寄生于蝙蝠的节肢动物的病毒组：不同的媒介中高度分化的病毒

蝙蝠是尼帕病毒和严重急性呼吸综合征冠状病毒等人畜共患病毒的重要宿主。然而, 蝙蝠体表的吸血节肢动物是否也携带这些病毒, 以及吸血节肢动物携带的病毒与蝙蝠携带的病毒之间的关系尚未报道。本研究于2012—2015年在中国云南省收集了蝙蝠体表686只吸血节肢动物, 其中包括蝠蝇、蛛蝇、蜱、螨和跳蚤。采用宏转录组学方法对这些节肢动物携带的病毒进行分析, 发现了144种高度多样性的单股正链RNA、单股负链RNA和双链RNA病毒, 其中138种是潜在的新病毒。这些病毒分属14个不同的病毒科或目, 包括布尼亚病毒目、单分子负链RNA病毒目、呼肠孤病毒科和小核糖核酸病毒目。进一步分析发现, 布尼亚病毒目是蜱中最丰富的病毒群(占总病毒RNA的84%), 而裸露核糖核酸病毒在蛛蝇和蝠蝇的文库中最丰富(52%～92%), 其次是solemoviruses(南方菜豆花叶病毒)(1%～29%)和呼肠孤病毒(0%～43%)。这些病毒基于节肢动物类型高度聚类。值得注意的是, 在蝙蝠携带的节肢动物的病毒组中没有发现蝙蝠传播的人畜共患病毒, 这似乎并不支持蝙蝠体表的节肢动物是蝙蝠携带的人畜共患病毒的传播媒介。     

首次在山西省虫媒病毒调查中检测并分离到南定病毒

目的明确山西省五个地区虫媒病毒种类及其分布特征, 对采集的蚊虫样本进行病毒的分离与鉴定。方法于2020年7～9月采集当地的蚊虫标本, 利用实时荧光定量PCR法检测蚊虫标本中的8种虫媒病毒, 通过细胞培养对其进行病毒分离, 使用分子生物学和生物信息学方法对病毒分离物进行鉴定和分析。结果在121批蚊虫样本中, 检测到1批乙型脑炎病毒阳性, 2批库蚊黄病毒阳性以及8批南定病毒阳性。分离到7株病毒分离物, 编号为:SX-YJ-Cxp-4、SX-YJ-Ars-2、SX-YJ-Cxp-1、SX-LY-Cxp-10、SX-GP-Ars-5、SX-GP-Cxp-2、SX-GP-Cxp-4, 鉴定均为南定病毒, 对其中一株进行全基因组测序, 结果显示:山西南定病毒分离株与云南南定病毒分离株属于同一进化分支。结论首次在山西省分离到南定病毒。     

深圳市某福利院一起急性结膜炎疫情的病原学分析

目的 鉴定深圳市某福利院一起急性结膜炎疫情的病原体.方法 采用荧光定量PCR方法对12份眼拭子标本进行检测以确定病原,阳性标本进行病毒分离培养,扩增特异基因并测序,对序列进行进化分析和分子分型.结果 12份标本荧光定量PCR检测结果为人腺病毒阳性,分离9株病毒.人腺病毒Hexon基因测序显示9株腺病毒之间核苷酸相似性在98.3％-100％之间,系统进化分析显示9株腺病毒与人腺病毒7型参考株位于同一进化分支.结论 本起疫情由人腺病毒7型引起,与我国近期流行的腺病毒7型同源.     

