基于生物信息学筛选与鉴定宫颈癌的生物标志物微小染色体维持蛋白2

目的 应用生物信息学技术分析筛选影响宫颈癌预后的关键基因并深度挖掘基因功能.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载宫颈癌微阵列数据集(GSE6791、GSE39001、GSE55940、GSE63678),合并和批量标准化后筛选差异表达基因(DEG).对DEG进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)...     

199葡萄籽提取物对H2O2诱导的人成淋巴细胞染色体损伤的抑制作用

葡萄籽提取物(GSE)主要是由聚合度为2～15的原花青素(89％)组成。作者研究了GSE抑制染色体损伤时的安全性和有效性。将非免疫球蛋白分泌的人B淋巴细胞WIL2-NS在含有不同浓度GSE的Hank’s平衡盐溶液(HBSS)中于37℃培养60min,然后用HBSS冲洗细胞以除去GSE,采用胞质分裂阻滞微核试验(CBMN)检测GSE诱导的染色体损伤。另将WIL2-NS细胞与     

子宫内膜异位症患者细胞外基质相关基因筛选的生物信息学分析

目的:通过生物信息学工具筛选子宫内膜异位症(EMS)相关的差异表达基因(DEGs),为阐明EMS的病因提供理论依据,为EMS的诊断和治疗开辟新的研究方向.方法:从基因表达汇编(GEO)数据库检索"endmetriosis",下载涉及EMS组织和正常子宫内膜组织的高通量芯片数据集GSE25628,GSE23339和GSE...     

葡萄籽提取物抑制乳腺癌细胞生长的实验研究

目的:探讨葡萄籽提取物(grape seed extact,GSE)抑制乳腺癌细胞生长的分子机制。方法:利用四甲基偶氮唑蓝(MTT)法检测GSE对乳腺癌细胞的抑制作用,并筛选合适的GSE实验浓度;流式细胞术检测GSE对乳腺癌细胞内活性氧(ROS)产生的影响;半定量RT-PCR法检测肿瘤细胞中肿瘤相关基因Bcl-2和Bax表达的水平。结果:GSE抑制乳腺癌细胞的生长,作用具有剂量依赖性(P<0.01),IC₅₀为100μg/ml;GSE降低肿瘤细胞内ROS的产生;GSE能减少乳腺癌细胞中Bcl-2基因的表达,对Bax基因无影响,其Bcl-2/Bax值显著降低(P<0.01)。结论:GSE抑制乳腺癌细胞生长,可能是通过降低ROS的产生,减少相关基因Bcl-2的表达水平,进而降低Bcl-2/Bax值而实现的。     

核内不均一核糖核蛋白A2/B1在舌鳞状细胞癌中的表达及作用

目的：舌鳞状细胞癌(tongue squamous cell carcinoma,TSCC)是口腔颌面部的常见癌症,严重危害人们的生命健康。核内不均一核糖核蛋白A2/B1(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1,hnRNP A2/B1)是一种RNA结合蛋白,可调控多种基因的表达,参与多种癌症的发生和发展。本研究旨在探究hnRNP A2/B1对TSCC进展的表达及作用。方法：基于基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)相关芯片GSE146483、GSE85195分析hnRNP A2/B1在OSCC及正常口腔黏膜细胞、组织中的差异表达情况,基于TSCC相关芯片GSE4676分析hnRNP A2/B1表达与TSCC患者无病生存期的相关性。收集2021年7月至12月于湖南省肿瘤医院就诊的30例TSCC患者的癌及癌旁组织样本,采用real-time RT-PCR和蛋白质印迹法验证TSCC患者样本中hnRNP A2/B1的mR...     

