变形链球菌耐氟菌株的筛选及分子鉴定

目的：探讨变形链球菌(S.mutans)获得耐氟性的培养条件及其鉴定方法,为鉴定变形链球菌耐氟菌株提供理论依据。方法：在微需氧条件(95%N2,5%CO2)下,以梯度氟化钠(NaF)浓度对变形链球菌UA159进行培养,获得耐氟菌株。从表现型和基因型上鉴定所培养菌株。观察菌株的表型特征;采用生理生化鉴定和PCR法对该菌株16S rDNA进行克隆鉴定。结果：微需氧（95%N2,5%CO2）条件下培养出耐氟变形链球菌株。形态学观察、生理生化鉴定和16S rDNA鉴定,该菌株具有耐氟稳定性,与变形链球菌UA159的16S rDNA序列同源性是100%,确定该菌株为变形链球菌耐氟菌株。结论：变形链球菌耐氟菌株培养条件是微需氧（95%N2,5%CO2）和脑心浸液(BHI)培养基中培养48 h。经NaF诱导的变形链球菌UA159鉴定为变形链球菌UA159的突变株变形链球菌UA159-FR。
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两株耐酸耐胆盐人肠源菌株的鉴定及系统发育分析

目的对两株来源于健康人肠道的耐酸耐胆盐菌株R92-2和R111进行鉴定和系统发育分析，以筛选优良的宿主菌株为最终构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌奠定基础。方法表型特征分析后，利用16S rDNA两端的保守序列作为PCR引物，扩增两株菌的16S rDNA序列并测序，测序结果于GenBank中Blastn并构建系统发育树。结果表型特征分析初步鉴定两株菌为乳酸菌。R92-2的16S rDNA序列与Weissella cibaria的16S rDNA序列同源性为100％；R111的16S rDNA序列与Enterococcus faecium的16S rDNA序列同源性为100％。结论R92-2为Weissella cibaria；R111为Enterococcus faeciura。两株菌有望用于构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌。     

两株耐酸耐胆盐人肠源菌株的鉴定及系统发育分析

目的对两株来源于健康人肠道的耐酸耐胆盐菌株R92-2和R111进行鉴定和系统发育分析,以筛选优良的宿主菌株为最终构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌奠定基础。方法表型特征分析后,利用16SrDNA两端的保守序列作为PCR引物,扩增两株菌的16S rDNA序列并测序,测序结果于GenBank中Blastn并构建系统发育树。结果表型特征分析初步鉴定两株菌为乳酸菌。R92-2的16S rDNA序列与Weissella cibaria的16SrDNA序列同源性为100%;R111的16S rDNA序列与Enterococcus faecium的16S rDNA序列同源性为100%。结论R92-2为Weissella cibaria;R111为Enterococcus faecium。两株菌有望用于构建能高效表达和分泌β-半乳糖苷酶的工程菌。     

雾霾中检出1例西宫微球菌的报告

目的对分离自雾霾的一株溶血性细菌进行种属鉴定。方法使用自然沉降法收集某地雾霾环境下的微生物进行培养,对分离的细菌纯化培养后进行革兰氏染色、16S rDNA序列分析和生化鉴定。结果从雾霾中分离获得一株革兰氏阳性球菌,经生理生化反应鉴定为西宫微球菌,16S rDNA测序分析与生化结果一致。结论雾霾空气中存在条件致病菌西宫微球菌,鉴定该菌对研究和防治公共卫生安全有重要意义。     

一种新的快速筛检A群溶血性链球菌的方法─PYR试验

β溶血性链球菌包括A、B、C、D、F、G等血清型,其中,以A群链球菌致病性最强[1-3].目前国内通常采用杆菌肽敏感试验来区别人群及非A群溶血性链球菌。但杆菌肽敏感试验存在着筛检问题[4]。本文采用了国内报道较少的PYR试验对158株链球菌进行了快速筛检,现报道如下。1材料与方法1．l菌株来源。临床分离的158株链球菌．其中A群70株,B群20株,C群15株,F群12株,G群41株。l．2试剂与器材。API链球菌鉴定用试条：法国梅里埃产品。链球菌分群血清及杆菌肽纸片：日本荣研公司产品。PYR试剂盒：日本关东化学株式会社提供。1．3方法。待…     

