变性高效液相色谱法筛选鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性

目的　利用变性高效液相色谱法（DHPLC）结合测序筛选和鉴定鼻咽癌基因的单核苷酸多态性（SNPs）。方法　PCR扩增30例鼻咽癌患者和28例正常对照者6p21.3区域基因PPP1R11、PP1R10、FLOT1、KIAA0170的4个外显子与1个内含子片断,采用DHPLC技术对扩增片断进行基因变异检测,将不同的类型PCR片断进行全序列测定并与参考序列对照分析。结果　在5个片断中初步鉴定出4个未见报道的新SNP位点,验证了4个已知的SNPs位点和基因型。结论　DHPLC预测结合全序列测序是一种高效、经济、简便、可靠的SNP筛选方法。     

变性高效液相色谱法筛选XRCC4基因突变

目的应用变性高效液相色谱技术（DHPLC）-异源双链分析对鼻咽癌患者XRCC4基因突变进行筛查与鉴定,研究鼻咽癌患者XRCC4的基因突变情况,探讨DHPLC在筛查相关基因突变、预测放疗敏感性方面的应用。方法采用聚合酶链反应（PCR）和DHPLC筛查88例鼻咽癌患者XRCC4基因的突变。结果对DHPLC图形异常的PCR扩增片断进行DNA测序鉴定突变位点及性质,检测出28例XRCC4基因8号外显子第377位C变成T,导致126号密码子的ser→phe,导致氨基酸残基的替代变化（丝氨酸→苯丙氨酸）。结论用PCR—DHPLC筛查结合测序分析检测XRCC4突变是一种高效、经济、简便、可靠的方法。     

遗传性先天性白内障与αA-晶体蛋白基因相关性研究

目的 分析遗传性先天性核性和绕核性白内障与定位于21q22．3的αA-晶体蛋白（CRYAA）基因之间的关系。同时对比单链构象多态性（SSCP）和变性高效液相色谱法（DHPLC）两种方法检测单核苷酸多态性（SNP）。方法 用PCR方法扩增CRYAA基因的3个外显子,分别用SSCP和DHPLC两种方法分析扩增产物,对异常者进行DNA测序,寻找基因变异情况。结果用SSCP分析15个样本,未见异常条带;同时用DHPLC检测15个样本,其中1个样本出现双峰,将该样本扩增产物测序鉴定,发现在5’端第6个核苷酸为G／A杂合,二者是同一氨基酸的2个密码子,该核苷酸为CRYAA基因的多态性位点。未发现该基因突变。结论 实验中未发现15例先天性白内障患者与CRYAA基因之间有关联。应用SSCP与DHPLC同时分析,DHPLC检测出1个多态性位点。DHPLC对杂合子检出的敏感性要高于SSCP。     

GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性

目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.     

变性高效液相色谱法在肾上腺脑白质营养不良分子诊断中的应用

目的：目的对4个肾上腺脑白质营养不良（ALD）家系进行基因突变分析。方法：应用变性高效液相色谱（DHPLC）技术检测了4个ALD家系的A／3091基因，并通过核苷酸序列分析确证突变位点。结果：所有患儿的母亲，患儿2、患儿3、患儿4弟弟及其表弟与正常对照的PCR产物混合物。均出现DHPLC洗脱双峰。而正常对照均为单峰，提示相应基因片段存在突变位点。上述出现异源双峰的PCR产物经直接测序．证实了相关突变的存在：患儿1母亲为fs Glu 471突变携带者；患儿2存在S108X突变；患儿3存在R617C突变；患儿4弟弟和表弟均存在A141T突变。结论：DHPLC能有效地检测ABCD1基因突变。并为进—步地基因突变筛查与产前诊断提供依据。     

变性高效液相色谱检测恶性肿瘤患者血浆DNA p53突变

目的 探讨扩增恶性肿瘤患者血浆DNA的可行性，建立一种快速检测血浆DNA突变的新方法。方法 选取恶性肿瘤患者共40例，采用Qiagen column柱抽提法提取血浆DNA，采用聚合酶链反应（PCR）扩增p53基因外显子7，用变性高效液相色谱法（DHPLC）对产物进行突变分析，并与测序结果比较。结果 40例恶性肿瘤患者血浆提取的DNA均能扩增出目的片断，DHPLC检测到有8例突变，随机送检的8份DHPLC未检测到突变者测序也未发现突变存在，与DNA直接测序结果相一致。结论 对恶性肿瘤患者血浆DNA行PCR扩增是可行的，DHPLC可作为一种快速，简便和经济的突变筛选方法，运用此方法检测血浆中p53等基因的突变有望应用于恶性肿瘤高危人群的预警和早期诊断以及作为预后参考。     

复杂性疾病遗传研究中Tag SNP的筛选及其潜在功能预测

利用公共数据库筛选与复杂性疾病相关的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).运用FastSNP、SNP Function Prediction、F-SNP等多种SNP功能预测软件筛选有潜在功能的SNPs;通过HapMap等数据库筛选Tag SNP;综合比较各软件结果.以IGFBP 7基因为例,筛选转录因子结合位点SNPs 11个,内含子增强子31个,内含子增强子和转录因子结合位点4个,剪接位点1个,共47个SNPs.     

