江苏省67株结核分支杆菌MLVA分型分析

目的初步探讨江苏省结核分支杆菌的数目可变串联重复序列(VNTR)的分布特征。方法采用多位点串联重复序列(MLVA)分型方法,对从江苏省病人分离的结核分支杆菌的VNTR进行PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳,通过BioNumerics3.0软件分析其VNTR的多态性和聚类分析。结果共选取了15个VNTR位点,对67株结核分支杆菌进行了检测分析,结果显示明显的基因多态性,可分8个基因型(Ⅰ～Ⅶ型),其中较多的一型菌株占32.6%,其他型别菌株数量较接近,没有特别明显的优势型别。结论江苏省结核分支杆菌具有明显的多态性,MLVA分型技术具有稳定、简单、可重复的优点,可用于结核分支杆菌的流行病学调查。     

RD105缺失基因检测法及VNTR技术用于河南省结核分支杆菌基因分型分析及其耐药相关性研究

目的了解河南省结核分支杆菌＂北京家族＂基因型的分布、多位点可变串联重复序列（VNTR）基因型特征及其与耐药的相关性。方法应用VNTR技术、RD105缺失检测法分析结核分支杆菌的基因型,聚类分析采用B ionumberics5.0软件分析。结果 154株结核分支杆菌临床分离株中,人型结核分支杆菌137株,非结核分支杆菌14株,结核分支杆菌复合群3株;RD105缺失基因检测法检测结核分支杆菌菌株137株,＂北京家族＂基因121株（88.3%）;7位点VNTR检测结果显示明显的基因多态性。经基因聚类分析,可分为3个基因群（Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群）,其中Ⅰ群为主要流行群,占90.5%（124/137）,含114个基因型。耐多药率为6.6%（9/137）。结论河南省结核分支杆菌以＂北京家族＂基因型为主要流行株,应引起重视;＂北京家族＂基因型与耐药无明显相关性。     

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。     

大理地区合并HIV双重感染者结核分枝杆菌MLVA法基因分型研究

目的 探讨MLVA基因分型法在云南大理地区合并HIV双重感染者结核分枝杆菌基因分型中的运用,初步研究其基因型特征。方法 选取大理地区61株合并HIV双重感染者结核分枝杆菌临床分离株,采用聚合酶链反应(PCR)分别对VNTR位点进行检测分析,应用BioNumerics(6.6)软件进行聚类分析。结果 共对61株合并HIV双重感染者的结核分枝杆菌的15个VNTR位点进行检测,呈现出明显的基因多态性。各个位点的分辨能力不同,其中MIRU26(0.839)最高,MIRU4(0.341)最低。经聚类分析,61株双重感染结核分枝杆菌菌株可分为5个基因群,61个基因型,以Ⅰ型占比例最大占51.6%(32/61);H37Rv减毒株在Ⅱ型。结论 大理地区合并HIV双重感染者结核分枝杆菌VNTR基因存在明显多态性,主要流行菌群为北京家族基因型。     

贵州省部分地区结核分枝杆菌MLVA基因分型研究

目的应用多位点可变串联重复序列分析技术(MLVA)对贵州省结核分枝杆菌进行基因分型分析,为贵州省结核病防控提供科学依据。方法选取贵州省150株临床分离株结核分枝杆菌,采用水煮法提取基因组DNA,PCR扩增15个VNTR位点,统计菌株各VNTR位点的重复数目,通过遗传差异值(h)及Hunter-Gaston指数对VNTR位点进行遗传多态性及分辨力评价,采用BioNumerics 5.0软件对各菌株进行聚类关系和最小间距图(minimum spanning tree,MST)分析。结果 PCR检测结核菌株VNTR各位点呈明显多态性,以Mtub21和MIRU26多态性尤为显著,以h值分别为0.559和0.505;MIRU10和ETRB显示较低基因多态性,h值分别为0.052和0.090。聚类分析显示,150株菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。4个基因群呈现明显地域分布,毕节市以Ⅰ、Ⅱ群为主要流行菌株,安顺市以Ⅲ群菌株为主要流行菌株,遵义市以Ⅳ群菌株为主要流行菌株。MST分析显示,150株菌株形成3个克隆复合体(clonal complexes,CCs)及若干个独立分支(singleton),遵义、安顺、毕节分离株分别分布于不同的克隆复合体CCs。结论贵州省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性和地域分布特性,以Ⅲ群和Ⅱ群菌株为主要流行菌株,应加强对上述两群菌株的监控。     

