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1.
目的〓本研究通过网络药理学的方法,探讨清瘟解热合剂治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制。方法 运用网络药理学对清瘟解热合剂治疗COVID-19的可能作用靶点和通路进行分析,利用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索相关化学成分和作用靶点。在OMIM和Genecards数据库中查询与COVID-19相关的靶点。将药物靶点和疾病靶点做韦恩图,得到交集靶点。运用DAVID数据库和KOBAS3.0数据库对靶点进行进行基因功能(GO)富集分析和基因通路(KEGG)富集分析。运用Cytoscape 3.7.2构建成分-靶点-通路网络图。结果 网络药理学分析结果表示,本研究共收集到清瘟解热合剂活性成分264个,可作用于510个靶点,关键靶点涉及:白细胞介素(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、趋化因子配体2(CCL2)等。GO功能富集分析得到283个条目,其中生物条目(BP)226条,分子功能(MF)31条,细胞组成(CC)26条。KEGG通路富集分析共得到232条通路,包含IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等。结论 通过网路药理学研究,清瘟解热合剂中的有效成分可能通过影响IL-6、TNF、CCL2等靶点的表达,并调控了IL-17信号通路、T细胞受体信号通路、Th17细胞分化、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥治疗COVID-19的作用。  相似文献   

2.
目的 采用网络药理学分析并探讨麻杏石甘汤对重症急性呼吸综合征(SARS)、中东呼吸综合征(MERS)和新型冠状病毒肺炎(COVID-19)可能的共性作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和TCMID数据库筛选麻杏石甘汤组方中麻黄、苦杏仁、甘草等3味中药的化学成分及相关靶点,通过GeneCrads、DisGeNET和DrugBank数据库筛选SARS、MERS、COVID-19疾病相关靶点,采用Omicshare平台对药物相关靶点和疾病相关靶点进行匹配映射,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-关键靶点”交互网络图,通过DAVID和KOBAS数据库进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路分析。结果 筛选得到麻杏石甘汤防治SARS、MERS和COVID-19的共有靶点48个,信号通路212条。肿瘤蛋白p53(TP53)、血管内皮生长因子(VEGFA)、白细胞介素(IL)-6、胱天蛋白酶3(CASP3)、肿瘤坏死因子(TNF)、有丝分裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)、...  相似文献   

3.
目的: 基于网络药理学的方法探讨宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID 19)的药效作用机制。方法: 利用TCMSP数据库查询13 味中药活性化合物及对应的靶标信息,通过Uniprot数据库得到关键靶点的基因名,采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物疾病靶点网络图,利用GeneCards数据库检索与COVID 19相关的基因,采用Venny平台筛选与COVID-19交集靶标,利用STRING数据库构建化合物靶点PPI网络图,通过DAVID数据库对靶点相关通路进行GO和KEGG富集分析,使用R软件对富集结果进行生物功能的可视化分析。结果: 宣白清肺解毒汤共筛选出活性化学成分122种,靶标638个,筛选核心靶标35个;通过GO富集分析,获得P<0.01的生物学过程共138个,包括缺乏配体的外源性凋亡信号通路、药物反应、脂多糖介导信号通路等;KEGG富集分析共得到(P<0.01)的通路有35个,共8类,其中与疾病相关的条目有结核病、乙型肝炎、美洲锥虫病等;相关的通路有癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等条目。分子对接结果显示所含活性化合物与COVID-19相关靶标(ACE2)的结合能均小于-5 kJ/mol,结合活性较高。结论: 该研究揭示了宣白清肺解毒汤治疗COVID 19潜在的活性化学成分及可能的药效作用机制。  相似文献   

