HLA单倍型等位基因交换重组对移植配型的影响(7个家系分析)

人类白细胞抗原（HLA）又称移植抗原，在器官移植中起着重要作用。HLA遗传区域在人的第6号染色体短臂6p21位置上，HLA—A，B，C，D，E，F，G的7个座位是表达基因，由于其座位靠得很近，故在遗传时常一起传递。同一条染色体不同座位上的等位基因组合成单倍型，每个人都有两条分别来自父母的单倍型。HLA复合体是紧密连锁的，这些连锁在一条染色体上的等位基因很少发生同源染色体间的交换。2005．3-2006．6期间，我们在骨髓移植HLA配型时，发现7例家系中的7位个体HLA单倍型座位中等位基因分别发生交换重组。现分析报告如下。     

中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡研究

 目的 研究中国汉族白血病患者及其相关人群罕见的HLA-DR/DQ连锁不平衡单倍型。方法 对2000－2005年在我院进行异基因造血干细胞移植前HLA配型的白血病患者及与患者有血缘关系的家系供者共1500例的血液标本，采用低分辨序列特异性引物聚合酶链反应（PCR-SSP）方法进行HLA-DR/DQ基因分型，并对两位点间连锁不平衡参数进行统计学分析。1500例中患者650例，平均年龄25岁；家系供者850例，平均年龄42岁。结果 在41例的血液标本中发现13种罕见的连锁不平衡单倍型，主要为HLA-DQ8 或HLA-DQ9与不同DR位点的连锁。其中DR14/DQ4、DR4/DQ5、DR9/DQ6、DR9/DQ7、DR8/DQ8、DR9/DQ8、DR12/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9共9种单倍型尚未见报道。650例白血病患者中有20例存在12种罕见的连锁不平衡单倍型，850例家系供者中有21例存在8种罕见的连锁不平衡单倍型。DR8/DQ8单倍型只见于家系供者，而DR14/DQ4、DR12/DQ6、DR11/DQ8、DR13/DQ8和DR14/DQ9单倍型则只见于白血病患者。41例HLA-DR/DQ基因分型结果显示，连锁不平衡单倍型与DR52（DRB3）宽抗原相关联者占58.5%（24/41），与DR53（DRB4）宽抗原相关联者占36.6%（15/41），而与DR51（DRB4）宽抗原相关联者仅占4.9%（2/41）。所发现单倍型频率最高的为DR12/DQ8（0.0023）和DR9/DQ8（0.0023），其次为DR11/DQ9（0.0020）和DR12/DQ9（0.0017）。13种连锁不平衡单倍型的绝对及相对连锁不平衡参数均为负值，说明它们在中国汉族人群中较为罕见，并处于连锁不稳定状态。结论 发现了罕见的DR/DQ连锁不平衡单倍型，对补充中国汉族人群HLA-DR/DQ基因的连锁不平衡类型，提高HLA分型结果的准确性具有一定意义；同时，DR/DQ连锁不平衡单倍型在不同人群中的差异为疾病关联研究提供了思路。     

多座位标记单倍型与强直性脊柱炎的关联研究

目的　研究 5个强直性脊柱炎 (ankylosingspondylitis ,AS)家系在HLA附近的多座位标记单倍型与AS之间的关联关系。方法　选择位于HLA区域D6S2 76两侧的 11个微卫星标记作精细连锁分析 ,采用Cyrillic软件作单倍型分析。 结果　精细连锁分析显示D6S2 76的最大Lod值达 3 .882 1,位于该标记两侧的D6S1691和D6S1618的Lod值均大于 1.5 0 ;单倍型分析显示 5个家系的重组与交换频率达14 0 % ,其中D6S1691、D6S2 76、D6S1618与AS紧密关联。结论　D6S1691 D6S2 76 D6S1618区域可能存在AS的易感基因位点 ,家系中与AS紧密关联的单倍型可作为症状前诊断的重要依据。     

6号染色体HLA座位发生交换重组二例家系报告

HLA遗传区域在人类第6号染色体短臂6p21位置上, HLA-A,B,C,D,E,F,G的7个座位是表达基因,由乇其座位靠得很近,故在遗传时常一起传递。同一条染色体上不同座位上的等位基因组合成单倍型,每个人有两条分别来自父母的单倍型。HLA复合体是紧密连锁的,这些连锁在一条染色体上的等位基因很少发生同源染色体间的交换。近期我们在HLA配型时,发现两例家系HLA座位A-B,B-DR间发生交换与重组。现报告如下。     

