环介导等温扩增法检测粪样中日本血吸虫虫卵DNA的效果评估

目的评估环介导等温扩增(loop mediated isothermal amplification,LAMP)法检测粪样中日本血吸虫(Schistosoma japonicum)虫卵DNA的效果,并评价其检测流行区现场牛野外粪样的效果。方法取1 g新鲜的日本血吸虫虫卵阴性牛粪,分别加入5个新鲜日本血吸虫虫卵、50μl日本血吸虫虫卵排泄分泌产物(egg secretion product,ESP)制备人工模拟阳性粪样。用粪DNA提取试剂盒分别提取加入虫卵的未经研磨或研磨2 min后的人工模拟阳性粪样、加入虫卵ESP的粪样和阴性粪样的DNA,以日本血吸虫28S核糖体DNA(r DNA)为检测靶基因,用LAMP法、PCR法检测,评估LAMP法检测粪样中日本血吸虫虫卵DNA的效果。收集2012-2014年湖南、湖北、江西、安徽等4省日本血吸虫病流行区的牛野外粪样221份,研磨后同法提取DNA,用LAMP法检测,并与PCR法、孵化法的检测结果进行比较,评价其检测流行区现场野外粪样的效果。结果LAMP法检测加入虫卵粪样并经研磨后提取的DNA、加入虫卵ESP粪样提取的DNA均为阳性反应,呈绿色;而加入虫卵粪样未经研磨提取的DNA、阴性粪样DNA则为阴性反应,呈棕色;PCR检测的结果与LAMP法检测结果相近。LAMP法、PCR法和孵化法检测血吸虫病流行区牛野外粪样的阳性率分别为5.43%(12/221)、4.52%(10/221)、0.90%(2/221)。LAMP法的阳性率明显高于孵化法(P0.05),LAMP法与PCR法阳性率差异无统计学意义(P0.05)。结论 LAMP法可用于检测流行区现场野外粪样的日本血吸虫虫卵DNA,其现场应用价值有待进一步验证。     

荧光实时定量PCR定量水体中日本血吸虫尾蚴方法的建立

摘要：目的 建立快速、高效、特异的定量水体中尾蚴的数量和检测水体中日本血吸虫尾蚴残余基因组DNA的方法,来评估水体受日本血吸虫尾蚴污染的程度。方法 根据日本血吸虫基因组DNA中的三个多拷贝序列Sjrh1.0（序列号：U92488.1）、18S小亚基单位核糖体核酸基因(18SrRNA)序列（序列号：AY157226.1）和逆转录转座子SjR2的G55A序列（G55A）（序列号：AF412221.1）,设计常规PCR引物和荧光PCR引物,比较选取较好的靶序列建立SYBR GreenI 实时定量PCR方法,绘制尾蚴数的对数与Ct值的标准曲线,并对疫水中日本血吸虫尾蚴残余的基因组DNA进行检测。结果 尾蚴数的对数与Ct值的标准曲线有良好的线性关系,相关系数r2为0.9186,和重复实验的变异系数小于3%。结论 本方法特异性高,灵敏,可定量水体中尾蚴数,重复性好,对疫水检测有一定的预警作用。     

日本血吸虫(中国大陆株)感染小鼠粪虫卵的分布特征

目的以数学模型描述感染日本血吸虫(中国大陆株)的小鼠阳性粪便虫卵数的时间动力学分布规律。方法自血吸虫感染小鼠后第5周至第11周,每周收集24 h粪便1次,并计数每克粪样中的虫卵数(EPG)。EPG的均数m≥400时,利用回归方程lg(v)=a+blg(m)的回归系数b是否接近2,来判断粪虫卵是否服从负二项分布。结果剔除EPG为0的结果,组内小鼠EPG在同一时间点上呈正态分布。取各时间点小鼠粪EPG的均值m,分别构建C57BL/6与BALB/c小鼠阳性粪样便EPG的回归方程,显示全部阳性粪样的方程系数b分别为1.72和1.39,连续7次阳性鼠粪EPG的回归方程系数b分别为1.71和1.26。结论实验室感染日本血吸虫的C57BL/6与BALB/c小鼠,粪虫卵的时间的分布均可以负二项分布来描述,但C57BL/6小鼠粪虫卵数随时间分布的拟合优度高于BALB/c。     

