2011—2020年福建省手足口病相关柯萨奇病毒A2型分子流行病学特征分析

目的研究福建省2011—2020年手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)相关的柯萨奇病毒A2型(coxackievirus A2, CV-A2)流行病学及病毒基因组特征。方法利用描述性流行病学方法对2011—2020年福建省疾病预防控制中心实验室收集的HFMD相关CV-A2病例进行流行病学特征分析。采用Mega X和Simplot 3.5.1等软件对一代测序获得的VP1基因和二代测序获得的全基因组进行系统进化分析和重组分析。结果 2011—2020年福建省HFMD相关CV-A2病例35例, 以1～2岁幼儿(28/35)为主, 男女性别比2.5∶1(25/10)。VP1区基因系统进化树显示, 福建省内CV-A2流行株存在两种基因亚型, 即C1和D1基因亚型, 仅1株(2019FJPT064)属于C1基因亚型, 其余27株为D1基因亚型。其中, 4株2011—2012年分离株为D1基因亚型cluster 1分支, 另外2株2011—2012年分离株及2012年后的分离株均属于D1基因亚型cluster 2分支。6株福建CV-A2毒株全基因组长度在7...     

柯萨奇病毒A组2型的分离鉴定与遗传进化分析

目的 对2017年山东省临沂市手足口病(hand, foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便标本进行病毒分离与鉴定,并对其基因特征进行分析。方法 对HFMD患儿粪便标本进行核酸检测。用人横纹肌肉瘤细胞进行病毒分离。对病毒进行全基因组序列测定,通过与人类肠道病毒比较,对分离株进行系统发育分析和基因重组分析。结果 自重症HFMD患儿粪便标本中成功分离到1株柯萨奇病毒A组2型(coxsackievirus A group 2 type, CoV－A2),命名为CoV-A2 SD17-430,系统进化分析进一步确定其基因型属于D2基因型。SD17-430衣壳蛋白编码区与CoV-A2国际原始株同源性高,在非结构蛋白编码区与CoV-A4(MH086949)和CoV-A14(KP036482)同源性高。结论 与原始毒株相比,CoV-A2 SD17-430株发生了较大程度的遗传变异,其进化过程中可能与多个A组肠道病毒发生了基因重组。应继续加强对HFMD病原的全面监测,以便进一步了解其病原谱变化,为制定更有效的HFMD防控策略提供数据参考。     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...     

2014—2021年青岛地区手足口病患者柯萨奇病毒A10型病原学及临床特征分析

目的分析青岛地区感染柯萨奇病毒A10型(CVA10)手足口病病例的分子特征及其所致轻重症病例的临床特征。方法以2014—2021年青岛市妇女儿童医院常规监测的手足口病病例为研究对象, 共6 677例, 收集其咽拭子标本;采用回顾性研究的方法, 收集研究对象的临床资料。对标本进行病毒核酸提取和肠道病毒分型鉴定;对CVA10病毒毒株进行VP1基因全长扩增, 并进行序列测定;采用MEGA7.0软件对获取VP1基因序列进行系统进化分析, SPSS23.0软件对临床资料进行统计学分析。结果 CVA10阳性病例285例, 其中男性183例, 女性102例, 5岁以下儿童占89.8%, 发病时间集中在4～9月份, 重症患者与轻症患者比较, 白细胞计数(WBC)、中性粒细胞百分比(N%)、血红蛋白浓度(HGB)、谷草转氨酶(AST)、谷丙转氨酶(ALT)显著升高, 重症组胸片、脑CT异常较轻症组多, 心电监护时间长。CVA10重症病例较轻症病例皮疹在发热前且皮疹较多出现在臀部, 差异有统计学意义(P<0.05)。系统进化分析显示, 青岛2014—2021年CVA10毒株大部分位于分支Ⅰ上, 分支...     

