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1.
目的通过对人禽流感H5N1毒株神经氨酸酶(NA)基因序列变异的分析,揭示毒株NA基因的变异与进化。方法检测广东GD01—06毒株NA基因核苷酸序列,同时对全球各地人禽流感H5N1毒株NA基因进行检索,采用DNAStar 5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株NA基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合地区资料对变异毒株进行进化速度分析。结果1997至2006年53株毒株NA基因112个氨基酸位点全部置换,占24.9%(112/450);53株毒株分为两个系列:1997年人禽流感毒株为-个系列,2003至2006年毒株为另-系列。毒株GD-01-06与PC6231-04核苷酸序列同源性为94.1%,与1997、2004至2005年毒株比较,毒株GD-01-06发生Y081H、E363G位点置换。2003至2006年所有毒株均丢失第53位异亮氨酸,且第49位半胱氨酸置换为异亮氨酸,改变蛋白质二级结构。与同义突变比较,毒株GD-01—06的NA基因错义突变错义进化速率(Ka)大于同义进化速率(Ks),显示NA基因进化受到明显选择性免疫压力。结论1997至2006年53株毒株NA基因进化分为两个系列;NA基因进化受到明显选择性免疫压力;2003至2006年毒株C049I置换,导致蛋白质二级结构改变,其意义尚待探讨。  相似文献   

2.
目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。  相似文献   

3.
目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。  相似文献   

4.
目的 了解广东省肇庆市2014-2016年人感染H7N9禽流感病毒基因进化特征.方法 对肇庆市17例H7N9患者咽拭核酸直接进行8节段基因序列扩增与测定,用BioEdit5.0、MEGA6.0进行同源性和重要氨基酸位点分析,采用Neighbor-Joining法构建进化树,参比序列从GenBank下载.结果 7份H7N9病例标本获得8节段全基因序列,HA与A/chicken/Dongguan/695/2014 (H7N9)相似度最高,NA与A/ chicken/Dongguan/1075/2014 (H7N9)相似度最高;内部基因与2013-2014年广东东莞、深圳禽源H7N9及H9N2相似度较高.HA和NA基因与广东省东莞、广州、深圳等地市的H7N9序列同处于珠三角进化分支,与安徽、浙江、江苏等长三角分支的序列相似性低.HA蛋白受体结合位点发生G186V、Q226L变异,裂解位点序列均为PEIPKGR↓ GLF,含有2个碱性氨基酸;M2蛋白上发现耐药位点S31N,PB2蛋白上发现E627K突变,NA蛋白上未发现耐神经氨酸酶的位点变异.结论 肇庆市人感染H7N9病毒株可能来源于2013 2014年广东省珠三角地区禽源H7N9和H9N2,G186V、Q226L和E627K位点变异增强了对人的易感性.  相似文献   

5.
目的 本研究从流感样病例样本中分离出湖南省首例人感染H3N8亚型AIV毒株,并对该毒株进行了分子进化分析,为人感染H3N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)的防控提供实验室依据。方法 通过实时荧光RT-PCR方法检测甲型流感病毒核酸、接种MDCK细胞进行病毒培养并通过血凝试验进行初步鉴定,继而对分离到的AIV进行高通量二代基因测序,并将测序结果进行相似性比较、基因特征和进化分析。结果 鉴定出人感染H3N8亚型AIV分离株(A/Changsha/1000/2022(H3N8),相似性分析显示HA和NA基因序列与来自河南省的人感染AIV株A/Henan/4-10CNIC/2022(H3N8)相似性最高,6个内部基因(MP、NS、PB1、PB2、NP、PA)均来源于H9N2亚型AIV。HA蛋白裂解位点为PEKQTR/GLF,未出现连续重复碱性氨基酸,符合低致病性AIV的特征,NA基因出现了耐药位点I312V突变,可能对奥司他韦有耐药性改变。PB2基因出现E627V宿主适应性突变,M2蛋白出现S31N金刚烷胺耐药性位点突变。分子进化显示HA基因属于欧亚分支,...  相似文献   

