COL4A5基因剪接变异致Alport综合征患者1例的遗传学分析及体外验证

目的探讨1例Alport综合征(AS)患者的遗传学特征并验证其存在的剪接变异。方法选取2021年1月8日因体检发现尿蛋白3+、尿潜血3+就诊于内蒙古医科大学附属医院肾脏内科的1例AS患者作为研究对象, 收集患者临床资料。抽取患者及其父母的外周血样本, 提取基因组DNA, 利用全外显子组测序及Sanger测序确定基因变异位点, 应用mRNA异常剪接体外验证实验研究变异对转录产物的影响。应用生物学软件分析变异位点的氨基酸保守性并模拟胶原蛋白Ⅳ模型, 分析变异蛋白的三维结果。对患者肾组织进行免疫荧光与免疫组织化学检查, 确认是否存在AS肾脏损伤。结果患者为21岁男性, 门诊尿常规检查显示24 h尿蛋白3.53 g/24 h(大量蛋白尿), 血尿酸491 μmol/L(高尿酸血症)。基因测序结果显示患者COL4A5基因存在剪接变异c.835-9T>A, 患者父母未见该变异。体外实验结果显示c.835-9T>A(p.279₂97del)导致COL4A5基因mRNA的第15外显子缺失57 bp, 造成第279～297位氨基酸残基缺失, 影响COL4A5基因编码...     

X连锁显性遗传型Alport肾病综合征患儿1例的临床及遗传学分析

目的探讨1例X连锁显性遗传Alport综合征(XLAS)患儿的临床特征及基因变异特点。方法选取2019年5月至郑州大学第一附属医院肾内科就诊的1例XLAS患儿为研究对象。收集患儿的临床资料。应用二代测序(NGS)对患者进行基因检测, 针对候选致病变异, 进行Sanger测序家系验证。结果患为12岁男性, 儿主要临床表现为肉眼血尿、蛋白尿、肾病综合征, 呈渐进性肾损害, 伴听力下降, 肾穿刺病理活组织检查提示肾小球基底膜弥散厚薄不均。基因检测结果提示患儿及其母亲携带COL4A5基因c.2632G>A(p.G878R)半合子变异, 其父亲及弟弟该位点为野生型。该变异既往未见报道, 根据美国医学遗传学和基因组学学会相关指南评估为致病性变异(PS1+PM1+PM2_Supporting+PP3)结论母源性COL4A5基因c.2632G>A(p.G878R)变异可能为该XLAS患儿的遗传学病因。本研究丰富了COL4A5基因的变异谱。     

基因新变异导致遗传性血尿肾病耳聋综合征一家系

目的探讨1个遗传性血尿肾病耳聋综合征(Alport综合征)家系的致病原因。方法应用高通量测序和Sanger测序法检测先证者COL4A5基因的变异,并在家系其他成员及100名正常对照中进行Sanger测序验证。结果测序结果显示该家系中的4例女性患者COL4A5基因均存在c.3293G>T(p.Gly1098Val)的杂合变异,2例男性患者为COL4A5基因c.3293G>T(p.Gly1098Val)变异半合子,而正常家系成员以及100名正常对照中均未检测到此变异。按照美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,COL4A5基因c.3293G>T变异位点判读为致病性变异(PM1+PM2+PP1-S+PP3+PP4)。结论 COL4A5基因的c.3293G>T(p.Gly1098Val)变异会导致Gly-X-Y三联结构发生变化,可能是该家系的发病原因,新变异的检出丰富了COL4A5基因的变异谱。     

COL4A5基因突变致X连锁Alport综合征的1例家系

Alport综合征是最常见的遗传性肾脏病之一。其临床表型除与该病相关的基因变异相关,还同其他基因状况、生活环境等因素密切相关,故即使同一家系中拥有相近基因型的个体也会出现不同的疾病表现。本研究对中国中医科学院广安门医院1例具有复杂家系的慢性肾脏病患者开展调查,收集患者及其家族成员临床资料,采用三代基因测序技术对患者及多位亲属的外周血DNA进行遗传学分析,结果显示家族中多人为COL4A5[c.152G>A(p.Gly51Glu)]基因突变导致的Alport综合征。文章就X连锁Alport综合征的临床特点及预后进行文献复习,结合对该家系多个受累成员发病情况分析,旨在提高临床医生对该病特点及遗传规律的认识。     

