实时RT-PCR定量检测NGF mRNA表达水平方法的建立

目的:建立一种用SYBR GreenⅠ实时定量逆转录(SYBR GreenⅠQ-RT-PCR)检测大鼠脑组织中神经生长因子(NGF)mRNA基因表达的方法。方法:以Trizol一步法提取大鼠脑组织总RNA,以Oligo(dt)18为引物逆转录产生cDNA,利用SYBRGreenⅠ荧光染料法实时检测NGF mRNA的表达水平。通过熔解曲线分析NGF mRNA检测的特异性,以管家基因β-actin为内参照对NGF进行定量分析。结果:建立的大鼠NGF mRNA SYBR GreenⅠ实时检测方法具有良好的特异性和敏感性。结论:成功建立实时RT-PCR检测NGF mRNA基因表达的方法。     

SYBR荧光实时定量PCR检测非小细胞肺癌组织与外周血中RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平

目的:建立荧光实时定量PCR技术,检测非小细胞肺癌组织与外周血RRM1和ERCC1及BRCA1基因表达水平.方法:分别构建RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin质粒标准品,以SYBR荧光实时定量PCR分析,制备标准曲线,对非小细胞肺癌组织与外周血中RRM1、ERCC1和BRCA1及管家基因β-actin的mRNA进行检测.结果:标准曲线呈良好的线性关系.标准品的熔解曲线均呈单峰,特异性良好,说明基本无非特异性扩增.结论:所建SYBR荧光实时定量PCR方法操作简便,费用低,特异性好,准确度、灵敏度高,为后续研究构建了理想的平台.     

实时荧光定量PCR检测人IL-9 mRNA方法的建立及应用

目的：建立检测人白介素-9（interleukin-9,IL-9）mRNA的SYBR Green I实时荧光定量PCR（real—time fluorescence quantitative PCR,qRT—PCR）方法。方法：分离人外周血单个核细胞（peripheral blood mononuclear ceils,PB—MC）,经PMA和离子霉素刺激活化后提取总RNA并逆转录成cDNA。扩增产物与pMD-18T载体连接构建质粒标准品。采用qRT—PCR方法检测IL-9mRNA的表达水平。评价该方法的线性及特异性,应用该方法检测Graves病患者PBMC中IL-9 mRNA表达水平。结果：建立了人IL-9的SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法。该法的标准曲线相关系数r^2为0．995～0．998,熔解随线分析产物为单峰。Graves病患者PBMC中IL-9 mRNA的相对表达水平明显高于健康对照组（P〈0．01）。结论：建立的检测人IL-9 mRNA的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法灵敏、特异性好,为进一步临床应用提供了实验基础。     

实时定量聚合酶链反应检测前列腺癌抗原3方法的建立

目的 建立检测前列腺癌抗原3(PCA3)基因的实时定量聚合酶链反应(PCR)方法.方法 应用反转录-PCR扩增PCA3后,通过琼脂糖凝胶电泳和基因测序进行鉴定.应用SYBR Green实时荧光定量PCR检测PCA3和建立相应的标准曲线,使用熔解曲线分析扩增产物的特异性.同时在临床标本中验证所建立的PCA3检测方法的效能...     

实时荧光定量RT-PCR检测人外周血单个核细胞中FOXP3 mRNA的表达

目的：建立实时荧光定量逆转录-多聚酶链反应（real-time fluorescence quantitative RT-PCR）检测人外周血单个核细胞中FOXP3 mRNA的方法,并研究其与CD4＋CD25＋Treg细胞活性相关性。方法：提取人外周血单个核细胞总RNA,将mRNA逆转录成cDNA,以β-actin为内参照,实时荧光定量RT-PCR检测29例哮喘患儿及24例同龄对照FOXP3 mRNA的相对表达量,采用融解曲线和琼脂糖电泳鉴定PCR产物特异性;同时采用流式细胞技术检测CD4＋CD25＋Treg细胞含量,分析两者相关性。结果：哮喘患儿组CD4＋CD25＋Treg细胞百分率明显低于同龄对照组,P〈0.01;FOXP3 mRNA的表达也显著降低,P〈0.05;FOXP3和β-actin的融解曲线分析表明均仅有单一峰,Tm值分别为82.4℃和87.8℃;琼脂糖电泳显示都仅有单一扩增产物。结论：应用SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR技术检测FOXP3 mRNA表达水平简便易行、结果稳定可靠。初步结果证实,外周血CD4＋CD25＋Treg细胞数量和FOXP3 mRNA表达有相同的趋势,存在一定的相关性。     

