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相似文献
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1.
背景与目的:原发性肝癌(HCC)是最常见的预后较差的恶性肿瘤之一,其病因与发病机制尚未完全明了,因此,寻找HCC患者可靠的预后指标与生存生物标志物具有重要的临床价值。本研究通过生物信息学方法筛选HCC预后免疫相关基因,并构建基于免疫相关基因标签的预后风险评分模型,为HCC患者的预后评估及个体化治疗的临床决策提供依据。方法:从TCGA数据库获取HCC患者的临床信息以及RNA-seq数据(377个HCC样本和50个相邻的非癌组织样本)。在Immport数据库中下载免疫相关基因资料,使用R语言的limma包在HCC组织中筛选出差异表达的免疫相关基因。利用单变量和多变量Cox比例风险回归模型鉴定出与HCC患者(377个HCC患者中临床资料完整的344例)总体生存率(OS)密切相关的免疫相关基因,并以此构建基于基因标签的预后风险评分模型,对HCC患者预后风险进行评分。同时从上述模型样本中随机抽取50%的病例(172例)为验证样本行内部验证。用Kaplan-Meier方法分析高风险分与低风险分患者的生存状态,用ROC曲线以及C-index分析评估该风险评分的准确性。最后,分析该风险评分与HCC临床病理特征的关系,并采用单因素和多因素Cox回归分析,确定该风险评分作为独立预后因素的有效性。结果:在HCC的癌和癌旁组织中鉴定出329个差异表达的免疫相关基因,其中24个与HCC的OS有关(均P<0.001)。使用前向和后向选择算法进行了多变量Cox比例风险回归分析确定PSMD14、S100A11、FABP6、RBP2、LCNL1、FCN2、NDRG1、CSPG5和NR6A1为OS的9个高风险基因。按此9基因标签预后风险评分模型划分,模型样本中高风险分HCC患者OS明显差于低风险分HCC患者(P=1.715E-08),内部验证样本中得到验证结果相同(P=2.222E-05)。模型样本风险评分模型的ROC下曲线面积(AUC)在1、3年时分别为0.790和0.733,内部验证样本分别为0.799和0.743,C-index分析结果显示,模型样本以及验证样本的C-index分别为0.715(95% CI=0.683~0.829)和0.756(95% CI=0.668~0.762)。HCC的肿瘤分级,病理分期,T分期和新肿瘤事件的发生与风险评分明显有关(均P<0.05)。单因素和多因素Cox分析显示,风险评分是HCC的独立预后因素(单因素:HR=1.057,95% CI=1.041~1.074,P<0.001;多因素:HR=1.050,95% CI=1.033~1.067,P<0.001)。结论:通过TCGA数据库挖掘,鉴定出9个与HCC患者预后密切相关的免疫相关基因,且构建了基于9基因标签的预后风险评分系统,该系统有助于临床医生判断HCC患者预后和制定个性化的治疗方案。  相似文献   

2.
目的:探究细胞焦亡相关基因(PRGs)在肝细胞癌(HCC)中的表达,及其与HCC进展和预后的关系。方法:利用TCGA数据库,分析原发性HCC中细胞PRGs的遗传改变和表达模式的差异,并聚类分析鉴定HCC焦亡亚型;比较HCC焦亡亚型之间患者预后及免疫微环境差异;焦亡评分量化每个样本中PRGs的综合表达,分析焦亡评分与各免疫评分的相关性。结果:原发性HCC存在两种不同的PRGs亚型,PRGs的不同表达模式与原发性HCC的预后和肿瘤微环境密切相关。PRGs高表达的亚型预后较差,功能富集分析发现部分促瘤通路和PD-1检查点通路、与免疫抑制相关的细胞和免疫检查点在该亚型中富集。焦亡评分与肿瘤浸润巨噬细胞、髓源性抑制细胞和Treg细胞浸润呈正相关。结论:PRGs可能在HCC中发挥促瘤及免疫抑制作用,有助于评估HCC患者病情发展和预后。  相似文献   

3.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)目前是全球肿瘤死亡的主要原因之一,越来越多的证据表明,长非编码RNA (lncRNA)可以作为肿瘤预后的生物标志物.然而,lncRNA与HCC生存预后的关系仍未阐明.本研究筛选HCC预后免疫相关lncRNA,并构建预后风险模型.方法:从癌症基因组图谱(TCGA)中下载HCC转录组数据和临床...  相似文献   