实时荧光定量PCR法检测日本血吸虫

目的 运用实时荧光定量PCR法检测日本血吸虫。 方法 根据日本血吸虫18 S小亚基单位核糖体核酸（18S rRNA）基因设计特异性引物,PCR扩增出1 450 bp序列,经TA克隆后转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为模板制作荧光定量PCR 标准曲线。方法重现性评价,用初始循环数（Ct,拷贝/反应）进行标准差分析,并计算变异系数（CV）。 结果 制作的标准曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系,相关系数为0.998 7。方法重现性评价,在1.05×107～1.05×103个拷贝范围内,对应的Ct平均值分别为17.55、20.93、24.32、27.59和30.95;CV值分别为1.31%、1.53%、0.90%、1.85%及0.90%,在重复性试验中试验间数据平均变异系数为1.27%,无非特异性扩增。 在试验检测范围内（Ct≤30.95）,可检测的日本血吸虫基因组浓度为6.15 pg,3 h内完成。 结论 运用荧光定量PCR方法检测日本血吸虫DNA,快速、灵敏、特异性高。     

鹦鹉热嗜衣原体实时定量PCR检测方法的建立

目的建立一种简便、快速、特异的荧光定量PCR检测方法,用于鹦鹉热嗜衣原体的快速检测。方法以主要外膜蛋白(MOMP)基因为靶序列设计特异性引物,采用SYBR GreenⅠ随机渗入法建立实时定量PCR检测方法。结果循环阈值(Ct)与标准DNA模板在1.0×102-1.0×107拷贝/μl浓度范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.989。该方法用于鹦鹉热嗜衣原体的检测具有很高的特异性,其敏感性与常规PCR相比可以提高100倍。结论本研究建立的检测鹦鹉热嗜衣原体的实时定量PCR检测方法具有很高的特异性和敏感性,可以用于鹦鹉热嗜衣原体的检测。     

聚合酶链反应检测日本血吸虫DNA的实验研究

目的探索核酸检测在日本血吸虫病诊断中的应用。方法根据日本血吸虫基因设计特异性引物,采用PCR方法对日本血吸虫的成虫、虫卵、日本血吸虫感染家兔的肝组织、粪便、外周血清标本中的DNA进行扩增,并将虫卵和粪便的模板DNA倍比稀释后进行扩增,以测定PCR扩增法的敏感性。结果从日本血吸虫的成虫、虫卵、日本血吸虫感染家兔的肝组织、粪便和外周血清中均扩增到分子量为230bp的阳性条带,扩增产物经测序并在基因库中匹配,证实为日本血吸虫基因中的一个片段,其同源性为98%。其PCR扩增敏感性检测结果表明,0.021个虫卵DNA模板即可扩增出该特异性阳性条带。结论聚合酶链反应检测日本血吸虫DNA有较高的敏感性,尤其是能从日本血吸虫感染宿主血清中检测出特异性DNA,具有潜在的诊断应用价值。     

荧光定量PCR用于按蚊体内疟原虫子孢子检测的研究

目的 建立一种用于按蚊体内疟原虫子孢子定量检测和虫种鉴别的荧光定量PCR方法。方法 采用针对4种人体疟原虫18S rRNA基因属特异性保守区的1对引物, 以疟原虫18S rRNA基因重组质粒与按蚊DNA的混合物为模板, 进行反应体系和反应条件优化, 验证方法的特异性, 并通过熔解曲线分析进行虫种鉴别。应用阴性按蚊DNA稀释的间日疟原虫18S rRNA基因重组质粒为模板制作标准曲线, 并分别以质粒DNA和实验室子孢子感染阳性的按蚊DNA为模板分析建立的荧光定量PCR方法的敏感性。在反应体系中加入不同部位、 不同用量按蚊DNA, 以探讨按蚊DNA对检测效果的影响。结果 该方法对按蚊、 人血DNA均无扩增, 对4种疟原虫DNA均有特异性扩增且扩增产物的熔解温度 （Tm） 易于区分, 三日疟原虫、 恶性疟原虫、 卵形疟原虫和间日疟原虫的Tm值分别为71.0、 72.7、 73.9 ℃和75.9 ℃。标准曲线中循环阈值（Ct值） 与模板浓度具有良好的相关性 （相关系数r = -0.99）。最低可以检出含50拷贝的质粒DNA或32倍稀释的子孢子阳性按蚊DNA样本。按蚊DNA对荧光定量PCR反应具有抑制作用。荧光定量PCR的Ct值在实验内和实验间均具有良好的重现性。结论 新建立的SYBR Green I染料荧光定量PCR方法具有较高的敏感性和特异性, 可用于按蚊体内疟原虫子孢子的检测, 并可同时对4种人体疟原虫进行鉴别。     