人类白细胞抗原A和C座位基因重组二个家系分析

目的 探讨2个家系人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)座位的重组情况.方法 采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术检测2个家系成员HLA-A、-C、-B、-DRB1和-DQB1位点,应用测序分型方法进行HLA高分辨基因分型,然后通过家系遗传分析确定HLA基因重组相关位点,检测短串联重复序列位点确定其家系成员亲权关系.结果 2个家系HLA单倍型的重组发生在HLA-A和C位点之间,家系调查显示1例为父源、1例为母源HLA单倍型发生了交换后遗传给子代,短串联重复序列结果证实2个家系成员内具有高度的亲权关系.结论 发现了2个中国汉族人群HLA-A和C基因座位间的基因重组家系,为深入研究HLA的重组机制提供了基础.     

中华(上海)骨髓库北方人群HLA多态性调查

调查中华(上海)骨髓库北方人群HLA多态性及其频率分布特征。用微量淋巴细胞毒试验检测11995名无关供者HLA-A、B抗原,并用PCR-SSP和反向PCR-SSOP技术对疑难标本进行复检。计算其中3 736名北方人群 HLA-A、B的抗原频率、基因频率和HLA-A、B位点单倍型频率、连锁不平衡参数。调查中共检出A位点抗原26种,B位点抗原54种,最常见HLA-A、B抗原包括A2,A11,A24,A30,A33,B13,B46,B51,B58,B60,B61,B62等。连锁不平衡参数大于0.0005的单倍型有40多种,最常见的单倍型有A2-B46,A30-B13,A33-B58等。结果显示中华(上海)骨髓库北方人群HLA多态性有自身特点,频率分布介于南、北汉族之间。     

造血干细胞移植56例人类白细胞抗原基因和单倍型分析

背景：收集56例欲行造血干细胞移植的供受者,均为无血缘关系的江西省汉族人群。了解个体的人类白细胞抗原基因型和单倍型。 目的：分析56例造血干细胞移植供受者的人类白细胞抗原基因频率,单倍型频率。 方法：收集56例欲行造血干细胞移植的供受者,均无血缘关系的江西省汉族人群。应用PCR-SSP的方法进行人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1基因分型,计算出HLA-A、B、DRB1各位点的基因频率和单倍型频率。 结果与结论：56例供受者测出HLA-A位点等位基因8种,HLA-B位点等位基因19种,HLA-DRB1位点等位基因13种,呈现出丰富的基因多态性。56例供受者两位点共224条等位基因中,A﹡02-B﹡46、A﹡11-B﹡40、B﹡46-DRB1﹡09单倍型的频率高于0.10。有10种A-B单倍型,4种B-DRB1单倍型呈现出显著的连锁不平衡。提示江西省汉族人群人类白细胞抗原基因具有较丰富的基因多态性。     

HLA扩展单倍型及其生物学意义

人类补体C2、Bf、C4A、C4B基因位于人类第6号染色体短臂上,居HLA-Ⅰ、Ⅱ类基因之间,所组成的单倍型称补体型。补体型与其连锁不平衡的HLA-B、DR座位等位基因所组成的单倍型称HLA扩展单倍型。这一概念与其它几个概念如HLA-补体单倍型、超型、HLA祖传单倍型等既有区别又有联系。近年发现HLA扩展单倍型的研究在寻找某些疾病易感基因、器官移植配型以及人类源流研究方面都能提供极有价值的信息。本文就这方面的研究情况作一综述。     

一等位性基因重组报告

等位基因是指在同一条染色体上紧密连锁的基因,这些基因中只有一个被表现,其余则保持“沉默”。一个个体带有两条同源6号染色体,所以具有HLA系统中某一座位上的两个等位基因,在父母传给孩子时,只有一条染色体也就是只有一个等位基因传给孩子。家系HLA系统研究是证明等位性基因的有效方法,我们在李某一家系的调查中发现第二个孩子的单倍型与其他孩子的单倍型不同。     

