高转移卵巢上皮性癌基因表达谱中差异表达基因与染色体拷贝数变异的相关性

目的 采用基因芯片技术研究高转移卵巢上皮性癌(卵巢癌)细胞株HO-8910PM和正常卵巢上皮组织基因表达谱的差异表达基因及其与染色体拷贝数变异的相关性.方法 利用全基因组表达谱芯片、单核苷酸多态性(SNP)扫描芯片分别检测高转移卵巢癌和正常卵巢上皮组织之间的差异表达基因以及染色体拷贝数变异情况,并采用生物信息学方法对检测结果进行相关性分析.筛选部分染色体片段和差异表达基因,用荧光原位杂交技术和实时荧光定量PCR技术进行验证.结果 通过对表达谱芯片和SNP扫描芯片整合分析显示,高转移卵巢癌细胞中有379个SNP位点,共385个差异表达基因(其中有6个SNP位点发现各有2个基因).这些SNP位点染色体拷贝数扩增的有240个,缺失的有139个.染色体定位分析发现,385个差异表达基因散在分布于各条染色体上,其中3号染色体最多,有34个(占8.8%,34/385);其次是2、9、10、1和11号染色体分别有33个(8.6%)、28个(7.3%)、27个(7.0%)、25个(6.5%)、24个(6.2%);6和12号染色体各有23个(6.0%);4和5号染色体各有22个(5.7%);这10条染色体占总数的67.8%(261/385).基因的功能分类:385个差异表达基因属于酶及其调控子基因的最多(99个,占25.7%),其次是信号传导基因(54个,占14.0%),第3类是核酸结合基因(50个,占13.0%),第4类是蛋白结合基因(36个,占9.4%);以上4大类共占差异表达基因总数的62.1%(239/385).结论 肿瘤的转移是多基因共同作用的结果.4大类(酶及其调控子、核酸结合、蛋白结合、信号传导)差异表达基因是今后研究卵巢癌转移相关的重要基因.1、2、3、4、5、6、9、11和12号染色体是值得关注的转移相关位点所在的染色体.     

CD105促进卵巢癌细胞转移的机制研究

目的:探讨CD105促进卵巢癌上皮细胞转移的机制。方法:通过RNAi技术沉默CD105基因,通过基因芯片对比敲除CD105基因后卵巢癌耐药细胞株中下游靶基因表达变化,利用KEGG数据库对差异基因进行Pathway分析。结果:通过基因芯片对比发现CD105下游调控的靶基因中有意义的是转移抑制因子NDRG1、EMT标记物E-cadherin等基因表达上调,与肿瘤侵袭相关的LncRNA SNHG7显著下调。涉及信号通路有264个,其中有显著性差异(P≤0.05)的信号通路共计27条,与肿瘤代谢、转移、黏附、凋亡的信号通路有:Drug metabolism、Cell adhesion molecules(CAMs)、ECM-receptor interaction、MAPK signaling pathway等,并与TGF-β、PI3K-Akt及Jak-STAT通路相关。结论:CD105可能通过抑制NDRG1或促进SNHG7导致卵巢癌的EMT和转移。TGF-β/CD105可能与MAPK/JAK-STAT通路相互作用,导致肿瘤转移。     

卵巢癌大网膜转移差异基因的筛选及验证

目的:通过筛选并验证卵巢癌原发灶和大网膜转移灶组织样本的差异表达基因,从中发现与卵巢癌大网膜转移相关的基因。方法:应用基因芯片检测3对配对的卵巢癌原发灶和大网膜转移灶组织样本差异基因表达谱,初步筛选出差异表达显著的基因,并通过qRT-PCR和免疫组化法验证基因芯片结果。结果:通过基因芯片检测共筛选得到187个差异性表达的mRNA,其中大网膜转移组相对于卵巢癌原发灶组表达上调的基因160个,表达下调的基因27个。初步筛选出差异表达显著的2个mRNA:Interleukin 8(IL-8)和Armadillo Repeat Containing 9(ARMC9);qRT-PCR和免疫组化结果显示,IL-8和ARMC9在大网膜转移灶中的表达均显著高于卵巢癌原发灶(P0.05)。结论:IL-8和ARMC9基因可能与卵巢癌大网膜转移有关。     