猪圆环病毒3型SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立及应用

目的建立针对PCV3的操作简单、重复性好、灵敏度较高的检测方法。方法利用PCR方法扩增PCV3保守区基因片段(312bp),将其克隆到pMD18-T载体,构建重组质粒pMD18-T-PCV3作为阳性标准品质粒。优化反应条件,建立定量检测PCV3的实时荧光定量PCR方法,并进行敏感性、特异性和重复性验证。结果建立的SYBR GreenⅠReal-time PCR方法的Ct值与标准品模板在4.24×10~1~4.24×10~8拷贝/μl范围内呈良好线性关系,其相关系数为0.996,斜率为-4.384。该方法特异性强,与PRRSV、FMDV、JEV、PCV2及PRV均无交叉反应;敏感性为4.24×10~1拷贝/μl,比常规PCR方法高10倍;组间和组内重复试验的变异系数均小于2%。利用实时荧光定量PCR方法对采集的155份猪肺组织进行检测,阳性率为36.13%,高于普通PCR阳性检出率的32.25%。结论建立的PCV3SYBR GreenⅠReal-time PCR方法敏感、特异,可用于猪体PCV3感染的快速检测。     

细菌核酸提取方法对荧光定量PCR检测差异分析

目的 观察和分析常见食源性病原菌及粪便中病原菌DNA提取方法对荧光定量PCR检测结果的影响。方法 以弯曲菌、副溶血弧菌和沙门菌为模型菌株,分别采用水煮法、细胞裂解法、试剂盒法(过滤法和磁珠法)提取病原菌DNA并进行荧光定量PCR检测并对试验结果作差异比较分析;应用细胞裂解法和过滤法分别提取24份随机抽样的粪便标本DNA,针对细菌16SrDNA特异序列进行荧光定量PCR检测,比较2种DNA提取方法对于病原菌检测结果的差异性。结果 在不同菌种、不同浓度的条件下,细胞裂解法提取细菌纯培养物DNA的Ct值均低于其他三种方法(P0.05),水煮法、过滤法、磁珠法的Ct值之间的比较结果呈现多样性。细胞裂解法提取粪便标本的病原DNA为模板进行细菌16S rDNA特异序列的荧光定量PCR检测结果阳性18份,阴性6份,试剂盒过滤法提取24份粪便标本检测结果皆为阳性。结论 在对纯培养的3种食源性病原菌进行荧光定量PCR鉴定时,为节省时间和成本可应用细胞裂解法或水煮法提取模板DNA,与2种商业试剂盒(过滤法和磁珠法)相比效果较好;对粪便标本病原菌进行荧光定量PCR检测时,试剂盒提取粪便标本病原DNA的扩增效果优于细胞裂解法。     

应用SYBR GreenⅠ荧光聚合酶链反应检测人类白细胞抗原-B27

目的 采用SYBR GreenⅠ荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测人类白细胞抗原一B27(HLA-B27)。方法 对56例风湿科门诊及住院怀疑为强直性脊柱炎(AS)的患者，以HLA-B27的特异引物和内对照β-Globin引物对标本DNA分别进行常规PCR和SYBRGreen Ⅰ荧光PCR检测，并对HLA-B27阳性DNA进行不同倍数稀释后用两种方法进行检测比较。结果 常规PCR检测HLA-B27阳性的样本上具有136bp的条带，所有的阴性和阳性样本都有268bp的β-Globin条带，共有30例患者HLA-B27阳性。SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测结果显示，阴性标本的熔解曲线图上(86．3 0．5)℃处有B-Globin的Tm峰．HLA-B27阳性的样本在熔解曲线上有(90．2 0．6)℃HLA-B27的Tm峰。两种方法结果符合率达100％。即使1：100稀释的。DNA也可用SYBR Green Ⅰ荧光PCR检测出结果，而常规PCR只有用原倍DNA才能检测出结果。结论 SYBR Green Ⅰ荧光：PCR法快速、准确、敏感、实时、简单和环保的特点是常规PCR法所没有的，完全能够替代常规PCR法，成为检测HLA-B27的新手段。     