广西汉族人群HLA-A、-B、-DRB1高分辨等位基因和单倍型多态性的初步分析

目的分析广西汉族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-A、-B、-DRB1等位基因和单倍型的分布特征。方法采用多聚酶链式反应-基于测序的分型技术(polymerase chain reaction-sequence based typing,PCR-SBT)对广西地区1 644名汉族无关个体进行HLA-A、-B、-DRB1等位基因和单倍型多态性的分型,使用Arlequin软件(3.5.2.2)计算HLA等位基因频率、单倍型频率和连锁不平衡参数。使用MEGA v6.0软件构建系统发生树,并与其他部分中国汉族人群的基因频率进行比较。结果该人群HLA-A、-B、-DRB1等位基因分布均偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05),3个位点分别检出37种HLA-A,70种HLA-B和37种HLA-DRB1等位基因。其中,等位基因频率分布最高的分别是A~*11∶01(28.86%)、B~*46∶01(14.26%)和DRB1~*15∶01(13.32%),最常见的单倍型是A~*33:03-B~*58∶01-DRB1~*03∶01(6.12%),A~*02∶07-B~*46∶01、A~*11∶01-DRB1~*15∶01和B~*58∶01-DRB1~*03∶01呈现最强的连锁不平衡。该人群与广西壮族人群亲缘关系最近,其多态性最接近的汉族是中国南方汉族。结论广西汉族人群HLA-A、-B、-DRB1等位基因和单倍型有较高的遗传多态性,将为中国人群在临床寻找HLA匹配的无关亲缘供者、法医学研究以及人类学研究等提供有价值的遗传学依据。     

MHC基因多态性和肿瘤的发生

人类主要组织相容性复合物 (MHC)是一段约 3 6Mb的染色体区段 ,有 2 2 0多个基因位点 ,其中人类白细胞抗原(HLA)等位基因超过 2 0 0 0个 ,是迄今所知最复杂、多态态最高的遗传系统。几乎所有的HLA等位基因编码的蛋白质的差别都集中分布在其与抗原肽结合的分子凹槽中。这种差别决定了与抗原肽的结合强度 ,进而影响抗原肽的提呈 ,可能是肿瘤易感性的遗传基础之一。以病原微生物感染为诱因的肿瘤、非病原生物直接引起基因或染色体结构变化等原因导致的肿瘤 ,在与HLA等位基因的易感性上可能存在不同的机制。HLA等位基因的遗传易感性还与人种的遗传背景有关。由于技术上的原因 ,目前MHC多态性与肿瘤的遗传易感性研究主要集中在HLAII类等位基因或单倍型。HLAI类及其他MHC区域多态基因的等位基因与肿瘤易感性的研究值得关注。MHC有大量人群频率不一的等位基因和位点之间很强的连锁不平衡 ,要确定HLA等位基因与肿瘤发生的关系仍有困难 ,家系分析、群体规模的受累姊妹配对分析可获取更多信息。MHC单倍型和SNP分析相结合有利于准确分析MHC区域基因和肿瘤的关系 ,并鉴定和分析MHC中的新基因。理解MHC遗传多态性与肿瘤易感性对肿瘤的生物治疗有指导意义。     

中国南方汉族人群D6S1624、D6S258、M6S211、D6S510遗传多态性及与HLA-A连锁不平衡分析

目的 研究中国南方湖南地区汉族人群HLA Ⅰ类区远着丝粒端D6S1624、D6S258、M6S211、D6S510遗传多态性及与HLA-A的连锁不平衡.方法 应用荧光聚合酶链式反应-基因分型和聚合酶链式反应-序列特异性引物技术分别检测湖南地区227份正常人群样本D6S1624、D6S258、M6S211、D6S510和HLA-A位点.结果 5个位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.05).在D6S1624、D6S258、M6S211和D6S510位点分别检出10、10、12、9种等位基因,各位点均有若干主要等位基因,分别以D6S1624*199、D6S258-*195、M6S211-*261、D6S510-*186最为常见.在该人群中,4个微卫星位点均具有较高的杂合度值(0.7142～0.8316)和多态性信息含量(0.6686～0.811),属高度多态性位点.D6S1624、D6S258位点与HLA-A位点之间均不存在总体连锁不平衡(P=0.2646;P=0.3481),M6S211、D6S510位点与HLA-A位点之间均存在非常显著的总体连锁不平衡(P＜0.0001;P＜0.0001).对观察频率≥3%的所有单倍型做连锁不平衡分析,显示10种D6S1624.HLA-A单倍型中,仅两种处于连锁不平衡状态;9种D6S258-HLA-A单倍型中,仅3种处于连锁不平衡;而8种M6S211-HLA-A单倍型、7种D6S510-HLA-A单倍型中,分别有7种、6种均处于连锁不平衡状态.结论 所获得的4个微卫星标记的群体遗传学数据将有助鉴定HLA Ⅰ区域内与疾病相关(如鼻咽癌)的遗传标志、法医学个体认定、人类学研究,亦将有助于评价、指导临床器官移植的组织相容性配型.     