4.
[摘 要] 目的 探讨肝细胞性肝癌(HCC)相关基因的差异表达、富集通路和蛋白互作网络,分析差异表达基因与HCC预后的关系。方法分析TCGA数据库中HCC相关RNAseq数据,筛选差异表达基因,明确基因富集的GO和KEGG通路,构建蛋白互作网络,找到核心蛋白,通过生存分析,明确核心基因与HCC预后的关系。结果 通过纳入标准筛选268个差异表达基因,显著富集在GO:mitotic nuclear division (P<0.001),cell division(P<0.001)和negative regulation of growth(P<0.001)及KEGG通路(hsa04110:Cell cycle) (P<0.001),均与细胞分裂与增殖密切相关。通过构建蛋白互作网络,筛选核心基因TOP2A,并在临床样本中得到验证(P<0.001)。生存分析显示,TOP2A的表达量与总体生存时间显著负相关(P=0.002)。结论TCGA高通量数据分析是筛选肿瘤预后靶点的有效途径,TOP2A的高表达是肝细胞性肝癌预后的不良因素。  相似文献   

5.
目的:探讨上皮-间充质转化(EMT)关键基因与结直肠癌(CRC)预后的关系,构建个体化预后风险评分模型。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达数据库(GEO)分别获取416例和532例信息完整的CRC样本数据,从基因集富集分析(GSEA)数据库下载200个EMT相关基因。分析TCGA的测序数据得到肿瘤和正常组织中...  相似文献   

6.
目的 筛选参与肝细胞癌(HCC,简称肝癌)肿瘤进展的代谢重编程相关基因,明确HCC组织标本中ATP柠檬酸裂解酶(ACLY)表达情况,并纳入GEO数据,分析其与HCC临床病理指标的相关性及其在HCC生存预后中的作用。方法 下载TCGA数据库中的HCC表达数据,将50对癌组织与癌旁配对组织样本纳入差异表达基因分析,获得全基因表达谱列表;设置差异表达基因纳入标准,获得差异表达基因列表;通过GSEA、GO及KEGG三种富集方法筛选获得共同的HCC代谢重编程相关基因。采用qRT-PCR检测ACLY在临床组织标本中的表达情况。下载GSE14520数据集并将隶属GPL3921平台的221例生存数据完整的基因芯片表达数据和临床数据纳入研究,通过生存分析、Cox回归分析和临床相关性研究明确ACLY与HCC预后的关系。结果 通过基因富集分析筛选获得26个HCC代谢重编程相关基因。临床标本检测显示ACLY在癌组织中的表达显著高于癌旁组织(P<0.05)。相关性分析表明ACLY表达与TNM分期、CLIP分期和AFP相关(P<0.05);生存分析显示ACLY的表达与HCC总体生存率相关(P<0.05),并与HCC无复发生存有相关性趋势(P=0.05)。Cox回归分析表明ACLY的表达水平与HCC总体生存和术后无复发生存率相关(P<0.05)。结论 本研究获得了26个HCC代谢重编程相关基因,其中ACLY的异常表达与HCC分期显著相关;ACLY的表达水平与HCC预后显著相关,是HCC总体生存的独立风险因素。  相似文献   

7.
目的 探究VAVs家族基因在肝细胞癌(HCC)患者中的表达水平及其在预后中的临床价值,并基于阳性作用基因建立肝癌的预后预测模型。方法 从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载并提取342例HCC癌组织和50例癌旁组织中VAVs家族基因mRNA测序表达数据及其临床信息。比较TCGA中VAVs mRNA在HCC癌组织和癌旁组织中的表达差异,并比较温州医科大学附属第一医院20例HCC患者的癌组织及癌旁组织中VAVs蛋白的表达差异。根据VAVs mRNA表达量中位值分为高表达组(n=171)和低表达组(n=171),比较两组的临床病理特征差异,采用Kaplan-Meier法分析比较两组的生存差异。采用单因素和多因素Cox分析筛选HCC患者预后的危险因素。基于VAV2 mRNA构建HCC生存预后列线图模型,采用受试者工作特征(ROC)曲线及校正曲线来评估模型的预测准确性。结果 对TCGA数据库分析显示,VAV2 mRNA在HCC癌组织中的表达量高于癌旁组织(P<0.05);本中心免疫组化结果表明,VAV2蛋白在HCC癌组织中的表达量高于癌旁组织(P<0.05)。TCGA数据库分析结果...  相似文献   

