河南省尉氏县结核分枝杆菌的基因型流行特征及耐药性

目的:探讨河南省尉氏县结核分枝杆菌的可变数目串联重复序列(VNTR)基因型流行特征和耐药情况。方法:河南省尉氏县结核病防治机构分离培养的257株结核分枝杆菌,采用比例法药敏试验检测其耐药情况。应用RD105缺失基因检测法鉴定北京家族基因型菌株,7个结核分枝杆菌VNTR基因位点对结核分枝杆菌进行分型,并对其分型结果进行聚类分析。结果:北京家族基因型占90.7%(233/257);VNTR基因型显示明显的多态性。230个基因型聚类分析主要分为4个基因群(Ⅰ群、Ⅱ群、Ⅲ群和Ⅳ群),其中Ⅲ群包含152基因型(59.1%),为优势基因型;耐多药结核分枝杆菌占8.9%(23/257),任意耐药占24.5%(63/257),北京家族基因型与非北京家族基因型菌株以及主要流行(Ⅲ)群与非主要流行群中耐药株分布比较,差异无统计学意义(χ2=2.412、1.954,P>0.05)。结论:河南省尉氏县北京家族基因型结核分枝杆菌为主导流行型;7位点VNTR基因分型存在4个基因群,主要流行群为Ⅲ群;耐药形势仍不容乐观。     

厦门市82株结核分枝杆菌MLVA基因分型分析

目的分析厦门市结核分枝杆菌的分子流行病学特征,为肺结核病控制提供科学的分子流行病学等信息。方法选择15个可变数目串联重复位点（Variable number tandem repeats,VNTR）位点,对来源于厦门市的临床分离菌株DNA进行检测,检测结果使用BioNumerics（Version4.5）软件进行聚类分析。结果82株结核分枝杆菌被分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ等6大基因群,以Ⅰ群为主,包含63（76.8%）个株菌;流动人口结核分枝杆菌基因群为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ,常驻人口为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ;流动人口与常驻人口的结核分枝杆菌VNTR基因型存在一定差异,但均以Ⅰ群为主。Ⅰ群菌株耐药性与其他基因群的耐药性差异无统计学意义（P〉0.05）。结论初步证实厦门市结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,流动人口与常驻人口流行株均以Ⅰ群流行为主,应加强此类菌株流行的监控。     

228株结核分枝杆菌MLVA分型研究

目的：通过多位点可变数目串联重复序列（MLVA）分型,了解甘肃省临床分离结核分枝杆菌菌株基因型情况。方法：选择标化的15个VNTR位点,对临床分离菌株DNA进行检测,DNA指纹图谱使用BioNumerics4.5软件进行统计分析,得出聚类分析结果。结果：228株结核分枝杆菌被分为4大基因群,7个主要基因型,分别包含13（5.7%）、3（1.3%）、7（3.1%）、1（0.4%）、171（75.0%）、31（13.6%）、2（0.9%）个菌株;在株水平基因分型上,93（40.8%）株为独立基因型;其余菌株基因型分别包含2～10株结核分枝杆菌,共构成132个基因簇。结论：甘肃省临床分离结核分枝杆菌菌株存在丰富的基因多态性,MLVA方法具有较高的基因分型能力,可以满足结核分枝杆菌株水平DNA分型的需要。甘肃省临床分离结核分枝杆菌菌株主要为北京家族基因型菌株。     

数目可变串联重复序列用于江苏省168株结核分枝杆菌菌株的基因分型研究

目的:初步了解江苏省结核分枝杆菌临床分离菌株的数目可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats,VNTR)的基因型及VNTR基因分布特征.方法:在苏南、苏中、苏北三个地区13个结核病定点诊疗单位收集临床分离菌株.选取结核分枝杆菌基因组中11个具有明显多态性特征的VNTR位点,通过PCR扩增,2%琼脂糖凝胶电泳和Bio Numerics(Version 3.0)软件进行结核菌株VNTR的多态性和聚类分析.结果:共收集到168株结核分枝杆菌.不同的菌株在同一位点上具有多态性.共分为10个基因型(Ⅰ,Ⅱ～Ⅹ型),其中以Ⅷ型为主要基因型,占75.0%、其次为Ⅱ型5.4%、Ⅳ型4.2%、Ⅶ型9.5%.不同地区之间,苏南、苏中、苏北三个地区也都以Ⅷ型为主要基因型,分别占各地区的83.5%,57.1%,76.6%;但是苏南、苏中、苏北三地的Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型菌株分布在各地菌株中的比例有差异显著性(χ2=54.710,P＜0.0001),Ⅱ型以苏中为主(11.9%)、Ⅲ型以苏南为主(3.8%)、Ⅳ型以苏南、苏北为主(5.1%与6.4%)、Ⅶ型以苏中为主(31.0%).结论:江苏省的结核分枝杆菌具有明显的多态性,以Ⅷ型为主要流行型,不同地区间同样以Ⅷ型为主要流行型,但菌型分布存在一定的差异.     