4.
目的 运用网络药理学方法探讨清热解毒经典药对金银花-连翘干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制,并藉此阐释该药对相须配伍的实质。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选金银花-连翘药对中的活性成分并收集成分相关靶点,将获得的成分靶点与GeneCards数据库中检索到的新型冠状病毒肺炎疾病靶点进行映射,获得金银花-连翘干预COVID-19的作用靶点,利用Cytoscape软件构建“药对-活性成分-干预COVID-19的靶点”网络。得到的靶点利用STRING数据库构建蛋白互作网络并通过CytoHubba筛选关键靶点,在OmicShare在线云平台对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,预测其干预COVID-19的作用机制。结果 共筛选到32个活性成分,成分相关靶点235个,COVID-19疾病靶点259个,药对-疾病的共同靶点49个。网络拓扑学分析表明,药对干预COVID-19的潜在关键活性成分有槲皮素、木犀草素、山柰酚、β-谷甾醇、汉黄芩素、5-羟基-7-甲氧基-2-(3,4,5)-三甲氧苯基色原酮,其中前4个是药对的共有成...  相似文献   

5.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学探讨当归四逆汤治疗子宫内膜异位症(EMS)的作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选当归四逆汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找EMS相关靶点基因取当归四逆汤靶点基因与EMS相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“当归四逆汤活性成分-潜在靶点-EMS”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作(PPI)网络图。对潜在靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果 数据库筛选的得到当归四逆汤有效活性成分151个,与EMS相关潜在作用靶基因71个,KEGG富集通路分析主要包括化学致癌受体激活,脂质和动脉粥样硬化通路等。结论 当归四逆汤具有多活性成分,能通过多靶点,多通路发挥EMS保护作用。  相似文献   

7.
运用网络药理学探索芍药甘草汤对多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用机理。方法 通过TCMSP数据库结合口服生物利用度(OB)、类药性(DL)、半衰期(HL)筛选芍药甘草汤的有效活性成分及作用靶点,运用Genecards、Drugbank、OMIM数据库获取多囊卵巢综合征高雄激素血症的治疗靶点。借助Cytoscape3.7.2 软件构建“中药-活性成分-靶点”可视化网络,利用VENNY图筛选出药物与疾病的共同靶点,运用STRING在线分析工具构建蛋白互作网络图(PPI),通过David数据库对关键靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析。结果 从芍药甘草汤中筛选出槲皮素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、 刺芒柄花素等83个有效成分,作用于MAPK3、MMP-9、STAT3、TNF、IL-6、VEGFA等41个关键靶点。KEGG通路富集分析发现这些靶点参与了TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路。结论 芍药甘草汤中的槲皮素、山奈酚等可能通过TNF、IL-6、STAT3、VEGFA等靶点作用于TNF、HIF-1、FoxO、Toll样受体等信号通路来调节糖脂代谢、保护血管内皮、参与炎症反应,以减少雄激素的合成,发挥治疗多囊卵巢综合征高雄激素血症的作用。  相似文献   

8.
目的 通过网络药理学和现代药理基础分析菊蓝抗流感片(JLKLGT)治疗新型冠状病毒感染(COVID-19)的药效物质及作用机制。方法 采用网络药理学和分子对接技术,从TCMSP、BATMAN-TCM数据库检索菊蓝抗流感片各药物的活性成分及其靶点信息,使用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库检索COVID-19疾病靶点。采用Cytoscape 3.7.2软件构建“菊蓝抗流感片药物-活性成分-靶点”网络图,通过STRING在线平台构建蛋白互作网络。通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,推测其药效物质及作用机制。结果 共筛选菊蓝抗流感片中52种活性成分,对应靶点468个,COVID-19疾病靶点1410个和交集靶点107个。推测槲皮素、阿司匹林、木犀草素、金合欢素、胆固醇、豆甾醇和胆酸为治疗COVID-19主要药效物质,TP53、RELA、AKT1、TNF、MAPK1、NFKB1和MAPK14为关键核心靶点。分子对接结果表明,主要药效物质与关键核心靶点、血管紧张素转化酶2(ACE2)结合构象稳定。结论 菊蓝抗流感片...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法,预测肾衰方慢性肾病(chronic kidney disease, CKD)心肌损伤的作用机制。方法 利用TCMSP数据库、Herb本草组鉴数据库(http://herb.ac.cn/)和SWISS Target prediction数据库筛选活性成分靶点信息,然后通过Uniprot数据库筛选出人类靶点和规范基因名;使用Cytoscape 3.7.2软件作药物-有效成分-靶点网络图;选用GeneCards数据库收集疾病相关靶点;利用Venny 2.1建立“肾衰方”抗CKD心肌损伤的基因靶点数据库;利用String数据库构建主要成分靶点互作网络并筛选关键靶点;然后导入Cytoscape 3.7.2软件进行拓扑分析和构建PPI网络图,最后用DAVID平台进行Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG)通路富集分析(P<0.05)和Gene Ontology(GO)生物学功能注释。结果 经过筛选,肾衰方活性化合物为252个;肾衰方与CKD心肌损伤共同靶点649个,其中AKT1、TNF、MAPK3、...  相似文献   

