丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2核酸适配子的筛选

目的获得与丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2特异结合的高亲和力的DNA适配子。方法应用配基指数富集的系统进化(SELEX)技术进行HCV-NS2蛋白适配子筛选,将筛选得到的适配子克隆测序,应用DNAMAN软件对适配子一级结构和二级结构进行比对分析。结果重复筛选7轮后,适配子亲和力和特异性都达到最高,克隆测序得到4个适配子序列,命名为A1、A2、A3、A4,其随机序列部分分别为A1:GTGCGTCCCATGCTGCTGACTTAAATGGGTGGAGGGCAG,A2:CGTGAAATTGTTGACCACTCATGGAATCTGATCTCGTTT,A3:GAAAGGGGATAATCACTTAGGCCTCTCGAATAGTTTATC,A4:AGAAAGTTGAGAACTGCTGTTATTTTGTTAACGTACATG。经软件分析,适配子之间没有共同保守序列和同源序列,适配子的二级空间结构以茎环和口袋结构为主。结论获得了能与HCVNS2蛋白高亲和力和特异性结合的DNA适配子。     

芽孢杆菌外毒素保护性抗原与上游强启动子穿梭载体的构建

目的 构建携带炭疽芽孢杆菌保护性抗原（PA）的两种穿梭载体与上游强启动子。方法 将解淀粉芽孢杆菌的α-淀粉酶启动子克隆到载体pblueseript—sk（＋）上，构建载体pBLKSP；以A16R疫苗株（Tox＋，Cap-，弱毒株）DNA为模板，设计合成内外侧引物巢式PCR扩增获得保护性抗原（PA）的全基因，先克隆到载体pBLKSP，再将其和质粒PUB110重组构建成两种穿梭载体。结果 酶切鉴定显示所切下的片段大小均与预计相符。测序结果与文献报道序列及预计结果一致。结论 成功构建了带有强启动子的两种穿梭载体。为在无毒炭疽疫苗株中的高效表达和炭疽芽孢杆菌的分子疫苗研究奠定了基础。     

SELEX技术筛选HCV非结构蛋白NS3的DNA适配子

目的 用配基指数富集的系统进化技术(SELEX)技术筛选丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS3的DNA适配子.方法 构建随机ssDNA文库,两端为固定序列,中间为39 nt的随机序列,总长度为85 nt,将NS3蛋白包被在96孔板上,ssDNA与NS3蛋白进行亲和反应,洗去未结合的ssDNA,洗脱回收与NS3蛋白结合的DNA,PCR扩增后,磁珠法分离成单链.重复以上筛选步骤,直至筛选出高特异性和亲和力的核酸适配子.将核酸适配子连接质粒载体克隆转人大肠杆菌,挑选阳性克隆提取质粒外送到公司进行测序.结果 通过8轮筛选,成功筛选出DNA适配子,并获得其中6条克隆的DNA一级序列.6条适配子序列长度相同,均为85 nt,两端固定序列与设计相符,中间为随机序列,随机序列无共同保守系列.所有寡核苷酸适配子的二级结构以茎环和凸环为主.结论 以NS3蛋白作为药物研究的靶点,结合SELEX筛选技术研究其核酸适配子,具有巨大的潜力和研究价值.     

人重组S100A8蛋白适配体的筛选和结构分析

目的:筛选人重组S100A8蛋白特异性的适配体。方法:采用配体指数级富集系统进化(systematic evolu-tion of ligand by exponential enrichment,SELEX)技术,以人重组S100A8蛋白为靶蛋白,以微孔板为筛选介质,从体外合成的随机单链DNA文库中筛选其适配体。利用生物素-链霉亲和素-辣根过氧化物酶系统检测每轮单链DNA文库与靶蛋白的亲和力直至亲和力的上升趋于饱和,将最后一轮筛选产物克隆测序,并进行生物信息学分析。结果:经过11轮筛选,单链DNA文库与人重组S100A8蛋白的亲和力趋向稳定,将第11轮筛选产物克隆测序,对获得的30个适配体进行分析。一级结构分析显示30个适配体并无共同的保守序列,但有3对适配体序列完全一致。二级结构预测分析表明,茎环和口袋结构为主要的结构形式,提示其可能是适配体与人重组S100A8蛋白特异性结合的基础。根据茎环和口袋的相对比例可将30个适配体分为4组,其中第1组中35号适配体与人重组S100A8蛋白亲和力最高。结论:获得了与人重组S100A8蛋白特异性结合的适配体群,为后续适配体的应用研究以及S100A8蛋白功能的研究奠定了基础。     