葡萄籽提取物对化学性肝损伤的抗氧化保护作用

目的研究葡萄籽提取物(GSE)对四氯化碳(CCl4)诱导肝损伤的抗氧化保护作用。方法建立CCl4诱导肝损伤的大鼠模型,测定正常对照组、CCl4诱导组(CCl4组)、GSE低剂量组(20mg/kg·d)、GSE中剂量组(40mg/kg·d)和GSE高剂量组(120mg/kg·d)共5个组肝脏中总抗氧化能力(TAOC)、超氧化物歧化酶(SOD)、谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-Px)、丙二醛(MDA)水平和血清SOD、TAOC水平,称量肝重和体重,比较各组大鼠肝体比值、甘油三酯(TG)的改变。结果各组大鼠肝脏中TAOC值和SOD值差异无统计学意义;CCl4组和GSE低、中剂量组的肝脏中GSH-Px值高于对照组和GSE高剂量组;CCl4组肝脏MDA值组显著高于正常对照组及GSE低、中、高3个剂量组。GSE高剂量组的血清TAOC值显著高于其余4个组;高剂量组、中剂量组血清中SOD显著高于其余3组。5个组的肝体比值无统计学意义;CCl4组的肝脏中TG值高于正常对照组和GSE中剂量组。结论葡萄籽提取物可降低大鼠肝脏中TG和MDA含量,提高机体总抗氧化力,明显改善肝脏病理改变。     

血清特异性抗体在儿童麸质敏感性肠病的研究

目的 通过分析麸质敏感性肠病(GSE)患儿血清特异性抗体转谷氨酰胺酶抗体(TGA)、肌内膜抗体(EMA)及脱氨基麦胶蛋白肽抗体(DGP)的检出情况,为临床筛查和诊断GSE提供依据.方法 选取2018年1月至2020年10月该院50例GSE患儿作为GSE组,并按照年龄分为≤7岁组和>7岁组.另选取同期健康儿童30例、自身...     

高级别卵巢浆液性囊腺癌差异基因的生物信息挖掘

目的 利用生物信息学的方法筛选高级别卵巢浆液性囊腺癌(HGSC)的差异表达基因(DEGs),并从基因水平挖掘这些DEGs在HGSC中发挥的潜在作用.方法 从GEO数据库中下载GSE10971、GSE14001、GSE18521、GSE27651、GSE12470数据集,运用R软件和Bioconductor安装包筛选HG...     

肝细胞癌相关差异表达基因和药物预测的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法筛选肝细胞癌(HCC)相关差异表达基因(DEGs)及潜在治疗药物.方法 从GEO数据库中选取GSE45436、GSE84402、GSE62232和GSE101685,使用R软件分析得到DEGs.随后对DEGs进行GO和KEGG分析,并构建PPI网络、筛选核心基因.最后进行生存分析和筛选潜在治疗药...     

生物信息学方法分析CYP2U1在膀胱癌中的临床意义

目的:运用生物信息学方法探索CYP2U1基因在膀胱癌中的表达差异情况及与预后的相关性。方法:从GEO网站下载基因芯片GSE7476、GSE13507、GSE40355的数据集,用R软件筛选膀胱癌和正常膀胱组织之间的差异表达基因,以及与预后(总生存和肿瘤特异性生存)相关的基因。然后将公共上调基因与不良预后基因取交集,公共下调基因与良好预后基因取交集,筛选出目标分子,并后续进行表达差异验证,临床指标相关性分析,以及功能预测。结果:一共筛选出上调且与不良预后相关的基因45个,下调且与良好预后相关的基因1个,并将下调基因CYP2U1作为目标分子。CYP2U1在各个数据集及数据库中呈低表达,且与良好预后、肿瘤N分期相关。GSEA结果显示其相关信号通路为KRAS信号通路、凋亡、上皮间质转化、Hedgehog信号通路和IL-2/STAT5信号通路。结论:CYP2U1可能在膀胱癌的发病过程中发挥重要的作用,可能在将来被用作潜在的人类膀胱癌的治疗靶点和/或诊断标志物。     

区分肺腺癌和肺鳞状细胞癌的潜在基因分析

目的 对非小细胞肺癌(NSCLC)潜在基因进行分析,寻找区分肺腺癌(LUAD)和肺鳞状细胞癌(LUSC)的相关基因,探索NSCLC诊断与治疗的更有效方法。方法 利用3个基因表达综合(GEO)数据库(GSE4882、GSE7339和GSE40275)分析LUAD和LUSC组织样本中的差异表达基因(DEGs),对DEGs进行基因本体(GO)富集分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络来寻找关键枢纽基因。最后在临床样本中验证关键枢纽基因的差异表达。结果 在GSE4882、GSE7339和GSE40275数据集中发现22个LUAD和LUSC的DEGs,通过构建PPI网络发现了6个关键枢纽基因(KRT18、RAN、NME1、NME2、MIF和CFB),进一步在肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中分析枢纽基因表达与生存之间的关系,发现KRT18可能是区分LUAD和LUSC的潜在基因,同时构建了KRT18基因突变与LUAD和LUSC患者预后的风险预测模型。最后采用新乡医学院第一附属医院临床组织样本对KRT18表达进行验证。结论 KRT18可能是区分LUAD和LUSC潜在基因。     