雌孕激素受体基因及其相关基因在卵巢癌组织中的表达

目的应用基因芯片技术筛查卵巢癌雌孕激素受体基因及其相关基因表达。方法制备含有雌孕激素受体及其相关基因表达谱芯片，分别提取人正常卵巢组织及卵巢癌组织的mRNA，通过逆转录PCR方法，将^33P—dATP分别标记两种组织的cDNA纯化后与表达谱芯片进行杂交及扫描，用ImaGene3．0软件分析信号的强度和比值，筛选雌孕激素受体相关基因。对雌孕激素受体基因信号绝对值按早、晚期求均值及标准差筛选受体基因。结果筛选出4条雌孕激素受体基因、受体相关基因12条。结论通过基因芯片技术方法，初步筛出了卵巢癌雌孕激素受体基因及其相关基因。     

基因芯片在筛选卵巢癌基因中的应用研究

目的:研究人卵巢癌相关基因在卵巢癌组织和正常卵巢组织中的差异表达。方法:用含512条癌及抑癌基因的cDNA表达谱芯片研究一组卵巢癌组织样本的基因表达谱。结果:共筛选出差异表达与癌相关的基因54条,其中18条表达上调,36条表达下调。结论:用基因表达谱芯片研究基因谱,可有效的筛选出新的卵巢癌相关基因。     

基于网络药理学探讨半枝莲治疗卵巢癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨半枝莲治疗卵巢癌的作用机制。方法 利用TCMSP数据库筛选半枝莲的潜在活性成分;采用Genecards数据库获取卵巢癌相关靶点及对应致病基因,利用Venny2.1.0平台取交集获取关键基因;应用Cytoscape软件构建“半枝莲-卵巢癌”蛋白互作网络;对关键基因进行GO和KEGG富集分析,最后利用分子对接验证分析结果。结果 经TCMSP筛选获得半枝莲的潜在有效活性成分29个;疾病靶点基因996个,取交集共获得125个关键基因;这些基因主要参与泛素样蛋白连接酶结合、DNA结合转录因子结合、受体配体活性等生物功能过程;半枝莲可能通过调控PI3K-Akt等多种信号通路影响卵巢癌的生物学行为,分子对接结果显示重要化合物对AKT1和VEGFA等蛋白具有一定亲和能力。结论 半枝莲是一个潜在治疗卵巢癌的候选药物,其可以通过多靶点、多通路协同作用的机制发挥抗癌保护效应。     

miRNA表达谱改变与卵巢癌转移潜力相关性的研究

目的:探讨卵巢癌转移的相关机制,检测有不同侵袭力卵巢癌细胞的miR-NA差异表达谱。方法:应用包含924条成熟miRNA探针的哺乳动物miRNA芯片V3.0杂交检测具有不同侵袭力的人卵巢乳头状腺癌SKOV3.ip1细胞与其母系SKOV3细胞miRNA表达谱的差异,并与cDNA芯片基因检测结果进行比对分析。结果:miRNA芯片检测到39个2倍以上差异表达miRNA,对比SKOV3细胞,SKOV3.ip1细胞中有11个miRNA表达上调和28个miRNA表达下调,其中包括了hsa-miR-200a/b、-10b、-34a、-224、-148a等已知与侵袭转移相关的重要miRNA。比对cDNA芯片检测结果,提供了IG-FBP1、VEGFB、NME1等重要侵袭相关基因可能调控miRNA的机制。结论:卵巢癌侵袭转移过程中,多个miRNA参与其中,担当重要的调控作用。miRNA有望成为卵巢癌转移的标记物和治疗的靶点。     