Novel real-time PCr for detection of Schistosoma japonicum in stool

Chemotherapy has been used on a large scale in countries where the blood fluke Schistosoma japonicum is endemic. This has led to a lower intensity of infections and consequently lower diagnostic values of commonly used diagnostic tests like serology and Kato-Katz stool smear. We designed a novel real-time PCR method for detection of S. japonicum in stool samples. Further, we evaluated different versions of an inexpensive, non-commercial extraction method, ROSE, as well as the commercial QIAamp DNA Stool Mini Kit. PCR primer sequences were designed targeting the mitochondrial NADH dehydrogenase I gene. Bovine serum albumin was added to the DNA extracts and SYBR Green was used for detection. The PCR method was evaluated with non-infected stool samples spiked with S. japonicum eggs. It demonstrated high sensitivity, even in samples containing a single egg. The two extraction methods were equally effective. The PCR was specific for S. japonicum when tested against other Schistosoma species, Trichuris trichiura, hookworm and Taenia sp. We conclude that this novel real-time PCR, in combination with either ROSE or QIAamp DNA Stool Mini Kit extraction, is a sensitive and specific tool for diagnosing S. japonicum in human stool samples.     

Simultaneous detection and quantification of Ancylostoma duodenale, Necator americanus, and Oesophagostomum bifurcum in fecal samples using multiplex real-time PCR

A multiplex real-time PCR was developed and evaluated for the simultaneous detection of Ancylostoma duodenale, Necator americanus, and Oesophagostomum bifurcum in fecal samples. Using well-defined control samples (N = 150), known positive fecal samples (N = 50), and fecal samples from an area in Ghana where human infections with all 3 nematode species are endemic (N = 339), the method proved to be highly specific and sensitive. Cycle threshold (Ct) values, reflecting parasite-specific DNA load, showed significant correlation with the intensity of infection as measured by microscopy using Kato-Katz fecal smears or by species specific third-stage larval count after coproculture. The multiplex real-time PCR described combined with the simple fecal sample collection procedure and the potential for high throughput makes this approach a powerful diagnostic tool to study species-specific transmission patterns of human hookworm-like infections. Moreover, this procedure facilitates monitoring of intervention programs and allows species-specific detection of treatment failure following rounds of mass treatment.     

实时荧光RT-PCR检测凝血块中乙脑病毒RNA

目的探索建立灵敏便捷的乙脑病毒核酸检测方法,为临床疑似乙脑病例提供可靠辅助诊断依据。方法采用基于SYBR Green I染料的实时荧光RT-PCR方法,对一系列乙脑病毒检测引物进行综合评价,并应用于部分临床确诊或疑似乙脑病例血清和凝血块中病毒核酸检测。结果根据9对引物检测连续稀释病毒RNA的扩增曲线和融解曲线,筛选出1对灵敏度和特异性较好的引物。该体系分别检测15份乙脑病毒IgM阳性和15份IgM阴性患者的血清和凝血块中提取的核酸,血清样品全部为阴性,而凝血块样品发现7份核酸阳性。结论从患者凝血块中提取核酸样品,可以用于JEV感染的实验室诊断。在我们建立的乙脑病毒核酸实时荧光PCR检测体系中,首次发现凝血块样品比血清样品灵敏度更高,说明凝血块用于病毒性脑炎实验室诊断具有重要价值。     

SYBR Green荧光PCR检测美洲钩虫方法的建立

目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。     

应用SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR法对中国汉族人群HLA-B27进行快速基因分型

目的：建立一种快速、灵敏的实时荧光聚合酶链反应（PCR）对中国汉族人群的人白细胞抗原B27（HLA-B27）进行基因分型。方法：采用SYBR GreenⅠ荧光PCR法对120例已定型的标本、230例健康志愿者、54例类风湿因子（RF）阳性患者和36例抗核抗体（ANA）阳性患者的HLA-B27 DNA进行实时检测，并采用熔解曲线对HLA-B27进行基因分型。结果：①熔解曲线分析显示，伊珠蛋白PCR产物的Tm平均值为87．82℃，HLA-B27 PCR产物的Tm平均值为90．54℃，HLA-B27阴性标本仅在87．82℃处存在β-珠蛋白的熔解曲线峰，而阳性标本则于87．82℃和90．54℃处出现两个熔解曲线峰，且△Tm约为2．72℃；②对120个已定型的标本，SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR法与传统的PCR—SSP（序列特异性引物）结果完全吻合；③健康志愿者、RF阳性患者和ANA阳性患者HLA-B27 DNA阳性率分别为2．6%（6／230）、3．7％（2／54）和5．6％（2／36）。结论：SYBR Green Ⅰ实时荧光PCR法是一种快速、灵敏的HLA-B27基因分型方法，具有传统的PCR所不可比拟的优点，可取代传统的PCR法用于中国汉族人群的HLA-B27的基因分型，辅助强直性脊柱炎等脊柱关节病的诊断。     