葡萄籽提取物对PC12神经元毒性的研究

目的:考察葡萄籽提取物(grape seed extract,GSE)在体外对高分化的PC12神经元增殖的影响及机制。方法:采用MTT法考察GSE对PC12神经元增殖的影响,Western blot法检测GSE对PC12神经元中与凋亡相关的蛋白Bcl-2、Bax表达量的影响。结果:实验结果表明,低浓度的GSE(2.5μg/m L,5μg/m L)长时间作用72 h可促进PC12细胞增殖,10μg/m L GSE对PC12细胞增殖无影响,20μg/m L GSE作用48 h出现细胞毒性,30μg/m L,50μg/m L和100μg/m L GSE作用24 h即可抑制细胞增殖。GSE显著抑制抗凋亡蛋白Bcl-2的表达,对促凋亡蛋白Bax表达无影响。结论:20μg/m L以上浓度的GSE作用于PC12神经元会显著抑制其增殖,作用机制为减少了细胞抗凋亡蛋白Bcl-2的表达。     

GPER抑制IGF2R表达介导缺血性脑卒中的抗炎作用

目的:探讨缺血性脑卒中(IS)的潜在治疗靶标及分子机制。方法:识别GSE16561和GSE22255数据中IS和对照之间的差异表达基因中的免疫相关基因，并进行富集分析。利用随机森林算法对基因进行重要性排序，并评价核心基因的诊断能力。鉴定IS中免疫细胞水平并与核心基因进行相关性分析。在IS和对照的外周血样本中验证关键基因和免疫细胞的水平。此外，在建立的大鼠IS模型中评价G蛋白偶联受体家族(GPER)的治疗作用及调控机制。结果:共鉴定了59个免疫相关的差异表达基因，显著参与MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路。选择重要性排序前10的基因作为核心基因，并发现胰岛素样生长因子2受体(IGF2R)的诊断能力最高。IGF2R与中性粒细胞的相关性最大。分子实验验证了IGF2R和中性粒细胞在IS患者中显著升高。GPER治疗明显改善了大鼠缺血性脑卒中，并降低了模型大鼠中IGF2R的表达。结论:GPER对IS的治疗作用可能与降低IGF2R的表达有关。     

厄贝沙坦对糖尿病大鼠肾脏MMP-2／TIMP-2基因表达的影响

目的 观察厄贝沙坦对糖尿病大鼠肾脏基质金属蛋白酶-2和组织金属蛋白酶抑制因子-2表达的影响。方法 SPF级成年雄性SD大鼠随机分为正常对照(N)组(n=8)、糖尿病肾病(DN)组(n=9)和厄贝沙坦(hb)治疗组(DNI)组(n=10)。8周后RT-PCR法观察其在肾组织的表达。结果 二者在N组大鼠有微弱表达，DN组的表达较N组明显增加，DNI组二者的表达较DN组减弱。二者的比值在DN组减少，DNI组升高。结论 早期使用Irb能够调节二者平衡，减少细胞外基质(ECM)聚积，从而发挥肾脏保护作用。     

基于数据库挖掘分析FN1、COL4A1、COL4A2基因在胃癌中的表达及意义

目的 基于数据库挖掘分析胃癌预后预测和胃癌靶向治疗的潜在关键基因(Hub基因)。方法 本研究选取基因表达综合数据库(GEO)的GSE33651和GSE118916数据集(研究时间为2011年11月—2019年8月)。GEO2R进行胃癌差异表达基因(DEGs)分析。DAVID数据库对DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,其中Degree>10的DEGs被认为是Hub基因。基于癌症基因组图谱(TCGA)的胃腺癌数据,使用OncoLnc和UALCAN数据库对Hub基因进行生存分析和表达分析。TIMER数据库对Hub基因进行免疫浸润分析。结果 GSE33651和GSE118916中鉴定出80个共有上调和34个共有下调DEGs。DEGs富集在69个GO条目和7个KEGG信号通路。从PPI网络中筛选出14个Hub基因。FN1、COL4A2和COL4A1基因在胃癌组织的表达水平均显著高于胃正常组织,且在胃癌中具有良好的预后预测价值。FN1、COL4A2和COL...     