2015—2022年江苏省柯萨奇病毒A10型全基因组序列特征分析

目的对江苏省2015—2022年柯萨奇病毒A10型(CVA10)分离株全基因组序列特征进行分析, 阐明其分子流行病学特征。方法选取2015—2022年间江苏省地区流行的45株CVA10分离株进行全基因组测序, 基于CVA10全基因组、VP1、P1、P2和P3区序列分别构建系统进化树, 运用DNAStar、MEGA7.0和Similarity plots3.5.1等生物信息学软件对获取的全基因组序列进行比对, 分析同源性、基因重组情况和主要氨基酸变异位点。结果 45株CVA10分离株全基因组核苷酸和氨基酸序列同源性分别为90.3%～99.1%和97.9%～99.8%;各区段比对发现, P1区核苷酸序列同源性最高, 为92.1%～100.0%;P3区段序列同源性差异较大为84.7%～100.0%, 但相比于核苷酸序列的多样性, 各区段氨基酸序列均较为保守。基于VP1序列的系统进化树将CVA10分为A～H共8个基因型, 其中江苏与其他国内大部分流行株均属于C基因型, 全基因组进化树和VP1进化树分析结果接近一致。基于基因组各区段序列的系统进化与Simplot重组分析结果显示, 江苏分离株GD...     

CV-A10手足口病分子病原学特征及流行状况进展

自2008年手足口病(hand, foot, and mouth disease, HFMD)纳入国家法定传染病管理以来, 引起HFMD的优势病原有所改变。2012年以后由柯萨奇病毒A组10型(coxsackie virus A10, CV-A10)引起的HFMD发病率处于较高水平。本文就CV-A10病原学特征及其所致HFMD流行情况等展开综述, 为HFMD防控策略制定提供依据。     

柯萨奇病毒B组疫苗的研究进展

柯萨奇病毒B组(coxsackievirus group B, CVB)属于人肠道病毒, 包括6种血清型。人体感染CVB后通常症状轻微, 但严重时可以引起心肌炎、胰腺炎、手足口病以及中枢神经系统疾病等, 对婴幼儿危害性极大。CVB在国内外多地均有暴发流行, 不同血清型的流行模式各异, 情况复杂。目前仍缺乏有效治疗和预防CVB的药物与手段。疫苗有望成为解决CVB相关公共卫生问题的一种经济有效的方法, 虽然尚没有CVB疫苗上市, 但是已有多家机构正在进行各种类型CVB疫苗的临床前研究, 包括核酸疫苗、病毒载体疫苗、重组蛋白疫苗、减毒活疫苗和灭活疫苗等。本文对CVB疫苗相关研究进展进行了综述。     

全球柯萨奇病毒A组6型VP1区进化与正向选择位点分析

目的基于柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus group A type 6, CV-A6)VP1编码区寻找与其流行强度增加有关的关键氨基酸位点。方法对GenBank数据库中全部CV-A6 VP1编码区核苷酸序列进行筛选, 获得其中的1 533条序列进行比对。使用RAxML软件构建最大似然树。使用Shannon Entropy在线分析工具计算序列的氨基酸置换熵值, 并用Datamonkey在线分析平台通过MEME, SLAC和FUBAR三种方法来分析正向选择位点。结果目前全球流行的CV-A6以D3基因亚型为主。在VP1编码区存在三个高度可变的氨基酸位点, 分别是VP1-5、VP1-30、VP1-137。三种方法均发现VP1-5、VP1-90、VP1-137三个位点在流行中受到过正向选择的作用。结论应继续加强对D3基因亚型CV-A6的监测, D3基因亚型的CV-A6在位于DE环中的VP1-137高度可变且受到了正向选择的作用, 需要加以重视, 并通过进一步研究来确定它与D3亚型广泛流行的关系。     

2021年云南省手足口病病例中柯萨奇病毒A2型的测序定型和基因特征分析

目的对2021年云南省昆明市及曲靖市手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)病例中非肠道病毒A组71型(enterovirus A71, EVA71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackie-virus A16, CVA16)的其他肠道病毒进行VP4/VP2区及VP1区基因测序检测, 并对检测到的CVA2 VP1区基因进行基因进化分析, 为CVA2的预防及控制提供实验室证据。方法按《手足口病实验室手册(2018年版)》, 对2021年昆明市和曲靖市送到云南省疾病预防控制中心HFMD实验室的标本进行前处理, 提取病毒RNA后, 先用MD91/OL68-1引物扩增肠道病毒VP4/VP2结合区基因并测序, 编辑后的序列在GenBank上搜索确定病毒型别, 再用肠道病毒A组引物分两段扩增CVA2 VP1区基因完整序列并测序, 通过肠道病毒在线定型工具(Enterovirus Genotyping tool Version 0.1)进行病毒型别确认。按文献下载CVA2 VP1区基因型/亚型代表株序列, Mega5.2软件构建基因进化树, 分析病毒基因特...     

