自噬相关基因对老年女性乳腺癌预后预测的价值

目的:探索自噬相关基因(ARG)对老年女性乳腺癌预后预测的价值.方法:分别从TCGA和HADb数据库中下载得到老年女性乳腺癌504例的病例信息和ARG信息.将病例按7:3的比例分为训练集(n=356)和验证集(n=148).乳腺癌患者总生存期定义为从随机化开始至因任何原因死亡的时间.在训练集中,通过Cox回归分析筛选与...     

自噬在膀胱癌治疗中的研究进展

自噬的研究是目前生物医学领域的热点之一,其广泛参与机体各种生理和病理过程,自噬相关基因在膀胱癌的发生、发展过程中发挥重要作用,与膀胱癌抗肿瘤药物治疗不敏感及耐药密切相关。药物治疗是预防膀胱癌术后复发的重要方式,也是晚期膀胱癌的主要治疗方式之一,而自噬与膀胱癌药物治疗的耐药性密切相关,因此调控自噬可能有助于增强现有的治疗方法的疗效,并有助于开发新的治疗方法。目前,对许多膀胱癌化疗药物的作用机制及其产生耐药性的原因仍缺乏系统认识,自噬的相关研究将给膀胱癌的防治提供新颖、可行的思路及科学有效的依据。     

与胰腺癌免疫预后相关的自噬相关基因预测

目的 通过表征自噬相关基因(ARGs)在胰腺癌(PAAD)中的表达模式和预后,寻找与胰腺癌免疫治疗预后不良相关的候选基因.方法 从人类自噬数据库(HADb)和基因集富集分析(GSEA)网站获得566个自噬相关基因,通过GEPIA、Kaplan-Meier Plotter和cBioPortal数据库检测胰腺癌患者中ARG...     

舌癌与自噬相关基因的研究进展

自噬是细胞通过溶酶体降解细胞内废物,维持细胞稳态的一种进化上保守的行为。自噬与癌症的关系具有两面性,一方面可以自食,另一方面在癌细胞形成后,又可通过自噬为癌细胞提供存活的能量。舌癌作为一个高发、预后差的癌症,为近年来研究的热点。迄今为止,已有30多种自噬相关基因及其蛋白质被发现并研究,其与癌症有着不可分割的关系。通过研究自噬基因与舌癌的关系,可以为舌癌的治疗及预后评估提供依据。     

基于自噬相关基因的肝细胞癌患者预后预测模型

目的:通过自噬相关基因表达水平来构建一个肝细胞癌患者预后预测模型并进行验证.方法:从TCGA及ICGC数据库下载肝细胞癌患者基因表达数据及相应临床数据.在TCGA组中通过单因素Cox分析找到肿瘤组织与正常组织间差异表达的自噬相关基因,再筛选出与患者总体生存期显著相关的差异表达基因作为候选建模基因,通过Lasso回归分析...     

自噬相关基因在急性髓系白血病中的预后意义

目的 基于生物信息学方法,研究自噬相关基因在急性髓系白血病(AML)中的预后意义.方法 根据从The Cancer Genome Atlas (TCGA)数据库下载AML的RNA-seq数据和临床数据,基于自噬基因的表达谱,使用单因素Cox回归分析确定与AML的总生存期(OS)显著相关的自噬相关基因;使用LASSO回归...     

自噬基因结肠癌预后模型建立及验证

目的 通过筛选结肠癌预后自噬相关基因,构建一种基于差异表达自噬基因的结肠癌预后模型,探讨其特征及临床意义.方法 在癌症基因组数据库(TCGA)中,检索结肠癌的转录组数据,利用wilcox检验进行差异分析,筛选出结肠癌差异表达的自噬基因,对其进行KEGG pathway和GO功能富集分析.结合临床信息,使用COX分析筛选...     