10株青海湖盐单胞属菌株种间分子多样性分析

目的 对青海湖盐单胞属菌株进行种间分子多样性分析.方法 利用PCR扩增青海湖10株盐单胞菌16S rDNA序列和16S - 23S间隔序列,通过测序、Blast对比以及RFLP方法分析10株青海湖盐单胞菌的序列差异;并结合SDS-PAGE技术方法研究其全菌体蛋白的种间差异.结果 通过测定16S rDNA序列同源性、分析16S-23S rDNA ISR多态性和比较全菌体蛋白SDS -PAGE谱带,确定了10株青海湖盐单胞菌在种间具有相对的一致性.结论 初步验证了分子表型特性的多相研究对种单元初分类具有重要意义.     

16S rDNA序列分析在临床不常见细菌鉴定中的初步应用

目的建立细菌16S rDNA序列分析技术并探讨其在临床不常见细菌鉴定中的应用价值。方法收集经全自动微生物分析系统鉴定其可靠率在99%及以上的常见细菌10株和常规方法难以鉴定或少见菌17株,通过PCR扩增16S rDNA v3-v4区基因片段并进行序列测定,序列与16SpathDB 2.0数据库上已知细菌的16S rDNA序列进行比对分析确定细菌种属。当v3-v4序列片段不能明确鉴定细菌时,结合16S rDNA长片段测序及管家基因dnaJ和rpoB的序列做进一步分析。结果经16S rDNA v3-v4区序列分析,10株(100%)临床常见菌都能鉴定到种水平,其可靠性大于98.0%。17株不常见菌株中,10株(58.8%)细菌只与1种菌相似性大于98.0%,成功鉴定到单个种水平;6株(35.3%)细菌与不止1种菌的相似比大于98.0%;1株菌与已知菌相似性在96.0%~98.0%之间只能鉴定到属(棒状杆菌)。进一步结合16S rDNA长片段及管家基因dnaJ和rpoB的序列分析,所有菌株均可鉴定到单个种水平。结论结合16S rDNA和管家基因序列分析,可用于临床常见及不常见细菌的分子鉴定。     

口腔需氧菌及兼性厌氧菌种分离鉴定系统的建立

目的建立口腔需氧菌和兼性菌的系统分离鉴定方法。方法招募20名口腔健康志愿者及8名口腔疾病患者,分别采集唾
液、龈下菌斑、龈上菌斑和根尖周肉芽样本,采用形态鉴定、全自动生化鉴定仪及16s rRNA基因测序的多相分类方法,对口腔可
培养细菌进行分离鉴定。结果鉴定出口腔菌种63种,共175株,梅里埃生化鉴定与16s rRNA基因鉴定的符合度为22.39%,不
符合的菌种以基因测序结果为准。链球菌属、放线菌属和葡萄球菌属检出率占前3位,菌种以咽峡炎链球菌、口腔放线菌、变异
链球菌、缓症链球菌检出频率最高。慢性根尖周炎的咽峡炎链球菌检出率最高;放射性龋患者中,中间链球菌、金黄色葡萄球菌
检出率较高;猛性龋患者中,变异链球菌远高于其他细菌。结论口腔需氧菌和兼性厌氧菌中以革兰阳性菌检出率最高。对
于口腔细菌鉴定来说,梅里埃生化鉴定仪鉴定准确率不高,但可提供菌株生理生化指标,而全长的16s rRNA基因测序鉴定更
为可靠。
     