6.
目的分析2003-2008年云南边境禽流感H5N1亚型病毒血凝素(HA)基因分子结构特征。方法对2003-2008年在云南边境采集境外禽类样品420份,做H5/N1亚型特异性RT-PCR及多重RT-PCR检测,对阳性样品中H5N1病毒HA基因进行RT-PCR扩增,克隆至pMD18-T载体测序,并与国内外已知参考毒株序列进行比对及系统发育分析。结果21份代表性病毒样品HA裂解位点序列存在4种不同排列方式,均具有高致病性禽流感病毒分子结构特征;HA受体结合位点、糖基化位点及表位关键性氨基酸位点存在变异;系统发育分析表明可划分为5个不同进化分枝(1、2.4、2.3.2、2.3.4、7)。结论2003-2008年云南边境外H5N1病毒间具有遗传差异,进化分枝2.3.4毒株为当地流行的优势毒株,不同进化分枝或同一进化分枝不同毒株HA基因存在变异。  相似文献   

7.
目的 通过对广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株基因变异和进化特点进行分析,掌握本地区H7N9病毒病原学特点,为疾病防控提供参考。方法 选取2017年广州市人感染H7N9禽流感病毒阳性标本10份,提取核酸扩增HA、NA、M基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒重要蛋白突变情况和遗传进化特点。结果 广州地区H7N9禽流感病毒基因同源性差异较大,大部分毒株基因与广东毒株同源性最高,部分毒株基因与河南、内蒙古等地毒株同源性最高。监测到5株病毒为H7N9禽流感病毒高致病性变异株,部分病毒出现了HA蛋白Q226L的突变,提示对人呼吸道上皮细胞SAα-2, 6Gal受体结合能力增加。HA蛋白和NA蛋白上糖基化位点均有一定的增加和缺失突变。HA、NA和M1蛋白上毒力相关位点均突变增强。M2蛋白均呈现耐药突变,同时监测到2株高致病性突变株出现对神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。遗传进化结果显示,HA基因和NA基因在华南和华东分支均有分布,M1基因进化特点相对复杂,分别与华南地区H9N2、H7N9病毒,及北方地区的H7N9病毒重组。结论 2017年广州地区发现2株对达菲耐药的人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株。H7N9禽流感病毒在广州地区不断发生进化重组,具有遗传多样性和复杂性,提示高致病性耐药株有向华南以外地区传播的风险。  相似文献   

8.
2004年SARS-CoV毒株S基因分子进化特征   总被引:8,自引:1,他引:7  
目的通过对2004年SARS-CoV毒株S基因序列的变异分析,揭示SARS-CoV毒株S基因进化与SARS流行的关系。方法对广东地区2004年2株SARS-CoV毒株S基因进行序列分析,其余15株毒株S基因序列从GenBank检索,采用DNAStar5.0软件,对检索的SARS-CoV的S基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合临床资料对变异毒株进行进化速度分析。结果17株毒株中,S基因7个氨基酸位点全部置换,35个氨基酸位点在不同毒株中置换;所有SARS-CoV均通过氨基酸227位点的置换,增加一个糖基化位点。同义进化中,S基因置换速度为1.46×10-6个核苷酸,进化线性回归方程为Y=1.46×10-6X+0.000736,同时通过Ka计算显示S基因进化明显存在选择性压力。2004年17株SARS-CoV毒株可以分为两条进化途径,其中广东地区的人类的GZ0401毒株与果子狸的PC4-115毒株核苷酸同源性达到99.97%,氨基酸同源性为100%。结论冠状病毒S基因的1个糖蛋白位点增加,可能导致人类SARS-CoV毒株出现并SARS流行;2004年果子狸冠状病毒与人类SARS-CoV毒株分子结构类似,可能存在交叉宿主。S基因同义进化速度较流感HA1基因慢4.2倍,但基因进化明显存在选择性压力。  相似文献   

9.
目的 明确福建省不同亚型不同源的禽流感病毒非结构蛋白基因(non-structural gene, NS)的遗传进化关系及氨基酸变异特征。方法 将2011年分离的毒株A/Chicken/Fujian/FZ04/2011(H9N2)(FZ-04株)、A/Chicken/Fujian/FZ11/2011(H9N2)(FZ-11株)的NS基因,与GenBank上登录的1997-2011年福建省不同源不同亚型的AIV毒株及国内外代表株的NS基因进行序列比对和遗传进化分析。结果 FZ-04和FZ-11株与福建省AIV的NS基因同源性分别为88.2%~99.0%,88.3~99.4%。福建省H5N1亚型毒株均属于Y439亚群,H9N2亚型毒株均属于Y280亚群。福建仅H5N1毒株的NS1蛋白80-84位有5个氨基酸缺失,且在羧基末端存在ESEV/GSEV两种PL基序,这可能是福建省区分高致病性和低致病性禽流感病毒的标志之一。结论 NS基因的特征分析表明,福建省H9N2毒株没有向高致病性H5N1毒株突变的嗜性,为今后进一步分析福建省禽流感病毒的NS基因遗传进化关系及毒力变异提供科学依据。  相似文献   