实时荧光定量PCR法检测人粪便中双歧杆菌方法的建立及评价 

目的：建立利用实时荧光定量PCR法检测人粪便中双歧杆菌浓度的方法,为检测人肠道内菌群浓度提供有效手段。方法：提取60例儿童粪便样本中细菌总DNA。选择细
菌种属的特异性基因16SrRNA作为扩增区,依据双歧杆菌的16SrRNA序列共设计3条引物,以常规PCR扩增出的16SrRNA部分基因片段制作标准品,应用SYBR Green Ⅰ双链嵌合染料,对连续稀释的标准品及待测样本进行分析,建立绝对定量的标准曲线,同时计算出待测样本双歧杆菌浓度;根据可检测到的标准品最低拷贝数计算反应灵敏度;分析PCR产物熔解曲线评价反应特异性;重复检测梯度稀释的标准品,用相同浓度标准品的Ct值变异系数（CV）评价反应稳定性。结果：常规PCR扩增出双歧杆菌16SrRNA部分基因片段长度约为613 bp,测序结果正确,成功构建了双歧杆菌实时荧光定量PCR反应中的标准品;生成的标准曲线R2=0.999,最低检测限度为每个反应1.48×102个拷贝;实时荧光定量PCR产物的熔解曲线为单峰。对待测样本分批进行荧光定量PCR检测,各组间每微升1.48×103~1.48×107个拷贝浓度标准品Ct值的变异系数为2.94%、3.39%、3.54%、3.08%和3.34%。60份儿童粪便样本双歧杆菌浓度对数值为7.77±0.86（拷贝数?g-1湿便）。结论：本研究所建立的实时荧光定量PCR法敏感性高、特异性强,且重复性好,适用于检测人粪便中双歧杆菌的浓度。     

人RORγtm RNA实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用

目的: 建立检测人RORγt(retinoid-related orphan receptor gammat) mRNA的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR, qRT-PCR)方法.方法: 根据人RORγt mRNA的保守序列设计特异性引物,提取经PMA和离子霉素刺激的人外周血单个核细胞(peripheral blood mononuclear cell, PBMC)总RNA,并逆转录成cDNA,与pMD-18T载体连接构建质粒标准品.采用qRT-PCR方法检测RORγt mRNA水平,并评价该方法的线性、特异性及重复性.应用该方法检测Graves病(Graves′ disease, GD)患者外周血中RORγt mRNA的相对表达.结果:该方法标准曲线的相关系数为0.998,融解曲线分析显示单个峰,pMD18T-RORγt质粒标准品高、低拷贝数的批内、批间变异系数分别为6.5%,8.4%和9.6%,11.2%.初步研究表明GD患者组RORγt mRNA的相对表达水平明显高于健康对照组(t=-3.72, P<0.01).结论: 建立的检测人RORγt mRNA的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法灵敏、特异且重复性好,为临床应用提供了实验基础.     

poly(A)聚合酶加尾实时荧光定量聚合酶链反应法检测血清miR-103方法学建立和初步临床应用

目的建立ploy(A)聚合酶加尾SYBR GreenⅠ实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)法测定血标本中miR-103的检测方法,并进行初步的临床应用研究。方法使用Trizols溶解试剂提取待检标本总RNA,逆转录反应获得cDNA,通过SYBR GreenⅠ实时定量PCR法测定血清标本mi R-103。结果本方法可以用于定量检测血清miR-103的浓度,其PCR反应熔解曲线表现为单峰状,PCR产物具有特异性,在10~3～10~6 copies/μL线性范围间检测重复性好,有良好的线性关系(R~2=0.999)。2型糖尿病患者标本中mi R-103表达水平明显低于健康对照人群,差异有统计学意义(P<0.05)。结论本研究所创立的用于检测血清mi R-103的poly(A)加尾实时荧光定量PCR法具有很好的灵敏度和特异性,为进一步应用研究提供方法学保证。     