云南省健康儿童中1株肠道病毒新毒株EV—C99的分离及其基因特征分析北大核心CSCD

目的对云南省2016年健康儿童中1株肠道病毒（enterovirus,EV）新毒株EV-C99进行分离并对其基因特征进行分析。方法按世界卫生组织（World Health Organization,WHO）推荐的方法对该名儿童的大便标本进行病毒分离,提取该病毒RNA并对其VP1区基因进行RT-PCR和基因测序,用Sequencher 5.0软件对序列进行编辑和拼接。所得序列在GenBank进行＂BLAST＂搜索,得到初步结果,再用MEGA5.2软件计算与原型株的核苷酸和氨基酸同源性,按目前肠道病毒测序定型标准确定病毒最终型别并进行基因特征分析。结果该病毒能被494/496和495/497引物扩增,经Sequencher 5.0软件拼接和编辑后得到约1 200 bp的序列,该序列在GenBank进行＂BLAST＂搜索,初步结果为新型肠道病毒EV-C99。与EV-C99病毒的原型株BAN00-10461（基因库编号：EF015008）对比分析后得到该病毒VP1区完整序列为909 bp,与原型株的核苷酸（nucleotide,nt）同源性（identity）为77.05%,氨基酸（amino acid,aa）同源性为90.04%,按肠道病毒测序定型标准,确定该病毒为EV-C99,是人类肠道病毒C组中的一种新型病毒。结论2016年云南省健康儿童肠道病毒带毒调查中分离到一株肠道病毒新毒株EV-C99,是国内第3次报道该病毒。基因进化分析表明,云南分离株与新疆分离株、山东分离株都为B基因型,但3个省的分离株位于不同的进化分支,该病毒具有基因多样性特点。     

重庆流行性乙型脑炎病毒分离株CQ11-66在PrM/C及E基因区的分子特征

目的 分析重庆地区儿童流行性乙型脑炎(简称乙脑)病毒分离株CQ11-66在PrM/C及E基因区的分子特征.方法 采集重庆医科大学附属儿童医院感染消化科诊断的流行性乙脑患者血液及脑脊液标本,通过接种BHK-21细胞检测并分离乙脑病毒,并对其PrM/C及E基因区测序.使用Clustal X(1.8)、MEGA5等生物学软件进行核苷酸序列、氨基酸序列及系统进化分析.结果 本研究仅从儿童乙脑患者脑脊液标本中分离到1株乙脑病毒,命名为CQ11-66.CQ11-66和其他国家及地区的乙脑病毒分离株相比,PrM/C基因区总体核苷酸及氨基酸序列同源性分别为74.8％～97.4％及85.6％～98.7％,而E基因区总体核苷酸及氨基酸序列同源性分别为81.6％ ～ 99.6％及94.8％ ～99.6％;CQ11-66株与福建省乙脑病毒人分离株相比较,在PrM/C、E基因核苷酸及氨基酸序列同源性均很高.基于PrM/C及E基因区核苷酸序列进行系统进化分析,CQ11-66株属于基因Ⅲ型.结论 在重庆市儿童乙脑患者标本中分离到1株乙脑病毒CQ11-66,CQ11-66株在PrM/C和F基因区核苷酸序列和氨基酸序列同其他乙脑病毒分离株存在一定的差异,且系统进化分析显示CQ11-66株属于乙脑病毒基因Ⅲ型.     

云南省Nam Dinh病毒的首次鉴定

本研究对云南省分离的一株Nam Dinh病毒(NDiV)进行鉴定,并对其全基因组特征进行分析.采用白纹伊蚊C6/36细胞对2009年在云南省采集的蚊虫进行病毒分离;采用RT-PCR方法对阳性病毒分离物进行鉴定,在电镜下观察其形态特征;采用Mega 5软件对病毒全基因组序列进行系统进化分析.结果从一组三带喙库蚊标本中分离出一株NDiV.该病毒为球形颗粒,直径约100 ～ 160 nm;基因组全长为20 126bp,包括6个开放读码框架,与越南NDiV 02VN178株和中国深圳SZ11706Z株核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0％ ～ 100％和97.4％ ～ 100％,同属于套式病毒目Mesoniviridae病毒科.本研究获得的NDiV毒株及其全基因组序列特征系云南省首次报告.     