人重组S100A8蛋白适配体的筛选和结构分析

目的：筛选人重组S100A8蛋白特异性的适配体。方法：采用配体指数级富集系统进化（systematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX）技术,以人重组S100A8蛋白为靶蛋白,以微孔板为筛选介质,从体外合成的随机单链DNA文库中筛选其适配体。利用生物素-链霉亲和素-辣根过氧化物酶系统检测每轮单链DNA文库与靶蛋白的亲和力直至亲和力的上升趋于饱和,将最后一轮筛选产物克隆测序,并进行生物信息学分析。结果：经过11轮筛选,单链DNA文库与人重组S100A8蛋白的亲和力趋向稳定,将第11轮筛选产物克隆测序,对获得的30个适配体进行分析。一级结构分析显示30个适配体并无共同的保守序列,但有3对适配体序列完全一致。二级结构预测分析表明,茎环和口袋结构为主要的结构形式,提示其可能是适配体与人重组S100A8蛋白特异性结合的基础。根据茎环和口袋的相对比例可将30个适配体分为4组,其中第1组中35号适配体与人重组S100A8蛋白亲和力最高。结论：获得了与人重组S100A8蛋白特异性结合的适配体群,为后续适配体的应用研究以及S100A8蛋白功能的研究奠定了基础。     

以大肠埃希菌tolC蛋白为靶标的适配体的筛选及结构分析

目的:筛选大肠埃希菌外排泵tolC蛋白的核酸适配体.方法:重组表达大肠埃希菌外排泵外膜蛋白tolC,利用指数富集的配体系统进化技术(stematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX)从单链DNA文库中筛选出一组能够特异性与其结合的核酸适配体.利用FITC荧光素标记技术检测每轮单链DNA文库与靶蛋白的亲和力,直至亲和力的上升趋于饱和,将最后一轮筛选产物克隆测序,并用DNAman软件分析其二级结构.结果:经过12轮筛选,单链DNA文库与靶标蛋白的亲和力趋向稳定,将第12轮筛选产物克隆测序,对获得的23个适配体进行分析.一级结构分析显示23个适配体并无共同的保守序列,但分别有3对和2对适配体序列完全一致.二级结构预测分析表明,茎环结构为适配体主要的结构形式,提示其可能是适配体与tolC蛋白蛋白特异性结合的基础.根据二级结构特点可将23个适配体分为4个家族,其中20号适配体与靶标蛋白亲和力最高.结论:成功利用SELEX技术筛选获得了特异结合tolC的高亲和力的核酸适配体,为大肠埃希菌耐药干预及机制研究奠定了基础.     

