一例锥体束受累的丙酮酸脱氢酶E1α缺乏症的基因变异分析

目的对1例表现为发作性共济失调合并锥体束征阳性患者的PDHA1基因进行变异分析,明确其致病原因并探讨其可能的机制。方法应用高通量测序、Sanger测序及SCA动态变异位点检测并分析。结果患者为青少年男性,表现为发作性共济失调,双侧膝反射亢进,踝阵挛(+)。基因检测结果显示患者的PDHA1基因发生了c.1159-1162dupAAGT变异,父、母和胞姐未携带此变异,提示为新生变异,而SCA动态变异未见异常,患者确诊为丙酮酸脱氢酶E1α缺乏症。结论 PDHA1基因c.1159-1162dupAAGT变异可能为患者的致病原因,丙酮酸脱氢酶E1α缺乏症患者表型复杂,极少数可有锥体束受累,可能与早期神经元发育受影响有关。     

一例先天性白内障患儿的 GJA8基因新复合杂合变异分析

目的明确1例先天性白内障患儿的遗传学病因, 为该家系的临床诊断及遗传咨询提供依据。方法应用高通量测序技术对先证者进行遗传性眼病相关基因检测, 筛选相关变异, 采用Sanger测序法对先证者及家庭成员进行变异位点的验证。结果基因检测结果显示先证者发生源自父母的GJA8基因c.855del和c.872dup的复合杂合变异, 这两个变异均未见报道。根据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)遗传变异分类标准与指南, 对这两个变异进行分析, GJA8基因c.855del判读为可能致病性(likely pathogenic)变异(PVS1_S+PM2+PP4), c.877dup为致病性(pathogenic)变异(PVS1_S+PM2+PM3+PP4)。结论 GJA8基因c.855del和c.872dup的复合杂合变异可能为这例先天性白内障患儿的致病原因。     

罕见 PROC基因复合杂合变异所致蛋白C缺乏症胎儿1例的临床及遗传学分析

目的探讨1例脑积水和脑室出血胎儿的遗传学病因, 为其产前诊断提供依据。方法应用全外显子组测序(WES)技术筛选与胎儿表型相符的基因变异, 对候选变异进行Sanger测序验证。结果胎儿存在PROC基因c.818G>A(p.W273X)和c.833T>C(p.L278P)复合杂合变异, 分别遗传自其母亲和父亲。按照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南, 二者均被判定为可能致病变异(PVS1_Strong+PM2_Supporting+PP4;(PM2_Supporting+PM3+PP1+PP3+PP4)。结论本研究胎儿被诊断为由PROC基因c.818G>A(p.W273X)和c.833T>C(p.L278P)复合杂合变异所致的蛋白C缺乏症。上述发现丰富了PROC基因的变异谱, 为其家系的遗传咨询和产前诊断提供了依据。     

基因复合杂合变异导致卵母细胞透明带缺失而不孕

目的探讨1例原发不孕伴卵母细胞透明带缺失患者的遗传学病因。方法应用全外显子组测序技术对患者及其父母ZP1基因进行变异检测、Sanger测序及生物信息学分析。结果检出患者ZP1基因第5外显子c.874C>T(Gln292*)及第7外显子c.1127₁128delCT(ALa376GlyTer386)的复合杂合变异,母亲携带c.874C>T(p.Gln292*)杂合变异,父亲携带c.1127₁128delCT(p.Ala376GlyTer386)的杂合变异。结论患者者ZP1基因复合杂合变异是导致其卵母细胞透明带缺失的可能遗传学病因。     

无义变异所致X连锁精神发育迟缓患儿的基因分析

目的报道1例由IQSEC2基因变异所致的X连锁精神发育迟缓患儿,并分析IQSEC2基因的致病变异。方法先证者为男性,1岁6月龄,以"精神发育迟缓伴双眼内斜视"为主要表现。提取患儿及其双亲外周血DNA物,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,并通过Sanger测序法验证。对可疑变异进行生物信息学预测。结果经全外显子基因组测序分析发现,患儿IQSEC2基因第12外显子存在一个c.3163C>T (p. Arg1055*)杂合无义变异,该变异为国内未见报道的新发变异。c.3163C>T(p.Arg1055*)变异经Mutation Taster、PROVEAN、SIFT等变异预测软件预测,结果均提示为有害变异,并经HomoloGene及BLAST系统分析IQSEC2基因编码蛋白第1055位Arg在哺乳动物及无脊椎动物中均高度保守,该氨基酸的提前终止编码可严重影响PH结构域(951-1085)的形成进而导致IQSEC2蛋白完整性严重破坏。同时经UCSF chimera软件对蛋白3D结构建模分析发现,该氨基酸的提前终止编码可导致编码蛋白结构中α螺旋、β折叠及无规卷曲等蛋白二级结构...     