Wnt信号通路成分β-catenin和APC在卵巢肿瘤中的表达及意义

目的:探讨Wnt信号通路成分β-catenin和APC基因在上皮性卵巢癌的表达及意义。方法:应用免疫组织化学染色SABC法检测49例卵巢癌(24例浆液性囊腺癌、15例黏液性囊腺癌、10例子宫内膜样癌),10例交界性卵巢肿瘤及16例良性卵巢肿瘤中β-catenin、APC基因的表达,分析其相关性。结果:卵巢癌中β-catenin的异常表达率明显高于卵巢交界性肿瘤和卵巢良性肿瘤,差异有统计学意义(P0.05)。卵巢癌中APC基因的阴性表达率明显高于卵巢良性肿瘤,差异有统计学意义(P0.05),而与卵巢交界性肿瘤无显著差异(P0.05)。卵巢癌中APC基因的阴性表达与β-catenin的异常表达无相关性(r=0.0429,P0.05)。2例卵巢子宫内膜样癌中可见β-catenin胞核表达,但不伴有APC基因的阴性表达。结论:卵巢癌中Wnt信号通路中的成分发生变化,但其激活机制可能有别于Wnt信号通路的传统激活机制,可能在卵巢子宫内膜癌的发生中发挥作用。     

基于生物信息学探讨ALPL基因在多囊卵巢综合征中的表达及其临床价值

目的:基于生物信息学分析多囊卵巢综合征(PCOS)患者与健康人群之间的基因芯片数据，筛选差异表达基因，进行有效整合多种数据集并深度挖掘高效靶分子，从而初步探讨其相关发病机制，进而预测PCOS的潜在治疗靶点。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载GSE106724数据集，通过对生物学属性分析，筛选出与PCOS相关的差异表达基因，进行GO功能注释及KEGG信号通路富集分析，获得差异表达基因(DEGs)的主要作用通路。使用STRING数据库筛选不同数据集中的共同基因，运用CytoScape软件完成蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)的构建，筛选出以ALPL为核心的相互关联的关键差异表达基因，RT-qPCR法检测正常和PCOS女性卵泡液中ALPL表达。结果:从GSE106724筛选出607个DEGs,其中310个DEGs表达上调，297个DEGs表达下调。通过对DEGs进行GO功能及KEGG信号通路分析发现主要富集在：细胞对干扰素的反应、趋化因子受体结合、哮喘、类风湿性关节炎等。通过筛选获得与ALPL密切关联的6个关键差异基因(ALPL、SPP1、FKBP5、AKAP5、LDHAL6A、DL...     

卵巢癌相关基因筛选的初步研究

目的 通过研究人卵巢癌组织和正常卵巢组织中差异表达的基因，筛选出卵巢癌相关基因以用于早期诊断和治疗。方法 以cDNA基因表达谱芯片分析研究卵巢组织样本和正常卵巢组织的基因表达谱，计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。结果 共筛选出差异表达的基因1785条，表达上调基因有40条，下调基因138条，有显著表达差异的基因54条，涉及到11大类基因。结论 卵巢癌同其它恶性肿瘤一样，是多种基因结构和功能改变的结果，有关卵巢癌特异性相关基因及其作用尚有待进一步研究。     

转录协同激活因子Yes相关蛋白与卵巢癌发生的研究进展

转录协同激活因子Yes相关蛋白(YAP)是Hippo信号通路最主要的效应因子,位于染色体11q22扩增区上,相对分子量为65 Kda,大量研究发现,YAP在卵巢癌中高表达,且具有促进卵巢癌细胞增殖、抑制凋亡、产生耐药性、维持卵巢癌干细胞多潜能性的作用。随着对YAP研究的深入,发现多种因素共同参与调节YAP介导的卵巢癌进展,其中包括溶血磷脂酸(LPA)和表皮生长因子受体(EGFR)参与信号通路间的相互协作,以及微小RNA(miRNA)的miR-129-5p在转录水平上通过直接靶向调控YAP基因,进而影响卵巢癌的发生发展。研究显示靶向YAP有望成为卵巢癌的治疗手段,下调YAP表达或许成为治疗卵巢癌的新策略。     

