利用芯片技术筛选肝癌早期复发密切相关的microRNA

目的:应用miRNA芯片技术筛选肝癌早期复发密切相关的miRNA,为进一步深入探讨miRNA在介导肝癌高侵袭性及术后早期复发中的作用打下基础。方法:从本院肝癌标本库中选取10例肝癌患者进入本研究,其中早期复发组(术后第1年出现肝内复发病灶)和非早期复发组(术后2年以上未出现肝癌复发或转移)各5例,抽提总RNA并分离出小分子RNA进行Cy3荧光标记,将标记的小分子RNA与miRNA芯片进行杂交反应,分析差异表达的miRNA。结果:相对于非早期复发组,早期复发组肿瘤标本中有miR-602、miR-451、miR-144和miR-486-5p等4个miRNAs表达显著上调(上调倍数>2.0);有miR-551b、miR-96和miR-502-3p等3个miRNAs表达显著下调(下调倍数<0.5)。结论:筛选得到肝癌早期复发的miRNA差异表达谱,其可能与肝癌的早期复发发生发展有关。     

弥漫型胃癌基因表达谱聚类分析

目的:从转录组水平识别弥漫型胃癌与正常胃黏膜间的基因表达差异,探讨胃癌分子发生、发展的机制。方法:收集22例弥漫型胃癌患者的胃癌组织及其相应远切端的正常胃黏膜。采用含14592个点的cDNA表达谱芯片建立胃癌基因表达谱。差异表达基因筛选标准为该基因在50%以上样本中肿瘤比正常组织荧光强度大2倍或以上(P<0.05)。采用系统聚类、方差分析(P<0.05)等方法进行差异表达分析,实时定量RT-PCR方法验证芯片结果。结果:胃癌组织与正常胃黏膜间的差异表达基因共357个,其中表达上调者153个;表达下调者204个。上调基因的功能主要与细胞骨架运动、基质重建和细胞黏附、细胞周期调控及信号传导相关;下调基因主要与消化功能、细胞免疫防御、代谢、凋亡抑制及电子传递相关。实时定量PCR验证结果与芯片结果一致。结论:运用cDNA芯片进行弥漫型胃癌基因表达谱分析,有助于从分子水平全方位理解弥漫型胃癌发病机制及生物学特性,也有助于发现新的分子诊断指标和基因治疗靶标。     

用基因芯片表达谱筛选恶性黑色素瘤差异基因的研究

目的 用基因芯片表达谱筛选出恶性黑色素瘤的差异基因。方法 用Agilent Human 1A OligoDNA芯片对恶性黑色素瘤和色素痣组织中基因表达情况进行检测，提取总RNA，进行荧光标记探针、杂交、洗涤后分析。结果 恶性黑色素瘤和正常色素痣组织共有1596个差异表达基因，其中上调基因733个，下调基因863个。结论 基因芯片技术可筛选出恶性黑色素瘤相关基因。     

胃癌相关长链非编码RNA的生物信息学筛选

目的用生物信息学方法筛选胃癌中差异表达的长链非编码RNA。方法于NCBI公共数据平台GEO下载胃癌基因芯片数据GSE33335,用SAM软件对其进行差异表达分析,对差异表达基因进行重注释并筛选其中的长链非编码RNA,用Gene Cluster和Tree View软件对筛选出的长链非编码RNA的表达情况予以验证。结果针对该芯片数据,筛选出胃癌中差异表达的非编码RNA 15个,其中,表达上调的12个,表达下调的3个,这15个非编码RNA表达值倍数均2或0.5(q均0.05)。结论用生物信息学方法筛选胃癌相关的长链非编码RNA是一种非常高效的手段,能为胃癌相关肿瘤标志物的探索提供理论依据。     