一例Floating-Harbor综合征患儿的 SRCAP基因移码变异分析

目的报道1例由SRCAP基因移码变异所致的Floating-Harbor综合征, 并分析SCRAP基因的致病性变异。方法先证者为男性, 2岁8月龄, 以"发现生长迟缓、语言发育落后2年余"为主要表现。提取患儿及其亲本外周血全基因组DNA, 应用全外显子基因测序法检测相关基因变异, 并通过Sanger测序验证变异。对可疑的变异进行生物信息学预测分析。结果经全外显子基因测序分析, 发现患儿SRCAP基因上第34外显子存在一个c.7273dupA (p. Thr2425Asnfs*18)移码变异, 该变异为国内外未经报道的新发变异。通过HomoloGene系统及MEGA软件分析, 发现SRCAP蛋白第2425位Thr在哺乳动物、爬行动物乃至无脊椎动物中均高度保守, 该氨基酸变异为Asn, 可导致编码蛋白在2443位后终止编码, 导致编码蛋白完整性严重破坏。同时经PubMed CD-search系统分析, 显示SRCAP蛋白在2443位即终止编码, 可导致其丧失所有与DNA结合的蛋白基序即AT-hook结构域, 从而影响相关目的基因的转录激活, 进而导致机体生长发育受影响。另一方面, c.72...     

一例鱼鳞病患儿 PNPLA1基因的变异分析

目的对1例鱼鳞病患儿的PNPLA1基因进行变异分析, 寻找其病因。方法通过高通量测序对患儿进行全基因组拷贝数变异(copy number variation, CNV)分析及医学全外显子基因检测, 并行Sanger测序验证。结果未发现疾病相关CNV区域。高通量测序检测出患儿PNPLA1基因的c.100G>A(p.Ala34Thr)和c.56C>A(p.Ser19X)复合杂合变异;前者为已知致病变异, 后者在HGMD数据库及Clinvar数据库均未见相关报告, ACMG指南将其初步判定为致病性变异。Sanger测序验证, 患儿父亲携带c.56C>A(p.Ser19X)杂合变异, 患儿母亲携带c.100G>A(p.Ala34Thr)杂合变异。结论 PNPLA1基因c.100G>A和c.56C>A复合杂合变异可能是患儿的致病原因。     

基因生殖腺嵌合变异的分析

目的 对1例亲代表型正常但反复妊娠骨骼发育异常胎儿(可疑成骨不全)的家系进行遗传学分析,探讨胎儿的发病原因。方法 对胎儿标本及亲代DNA进行全外显子组测序(whole exome sequencing, WES),针对WES检测到的阳性位点进行Sanger测序验证。采集提取丈夫精液与单精子DNA,对致病位点进行PCR扩增并Sanger测序。结果 WES检测到胎儿COL1A2基因c.1378G>A(p.G460S)杂合变异,为致病变异,夫妻双方外周血DNA均未检测到该变异。精液DNA检测到该位点野生型与变异型序列,在15个精子中有4个检测到该位点变异。结论 为1例骨骼发育异常的胎儿明确了成骨不全的遗传学诊断。亲代的生殖腺嵌合是该家系反复妊娠骨骼发育异常胎儿的原因。在临床遗传咨询过程中,对于表型和和基因型均正常但反复生育或妊娠相同异常表型后代的案例,需要考虑到生殖腺嵌合的可能原因。     

