高,     

新冠病毒变异株"奥密克戎"的最新研究进展

新型冠状病毒肺炎(COVID-19)是由新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的一种具有发病率、致死率极高的新型呼吸系统传染病.由于SARS-CoV-2本身的特异性,其突变率较高,目前已出现一系列不同的SARS-CoV-2变异株,使COVID-19疫情一直反复.近日,世界卫生组织(WHO)公布了新变异株"奥密克戎"(...     

新型冠状病毒SARS-CoV-2的实验室检测技术

2019年12月起由新型冠状病毒（SARS-CoV-2）导致的新型冠状病毒肺炎对全球公共卫生造成了重大和急迫威胁。该病毒传染性强,主要通过飞沫和接触传播,感染者出现肺炎几率较高,少数患者会出现急性呼吸窘迫综合征合并严重呼吸道并发症,甚至导致死亡。因此,选择合适的检测技术和方法对病原学做出准确、快速的鉴定,对提高疾病的诊断和治疗效率,遏制传染病爆发流行起关键作用。本文将对该病毒实验室检测技术,包括病毒分离培养、实时荧光RT-PCR、基因测序、血清学抗体检测及基于CRISPR/Cas13系统的基因编辑技术等进行概述,以期为临床医生及科研工作者提供更好地防治策略和研究思路。     

新型冠状病毒肺炎的流行病学、临床治疗与疫情防控

本文系统介绍新型冠状病毒肺炎的病原学、流行病学、传播动力学、临床特征、治疗及防控等多个领域的最新研究进展,同时比较新型冠状病毒与严重急性呼吸综合症冠状病毒、中东呼吸综合症冠状病毒及H1N1流感病毒所致疫情特征的异同。新型冠状病毒的原始宿主可能为蝙蝠,患者和无症状感染者为传染源,可借助飞沫和接触途径进行人际传播,人群普遍易感。患者临床症状主要表现为发热和咳嗽,伴有白细胞和淋巴细胞减少,但目前尚无特效治疗药物。防控策略上,一方面应着力研发疫苗开展一级预防;另一方面继续贯彻对患者和密切接触者的隔离、佩戴口罩、及时进行公共场所消毒,同时大力研发快速检测试剂盒,实现对疾病的血清学监测,开展早发现、早诊断、早隔离、早治疗的二级防控策略。此外,应着力降低人群对疾病恐慌、加强防疫宣传与健康教育,共同防控疫情蔓延。     

严重急性呼吸综合征冠状病毒2与新型冠状病毒肺炎

目前正在暴发流行的新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的病原体是严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）,这是近年来继严重急性呼吸综合征冠状病毒（SARS-CoV）和中东呼吸综合征冠状病毒（MERSCoV）之后发现的能够感染人的第7种冠状病毒。SARS-CoV-2系单股正链RNA病毒,传染性强,人群普遍对其缺乏免疫力,疫情目前仍在持续。2020年1月30日（当地时间）,WHO将此次疫情列为国际关注的突发公共卫生事件（PHEIC）。本文就SARS-CoV-2病原学、致病性及COVID-19的检测诊断、预防控制和临床治疗等领域的进展进行讨论。     

2019冠状病毒病(COVID-19)疫情期生物样本保藏生物安全防护原则及建议

严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染引起的2019冠状病毒病（COVID-19）是乙类传染病。随着COVID-19疫情蔓延,生物样本库样本保藏的生物安全风险增加,其生物安全防护显得越来越重要。根据国家有关规定和中华医学会相关指南,本文基于SARS-CoV-2病原学和COVID-19流行病学资料,提出了生物样本采集、转运、处理、保藏、检测、检测后处置、突发事件等过程中个人和生物样本保藏场所的生物安全防护原则及若干建议。强调依据有无病毒载量信息、传染力大小、标本类型（可能接触传播、气溶胶传播、粪口途径传播）对样本进行严格的生物安全风险评估,以指导疫情期间生物样本保藏、确保生物样本库生物安全。     

Highly Sensitive Poly-N-isopropylacrylamide Microgel-based Electrochemical Biosensor for the Detection of SARS-COV-2 Spike Protein

Objective Late 2019 witnessed the outbreak and widespread transmission of coronavirus disease 2019(COVID-19), a new, highly contagious disease caused by novel severe acute respiratory syndrome coronavirus 2(SARS-CoV-2). Consequently, considerable attention has been paid to the development of new diagnostic tools for the early detection of SARS-CoV-2.Methods In this study, a new poly-N-isopropylacrylamide microgel-based electrochemical sensor was explored to detect the SARS-CoV-2 spike protein(S ...     

SARS-Cov-2实验室检测技术的应用及展望

新型冠状病毒肺炎疫情爆发以来,我国的病毒检测能力不断提高,检测技术也在不断地发展和创新。以实时荧光定量PCR（qRT-PCR）和宏基因组测序为代表的病毒检测技术在辅助疾病确诊、监测病毒变异等方面发挥了关键作用;基于血清/血浆IgM/IgG抗体的检测技术是辅助确诊的重要方法;高特异性的逆转录环介导等温扩增技术、能够核酸定量的数字PCR和灵敏度更高的SHERLOCK技术也极具特色与发展潜力。以上检测技术代表了病原微生物检测技术的现在及未来发展方向。本文对新型冠状病毒检测技术的基本原理、技术特点及应用现状进行探讨。     

Molecular detection of SARS-CoV-2 being challenged by virus variation and asymptomatic infection

Coronavirus disease 2019 (COVID-19) has been a pandemic for more than a year. With the expanding second wave of the pandemic in winter, the continuous evolution of SARS-CoV-2 has brought new issues, including the significance of virus mutations in infection and the detection of asymptomatic infection. In this review, we first introduced several major SARS-CoV-2 mutations since the COVID-19 outbreak and then mentioned the widely used molecular detection techniques to diagnose COVID-19, primarily focusing on their strengths and limitations. We further discussed the effects of viral genetic variation and asymptomatic infection on the molecular detection of SARS-CoV-2 infection. The review finally summarized useful insights into the molecular diagnosis of COVID-19 under the special situation being challenged by virus mutation and asymptomatic infection.     

2019冠状病毒病相关肾损伤研究进展

2019 冠状病毒病(coronavirus disease 2019,COVID-19)目前已在世界范围内暴发流行,是世界性的重大 公共卫生问题。严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)传染性 极强,主要侵袭患者的肺,导致呼吸窘迫综合征甚至多器官衰竭。肾也是病毒攻击的主要器官之一,病毒通过血管 紧张素转换酶2(ACE2)直接损伤肾小管,并引起细胞因子风暴导致肾损伤,增加患者的死亡风险。早期排查COVID- 19患者肾损伤危险因素,检测肾损伤指标,对存在肾损伤的患者及时进行支持治疗及肾脏替代治疗,可降低病死率。     

从一对夫妻患者的诊治过程探讨2019冠状病毒病(COVID-19)疑似患者的管理

观察2例2019冠状病毒病（COVID-19）疑似患者诊断、治疗以及隔离管理的过程,结合文献分析COVID-19疑似患者的临床特征和管理重点。COVID-19是由严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染所致的疾病,SARS-CoV-2具有很强的传染性,甚至无症状感染者也可能传播病毒。SARS-CoV-2可通过接触传播、飞沫传播,并可能通过气溶胶传播。在临床发热门诊的患者管理中,准确识别并管理好疑似患者,采取严格的隔离措施,对院内感染的防控极为重要。