下一代测序技术在前列腺癌的研究进展

作为西方发达国家男性第二位死亡率的肿瘤,前列腺癌近年来在我国发病率呈迅速上升趋势,早期诊断、治疗对前列腺癌预后具有重要意义。下一代测序技术具有高通量、低成本、反应耗时短的优势,可以进行基因突变检测、单核苷酸多态性测定、基因测序、RNA测序、表观遗传学检测以及染色体结构分析,为在基因水平研究前列腺癌发病机制、预测前列腺癌风险性及预后提供了广阔的科研平台。本文对下一代测序技术在前列腺癌中的研究进展及临床应用前景进行综述。     

《中国前列腺癌患者基因检测专家共识(2020年版)》解读

国内外前列腺癌的诊疗中,基于第二代测序(next generation sequencing,NGS)技术的基因检测及精准医学实践已经得到了广泛的应用.特别是胚系基因突变(如DNA同源重组修复基因BRCA1/2、ATM、前列腺癌易感基因HOXB13等)与前列腺癌的发生、发展、预后及治疗密切相关.《中国前列腺癌患者基因检...     

下一代测序联合质谱检测诊断普城沙雷菌感染

目的普城沙雷菌是一种革兰阴性肠杆菌,广泛存在于自然界,主要生长在植物、动物和昆虫中,其感染人体非常少见,并表现出多种抗生素耐药的特点。目前临床工作中尚无普城沙雷菌特异性的检测方法而对该病难以诊断。本文通过下一代测序联合质谱检测诊断普城沙雷感染一例,探讨该方法应用于临床诊断的价值。方法通过下一代测序联合质谱检测,诊断一例包括血培养在内的多项检查均为阴性,临床表现为发热、肌痛、肌肉肿胀的IgA肾病患者为普城沙雷菌感染。结果质谱检测结果发现,患者体温升高时大量与炎症、免疫及包括普城沙雷菌在内的多种细菌相关的蛋白质升高,多种与DNA复制、生长因子及细胞凋亡相关的信号通路被激活。下一代测序结果表明,患者体温升高时多种细菌(包括沙雷菌属、耶尔森菌属、埃希菌属、果胶杆菌属、沙门菌属、伯克菌属、克雷白杆菌属、泛生菌属、微杆菌属等)相关的基因片段升高,其中普城沙雷菌相关的基因片段明显高于其他沙雷菌,测得序列条数为72 726条(占63.5%)。在多种抗生素治疗无效的基础上,予以复方磺胺甲嗯唑治疗后,患者的体温逐渐降至正常,肌痛、肌肉肿胀以及一般情况逐渐好转,C反应蛋白、白细胞介素6、降钙素原、丙氨酸氨基转移酶、天冬氨酸氨基转移酶等多项指标逐步恢复正常。结论下一代测序联合质谱检测可以应用于临床中复杂疾病的诊断,尤其对感染性疾病的诊断具有一定提示意义。     

血液病患者侵袭性肺曲霉菌病研究进展

侵袭性肺曲霉菌病(IPA)是恶性血液病患者,尤其是接受异基因造血干细胞移植人群真菌感染死亡的主要原因,早期诊治对于降低该类患者发病率和改善预后至关重要。然而,尽管IPA的诊治已有实验室生物学指标、病理及影像学多重证据支持,并已形成较为完善的诊治体系,但因受限于病变部位标本难以获取、非特异性的临床特征及预防性抗真菌药物的积极使用,早期诊断仍然具有挑战性。本综述从曲霉菌对恶性血液病患者的致病机理、临床表现、诊断标准、影像学及实验室检测等现有技术以及下一代基因测序(NGS)应用发展入手,探讨对恶性血液病患者发生IPA的认知及相关研究进展。     

