领域本体的构建实践

以医学领域内的心瓣膜疾病为例,通过建立概念、概念之间的继承、约束、实例关系表达了心瓣膜疾病的领域知识,并利用Protégé构建心瓣膜疾病本体模型。     

随机对照试验评价的语义模型研究

目的：将随机对照试验评价的基本理论和知识整合为计算机可识别的语义模型、属性和元数据,为语义网计算机推理提供知识本体.方法：知识本体的建立以国际上公认的随机对照试验评价规范为依据,采用本体编辑工具Protégé构建语义模型的层级结构,定义类、属性及其关系和其他元数据的规范描述.结果：构建了包含一般信息、分类与分级信息和具体评价项目的语义模型,创建了51个语义属性和元数据,13个随机对照研究的评价实例.结论：构建计算机可识别和处理的随机对照试验评价本体,是网络医学文献信息逻辑推理操作的基础,也为医学研究过程提供了随机对照试验文献质量评价的形式化表达和结果推论的参考.     

“健目”知识本体构建研究

本文运用本体构建方法,以50本中医古籍文献中眼部预防保健知识为资源,整理术语清单,对健目术语进行概念分类,探索建立概念间关系,利用Protégé5.0软件构建"健目"知识本体,并进行可视化展示,为进一步搭建"健目"知识服务信息系统提供支持,同时也为中医养生领域知识表达提供参照。     

糖尿病医案本体库的构建及应用研究

当前中医医案缺少规范统一的形式化描述方法,难以实现有效分析和检索,利用本体技术针对中医糖尿病医案进行分析和描述,通过改进的七步法构建糖尿病医案本体库,在protégé系统中完成了对本体中类实例、属性和关系的定义和实现。糖尿病医案本体库的构建步骤包括:确定本体的专业领域和范畴;复用现有的本体;收集医案书籍,获取糖尿病领域知识;定义糖尿病医案的类、属性及其关系,建立糖尿医案本体;本体的检验;本体的存储。     

中医厥证领域本体构建研究

目的 利用本体技术实现中医厥证领域知识的共建、共享及推理。方法 提取中医文献中的厥证相关知识,使用斯坦福大学提出的本体构建“七步法”,基于Protégé工具构建中医厥证领域本体,实现厥证相关知识的领域建模,并进行内部一致性检验,实现本体的推理功能。结果 构建的中医厥证领域本体共有27类,585个实例,25个对象属性,其中反向属性6个,数值属性1个,均通过了一致性检验,实现厥证领域知识的语义化表达,完成厥证知识的共建、共享和推理。结论 本研究采用本体技术,促使中医厥证领域知识的融合重组与推理,为将来中医急危重症诊疗知识库的构建、中医急危重症应急决策和辅助诊疗等系统的建立,奠定基础并提供参考。     

糖尿病领域本体构建与语义推理实现

目的：构建糖尿病领域本体库与糖尿病诊疗规则库,在此基础上实现语义推理,糖尿病领域知识的重用、潜在知识的揭示及共享,为后续糖尿病管理系统研究奠定基础,进而为基层全科医生诊疗糖尿病提供决策支持。方法：以国内糖尿病领域相关临床指南和领域专家知识为依据,抽取其中的概念以及概念之间的关系,借鉴七步法和骨架法,在斯坦福大学Protégé平台构建糖尿病领域本体,编写SWRL诊疗规则库,继而使用JESS推理机实现语义推理。结果：构建了较为完整的糖尿病领域本体库与糖尿病诊疗规则库,包含概念233条、实例205条、实例间关系16条、数值属性18条、SWRL规则28条,并在此基础上实现了语义推理。结论：构建的糖尿病领域本体能够实现语义推理任务,是将本体技术应用于慢病诊疗领域的有益探索。     

针灸学领域本体构建研究

本研究以针灸学为特定领域,在理解本体论理论和方法的基础上,探讨基于本体论的针灸学领域本体构建方法,并以protégé3.0为本体编辑工具,初步建立针灸学领域本体框架模型,为构建中医药学领域本体奠定理论基础,积累实践经验。     

基于“肺阴虚证”本体的中医证候知识库构建方法研究

在本体思想的指导下,以Protégé为工具建立基于“肺阴虚证”病机规则的资源描述框架（RDF）,以探讨应用本体技术构建中医证候知识库的可行性。本体研究将为中医领域内的知识组织提供一种新的方法。     

基于本体的军事活动事件知识建模研究

目的：适应军事领域知识信息化建设的需求,构建军事活动事件、军事人员、武器装备、战法等知识模型。方法：利用本体建模工具Protégé构建军事活动事件本体模型,梳理概念、属性及其关系,并给出该模型构建案例及其有效性验证。结果：提出了一种具有一般性的军事事件本体模型结构,建立了事件与事件要素之间的语义联系,并复用已建立的领域本体应用于事件本体的构建,形成统一的事件知识表示单元。结论：通过本体建模结构化表示军事活动信息,可完善及扩展军事本体模型。     

基于本体方法构建《伤寒论》知识图谱

目的：构建《伤寒论》知识图谱,促进《伤寒论》在临床的应用。方法：结合《伤寒论》注解和古汉语句法抽取原文中的概念,同时提取概念关系,建立概念和关系之间的联系,形成三元组,在此基础上添加实例构建《伤寒论》知识图谱。结果：基于中医领域语言体系结构构建了《伤寒论》概念等级体系、本体框架和知识图谱,以“点边点”的图数据结构形式对《伤寒论》的知识进行阐述,实现了《伤寒论》知识资源的有效整合。结论：基于本体方法构建的《伤寒论》知识图谱,可为临床和科研人员提供决策建议,提高医疗工作者对《伤寒论》的理解水平。     