两个Joubert综合征家系的致病基因变异分析与产前诊断

目的 明确两个小脑蚓部发育不全、怀疑为Joubert综合征家系的遗传学病因并帮助确诊及生育指导。方法 收集来郑州大学第一附属医院就诊的两个家系先证者和正常表型父母的临床资料,取组织或外周血样提取基因组DNA。通过高通量测序法筛查、Sanger测序法验证AHI1和CPLANE1基因变异位点,判断变异的致病性。这两个家系中母亲再次怀孕时进行产前诊断。结果 家系1先证者AHI1基因存在c.2072delT(p.F691S*fs19)纯合变异,该导致其编码的Abelson辅助集成站点1蛋白在第691位氨基酸发生移码,使翻译提前终止。家系2先证者CPLANE1基因存在c.7243dupA(p.T2415Nfs*7)和c.8001delG(p.K2667Nfs*31)复合杂合变异,分别导致其编码的纤毛发生和平面极性效应因子1蛋白在第2415和第2667位氨基酸处发生移码,使翻译提前终止。这3个变异在公共数据库中均未见报道及频率记录。综合分析认为上述3个新变异具致病性。结论 AHI1基因c.2072delT变异和CPLANE1基因c.7243dupA及c.8001delG变异分别是导致家系1 Jou...     

COL4A5基因新变异所致X连锁显性遗传Alport综合征的临床及遗传学分析

目的:分析一个X连锁显性遗传Alport综合征家系COL4A5基因的移码突变谱及临床表型,为该病的基因诊断和家系咨询提供基础。方法:应用二代测序技术进行基因检测,用Sanger测序对变异位点进行验证。采用病理及免疫荧光方法分别检测患者肾脏基底膜变化及COL4A5蛋白表达情况。结果:患者肾损害逐渐进展,出现肉眼血尿、蛋白...     

一例Okur-Chung神经发育障碍综合征患儿的基因变异分析

目的对1例确诊Okur-Chung神经发育障碍综合征( Okur-Chung neurodevelopmental syndrome,OCNS)患儿的CSNK2A1基因进行变异分析,明确其遗传学病因。方法应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,并通过Sanger测序法验证变异。对可疑变异进行生物信息学预测分析其致病性。结果经全外显子基因组测序分析发现,患儿CSNK2A1基因上第4外显子存在一个c.149A>G(p. Tyr50Cys)杂合错义变异,该变异为新发变异,且为未报道过的新变异。c.149A>G(p.Tyr50Cys)变异经PolyPhen-2、Mutation Taster、SIFT等预测软件预测,结果均提示为有害变异,并经HomoloGene及PubMed BLAST系统分析CSNK2A1基因编码的CK2α蛋白第50位Tyr在各种属间均高度保守,该氨基酸的改变可通过影响ATP Banding Loop、tetramer interface两个结构域的形成而导致CK2α蛋白结合ATP及形成异构四聚体功能发生障碍。同时经Swiss PDB viewer软件对蛋白3...     

基因生殖腺嵌合变异的分析

目的 对1例亲代表型正常但反复妊娠骨骼发育异常胎儿(可疑成骨不全)的家系进行遗传学分析,探讨胎儿的发病原因。方法 对胎儿标本及亲代DNA进行全外显子组测序(whole exome sequencing, WES),针对WES检测到的阳性位点进行Sanger测序验证。采集提取丈夫精液与单精子DNA,对致病位点进行PCR扩增并Sanger测序。结果 WES检测到胎儿COL1A2基因c.1378G>A(p.G460S)杂合变异,为致病变异,夫妻双方外周血DNA均未检测到该变异。精液DNA检测到该位点野生型与变异型序列,在15个精子中有4个检测到该位点变异。结论 为1例骨骼发育异常的胎儿明确了成骨不全的遗传学诊断。亲代的生殖腺嵌合是该家系反复妊娠骨骼发育异常胎儿的原因。在临床遗传咨询过程中,对于表型和和基因型均正常但反复生育或妊娠相同异常表型后代的案例,需要考虑到生殖腺嵌合的可能原因。     