变性高效液相色谱分析法在人类基因组单核苷酸多态性检测中的应用

目的:检测白种人和汉族人RDH8基因序列中单核苷酸多态性(SNP)位点,探讨变性高效液相色谱分析法(DHPLC)在基因组研究中的效能.方法:建立8个由白种人和汉族人基因组DNA组成的混合样品池,并进行PCR扩增.其产物以DHPLC检测,发现杂合子信号后,对单独DNA样本进行DHPLC检测及直接测序确定其突变类型.以DHPLC结合DNA样本混合技术在150个汉族人和20个欧洲白种人样本中测定SNP的基因频率.结果:在RDH8基因中共检测到17个SNP,其中12个为新发现的,5个为已报道的;11个SNP在筛查阶段发现,6个在基因频率检测阶段发现;2个仅在白种人样本中检测到,3个SNP的MAF在两种人种间有较明显的差异;汉族人基因频率检测确定了7个常见SNP.结论:DHPLC能有效地用于基因组SNP的检测,结合DNA混合技术,更能提高其检测效力,有效地应用于基因频率的测定.     

PLUNC基因编码区单核苷酸多态位点G14595T与鼻咽癌的相关研究

目的检查腭、肺及鼻咽上皮克隆（PLUNC）基因编码区单核苷酸多态（SNP）位点G14595T与广东地区鼻咽癌易感性有无明显关联。方法用直接测序的方法检测基因编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区,确定SNP位置和类型。用聚合酶链式反应一限制性酶切片段长度多态性（PER-RFLP）结合测序方法对编码区多态性位点G14595T在广东地区239例鼻咽癌患者和286例对照人群中进行相关性分析。结果通过测序共获取9个SNP;其中8个SNP位点之间均呈高度连锁不平衡;3个SNP位点可以作为htSNP;编码区多态位点G14595T在239例鼻咽癌患者和286例对照人群中等位基因型频率差别很小。结论PLUNC基因编码区多态位点G14595T在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,这说明该位点与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联。     

变性高效液相色谱检测IRS-2基因3′-非翻译区单核苷酸多态性

目的 :探讨变性高效液相色谱 (DHPLC)在胰岛素受体底物 2 (IRS 2 )基因 3′ 非翻译区单核苷酸多态性 (SNP)检测中的应用。方法 :采用聚合酶链式反应 (PCR) ,DHPLC ,单链构象多态性 (SSCP)和DNA序列分析对 30例正常对照和 30例 2型糖尿病患者IRS 2基因 3′ 非翻译区进行SNP和突变检测。结果 :PCR DHPLC检测出 4例PCR SSCP分析未能发现的 2型糖尿病患者IRS 2基因 3′ 非翻译区的SNP ,并得到测序验证。结论 :DHPLC是一种快速、自动化程度高、操作简单、检测片段长、准确率高的SNP检测技术。它为进一步研究IRS 2基因 3′ 非翻译区的变异与 2型糖尿病的关系奠定了基础。     

变性高效液相色谱检测IRS-2基因3′-非翻译区单核苷酸多态性

目的：探讨变性高效液相色谱(DHPLC)在胰岛素受体底物-2(IRS-2)基因3′-非翻译区单核苷酸多态性(SNP)检测中的应用。方法：采用聚合酶链式反应(PCR)，DHPLC，单链构象多态性(SSCP)和DNA序列分析对30例正常对照和30例2型糖尿病患者IRS-2基因3′-非翻译区进行SNP和突变检测。结果：PCR-DHPLC检测出4例PCR-SSCP分析未能发现的2型糖尿病患者IRS-2基因3′-非翻译区的SNP，并得到测序验证。结论：DHPLC是一种快速、自动化程度高、操作简单、检测片段长、准确率高的SNP检测技术。它为进一步研究IRS-2基因3′-非翻译区的变异与2型糖尿病的关系奠定了基础。     