miR-199a-3p通过DDR调控Wnt/β-catenin通路抑制卵巢癌细胞侵袭转移

目的:探讨miR-199a-3p调控卵巢癌细胞侵袭转移及机制。方法:QPCR技术检测22例卵巢癌组织及20例卵巢正常组织中DDR2 mRNA表达水平。采用miR-199a-3p mimics转染人卵巢癌SKOV3细胞,QPCR技术检测DDR2 mRNA表达,Western blot法检测DDR2、Wnt/β-catenin相关通路信号分子表达。结果:DDR2在卵巢癌组织中表达明显升高。较SKOV3细胞组,miR-199a-3p mimics组中DDR2 mRNA表达水平降低,DDR2、β-catenin、c-myc、c-JUN表达水平明显下调。结论:miR-199a-3p可能通过下调DDR和Wnt/β-catenin通路抑制卵巢癌细胞体外侵袭转移。     

p38MAPK信号传导通路与卵巢癌关系研究进展

丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）是一类丝/苏氨酸蛋白激酶,这个级联反应几乎存在于所有生物细胞内,其亚族主要包括细胞外信号调节激酶（ERK）、c-Jun氨基末端激酶/应激激活蛋白激酶（JNK）和p38MAPK。它们主要是作为细胞外信号转入细胞核内的重要信号通路,在细胞生长和细胞增殖过程有着重要的作用。近年研究发现,p38MAPK可介导应激、炎性细胞因子及细菌产物等多种刺激引起细胞反应,也可以通过转录因子磷酸化而改变基因的表达水平,对细胞的功能调节具有重要作用,参与卵巢癌细胞的凋亡、侵袭、转移和耐药等过程,故阐明p38MAPK通路的作用机制,将为卵巢癌的诊治提供新的思路和方法。综述p38MAPK信号通路在卵巢癌发展中的作用、卵巢癌相关p38MAPK耐药机制以及p38MAPK相关新药的研究进展。     

应用功能分类基因芯片筛选卵巢癌淋巴结定向高转移细胞系中差异性表达基因

目的:在裸鼠体内建立以人卵巢浆液性乳头状腺癌细胞系SKOV3具有淋巴结定向高转移亚克隆第二代SKOV3-pm2、第三代SKOV3-pm3细胞系,应用基因芯片技术比较这3种具有不同淋巴结定向转移能力的细胞亚系中基因表达谱的差异,寻找卵巢癌侵袭转移相关基因.方法:采用Trizol一步法抽提SKOV3、SKOV3-pm2、SKOV3-pm3 3种细胞总RNA;取等量RNA逆转录合成cDNA用Ampolabeling-LPR(linear polymerase reaction,线性聚合酶反应)法标记的cDNA链做探针,混合后与功能分类基因芯片[Oligo Tumor Metastasis Microarray Catalog No.OHS-028(人)]杂交,计算机分析后比较3种细胞中差异性表达基因,并应用RT-PCR技术对其中3个表达差异明显的基因进行验证.结果:共筛选出表达差异性基因60个,其中表达上调基因47个(ratio＞3),有21个基因在SKOV3-pm2、SKOV3-pin3中共同表达上调;表达下调基因13个(ratio＜0.5),有1个基因在SKOV3-pm2、SKOV3-pm3细胞中共同表达下调.结论:基因表达芯片检测与肿瘤淋巴体外转移模型相结合,为肿瘤转移研究提供了新方法、新思路.     