新疆传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌的分子生物学鉴定

目的：对新疆阿勒泰牧区哈萨克传统发酵驼乳中分离出的一株乳酸菌进行分子生物学鉴定。方法采用 DNA 提取、PCR 扩增、16S rDNA 产物测序和数据分析对该菌株进行系统发育分析鉴定。结果16S rD-NA 产物测序结果通过 Eztaxon 数据库比对,保守基因 rpoA、pheS 的扩增产物通过 NCBI 数据库比对,发酵驼乳中乳酸菌菌株的序列和已报道的乳酸菌菌株16S rDNA、rpoA、pheS 的序列分别用 MEGA 5．2软件进行系统发育分析表明：此菌株（10号）的16S rDNA 序列与 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）、Lactobacillus plantarum subsp． Argentoratensis （DKO 22T ）、Lactobacillus paraplantarum （DSM 10667T ）和 Lactobacillus plantarum subsp． Plantarum （ATCC 14917T ）的相似率分别为100％、99．87％、99．8％和99．74％。结论10号乳酸菌菌种经分子生物学鉴定为 Lactobacillus pentosus （JCM 1558T ）。     

一株蔗糖发酵阳性沙门菌的鉴定

目的 对一株不典型的沙门菌进行生化反应和遗传基因鉴定分析.方法 采用革兰染色镜检、培养基生长特性、全自动生化鉴定系统VITEK2、API20E、血清学试验、噬菌体实验、荧光PCR检测以及16S rDNA序列分析.结果 发酵蔗糖,三糖铁底层斜面均产酸(变黄),三糖铁斜面不产H2S,血清型为山夫登堡,噬菌体在O-I裂解,荧光PCR阳性,16SrDNA分析符合沙门菌定义.结论 该菌是一株发酵蔗糖,三糖铁斜面上不产H2S的山夫登堡沙门菌.     

两株产生大环内酯Macrolactin S的海洋细菌的筛选及鉴定

目的:从中国东海分离筛选抗菌活性微生物,确定活性菌株的分类地位。方法:随机挑选30株本室保存的分离自中国东海的细菌,利用抗大肠杆菌模型进行活性筛选。对活性菌株进行形态特征、生化特征、盐需求测试及16S rDNA序列分析,并将所测得的序列在NCBI数据库进行相似性搜索,选取其中具有代表性的序列以邻接法构建系统进化树,将菌株鉴定到属。结果:筛选出活性菌株F81612和F201721,它们的最适生长盐浓度分别为10%和7.5%,菌株形态特征、生化性质与Bacillus sp.相符,菌株F81612和F201721的16S rDNA序列分别与Bacillus subtilis和Bacillus amyloliquefaciens相似程度最大。结论:利用抗大肠杆菌模型筛选到两株产大环内酯Macrolactin S的细菌,均为中等嗜盐的海洋Bacillus sp.。     

一株具有抗稻瘟霉活性的海洋细菌32-11-2-2的筛选和分离鉴定

目的:从中国东海微生物样品中分离筛选活性细菌菌株,并对活性菌株32-11-2-2进行鉴定.方法:采用无限稀释和平板划线法分离微生物样品,利用稻瘟霉模型进行活性筛选;并对其中的活性菌株32-11-2-2的形态、培养特征以及生理生化特征进行研究,使用16S rDNA序列分析的方法对菌株32-11-2-2进行了分类鉴定.结果:分离得到421株细菌,包括活性菌株54株,其中活性菌株32-11-2-2是一株弱嗜盐菌,具有陆地芽孢杆菌的形态特点,能产生胞外淀粉酶、过氧化氢酶,液化明胶、石蕊牛奶反应阳性,16S rDNA序列分析该菌株与枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)同源性达到98%以上.结论:活性菌株32-11-2-2是一株适应了海洋环境的枯草芽孢杆菌.     