云南省西部边境新分离蚊媒病毒分子生物学特征分析

目的 分析云南中缅边境地区新分离蚊媒病毒的分子生物学特征,以分析其遗传进化特征.方法 2010年1-12月在云南省德宏州芒市和瑞丽市监测点每月一次用诱蚊器采集蚊虫,用BHK-21和C6/36细胞分离病毒,阳性分离物用RT-PCR法进行鉴定及序列测定和分析.结果 从采获的7属42种69 209只蚊虫中分离到13株流行性乙型脑炎病毒(Japanese encephalitis virus,JEV),4株盖塔病毒(Getah virus,GETV),1株西藏环状病毒(Tibet orbivirus,TIBOV),7株淡色库蚊浓核病毒(Culex pipiens pallens densovirus,CppDNV).JEV E基因进化分析证实,新分离的13株JEV均属基因Ⅰ型,与云南其它地区和邻近省份流行株亲缘关系较近,且抗原和毒力位点未发生明显改变.4株GETVE2基因与云南其它地区分离株同源性高,亲缘关系近.新分离环状病毒的VP1基因与TIBOV亲缘关系最近,而与云南环状病毒(Yunnan orbivirus)存在明显差异.7株CppDNV的NS1基因与以往云南及其他省区流行株具有较高的同源性和亲缘关系.结论 首次证实该地区存在基因Ⅰ型JEV、GETV、TIBOV和CppDNV流行,这些流行株均具有较为稳定的遗传特征和地域特征.     

云南省西南边境登革2型病毒全基因组序列特征研究

为阐明云南省西南边境地区登革2型病毒(DENV-2)流行株的全基因组序列特征及流行病学特点,采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-2的全基因组序列,采用Clastal X1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到10株DENV-2,其中德宏州瑞丽市6株(2013年3株和2015年3株),西双版纳州景洪市2015年4株。经RTPCR和序列测定,获得这10株DENV-2的全基因组序列。基于结构蛋白和非结构蛋白基因的系统进化和同源性分析表明,这10株病毒中5株为亚洲基因Ⅰ型(AsianⅠGenotype,AG-Ⅰ),5株为全球基因型(Cosmopolitan genotype,CG)。其中2013和2015年瑞丽流行株均为AG-Ⅰ,景洪市2015年流行株均属CG,它们均与东南亚相同基因型流行株具有较高的同源性和较近的亲缘关系。云南株与DENV-2原型株(New Guinea-C)的E和NS5基因核苷酸同源性分别为93.38%~93.77%和92.80%~94.74%。所有云南株和东南亚参考株与New Guinea-C株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点均存在一定程度的改变。本研究证实,云南省西南边境地区存在DENV-2两种基因型流行,瑞丽和景洪流行株分别为AG-Ⅰ和CG,但它们的输入来源均为相邻东南亚国家。云南株与DENV-2原型株New Guinea-C株间存在明显差异,但决定病毒抗原、致病性和毒力的关键位点未发现明显变化。     

手足口病例中埃克病毒11型河南株分子流行病学研究

目的分析埃克病毒11型（ Echo11）河南分离株的分子流行病学特征。方法对2010-2012年河南手足口病监测系统中采集的粪便标本,采用RD、Hep2细胞进行病毒分离,对阳性分离物进行VP1区扩增、测序,生物学软件分析测序结果,BLAST比对后确定病毒基因型;扩增10株Echo11河南分离株VP1完整编码区序列,与国内外其他Echo11病毒株进行同源性分析并构建VP1区全基因亲缘进化树,分析其进化来源及不同基因型的流行范围。结果2010-2012年河南手足口病标本共分离出184株非EV71/CA16型肠道病毒,其中Echo1110株,占5．43％。 Echo11河南株VP1区全长共876个核苷酸,编码292个氨基酸;10株Echo11河南株VP1区之间核苷酸同源性为93．1％～100％,氨基酸同源性为97．3％～100％;与原型Gregory株之间核苷酸同源性为77．8％～78．8％,氨基酸同源性为90．8％～91．8％。结论 Echo11也是引起河南省手足口病的主要病原体,河南省存在Echo11病毒A基因型的流行。     