H22肿瘤细胞aptamer的筛选与结构分析

目的：获得与H22肿瘤细胞特异性结合的aptamer。方法：利用SELEX技术,以小鼠DC细胞为反筛选细胞,以H22肿瘤细胞为靶细胞,从体外合成的80bp随机单链DNA文库中筛选出能与H22肿瘤细胞特异结合的aptamer。采用荧光标记引物法检测aptamer与H22肿瘤细胞的亲和力：所获得的aptamer采用MACAWv2．05软件进行aptamer序列的一级结构同源序列比较,用DNASISv2．5软件计算分析序列最低二级结构能量值,获得其二级结构模拟图。结果：本实验设计的文库序列：5’-CGTCGCTGCACATTCCG—N46-CGCACAGCTGGGAGTAC-3’具有较高的扩增效率,适合于aptamer与以细胞为靶物质的筛选。经过11轮循环筛选,随机单链DNA文库与靶细胞结合的荧光强度从1％上升到59％,结合曲线进入平台期,表明结合已基本处于稳定状态,因此可以判断aptamer与靶细胞的结合基本已经处于饱和状态：对所获得的32个aptamer进行测序,然后进行一级结构和二级结构分析。一级结构分析获得5个保守序列：AGGGA、AGAAGG、GTGAXAA、ATAGT、CAAGG,其余10个aptamer无同源序列。二级结构分析表明,aptamer形成的茎环、凸环结构可能是与H22肿瘤细胞特异性结合的结构基础。亲和力检测结果表明第24号aptamer具有最强的亲和力。结论：利用随机单链寡核苷酸文库成功获得与H22肿瘤细胞特异结合的aptamer,其一级和二级结构与亲和力密切相关。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2核酸适配子的功能鉴定

目的对丙型肝炎病毒非结构蛋白NS2核酸适配子功能进行鉴定。方法应用ELISA方法检测适配子与HCV-NS2蛋白的亲和力,检测适配子与HCV阳性血清的结合能力和适配子与不同比例稀释的HCV阳性血清的结合能力,并与HCV阴性血清比较。结果筛选得到4条适配子序列A1、A2、A3、A4。4条适配子与HCV-NS2蛋白的亲和力检测吸光度值分别为:A1:0.263、A2:0.515、A3:0.427、A4:0.339,均高于阴性对照吸光度值0.001,差异有统计学意义(P≤0.001);4条适配子均与HCV-NS2蛋白有较高的亲和力,其中,适配子A2与HCV-NS2蛋白的亲和力最高。适配子A2与10人份不同人来源的HCV阳性献血者血清(P1-P10)的结合吸光度分别为0.157、0.145、0.165、0.140、0.241、0.129、0.137、0.222、0.138、0.136,高于其与阴性血清结合吸光度0.006,差异有统计学意义(P≤0.001)。HCV-NS2与1∶0、1∶1、1∶2稀释的HCV阳性血清结合吸光度分别为0.223、0.151、0.093,均高于其与阴性血清结合吸光度0.005,差异有统计学意义(P≤0.001);HCV-NS2适配子与不同比例稀释的HCV阳性血清的结合呈剂量依赖性。结论筛选得到的HCV-NS2适配子功能鉴定表明其具有较强的应用价值。     

适配子治疗获得性免疫缺陷综合征的研究进展

适配子(aptamer)是在体外人工合成的具有特定3级结构的单链DNA或RNA分子,从随机寡核苷酸文库中通过配体指数富集系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential Enrichment,SELEX)筛选出来,能与靶分子以高亲和力、高特异性结合。由于适配子和靶分子结合后可阻断靶分子的生物学活性,与相应抗体分子相比,适配子具有许多优越性,如分子量小、易于修饰、无免疫原性等,因而在各种疾病的治疗中具有广阔的应用前景。文中就适配子治疗人类免疫缺陷病毒1(human immunodeficiency virus 1,HIV-1)感染所致的获得性免疫缺陷综合征(acquired immune deficiency syndrome,AIDS)的研究进展作一综述,以深入研究适配子对病原体感染的治疗作用。     