CLU基因干扰肾癌786-O细胞差异基因表达的研究

目的:观察CLU基因干扰前后肾癌细胞株786-O的基因表达谱差异,探讨肾细胞癌与CLU基因相关基因及传导通路。方法:CLU基因干扰慢病毒载体及空病毒载体转染肾癌786-O细胞样本与RocheNimbleGen表达谱芯片杂交,比较干扰前后基因表达谱差异,并行GO分析及Pathway分析。结果:六份样本中,共筛选出差异表达基因1731个,其中共同上调基因1154个,共同下调基因577个。差异表达基因中生物进程、细胞成分、分子功能方面均以下调为主。通路分析显示29条通路上调,如细胞黏附、异体排斥、吞噬体。31条通路下调,如mTOR、MAPK、非小细胞肺癌。结论:采用全基因组芯片检测CLU基因干扰后肾癌786-O基因表达谱获得差异表达基因,为以CLU基因为靶点的肾癌基因研究提供了实验依据。     

应用基因芯片技术检测中国成年肥胖者外周血的基因表达谱

背景:肥胖是全世界最常见、花费最大的代谢性疾病,基因及环境因素已经成为肥胖研究的焦点因素之一,基因芯片技术已被用于脂肪组织的研究.目的:采用基因芯片技术,首次测定中国成年肥胖者的外周血基因表达谱.设计:对照观察.单位:北京中医药大学.对象:由北京中医药大学基础医学院于2003-0812004-05组织,按国际体质量标准在北京市工人疗养院筛选5例肥胖者和3例体质量正常者.5例肥胖者中男4例,女1例,年龄(21±1)岁;3例体质量正常者中男2例,女1例,年龄(26±5)岁.所有受试人员对实验方案均知情同意,且得到医院伦理道德委员会批准.方法:取上述受试者的外周血,提取总RNA并进行扩增和标记,用Test3芯片检测受试样品的质量,用U133A芯片进行基因表达谱观察,并将所得数据进行统计学分析,从基因BANK中查出具有显著差异的序列所标志的基因.主要观察指标:基因表达信号值.结果:与体质量正常者相比,肥胖者外周血基因表达谱显著上调的基因有66个,显著下调的基因有28个;其中上调超过2倍的有11个,下调超过2倍的有6个.肥胖者表达上调超过4倍的基因为HLA-DQAl,CRAT,MAPK813和DKFzP434N1923.其中表达上调超过20倍的基因为HLA-DQAI.结论:首次发现肥胖成人的外周血相关基因表达与体质量正常者有明显差异,肥胖与MHC Ⅱ类抗原HLA-DQAl,HLA-DQBl表达密切相关.     

基因芯片研究卵巢癌细胞系HO-8910差异基因表达

目的用基因芯片技术研究人卵巢癌细胞系HO-8910和正常卵巢上皮的基因表达谱,分析其基因表达变化,探讨卵巢癌发生、发展过程中与肿瘤相关的基因群及其功能,有助于从分子水平全面了解细胞癌变机理,为卵巢癌的临床诊断和治疗提供分子标记和靶基因.方法用一步法抽提人卵巢癌细胞和对照正常卵巢组织的总RNA并纯化mRNA;将等量的人卵巢癌细胞及对照组织的mRNA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,混合后在含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交.经洗片后用ScanArray 3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用ImaGene 3.0软件对扫描图像进行数字化处理,分析高低转移人卵巢癌细胞系之间及与正常卵巢上皮基因表达谱差异.结果人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较,差异3倍以上共有355个基因,其中表达上调＞3倍有88个,表达下调＜0.33有267个.差异6倍以上共有75个基因,其中表达上调＞6倍有13个,表达下调＜0.17有62个.结论通过基因谱平行比较表明:人卵巢癌细胞系与正常卵巢上皮细胞基因表达谱存在差异:人卵巢癌细胞系HO-8910细胞与正常卵巢上皮比较差异3倍以上共有355个基因.提示这些基因与卵巢癌的发生和发展有关.本实验说明利用基因芯片对基因表达谱的检测可以为人体卵巢癌的基因诊断、治疗和预防提供新的方向.     