10.
目的了解云南省狂犬病毒的流行情况以及街毒株N、G基因结构特征,为有效控制狂犬病疫情提供初步科学依据。方法对云南省2006-2010年10株狂犬病街毒株N、G基因进行全基因克隆、测序,并与已知国内外代表毒株核苷酸及推导氨基酸进行序列比对及系统发育分析。结果序列分析表明所研究的10个云南毒株与Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ型代表毒株N、G基因核苷酸序列同源性分别为72.1%~78.5%、58.4%~71.0%,与基因Ⅰ型毒株序列同源性为85.2%~90.1%、82.7~99.6%,云南毒株之间核苷酸序列同源性为89.3%~99.2%、86.0~99.6%。云南10个毒株均为基因Ⅰ型和血清1型毒株,分为2个进化分支,除YNTC06与GXN119和HM88单独属于分支Ⅲ外,其余云南毒株均分布在分支Ⅰ上,且进一步分为3个小亚分支。遗传进化分析表明,各毒株氨基酸位点均存在不同程度的变异,其中YNTC06在360、369、375等多个NP抗原位点存在变异;云南毒株在GP330、333位毒力决定位点未发生变异,均为强毒株。结论云南狂犬病毒属于基因Ⅰ型,存在2个分支;云南狂犬病毒NP和GP存在特异性氨基酸变异位点,其基因结构及变异、亚组群划分与地理位置无相关性。  相似文献   

11.
目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据.方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征.结果 A/EN/Guangzho u/13 5 6 5/2018(H6 N2)...  相似文献   

12.
目的测定H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99(CK/GS/2/99)分离株的基因组序列并与参考毒株进行同源性分析,阐明该毒株的遗传变异及分子特征。方法采集发病鸡泄殖腔样品,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,采用RT-PCR方法对CK/GS/2/99株的8个分节段基因进行扩增,分别将其克隆到pGEM-T easy载体后进行序列测定与同源性分析。结果CK/GS/2/99株PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS基因的开放阅读框分别由2280、2274、2151、1683、1497、1401、759、864个碱基组成,分别编码759、757、716、560、498、466、252/97、231/122个氨基酸残基。该毒株HA上HA1和HA2裂解位点序列为PARSSR↓GLF,具有典型的低致病性禽流感病毒的特征。同源性分析显示,CK/GS/2/99株与1998-2002年间大部分中国大陆分离株遗传关系较近,尤其与CK/NX/4/99和CK/HB/31/00株遗传关系密切。结论CK/GS/2/99与大部分流行于中国内陆的H9N2亚型毒株均来源于共同的祖先毒株CK/BJ/1/94,这为了解中国H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学提供了资料。  相似文献   

13.
目的 对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法 通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果 2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论 广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大, 2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。  相似文献   

14.
目的分析2017年10月—2019年9月新疆B型流感病毒NA基因,为流感NAI抑制剂的使用提供依据。方法选取2017年10月—2019年9月分离的9株B/Yamagata系毒株和13株B/Victoria系毒株,采用逆转录—聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因后测定核苷酸序列,用MEGA 5.0,CExpress和BioEdit生物软件分析测序结果、基因特性并建树。结果13株Victoria系B型毒株与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸同源性为97.9%~100.0%,核苷酸进化树显示,13株Victoria系B型毒株与疫苗株为同一分支,且远离国外B型流感耐药株B/North Carolina/03/2011 I21V和B/North Carolina/11/2010 I21V;9株Yamagata系B型毒株与疫苗B/Phuket/3073/2013株核苷酸同源性为96.4%~99.9%;9株Yamagata系B型毒株与疫苗株为同一分支,且远离国内耐药株B/Beijing-Xicheng/11496/2011 D197N和国外B型流感耐药株B/Ontario/006876/2011 H273Y;所有毒株的NA蛋白酶催化位点和辅助位点,均未发现耐药位点的替换。结论2017—2019年新疆B型流感病毒NA基因未发生耐药位点突变,与对应疫苗株的核苷酸同源性较高,仍对NAI抑制剂敏感;应继续加强流感监测。  相似文献   

