蒲葵籽提取物体外抗HIV-1活性及机制的初步研究

目的研究蒲葵籽提取物的体外抗HIV-1活性,对有活性粗提物进行初步机制研究。方法采用细胞毒性、合胞体抑制、HIV-1感染细胞保护实验和HIV-1 p24抗原测定等实验对蒲葵籽提取物体外抗HIV-1活性进行筛选和确认;采用重组HIV-1逆转录酶和蛋白酶活性抑制实验,融合阻断实验初步探讨活性粗提物的作用机制。结果蒲葵籽的醋酸乙酯(P3)提取物具有较强的体外抗HIV-1活性,P3抑制HIV-1诱导C8166细胞形成合胞体的EC50为5.64μg/mL,对C8166细胞的毒性较小,CC50大于200μg/mL,治疗指数(TI)大于35.46;P3抑制HIV-1急性感染中p24抗原表达的EC50为23.04μg/mL,抑制正常C8166细胞与慢性感染细胞H9/HIV-1 B融合的EC50为8.00μg/mL;P3在质量浓度为200μg/mL时,对HIV-1逆转录酶的抑制率为28.86%;P3抑制重组HIV-1蛋白酶活性的EC50为1.77μg/mL。结论蒲葵籽的醋酸乙酯提取物(P3)具有较强的体外抗HIV-1活性,其作用机制可能主要为阻断病毒进入和抑制HIV-1蛋白酶活性。     

刺头复叶耳蕨不同提取部位体外抗HIV-1蛋白酶活性的研究

目的 对鳞毛蕨科复叶耳蕨属植物刺头复叶耳蕨不同提取部位体外抗HIV-l蛋白酶活性进行研究.方法 用荧光光度法测定蛋白酶的半数抑制浓度(IC5o).结果 刺头复叶耳蕨乙酸乙酯提取物、正丁醇提取物、水提取物抑制HIV-1蛋白酶的半数有效浓度IC50分别为0.73,1.17,2.47 μg/ml.结论 刺头复叶耳蕨乙酸乙酯提取物、正丁醇提取物与水提取物具有体外抑制HIV-1蛋白酶活性.     

基于网络药理学和分子对接技术探讨香藿喷雾剂治疗新冠肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨香藿喷雾剂治疗新冠肺炎潜在的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台检索香藿喷雾剂相关活性化合物和作用靶点,在DisGeNET、Gencards、CTD、PharmGKB数据库中得到相关基因。运用Cytoscape＿v3.7.2构建“活性成分-靶点”网络图。运用R软件进行基因本体功能富集分析和京都基因与基因组百科全书通路信号富集分析。利用AutoDock软件进行分子对接验证。结果 检索得到87个药物活性成分,1069个药物作用靶点,得到11763个与新冠肺炎相关的基因,筛选得到150个交集基因,获得166条GO功能,171条KEGG通路。KEGG通路富集主要在病毒感染、炎症以及血脂与动脉粥样硬化等方面。主要分子对接结果显示香藿喷雾剂与新冠肺炎的分子结合能较低,构象较稳定。结论 香藿喷雾剂可能作用于炎性因子和丝裂原活化蛋白激酶等靶点,通过抗病毒、抗炎症、调节脂质等方面的信号通路发挥治疗新冠肺炎的作用。     

虎杖靶向富集活性组分抗HIV-1活性研究

目的探讨虎杖Polygonum cuspidatum富集活性组分体外对人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)的抑制作用及作用靶点。方法运用表面等离子共振HIV-1多靶点筛选系统对虎杖不同工艺提取物进行筛选,整合酶氨基耦联柱靶向富集提取物中高活性成分,在TZM-bl细胞和PBMC细胞中对富集产物进行抗HIV-1病毒活性评价;采用荧光共振能量转移分析法测定药物对HIV-1整合酶3’加工的抑制作用;运用高通量ELISA法测定虎杖60%乙醇提取物的整合酶靶向富集产物(HZ60-IN)对整合酶链转移的影响;试剂盒检测HZ60-IN对逆转录酶和蛋白酶的影响。结果 HZ60-IN对整合酶有高亲和性。细胞水平病毒感染实验表明,在TZM-bl细胞中,HZ60-IN对HIV-1 NL4.3和1084i的半数抑制浓度(IC_(50))分别为(31.94±8.96)、(38.07±11.25)μg/mL;在2株PBMC细胞中,HZ60-IN对HIV-1 NL4.3病毒均显示显著的抑制活性。HZ60-IN对整合酶的3’加工和链转移均有抑制作用,其中对3’加工的IC_(50)为(6.54±1.69)μg/mL,对链转移的IC_(50)为(2.56±0.97)μg/mL,其不作用于HIV感染的进入阶段,对逆转录酶抑制活性较弱,对蛋白酶活性没有影响。结论 HZ60-IN有抗HIV-1病毒活性,主要通过影响HIV-1的整合酶活性发挥作用。     