某矿区尘肺结核与单纯肺结核分离株的基因型比较

目的比较某矿区尘肺结核与单纯肺结核分离株的基因型差异。方法42株结核分枝杆菌分离自某矿区的尘肺结核和肺结核患者,其中尘肺结核16株,单纯肺结核26株。采用MIRu技术和BioNumerics3．0聚类分析软件进行基因分型和成簇性分析。结果12个MIRU位点多态性分型结果表明,尘肺结核与单纯肺结核分离株在第26、40MIRU位点的基因多态性较高,聚类分析结果证实两者的分离株具有不同的成簇性特征。结论提示煤工尘肺结核患者中流行的结核杆菌可能具有独立性。     

辽宁省结核分枝杆菌可变串联重复序列体系的初步建立

目的 通过对24位点可变串联重复序列（Variable number of tandem repeats, VNTR）和日本12位点VNTR(日本JATA12位点)的应用,探索适合辽宁省基因分型的相关位点,初步建立本省的VNTR分型体系。方法 采用实验菌株为省级保存的2011—2013年采集自辽宁省14个市的75株菌株。以PCR为基础选取不同位点的引物28对（其中标准24位点与日本JATA12位点中共有的位点有8对）对相应目的片段进行扩增,最后用琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果 日本JATA12位点不适用于辽宁省的菌株,12 位点中的VNTR2074、VNTR3336和Qub15位点通过多次改变PCR条件进行实践仍未得出准确的条带（杂带过多或无目的条带）。标准的24位点中的全部24个位点均可通过实验得出清晰的条带,说明标准24位点的方法可以用于建立辽宁省结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型体系。75株结核分枝杆菌临床分离株的24个VNTR位点检测结果显示这些菌株均有明显的多态性,24个VNTR 位点的 Hunter-Gaston 指数从 0到 0.75,其中分辨力最高的位点是 MIRU26,分辨力最低的位点是 MIRU2。结论 辽宁省与日本虽同为北京基因型的主要流行地区,但辽宁省流行的北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。24位点MIRU-VNTR基因分型体系适用于本省,目前已初步建立我省VNTR基因分型位点体系,我们将通过进一步的实验精简位点,最终建立最适用于本省的精准VNTR基因分型体系。     

海南地区484株结核分枝杆菌菌株基因型特征分析

目的 了解海南地区结核分枝杆菌不同基因型流行特征,探讨基因分型用于评价本地区结核病控制中的应用价值。方法 本研究选取海南医学院第二附属医院自2013-2016年所有培养阳性结核分枝杆菌484株,采用SNP和Gao等推荐的12位点可变数目串联重复序列（variable number tandem repeat, VNTR）进行基因分型。结果 2013-2016年期间,484株结核分枝杆菌菌株中,北京基因型菌株279株,占57.6%,非北京基因型菌株205株,占42.4%,北京基因型菌株中包括91株(32.6%)古代北京基因型和188株(67.4%)现代北京基因型。北京基因型所占比例在四年间无显著变化,从2013年的59.6%到2016年的57.6%。采用3个高变VNTR位点基因分型后,成簇菌株数为0。结论 海南地区结核分枝杆菌存在明显的VNTR基因多态性,主要流行株仍以北京基因型为主,北京基因型所占比例在四年期间无显著性变化,且菌株成簇率较低,提示近期传播率低。     

北京地区实验动物绿脓杆菌分离株MLVA分型

目的 通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)分型方法,研究北京地区实验动物绿脓杆菌分离株基因型和分布情况.方法 选择13个可变数目重复序列(variable-number tandem-repeat,VNTR)位点,对实验动物及设施中检测出的141株绿脓杆菌的基因组DNA进行重复序列扩增,所得指纹图谱使用BioNumerics软件进行聚类分析,绘制系统发育树和最小生成树(minimum spanning tree,MST).结果 所采用的13个VNTR位点能够对全部分离株进行有效分型.141株绿脓杆菌主要被分为了3个基因群,56个基因型.各群所占比例分别为A群82.3％,B群占12.8％,C群占5.0％,辛普森多样性指数为0.763.同一区域内相邻实验动物单位的绿脓杆菌分离株同源关系较远.结论 MLVA方法对绿脓杆菌具有很好的分型能力,能够有效的追踪绿脓杆菌的来源.北京地区实验动物中绿脓杆菌分离株基因型多态性丰富,但无地域性同源关系.     