中国彝族人群CCR5基因单核苷酸多态性及其与HIV感染的关联研究

目的对中国彝族人群CCR5基因调节区和结构区的单核苷酸多态性（SNP）进行全面检测,并分析SNP与HIV感染的关联.方法通过巢式-PCR分别扩增102份彝族正常人和68份HIV感染者样本的CCR5基因调节区和结构区,利用变性高压液相色谱法（DHPLC）筛选存在突变的基因片段,对突变片段进行双向DNA序列测定,然后应用Sequence Navigator 软件对CCR5基因的单核苷酸多态性进行分析,并通过SPSS and PPAP 软件分析SNPs与HIV感染的相关性.结果在中国彝族人群CCR5基因的编码区中检测到A77G、G316A、T532C、C921T、G668A五种SNP以及第686-688位的AGA缺失突变（686Del3）,除C921T（Y307Y）为无意义突变外,其他A77G、G316A、T532C、G668A均为有意义突变,它们的氨基酸突变分别为K26R、G106R、C178R、R223Q突变.在这些突变位点中,只有G668A突变的等位基因频率较高,可达0.08, 其余均小于0.01,并且在正常人群和HIV感染者两个群体中的等位基因频率没有显著性差异（P＞0.05）;与编码区所不同的是,在调节区检测到T58934G、G59029A、T59353C、G59402A和C59653T五种SNP,他们的等位基因频率较高,在0.1912-0.2941范围之间. 所检测到的每一个突变在正常人群和HIV感染人群中的分布均差异无统计学意义（P＞0.05）.突变位点间的连锁与HIV感染的相关性,提示T59353C-G59402A单体型与HIV感染可能存在关联.结论 DHPLC是一种快速的高效筛选未知基因突变的高通量方法.SNP与HIV感染的关联性有待于进一步深入研究.     

胃癌患者血浆DNA p53基因突变的检测

目的:探讨胃癌患者血浆循环核酸p53基因突变检测的可行性,研究基因突变与胃癌的发生、发展、预后的关系。方法:采用聚合酶链反应(PCR)扩增p53基因外显子7,用变性高效液相色谱技术(DHPLC)对产物进行突变分析,再与各生物参数进行相关性研究。结果:在34例胃癌患者中11例(32.4%)发生p53基因突变,突变率与组织类型、组织分化程度有关(P<0.05),与临床分期、淋巴结转移及远处转移无关(P>0.05)。结论:检测胃癌患者血浆循环核酸p53基因突变,对胃癌的恶性程度、预后评估有一定的临床价值。而DHPLC可作为一种快速简便的基因检测手段。     

血浆循环核酸p53突变诊断原发性肝癌的价值

目的　研究肝脏良恶性疾病患者血浆循环核酸 p5 3基因突变 ,探讨其突变检测诊断肝癌的可行性和价值 .方法　肝脏疾病患者 6 1例 ,其中原发性肝癌 36例 ,良性组为肝血管瘤、肝囊肿和乙型肝炎肝硬化患者共 2 5例 ,提取血浆DNA,采用 PCR扩增 p5 3基因外显子 5 & 6 ,7和 8(E5 & 6 ,E7和 E8) ,用变性高效液相色谱法 (DHPL C)对产物进行突变筛选 .结果　肝恶性肿瘤患者 36例血浆提取的 DNA扩增出E5 & 6 ,E7和 E8例数分别为 10 ,36和 35 ,良性组对应为 0 ,6和 4例 . DHPL C检测到 4 / 36例 E5 & 6突变 ,12 / 36例 E7突变 ,未检测到 E8突变 ,良性组检测到 2 / 2 5例 E7突变 .结论　良恶性组间扩增阳性率有明显差异 (P<0 .0 5 ) ,p5 3基因突变与乙型肝炎感染有关 ,HBs Ag+肝癌患者 p5 3基因突变率明显高于 HBs Ag- 肝癌患者 (P<0 .0 5 ) ,循环核酸 p5 3突变检测有望成为肝癌高危人群特别是乙型肝炎感染和携带者预警或早期诊断的参考指标     

鬼臼苦素抗Ph+急性淋巴细胞白血病细胞Sup-B15的作用及其机制

目的 探讨鬼臼苦素(picropodophyllin,PPP)对Ph+急性淋巴细胞白血病(Ph+ ALL)细胞Sup-B15的作用及其分子调控机制,为将PPP开发成为治疗Ph+ ALL药物提供理论依据.方法 MTS法检测PPP和格列卫(IM)对Sup-B15细胞增殖的影响;流式细胞术检测PPP和IM对Sup-B15细胞周期的影响;Western blot检测PPP对细胞增殖和周期相关蛋白表达,以及对IGF1R蛋白磷酸化和表达的影响.结果 PPP和IM均呈时间和剂量依赖性关系抑制Sup-B15细胞的增殖,且相同剂量下PPP对细胞增殖的抑制作用均强于IM;PPP处理细胞12 h和24 h后G2/M期细胞比例显著升高,而S期细胞比例则相应减少;PPP能够上调p53和cyclinB1蛋白的表达以及抑制p21和c-myc蛋白的表达,但对IGF1R总蛋白表达水平和磷酸化水平均无明显影响.结论 PPP能有效抑制Sup-B15细胞增殖和诱导细胞发生G2/M期阻滞,其机制与上调p53和cyclin B1蛋白表达以及抑制p21和c-myc蛋白表达相关.