基于生物信息学筛选小细胞肺癌相关关键基因

目的 筛选与小细胞肺癌(SCLC)相关的关键基因,为后续生物学功能研究提供分子靶标.方法 首先从基因表达综合数据库(GEO)提取含有SCLC癌组织和癌旁组织基因表达数据的数据集GSE43346和GSE40275,用GEO2R在线程序分析SCLC癌组织和癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs).使用DAVID数据库对SCL...     

1个新的胰腺癌相关基因的筛选和初步鉴定

目的 筛选和鉴定胰腺癌相关基因.方法 提取胰腺癌和癌旁正常胰腺组织中的RNA和mRNA,应用抑制消减杂交技术(SSH)构建消减cDNA文库.采用随机数字表法挑选有插入片段的阳性克隆进行测序及同源性分析.应用RT-PCR和Northern blot检测新基因在12例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织以及4种胰腺癌细胞株(PaTu8988、SW1990、BxPC-3、AsPC-1)中的表达情况.结果 随机挑取50个直径＞1 mm的白色克隆进行PCR扩增分析,其中47个克隆有插入片段,克隆阳性率为94%.对47个有插入片段的阳性克隆进行测序, 得到42个可用序列.同源性分析发现41个为已知基因,1个为无任何功能线索的未知基因,可能代表了新基因.RT-PCR显示新基因在12例胰腺癌组织和4种胰腺癌细胞株中均表达,而在正常胰腺组织中未见表达.Northern blot分析得到相同的结果.结论 应用SSH技术成功构建了人胰腺癌抑制消减cDNA文库,并筛选出1条新的胰腺癌相关基因.新基因与胰腺癌的发生、发展密切相关,可作为胰腺癌诊断和基因治疗的分子靶标.     

人垂体瘤转化基因在胰腺恶性肿瘤中的表达及其意义

目的:探讨人垂体瘤转化基因(h-PTTG)在胰腺恶性肿瘤中的表达与病理分化与临床分期之间的关系.方法:运用免疫组织化学染色的方法观察h-PTTG在45例胰腺癌及癌旁组织、15例胰腺良性肿瘤、8例正常胰腺组织中的表达情况.结果:h-PTTG在45例胰腺癌组织中的阳性表达率为88.9%,与癌旁组织、正常胰腺组织和胰腺良性肿瘤中的表达差异有统计学意义(P<0.05).h-PTTG的表达强弱与患者肿瘤大小、淋巴转移无关(P>0.05),与肿痛局部侵润和肿瘤分化程度相关(P<0.05).结论:h-PTTG在胰腺痛中高表达提示其与胰腺癌的恶性程度相关,并且在胰腺癌的侵润转移等生物学行为中起促进作用.     

基于加权基因共表达网络分析识别F2RL1为结直肠癌的核心致病基因

目的 通过生物信息学方法鉴定与结直肠癌相关的核心基因,并初步验证.方法 从TCGA数据库中下载正常人和结肠腺癌(COAD)患者的临床资料和基因表达数据;从GEO数据库中下载275例结直肠癌患者的肿瘤组织及其癌旁正常组织基因表达数据.通过差异表达基因分析和加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选差异共表达基因.对差异共表...     

NPTX2甲基化在胰腺癌中的定量检测及诊断应用

目的:检测NPTX2甲基化水平在胰腺癌中变化并评价其用于胰腺癌诊断的价值.方法:在10例胰腺癌组织和10例癌旁正常胰腺组织中,分别应用定量RT-PCR和SYBR Green荧光掺入甲基化特异性定量检测法检测NPTX2 mRNA表达量及CpG岛的甲基化量.应用上述建立甲基化特异性定量检测方法分析NPTX2甲基化在胰腺癌及健康志愿者全血DNA中的差异.结果:NPTX2基因在胰腺癌组织中mRNA表达量低于癌旁正常胰腺组织(RQ,0.276±0.263 vs 3.526±3.037,P=0.001),而其甲基化指数(MI)较癌旁正常胰腺组织高[(9.02±7.52)%vs(1.28±0.98)OA,P=0.003].RQ与MI两者之间存在负相关关系(R=-0.552,P=0.012).NPTX2基因MI在胰腺癌患者全血DNA中显著高于健康人[(1.80±1.76)%vs(0.84±0.45)%,P<0.05].结论:在胰腺癌组织中NPTX2发生高甲基化变化,检测其在临床样品中的MI可辅助用于胰腺癌诊断.     