8.
目的构建基于代谢通路相关基因的乳腺癌预后预测模型并进行验证。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载乳腺癌患者的基因表达数据和临床信息, 然后从基因集富集分析(GSEA)网站提取所有代谢通路相关基因进行差异分析, 获得肿瘤和正常组织中的差异表达基因, 再利用单因素Cox和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析筛选出与预后相关的差异代谢基因用于构建预后风险评分。根据风险评分的中位数, 将患者分为高危组和低危组, 利用Kaplan-Meier生存分析、受试者操作特征(ROC)曲线对预后模型进行效能评价, 并将此模型联合其他临床因素构建列线图, 对乳腺癌患者进行生存率预测。最后通过基因表达综合数据库进行验证。结果通过单因素Cox和LASSO回归分析最后共筛选出了6个代谢相关基因(NT5E、PAICS、PFKL、PLA2G2D、QPRT和SHMT2)用于模型构建。在训练集和验证集中, 预后风险评分均是乳腺癌的独立危险因素, Kaplan-Meier生存分析结果提示, 高危组患者的总生存率均显著低于低危组, 差异具有统计学意义(P<0.001)。并且ROC曲线分析结果表明, 该列线...  相似文献   

9.
目的 :探讨抗氧化相关长链非编码RNAs(lncRNAs)预后风险评分模型对胃癌患者预后的判断价值以及与免疫微环境的关系。方法:通过TCGA数据库下载胃癌转录组数据和临床信息。通过lnc RNAs和抗氧化基因的共表达分析得到抗氧化相关lncRNAs。使用单因素cox回归分析和lasso回归分析筛选并构建风险评分。采用Log-Rank检验比较两组间的生存差异。应用受试者工作特征(ROC)曲线评估预后风险模型对患者预后判断的特异性及敏感度。结合风险评分和临床参数构建列线图。TIMER2.0在线评估每个样本的免疫细胞浸润情况。TIDE网站在线分析每个样本对免疫治疗敏感性。结果:通过单因素cox回归分析和lasso回归分析构建了一个包括12个lncRNAs的风险评分。风险评分是患者预后的独立影响因素[HR=5.406(3.131~9.335),P<0.001]。风险评分与多种抑制性免疫细胞浸润呈正相关(M2型巨噬细胞、肿瘤相关成纤维细胞)。同时发现,高风险组存多种免疫检查点基因的异常表达,TIDE评分更高,提示高风险组对免疫治疗更敏感。结论:基于抗氧化相关lncRNAs风险评分和临床参数...  相似文献   

10.
目的:通过生物信息学数据分析探讨肝细胞癌(HCC)组织中miR-1180的表达及其临床意义。方法:下载GEO(Gene Expression Omnibus)和TCGA(The Cancer Genome Atlas)相关数据集,比较HCC组织和癌旁组织中miR-1180表达量,并分析miR-1180表达量与肝癌患者临床病理特征及预后之间的相关性。利用生物信息学方法对mi R-1180的靶基因进行预测及功能富集分析,并结合预后分析结果筛选miR-1180关键靶基因。结果:mi R-1180在HCC组织中较癌旁组织高表达,且对于HCC具有良好的诊断效能(AUC0.8,均P0.05);miR-1180的表达量与患者年龄、肿瘤家族史、肿瘤分化程度以及AFP等指标明显有关(均P0.05)。生存分析表明HCC组织中miR-1180高表达是影响HCC患者预后的独立危险因素(P0.05)。富集分析提示miR-1180的靶基因主要富集于脂质代谢、细胞迁移、转录调控等功能和脂肪酸降解等通路。PPARGC1A、ALDH2、SARDH、HMGCS2、ESR1、ETS2等为miR-1180关键靶基因,在HCC组织中均表达下调(均P0.05),且相对低表达者预后较差(均P0.05)。结论:mi R-1180在HCC组织中表达升高,其可能作为一种促癌miRNA参与HCC的发生、发展,并具有成为HCC诊断标志物、预后指标及治疗靶点的潜在应用价值。  相似文献   