儿童结核病101例临床分离结核分枝杆菌多位点串联重复序列分型

目的 了解重庆地区儿童结核病中结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(variable number tandem repeats,VNTR)的分布特征,寻找适合的VNTR位点组合.方法 采用多位点串联重复序列(multiple locus VNTR analysis,MLVA)分型方法,选择标化的24个VNTR...     

79株结核分支杆菌基因分型研究及耐药相关分析

目的通过多位点可变数目串联重复序列(MLVA)分型方法,结合流行病学资料,探讨绵阳地区结核分支杆菌的基因型特征,为本地结核病的防治研究提供科学依据。方法收集结核分支杆菌菌株和患者资料,采用国际上推荐的15个可变串联重复序列位点进行基因分型,应用BioNumerics(Version5.0)软件进行聚类分析,药物敏感性试验采用比例法,率的比较采用χ2检验。结果共对79株结核分支杆菌进行了基因检测,结果显示高度的基因多态性。QUB-11b、MIRU26、Mtub 21和MIRU 16分辨能力更高(HGI>0.7),位点MIRU 4、ETR-A和ETR-C显示分辨能力相对较低(HGI<0.4)。79株菌分为7个基因群,以Ⅲ群和Ⅴ群为主,Ⅲ群占46.8%,Ⅴ群占41.8%,其它群所含菌株较少。复治患者在Ⅲ群、Ⅴ群和其他群中所占比例分别为32.43%、21.21%和11.11%,差异无统计学意义(P>0.05)。Ⅴ群中菌株耐药率高达36.36%,明显高于Ⅲ群(10.81%)和其他群(11.11%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论初步证实绵阳地区结核分支杆菌具有明显的基因多态性,主要流行型为Ⅲ群和Ⅴ群,主要耐药型为Ⅴ群,应加强Ⅲ群和Ⅴ群菌株的流行监控,加强Ⅴ群菌株的耐药性监测。     

华东部分农村地区结核分枝杆菌的VNTR-MIRU分子特征

 目的  评价VNTR-MIRU分型方法在结核病流行病学中的应用,并描述华东部分农村地区结核分枝杆菌的基因型分布及成簇特征。方法  对浙江省宁波市鄞州区及江苏省盐城市阜宁县从2009年6月1日至2010年11月31日登记的结核病患者的结核分离菌株采用VNTR-MIRU方法进行分型,通过Hunter-Gaston指数(HGI)及遗传差异值(h)对MIRU位点进行分辨力及遗传差异性评价,同时进行问卷调查以收集患者的社会人口学及临床治疗信息。结果  在297株结核杆菌分离株中发现了281种基因型,近期传播比例为5.4%,MIRU位点组合的分辨力(HGI)为0.9995,7个位点的分辨力大小依次为:VNTR3820>Qub18>Qub11a>MIRU26>Qub11b>Mtub21> Qub26,位点的h大小排序与分辨力的大小排序相同,遗传差异性最大的位点为VNTR3820 (h=0.8794),最小的为Qub26 (h=0.6613)。比较两个研究地区的结核枝杆菌成簇特征,阜宁县菌株成簇率为19%,而鄞州区无菌株成簇,均呈现“唯一”基因型,这种差异的产生很可能与当地的人口迁徙有关。结论  7位点VNTR-MIRU分型法对结核枝杆菌进行分型简便快速,而且具有较高的分辨力,适合于结核的大规模快速检测。我国华东农村地区结核的流行以既往感染复燃为主,并存在一定比例的近期传播。     