2018—2020年云南省手足口病病原监测及柯萨奇病毒A组4型VP1基因特征分析

目的阐明2018—2020年云南省手足口病优势肠道病毒感染类型及柯萨奇病毒A组4型(CVA4)VP1基因特征分析。方法手足口病监测肠道病毒实时荧光定量PCR核酸阳性标本进一步病毒分离, 送中国疾病预防控制中心并对VP1基因测序分析。结果 2018—2020年共采集手足口病标本21 757份, 其中阳性标本16 457份, 阳性检出率75.64%。共分离阳性标本4 114份, 分离到毒株533份, 其中肠道病毒71型(EVA71)共89例, 占总病原的16.70%;柯萨奇病毒A组16型(CVA16)共180例, 占33.77%;CVA10为76例, 占14.26%;CVA6、CVA4分别占22.14%、4.88%;其他型别共44例, 占8.26%。5岁以下儿童是手足口患者主要人群, 男女性别比1.35∶1, 气温较高的第二、三季度是手足口病高发季。云南省CVA4主要分布在曲靖和昆明等地, 文山、红河零星分布, VP1基因全长915 bp, 26株CVA4毒株均属于C基因型的C2亚型, 与原始株AY421762-HighPoint之间遗传距离较远。VP1基因的18、23、34、102、14...     

一株分离自云南重症手足口病患者的柯萨奇病毒A组4型毒株的全基因组分析

目的:对从云南重症手足口病患者的粪便样品中分离出的1株柯萨奇病毒A组4型(coxsackievirus A4,CV-A4)毒株的全基因组特征和部分区段重组情况进行分析,为深入认识CV-A4的流行和分子进化提供基础数据。方法:分别使用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞、人胚肺二倍体(...     

肠道病毒基因重组研究进展

肠道病毒(enterovirus, EV)可引起多种感染性疾病, 临床表现复杂多样。作为RNA病毒, EV的RNA依赖的RNA聚合酶缺乏校对功能, 导致其基因发生高频率的突变和重组, 从而使EV获得进化优势, 进而发生对宿主的免疫逃逸、对抗病毒药物的抗性, 也可使病毒的传播力和致病性增强或组织嗜性发生改变。本文综述了EV的重组机制, 并对部分重要型别和新型别EV的重组情况以及重组对病毒流行、致病性的影响进行了概述。     

人腺病毒重组研究进展

人腺病毒(HAdV)是急性呼吸道感染、腹泻、急性眼角结膜炎等多种疾病的常见病原体。许多研究表明HAdV基因组易发生基因重组, 进而形成新的基因型别, 迄今已报道的104个型别中53～104型为重组形成的新基因型, 在全球范围内引起多次疫情, 对疾病的防控提出新挑战。目前对其重组研究较少, 亟需深入研究以揭示重组机制及临床意义。     

4株手足口病相关柯萨奇病毒A4型的全基因组特征

目的:了解青岛地区流行的柯萨奇病毒A4型(CVA4)的全基因组特征。方法:选取2013—2015年间青岛地区流行的4株CVA4病毒,通过一步法RT-PCR对毒株进行全基因组扩增,采用MEGA7.0软件进行序列比对及系统进化分析,采用similarity plots 3.5.1软件进行基因重组分析。结果:进化分析显示：在...     

孟加拉国输入芜湖2型登革病毒E基因分子特征

目的 确定1例由孟加拉国输入芜湖的登革热病例及登革病毒(dengue virus, DENV)的E基因分子特征。方法 提取患者血清标本核酸,使用Real-time RT-PCR方法进行DENV核酸通用及1/2/3/4血清型筛查。测定E基因完整序列,采用MEGA7.0软件构建E基因系统进化树,并进行E基因核苷酸和氨基酸序列比对分析。结果 患者血清呈现2型DENV核酸阳性。E基因序列系统进化分析显示属于Cosmopolitan基因型,与2014年马来西亚输入中国台湾分离株(D2/Malaysia/1408aTw)同源性最高,核苷酸同源性为99.60%,氨基酸同源性为99.80%,有6处核苷酸差异(42：G→A; 141：G→A; 490：G→A; 516：A→G; 954：A→G; 1344：C→T),1处氨基酸差异(164：V→I)。E蛋白拥有弱毒株特征位点E126-E和强毒株特征位点E383～385-E-P-G。结论 输入型患者为2型DENV感染且该病毒起源于马来西亚。     