从肝气郁结证入手探讨脑络受损的可视性依据

"病络"是中医学一个重要病机,中医神经信息学研究方向之一是利用脑功能成像、神经电生理学等西医学研究方法对中医理论进行可视性依据的研究。脏腑功能失常使脑部络脉病变引起脑神功能改变,在机体未出现形质异常阶段可能是"病脑气络"阶段。中医神经信息学以肝气郁结证为切入点,为"病脑气络"病机找到了客观可视性的证据,为进一步探索疾病的早期干预和中西医结合治疗疾病提供了新的研究思路和方法。     

用生物信息学方法预测与心血管疾病相关的微RNAs

目的：预测出与心血管疾病相关的微RNAs（microRNAs,简称miRNAs）。方法运用生物信息学的方法找出与心血管疾病和功能相关的基因,鉴定出和这些基因处于同一转录单元的miRNAs,再通过miRNAs簇和家族分析及Gene Ontology (GO)方法预测出一些新的、潜在的和心血管疾病相关的miRNAs。结果：从626个心血管疾病相关的基因中预测出20个潜在的和心血管疾病相关的miRNAs,其中5个miRNAs 已经被实验证实和心血管疾病有关。结论：通过生物信息学的方法对心血管疾病相关的miRNAs进行预测,对于临床和科研都具有十分重要的指导意义,但最终的结论还需要实验来证实。     

The National Center for Biomedical Ontology

The National Center for Biomedical Ontology is now in its seventh year. The goals of this National Center for Biomedical Computing are to: create and maintain a repository of biomedical ontologies and terminologies; build tools and web services to enable the use of ontologies and terminologies in clinical and translational research; educate their trainees and the scientific community broadly about biomedical ontology and ontology-based technology and best practices; and collaborate with a variety of groups who develop and use ontologies and terminologies in biomedicine. The centerpiece of the National Center for Biomedical Ontology is a web-based resource known as BioPortal. BioPortal makes available for research in computationally useful forms more than 270 of the world's biomedical ontologies and terminologies, and supports a wide range of web services that enable investigators to use the ontologies to annotate and retrieve data, to generate value sets and special-purpose lexicons, and to perform advanced analytics on a wide range of biomedical data.     

基于Web本体语言的中医证候知识建模初探

中医证候学的知识体系具有结构复杂、表达方式多样、模糊性强等特点,为知识建模增加了难度。Web本体语言是语义Web的核心技术,具有丰富的表达方式和成熟的推理机,为中医证候知识建模提供了潜在的解决方案。介绍Web本体语言的核心技术,并结合具体案例对基于Web本体语言的中医证候知识建模方法进行了初步探索。     

临床路径的本体建模与电子化研究

随着数字化医院的建设和电子病历的广泛使用,临床路径的电子化研究也越来越为人们所关注。介绍了基于本体和SWRL的临床路径知识库框架,这个框架包括：临床路径本体模型和基于SWRL管理临床路径基准的规则模型。以临床路径知识库框架为基础,提出基于本体和SWRL的实时临床路径电子模板的设计方法。最后通过具体的案例分析说明该临床路径知识库如何帮助医护人员制定临床路径。     

基于中国哲学与现代科学视域的中医学气本体论

本体论是研究宇宙本原的哲学问题,关乎一切存在的本性问题探讨.不同本性的本体论是通过与之相应的认识论而得到认识,且决定着不同的方法论,进而决定了不同思维模式的生成.关于对本体论的认识,气本体和物本体的生命认知路径是不同的.在中医学思想体系中,宇宙的本体是气,气本体比物本体更接近于宇宙本身.从气的基质、气化、多态、功用、感...     

基本形式化本体及其中文版介绍

分析基本形式化本体(Basic Formal Ontology,BFO)来源、特点,介绍中文版BFO(BFO-zh)翻译和推广工作情况,包括背景、翻译原则、工作流程,详细阐述BFO中类的层次结构,为国内本体研究提供参考。     

卫生政策科研本体构建研究

在对现有科研本体和本体构建方法进行分析的基础上,利用Protege工具进行开发,选择0WL作为卫生政策科研本体描述语言,阐述了构建过程,初步设计了卫生政策科研本体模型,最后提出了问题和展望。     

MicroRNA-29c在单侧输尿管梗阻大鼠中的表达及意义

目的:观察microRNA-29c(miR-29c)在大鼠单侧输尿管梗阻(UUO)模型肾组织中的表达变化,探讨其是否参与肾间质纤维化及其可能机制.方法:高通量测序技术和实时荧光定量PCR检测miR-29c在UUO大鼠术后1d和3d肾脏组织中的表达情况.使用生物信息学预测miR-29c靶mRNA,对其靶mRNA进行Gene Ontology和pathway分析.结果:UUO大鼠术后1 d和术后3d手术侧肾组织miR-29c表达下调,Co1 I mRNA和FN mRNA的表达升高.预测靶mRNA经分析后获得miR-29c有统计学意义的10个靶mRNA,其中6个编码细胞外基质蛋白.结论:miR-29c在大鼠UUO模型早期的肾组织中表达下调,可能通过促进细胞外基质堆积参与肾间质纤维化的发生发展.     

基于本体的文本挖掘结果的存储与表现

对基于文本挖掘的生物医学本体构建进行初步尝试,将文本挖掘结果用本体这一概念模型进行组织和表达,由此证实应用本体存储和表现文本挖掘的结果切实可行,挖掘深度越强,领域本体所表达的知识便会越丰富.