阿尔茨海默症潜在风险基因的预测

目的运用生物信息学方法揭示阿尔茨海默症(AD)的生物学过程和通路,预测疾病潜在风险基因。方法首先对收集的AD易感基因进行基因本体论分析和通路富集分析发掘易感基因涉及的生物学过程和通路,并且提取关键的通路串话聚类模块;应用施泰纳最小树算法构建AD特异性蛋白质子网络,预测潜在风险基因。结果研究得到587个AD易感基因。进行GO和通路富集分析得到参与AD的显著性生物学过程和48条关键通路。通过分析特异性子网络,预测出5个潜在风险基因:HSP90AB1、PRKACA、GRB2、PPP1CA和PRKN。结论 AD的发生可能是不同系统的通路共同异常所导致,免疫系统在其中发挥较为重要的作用;预测得到5个AD潜在易感基因。     

认知相关基因的生化通路与蛋白质互作网络分析

目的用生物信息学的方法揭示认知相关基因所调控的生物过程及通路,构建认知基因的特异蛋白网络,并挖掘其主要功能。方法在GO、phenopedia、GLAD4U3个数据库中,收集认知相关的基因,进行基因本体分析、通路分析及通路串话分析;从人类蛋白互作网络中提取认知相关特异蛋白网络,并通过聚类分析找出重要功能模块。结果明确了126个认知相关基因,这些基因主要参与学习或记忆、神经发育等生物过程;多条与神经突触发育、信号转导、成瘾相关的通路参与认知过程,且各个通路之间存在紧密的串话作用。认知相关基因之间存在显著的互相作用关系(P<10^-16),相比背景基因具有更高节点度(P=1.39×10^-4)以及介数中心性(P=2.07×10^-5);聚类分析挖掘出胺转运调节、胆碱能突触传递和学习等重要功能模块。结论认知是一个非常复杂的过程,涉及多个具有关键功能的基因,如HTR3A、CHRNA6、BDNF等,基因间通过紧密互相作用,调控多个生物过程及通路,包括胆碱能突触,多巴胺能突触、血清素能突触等,这些通路彼此协同发挥功能。     

重度抑郁症静息态fMRI的独立成分分析

目的采用功能磁共振成像(f MRI)和独立成分分析(ICA)方法研究首发未服药重度抑郁症病人的脑功能状态。方法共纳入15例首发未服药重度抑郁症病人(采用汉密尔顿抑郁量表24项版本评估)和15例健康对照志愿者,2组年龄[(27.80±15.44)岁和(26.07±12.19)岁]、性别(男/女:7/8和7/8)、受教育水平[(11.73±4.23)年和(12.73±2.58)年]均匹配。2组均在静息状态下采用3.0 T MR设备进行血氧水平依赖(BOLD)f MRI扫描。利用ICA方法,分别对相同脑成分的2组数据进行双样本t检验,统计分析2组之间有差异的脑区。结果静息状态下病人组较对照组的双侧额上回、双侧额中回、双侧颞中回、左侧楔前叶、左侧小脑前叶、双侧中央后回、双侧扣带回、双侧顶上小叶、双侧顶下小叶等脑区显著激活(体素大小10;P0.05)。结论首发未服药重度抑郁症病人广泛的脑区激活,这些异常的脑区可能与抑郁症情绪调控机制障碍有关。     

基于神经影像的复杂脑网络技术用于阿尔兹海默症的研究进展

近年来,人工智能技术被广泛地应用于阿尔兹海默症（AD）的计算机辅助诊断和疾病机理研究,基于图论的复杂网络分析技术是其中一种常见的数据挖掘方法,通过结构磁共振、功能磁共振和PET等神经成像手段获取多模态脑影像信息,结合复杂网络分析方法发现,AD患者大脑结构/功能网络存在拓扑异常改变。这一发现为AD的早期诊断和机理研究提供了新思路。笔者综述了复杂网络分析技术在AD脑结构和功能影像中的临床应用现状,并对其发展趋势进行了展望。     

基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制

目的 基于网络药理学研究生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的作用机制。方法 以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为标准通过中药系统药理学数据库与分析平台检索生肌玉红膏的活性化学成分及作用靶点,使用Uniprot蛋白质数据库进行标准化处理获得靶点基因简写;检索GeneCards等数据库中糖尿病溃疡发病机制的相关基因靶点,使用Venny在线工具对生肌玉红膏作用靶点和糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点进行交集处理,获得生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡的潜在作用靶点;使用STRING数据库构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点靶标蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并用Cytoscape软件构建生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡药物有效成分-作用靶点网络;使用Bioconductor生物信息软件包对生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡核心作用靶点进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并对结果进行可视化处理。结果 共获得生肌玉红膏作用靶点基因1842个、糖尿病溃疡发病机制相关基因靶点857个,分析处理后获得交集靶点(生肌玉红膏治疗糖尿病溃疡潜在作用靶点)108个;生肌玉红...     