11.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是一种全球常见的恶性肿瘤,具有高复发率和高病死率。铜死亡是一种新型的程序性细胞死亡,涉及肿瘤细胞的增殖和生长、血管生成和转移。因此,本研究探讨铜死亡相关基因(CRGs)在HCC中的表达与预后的关系,并建立预后相关的列线图模型以及分析CRGs与HCC免疫细胞浸润的关系。方法:使用R语言“limma”包对TCGA数据库下载的HCC组织与正常组织的数据中CRGs进行差异表达分析;“clusterProfiler”包进行GO和KEGG分析;单因素Cox回归分析筛选与预后相关的CRGs,LassoCox回归分析构建HCC中CRGs相关预后评分模型;“ggsurvplot”包以总生存(OS)为结局绘制Kaplan-Meier生存曲线;“survival ROC”包绘制ROC曲线评估预后评分的准确性;“regplot”和“rms”包绘制列线图和校准曲线;利用TIMER数据库分析CRGs的表达与6种免疫细胞丰度之间的关系。结果:与正常组织相比,HCC组织19个CRGs中的16个有差异表达(上调:PDHB、PDHA1、MTF1、LIPT1、LIPT2、LIAS、GLS、DL...  相似文献   

12.
背景与目的 研究发现跨膜蛋白(TMEM)家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌(HCC)中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法 在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果 泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(均P<0.05),且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论 TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。  相似文献   

13.
目的:构建自噬基因表达特征的肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)患者预后的预测模型。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达研究项目(The Genotype-Tissue Expression, GTEx)数据库中分别得到...  相似文献   

14.
背景与目的:胰腺癌是癌症相关性死亡的主要原因之一,是消化系统恶性程度最高的肿瘤,其主要的病理类型为胰腺腺癌(PAAD),预后较差。miR-486-5p在不同癌症中起重要的作用,但尚缺乏miR-486-5p在PAAD中的研究报告。本研究通过生物信息学方法探寻miR-486-5p的靶基因并分析靶基因在PAAD中的表达及意义。方法:使用PROGmiRV2数据库分析miR-486-5p与PAAD预后的相关性。综合运用多个数据平台来预测miR-486-5p的靶基因,并使用DAVID在线数据库对筛选出的靶基因进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科(KEGG)信号通路分析,再以STRING数据库构建靶基因蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并利用Cytoscape软件进行可视化编辑,筛选PPI网络中的核心基因,最后验证筛选出的核心基因,找出与PAAD预后相关的核心基因。结果:miR-486-5p低表达PAAD患者的总生存时间较miR-486-5p高表达患者明显缩短(P0.05)。得到至少被3个数据库预测到的靶基因数目共187个。GO分析显示,靶基因主要参与蛋白质稳定、蛋白质磷酸化、RNA聚合酶II启动子的转录正调节及凋亡过程的负调节等生物学过程;KEGG分析显示靶基因主要参与FOXO信号通路、p53信号通路、Ras信号通路及PI3K-Akt信号通路等。miR-486-5p潜在靶基因的蛋白网络分析发现,SIRT1、PTEN、SMAD2、CSNK2A1、SE RPINE1是PPI网络中关键靶基因;进一步通过GEPIA验证发现CSNK2A1、SERPINE1在PAAD组织中均明显上调(均P0.05),这些基因的高表达与PAAD患者的总体存活和无病生存相关(均P0.05),CSNK2A1和SERPINE1的高表达的PAAD患者有更差的预后。结论:miR-486-5p通过对靶向基因的调控,作用于PAAD患者体内多种信号通路的网络,参与PAAD的发生和发展,影响PAAD患者的预后。  相似文献   

15.
16.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是常见的原发性肝癌,其预后较差.基因的激活与失活可促进HCC的发生发展.本研究基于生物信息学HCC发生发展的关键基因及功能并进行临床样本表达验证.方法:从公共基因GEO数据库中筛选HCC及癌旁组织基因芯片,通过GE02R在线工具及Venn图筛选出差异表达基因(DEGs),对筛选出来的DEG...  相似文献   

17.
Background

Early detection and following appropriate treatments of hepatocellular carcinoma (HCC) is still the gold standard for favored outcome of HCC patients; nevertheless, a small portion of hepatitis B virus (HBV)-related small HCC (<5 cm) patients got poor prognosis. Furthermore, the study for small HBV–HCC was limited. Therefore, the aim of this study was to explore the potential genetic signature for HBV-related small HCC as novel prognostic factors.

Methods

We examined expression profiles of HBV-related small HCC using an Affymetrix U133A GeneChip, evaluated differential gene expression by quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-PCR), and finally validated these expression patterns by immunohistochemistry (IHC).