SARS-CoV 5''''UTR在基因转录中的启动子活性

目的了解SARS-CoV不同毒株5′UTR RNA的构成特点和差异及其空间结构；研究该序列在真核细胞中的启动子活性。方法用软件DNAStar-MegAlign和BLAST分析SARS-CoV5′UTR序列同源性、RNADraw3．0预测二级结构；构建5′-UTR cDNA序列驱动的荧光素酶基因表达质粒pGL3-5′-UTR，转染HepG2细胞，检测萤火虫荧光素酶的表达；构建一套缺失突变质粒，使其分别3′端残留三个、两个、一个和零个（完全缺失）茎环，检测报告基因的表达；采用5′RACE，查找转录起始位点；将pGt3-5′UTR转染A549、HepG2、VeroE6、HeLa和ECV304．检测报告基因的表达差异。结果SARS-CoV5′UTR全长为264nt，18株有缺失突变均位于5′端。101个SARS-CoV 5′UTR序列中．共发现5个点突变位置：SARS-Cov5′UTRRNA可形成稳定的二级结构。Stem-loop-Ⅱ含多个茎环结构，形成复杂的假结；pGL3-5′-UTR有明显的萤火虫荧光素酶表达；当4个茎环都具备时，荧光素酶相对活性是SV40启动子的约43％；失去第一个茎环后。是SV40启动子的约45％；而失去前两个后，则不表达荧光素酶；转录起始位点在SARS-CoV5′UTR的第56位核苷酸；在五种不同细胞中，表达强度由高到低依次是：A549、HepG2、ECV304、HeLa和VeroE6。结论①SARS-CoV5′UTR序列保守，二级结构可形成4个茎环结构域；②SARS-CoV5′UTR有启动子活性；③在二级结构中，与启动子活性有关的结构域在前两个茎环；④SARS-CoV5′UTR在调控基因转录时，第56位核苷酸及其下游的TRS具有重要作用；⑤多种组织或器官都可为SARS-CoV5′UTR发挥启动子功能提供辅助因子，而以肺源性细胞最为适合。     

突变型人膜联蛋白V的重组表达

目的将人膜联蛋白V基因突变后转化入毕赤酵母重组表达,从培养液中纯化出具有内在金属螯合位点的活性突变型人膜联蛋白V。方法应用特异引物将天然人膜联蛋白V基因的5'和3'端进行突变改造,将突变型膜联蛋白V基因插入到pPIC9K质粒并进行基因测序鉴定。将正确连接的表达质粒线性化后用电穿孔法转化到毕赤酵母GS115中。通过MD平板筛选转化子、BMGY培养基培养、甲醇诱导表达目的蛋白质。培养物经过离心获取上清液,用SDS-PAGE和银染分析蛋白质的表达情况,通过外露磷脂酰丝氨酸的红细胞和异硫氰酸荧光素标记膜联蛋白V测定上清液中突变型人膜联蛋白V的结合活性。结果天然人膜联蛋白V基因5'端融合GCAGGCGGCTGCGGCCAT编码序列,3'端946~948位TGT突变为AGC。毕赤酵母转化子分泌产生相对分子质量为36000的蛋白质,其半数抑制浓度为4nmol/L。结论利用毕赤酵母系统表达出高活性的、具有内在金属螯合位点的突变型人膜联蛋白V。     

Is the human dystrophin gene’s intron structure related to its intron instability?

Objective To study the human dystrophin gene molecular deletion mechanism, we analyzed breakpoint regions within junction fragments of deletion-type patients and investigated whether the dystrophin gene’s intron structure might be related to intron instability.Methods Junction fragments corresponding to exon 46 and 51 deletions were cloned. The breakpoint regions were sequenced, and the features of introns with available Genebank sequences were analyzed.Results An analysis of junction fragment sequences corresponding to exon 46 and 51 deletions showed that all 5’ and 3’ breakpoints are located within repeat sequences. No small insertions, small deletions, or point mutations are located near the breakpoint junctions. By analyzing the secondary structure of the junction fragments, we demonstrated that all junction fragment breakpoints are located in non-matching regions of single-stranded hairpin loops. A high concentration of repetitive elements is found to be a key feature of many dystrophin introns. In total, 34.8% of the overall dystrophin intron sequences is composed of repeat sequences.Conclusion Repeat elements in many dystrophin gene introns are the key to their structural bases and reflect intron instability. As a result of the primary DNA sequences, single-stranded hairpin loops form, increasing the instability of the gene, and forming the base for breaks in the DNA. The formation of the single-stranded hairpins can result in reattachment of two different breakpoints, producing a deletion.     