一条全长胰腺癌相关新基因的初步研究

目的 对应用cDNA芯片技术筛选出的一条全长胰腺癌相关新基因进行鉴定.方法 对应用cDNA芯片技术筛选出的一条全长胰腺癌相关新基因进行测序和生物信息学分析,应用RT-PCR和Northern blot检测该基因在12例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织以及4种胰腺癌细胞株中的表达情况.结果 生物信息学分析显示新基因定为于染色体4p15,有一包含501 bp的ORF,拟编码由166个氨基酸组成的蛋白质,其理论分子量为18 293.23,等电点为8.57.BLASTp分析发现,该蛋白与一种人类假想蛋白FLJ90013同源性大于90%,可能为该假想蛋白家族新成员.RT-PCR显示新基因在12例胰腺癌组织和4种胰腺癌细胞株中均表达,而在正常胰腺组织中未见表达.Northern blot分析得到相同的结果.结论 新基因与胰腺癌的发生、发展密切相关,可作为胰腺癌诊断和基因治疗的分子靶标.     

胰腺癌组织的平均微血管密度和血管内皮细胞生长因子的表达

目的:通过检测胰腺癌、慢性胰腺炎及正常胰腺标本中的平均微血管密度(MVD)及血管内皮细胞生长因子(VEGF)表达水平,了解胰腺癌肿瘤血管生成情况.方法:胰腺癌标本26例,慢性胰腺炎标本7例,癌旁正常胰腺组织26例(采用胰腺癌标本中无肿瘤浸润的组织),所有标本均行免疫组化染色.MVD检测为在200倍显微镜下计数5个视野最高数目的微血管,以其平均数表示.VEGF的定量标准为VEGF染色强度与阳性细胞百分比分值的乘积.统计分析采用t检验和二元变量相关分析法.结果:VEGF在胰腺癌、慢性胰腺炎及癌旁正常胰腺组织中均有表达.胰腺癌组织的MVD值及VEGF表达水平均明显高于慢性胰腺炎及癌旁正常胰腺组织(P<0.01).26例胰腺癌组织MVD值及VEGF表达水平在统计学上有相关性(Spearman法r=0.862,P<0.000;Pearson法r=0.855, P<0.000).结论:胰腺癌的微血管生成水平高于慢性胰腺炎及癌旁正常胰腺组织;胰腺癌组织内MVD值及VEGF表达水平在统计学上有相关性.     

运用生物信息学方法探究肾上腺皮质癌的关键基因

目的:运用生物信息学方法筛选肾上腺皮质癌(adrenal cortical carcinoma,ACC)的差异表达基因,为ACC诊疗提供新的生物标志物.方法:从GEO数据库中选择基因数据集GSE14922、GSE19776、GSE12368,通过GEO2R工具在线分析,筛选出肾上腺皮质癌组织与正常肾上腺组织的差异表达基...     

Smad4蛋白在胰腺癌中的表达研究

目的运用组织芯片技术,检测Smad4在胰腺癌旁组织及癌旁组织中蛋白水平的表达,明确Smad4蛋白在胰腺癌中的表达及临床意义。方法选取经手术、病理证实的胰腺癌及癌旁组织各162例,构建胰腺癌组织芯片,采用免疫组化染色法检测胰腺癌及癌旁组织中Smad4蛋白的表达。结果 Smad4在胰腺癌和癌旁组织中的表达定位于细胞质和细胞核,在癌旁组织细胞质内显著高于癌组织(P<0.05),而在癌组织细胞核内显著高于癌旁组织(P<0.05)。胰腺癌及癌旁组织Smad4与肿瘤大小、病理分级均无相关性(均P>0.05);而癌旁组织中胞核Smad4的染色指数与淋巴结转移呈负相关(P<0.05)。结论 Smad4与胰腺癌的发生、发展有关,且与淋巴结转移与否相关,该基因有望成为胰腺癌早期诊断的分子指标。     

生长抑素Ⅱ型受体在胰腺癌旁组织中表达的研究

目的了解原发性胰腺癌组织和癌旁组织中生长抑素Ⅱ型受体(SST2R)的表达情况,探索生长抑素及其类似物治疗胰腺肿瘤效果不一致的原因.方法采用免疫组织化学LSAB法检测40例原发性胰腺癌组织和癌旁3 cm组织中SST2R的表达,并用x2检验分析了SST2R在原发性胰腺癌组织与癌旁组织中表达的差异性.结果胰腺癌组织和癌旁组织同时表达SST2R 5例,表达阳性率为12.5%(5/40);胰腺癌旁组织SST2R阳性表达率为85%(34/40),29例仅胰腺癌旁组织表达;胰腺癌旁组织SST2R阳性表达率明显高于胰腺癌组织(P＜0.05).结论 SST2R在不同的胰腺癌患者和同一胰腺癌患者的癌组织及癌旁组织中的表达有显著性差异,这可能是生长抑素及其类似物治疗胰腺癌效果不一致的重要原因.     