Results:

A total of 57 genes were differentially expressed between tumor and normal parts (n = 20 pairs) using Affymetrix U133A chip, and 16 genes were further evaluated by qRT-PCR. The result was compatible with the finding of oligonucleotide microarray (Pearson’s correlation, r = 0.87). Furthermore, the expression pattern in HCC tissue by IHC in another group of small HBV–HCC (n = 100) showed overexpression of either osteopontin (OPN) or glypican 3 (GPC3) is an independent prognostic factor for disease-free survival (DFS) in HBV-positive small HCC (P < 0.01 and 0.03, respectively). Long-term DFS and overall survival (OS) for small HBV–HCC patients with high risk (both elevated GPC3+/OPN+) were DFS 0%, OS 0%, respectively; on the other hand, DFS and OS in patients with moderate (only 1 gene elevated) or low (OPN/GPC3) risk were 35.0 and 46.5%, respectively.

Conclusions

Elevation of both OPN and GPC3 may act as an adverse indicator for HBV-related small HCC patients after curative resection.

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18.
背景与目的 垂体瘤转化基因1(PTTG1)是一种癌基因,在多种肿瘤中高表达,可作为癌症侵袭转移的生物标志物。然而,PTTG1在乳腺癌中的表达水平及其与患者预后的关系并不清楚。本研究旨在研究乳腺癌中PTTG1的表达与患者预后的关系及其对免疫细胞浸润的影响,并初步探讨PTTG1在乳腺癌发生发展中的可能作用机制。方法 利用Oncomine 4.5数据库和Kaplan-Meier Plotter数据库分析乳腺癌组织中PTTG1的表达情况及其预测患者预后的价值。Coexpedia筛选出PTTG1的共表达基因,并通过GO数据库和KEGG数据库分析其共表达基因富集的通路情况。TIMER数据库用于分析乳腺癌中PTTG1基因表达水平与免疫细胞浸润的关系。采用multiMiR的R语言包预测与PTTG1及其共表达基因相互作用的microRNA,并使用Cytoscape进行网络可视化。结果 PTTG1在乳腺癌组织中表达明显升高,且高表达PTTG1患者的预后明显差于低表达PTTG1的患者(P<0.001)。乳腺癌中PTTG1基因及其共表达基因集GO功能主要富集在核分裂、细胞器分离及染色体分离上,KEGG通路富集则集中在细胞周期、减数分裂、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ型(HTLV-1)感染和p53信号转导通路上。PTTG1的表达水平与CD4+ Th1细胞(r=0.490,P=3.52e-61)、CD4+ Th2细胞(r=0.765,P=3.7e-192)、巨噬细胞(r=0.308,P=2.8e-23)、B细胞(r=0.228,P=3.69e-13)和中性粒细胞(r=0.121,P=1.27e-04)的浸润水平呈明显正相关,与CD8+T细胞浸润水平呈明显负相关(r=-0.198,P=3.16e-10)。用multiMiR R语言数据包分析发现共有17个共同靶向PTTG1及其共表达基因的microRNA。结论 PTTG1在乳腺癌组织高表达并与患者的不良预后相关,PTTG1在乳腺癌中的表达水平与免疫浸润密切相关。PTTG1高表达可能通过调控细胞周期和p53信号通路而使得肿瘤增殖和侵袭能力增强,进而导致乳腺癌的不良预后。PTTG1可能在乳腺癌中发挥癌基因的作用,提示PTTG1可以作为乳腺癌潜在的诊断和预后标记物。  相似文献   

19.
背景和目的:大量研究表明,长链非编码RNA (lncRNA)与微小RNA (miRNA)及其靶基因之间内源性竞争的调控模式与恶性肿瘤的发生发展密切相关。笔者团队前期通过软件预测发现,lncRNA GAS8-AS1和miR-135b之间存在结合位点,但两者在肝细胞癌(HCC)中是否存在竞争关系及其作用尚不清楚。因此,本研究探讨lncRNA GAS8-AS1和miR-135b在HCC组织中的表达及其临床意义。方法:收集2017年2月—2019年2月在青海大学附属医院行手术切除的110例HCC患者的癌组织及癌旁组织标本,通过qRT-PCR检测lncRNA GAS8-AS1和miR-135b的表达,分析两者与患者临床病理特征及预后的关系。结果:lncRNA GAS8-AS1在HCC组织中的表达明显低于癌旁组织,而miR-135b在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(均P<0.05)。两者的表达水平均与HCC患者的Edmondson分期、TNM分期、分化程度及淋巴结转移情况有关(均P<0.05)。lncRNA GAS8-AS1低表达患者与miR-135b高表达患者的3年总生存率分别明...  相似文献   

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