北京地区实验动物中嗜肺巴斯德杆菌的表型分析

目的对北京地区实验动物中的嗜肺巴斯德杆菌分离株进行表型分析,提高检测的准确性。方法通过生化鉴定和16S rDNA测序,对306株嗜肺巴斯德杆菌可疑菌株进行鉴定。结合分离株在血琼脂平皿上的菌落特征和生化特性,组成53个特征数据谱,进行表型特征的聚类分析。结果 306株分离株中,BD自动细菌鉴定系统和16S rDNA测序鉴定出嗜肺巴斯德杆菌的阳性率分别为164/306和227/306。227株嗜肺巴斯德杆菌真阳性的表型特征共有140种,Heyl型106种,Jawetz型23种。结论北京地区实验动物中嗜肺巴斯德杆菌主要为Heyl型感染,Jawetz型较少,表型特征多样,分布广泛。     

氯氰菊酯降解菌的分离鉴定及其降解特性研究

目的 分离得到能高效降解氯氰菊酯的菌株.方法 采用选择性培养基从农药厂的污泥中进行富集和分离筛选高效菌株,并且用16S rDNA序列分析法和其生理生化特征对其进行鉴定.结果 该菌株鉴定为克雷伯氏菌属(Klebsiella sp.),命名为Klebsiella sp.J-2(登录号为AY989899),菌株J-2能以氯氰菊酯为唯一碳源进行生长,降解氯氰菊酯的最适温度是35 ℃,最佳pH是7.0.结论 菌株J-2是一株能高效降解氯氰菊酯的菌株.     

国内首例播散性毛孢子菌病病原菌阿萨希丝孢酵母菌的DNA序列分析

目的 鉴定播散性毛孢子菌病病原丝孢酵母菌AS2.2174,并探讨将DNA序列分析且于病原酵母菌快速鉴定的可行性。方法 丝孢酵母菌株取自1例播散性毛孢子菌病患者的皮肤病损处,用简易微量DNA提取方法从病原酵母菌株中提取细胞总DNA,用PCR方法扩增26S rDNA D1/D2区域,纯后用热循环测序法对扩增产物进行直接测序。结果 测定了菌株AS2.2174的26S rDNA D1／D2区域的604个碱基序列,并将该序列登录于GenBank（登录号：AF337949）。通过与丝孢酵母属所有种模式菌株D1／D2序列的比较分析表明,AS2.2174与阿萨希丝孢酵母（Trichosporon asahii）的序列完全相同,而与在表型特征上与Trichosporon asahii难以区分的另外3个丝孢酵母菌种或变种分别相差3－8个碱基。结论 确定菌株AS2.2174属于Trichosporon asahii,并显示DNA序列分析在病原酵母菌鉴定方面具有常规方法难以达到的快速和准确。     

检测水产品食物中副溶血弧菌基因分型方法的建立

目的建立副溶血弧菌的基因分型技术,应用于广州市水产品食物中毒居前列的致病菌——副溶血弧菌的检测,寻找一种简便快速准确的检验方法。方法分析副溶血性弧菌分离株的16S-23S rDNA IGS的相关信息(电泳图谱、序列分析等),找出合适的16S-23S rDNA IGS作为基因分型依据,建立副溶血性弧菌的基因分型技术。结果通过克隆和测序,分析了副溶血性弧菌的16S-23S rDNA IGS片段,初步确定了以16S-23S rDNA IGS为分子标记的副溶血性弧菌基因分型技术。结论本检测方法不但快速、灵敏,还对深入了解副溶血性弧菌的发病机制,研究其分子流行病学特征具有重要的意义。     

1株罕见念珠状链杆菌分离株全基因组测序鉴定

目的 应用全基因组测序方法,鉴定中山市1名发热及皮疹待查因的患者血液中分离的1株罕见菌株.方法 对1株罕见菌株进行传统微生物生化鉴定无果之后,提取细菌基因组DNA,并进行全基因测序,按照de novo的方式进行组装后,应用微生物基因组序列的平均核苷酸相似度(ANI)鉴定方法进行物种鉴定.结果 该株罕见菌用传统微生物方法...     