Raynaud-Claes综合征患儿1例的 CLCN4基因变异分析

目的分析1例CLCN4基因变异所致Raynaud-Claes综合征(RCS)患儿的临床表型和基因变异情况, 为该病的诊断提供参考。方法选取2022年8月因语言与运动较同龄儿落后于郑州大学附属儿童医院康复医学科门诊的1例RCS男性患儿为研究对象。采集患儿临床资料, 应用目标捕获高通量测序和Sanger测序技术对患儿及其父母进行基因变异检测, 并对候选变异进行致病性分析。结果患儿为4岁4个月男性, 表现为全面发育迟缓、言语障碍、特殊面容及行为异常。基因检测结果提示患儿CLCN4基因存在c.1174C>T(p.Gln392Ter)半合子变异, 其父母均未携带该变异, 提示为新发变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关指南, 该变异被评定为致病性变异(PVS1+PS2+PM2_Supporting)。结论 CLCN4基因c.1174C>T(p.Gln392Ter)新发变异可能是本研究患儿的遗传致病原因, 该变异的发现进一步扩大了RCS的致病基因变异谱, 为该家系遗传咨询及产前诊断提供依据。     

成骨不全胎儿2例的 COL1A1与 COL1A2基因变异分析

目的探讨2例成骨不全症(OI)胎儿的临床表型及遗传学特征, 明确致病原因。方法收集分别在2021年6月11日和2021年10月16日就诊于潍坊医学院附属医院的2例中孕期超声诊断疑似OI胎儿的临床资料信息。采集孕妇羊水及胎儿父母、亲属外周血样品提取基因组DNA, 对2例胎儿进行全外显子组测序(WES), 对候选变异进行Sanger家系验证。针对可能影响pre-mRNA剪接的变异, 利用minigene体外分析变异位点附近外显子的剪接方式, 对变异的致病性进行判定。结果胎儿1在胎龄17+6周超声显示双侧肱骨和股骨发育落后2周余, 四肢长骨多发骨折、成角畸形。胎儿2在胎龄23周超声显示双侧肱骨和股骨发育分别落后1+周和4周, 双侧股骨和胫腓骨弯曲。WES结果显示胎儿1的COL1A1基因第49外显子存在c.3949₃950insGGCATGT(p.N1317Rfs*114)杂合变异, 该变异导致翻译提前终止, 胎儿父母外周血中未检出该变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异评级指南, c.3949₃950insGGCATGT变异评级为致...     

一个Perrault综合征家系基因的变异分析

目的探讨1个家系中两例Perrault综合征(Perrault syndrome,PRLTS)患者的遗传学病因。方法应用全外显子测序(whole exome sequencing,WES)技术对先证者进行致病变异筛查,结合临床表型确定候选基因的致病位点,用Sanger测序法对先证者及其家系成员进行验证。结果全外显子测序结果显示先证者TWNK基因存在c.1172G>A(p.Arg391His)和c.1844G>C(p.Gly615Ala)复合杂合变异。其父亲携带c.1172G>A(p.Arg391His)杂合变异,母亲携带c.1844G>C(p.Gly615Ala)杂合变异,先证者的变异分别来自父母。其弟也存在c.1172G>A(p.Arg391His)和c.1844G>C(p.Gly615Ala)复合杂合变异。其中c.1172G>A(dbSNP:rs556445621)为已报道的致病变异;c.1844G>C(dbSNP:rs764752550)为新变异。结论在1个家系发现两例Perrault综合征患者,TWNK基因c.1172G>A...     