可变串联重复序列分析在辽宁省结核分枝杆菌基因分型中的应用

目的 了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析（variable number of tandem repeats,VNTR）的基因多态性及近期传播情况。方法 对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸（p-nitrobenzoic acid, PNB）培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌。采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验。以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型。利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算。采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行χ²检验;当理论频数<5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05。结果 经分析81株菌株可分为3个基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ）,菌株数分别为1（1.23%）、4（4.94%）和76（93.83%）,其中最大的基因群为Ⅲ群。成簇率为4.94%（4/81）。近期感染率最小估计值为2.47%（2/81）。24个VNTR位点中有 5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差。结论 初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型（Ⅲ群）。     

结核分枝杆菌基因分型及其耐药性分析

目的探讨四川地区结核患者结核分枝杆菌基因分型及其与耐药性关系。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术,对124株结核分枝杆菌的6个可变重复位点进行检测,并应用Gel-Proanalyzer3.0软件和BioNumerics（Version3.0）软件对检测结果进行基因型分析,同时分析其基因型与耐药之间的关系。结果124株结核分枝杆菌共分为37个不同的VNTR类型,成簇基因型占74.19%（92/124）,单一基因型占25.81%（32/124）。耐药菌株在成簇类型和单一类型的分布上存在统计学差异。结论四川地区结核患者的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,成簇类型是主要流行菌株,应加强流行结核菌株的监控。     

Evaluation of four candidate VNTR Loci for genotyping 225 Chinese clinical Mycobacterium tuberculosis complex strains

Objective To evaluate four candidate variable number tandem repeat (VNTR) loci for genotyping Mycobacterium tuberculosis complex strains.Methods Genomic sequences for two M.tuberculosis strains (CCDC5079 and CCDC5180) were generated,and using published sequence data,four candidate VNTR loci were identified.The VNTRs were used to genotype 225 Chinese clinical M.tuberculosis complex strains.The discriminatory power of the VNTRs was evaluated using BioNumerics 5.0 software. Results The Hunter-Gaston Index (HGI) for BJ1,BJ2,BJ3,and BJ4 loci was 0.634,0.917,0.697,and 0.910,respectively.Combining all four loci gave an HGI value of 0.995,thus confirming that the genotyping had good discriminatory power.The HGI values for BJ1,BJ2,B J3,and BJ4,obtained from Beijing family strain genotyping,were 0.447,0.878,0.315,and 0.850,respectively.Combining all four loci produced an HGI value of 0.988 for genotyping the Beijing family strains.We observed unique patterns for M.bovis and M.africanum strains from the four loci.Conclusion We have shown that the four VNTR loci can be successfully used for genotyping M.tuberculosis complex strains.Notably,these new loci may provide additional information about Chinese M.tuberculosis isolates than that currently afforded by established VNTR loci typing.     

重庆地区耐多药结核分枝杆菌基因分型特征分析

目的 对重庆地区耐多药结核患者结核分枝杆菌进行基因分型,明确该地区基因类型的特征和流行情况.方法 连续收集重庆市公共卫生医疗救治中心和重庆市第十二人民医院结核内科2013年7月至2015年3月753例临床诊断为耐多药结核患者的痰液或其他体液,采用液体培养法分离培养分枝杆菌,采用PCR方法对分枝杆菌分离株进行菌种鉴定,并使用多位点数目可变串联重复序列分析(multiple locus variable number of tandem repeat analysis,MLVA)方法进行基因分型.采用Bionumerics Version 3.0和phyloviz软件进行各基因位点的多态性和成簇分析.结果 共分离培养出538例耐多药分枝杆菌菌株,经PCR鉴定确认结核分枝杆菌有503例(95.8％),非结核分枝杆菌有35例(4.2％).北京家族型470例(93.4％,470/503),非北京家族型33例(6.6％,33/503).503例分枝杆菌菌株共分为348个基因型,其中267例患者分离株为单一基因型,其余236例菌株可归入81个簇,成簇率为30.8％.北京家族型有76个簇,成簇率为30.8％,成簇比例为35.9％,非北京家族型有5个簇,成簇率为30.3％,成簇比例为33.3％.不同特征的耐多药结核人群对结核分枝杆菌北京基因型菌株易感因素分析:感染北京基因型菌株与性别无显著性关联(x2=2.68,P ＞0.05);与年龄呈显著性关联(x2 =784.00,P＜0.05).结论 重庆地区耐多药结核分枝杆菌的基因型存在明显的多态性,北京基因型占绝对优势;不同特征耐多药结核人群感染北京基因型菌株与性别无关,与年龄相关.