TIM-3基因-1516、-574、4259单核苷酸多态性及连锁不平衡分析

目的 调查T细胞免疫球蛋白粘蛋白.3基因(T cells immunoglobulin mucin-3 gene,TIM-3)-1516、-574、4259单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)的发生频率及是否存在连锁不平衡(linkage disequilibrium, LD)关系.方法 采用等位基因特异性聚合酶链反应(allele-specific polymerase chain reaction, AS-PCR)方法对湖北地区147名健康个体TIM-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNP位点进行基因分型,应用软件Arlequin V3.1对3个SNP位点进行LD及Hardy-Weinberg平衡分析,并计算单倍型频率及单倍型组成.结果 3个TIM-3基因SNP位点等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡.湖北地区147名正常个体T/M-3基因-1516G/T、-574T/G、4259G/T 3个SNPs的次要等位基因发生频率分别是8.5%、1.0%、2.0%.TLM-3基因3个SNP主要组成4种单倍型:G-G-G、G-G-T、T-G-T、G-T-T;其频率分别为2.0%、88.4%、8.5%、1.0%.通过对这3个SNP位点两两间进行LD分析,发现所有的连锁不平衡系数D'(coefficient of linkage disequilibrium, D')值都为1.结论 湖北地区人群T/M-3基因-1516G/T、-574T/G、259G/T 3个SNP位点呈完全连锁不平衡.本研究结果提供了中国湖北地区汉族人群TIM-3基因这3个SNP的群体遗传学资料,并且为寻找与免疫介导性疾病相关单倍型奠定了基础.     

广东汉族人群HLA Ⅰ、Ⅱ基因多态性及单倍型分析

目的 检测广东汉族人群HLA-A、B、Cw、DRB1基因频率，分析该人群HLAⅠ、Ⅱ等位基因多态性及其单倍型特点。方法 骨髓移植供者160人，抗凝血提取DNA，半量全自动聚合酶链反应-单链构象多态分型检测HLA-A、B、Cw、DRB1基因型。结果 在低分辨水平分别检出HLA-A、B、Cw及DRB1等位基因12、23、11、13个。统计分析呈现显著连锁不平衡的HLA-A-B单倍型9个，B-Cw单倍型20个，A-Cw单倍型7个，HLA-A-DRB1单倍型8个，B-DRB1单倍型9个，Cw-DRB1单倍型10个。结论 广东汉族群体HLA-基因具有较为丰富的多态性，其双座位连锁不平衡单倍型具有地区性遗传特征。     

湖南汉族人群HLA-DP、-DQ位点等位基因多态性与鼻咽癌的相关性

目的 探讨湖南汉族人群HLA—DP、HLA—DQ位点等位基因多态性与鼻咽癌遗传易感性之间的关系。方法 应用聚合酶链反应—特异性寡核苷酸探针基因分型技术对87例湖南汉族鼻咽癌患者与91名健康对照作HLA—DPAl、—DPBl、—DQAl及—DQBl的基因分型，采用x^2检验比较两组各位点等位基因频率，单倍型频率分布的差异。结果 发现鼻咽癌组DPAl*0201、DPBl*1901、DQAl*0201较对照组明显降低，DPBl*0402、DQAl*0101较对照组明显升高；单倍型DPAl*0201—DPBl*1401及DQAl*0201—DQBl*0201较对照明显降低；但P值经Bonferroni校正后，差异均无显著性(Pc＞0．05)。结论 湖南汉族人群HLA—DP和—DQ位点与鼻咽癌无明显相关，与以往用受累同胞对方法在鼻咽癌家系中未能证实鼻咽癌易感基因与HLA—DP和—DQ位点连锁的结果一致。     

血管紧张素原基因单倍型与原发性高血压的关联研究

目的 研究中国人血管紧张素原（angiotensinogen,AGT)基因多态性及单倍型与原发性高血压的关系。方法 在335例高血压患者与196名血压正常人中采用PCR－限制性酶切片段长度多态性法检测血管紧张素原基因的多态性，同时用最大期望值方法进行两位点连锁不平衡和三位点的单倍型分析。结果 在M235T和A－20C，M235T和A－6G，A－20C和A－6G位点观察到了连锁不平衡（P＜10^-4)。病例－对照检验显示T235等位基因频率在高血压组中高于对照组，但所有单倍型频率分布在高血压组和正常对照组间差异无显著性。结论 受检人群中AGT基因各单倍型与高血压未见关联，但AGT基因T235位点可能是一种重要的高血压风险因子。     

浙江汉族人群HLA-A、-B、-DRB1高分辨等位基因频率和单体型分析

研究表明HLA具有高度连锁不平衡的遗传特点,不同民族或地区人群基因或单体型频率分布存在明显的不同,可作为不同种群特征性的遗传标志,目前有关不同人群HLA-A、-B、-DRB1基因频率和单体型分布情况已有众多的报道,但大多研究采用低分辨基因分型方法[1-3].本实验采用高分辨基因分型技术检测了1100例浙江汉族人群的HLA-A、-B、-DRB1位点,分析了人群HLA高分辨等位基因分布、单体型频率及连锁不平衡特征,现将结果报告如下.     