血清颗粒蛋白前体作为潜在肝癌诊断标志物的临床价值研究

目的 探讨血清颗粒蛋白前体(progranulin,PGRN)在原发性肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)诊断中的潜在应用价值.方法 首先从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载肝癌表达谱数据集(GSE55092和GSE121248),分析PGR...     

circ＿0000515/miR-1296-5p/CDK2轴在乳腺癌中的作用

目的:探究circ＿0000515在乳腺癌进展中的可能作用机制。方法:通过GEO数据库下载乳腺癌circRNA芯片数据集(GSE101123)并采用R语言进行表达差异分析,筛选出目标circRNA分子作为研究对象并检测其在乳腺癌细胞株和组织中的表达;生物信息学分析与选择该circRNA的目的miRNA,及后者对应的靶向mRNA,并采用双荧光素酶实验和蛋白质印迹进行验证;将目标circRNA的siRNA转染人乳腺癌MCF-7和MDA-MB-231细胞,CCK-8实验和划痕实验观察细胞的增殖和迁移,荧光定量PCR(qRT-PCR)检测RNA表达,蛋白质印迹实验检测mRNA编码蛋白的表达。结果:选择和下载GSE101123数据集后用R语言筛选出5个高表达的circRNA分子,选定其中的circ＿0000515作为研究对象,生物信息学分析得出circ＿0000515、miR-1296-5p和细胞周期蛋白依赖性激酶2(cyclin-dependent kinase 2,CDK2)三者之间可能存在靶向关系。qRT-PCR结果显示,circ＿0000515中乳腺癌细胞株MCF-7和MDA-MB-23...     

IL—2／IL—2R系统与慢性HBV感染

白细胞介素2(IL-2)/白细胞介素2受体(IL-2R)系统在T淋巴细胞活化增殖过程中起着非常重要的作用。目前已经证实慢性乙型肝炎病毒(HBV)感染存在着一定程度的细胞介导免疫功能缺陷。     

基于GEO数据库和生物信息学分析筛选小鼠心肌缺血再灌注损伤相关的潜在枢纽基因

目的 ·基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)运用生物信息学分析筛选与小鼠心肌缺血再灌注损伤(myocardium ischemia-reperfusion injury,MIRI)相关的潜在枢纽(hub)基因.方法 ·从GEO数据库中获取小鼠MIRI数据集GSE61592、GSE...     

加权重基因共表达网络分析识别慢性肾脏病 足细胞损伤关键节点基因MAGI 2

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别慢性肾脏病（CKD）足细胞损伤相关的基 因模块与关键基因。方法 从基因表达综合数据库（GEO）中下载包含足细胞损伤体外模型及CKD 患者肾小 球组份的表达谱GSE66107、GSE93798、GSE30528、GSE32591 4 个数据集。利用R 软件包做数据预处理并选 取错误发现率（FDR）<0.05 及差异倍数≥ 1.5 作为差异表达基因（DEG）;结合数据集GSE993395（133 例 CKD 患者肾小球样本）用WGCNA 进行模块化分析并对模块内基因进行功能注释（GO）,根据GO 结果和 含有文献报道的足细胞标准基因（PSG ）情况确定足细胞损伤相关模块,根据模块内基因连接度（Kwithin） 挑选枢纽（hub ）基因;利用Cytoscape 软件及插件Cluego 构建足细胞损伤相关模块基因的加权共表达网络。 结果 4 个数据集共得到 趋势一致的DEG 7 957 个,其中15 个DEG 在4 个数据集中均有差异（coDEG）。 GSE993395 中包含的4 031 个DEG 被用于WGCNA 分析;最终得到12 个基因模块,其中green 模块包含最多的 coDEG 和PSG,进一步通过Kwithin 发现其中同时作为coDEG 和PSG 的MAGI 2 基因是其hub 基因之一。结论 WGCNA 表达网络分析方法是一个高效的系统生物学方法,应用该方法发现CKD 时关键节点基因MAGI 2 在 足细胞损伤中可能起到重要作用。