基质金属蛋白酶-9、血管内皮生长因子基因在胰腺癌中的表达及其临床意义

目的研究基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、血管内皮生长因子(VEGF)基因在胰腺癌中的表达,探讨它们与胰腺癌预后的关系。方法用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)技术检测35例胰腺癌(包括癌旁组织及正常组织)手术标本中VEGF和MMP-9 mRNA的表达。结果MMP-9、VEGF在胰腺癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织及正常组织,且其表达水平与胰腺癌的分化程度有关,且在淋巴结转移组与非转移组间其表达水平的差异有统计学意义(P<0.05)。结论MMP-9、VEGF基因可作为反映胰腺癌侵袭转移、判断预后的生物学指标。     

p-STAT3和cyclinE在胰腺癌中的表达

目的检测胰腺癌中p-STAT3和cyclinE蛋白表达情况,探讨其在胰腺癌发生、发展中的作用、及其与临床肿瘤指标的关系。方法用免疫组化二步法对45例手术切除的胰腺癌组织和20例癌旁正常胰腺组织中p-STAT3和cyclinE的蛋白表达进行检测。结果 p-STAT3在胰腺癌组织中存在高表达(80.0%),显著高于癌旁正常组织,与临床分期及淋巴结转移有关(P0.05);cyclinE蛋白阳性表达率在胰腺癌组织中为(77.8%),显著高于癌旁胰腺组织(P0.05),并与胰腺癌组织分化程度和淋巴结转移均有关。p-STAT3和cyclinE蛋白的阳性表达呈正相关(r=0.401,P0.006)。二者的表达与患者的性别、年龄、肿瘤部位无相关性(P0.05)。结论胰腺癌组织中p-STAT3和cyclinE表达与正常胰腺组织有显著差异,p-STAT3和cyclinE蛋白表达呈正相关(r=0.401,P0.006),两者在胰腺癌的发生发展过程中起重要作用。     

酪氨酸激酶Syk在胰腺癌中的表达检测及其临床意义

目的:探索酪氨酸激酶Syk(spleen tyrosine kinase,Syk)基因的表达与胰腺癌生长、转移的影响,以及与病理特点的关系。方法:用RT-PCR检测25例胰腺癌瘤体标本、癌旁正常胰腺组织中Syk mRNA的表达,并同时作免疫组化检测上述P53蛋白的表达。结果:癌旁正常胰腺组织都有Syk基因的表达,而25例胰腺癌组织中只有7例表达,正常胰腺组织与胰腺癌组织中Syk基因表达差异有显著性(P<0.05)。有淋巴结转移的14例胰腺癌标本中,2例有Syk基因表达,无淋巴结转移的11例胰腺癌患者中有5例检测到Syk mRNA的表达,有淋巴结转移的胰腺癌Syk mRNA的表达率低(P<0.05),Syk mRNA表达与P53蛋白的表达呈正相关。结论:Syk基因的表达缺失与胰腺癌的生长及转移相关。     

SF3B1基因在胰腺癌组织中的表达及其与肿瘤分期分化程度的相关性

目的 探讨剪切因子3B亚基1(SF3 B1)基因在胰腺癌组织中的表达及其与肿瘤分期、病理程度相关性.方法 回顾性分析2017年9月至2019年8月空军军医大学第一附属医院行根治术治疗的48例胰腺癌患者临床资料,对术中切除的癌组织及癌旁组织行免疫组化染色,比较SF3B1基因在胰腺癌、癌旁组织中的阳性率;根据TNM分期将胰...     

MSP法检测胰腺癌Syk基因甲基化改变的研究

目的 :探讨胰腺癌Syk基因启动子区 5’CpG岛甲基化改变的特点与临床病理特征的关系。方法 :采用甲基化特异性PCR(MSP)方法检测Syk基因启动子甲基化情况。结果 :32例癌旁正常胰腺组织未发现有Syk基因启动子的甲基化 ,14 /32例胰腺癌组织检测到Syk基因启动子的甲基化 ,癌组织Syk基因启动子甲基化率显著增高 (P <0 .0 5 )。有淋巴结转移的 15例胰腺癌组织中 ,有 10例Syk基因启动子甲基化 ,有淋巴结转移的Syk基因启动子甲基化显著高于无淋巴结转移组 (P <0 .0 5 )。结论 :Syk基因启动子甲基化是导致Syk基因失活的原因之一 ,Syk基因启动子的甲基化与胰腺癌的发生、转移相关。     

基于生物信息学的结肠癌核心基因筛选及验证

目的:利用生物信息学方法筛选结肠癌核心基因,并通过体外实验进行验证,挖掘潜在的结肠癌分子标志物.方法:从GEO数据库下载GSE23878、GSE37182和GSE74602数据集,应用R语言筛选结肠癌和癌旁组织的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并对DEGs进行GO...     