基于TCGA数据库的肝细胞癌自噬相关基因预后风险模型的建立

目的 基于自噬相关基因(ATGs)构建肝细胞癌病人预后风险模型.方法 TCGA数据库下载374例肝细胞癌及50例正常肝组织的转录组数据和临床信息,首先筛选出差异表达基因(DEGs),然后从中筛选出差异表达的ATGs(DEATGs),最终利用单因素Cox回归分析、LASSO回归分析以及多因素Cox回归分析构建预后风险模型...     

自噬在膀胱癌中的研究进展

自噬是真核细胞所特有的细胞内物质成分被溶酶体降解过程的统称,可以把细胞内废弃的蛋白、受损的细胞器和其他生物大分子等有害物质清除,并使降解产物得以重复利用。自噬在细胞的病理过程中发挥着重要作用,正常的细胞自噬和异常的细胞自噬分别发挥着阻止恶性肿瘤的发生和促进恶性肿瘤的发生的作用。膀胱癌是我国最常见的恶性肿瘤之一,近年来研究表明自噬与膀胱癌发生发展有着密切的关系,自噬在膀胱癌化疗及综合治疗方面的作用也被进一步认识,各种抗肿瘤药物与自噬的关系也被初步了解,可以为膀胱癌的治疗提供新的方向。     

基于TCGA 数据库的肺腺癌自噬基因预后模型的建立与应用

摘要 ：目的 利用 TCGA 数据库建立预测肺腺癌预后的自噬相关基因预后模型。 方法 通过 R 语言软件筛选出 TCGA 数据库中肺腺癌样本及癌旁样本中差异表达的自噬基因,探讨其潜在功能。R（v 3.6.1）筛选预后相关的自噬基因（ATG）,计算各样本的风险值（RS）并构建预后模型,进一步探讨RS与生存关系。同时验证ATG与对临床信息的相关性。结果 共筛选出 9个表达差异ATG（RAC1、SQSTM1、CD46、NRG3、IKBKB、VMP1、WIPI1、FKBP1B、IKBKB）。Kaplan-Meier 生存分析证实,高RS的LUAD患者总体生存率明显缩短 （p<0.05）。Cox 回归分析显示RS是肺腺癌患者独立预后因素（p<0.05）。结论 RS可用于预测肺腺癌细胞癌患者的预后,有利于进一步指导临床治疗。     

基于离子通道相关基因的膀胱癌患者预后风险评估模型构建

目的:基于离子通道相关基因（ICRG）构建膀胱癌患者预后风险评估模型。方法:首先从已有研究中获得ICRG。患者临床信息和信使RNA表达均从癌症基因组图谱数据库膀胱癌数据集下载。接着,采用Cox回归分析和最小绝对收缩与选择算子回归分析筛选预后相关基因并通过免疫组织化学及定量逆转录量聚合酶链反应结果验证相关基因的表达。然后,构建预测膀胱癌患者预后的风险评分方程并根据风险评分的中位数将患者分为高风险组和低风险组,比较两组免疫细胞浸润丰度差异。应用Kaplan-Meier生存曲线及应用受试者操作特征曲线（ROC曲线）评估风险评分方程的准确性以及临床应用价值。最后,通过单因素和多因素Cox回归筛选与膀胱癌患者预后相关的影响因素构建膀胱癌患者预后的列线图。结果:通过比较膀胱癌组织与健康膀胱组织中ICRG的表达水平,发现共有73个ICRG差异表达,其中11个与膀胱癌患者的预后相关。Kaplan-Meier生存曲线结果提示,基于这11个基因构建的风险评分与患者预后呈负相关;随时间变化的ROC曲线结果显示,风险评分预测患者1、3、5年预后的曲线下面积分别为0.634、0.665、0.712。分层分析发现...     