Field Evaluation of a PCR Test for Schistosoma japonicum Egg Detection in Low-Prevalence Regions of China

Sensitive Schistosoma japonicum detection methods are needed to progress from schistosomiasis control to elimination. The sensitivity of the Kato-Katz thick smear and miracidium hatching tests decrease with infection intensity and serological tests cannot always identify current infections. We evaluated a fecal polymerase chain reaction (PCR) assay to detect S. japonicum infection in 106 humans and 8 bovines in China. PCR was highly sensitive, detecting S. japonicum DNA at 0.5 eggs/g of stool. Comparing PCR examination of a single stool sample to the miracidium hatching test using three consecutive stool samples, more humans were hatching test positive (20%) than PCR positive (15%). However, two individuals were PCR positive in a village where no infections were detected by coprological methods. The sensitivity of PCR makes it a promising tool for schistosomiasis diagnostics and screening, although egg shedding variability and stool sample size present challenges for any detection method in low-transmission areas.     

猪嵴病毒 SYBRⅠ实时荧光定量PCR方法的建立

本研究根据GenBank中登录猪嵴病毒（porcine kobuvirus,PKV）株的3D蛋白序列基因特征,设计特异性引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PKV的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法检测PKV 3D蛋白在6.42×102 ~ 6.42×108拷贝/反应范围内有很好的线性关系,其扩增相关系数为0.999,扩增效率为100%,扩增产物的融解曲线分析只出现1个单特异峰,融解温度为（84.94±0.24）℃,对传染性胃肠炎病毒、猪轮状病毒、猪圆环病毒、猪繁殖与呼吸综合症病毒、猪伪狂犬病毒、猪瘟病毒均检测不到荧光信号,特异性强。所建立实时荧光定量RT-PCR方法组内变异系数为0.26%~1.14%,组间变异系数0.63%~1.79%,重复性好。本方法的建立为PKV的早期诊断及定量分析PKV感染程度和靶器官提供新的检测方法。     

SYBR GreenⅠ实时PCR检测甲型H1N1与季节性流感病毒方法的建立

目的：建立一种检测甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法。方法：设计针对甲型H1N1、季节性H1N1、H3N2与乙型流感病毒HA基因的引物,分别进行SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR反应,同时进行熔解曲线和Tm值分析,并作灵敏度和重复性试验。 结果：结果表明该方法与H5、H7、H9亚型流感病毒及副流感病毒1、2、3型均无交叉反应。构建的荧光定量标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,扩增效率为：95.588%,检测灵敏度为101copies/反应体系,结果重现性好。成功地验证性检验了32份盲样标本。结论：本研究建立的SYBR GreenⅠ实时荧光PCR方法敏感、不需荧光标记探针、成本低及高通量,能用于人类流感病毒的分型检测。     

Real-time PCR法用于日本血吸虫感染宿主血清DNA的定量检测及其感染度的评价

目的以日本血吸虫高度重复序列-逆转录转座子SjR2为靶序列,建立TaqMan实时定量PCR法检测宿主血清中的日本血吸虫DNA用于评价感染度。方法以real-timePCR法检测不同感染度的家兔模型血清DNA。结果该法具有高度的敏感性和特异性,可以检测到44．7拷贝的重组质粒DNA。在感染家兔后的3d到7周血清中均能检测到血吸虫DNA,不同感染度早期检测的时间节点及其检测阈值分别为,家兔感染30条尾蚴（EPG=14）需在感染后2周才能检测到目的DNA,其含量为119．03拷贝,感染50条尾蚴（EPG=24）、感染100条尾蚴（EPG=48）则在感染后1周可检测到目的DNA,其含量分别为54．36拷贝和72．24拷贝,在家兔感染200条尾蚴（EPG=97）、感染500条尾蚴（EPG=232）最早在感染后3d即可检测到目的DNA,其含量分别为60．34拷贝和142．47拷贝。日本血吸虫感染宿主血清DNA水平与感染度呈正相关,即血清DNA浓度随感染度的增大而上升。结论本研究所建立的real-timePCR法可定量检测血清DNA动态变化并对日本血吸虫病诊断及感染度的评价具有潜在的应用价值,为日本血吸虫病诊断与疗效考核提供了新方法。