基于单细胞测序筛选转移性前列腺癌靶基因

目的:基于单细胞测序探寻转移性前列腺癌潜在靶基因。方法:由GEO数据库下载转移性前列腺癌患者循环肿瘤细胞(CTCs)单细胞测序数据,使用R 3.6.2软件进行PCA主成分分析及tSNE(T分布随机近邻嵌入)聚类分析筛选核心基因并通过人蛋白质图谱在线数据库进行验证。基于estimate及cibersort包将上述核心基因进行22种免疫细胞浸润分析及免疫微环境分析。结果:由GEO数据库下载GSE67980数据集中共18例有骨转移的转移性前列腺癌患者164个CTCs纳入研究。通过PCA(主成分分析)及tSNE聚类分析确定HBB(β珠蛋白)为潜在靶基因。免疫组织化学染色提示相比于正常前列腺组织与低级别前列腺肿瘤组织,高级别前列腺组织中HBB蛋白显著高表达。免疫细胞浸润及免疫微环境分析提示HBB高表达与肿瘤微环境中基质细胞及免疫细胞含量成正比且与M2巨噬细胞及肥大细胞浸润正相关,与M1巨噬细胞浸润负相关。结论:HBB可作为转移性前列腺癌潜在的靶基因,并为转移性前列腺癌的研究提供了新的方向。     

单细胞测序技术及其在结直肠癌中的研究进展

结肠直肠癌(CRC)是全球第三常见及第二位肿瘤致死癌症疾病, 由于基因突变的发生及肿瘤转移等事件造成CRC的预后不良。单细胞测序技术可以在单细胞水平上进行基因组、转录组、表观遗传学的高通量测序分析, 在肿瘤免疫微环境分析、肿瘤异质性检测、肿瘤转移机制探究及循环肿瘤细胞(CTCs)监测等有着特殊的技术优势。本文简要介绍了单细胞测序的技术流程及数据处理并回顾目前单细胞测序在CRC应用进展, 从而为了解CRC发生及肿瘤进展过程中的肿瘤内异质性、深入理解CTCs的应用与寻找新的药物作用靶点提供参考。     

Science Translational Medicine:血液循环肿瘤细胞DNA测序可预测前列腺癌阿比特龙耐药性

正意大利特兰托大学及伦敦癌症研究中心研究人员利用下一代测序方法评估前列腺癌患者血液中雄激素受体(AR)基因的变化,发现接受阿比特龙(abiraterone)治疗之前AR基因未改变的患者生存期明显长于AR基因发生改变的患者,并且患者对药物的抵抗性与AR基因两个突变位点有关。这些发现有助于解释去势难治性前列腺癌对AR抑制药物产生抵抗性的原因。研究成果最近发表在《科学转化医     

基因测序筛选前列腺癌患者PCA3(DD3)基因外显子多态性

目的 筛查前列腺癌患者PCA3基因外显子单核苷酸多态性位点,初步探讨PCA3基因多态性与前列腺癌的相关性.方法 采用基因测序法对41例前列腺癌(PCa)患者和40例良性前列腺增生(BPH)患者进行PCA3基因外显子SNP位点的筛选,对筛选到的sNP位点进行前列腺癌的相关性分析.结果 PcA3基因外显子1、外显子3、外显子4区域均未检测到基因多态性位点,PCA3基因外显子2区域存在1个SNP位点(A→C),基因型分别为AA型、AC型、CC型,该位点的基冈型频率和等位基因频率与前列腺癌存在相关性(P<0.05).结论 基因测序可有效筛选到PCA3基因外显子的SNP位点,PCA3基因外显子2基因多态性可能与前列腺癌发病风险有关.     

多囊肾患者辅助生殖前基因检测误诊1例

基因检测是单基因病诊断和胚胎植入前遗传学检测阻断的基础。下一代测序技术(NGS)与多重连接探针扩增技术(MLPA)的联合应用提高了基因诊断的效率和准确性，但仍可能发生错误。本文分享1例于我院拟行单基因病胚胎植入前遗传学检测(PGT-M)的多囊肾患者所经历的基因诊断的曲折过程，提醒我们在临床工作中对基因检测结果持审慎态度，避免落入误诊的陷阱。     

PTGDS在前列腺癌中的表达及其与AR的相关性研究

目的:挖掘前列腺癌进展相关基因并探讨其在前列腺癌中的表达以及与临床参数之间的关系,预测其对前列腺癌进展和预后的影响。方法:通过Oncomine和GEO数据库筛选前列腺癌组织和癌旁组织的测序数据;运用R语言分析数据得到差异表达基因,取交集后筛选出前列腺素D2合成酶(PTGDS);分析其与前列腺癌临床参数以及与雄激素受体(AR)的相关性,通过基因富集分析(GSEA)研究PTGDS在肿瘤中可能的作用和功能。结果:PTGDS在前列腺癌组织中较正常组织呈现相对低表达;免疫组化进一步证实这种表达模式;PTGDS与多种临床参数相关,PTGDS低表达预示更差的预后;GSEA结果提示PTGDS与前列腺癌和AR密切相关,PTGDS表达水平与AR呈明显负相关。结论:PTGDS在前列腺癌中低表达,与前列腺癌的发生发展及多个临床参数相关,且与AR呈负相关,有潜力成为前列腺癌诊断和预后的新的生物标记物。     