基于TGGA数据库构建肺腺癌自噬相关基因预后风险模型

目的 基于TCGA数据库,结合人类自噬数据库构建预测肺腺癌患者预后的风险模型,探讨自噬相关基因预后风险模型对肺腺癌患者预后的预测性能及与免疫微环境的相关性。方法 从癌症基因组图谱数据库下载肺腺癌患者临床信息和转录组数据,结合人类自噬数据库筛选出232个自噬相关基因。通过Cox回归分析筛选出4个独立与预后相关的自噬基因,并采用风险评分构建肺腺癌预后预测模型,用ROC曲线评价预测模型性能。使用ESTIMATE和CIBERSORT在线网站(https://cibersort.stanford.edu/)探索风险评分与肿瘤免疫微环境之间的关系。结果 肺腺癌中有30个差异表达的自噬相关基因,其中4个自噬基因(BIRC5、ERO1A、ITGB4、NLRC4)具有预测患者预后的功能。依据风险评分进行分组,Kaplan-Meier分析表明高风险组生存率低于低风险组(P <0.000 1)。ROC曲线表明风险评分模型判断肺腺癌预后的准确性(AUC=0.757)。ESTIMATE和CIBERSORT分析提示风险评分模型与肿瘤微环境中的多个免疫细胞亚群浸润相关。结论 自噬相关基因预后风险模型较临床数据...     

自噬相关基因16 L1与相关性疾病的研究进展

细胞自噬广泛存在于人体合成代谢和分解代谢的过程中,自噬相关基因16 L1(ATG16L1)位于2号染色体（2q37.1）的长臂上,是自噬过程中必不可少的大型蛋白质复合物的重要组成部分。研究发现,ATG16L1与炎症性肠病、细菌感染、肿瘤等的发生密切相关。现对ATG16L1与相关疾病的研究进展作一综述,从遗传方面揭示疾病的诱因并充分与自噬途径相结合,从新的角度为疾病的诊断及治疗提供了新的思路。     

构建基于自噬相关lncRNAs皮肤黑色素瘤预后模型

目的：构建预测皮肤黑色素瘤（SKCM)预后的自噬相关长链非编码RNA(lncRNAs)风险模型,寻找与SKCM预后相关的新的生物学标志物。方法：从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得SKCM的lncRNAs的表达谱,以构建自噬基因与lncRNAs共表达网络。Lasso回归和多因素Cox回归寻找与自噬相关lncRNAs。根据自噬相关lncRNAs建立风险评分,并使用Cox回归检验其是否为独立的预后因素。利用GO和KEGG分析自噬相关lncRNAs的功能富集。结果：SKCM中鉴定出有11个自噬相关lncRNAs,其中7个（USP30-AS1、HCP5、WAC-AS1、EBLN3P、AL162171.1、LINC00339、THCAT158）是保护性因素,4个（LINC00518、AC009570.1、AC009495.2、LINC00665）是危险因素。根据风险评分Kaplan-Meier生存分析发现,高风险组SKCM预后明显差于低风险组,差异有统计学意义（P<0.001）。Cox回归提示风险评分（HR=1.333,95%CI:1.214～1.465,P<0.001）是影响S...     

自噬相关基因频率分布特征与肺结核相关性研究

目的 根据肺结核患者自噬相关基因(ATG)频率分布特征探讨ATG位点多态性与肺结核易感相关性.方法 应用SequenomMassArray质谱阵列技术对202例肺结核患者(病例组)及222例健康体检者(对照组)ATG的18个单核苷酸多态性(SNP)位点进行基因分型,统计分析各位点基因型与肺结核易感相关性.结果 在肺结核患者和对照组中,校正了性别、年龄等因素后,通过二元logistic回归分析发现ATG4A基因rs807185和rs5973822位点基因型和等位基因频率分布差异有统计学意义(P＜0.05).通过体质量指数(BMI)分层分析,发现这一差异在高BMI人群中更为显著,且均有病例组人群分布频率低于对照组的表现,其余16个SNP位点差异均无统计学意义.结论 ATG4A基因rs5973822和rs807185位点多态性可能与肺结核易感性相关联,且在高BMI群体中差异更显著.     