2017—2019年河南省漯河市严重急性呼吸道感染病例人腺病毒基因特征分析

目的了解我国河南省漯河市严重急性呼吸道感染(severe acute respiratory infection, SARI)病例人腺病毒(human adenovirus, HAdV)基因特征。方法对2017年10月至2019年2月SARI病例中鉴定的HAdV阳性标本进行病毒分离后, 扩增并测定其Hexon基因的Loop2区域, 初步鉴定病毒分离株型别。然后根据初筛结果, 分别使用HAdV各型特异性引物扩增病毒株3个靶基因(Penton base、Hexon和Fiber)的序列全长, 并与各型原型株以及国内外相应型别代表株进行系统发育和序列同源性分析, 以确定HAdV病毒株型别并了解其基因特征。结果从河南省漯河市783份SARI病例中鉴定的27份HAdV阳性咽拭子标本中, 共分离获得18株病毒分离株, 分子分型结果显示, 这些毒株分属于B亚属(HAdV-3、HAdV-7和HAdV-55)、C亚属(HAdV-1、P1H2F2、Px1/Ps3H5F5、P89H5F5和HAdV-6)和E亚属(HAdV-4)。其中C亚属HAdV-1分离阳性率最高(33.3%), 其次为B亚属HAdV-3(2...     

河北省虫媒病毒分离鉴定

目的 研究河北省蚊虫携带虫媒病毒情况。方法 在蚊虫孳生地采集标本液氯保存，按照20—30只／组经无菌处理后研磨，研磨液离心后接种C6／36细胞，连续三代观察致细胞病变情况；对细胞病变阳性的分离物，进行血清学和分子生物学鉴定。结果 在河北省涉县两个村共采集蚊虫1310只，分46组进行处理，共获得13株阳性分离物，其中两株分离物经间接免疫荧光检测提示为甲病毒属成员，用甲病毒属特异性引物RT-PCR扩增阳性，经核酸序列测定证实该序列与Getah病毒（AY702913．1）同源性最高（98％），初步鉴定为Getah病毒，其他病毒分离物尚在鉴定。结论 本研究从河北省蚊虫标本中分离到Getah病毒，这是我国内陆地区首次分离到该病毒。     

山西省临汾市ECHO30病毒所致病毒性脑炎疫情的病原学分析

目的 对山西省临汾市一起病毒性脑炎疫情进行病原学分析.方法 用Real-timePCR方法对9份咽拭子标本进行肠道病毒核酸检测.对肠道病毒核酸阳性的标本,分别扩增肠道病毒5'UTR区和VP2基因区片段,PCR扩增产物测序后,经BLAST比对初步确定病毒型别为ECHO30;使用ECHO30的特异性引物扩增VP1基因部分片段,测序后使用MEGA 4.0软件与NCBI数据库的其他ECHO30毒株进行进化分析.结果 9份病毒性脑炎标本中有4份为肠道病毒阳性;经肠道病毒5'UTR片段、VP2基因和VP1基因测序,确定4条临汾株ECHO30病毒核苷酸序列与2004年浙江ECHO30株和ECHO30标准株Bastianni同源性较高,且4条ECHO30病毒VP1基因的差异性为0.5％.进化分析显示,本地区的4株ECHO30病毒自成一簇,且与中国大陆地区的其他参考株亲缘关系较近.结论 肠道病毒属ECHO30病毒引发山西省临汾市病毒性脑炎疫情,有必要监测本地区的病毒性脑炎病原谱.     

云南省沧源县蠓虫携带版纳病毒全基因核苷酸序列特征分析

目的研究沧源县蠓携带版纳病毒的全基因及其遗传进化特征。方法 2018年在沧源县采集蠓, 研磨后将上清液接种BHK-21细胞进行病毒分离的同时用宏转录组学方法检测蠓携带病毒情况, 用Perl、Mafft等软件进行病毒序列比对、同源性和分子遗传进化分析。结果通过宏转录组学方法, 从CYC1801组中获得1株版纳病毒的全基因序列, 对全基因进行分析显示, 节段4和节段7与越南株亲缘关系较近, 其余节段均与中国株亲缘关系较近, 根据节段12基因序列的系统进化分析, CYC1801与A2基因亚型处于同一进化分支, 属于A2型版纳病毒。结论沧源县蠓携带有版纳病毒并可能作为传播媒介引起疾病流行, 需加强监测及防控。     