重组 PBP2a 转肽酶区蛋白核酸适配体的筛选及鉴定

目的：筛选和鉴定重组青霉素结合蛋白2a（PBP2a）转肽酶区蛋白的核酸适配体。方法利用指数富集的配体系统进化技术（SELEX）,以重组 PBP2a 转肽酶区蛋白为靶标,从单链 DNA 文库中筛选能与之特异性结合的核酸适配体。筛选产物克隆测序后,对其进行结构分析和特性鉴定。结果经过11轮筛选,单链 DNA 文库与靶标蛋白的亲和力趋向稳定,将第8、10轮筛选产物克隆测序,对获得的40个适配体进行分析,一级结构分析显示40个适配体并无共同的保守序列,二级结构预测分析表明,其可分为3个家族。其中13号适配体与重组 PBP2a 蛋白亲和力最高,并能与之特异性结合。结论利用 SELEX 技术成功筛选出特异性结合重组 PBP2a 转肽酶区蛋白的核酸适配体,为探索耐甲氧西林金黄色葡萄球菌感染的诊疗新途径奠定基础。     

HBV共价闭合环状DNA功能化纳米颗粒制备及鉴定

目的 制备HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)功能化磁性纳米颗粒,为进一步建立富集分离和检测cccDNA方法奠定基础. 方法 通过亲和素修饰纳米颗粒表面,利用亲和素与生物素的亲和作用,将亲和素修饰的纳米颗粒与生物素标记的cccDNA特异性探针偶联,制备cccDNA功能化纳米颗粒,最后用cccDNA探针完全互补的荧光标记序列与功能化纳米颗粒反应,鉴定其特性. 结果 亲和素修饰的纳米颗粒能结合生物素最大量为1 205 ng/mg;通过与亲和素作用,生物素标记cccDNA特异性探针固定在磁性纳米微粒表面,其最大结合生物素标记探针量为3.2×10-9 mol/mg;cccDNA功能化纳米颗粒可捕获与其互补的荧光标记寡核苷酸序列,其最大捕获量为2.0×10-9mol/mg,并能通过变性释放出保持生物学活性游离的荧光标记寡核苷酸序列. 结论 成功构建的cccDNA功能化纳米微粒能有效捕获与其互补的序列,其捕获量能达到cccDNA的分离提取要求.     

THE BASIC CHARACTERISTICS OF THE NUCLEOTIDE SEQUENCE OF 5S RIBOSOMAL RNA FROM THE HUMAN WORM PARASITE FASCIOLOPSIS BUSKI

With the method of rapid gel sequencing, the complete nueleotide sequence of Fasciolopsis buski 5S rRNA has been determined: AAC GGG AUG AAG CUA GAC AUG UGG CGG CCU AGU UGG AGG UCG GAA CUC GGA AGU UAA GGA AUG UUG GGC CUG GUU AGU ACU GGU AUG GGU GAC CUU GGG AAU ACC GGG UGU UGC GUC CA_(OH) This have been compared with 553 species of other organisms 5S rRNA sequences previously published and fitted to a secondary structural model.     

杜氏盐藻2种碳酸酐酶基因5'上游的克隆与序列分析

目的：克隆盐藻2种碳酸酐酶基因(DCA1、CA1)5’上游区序列，并对其进行测序和序列分析。方法：利用Dra Ⅰ、EcoR Ⅴ、PvuⅡ和StuⅠ4种平端限制内切酶分别酶切盐藻基因组DNA，并与衔接头连接，构建成盐藻步行基因组文库GWL1、GWL2、GWL3和GWL4；巢式PCR方法从盐藻步行基因组文库中扩增DCA1和CA1基因5’上游区序列，双脱氧末端终止法测序。结果：DCA1基因，在GWL1、GWL3中分别扩增出约1．3kb和4、5kb的特异带，而CA1基因，则在GW12、GWL4中分别扩增出1．7kb和2．5kb的特异带；序列分析结果表明，所得序列的3’端与已知DCA1、CA1基因cDNA5’端序列完全一致。该2序列均有多个与转录调控有关的保守序列(如TATA—box、CAAT—box)和富含GT的重复序列等许多相似之处。结论：采用基因组步行方法从已知cDNA周围未知启动子或其他调控区域中克隆得到的DCA1、CA1基因的5’上游区序列，可能是2种新的杜氏盐藻碳酸酐酶基因的启动子区序列。     