小鼠CCL20 mRNA实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的:建立检测小鼠脂肪组织中趋化因子CCL20(CC chemokine ligand 20)mRNA的实时荧光定量PCR(real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)的方法。方法:分离小鼠脂肪组织细胞,经PMA和离子霉素刺激4 h后收集细胞提取总RNA并逆转录为cDNA。采用qRT-PCR方法检测趋化因子CCL20 mRNA的表达水平。评价该方法的特异性,同时应用该方法检测小鼠脂肪组织中趋化因子CCL20mRNA相对表达水平。结果:建立了小鼠脂肪组织中趋化因子CCL20的SYBR Green实时荧光定量PCR检测方法,结果显示该方法的熔解曲线为单峰,同时核酸电泳显示一条特异性条带。检测结果表明高脂饮食诱导的肥胖小鼠脂肪组织中趋化因子CCL20的相对表达水平明显高于正常饮食对照组(t=3.02,P<0.05)。结论:建立了检测小鼠脂肪组织中趋化因子CCL20 mRNA的实时荧光定量PCR方法,特异性好、灵敏性强,为进一步研究小鼠CCL20的生物学功能提供了实验基础。     

SYBR Green Ⅰ联合TaqMan荧光定量PCR检测HBV-DNA的意义

目的探索SYBR GreenI联合TaqMan荧光定量PCR检测HBV-DNA的意义。方法选择浓度为108.48、105.70和103.70copies/ml的3种HBV-DNA阳性血清和<1×103.0copies/ml的阴性血清各1份,在TaqMan-PCR混合反应体系中加入SYBR Green I组成双荧光PCR(TaqMan SYBR Green I组),同时进行TaqMan和SYBR Green I的单荧光PCR(分别为TaqMan组和SYBR Green I组),设置同一PCR和熔解曲线的循环参数,检测HBV-DNA含量及其Tm,每种方法一次检测每份血清5次。结果TaqMan SYBR Green I组检测的HBV-DNA阳性血清均为阳性,其平均含量为108.55±、105.79±、103.81±,与TaqMan组的108.49±、105.69±、103.72±copies/ml0.320.290.300.310.300.25对应浓度值取10对数比较,无统计学意义(t=0.31、0.54和0.27,P>0.05);与SYBR Green I组的108.41±、0.35105.21±和103.26±copies/ml(不含未检出的两次血清)比较,除高浓度外,中低浓度有统计学意义(t=2.90和0.340.262.62,P<0.05)。TaqMan SYBR Green I组和SYBR Green I组阳性血清均出现明显熔解曲线,熔解温度(Tm)分别为71.8℃、72℃和79.8℃,阴性血清未出现扩增曲线和Tm值。结论SYBR Green I联合TaqMan-PCR检测HBV-DNA时,具有能维持TaqMan-PCR的高灵敏度、特异性更强,并能同时检测HBV-DNATm的特点,为HBV的DNA多态性分析,尤其是在HBV基因分型方面提供了新的检测思路。     

SYBR Green 实时荧光定量 PCR 法检测人乳腺球蛋白在乳腺癌诊断中的应用?

目的：探讨 SYBR Greens 实时荧光定量 PCR 法在乳腺癌诊断中的应用价值。方法以β-actin 为内对照,采用荧光定量 PCR(FQ-PCR)法检测45例健康女性体检者、91例良性乳腺疾病、193例乳腺癌以及87例其他肿瘤患者外周血中人乳腺球蛋白(human mammaglobin,HMAM)的表达量,分析其在不同临床病理因素情况下基因表达量的差异,并与 RT-PCR 法及其他乳腺癌标志物(CEA、CA125和 TSGF)进行灵敏度和特异性的比较。结果乳腺癌患者 HMAM 阳性率明显高于健康体检者、良性乳腺疾病和其他肿瘤患者(P <0.05);良性乳腺疾病和其他肿瘤患者 HMAM 阳性率高于健康体检者(P <0.05);良性乳腺疾病和其他肿瘤患者 HMAM 阳性率比较,差异无统计学意义(P >0.05)。乳腺癌患者 HMAM 表达与年龄、肿瘤大小、乳腺癌类型及雌激素受体、孕激素受体表达无关(P >0.05),与乳腺癌临床分期、组织学分级、腋窝淋巴结转移及 HER2/neu 表达呈正相关(P <0.05)。HMAM 对乳腺癌诊断的灵敏度高于 TSGF 和 CEA(P <0.05),特异性高于 CA153、TSGF 和 CEA(P <0.05)。SYBR Green FQ-PCR 对乳腺癌检测的灵敏度和特异性均高于 RT-PCR(P <0.05)。结论SYBR Green FQ-PCR法检测 HMAM 灵敏度高、特异性强,可有效辅助乳腺癌的诊断。     