重视诺如病毒

1972年, 诺如病毒被发现, 此后被确认为全球急性胃肠炎散发病例及暴发的主要病因之一, 成为全球性的公共卫生问题。50年来, 人们对诺如病毒感染的临床特征、流行病学特征、病原特征等有了较深入认识, 但迄今未能建立有效的体外培养和实验动物模型, 导致其感染和致病机制研究受限, 也无特异的疫苗和药物上市。随着轮状病毒疫苗的全球普及, 诺如病毒成为继轮状病毒后又一亟待控制的重要公共卫生问题。     

蝙蝠寄生蛛蝇中分离3株肯科伊病毒的全基因序列特征分析

目的了解云南省蝙蝠体表寄生蛛蝇中肯科伊病毒(Kaeng Khoi virus, KKV)的感染情况。方法 2014年在保山市和2017年在瑞丽市采集蝙蝠体表寄生蛛蝇标本并进行鉴定, 应用细胞组织培养法进行病毒分离, 对阳性分离物进行序列扩增测序, 对病毒全基因序列进行同源性和系统进化分析。结果用蛛蝇标本研磨上清液接种BHK-21细胞, 从瑞丽市和保山市蛛蝇标本分离到3株阳性分离物(WDBC1704、WDBC1710和BSBC1406), 均能使BHK-21细胞出现圆缩、脱落的细胞病变。经RT-PCR和高通量测序扩增后, 获得3株阳性分离物的全基因组序列。系统进化分析显示3株阳性分离物的S、M、L基因均与泰国分离的KKV原型株PSC-19在同一进化支。本次分离的3株KKV与云南省既往分离株WDBC1403亲缘关系最近, 其中BSBC1406株又形成一个独立的小分支。序列对比显示3株分离株之间在M基因上存在较大差异, BSBC1406与其他2株相似度仅为78.0%～78.1%, 开放阅读框区中Gc蛋白的氨基酸相似度均为85.3%。结论从云南蝙蝠寄生蛛蝇中新分离的3株KKV与原型株有较大差异...     

呼吸道合胞病毒受体研究进展

呼吸道合胞病毒(respiratory syncytial virus, RSV)是急性呼吸道感染的主要病原体之一, 给全世界造成了巨大的负担。病毒与宿主细胞受体识别和相互作用, 是建立感染的关键初始步骤, 受体分布影响病毒的细胞嗜性和组织嗜性, 影响病毒在宿主体内的复制和增殖。但目前RSV受体尚不明确, 这也是阻碍RSV疫苗及治疗性药物研发的原因之一。本文通过对现有的RSV受体进行综述, 以期对RSV疫苗及治疗性药物的研发提供思路。     

狂犬病病毒的检测技术

狂犬病是一种病死率极高的人兽共患病, 在世界范围内广泛流行。通过对犬的大规模免疫等防控措施, 狂犬病逐步得到控制, WHO号召在2030年消除由犬传播的人间狂犬病。狂犬病病原体的检测既是狂犬病病例确诊的重要依据, 也是衡量狂犬病消除进度不可或缺的基本工具。国内外关于狂犬病病毒检测的研究众多, 本文从抗原检测技术、抗体检测技术、核酸检测技术以及其他检测技术4个方面进行了梳理并展开综述。     

9株甲型肝炎病毒流行株全基因组特征分析

目的 分析四川南充和新疆和田甲型肝炎病毒(hepatitis A virus, HAV)分离株全基因组序列特征。方法 收集2006年四川南充同1起暴发的3份和2016年新疆和田6份急性期甲肝患者血清标本,通过核酸提取、逆转录、分段巢式PCR、测序和序列拼接获得9条HAV全基因组序列。利用生物信息学软件进行系统进化、抗原中和位点、重组和选择压力分析。结果 VP1-2A连接区基因分型表明9条HAV序列都属于IA亚型,分为4个不同的分支,其中3条南充序列和3条和田序列属于同一分支;全基因组序列表明,3条南充序列核苷酸和氨基酸同源性分别为99.99%～100%和100%,与3条和田序列全基因组核苷酸和氨基酸差异分别为0.50%～0.57%和0.08%～0.17%。9条HAV全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为98.29%～100%和99.62%～100%,与我国hd9和蒙古MNA12-001关系最近(核苷酸和氨基酸同源性分别为：与hd9 98.60%～99.50%和99.75%～99.92%;与MNA12-001 98.45%～99.32%和99.71%～99.87%)。9条HAV序列在已发表的...