基于分子对接的车前草抗炎机制研究

目的:优选车前草具抗炎作用的化学成分。方法:以计算机辅助药物设计(CADD)中的分子对接技术为研究方法,以多个具有明确晶体结构的环氧化酶复合物为靶点,对车前草所含34种化合物进行联合筛选研究。结果:车前草中多个化合物与靶点有互补作用,其中桃叶珊瑚苷、京尼平甙酸、梓醇等互补性较强的化合物与文献报道的实验活性值相一致,提示很可能是车前草最主要的抗炎物质。结论:将分子对接结合多靶点研究技术应用于车前草具抗炎作用化合物寻找中是可行的,同时也给中药复方的多作用靶点研究提供新的参考。     

以HIV-1Vif与人APOBEC3G为靶点的抗HIV-1药物的研究方法

人载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白3G(apolipoprotein B mRNA-editing enzyme catalytic polypeptide 3 protein G,APOBEC3G)是宿主的抗HIV-1(human immunodeficiency virus type Ⅰ)因子,而HIV-1辅助蛋白--病毒感染因子Vif(viral infectivity factor)可通过介导蛋白酶体途径降解APOBEC3G,因此针对APOBEC3G及HIV-1Vif进行抑制剂设计已经成为抗HIV-1药物研究新的方向之一,相应用于研究Vif-APOBEC3G相互作用的方法也越来越多,如免疫印迹、免疫杂交、脉冲追踪试验、生物发光共振能量转移检测、BIAcore检测等.作者将目前用于以Vif-APOBEC3G为靶点的药物的筛选及作用机制的研究方法进行了综述,为基于此的研究提供了策略.     

基于分子对接方法的虎杖抗痛风作用机制研究

目的:利用分子对接方法,阐明虎杖抗痛风作用的机制。方法:以黄嘌呤氧化酶为靶点,利用Autodock软件对虎杖中的化学成分进行分子对接。结果:虎杖中黄酮类和二苯乙烯类成分可通过疏水和氢键相互作用与黄嘌呤氧化酶形成稳定的复合物。结论:虎杖可以通过抑制黄嘌呤氧化酶的活性,降低尿酸的生成,发挥抗痛风作用。     

复方三黄散胶囊体外抗艾滋病病毒的实验研究

目的:探讨复方三黄散胶囊体外抗艾滋病毒(HIV-1)活性。方法:采用病毒诱导的细胞致病变效应(CPE)测定和HIV-1p24的定量ELISA测定,分别检测本复方对HIV-1ⅢB(X4型病毒)和HIV-1Ada-M(R5型病毒)的抑制活性。结果:复方三黄散胶囊体外抗HIV-1ⅢB的EC50±标准差为54.0±20.1μg/ml,治疗指数(TI)±标准差28.000±7.382,体外抗HIV-1Ada-M的EC50±标准差为286±141μg/ml,治疗指数±标准差为6.160±0.934。结论:在体外,复方三黄散胶囊不但对HIV-1ⅢB具有一定的抑制活性,而且对HIV-1Ada-M具有很微弱的抑制活性。     

基于网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗COVID-19的作用机制

目的 利用网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能作用机制.方法 在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)收集并筛选复方鱼腥草合剂组方中各味药材的成分及对应的靶标.采用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶标网络,对靶标进行GO和KEGG富集分析,最后借助计算机虚...     

基于网络药理学及分子对接研究栀子抗缺血性脑卒中的分子机制

目的 基于网络药理学及分子对接方法,探讨栀子活性成分治疗缺血性脑卒中(CIS)的相关作用靶点及潜在分子机制.方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及国内外文献筛选获得活性成分及其对应靶点;检索GeneCards、OMIM等数据库获得CIS疾病相关靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;利用Cyto...     