双荧光标记定量PCR检测乙型肝炎病毒核酸

目的:探索SYBR GreenⅠ和TaqMan探针双标记荧光定量PCR(dFQ-PCR)检测乙型肝炎病毒核酸(HBV-DNA)的意义。方法:选择浓度为1011.70,108.70,106.70和<1×106.00copies/L的4种血清各1份,进行dFQ-PCR,同时以TaqMan探针和SYBR GreenⅠ单荧光标记PCR(sFQ-PCR)为对照,设置同一扩增和熔解曲线的循环参数,检测HBV-DNA含量及其熔解温度(Tm),每种方法一次检测每份血清5次。结果:dFQ-PCR检测的HBV-DNA阳性血的平均含量为1011.55±0.32,108.79±0.29,106.81±0.30,与TaqMan探针sFQ-PCR的1011.49±0.31,108.69±0.30,106.72±0.25copies/L对应浓度值取10对数比较,无统计学意义(t=0.31,0.54和0.27,均为P>0.05);与SYBRGreenⅠ染料sFQ-PCR的1011.41±0.35,108.21±0.34和106.26±0.26copies/L(不含未检出的两次血清)比较,中低浓度有统计学意义(t=2.90和2.62,P<0.05)。dFQ-PCR和SYBR GreenⅠ染料sFQ-PCR均出现明显熔解曲线,HBV-DNA含量为1011.70,108.70和106.70copies/L的Tm分别为79.8,71.8和72℃。结论:dFQ-PCR能同时检测HBV-DNA含量和Tm,为HBV含量及其基因分型的同步检测提供了新思路。     

应用肽核酸钳制PCR技术检测胰腺癌K ras基因突变

目的:应用肽核酸钳制PCR技术检测胰腺癌Kras基因突变,探讨其诊断价值。方法:结合特异性肽核酸(针对野生型序列)与实时定量PCR技术建立一步Kras基因检测法,与传统限制性片段长度多态性PCR法检测结果进行比较,评价新方法的诊断价值。结果:肽核酸钳制PCR法可同时对胰腺癌标本中Kras基因的第12、13密码子突变情况进行检测,操作简便;可在105倍的野生型Kras基因背景下检测出突变,灵敏度为0.001%,可检测突变基因最低限为102拷贝;该方法可同时进行较大规模的样品检测,单次检测时间仅需1 h。而传统方法可检测的突变基因最低限为103拷贝,检测灵敏度为0.01%;需花费约2 d完成同样数量的样本检测。结论:肽核酸钳制实时定量PCR法较限制性片段长度多态性PCR法有明显优势,适用于胰腺癌大规模临床样本的Kras基因突变检测,可作为胰腺癌筛查的有效手段。     

人FHIT基因实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的：建立检测人脆性组氨酸三联体（fragile histidine triad,FHIT）基因的荧光定量RT-PCR方法。方法：根据GenBank中人FHIT基因序列,在保守区设计合成一对特异引物,将PCR扩增得到的FHIT基因克隆至PMD18-T载体上,构建的重组质粒标准品倍比稀释后运用SYBR Green I染料法绘制标准曲线,并进行融解曲线分析。结果：FHIT基因的标准品稀释度在1×107～1×103copies/μl范围内具有良好的线性关系,Ct值线性范围为14.28～28.36,相关系数为0.998,融解曲线分析表明,产物为特异的单峰,Tm为92.3±0.1℃。结论：建立了人FHIT基因实时荧光定量RT-PCR方法,为在mRNA水平对人FHIT的定量分析奠定了基础。     