无菌性脑膜炎暴发中柯萨奇B3病毒的基因特征分析

目的 明确2008年山东省临沂市郯城县无菌性脑膜炎暴发的病原,对分离到的柯萨奇B3病毒的基因特征、遗传变异规律及进化来源进行分析.方法 采集暴发病例的粪便、脑脊液标本,应用RD、Hep-2细胞进行病毒分离;阳性分离物分别采用中和试验、逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)和核苷酸序列测定方法进行定型,最后与GenBank中检索到的其他CVB3毒株进行同源性分析,并构建VP1完整编码区亲缘进化树研究其遗传进化规律.结果 共采集22份粪便和120份脑脊液标本,分离到病毒35株,经鉴定34株为CVB3,1株为ECH030.34株CVB3分离株VP1区部分序列(381 bp)核苷酸同源性为90.5%～100%,氨基酸同源性为98.4%～100%;与Nancy原型株的核苷酸同源性为79.5%～81.6%,氨基酸同源性为98.4%～99.2%.012/2008TC/SD/CHN和177/2008TC/SD/CHN与安徽2008年分离的Fuyang19株同源性最高,核苷酸同源性分别为98.2%和91.0%,氨基酸同源性分别为99.2%和98.9%;进化树分析显示,中国大陆分离株独处一支,且呈单源性发生关系.结论 此次脑膜炎暴发的病原是CVB3.它与其他的中国分离株同源性高,与国外分离到的CVB3具有不同的基因特征.     

我国吸血库蠓中Tete病毒组病毒的首次分离与鉴定

中国已从自然界采集的蚊虫标本中分离出多株正布尼亚病毒, 包括Simbu血清群的Cat Que、曼扎尼拉和阿卡斑病毒, 以及加利福尼亚血清群的Tahyna病毒。但自20世纪80年代以来, 还未从蚊虫以外的吸血节肢动物中分离出正布尼亚属的病毒。在本研究中, JXLC1806-2病毒于2018年夏天从中国东部江西省黎川县采集的库蠓中分离, 该病毒分离物在接种哺乳动物细胞(BHK-21)48小时内显示出显著的细胞病变作用, 病毒滴度为1×105.6 pfu/mL。JXLC1806-2病毒不仅在哺乳动物细胞中引起CPE, 而且在乳鼠中也可引起发病和死亡, 但在C6/36细胞中不引起CPE, 并且RT-PCR未检测到复制, 提示该病毒为动物病毒。核苷酸和氨基酸序列分析表明, JXLC1806-2病毒基因组由S、M和L三个片段组成。系统发育分析表明, JXLC1806-2病毒的S、M和L基因属于正布尼亚病毒属Tete病毒组, 但与Tete血清组的其他成员形成了独立的进化支。结果表明, JXLC1806-2病毒为Tete病毒组的一个新成员, 命名为Lichuan病毒, 这是中国首次分离到Tete病毒组...     

浙江省首次发现新型布尼亚病毒感染病例及分离病毒分子鉴定

目的 了解浙江省是否存在新型布尼亚病毒潜在自然疫源地,分离疑似病例血清中新型布尼亚病毒并进行鉴定.方法 免疫荧光法检测浙江省台州地区野生啮齿动物不同组织标本中新型布尼亚病毒抗原.实时荧光定量RT-PCR检测疑似病人血清中新型布尼亚病毒核酸,扩增产物进行序列测定.Vero细胞分离疑似病人血清中新型布尼亚病毒,以新型布尼亚病毒株核衣壳蛋白编码基因为靶基因,采用RT-PCR及扩增产物测序对分离的疑似新型布尼亚病毒株进行鉴定,另对该序列进行同源性分析和比较.结果 70只野生啮齿动物中,免疫荧光法检测阳性率为5.71%.实时荧光定量RT-PCR检测结果显示,4例疑似病人血清中有两例检测结果阳性.1例阳性血清样本中分离出1株疑似新型布尼亚病毒,RT-PCR和测序结果证实该病毒确为新型布尼亚病毒,其核衣壳蛋白编码基因序列与湖北省新型布尼亚病毒分离株相似性高达92.2%,但与国内其他地区新型布尼亚病毒分离株序列差异较大.结论 首次证实浙江省存在新型布尼亚病毒自然疫源地及感染病人,不同群新型布尼亚病毒分布可能存在一定的地理差异.     