ERG基因及其与前列腺癌关系

因属于ETS转录因子家族,在很多肿瘤中高表达,与肿瘤的血管生成、转移、浸润、抑制凋亡有关,ERG基因在前列腺癌中主要受TMPRSS2-ERG融合基因的调节。近一半以上的前列腺癌病例表达TMPRSS2-ERG融合基因,其中ERG基因可能是前列腺癌的重要标志物,它的检测有助于前列腺癌的诊断和治疗方法的选择。TMPRSS2-ERG融合基因的存在还会影响前列腺癌病人的预后。本文就ERG基因的生物学特征、作用机制、TMPRSS2-ERG的融合机制以及ERG基因与前列腺癌的诊断、治疗和预后的关系作一综述。     

稳定沉默Rictor表达的前列腺癌CWR22RV1的构建

目的 应用RNA沉默技术下调前列腺癌CWR22RV1细胞株的Rictor基因表达,并筛选具有稳定转染Rictor-shRNA的细胞株,为进一步研究Rictor在前列腺癌中的作用打下基础.方法 针对Rictor基因设计合成siRNA序列;鉴定、测序并转染293T细胞观察基因表达情况;构建Rictor-shRNA慢病毒载体;进行Rictor-shRNA慢病毒包装及滴度测定;筛选稳定表达Rictor-shRNA的前列腺癌CWR22RV1细胞株;Western blot检测稳定转染前列腺癌CWR22RV1细胞株Rictor的表达水平.结果 Rictor-shRNA慢病毒成功包装后转染前列腺癌CWR22RV1细胞,进行嘌呤霉素筛选,获得沉默Rictor基因的前列腺癌CWR22RV1细胞株,Western blot检测显示该细胞株Rictor水平明显降低(P＜0.01).结论 成功构建了稳定沉默Rictor表达的前列腺癌CWR22RV1细胞株,为后续的实验了打下坚实的基础.     

TMPRSS2-ETS融合基因在前列腺癌研究的进展

基因变异是肿瘤发生发展过程中的早期事件。最近发现的TMPRSS2-ETS融合基因对前列腺癌的诊断具有重要意义。TMPRSS2-ETS融合基因具有较高的发生率，并且存在着多种异构体。TMPRSS2-ERG不同融合类型与前列腺癌的临床和病理类型以及前列腺癌的预后都存在着密切的关系，为前列腺癌的诊断、治疗和预后判断提供依据。本文综述TMPRSS2-ETS融合基因与前列腺癌的关系。     

前列腺癌分子改变研究进展及中西方差异

近年来,随着测序技术的发展和对不同人种前列腺癌分子改变的研究,前列腺癌发病机制呈现出明显的人种差异。本文综述前列腺癌中ETS融合基因及FOXA1、SPOP、IDH1基因突变等驱动基因的研究进展,并发现前列腺癌分子分型的研究呈现出中西方人群不同的分子改变。西方人群前列腺癌分子改变以ETS融合基因为主,而中国人群则以基因突...     

EphA1基因在前列腺癌中的表达及临床意义

目的 检测EphA1基因在前列腺癌的表达,探讨其异常表达机制及其临床意义.方法 利用RT-PCR检测印EphA1在前列腺癌细胞系中的表达,并用重亚硫酸钠修饰的DNA直接测序法检测并分析其甲基化状态.免疫组织化学分析EphA1蛋白、p53蛋白、EGFR蛋白在前列腺癌组织中的表达及其相关性在临床中的意义.结果 EphA1蛋白表达在前列腺癌和良性增生组织中差异有统计学意义(P=0.013),并且发现在前列腺癌细胞存在EphA1基因甲基化现象.EphA1蛋白表达上调与前列腺癌有较高的Gleason评分患者有相关性(P=0.017),并与EGFR阳性有相关性(P=0.056),EphA1蛋白下调与p53阳性有相关性(P=0.007).结论 EphA1甲基化可能是导致该基因下调的机制之一,在前列腺癌的发生、发展中可能具有重要作用.     