VNTR在陕西省耐药结核分枝杆菌基因分型中的研究

目的了解陕西省89例耐药结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法选取陕西省10个地市结核分枝杆菌耐药菌株89株,提取基因组DNA,采用聚合酶反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测分析,基因分型聚类分析采用Bio-Numerics5.0软件。结果经基因聚类分析.可分4个基因群(I群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),为4种基因群分别占7.87%(7/89)、3.37%(3/89)、87.64%(78/89)、1.12%(1/89)。成簇率为4.49%(4/89);近期感染率最小估计为2.25%(2/89)。15个VNTR位点中有4个位点的多态性较好(h0.60),5个位点的多态性尚可(0.3≤h≤0.6),6个位点的多态性较差(h0.3)。结论初步证实陕西省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为Ⅲ群。     

DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究

目的采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用.方法设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 3.0软件进行DNA指纹图谱多态性分析.结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%.结论来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法.     

不同VNTR位点组合用于北京基因型结核分枝杆菌基因分型的研究

目的评价不同串联重复序列（VNTR）位点组合在北京地区北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析（MLVA）技术对72株北京地区北京基因型菌株的24个VNTR位点进行分析，基因多态性分析采用BioNumerics软件。结果24个位点的多态性差异较大，位点QUB-11b（HGI 0．651）、Mtub 21（HGI 0．556）和QUB-26（HGI 0．518）的多态性较高，有两个位点（MIRU2和MIRU24）则不具有多态性；不同VNTR位点组合（12位点，15位点，24位点）在北京基因型菌株中的分辨指数依次升高，分别为0．788，0．990．0．992，后两个组合的差异仅是由位点Mtub 29引起的。结论不同的VNTR位点在北京地区北京基因型菌株中的分辨力存在差异；推荐的基础VNTR15位点与Mtub 29组合可作为北京地区结核分枝杆菌分子流行病学研究的一线方法。     

DNA数目可变串联重复序列用于结核分枝杆菌分型研究

目的　采用数目可变串联重复序列(VNTR)分型方法对安徽省的52株结核分枝杆菌进行分子分型研究,探讨该方法用于结核分枝杆菌分型的作用。方法 设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌13个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics30软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果 52株结核分枝杆菌可分4个类别,其中88.5%菌株属于一个型,其他3个型所占比例很小,分别为5.8%、3.8%和1.9%。结论 来自安徽的结核分枝杆菌存在主要的流行型,VNTR分型技术简便、快速,是较好的结核分枝杆菌分型方法。     

吉林市结核分支杆菌IS6110 DNA指纹图谱特征分析

目的　分析吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征。方法 对53株结核分支杆菌分离株进行IS6110基因分型,得到IS6110 RFLP图谱;按菌株指纹特征的同源性高低予以分组,并进行分析。结果 吉林市结核分支杆菌IS6110 RFLP图谱特征为：(1)IS6110拷贝数目平均为13个;(2)A、B两组同源性很高,具有“北京基因型”特征,C组多态性较强;(3)IS6110 RFLP图谱特征分布无地域差异;(4)耐药菌株与敏感菌株图谱特征无明显差异,但初治耐药菌株成簇率较高。结论 吉林市结核分支杆菌IS6110RFLP图谱特征以“北京基因型”为主;但还具一些独有的特征。     

中国炭疽芽胞杆菌中11个串联重复序列位点的特征和分布

目的检测炭疽芽胞杆菌中可变数量串联重复序列(VNTR)的变化,分析我国菌株中VNTR的特征和分布规律。方法 PCR扩增,琼脂糖电泳和毛细管电泳,测序验证,BLAST比对等。结果 11个VNTR位点中有4个在所有菌株中没有差别,另外7个位点只在个别菌株中检测到差别,有差别的菌株多分布在新疆;11个VNTR位点均位于基因编码区内,编码对细菌生存重要的蛋白和一些功能不明蛋白。结论结果提示新疆的菌株类型较复杂;本研究中的VNTR位点比较保守,可能不能用于区别不同的炭疽芽胞杆菌,但对于了解炭疽芽胞杆菌的基因组特征以及鉴定炭疽芽胞杆菌具有一定的作用。     