下调Pygo2抑制脑胶质瘤U251细胞增殖、侵袭及其cyclin D1的表达

目的构建RNA干扰(RNAi)重组体抑制Pygo2的表达,并探讨其对脑胶质瘤U251细胞增殖、侵袭的影响及其机制。方法针对Pygo2cDNA序列设计并合成一对特异性的含有短发卡的寡核苷酸序列及其阴性对照序列,经退火后插入pSuper中构建重组体。经EcoRⅠ和HindⅢ双酶切鉴定和DNA测序后,用脂质体2000将其转染脑胶质瘤U251细胞,采用实时定量PCR和蛋白质印迹方法检测Pygo2shRNA对U251细胞Pygo2mRNA和蛋白表达的干扰效果,MTT法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞周期分布,BrdU掺入法检测DNA合成,Transwell检测细胞侵袭。采用蛋白质印迹和免疫荧光法检测Pygo2shRNA对U251细胞cyclin D1、β-catenin蛋白水平和亚细胞定位的影响。结果双酶切和测序鉴定证实插入序列完全正确;Pygo2shRNA显著抑制了U251细胞Pygo2mRNA和蛋白的表达;Pygo2shRNA抑制U251细胞Pygo2表达后,细胞增殖显著降低,细胞更多地阻滞在G1期,且BrdU掺入显著减少,侵袭细胞数显著减少。此外,抑制Pygo2表达可显著下调U251细胞cyclin D1的表达但不改变其亚细胞定位。U251细胞β-catenin表达及其亚细胞定位无明显改变。结论成功构建了抑制Pygo2表达的重组载体。抑制Pygo2表达能有效地抑制脑胶质瘤U251细胞DNA合成,可能通过下调Wnt信号靶基因cyclin D1的表达,使细胞阻滞于G1期而抑制细胞增殖和侵袭。     

SARS-COV 5′UTR在基因转录中的启动子活性(英文)

目的了解SARS-COV不同毒株5’UTR RNA的构成特点和差异及其空间结构;研究该序列在真核细胞中的启动子活性。方法用软件DNASTAR-MEGALIGN和BLAST分析SARS-COV5’UTR序列同源性、RNADRAW3.0预测二级结构;构建5’-UTR CDNA序列驱动的荧光素酶基因表达质粒PGL3-5’-UTR,转染HEPG2细胞,检测萤火虫荧光素酶的表达;构建一套缺失突变质粒,使其分别3’端残留三个、两个、一个和零个(完全缺失)茎环,检测报告基因的表达;采用5’-RACE,查找转录起始位点;将PGL3-5’UTR转染A549、HEPG2、VERO E6、HELA和ECV304,检测报告基因的表达差异。结果 SARS-COV 5’UTR全长为264NT,18株有缺失突变均位于5’端。101个SAJRS-COV 5’UTR序列中,共发现5个点突变位置;SARS-COV 5’UTRRNA可形成稳定的二级结构。STEM-LOOP-Ⅱ含多个茎环结构,形成复杂的假结;PGL3-5’-UTR有明显的萤火虫荧光素酶表达;当4个茎环都具备时,荧光索酶相对活性是SV40启动子的约43%;失去第一个茎环后,是SV40启动子的约45%;而失去前两个后,则不表达荧光素酶;转录起始位点在SARS-COV 5’UTR的第56位核苷酸;在五种不同细胞中,表达强度由高到低依次是:A549、HEPG2、ECV304、HELA和VERO E6。结论①SARS-COV 5’UTR序列保守,二级结构可形成4个茎环结构域;②SARSC-OV 5’UTR有启动子活性;③在二级结构中,与启动子活性有关的结构域在前两个茎环;④SARS-COV 5’UTR在调控基因转录时,第56位核苷酸及其下游的TRS具有重要作用;⑤多种组织或器官都可为SARS-COV 5’UTR发挥启动子功能提供辅助因子,而以肺源性细胞最为适合。