FBN1基因新变异所致马凡综合征患儿1例的分析

目的探讨1例马凡综合征(MFS)患儿的遗传学病因, 并分析其临床表型与基因型的相关性。方法选取2021年3月30日于中南大学湘雅三医院就诊的1例MFS患儿为研究对象。收集患儿及其家系成员的外周血样, 提取基因组DNA, 进行家系全外显子组测序, 对候选致病变异进行Sanger测序家系验证, 并用生物信息学软件分析变异的致病性。结果患儿为13岁男性, MFS体型包括身材瘦长、臂展大于身高、手指及足趾细长、漏斗胸、脊柱侧弯, 但未见主动脉扩张或胸腹主动脉瘤、二尖瓣脱垂等典型病变, 晶状体未见脱位。全外显子组测序显示其FBN1基因存在c.7383₇413del(p.N2461Kfs*211)杂合变异, 其父母、弟弟均未发现相同的变异。该变异既往未见文献报道, 被判断为致病性。结论本研究发现了FBN1基因的一个新变异, 进一步拓展了MFS的变异谱及表型谱。     

一个Perrault综合征家系基因的变异分析

目的探讨1个家系中两例Perrault综合征(Perrault syndrome,PRLTS)患者的遗传学病因。方法应用全外显子测序(whole exome sequencing,WES)技术对先证者进行致病变异筛查,结合临床表型确定候选基因的致病位点,用Sanger测序法对先证者及其家系成员进行验证。结果全外显子测序结果显示先证者TWNK基因存在c.1172G>A(p.Arg391His)和c.1844G>C(p.Gly615Ala)复合杂合变异。其父亲携带c.1172G>A(p.Arg391His)杂合变异,母亲携带c.1844G>C(p.Gly615Ala)杂合变异,先证者的变异分别来自父母。其弟也存在c.1172G>A(p.Arg391His)和c.1844G>C(p.Gly615Ala)复合杂合变异。其中c.1172G>A(dbSNP:rs556445621)为已报道的致病变异;c.1844G>C(dbSNP:rs764752550)为新变异。结论在1个家系发现两例Perrault综合征患者,TWNK基因c.1172G>A...     

一例 KAT6B变异所致Say-Barber-Biesecker-Young-Simpson患儿的临床诊断

目的分析1例因反应迟钝就诊的3月龄女婴的临床及分子遗传学特征。方法对患儿进行基因检测, 并将患儿的表型与KAT6B基因变异相关的两种综合征的主要特征进行比较。结果患儿具有手指/脚趾长、面具脸、睑裂短小、睑下垂、泪道异常等特征, 其KAT6B基因第16外显子存在新发杂合致病变异c.3040C>T(p.Gln1014*), 与Say-Barber-Biesecker-Young-Simpson(SBBYSS)综合征的特征相符。结论患儿被诊断为SBBYSS综合征, 但也具有部分独特的表现。本病例的发现扩大了Say-Barber-Biesecker-Young-Simpson综合征的表型及变异谱。     

RNASEH2C基因复合杂合变异所致艾卡迪综合征3型患儿1例的临床及遗传学分析

目的探讨1例RNASEH2C基因变异所致Aicardi-Goutières综合征3型(AGS 3)患儿的临床特征与遗传学病因。方法选取2021年3月27日于湖南省儿童医院就诊的1例AGS3患儿为研究对象。对患儿及其父母进行家系全外显子组测序, 并利用Sanger测序对候选变异进行验证。对变异进行晶体结构模拟分析, 并构建质粒进行蛋白表达。通过检索文献, 总结AGS 3型的表型与遗传学特点。结果患儿RNASEH2C基因存在复合杂合变异c.494G>C(p.Ter165Ser)(父源)与c.434G>T(p.Arg145Leu)(母源), 既往均未见报道。蛋白结构预测分析c.434G>T(p.Arg145Leu)变异可能破坏局部结构的稳定性, 体外功能实验表明该变异将导致蛋白表达降低。c.494G>C(p.Ter165Ser)变异破坏了终止密码子, 导致蛋白产物延长。结论本研究发现了两个RNASEH2C基因的新变异, 进一步丰富了AGS 3型的表型与变异谱。     