Taqman荧光定量PCR是核酸水平对管家基因GAPDH进行定量的好方法

目的比较Taqman荧光定量PCR法、SYBR Green I荧光定量PCR法和普通PCR法制作3-磷酸甘油醛(GAPDH)标准曲线的检出下限、线性范围的差异,确定一种较好的GAPDH绝对定量方法。方法构建含GAPDH全长的质粒,经PCR和EcoR I限制性酶切鉴定确认后,紫外定量并连续稀释10倍作为标准品。分别用Taqman法和SYBR Green I法于荧光定量PCR仪上制作标准曲线,同时用普通PCR结合琼脂糖凝胶电泳利用Quantity One软件定量并制作标准曲线。结果Taqman法检出GAPDH的下限为2.0×104拷贝,线性范围:2.0×104~2.0×1010拷贝;SYBR Green I法检出GAPDH的下限为2.0×107拷贝,线性范围:2.0×107~2.0×1010拷贝;普通PCR检出GAPDH的下限为2.0×106拷贝,线性范围:2.0×107~2.0×109拷贝。结论Taqman荧光定量PCR法比SYBR Green I荧光定量PCR法和普通PCR法的灵敏度高,线性范围宽,是核酸水平对GAPDH定量的好方法。     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测人c-myc基因方法的建立

目的构建含有c-myc基因的重组质粒并以其为模板,建立以SYBR GreenⅠ染料为荧光指示剂的实时荧光定量PCR(FQ-PCR)技术检测c-myc的标准曲线,为FQ-PCR准确检测c-myc奠定基础。方法用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)法从人食管鳞癌组织的总mRNA中反转录扩增c-myc cDNA,将纯化的PCR产物与pGEM-T Easy载体进行连接,转化宿主菌DH-5α,然后挑选阳性克隆重组质粒,分别用PCR扩增、限制性核酸内切酶EcoRⅠ酶切进行鉴定并测序分析。用紫外分光光度计测质粒浓度,计算拷贝数制备FQ-PCR浓度梯度标准品。最后对质粒标准品进行FQ-PCR检测。结果PCR扩增、酶切鉴定及测序分析均证实c-myc重组到pGEM-T Easy载体上。建立了人c-myc标准曲线,其对数与相应的Ct值(循环阈值)具有良好的相关性,相关系数r2=-0.99～-1,斜率为-3.1～-3.6。结论所构建的人c-myc质粒标准品应用SYBR GreenⅠ荧光染料技术建立的标准曲线线性关系好,灵敏性和特异性高,准确可靠,此方法可作为FQ-PCR检测c-myc基因的标准方法。     

外周血TREM-1在老年SIRS患者中的表达及其意义

目的检测外周血髓样细胞触发性受体1-（TREM-1）mRNA的表达水平,探讨其在老年全身炎症反应综合征（SIRS）患者中的表达及其意义。方法采用SYBRGreenI实时荧光定量RT-PCR技术,以β-actin为内参照,检测22例老年SIRS患者〔SIRS组,其中多器官功能障碍综合征（MODS组）6例〕和23例健康者（对照组）外周血TREM-1mRNA表达水平。结果 TREM-1和β-actin的熔解曲线均仅有单一峰。SIRS组Ct值（β-actin/TREM-1）为0.930±0.066,正常对照组Ct值为0.846±0.021,2组比较差异具有统计学意义（P〈0.01）;MODS组Ct值为1.006±0.037,与SIRS组比较差异亦有统计学意义（P〈0.05）,显著高于正常对照组（P〈0.01）。结论应用RT-PCR技术检测TREM-1在外周血中的表达水平简便易行,结果稳定可靠。TREM-1可作为SIRS、MODS早期诊断和病情判断的指标,可能成为SIRS、MODS一个潜在的治疗靶点。     

实时荧光定量PCR检测人肝癌组织皮层肌动蛋白基因

目的建立实时荧光定量PCR检测皮层肌动蛋白基因表达水平的方法。方法提取人肝癌组织总RNA,RT—PCR扩增CTTN和GAPDH基因片段并分别构建两片段阳性表达载体。采用SYBR Green I实时荧光定量PCR绘制两基因拷贝数标准曲线,实测人肝癌标本并进行方法学评价。结果成功构建pMD18-T（＋）／CTTN和pMD18-T（＋）／GAPDH重组质粒。CTTN和GAPDH基因模板拷贝数分别在1．6×10^3-1．6×10^7和1．6×10^4-1．6×10^7之间时标准曲线有良好线性关系,R^2分别为0．996和0．985。由Ct值统计两基因组内变异系数分别为0．11％～2．25％和0．75％-3．63％;组间变异系数分别为0．83％～1．48％和0．47％～1．36％。组间无统计学差异（P〉0．05）。结论成功建立实时荧光定量PCR检测人肝癌组织CTTN基因的方法,为研究人肝癌组织CTTN基因表达水平奠定了方法学基础。