云南省一株柯萨奇病毒B组5型分离株的全基因组解析

目的对云南省2022年一例流感样病例的咽拭子分离得到的柯萨奇病毒B组5型(coxsackievirus B5, CVB5)病毒株进行全基因组测序, 并分析其遗传进化、基因突变和重组特征。方法通过人宫颈癌细胞培养获得病毒分离株, 应用全基因组测序技术对分离株进行病毒基因序列测定, 采用MEGA、RDP4及SimPlot软件, 解析病毒基因组学特征。结果分离株YN-01/CHN/2022与2株广东CVB5流行株核苷酸同源性为96.6%, 属GⅠ.C1分支, 与国内大多其他CVB5流行株相似度低(≤90.3%), 揭示国内CVB5流行株间基因组差异较大。该分离株VP1序列存在2个特有的氨基酸突变(T246A和T275A), 但其95位氨基酸未发生改变。基因重组分析显示YN-01/CHN/2022可能为重组株, 重组位点发生在P1区VP4(940)和P2区2A(3 540)。结论本研究分离株YN-01/CHN/2022属于CVB5 GⅠ.C1基因型, 存在特异的核苷酸分歧, 也证实了CVB5基因组有重组现象发生。该数据提示增强CVB5分子流行病学研究工作, 持续追踪病毒进化规律, 不断提高相关...     

2020年西藏自治区0～5岁健康儿童携带埃可病毒11型的基因特征分析

目的本研究旨在通过对2020年西藏自治区5岁以下健康儿童中携带埃可病毒11型(echovirus11, E11)的基因特征进行研究, 掌握肠道病毒的流行情况, 填补西藏自治区关于E11基因特征研究的空白。方法收集2020年在中国西藏自治区内采集的0～5岁健康儿童的粪便标本, 通过病毒分离和肠道病毒分子定型方法, 对阳性病毒分离物进行肠道病毒血清型鉴定, 并对鉴定结果为E11的病毒分离物进行全长VP1区扩增及核苷酸序列测定和分析。使用MEGA软件构建基因进化树(最大似然法), 与中国其他省份E11和全球E11进行遗传进化分析。结果 574份粪便标本中分离到89株肠道病毒分离株, 其中E11有44株, 是主要的血清型, VP1区核苷酸序列之间的相似性为96.4%～100%, 在系统发育树上呈现为多个传播链, 但均属于D5基因亚型, 且与我国2017年后其它省份E11流行株聚为一簇。结论本研究获得了我国西藏自治区流行的E11的基因特征的基本信息, 并了解了全球E11的基因型分布。     

南京地区成人上呼吸道感染患者鼻病毒分子流行病学特征分析

目的分析南京地区成人上呼吸道感染(upper respiratory tract infection, URTI)患者人鼻病毒(human rhinovirus, HRV)的感染特征及流行特征。方法收集2021年10月—2022年9月南京地区成人上呼吸道感染患者的流行病学资料, 采集临床标本使用荧光定量逆转录聚合酶链反应开展14种常见呼吸道病毒的检测;对HRV阳性标本VP4/VP2编码区基因扩增测序并做进化分析。结果共收集399份上呼吸道感染患者的咽拭子样本, 呼吸道病毒的总体阳性检出率为28.07%(112/399), 其中HRV的检出率最高, 达到9.52%(38/399);38株HRV阳性标本中37株成功测序, 共鉴定为3种基因型, 分别为13株HRV-A、14株HRV-B、10株HRV-C, 涉及25种血清型;其中3种HRV的基因型呈现交替流行或共流行。结论 HRV是2021年10月—2022年9月南京地区成人上呼吸道感染者的主要病原体, 且HRV-A、B、C三种基因型共流行或交替流行。