nm23-H2基因抑制卵巢癌细胞侵袭转移及调节网络初探

目的研究上皮性卵巢癌转移相关nm23-H2基因功能及其调控网络,为最终揭示卵巢癌侵袭转移分子机制和晚期卵巢癌基因治疗提供理论依据。方法将nm23-H2重组质粒pCDNA3/nm23-H2转染人卵巢癌细胞系SKOV3.ip1,经G418抗性筛选及RT-PCR鉴定得到稳定转染阳性克隆H2-18,设计体外黏附实验及人工基底膜侵袭实验比较转染前后细胞黏附侵袭特性的改变。应用2 747点人类肿瘤相关Oligo芯片检测转染前后细胞基因表达的改变,寻找与nm23-H2相关下游调控肿瘤相关基因,并探讨其调节网络。结果用重组质粒pCDNA3/nm23-H2转染SKOV3.ip1细胞。转染前后细胞在体外的增殖能力没有显著变化,转染后细胞的黏附与侵袭基底膜能力明显降低。经人类肿瘤相关Oligo芯片检测转染前后细胞发现55个二倍差异表达基因,在上调基因中以转录调节、信号转导、分化发育及细胞凋亡类基因为多;下调基因中以信号传导及黏附运动功能类基因为主。结论nm23-H2基因具有抑制卵巢癌侵袭转移的作用,并且这一作用的实现是通过对一系列下游肿瘤相关基因的调控来完成的。基因芯片技术结合普通分子生物学技术是后基因组时代肿瘤相关基因功能研究及探索基因调控网络的有效手段。     

卵巢癌细胞侵袭转移相关转录因子表达分析

目的:分析并比较卵巢癌细胞中与肿瘤转移、侵袭相关的转录因子。方法:采用细胞划痕及小室跨膜实验比较卵巢癌细胞HO-8910及其高转移株HO-8910PM的转移侵袭能力差异;采用高通量转录因子活性检测芯片(DNA/蛋白结合芯片)分析并比较两种细胞中转录因子的活化情况,明确与肿瘤侵袭、转移相关表达的转录因子;用转录因子酶联免疫活性分析方法验证芯片检测结果。结果:细胞划痕实验及侵袭实验表明HO-8910PM比HO-8910细胞转移侵袭能力强,在345个转录因子中共筛选出与肿瘤侵袭、转移相关的31个表达差异转录因子。HO-8910PM细胞与HO-8910细胞相比,表达上调的有13种,下调的有18种。v-Maf仅表达于HO-8910PM,HLF仅表达于HO-8910。结论:v-Maf、HLF等31种转录因子可能参与了卵巢癌侵袭转移的相关机制。     

早产小鼠胎盘差异表达基因谱的建立及分析

目的:通过筛选早产小鼠胎盘的差异表达基因(DEGs),探讨早产相关因子和早产分子机制。方法:性成熟Balb/c小鼠按雌∶雄比例2∶1合笼交配,妊娠第15. 5天随机分为两组(早产模型组6只,对照组6只),分别予子宫注射脂多糖(LPS)或无菌磷酸缓冲盐溶液(PBS),6小时后处死小鼠并取出胎盘组织。随机挑选对照组胎盘3个和LPS早产模型组胎盘4个,采用RNA测序技术筛选胎盘差异表达基因,并进行基因本体(GO)分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:检测到早产差异表达基因508个,其中高差异表达基因353个,低差异表达基因155个。主要的炎症相关的基因有:核因子κB(NF-κB)、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、白介素34(IL-34)、核苷酸结合寡聚化结构域2 (NOD2)、信号转导及转录激活因子(STAT2、STAT3)、酪氨酸蛋白激酶3(JAK3)、促分裂原活化蛋白激酶激酶激酶(MAPKKK)、血管生长因子(VEGF)、基质金属蛋白(MMP) 1、8、10、12、干扰素γ(IFN-γ)和趋化因子(CxCL1、Cx3 CL、CCR2、CxCl2)。而常见的早产相关炎症因子IL-1β、IL-6表达并未见上调。GO功能注释分析显示差异表达基因主要参与免疫调节、器官组织发育、细胞分化等生物进程。KEGG通路分析提示早产差异表达基因富集于NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、JAK/STAT信号通路、MAPK信号通路和趋化因子信号通路。结论:早产小鼠胎盘差异表达基因在Go和KEGG通路上显著富集,主要集中在免疫系统进程,并通过NF-κB信号通路、NOD样受体信号通路、JAK/STAT信号通路、MAPK信号通路和趋化因子信号通路等激活炎症反应,导致早产的发生。     