尿路感染B群链球菌的耐药特征与CAMP试验敏感性分析

目的 研究尿路感染B群链球菌的耐药特点、耐药基因分布情况及CAMP试验敏感性和编码CAMP因子的cfb基因的表达情况.方法 采用纸片扩散法和Vitek 2 Compact仪器法测定抗菌药物的敏感性,D试验检测红霉素诱导的克林霉素耐药,PCR法检测抗生素相关耐药基因;进行CAMP试验,通过检测16S rRNA基因片段及cfb基因、生化试验、基质辅助激光解吸电离飞行质谱(MALDI-TOF MS)鉴定菌株.结果 51株B群链球菌对氨苄西林、达托霉素、利奈唑胺、呋喃妥因、青霉素、奎奴普丁/达福普汀、替加环素、万古霉素耐药率为0,对红霉素、四环素、克林霉素、左氧氟沙星、莫西沙星、环丙沙星耐药率分别为66.7％、66.7％、49.0％、47.1％、49.0％、47.1％.红霉素和四环索主要耐药基因为ermB和tetM,喹诺酮类抗生素耐药基因gyrA和parC,它们的检出率均为78.4％.CAMP试验结果显示3株阴性、9株弱阳性、39株阳性,经生化试验、cfb基因、16S rRNA检测、MALDI-TOF MS鉴定,除2株阴性株及2株弱阳性株未检测出cfb基因,其余方法鉴定均符合为B群链球菌的特征.结论 尿路感染的B群链球菌对多种抗生素敏感,对红霉素、克林霉素、四环素、喹诺酮类抗生素耐药性高,耐药基因携带情况与耐药性具有一定相关性;CAMP试验及cfb基因对于B群链球菌的鉴定缺乏敏感性.     

A preliminary study on the bacteria strain genes with NDM-1 in Ningxia

目的 掌握宁夏携带I型新德里金属β-内酰胺酶(blaNDM-1)细菌的流行现状.方法 用聚合酶链反应(PCR)检测以腹泻病分离保存的菌株,对blaNDM-1检测为阳性的菌株进行生化鉴定、药物敏感性试验,检测blaNDM-1基因测序和16SrRNA序列.结果 2株blaNDM-1基因阳性的菌株均为屎肠球菌,是多重耐药株;blaNDM-1测序结果与国外基因序列比对,同源性为100%.结论 宁夏存在携带blaNDM-1基因的革兰氏阳性屎肠球菌.     

聚合酶链反应-反向线点杂交技术鉴定分枝杆菌的多中心评价

目的 评价以16S-23S rDNA间隔序列作为靶基因的聚合酶链反应-反向线点杂交(PCR-RLB)技术用于鉴定分枝杆菌.方法 在5个中心同时进行试验.采用PCR-RLB技术检测60株属于50个种的分枝杆菌标准株;10株非分枝杆菌标准株.以胶体金法结合测序法或是气相色谱(gas chromatography,GC)法作为对比,检测鉴定383株分枝杆菌临床分离株.结果 所有的分枝杆菌标准株和临床分离株PCR扩增产物均可与分枝杆菌属探针杂交, 而种特异性探针仅与相应的种杂交,非分枝杆菌PCR扩增产物均不与分枝杆菌属及种探针杂交.与胶体金法或是GC法结合测序法相比,PCR-RLB法准确率100%,成功地将380株分枝杆菌鉴定到种(另外3株仅鉴定到分枝杆菌层未鉴定到种),包括11株其他方法不能准确鉴定的混合感染.结论 以16S-23S rDNA间隔序列作为靶基因的PCR-RLB技术,鉴定分枝杆菌敏感性和特异性高,快速、实用,具有很好的临床应用前景.