胰腺干细胞转分化为胰岛样细胞与天然胰岛细胞的基因差异性

背景：目前胰腺干细胞在体外诱导转分化效率和分化成熟度较低，哪些基因在转分化中起关键性调控作用尚不清楚。目的：通过基因表达谱芯片分析转分化的胰岛样细胞与天然胰岛细胞在成熟度上的基因差异，筛选对转分化起关键性调节作用的基因。设计、时间及地点：基因水平的对照实验，于2004-07／2006-04在暨南大学第二临床医学院（深圳市人民医院）临床医学研究中心实验室完成。材料：SD大鼠胰腺分离的胰腺干细胞转分化的胰岛样细胞团，SD大鼠分离的天然胰岛。方法：分离和消化SD大鼠胰腺，用差异性贴壁、低血清培养等方法纯化出大鼠胰腺导管上皮细胞，利用免疫组化方法鉴定CK-19和PDX-1。通过含有exendin-4、角质细胞生长因子、尼克酰胺等细胞因子和葡萄糖的培养基，使之转分化为胰岛样细胞团，应用双硫腙染色和胰岛素免疫荧光染色鉴定。提取转分化的胰岛样细胞和天然胰岛细胞RNA，利用大鼠22000位点寡核苷酸芯片进行杂交，筛选差异性表达的基因，并进一步采用反转录。聚合酶链反应验证13个相关基因的表达。主要观察指标：转分化的胰岛样细胞团和天然胰岛鉴定，差异性基因筛选和鉴定。结果：筛选出差异表达基因1072个，其中表达上调的基因397个，上调10倍以上的基因35个；表达下调的基因有675个，其中下调20倍以上的基因37个。上调10倍以上的差异性基因中与细胞组织和生物发生相关基因最多，下调20倍以下的基因中与发育相关基因最多。对选定的13个与胰岛细胞发育密切相关的基因PDX-1，PDX-4,PDX-6,Nkx2．2。Nkx6．1，Nkx6．2，Ptfla，Isll，Ngn3，Mytl，Ptfla，capn5，Ppy，通过反转录-聚合酶链反应进一步验证与芯片检测结果一致。结论：转分化的胰岛样细胞与天然胰岛细胞基因表达差异显著，参与胰岛发育的关键基因表达明显下调。     

青蒿素作用前后K562细胞基因表达谱的改变

目的:利用基因表达谱芯片研究青蒿素对体外培养的人红白血病K562细胞基因表达谱的影响.方法:青蒿素处理K562细胞24 h后,分别提取处理组和对照组细胞的总RNA,将两组RNA纯化为mRNA,逆转录成cDNA,用Cy3和Cv5两种不同的荧光染料进行线性扩增标记,与人全基因组基因表达谱芯片杂交,采用生物信息学方法分析青蒿素处理前后K562细胞基因表达谱的改变.结果:总共发现差异基因238个,其中上调基因136个,下调基因102个,并对其进行生物学功能分类.结论:应用全基因组表达谱芯片并结合Panther生物学软件分析差异表达基因,青蒿素作用K562细胞主要是通过细胞毒作用诱导细胞凋亡,而抑制细胞生长作用并不明显.     

复发喉鳞状细胞癌相关基因表达谱研究

目的 筛选复发喉鳞状细胞癌相关基因。方法 用包含18000个cDNA的基因芯片法检测2例复发喉鳞状细胞癌标本的癌组织及喉正常粘膜组织mRNA表达谱，通过对比分析寻找与复发喉鳞状细胞癌相关基因。结累 (1)重复且相差3倍以上差异表达基因共218个，其中喉癌组织表达上调的基因137个，表达下调基因81个；(2)表达相差10倍以上的基因4个，分别为U02570、AW863712、AA523939和NM-014381。结论 复发喉鳞状细胞癌的发生是一个多基因表达失调的过程，其中可能主要与GTP酶活化蛋白及嗍A错配修复有关。