基于分子对接虚拟筛选MEK1中药抑制活性成分

有丝分裂原活化蛋白激酶激酶1(mitogen-activated protein kinase kinase,MEK1)的过度磷酸化是黑色素瘤成因之一,基于该靶点的中药成分虚拟筛选有望发现中药在治疗黑色素瘤潜在应用价值。采用MEK1晶体构象构建口袋模型和Flex Search模型,模型可很好重现晶体结构,对接配体构象与晶体结构中原配体构象similarity评分为0.784;对接评分与已有MEK1抑制剂活性数据pIC_(50)呈线性关系,R~2=0.937,进一步表明虚拟筛选模型可靠。以口袋模型对Lipinski五规则初筛的中药成分库进行分子对接,根据Flex Search模型精筛,最终得到50个总分高于7.0的化合物,该研究给出总分高于阳性对照的前10个中药成分,有望进一步用于MEK1和黑色素瘤抑制的研究。     

6种藏族药提取物体外抗HIV-1活性的初步探讨

目的:对斑花黄堇、木藤蓼、野棉花、黄花铁线莲、黑心虎耳草和短尾铁线莲6种藏药提取物的体外抗艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)病毒活性的评价及其作用机制的初步研究。方法:采用细胞计数试剂盒(CCK-8)法细胞毒性实验和HIV-1假病毒单周期感染实验检测提取物的体外抗病毒活性和细胞毒性;利用表面等离子共振(surface plasmon resonance,SPR)技术、蛋白酶、整合酶和逆转录酶体外活性抑制实验初步探讨药物的作用靶点。结果:在这6种藏药提取物中,木藤蓼、野棉花、黑心虎耳草提取物具有较好的体外抗HIV-1病毒活性,半数抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC50)分别为(6.47±0.78),(11.97±1.09),(11.7±0.79)mg·L-1,且细胞毒性较小,三者均具有较好的体外抑制整合酶活性。结论:木藤蓼、野棉花、黑心虎耳草提取物具有较好的抗HIV-1病毒的作用,其作用机制与整合酶的抑制作用有关。     

复方脑脉通治疗缺血性脑中风多靶点作用的分子对接

目的复方脑脉通用于治疗缺血性脑中风具有重要的意义,在分子对接的基础上筛选复方脑脉通的活性成分并阐明其作用机制。方法将缺血性脑中风的21个关键蛋白靶点与筛选得到的278个复方脑脉通活性分子进行对接。并将具有10个或10个以上靶点的活性分子通过Cytoscape 3.1.1软件建立成分-靶点网络模型进行网络分析。结果脑缺血关键蛋白靶点对接得分大于5.0的活性分子中,川芎有19个,大黄有19个,葛根有16个,人参有4个。结论经过分子对接技术筛选得到的58个活性小分子,仍然需要经过传统的药理学实验进行验证。     

基于网络药理学与分子对接的蒲公英抗乳腺癌的机制研究

[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络（PPI）,并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...     

基于网络药理学和分子对接探讨银柴胡抗痛风作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银柴胡抗痛风作用机制。方法 利用TCMSP、Swiss Target Prediction检索银柴胡作用靶点;利用DisGenet、Genecards数据库检索痛风疾病靶点并获取疾病与成分的交集基因。String数据库和Cytoscape构建关键蛋白互作网络图(PPI),随后应用DAVID数据库对关键靶点进行生物学信息分析,应用Autodock及pymol软件对核心靶点对应活性成分进行分子对接验证。结果 共筛选8个核心基因,分别为SRC、TNF、PPARA、ALB、NOS_2、PPARG等。这些靶点主要涉及癌症的通路、化学致癌-受体活化、脂质和动脉粥样硬化、PPAR等信号通路。结论 银柴胡可能通过银柴胡胺D、豆甾醇、菠菜甾醇等与PPAR等通路的多个靶点调节免疫反应和炎症反应发挥抗痛风作用。     