15.
目的 明确一株人甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒的遗传背景,建立流感病毒反向遗传的平台.方法 对分离自汕头市儿童的一株人甲型H1N1流感病毒进行空斑纯化;利用甲型流感病毒通用引物,对该病毒全基因组的8条片段(PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M和NS)进行RT-PCR全长克隆、DNA测序及初步生物信息学分析;将其8条全长基因组片段分别插入反向遗传通用载体,构建人甲型H1N1流感病毒的反向遗传系统.结果 RT-PCR克隆得到该H1N1毒株的8条全长片段,经测序分析确认该毒株的基因序列,该毒株与2006年至2008年分离的人甲型H1N1流感病毒具有很高的同源性,未出现奥司他韦或金刚乙胺抗药性的遗传突变.PCR与测序证实,插入该菌株8个全长基因组片段的载体序列完全正确.结论 成功构建了该毒株的感染性克隆.获得了该毒株全基因组序列,为明确病毒遗传信息、提供流行病学监测数据、建立流感病毒反向遗传平台奠定了研究基础.  相似文献   

16.
目的探究2006年福州市流行的乙型流感病毒血凝素基因变异特点及种系进化分布。方法采用狗肾传代细胞培养分离流感病毒,用血凝和血凝抑制试验进行流感病毒型和亚型鉴定,选取部分乙型流感病毒株提取病毒RNA,采用逆转录-聚合酶链反应扩增乙型流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果2006年福州市人群中同时流行着乙型Yamagata系和Victoria系毒株。Victoria系毒株为主要优势流行株。2006年分离的Yamagata系毒株与B/Shang-hai/361/02比较,在血凝素基因HA1区发生6-7个氨基酸替换,在196位增加一个糖基化位点。2006年分离的Victoria系毒株与B/Zhejiang/2/01比较,在HA1区发生8-9个氨基酸替换,在197位增加一个糖基化位点。结论2006年福州市人群中流行的乙型流感病毒与B/Shanghai/361/02和B/Zhejiang/2/01相比基因特性已发生了进一步改变。  相似文献   

17.
目的对长沙市首例人源H9N2禽流感病毒进行病毒分离与HA基因特征序列分析。方法用细胞培养法在可疑病例标本中分离H9N2禽流感病毒毒株,RT-PCR方法扩增禽流感病毒HA基因全长并测序,对所得结果进行氨基酸同源性与进化树分析。结果分离的毒株命名为A/Hunan/44558/2015,GenBank登录号为KX595338。毒株存在2处新发突变位点,HAT197D、HAD483N,第313位出现与湖南省人源H9N2毒株A/Lengshuitan/11197/2013相同的糖基化位点NCS。与A/Wild Chicken/Shanghai/C1/2014和A/Environment/Hunan/28028/2014的同源性分别为97.9%和97.6%。进化树分析分离的毒株处于Y280分支。结论发现病毒2处新的基因突变位点,与2014年湖南省环境源毒株同源性较高,存在基因交换重组,从分子水平揭示病毒HA基因的进化趋势。  相似文献   

18.
目的 了解2011-2012年青海省乙型流感病毒HA1基因变异情况。方法 随机选择2011-2012年流感病原监测中分离到的乙型流感毒株,提取病毒RNA,通过RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,采用DNA Star 5.0 MegAlign和MEGA4.0生物软件对测序结果进行分析处理,推导出氨基酸序列并进行基因特性分析。结果 12株Victoria系乙流感病毒HA1区域核苷酸序列与2009-2011年WHO推荐疫苗株B/Brisbane/60/2008同源性为88.6%~95.7%,氨基酸替换数在2~5个,所有分离株均在1个相同的氨基酸位点发生了相同的替换,部分分离株在320位减少了一个糖基化位点。5株Yamagata系乙型流感病毒HA1区域核苷酸序列与2011-2012年WHO推荐疫苗株B/Wisconsin/01/2010HA1区相比较同源性为97.7%~99.3%,氨基酸替换数在2-3个,所有分离株均在2个相同的氨基酸位点发生了相同的替换(N116K,D196N),在196位增加了一个糖基化位点。结论 青海省2011-2012年乙型流感病毒HA1基因特性正在逐渐发生变异,但尚未形成抗原漂移,今后在流感监测工作中要加强流感病原学的监测,及时发现新的乙型流感病毒变异株。  相似文献   

19.
目的 分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论 2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。  相似文献   

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