携带 GJB2或 SLC26A4基因单杂合变异新生儿的Sanger测序分析

目的明确长沙地区GJB2或SLC26A4基因单杂合变异新生儿携带其他变异位点的情况, 探究该地区耳聋基因的变异谱。方法应用Sanger测序技术对462例携带GJB2和(或)SLC26A4基因单杂合变异的新生儿进行耳聋相关基因的外显子测序, 结合数据库和文献检索, 综合分析变异位点的致病性。结果在305例GJB2杂合变异者中, 有143人(46.49%)携带其他变异位点, 其中29人(9.51%)携带c.109G>A可能致病变异, 1人(6.48%)携带c.551G>A致病变异。在153例SLC26A4杂合变异者中, 2人(1.31%)携带c.281C>T变异, 1人(0.65%)携带c.1547₁548ins致病变异。在4例同时携带GJB2和SLC26A4变异的新生儿中, 2人分别携带c.109G>A和c.844T>C(临床意义不明)变异。结论长沙地区携带GJB2和SLC26A4单杂合变异的新生儿中, 其他变异位点的携带率较高, 应用Sanger测序技术对耳聋基因杂合变异进行检测, 能够有效提高耳聋高风险新生儿的检出率, 丰富耳聋基因...     

IDUA基因复合杂合变异导致黏多糖贮积症Ⅰ型一例

目的对1例黏多糖贮积症Ⅰ型患儿进行临床和遗传学分析。方法对1例因双手十指伸直受限、双下肢屈曲畸形而就诊于骨科门诊的患儿进行基因检测, 通过全外显子组测序对患儿进行遗传学分析, 并对其父母及两个姐姐进行Sanger测序验证。结果患儿临床表现为面容丑陋、身材矮小、头圆大、颈短、角膜浑浊、骨骼畸形, 酶学检测阳性, 基因检测发现定位于4号染色体上的IDUA基因存在两处杂合变异, c.1049delA(p.N350Mfs*4)和c.1815dupT(p.V606Cfs*53), 这两处杂合变异的家系验证结果显示分别遗传自母亲和父亲, 患儿大姐和二姐分别携带这两种致病基因。c.1815dupT为已报道的致病基因, c.1049delA在人类基因数据库中未见收录。结论 IDUA基因复合杂合变异是该患儿的遗传学病因, c.1049delA(p.N350Mfs*4)为一个新变异, 丰富了该病的变异谱。     

一例Potocki-Lupski综合征患儿的遗传学分析

目的应用全外显子组测序技术(whole exome sequencing, WES)探讨1例因染色体17p11.2重复所致的Potocki-Lupski综合征(Potocki-Lupski syndrome, PTLS)患儿的临床表型及遗传学特点。方法分析1例PTLS患儿的临床资料, 先证者为2个月男性患儿, 临床表现为纳奶差, 体重增长缓慢。应用WES对先证者的基因组DNA进行测序及数据分析, 并应用基因拷贝数变异检测(copy number variation sequencing, CNV-seq)进行验证, 同时对其父母进行CNV-seq以明确变异来源。结果 WES结果提示先证者17号染色体p11.2位置存在3.92 Mb杂合重复, 覆盖了PTLS全部区域, 经CNV-seq验证证实该杂合重复, 先证者父母CNV-seq结果正常, 表明先证者为PTLS新发变异致病。结论本研究运用WES检测了1例新发的17p11.2杂合重复所致PTLS患儿, 进一步了解PTLS的临床表型, 同时基于WES测序数据对CNV分析进一步提高了WES在罕见遗传性疾病的分子诊断能力, 为家系的遗传咨询和产...     

肠道病毒基因重组研究进展

肠道病毒(enterovirus, EV)可引起多种感染性疾病, 临床表现复杂多样。作为RNA病毒, EV的RNA依赖的RNA聚合酶缺乏校对功能, 导致其基因发生高频率的突变和重组, 从而使EV获得进化优势, 进而发生对宿主的免疫逃逸、对抗病毒药物的抗性, 也可使病毒的传播力和致病性增强或组织嗜性发生改变。本文综述了EV的重组机制, 并对部分重要型别和新型别EV的重组情况以及重组对病毒流行、致病性的影响进行了概述。     