基于网络药理学及分子对接分析熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制

目的:通过网络药理学及分子对接探讨熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。方法:基于毒性与基因比较数据库(comparative toxicogenomics database,CTD),Drug Bank数据库,中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)等检索熊果酸的潜在治病靶点。通过DAVID生物信息学资源(DAVID bioinformatics resources)数据库对潜在靶点进行通路富集分析,STRING进行蛋白相互作用,采用分子对接技术(i GEMDOCK,Systems Dock)对熊果酸和类风湿性关节炎靶标蛋白进行能量匹配。筛选发挥抗类风湿性关节炎作用的潜在靶点。结果:收集相关靶标蛋白66个,DAVID通路富集得到27条信号通路(P0.01),其中类风湿性关节炎通路关键靶标蛋白11个(基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,白细胞介素-6,转录因子AP-1,肿瘤坏死因子,血管内皮生长因子A,集落刺激因子-2,白细胞介素-1β,转化生长因子-β1,细胞黏附分子-1,原癌基因蛋白c-Fos)。通过蛋白相互作用发现有4个靶标蛋白具有实验数据支持。通过分子对接表明熊果酸主要通过基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,肿瘤坏死因子,转录因子AP-1,白细胞介素-1β发挥抗类风湿性关节炎的作用。结论:本研究结果初步揭示熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。     

基于植物成分的蛋白酶激活受体1拮抗剂的虚拟筛选和实验筛选

目的 基于植物成分寻找具有蛋白酶激活受体1（PAR-1）拮抗作用的新结构类别。方法 将30个中药成分与PAR-1进行分子对接计算,通过评价对接得分、占据空间、氢键等指标进行虚拟筛选。采用体外豚鼠血小板聚集实验进行活性的实验筛选。结果 虚拟筛选提示隐丹参酮（T30）和葛根素肉桂酰酯（T21）具有PAR-1拮抗作用的前景。实验筛选表明T21、杨梅素（T5）、大黄素（T28）、麦角甾苷（T29）具有明确的作用。通过深入分析虚拟和实验筛选结果表明,残基258和空腔III对活性的影响是决定性的,其他各区在活性调节中,II区主要是氢键和匹配的要求,IV和V区主要是疏水性匹配性,氢键结合对于进一步提升活性具有重要意义。结论 基于阳性药的结合模式的发现了T21,结合理论和实验还发现T5、T28、T29属于一种新的作用模式,为寻找PAR-1拮抗剂的结构类别提供了新的方向。     

基于虚拟筛选的热毒宁抗HRV 3C蛋白酶抑制剂作用的研究

目的:运用虚拟筛选技术从热毒宁注射液中筛选出抗鼻病毒3C蛋白酶的有效中药小分子抑制剂。方法:以热毒宁注射液中460种化合物为筛选目标,选取2个目前与鼻病毒治疗密切相关的靶点蛋白为受体,采用SYBYL分子对接的方法,以Total Score结合打分为标准筛选出得分最高的分子并观察其结合模式图,借助DiscoveryS tudio2016软件对其进行相互作用的分析,预测其结合模式及亲和力。结果:通过分子对接方法,筛选出5个符合条件(以打分函数Total-Score 6分以上为阈值,以Total-Score 9分以上为较好活性)且与靶点蛋白结合最好的中药小分子。其中,有2个小分子Total-Score打分最高,即与5FX5、5FX6蛋白活性位点的匹配度最高,并均超过其与自身配体结合打分,分别为似梨木双黄酮、绿原酸。结论:热毒宁注射液化学成分与鼻病毒3C蛋白酶相关靶点具有一定的结合和抑制效应。该结果可促进从传统中药中提取、设计以及实验合成新的抗鼻病毒药物。     

胡桃提取物抗HIV-1病毒的初步研究

目的：研究胡桃提取物抗HIV-1病毒的作用，寻找新型高效的抗HIV病毒中药先导化合物。方法：采用植物化学柱层析等技术对胡桃进行提取分离，通过体外药效学实验，观察胡桃提取物的抗HIV-1病毒作用，并结合作用靶点的研究对胡桃提取物的作用机制进行探讨。结果：胡桃提取物具有很好的抗HIV-1作用，筛选出6个抗艾滋病毒作用显著的有效部位，其中2个有效部位的作用靶点分别为gp-41跨膜蛋白和HIV整合酶。结论：胡桃提取物具有很强的体外抗HIV-1病毒作用。     

穴状昆布中的phlorotannins对HIV-1逆转录酶和蛋白酶的抑制作用（英]／Ahn M J…∥Biol Pharm Bull

穴状昆布Ecklonia cava Kjellman是一种海洋褐藻。曾报道该植物的乙酸乙酯提取部位对RNA依赖的DNA聚合酶(RDDP)有较强的抑制作用。作者以生物活性为导向，从穴状昆布中分离出4个均含二苯并[1，4]二氧芑结构的phlorotannins类化合物1～4，研究了它们对HIV-1逆转录酶(RT)和蛋白酶的抑制作用。