一例Donohue综合征新生儿的基因变异分析

目的 从分子水平明确1例疑似为Donohue综合征的新生儿的诊断。方法 对患儿进行全外显子组测序(whole exome sequencing,WES),之后用Sanger测序和实时定量PCR对候选变异进行验证。结果 WES检出患儿携带INSR基因的两处杂合变异,即c.3258＋4(IVS17)A>G和第2外显子缺失,其中前者为新发现的变异。家系分析显示上述变异分别遗传自患儿的母亲和父亲,并经Sanger测序和实时定量PCR证实。结论 INSR基因c.3258＋4(IVS17)A>G和第2外显子杂合缺失所构成的复合杂合变异可能是导致患儿发病的原因。     

三例Rett综合征患者的 MECP2基因变异分析

目的对3例Rett综合征患者进行MECP2基因变异分析, 明确其致病原因。方法采集3例患者及其父母外周血提取DNA, 设计特异性引物覆盖基因全外显子及其侧翼序列, 通过PCR及Sanger测序法和多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)检出患者MECP2基因的变异。结果 3个家系的先证者MECP2基因的Sanger测序及MLPA结果分别为, 家系1发生c.965C>G杂合变异, 家系2发生c.1157₁197del41杂合缺失变异;家系3发生第4外显子部分缺失杂合变异。3个家系先证者的父母均未携带相应的变异, 均为新发变异。其中MECP2基因c.965C>G和c.1157₁197del41变异为未报道的新变异。结论根据美国医学遗传学与基因组学学会指南并结合临床表现对上述变异进行分析后推测3个变异均为可能致病性变异, 是这3个Rett综合征家系的致病原因。本研究结果丰富了MECP2基因的变异谱, 为家系遗传咨询和产前诊断提供了依据。     

Pitt-Hopkins综合征患儿1例的 TCF4基因变异分析

目的探讨1例表现为特殊面容、双手通贯掌、运动及语言发育迟缓、胼胝体发育不良的患儿的遗传学病因。方法选取2021年3月16日于滨州医学院附属医院就诊的1例PTHS患儿为研究对象。抽取患儿及其父母的外周血样, 提取基因组DNA, 进行全外显子组测序及生物信息学分析, 并运用Sanger测序技术对候选变异进行验证。结果全外显子组测序显示患儿TCF4基因存在c.607delT(p.S203Pfs*31)杂合变异, 其父母为野生型。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)相关变异分类标准与指南, c.607delT(p.S203Pfs*31)被评判为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PM6)。结论 TCF4基因c.607(exon9)delT杂合变异可能是本例患儿的遗传学病因。     

一例重型Cornelia de Lange综合征患者的基因变异分析

目的 分析1例重型Cornelia de Lange综合征(Cornelia de Lange syndrome,CdLS)患儿的NIPBL基因变异,明确其遗传学病因。方法 提取患儿及其父母外周血中DNA物质,应用全外显子基因组测序法检测相关基因变异,应用Sanger测序法验证变异。对可疑变异进行生物信息学预测。结果 经全外显子基因组测序分析并经Sanger测序验证,发现患儿NIPBL基因第9外显子存在c.1507A>G(p. Lys503Glu)杂合错义变异,该变异为新发变异,且为未报道过的新变异。经PolyPhen-2、Mutation Taster、SIFT预测软件预测c.1507A>G(p. Lys503Glu)变异为可能有害变异,并经HomoloGene系统分析NIPBL蛋白第503位Lys在各种属间均高度保守,该位点氨基酸改变可导致编码的NIPBL原有蛋白功能发生障碍。而经过PubMed BLAST系统进一步分析发现该位点氨基酸的改变可通过影响Neuromodulin_N superfamily结构域的形成来导致NIPBL蛋白功能发生障碍的。...     