基于网络药理学探讨钩藤治疗高热惊厥的作用机制

目的利用网络药理学的方法探讨钩藤治疗高热惊厥的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取钩藤主要活性成分,利用Perl语言分析、OMIM和GeneCards数据库预测和筛选钩藤活性成分的作用靶点。通过Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。利用String数据库绘制蛋白相互作用网络。借助Bioconductor-clusterProfiler数据库,对靶点进行GO分析和KEGG通路分析。结果筛选得到钩藤27个活性成分,主要为生物碱类、萜类和黄酮类,其中生物碱类占绝大部分,涉及46个作用靶点。钩藤主要通过调节晚期糖基化产物信号通路、白细胞介素-17信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、磷脂酰肌醇信号通路等信号通路来发挥治疗高热惊厥的作用。结论钩藤中生物碱类、萜类和黄酮类等活性成分,可能是其治疗高热惊厥的物质基础,高热惊厥可能是通过调节晚期糖基化产物信号通路,白细胞介素-17信号通路,低氧诱导因子-1信号通路,肿瘤坏死因子信号通路,磷脂酰肌醇信号通路调节人体的炎症反应、细胞凋亡和调节神经元对缺氧的适应性等功能以治疗高热惊厥的。     

浆液性卵巢癌预后评分模型的建立和预后相关基因的筛选

目的寻找与卵巢癌预后相关的临床因素和基因。方法用数学统计方法对104例浆液性卵巢癌患者进行生存分析，筛选预后相关的临床因素，建立卵巢癌预后评分模型。通过对22例浆液性卵巢癌基因表达谱芯片进行生物信息学分析，筛选卵巢癌预后相关的基因群，并进行基因调控网络分析。结果根据对预后的影响程度，卵巢癌预后相关的临床因素依次包括手术病理分期、化疗，术后残余灶，组织学分级和淋巴结转移；根据各因素及其内部分层因素对预后影响的风险系数，对各因素及其内部因素进行量化，结合生存函数对患者生存概率的估计，建立了卵巢癌预后评分模型。通过生物信息学分析，筛选得到卵巢癌预后相关的基因群，共236个基因。筛选得到调控基因数超过20个的基因共112个。结论通过该模型可以用直观的数字反映各因素对预后的影响程度和用患者各项因素总评分来判断患者的3年和5年生存概率，使综合判断患者预后的工作得以简化，对于临床工作有一定意义。利用生物学信息学分析卵巢癌基因表达谱芯片，为未来医学研究提供了从基因组水平进行研究的思路和方法学上的摸索。     

通过微阵列数据信息库进行系统筛选并验证宫颈癌中的关键候选基因

目的:通过生物信息学方法分析NCBI公共数据库的4个队列数据集,阐明宫颈癌中潜在的关键候选基因和信号通路。方法:筛选差异表达的基因(DEG)并分析候选基因和途径富集。利用在线数据库STRING进行DEG编码的相关蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI)分析。选取宫颈癌和正常组织标本,采用qPCR验证筛选的中枢基因。结果:从4个GSE数据集中鉴定出79个差异基因(69个上调和10个下调)。根据功能和信号通路对DEG进行聚类,并进行显著的富集分析。通过PPI网络的整合筛选4个中枢基因RFC4、TOP2A、PCNA和BUB1。与正常组织相比,癌组织中RFC4、TOP2A、PCNA和BUB1表达明显升高,差异有统计学意义。结论:使用整合的生物信息学分析,在宫颈癌中鉴定了候选基因和途径,候选基因和相关途径可能是宫颈癌的治疗靶标。