AGPAT2基因新变异导致先天性全身性脂肪代谢障碍Ⅰ型一例

目的探讨1例先天性全身性脂肪代谢障碍患儿的遗传学病因。方法采集患儿及其父母的外周血样, 提取基因组DNA, 用Sanger法对AGPAT2基因的全部外显子以及侧翼序列进行测序分析。结果患儿AGPAT2基因第6和第3外显子分别存在c.792₈05delGGAGAACGGGGCCA(p.Gln264Hisfs*208)和c.335C>T(p.P112L)复合杂合变异, 分别遗传自其母亲和父亲。其中c.792₈05delGGAGAACGGGGCCA(p.Gln264Hisfs*208)尚未见文献报道, 而c.335C>T(p.P112L)为已知致病变异。结论 AGPAT2基因c.792₈05delGGAGAACGGGGCCA(p.Gln264Hisfs*208)和c.335C>T(p.P112L)复合杂合变异可能是患儿的致病原因。     

McCune-Albright综合征患者3例的致病变异鉴定

目的对3例McCune-Albright综合征(MAS)患者进行候选基因GNAS的变异鉴定, 以明确其遗传学病因。方法选取2019年4月于山东省立医院就诊和2020年8月、2021年5月于北京协和医院就诊的共3例患者为研究对象。采用酚-氯仿法提取患者及其家系成员的外周血样基因组DNA, 通过全外显子组测序(WES)对候选致病变异进行筛查, 通过Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果测序显示家系1患者存在GNAS基因第8外显子的c.601C>T(p.Arg201Cys)杂合错义变异;家系2和家系3患者均存在GNAS基因第8外显子的c.602G>A(p.Arg201His)杂合错义变异。两种变异均为已知致病变异, 患者均为相应致病变异的嵌合体, 但比例有所不同。结论 WES是鉴定MAS等体细胞遗传病的有效方法。本研究联合应用WES和Sanger测序鉴定了MAS患者致病变异及其嵌合程度, 并证实其与患者的表型无明显相关性, 为遗传咨询和产前诊断提供了依据。     

DNAH5基因新型复合杂合变异所致Kartagener综合征患儿1例的临床及遗传学分析

目的分析1例Kartagener综合征(KTS)患儿的临床特征与遗传学病因。方法选取2020年10月于邛崃市妇幼保健院就诊的1例KTS患儿为研究对象。对患儿及其父母进行家系全外显子组测序以及生物信息学分析, 通过Sanger测序进一步验证候选变异。模拟分析错义变异导致的蛋白结构改变, 应用HSF 3.0在线平台对非编码区变异进行危害性预测。结果患儿具有支气管扩张、鼻窦炎及内脏反位等临床表现, 基因检测提示其DNAH5基因存在c.5174T>C与c.7610-3T>G复合杂合变异, Sanger测序证实二者分别遗传自患儿母亲和父亲。两个变异在dbSNP、1000 Genomes、ExAC、ClinVar及HGMD等数据库中均未见收录。蛋白结构分析结果提示c.5174T>C(p.Leu1725Pro)可能影响蛋白局部结构的稳定性从而影响生物活性, HSF 3.0分析结果提示c.7610-3T>G可能破坏剪接受体从而影响转录。结论 DNAH5基因c.5174T>C与c.7610-3T>G复合杂合变异可能是患儿的遗传学病因。上述发现进一步拓展了DNAH5基因...     

一例Okur-Chung神经发育障碍综合征患儿的基因变异分析

目的对1例确诊Okur-Chung神经发育障碍综合征( Okur-Chung neurodevelopmental syndrome,OCNS)患儿的CSNK2A1基因进行变异分析,明确其遗传学病因。方法应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,并通过Sanger测序法验证变异。对可疑变异进行生物信息学预测分析其致病性。结果经全外显子基因组测序分析发现,患儿CSNK2A1基因上第4外显子存在一个c.149A>G(p. Tyr50Cys)杂合错义变异,该变异为新发变异,且为未报道过的新变异。c.149A>G(p.Tyr50Cys)变异经PolyPhen-2、Mutation Taster、SIFT等预测软件预测,结果均提示为有害变异,并经HomoloGene及PubMed BLAST系统分析CSNK2A1基因编码的CK2α蛋白第50位Tyr在各种属间均高度保守,该氨基酸的改变可通过影响ATP Banding Loop、tetramer interface两个结构域的形成而导致CK2α蛋白结合ATP及形成异构四聚体功能发生障碍。同时经Swiss PDB viewer软件对蛋白3...