10.
[目的]利用网络药理学方法探究连花清瘟胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和人类基因组注释数据库(Human Genome Annotation Database,GeneCards)分别获取连花清瘟胶囊有效成分作用靶点和COVID-19靶点。利用String平台构建共同靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过Cytoscape软件筛选核心靶点。在Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。运用Cytoscape构建“有效成分-核心靶点”网络,筛选主要有效成分。[结果]共获得连花清瘟胶囊有效成分184种,有效成分的作用靶点255个,COVID-19靶点587个,其中共同靶点65个。通过String平台及Cytoscape软件对共同靶点PPI网络进行拓扑学分析,得到血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、丝裂原活化蛋白激酶3(mitogen-activated protein kinase 3,MAPK3)、肿瘤抗原p53(tumor antigen p53,TP53)、白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)等23个核心靶点。Metascape数据库的富集分析表明,核心靶点主要涉及多种病毒感染通路。通过对“有效成分-核心靶点”进行交互网络分析,从连花清瘟胶囊中筛选得到槲皮素、木犀草素等22种主要活性成分,参与COVID-19的治疗。[结论]连花清瘟胶囊可以作用于VEGFA、MAPK3、TP53、IL-6等核心靶点,通过抑制炎症因子、调控心血管疾病相关通路、抗病毒等过程,发挥治疗COVID-19的作用。  相似文献   

11.
目的 运用网络药理学方法 分析宣肺化浊方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制,为宣肺化浊方更广泛地应用于COVID-19的治疗提供理论依据.方法 检索TCMSP、UniProt、GeneCards数据库,筛选宣肺化浊方化学成分-作用靶点及COVID-19相关靶点;采用Venn在线平台映射宣肺化浊方治疗...  相似文献   

12.
目的 基于网络药理学和GEO数据研究中药三七、黄芪、丹参防治缺血性脑卒中作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选得到三七、黄芪、丹参中活性成分以及潜在靶点,在OMIM和Genecards数据库中检索获取缺血性脑卒中疾病相关靶点,用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-作用靶点”以及“疾病-中药-活性成分-作用靶点”网络图。将三七、黄芪、丹参有效成分靶点与缺血性脑卒中(ischemic stroke,IS)疾病靶点交集后所得相关靶点蛋白通过STRING平台以及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和潜在核心靶蛋白。利用DAVID平台对潜在核心靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。同时结合GEO数据集对核心靶蛋白进行验证。结果 中药三七中活性成分为13个,黄芪活性成分为21个,丹参活性成分为65个。三七、黄芪、丹参活性成分在IS中的潜在作用靶蛋白160个,其中筛选得到潜在核心靶蛋白8个。核心蛋白在GO富集和KFGG通路富集中涉及脂多糖介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控蛋白磷酸酶、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等...  相似文献   