甘肃省临床分离结核分枝杆菌MLVA分型初步研究

目的随机选取2005-2007年间甘肃省肺科医院临床分离结核分枝杆菌菌株,通过多位点可变数目串联重复序列(Multiple locus variable numbers of tandemrepeats analysis,MLVA)分型,了解甘肃结核分枝杆菌流行菌株基因型情况。方法选择标化的15个VNTR位点,对临床分离菌株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用Bio Numerics4.5软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果 228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个大基因类型,分别包含13(5.7%)、3(1.3%)、7(3.1%)、1(0.4%)、171(75%)、31(13.6%)、2(0.9%)个株菌;在株水平基因分型上,93(40.8%)株为单菌株基因型;其余菌株基因型分别包含2-10株结核分枝杆菌,共构成132个基因簇。结论甘肃结核分枝杆菌菌株存在丰富的基因多态性,ML-VA方法具有较高的基因分型能力,可以满足结核分枝杆菌株水平DNA分型的需要。甘肃省结核分枝杆菌流行株主要为北京家族基因型菌株。     

贵州某结核病高发县结核分枝杆菌流行情况的初步研究

目的分析结核病高发县结核分枝杆菌临床分离株及其基因型特征,探索高疫情地区结核菌株流行情况。方法在罗甸县结核病定点医院门诊收集临床分离的分枝杆菌菌株,用PNB生长试验、结核分枝杆菌散在重复单位(VNTR) 和RD105缺失基因检测法分别进行菌种、结核分枝杆菌DNA多态性和北京基因型鉴定。结果80株菌株中非结核分枝杆菌占12.5%,70株结核分枝杆菌中北京家族占42.9%,非北京家族占57.1%。VNTR结果显示,菌株可分为5个基因群,其中 I群占15.7%,含 11个基因型,Ⅱ群占35.7%,含25个基因型,Ⅲ群占15.7%,含11个基因型,Ⅳ群占30.0%,含 21个基因型,Ⅴ群占2.9%,含2个基因型,未见成簇菌株。结论初步证实罗甸县结核分枝杆菌存在基因多态性,Ⅱ群、Ⅳ群为当地主要流行群,同时存在一定比例的非结核分枝杆菌感染。     

Molecular genotyping of Mycobacterium tuberculosis in Mie Prefecture, Japan, using variable numbers of tandem repeats analysis

The variable numbers of tandem repeats (VNTR) analysis is a method frequently employed as a molecular epidemiological tool for Mycobacterium tuberculosis genetic fingerprinting. In this study, we characterized the population of M. tuberculosis circulating in Mie Prefecture, Japan, and assessed the utility of the proposed JATA12- and 15-VNTR analyses of 158 M. tuberculosis clinical isolates using 25 VNTR loci. The results revealed that the ancient Beijing sublineage is the most prevalent M. tuberculosis strain in Mie Prefecture, accounting for 85.0% of 113 Beijing lineage isolates. Our results also showed that JATA-VNTR using well-selected loci is as reliable as standardized 15-locus MIRU-VNTR. Furthermore, JATA15-VNTR analysis reliably improved the discriminatory power compared with basic JATA12-VNTR analysis. In summary, our data suggest that JATA-VNTR is a useful tool for discrimination of M. tuberculosis in areas where ancient Beijing strains are frequently isolated.     

Identification of possible loci of variable number of tandem repeats in Mycobacterium tuberculosis.

Three VNTR loci were previously cloned from Mycobacterium tuberculosis in our laboratory. The VNTR sequences were used as queries to search for similar sequences in the GenBank database by the BLAST program. Direct and tandem repeats were identified visually. The search revealed 45 more loci of direct and tandem repeats. Comparison of the sequences to the ones in the genome sequence database of the M. tuberculosis CDC1551 strain revealed 22 different loci. Combining these results with previously reported experimental work, at least 24 loci should be polymorphic enough to be detected by simple PCR. The repeats are present both inside coding sequences and in intergenic regions on the 5' or 3' ends of genes. M. tuberculosis contains several VNTR. Studies of their functions may be useful for understanding the differences of phenotypes between strains.