Bcl-2、Fas-L蛋白在胰腺癌及癌旁组织中的表达及意义

目的:探讨胰腺癌及癌旁组织的Bcl-2、Fas-L蛋白表达,并分析其临床意义.方法:对41例胰腺癌、26例癌旁组织、10例正常胰腺组织石蜡标本进行Bcl-2、Fas-L单抗的免疫组化染色.结果:胰腺癌Bcl-2、Fas-L蛋白表达阳性分别为68.3%、63.4%,在癌旁组织中表达阳性分别为43.2%、34.6%,其阳性率间有显著差异(P＜0.05).Bcl-2蛋白表达阳性率在临床Ⅰ、Ⅱ期和病理学高分化癌高于临床Ⅲ、Ⅳ期和病理学低分化癌高,差异有显著性(P＜0.05).Fas-L蛋白表达阳性率在临床分期和病理学分化上无差异.正常胰腺有Bcl-2染色阳性3例;而Fas-L未见染色阳性,差异有显著性(P＜0.05).结论:Bcl-2、Fas-L蛋白的表达与胰腺癌的发生有关;胰腺癌旁组织中某些细胞Bcl-2、Fas-L染色阳性,这些细胞较易发生癌变,使胰腺癌呈多中心性发生.     

粘着斑激酶在胰腺癌中的表达及其意义

目的??探讨粘着斑激酶(FAK)在胰腺癌中的表达及临床意义.方法??收集遵义医学院第五附属(珠海)医院和中山大学附属第五医院病理科?2004~2011年有完整临床资料和病理资料的胰腺癌存档蜡块40例和15例癌旁正常组织,采用免疫组织化学SP法检测两组组织中FAK的表达水平.结果??FAK在胰腺癌中阳性表达率为72.50%,在癌旁组织中表达率为13.3%,胰腺癌组织与癌旁正常组织相比,差异有显著性?(P<0.05). FAK的表达与临床分期、肿瘤分化程度及淋巴结转移相关(P<0.05).结论??FAK在胰腺癌的发生、发展、侵袭与转移中起重要作用,FAK的表达异常可以作为预测胰腺癌预后的指标     

胰腺癌组织中BRAF基因和KRAS基因突变分析

目的探讨人胰腺癌组织中BRAF和KRAS基因突变情况及两者的关系。方法对36例胰腺癌组织及癌旁胰腺组织中BRAF基因15号外显子及KRAS基因12号密码子进行测序。结果 36例胰腺癌组织中,25例出现KRAS基因12号密码子突变(69.4%,25/36),3例出现BRAF基因V600E突变(8.3%,3/36),且均同时存在KRAS突变;11例KRAS野生型胰腺癌组织中未发现BRAF突变;癌旁胰腺组织中均未检出突变。结论胰腺癌组织中BRAF基因突变可能并非主要突变,且常与KRAS基因突变同时存在。     

胃癌相关关键基因的筛选及临床价值分析

目的 利用生物信息学筛选胃癌相关关键基因,并探讨关键基因的临床价值。方法 (1)从GEO数据库中获取与人类胃癌相关的3个基因芯片数据集,利用在线分析工具GEO2R获取差异表达基因(DEGs)。针对3个数据集共有的DEGs,利用DAVID数据库进行富集分析,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后通过Cytoscape 3.9.1软件筛选关键基因。(2)收集20例胃癌患者的癌组织及癌旁正常组织,利用实时荧光定量PCR法检测关键基因的表达水平。利用GEPIA2数据库分析关键基因在胃癌组织与癌旁正常组织的表达差异,以及在不同病理分期胃癌患者中的表达差异。利用Kaplan-Meier Plotter数据库分析不同关键基因表达水平的胃癌患者的生存情况。结果 (1)共获得461个共同DEGs,包括190个上调DEGs、271个下调DEGs。DEGs主要参与细胞外基质形成、胶原纤维、细胞-基质黏附等生物过程,主要富集在细胞外基质-受体相互作用、蛋白质消化吸收、黏着斑等信号通路。共筛选出5个关键基因,即COL4A1、COL4A2、LUM、COL6A3和SPARC。(2)实时荧光定量...