山东省烟台和威海地区汉族HLA-A、B和DRB1等位基因多态性及遗传距离分析

目的 分析山东省烟台和威海地区汉族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)-A、B、DRB1等位基因的多态性分布特征,并探讨该人群与其他人群的亲缘关系.方法 应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针方法(polymerase chain reaction-sequence specific olignucleotide probe,PCR-SSOP)对山东省烟台和威海地区4062名无亲缘关系的汉族健康个体进行HLA-A、B、DRB1基因分型.采用Arlequin3.5软件计算HLA等位基因频率、单倍型频率和连锁不平衡参数,按内氏公式计算出不同人群之间的遗传距离,并利用Mega5.0软件构建系统发生树.结果 该人群HLA-A、B、DRB1等位基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P＞0.1).3个基因座分别检出18、33和13个等位基因,其中等位基因频率分布最高的分别是A* 02 (0.2935)、B* 15 (0.1485)和DRB1* 15 (0.1621);最常见的单倍型为A* 30-B* 13-DRB1* 07(0.0649),A* 33-B* 58、A*66-DRB1* 13、B*08-DRB1* 03呈现最强的连锁不平衡;山东省烟台和威海汉族人群与吉林省汉族人群遗传距离最小,为0.0034.结论 山东省烟台和威海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型具有较高的遗传多态性,该人群与吉林汉族人群亲缘关系最近.     

DIO2基因单核苷酸多态性与精神发育迟滞相关性研究

目的探讨DIO2基因多态性及单倍型与精神发育迟滞的相关关系。方法本研究以344个汉族精神发育迟滞患者及其亲属组成的家系为研究对象．在DIO2上选择了3个合适的SNPs作为标记．利用PCR—SSCP和PCR—RFLP方法完成基因分型。应用FBAT软件对多态位点及可能组成的单倍型与精神发育迟滞的关系进行分析。结果单个位点家系关联性分析结果提示：rs225015、rs225014和rs225012位点各等位基因从亲代传递给患病子代没有观察到显著性（P〉0．05）。多态性位点间的连锁不平衡检验显示：3个位点rs225015、rs225014和rs225012均具有较高的连锁不平衡（D’〉0．8）。单倍型分析结果显示：3个位点构成的单体型GTG在附加遗传模型（Z=2．226,P=0．026019）和隐性遗传模型（Z=2．651,P=0．008023）与MR相关。结论DIO2基因可能与精神发育迟滞的易感性有关。     

643例中国北方汉族急性淋巴细胞白血病患者人类白细胞抗原连锁不平衡分析

目的 分析643例中国北方汉族急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)患者组和20359名健康对照组的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)HLA-A-B、B-DR和AB-DR单倍型频率及连锁不平衡分布差异.方法 应用最大似然性算法(expectation-maximization,EM)计算患者组和对照组的HLA-A-B、B-DRB1和A-B-DRB1单倍型频率及连锁不平衡参数,采用X2检验比较其分布差异.结果 HLA-A30-B13、A2-B46、A33-B58,B13-DR7、B46-DR9、B52-DR15、B58-DR17,A30-B13-DR7、A33-B58-DR17和A1-B37-DR10单倍型是两组常见、共有呈强连锁不平衡单倍型.A30-B13、A2-B46、A33-B44、B13-DR7、A30-B13-DR7和A2-1346-DR9的单倍型频率和连锁不平衡水平,患者组低于对照组,差异有统计学意义(X2＞3.84,P＜0.05).A2-B52、A2-B27、A24-B8,B60-DR9、B27-DR4、B52-DR14、B44-DR17、B27-DR12、和A11-B27-DR12的单倍型频率和连锁不平衡水平,患者组高于对照组,差异有统计学意义(X2＞3.84,P＜0.05).结论 643例北方汉族ALL患者组HLA-A-B、B-DRB1、A-B-DRB1单倍型频率分布及连锁不平衡遗传特征和对照组具有高度的同源性.患者组与对照组之间的部分HLA单倍型频率及连锁不平衡分布存在统计学差异.本研究结果 为ALL与HLA疾病相关性及HLA相合供者的寻找提供了基础数据.