基因测序在慢性肾脏病中的意义

慢性肾脏病(chronic kidney disease, CKD)一直是困扰全世界的重大卫生问题,CKD患者面临着高发病率、高死亡率及高住院率的风险,因此CKD的早期筛查和干预对患者预后改善有重大意义。但很多慢性肾脏病患者因临床症状不明显,无法明确诊断而失去了早期治疗的机会。随着人类基因组计划的进行和基因测序技术的发展,越来越多的基因被证实与囊性肾病、法布里病和常染色体显性遗传性肾小管间质病变(autosomal dominant tubulointerstitial kidney disease, ADTKD)等多种慢性肾脏病息息相关。这些基因通过与环境共同作用或孟德尔遗传的方式影响CKD的发生和发展。本文旨在从慢性肾脏病的诊断、治疗、生育指导和移植前评估等方面介绍基因测序技术在慢性肾脏病中的意义。     

基因芯片和组织芯片在前列腺癌基因诊断中的应用

前列腺癌是老年人疾病 ,占美国男性主要死亡原因第二位 ,近年来国人前列腺癌发病率有明显上升趋势[1] 。临床上亟待一种敏感的技术对前列腺癌早期诊断、治疗、演进趋势及预后进行评价 ,增加对前列腺癌本质的认识。新近发展的高通量基因表达分析平台———基因芯片及组织芯片技术 ,具有多样品并行处理能力 ,分析速度快 ,所需样品量少 ,污染少 ,现已用于前列腺癌的基因诊断、基因表达及寻找新基因等研究领域。我们对基因芯片和组织芯片技术在前列腺癌基因诊断研究方面的初步应用简要综述如下。一、基因芯片、组织芯片技术及其原理基因芯片 (ｇ…     

应用二代测序技术助解胃癌术后睾丸转移性腺癌诊治研究

目的 探讨二代测序技术在肿瘤疑难病例诊治中的作用。方法 北京大学肿瘤医院于2014-11-18应用传统病理组织学检查手段及二代测序和分子进化遗传分析（MEGA）对1例胃癌术后7年发现睾丸转移性腺癌病人的病理组织及外周血进行检测及诊断。结果 病理学专家一致认为睾丸转移性腺癌来源于胃癌,而基因检测结果提示病人睾丸肿瘤可能并非7年前切除的胃癌转移。结论 新的基因检测技术对传统的病理组织学诊断提出了挑战,有必要在临床研究中积累更多数据以将其更好地应用于临床实践。     

临床甲状腺癌基因检测报告解读的现状与思考

基因测序是实现肿瘤精准医疗的基础手段,可辅助肿瘤诊断、判断患者预后、指导靶向药物治疗等。近年来,基因测序技术已广泛应用于甲状腺癌的临床诊治工作中。但截至目前,不同医疗中心对基因测序适应证的把控、报告解读水平,以及各测序平台的检测结果可靠性参差不齐。本文通过分析基因检测在甲状腺癌诊治中应用的现状与问题,结合笔者个人临床经验,探讨基因检测在甲状腺癌诊治全程管理中的特殊性及其价值。     

二代测序探究甲状腺癌基因突变及临床意义

目的：利用二代测序技术(NGS)对甲状腺乳头状癌（PTC）基因突变类型及频率进行分析,研究基因突变特征,寻找潜在的靶向和免疫治疗靶点。方法：103例PTC患者的石蜡肿瘤组织样本进行DNA提取,对66个PTC高度相关基因全部外显子及部分内含子进行测序,测序结果进行生物信息学分析。统计分析所检测患者的临床病理学资料,分析突变与临床病理间的关系。结果：检测到多个高频率基因突变及多个潜在治疗靶点突变。103例PTC患者共检测到个109个突变,BRAF（丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶）基因突变率最高,为57.3%(59/103);RET基因融合突变率为10.7%(11/103);TERT基因启动子区域突变率为6.8%。BRAF突变组女性多于男性（P=0.002）且颈侧淋巴转移率高（P=0.029）,RET基因融合组颈侧转移率高（P=0.021）且肿瘤大小间存在差异（P=0.003）。结论：通过高通量检测技术发现PTC多个突变形态,对了解突变与病理特点的关系,分析疾病进展的因素,发现潜在治疗靶点有重要意义。