13.
目的:运用网络药理学方法探讨秦艽-蚕沙药对治疗类风湿性关节炎(RA)的物质基础及其作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选秦艽-蚕沙药对的活性成分,结合人类基因组注释数据库Genecards筛选治疗类风湿性关节炎的潜在疾病靶点。利用Venny 2.1.0绘制秦艽、蚕沙、疾病的韦恩图,通过药对与疾病的共有交集,基于Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点-疾病然网络图,利用Cytoscape 3.8.2软件和String数据库构建成分-靶点-疾病网络图和靶点间的蛋白互作网络,使用CytoNCA插件利用BC值筛选出核心靶点,采用Metoscape平台对靶点进行基因本体富集分析和京都基因与基因组百科全书通路与基因功能富集分析。结果:经过筛选,共获得秦艽-蚕沙的10个有效成分,与类风湿性关节炎(RA)相关的关键化学成分9个,药对-类风湿性关节炎疾病的共同靶点82个,PPI关键靶点21个,GO富集分析结果包括生物过程、细胞组分、分子功能,各筛选出了10条柱状图;KEGG富集分析发现相关信号通路14条。结论:秦艽-蚕沙药对治疗类风湿性关节炎具有多组分、多靶点、多途径的调控特点...  相似文献   

14.
目的 基于网络药理学方法筛选出败毒散的潜在成分、作用靶点及其信号通路,探讨败毒散治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在性。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对败毒散的药材进行逐一的检索,筛选出潜在活性成分及其对应靶点,应用Cytoscape3.7.2软件对成分和靶点进行网络构建与分析。在GeneCards、TTD等数据库中筛选COVID-19的相关靶点。将通过药物筛选得到的靶点与通过疾病筛选得到的靶点进行交集,在DAVID数据库中进行基因注释的GO分析和信号通路的KEGG富集分析。结果 利用数据库的检索和分析,筛选得到败毒散潜在成分107个,对应靶点189个。GeneCards、TTD数据库中筛选到与COVID-19有关靶点736个,二者取交集得到靶点42个。GO分析条目161条,KEGG信号通路54条。结论 败毒散可能通过多成分、多靶点、多通路,对发挥抗COVID-19具有一定的潜在作用,潜在活性成分对ACE2具有一定的作用。  相似文献   

15.
目的:柴葛畅源汤(CGCYT)是贵州省中医药管理局发布预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的预防方之一,本研究采用网络药理学的技术和方法,筛选其预防COVID-19的作用靶点及探讨其相关的作用机制。方法:在ETCM、TCMSP数据库检索柴葛畅源汤处方药味的化学成分和作用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape软件构建化合物-靶点(基因)网络,用DAVID和STRING对靶标进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果:筛选后共获得柴葛畅源汤活性成分561个,与COVID-19共同作用靶点62个;获得105条GO生物学过程和84条KEGG信号通路。结论:CGCYT预防COVID-19可能与其参与抗病毒,调节细胞增殖、存活、生长、迁移和氧稳态调解等有关。  相似文献   

16.
目的运用网络药理学预测银翘散治疗上呼吸道感染(upper respiratory tract infection,URTI)的潜在靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选银翘散中的有效活性成分及相关靶点,采用OMIM数据库和GeneCards数据库检索URTI疾病相关靶点,继而获取银翘散和URTI的交集靶点,结合STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,应用Cytoscape软件实现“成分-疾病-靶点”网络的可视化,并通过DAVID数据库进行基因本体论(GO)富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其可能的作用机制。结果 银翘散共有150个活性成分和117个“药物-疾病”共同靶点,主要活性成分包括了连翘脂、木犀草素、槲皮素、山柰酚、连翘醇、豆甾醇等,关键靶点主要涉及IL-6、TP53、MAPK1、APP、VEGFA、TNF等基因。靶点富集分析结果表明,GO功能相关条目479个,主要涉及炎症、应激反应、免疫应答、信号传导等方面;KEGG相关通路121条,主要涉及Toll样受体信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路和PI3K/Akt信号通路等。结论 银翘散主要作用于IL-6、TP53、MAPK1、TNF等核心靶点,通过抗炎、抗病毒和调节免疫等相关通路来发挥治疗上呼吸道感染的作用。  相似文献   