基于HER-2相关基因构建风险模型用于膀胱癌生存预后评估

目的：探讨HER-2相关基因(the human epidermal growth factor receptor-2-related genes, HRGs)与膀胱癌生存预后的相关性,并基于HRGs构建一种膀胱癌患者生存预后的预测模型。方法：从癌症基因组图谱(the cancer genome atlas, TCGA)中下载膀胱肿瘤组织mRNA测序数据和临床数据,通过与分子签名数据库(the molecular signatures database, MSigDB)中HER-2相关的基因联合分析鉴定膀胱癌中的HRGs。利用单因素和多因素Cox回归分析进一步明确与膀胱癌生存相关的HRGs(P<0.05),并构建HRGs风险模型(HRGs risk score model, HRSM),根据风险评分取中位数将膀胱癌患者分成高风险组和低风险组。利用R语言对高风险和低风险组的患者进行生存分析,并对HRGs与临床特征的相关性进行分析。利用多因素Cox回归分析,验证影响膀胱癌患者预后的独立因素。计算HRSM的受试者工作特征曲线(receiver operating characteris...     

基于TCGA数据库构建肾透明细胞癌自噬相关基因风险预测模型

目的 基于TCGA数据库中差异表达自噬相关基因(DEARGs)构建肾透明细胞癌(ccRCC)预后预测模型.方法 从TCGA数据库中下载537例ccRCC及96例正常组织RNA测序数据,提取自噬相关基因(ARGs)表达谱.通过对比癌和正常组织,获取差异表达基因列表,将其中489例有配对临床信息的ccRCC样本通过随机抽样的方法按照7:3的比例拆分为训练组(n=344)与验证组(n=145),在训练组中利用单因素和多因素Cox回归分析构建预后预测模型,并在验证组中对模型进行验证评估.结果 分析筛选出36个DEARGs,运用单因素和多因素Cox回归分析筛选得8个DEARGs(CX3CL1、PRKCQ、RAB、VMP1、IFNG、EIF4EBP1、ATG16L2和BID)及其风险系数(coefficient,COEF),并计算每位患者的风险评分(RS),以中位风险评分(RS)为截断值,将训练组和验证组的患者分为低风险组和高风险组.Kaplan-Meier法和Log-Rank法分析显示,RS高的患者总体生存率差于评分低的患者(P<0.05).研究在验证组得到一致性的结果(P<0.05).此外,多因素回归分析揭示该预测模型是ccRCC患者预后预测的独立风险因子(P<0.05).结论 自噬相关差异表达基因是ccRCC患者潜在的诊断和预后评估标志物,可为患者术后个体化治疗提供理论支持.     

浅表型膀胱癌p53基因过度表达的预后价值

用抗ｐ５３单克隆抗体ＤＯ－７检测４９例浅表型膀胱癌病理蜡块，获总阳性率２８．６％（１４／４９）。其中血管浸润组阳性率６０％（６／１０），显著高于无血管浸润组的２０．３０％（８／２９，Ｐ〈０．０５）。病理分级Ｇ１阳性率１３．６％（３／２２），Ｇ２３８．９％（９／２１），Ｇ３５０％（４／６），总体构成比无统计学意义。初步随访结果表明，除病理分级外，ｐ５３阳性及血管浸润与否均与疾病进展无相关性。但ｐ５３     

自噬与女性生殖道感染病原体的关系

自噬是真核细胞中高度保守的"自食"现象,通过自噬-溶酶体过程,实现胞内物质循环,参与病原体-宿主反应,在感染性疾病的发生发展中举足轻重.自噬具有"双刃剑"效应,适度的自噬具有保护作用,但包括人生殖道感染的病原体在内,多种致病微生物已经进化出破坏自噬和/或利用这一过程来促进其复制和持久生存的策略.这篇综述阐述了感染女性生...