应用九对引物分析新疆14例X连锁肌营养不良症的基因缺失

本文应用9对引物的多重扩增对新疆地区的14例X-连锁肌营养不良症患者进行了基因分析。结果发现7例(50％)有至少一个基因片段的缺失,且缺失热点集中于外显子45～51,这与国内外报道相近。同时发现2例BMD的基因缺失均为一段,而5例DMD中的4例缺失各为2～3段。缺失片段多少是否与症状严重程度之间存在某种联系尚待论证。     

首发重度抑郁症脑功能变化：基于静息态fMRI的低频振幅和局部一致性分析

目的:基于静息态fMRI探讨首发重度抑郁症患者(MDD)发作期间各脑区低频振幅(ALFF)和局部一致性(ReHo)的特点,进一步明确抑郁发病的脑神经机制。方法:纳入2022年1月-2022年10月在本院根据《精神障碍诊断和统计手册》第四版(DSM-IV)确诊的首发MDD患者40例和健康志愿者(对照组)50例,使用3.0T磁共振仪对每例受试者行静息态fMRI及高分辨率T₁WI检查,采用双样本t检验比较两组间临床资料及各脑区ALFF及ReHo测量值的差异。结果:两组间年龄和受教育程度的差异无统计学意义(P>0.05)。与对照组相比,首发MDD组左侧颞下回、双侧丘脑、双侧额中回及左侧辅助运动区的ALFF值增高,而双侧中央后回、左侧颞中回、左枕中回、左侧后扣带回及左侧楔前叶的ALFF值降低(AlphaSim校正,体素水平P<0.05,簇水平P<0.05);双侧颞下回、左脑岛和双侧额中回的ReHo值增高,左颞中回、双侧中央后回、左枕中回和右侧楔前叶的ReHo值降低(AlphaSim校正,体素水平P<0.05,簇水平P<0.05)。ALFF及Re...     

基于诊断结果相关性分析的肿瘤基因标志物提取方法

目的基于微阵列数据,提出提取肿瘤诊断结果相关的基因标志物。方法混合滤波和缠绕方法,采用奇异值分解,以基因和肿瘤诊断结果的相关强度为主要标准,辨识基因标志物,利用基于信息增益的随机森林法对分类率做辅助修正。本方法在3个公共数据库上和常用分类器上做了测试。结果 MonteCarlo统计实验表明,对于Colon数据集,本文方法在NN,RF分类器上显著优于t-test方法;在Prostate数据集上,本文方法在NB的分类器上显著优于对手,在其他数据集和分类器上本方法优于对手但不显著;而在基因稳定度指标上,本方法普遍优于对手。结论提出1种可以定量的,基于可视化的分析基因和诊断结果相关性的方法,与经典方法相比,本文方法提取的基因不仅具有较强的分类性能和对不同分类算法的适应性,而且在总体上也具有较好的基因稳定度。     

IL-10基因启动子-1082、-592、-819位点多态性与HBV易感性关系的荟萃分析

目的 调查白细胞介素10(IL-10)基因启动子区-1082、-592、-819位点多态性与乙型肝炎病毒(HBV) 感性的关系.方法 在CNKI,Medline,ISI等数据库中使用interleukin-10,polymorphism,hepatitis B virus以及相应的中文名等关键词进行检索,筛选1985年1月-2007年12月间发表的关于IL-10基因启动子多态性与HBV易感性关系的研究文献,最终纳入9篇文献,累计病例3 034例,对照1 289例.结果 -1082位点AA、AG基因型的存在与感染HBV无关联(P＞0.05),而存在GG基因型时不易感染HBV(P＜0.01);等位基因A、G的频率均与HBV感染无关联(P＞0.05).-592位点AA、AC、CC基因型的存在及等位基因A、C的频率均与HBV感染无关联(P＞0.05).-819位点TT基因型的存在与HBV感染无关联(P＞0.05),而TC基因型的存在可增加HBV感染的危险(P＜0.01),CC基因型的存在可降低HBV感染的危险(P＜0.01);等位基因T、C的频率与HBV感染无关联(P＞0.05).结论 IL-10启动子区-1082位点GG基因型、-819位点CC基因型的存在降低了HBV感染的风险,-819位点TC基因型的存在增加HBV感染的风险.其余各位点基因型的存在及各等位基因的频率与HBV感染风险均无关联.     

基于度中心度和格兰杰因果分析对基底节区早期缺血性卒中患者的脑网络有效连接变化研究

目的 采用度中心度(DC)和格兰杰因果分析(GCA)方法研究早期基底节区缺血性卒中(EISB)患者脑功能网络有效连接变化,分析其与认知功能障碍的关系.方法 对27例EISB患者组及27例健康对照组(HC)行静息态功能磁共振成像扫描,选取组间DC值有统计学差异的脑区作为种子点进行全脑体素GCA分析;比较两组一般认知功能差...