17.
18.
目的:基于网络药理学探讨补中益气汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索补中益气汤的成分及靶点,基于ADME参数筛选主要成分,使用Cytoscape3.6.0软件构建中药-成分-靶点网络,在OMIM、GeneCards数据库中检索COVID-19靶点,绘制韦恩图得到交集靶点,导入STRING数据库,构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,生成分值最佳的MCODE组件。使用Cytoscape3.6.0软件的BisoGenet插件绘制疾病及药物PPI网络,并用Merge功能取交集,根据拓扑参数筛选出核心节点。通过Metascape平台进行基因本体与京都基因和基因组百科全书富集分析,绘制气泡图和通路-靶点网络图对结果可视化处理。结果:检索出8味中药的135个主要成分、258个药物靶点、446个疾病靶点,中药-成分-靶点网络得到槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等10个关键化合物,PPI网络筛选出351个核心靶点,发现10个关键靶点:STAU1、FUS、TARDBP、CUL4B、EEF1A1、EIF4A3、TUBG1、RPS3、RPL6、RPS2,核心靶点主要富集在爱泼斯坦-巴尔病毒感染、甲型流感、麻疹、军团杆菌病、系统性红斑狼疮病等疾病通路,及核糖体、病毒致癌、蛋白酶体等信号通路中。结论:补中益气汤可通过多靶点、多通路消除炎症,减轻肺部损伤以及调节免疫等方面对COVID-19恢复期发挥潜在的治疗作用,本研究为新药的研发和COVID-19恢复期的治疗提供了新思路和理论基础。  相似文献   

19.
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探究大黄素治疗骨质疏松的作用机制。方法 利用Pubchem数据库获取大黄素的化学代表结构,借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索获得大黄素的分子靶点,利用DisGenNet数据库获取骨质疏松的治疗相关靶点,利用Venny 2.1.0网站构建维恩图筛选大黄素潜在靶点与骨质疏松共有靶点,导入Cytoscape3.2.1软件构建“大黄素-靶点”网络图,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析大黄素治疗骨质疏松的作用机制,筛选结合能较低的靶标蛋白。结果 通过TCMSP数据库共检索到31个大黄素靶点,此外从DisGenNet中获得1084个骨质疏松作用靶点,其中共有靶点14个,采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO分析与KEGG功能富集分析,大黄素可能通过调节IL-17信号通路、MAPK信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和PPAR信号通路治疗骨质疏松。结论 大黄素能通过多途径、多靶点发挥抗骨质疏松的作用,并可能通过HSP90AA1、SLC2A1、PPARG和MYC等...  相似文献   

20.
[目的]通过网络药理学及分子对接等虚拟筛选技术探究清感冬饮(QGDD)防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在活性成分及作用机制,为清感冬饮的临床应用提供科学依据。[方法]基于清感冬饮已鉴定的化学成分,以GeneCards和DrugBank数据库检索靶标信息,通过Origin、STRING和Cytoscape构建“药材-制剂-成分-靶点”“蛋白-蛋白相互作用”“药材-归经”等网络,采用DAVID进行功能富集分析。采用BIOVIA Discovery Studio2020进行潜在活性成分和关键靶点的分子对接。[结果]清感冬饮的11味中药中有9味归肺经,筛选获得的45个潜在活性成分与COVID-19的共有靶点66个,GO功能富集分析得到324个生物过程条目、24个细胞组分条目、45个分子功能条目,KEGG富集分析得到123条信号通路,与免疫调节、抗病毒感染和炎症损伤修复相关。分子对接显示组方中多个化合物与主要靶点受体TNF-α、AKT1、VEGFA和ACE2具有中等强度以上的潜在相互作用,提示组方通过多组分配伍,协同发挥防治COVID-19的功效,金银花和红茶中的山柰酚-3-O-芸香...  相似文献   

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