一个KBG综合征家系的 ANKRD11基因变异分析

目的对1个KBG综合征家系进行ANKRD11基因变异分析, 明确其遗传学病因。方法采集家系成员外周血样行全外显子基因测序( whole exome sequencing, WES), 用Sanger测序进行验证。结果 WES测序结果显示先证者ANKRD11基因存在c.4398₄401de(p.Glu1467AsnfsTer63)杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会指南, 判断该变异为"致病性变异"。Sanger测序结果显示先证者妹妹和母亲的ANKRD11基因也存在c.4398₄401de(p.Glu1467AsnfsTer63)杂合变异, 父亲未检测到该变异。提示先证者及其妹妹和母亲均患者ANKRD11基因变异所致的KBG综合征。结论 ANKRD11基因c.4398₄401de(p.Glu1467AsnfsTer63)变异可能为该KBG综合征家系的遗传学病因。     

两个遗传性对称性色素沉着症家系的 ADAR1基因变异分析

目的检测两个中国汉族遗传性对称性色素沉着症家系(dyschromatosis symmetrica hereditaria, DSH)ADAR1基因的变异位点。方法收集家系成员的临床资料和血样, 应用PCR扩增结合Sanger测序法对两家系的先证者ADAR1的外显子进行基因变异分析, 待疑似致病变异确定后, 对其他家系成员进行相应位点的验证。同时选取100名与本家系无关的正常人作为对照。结果 Sanger测序结果显示家系1先证者及先证者父亲ADAR1基因存在第11外显子c.3002G>C(p.Asp968His)杂合变异。家系2先证者及先证者儿子ADAR1基因存在第12外显子c.3145C>T(p.Gln1049Ter)杂合变异。检索文献发现, 两种变异均为未报道过的新变异, 100名健康对照均未发现上述变异。结论 ADAR1基因c.3002G>C(p.Asp968His)和c.3145C>T(p.Gln1049Ter)变异可能分别为两个DSH家系的疑似致病变异。     

一个Alazami综合征家系的遗传学诊断与分析

目的对一个Alazami综合征家系进行遗传学病因分析。方法采集先证者及家系成员的外周血样, 提取基因组DNA, 行全外显子组测序, 生物信息学分析确定致病基因, Sanger测序对家系成员进行验证。结果该家系中两例患者均存在LARP7基因的母源性的c.94A>T(p.Lys32*)无义变异和父源性的c.1141A>G(p.Lys381Glu)的错义变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会致病性标准分类和功能预测软件分析, 确定二者是该Alazami综合征家系的遗传学病因。结论本研究发现了LARP7基因两个未见报道的变异, 丰富了LARP7基因变异谱。     

5p缺失综合征胎儿1例的产前诊断

目的对1例超声影像提示左足足内翻的胎儿进行遗传学分析, 探讨其染色体拷贝数变异与临床表型的相关性。方法选取2020年10月14日于台州医院就诊的1例5p缺失综合征胎儿为研究对象。采集胎儿的羊水及其父母的外周血样, 进行G显带核型分析, 应用拷贝数变异测序(CNV-seq)检测胎儿染色体的微缺失与微重复, 进一步用荧光原位杂交(FISH)技术进行家系验证。结果胎儿及其父母的G显带核型分析均未见明显异常, CNV-seq发现胎儿5号染色体存在23.12 Mb的拷贝数缺失, 7号染色体存在21.46 Mb的拷贝数重复, FISH进一步验证胎儿母亲为隐匿性t(5;7)(p14.3;q33)携带者, 胎儿的拷贝数变异遗传自母亲。结论 CNV-seq联合FISH技术能有效诊断出隐匿性5p缺失综合征, 避免患儿的出生, 为产前遗传咨询提供理论依据。     

一个新的COL4A5基因的剪接位点突变引起Alport综合征

目的 对一个Alport综合征家系进行研究,期望找到导致该家系发病的遗传基础.方法 对家系成员采样并提取DNA,对家系中的先证者和1名正常对照进行COL4A5基因全部编码区域的突变检测,限制性片段长度多态件分析技术对家系中所有成员和200名正常对照进行验证.结果 在该Alport综合征家系中发现一个新的COL4A5基因的剪接位点突变c.1517-1G＞T,而在家系的未患病成员,以及对照人群中未能检测到该突变.结论 发现了一个新的COL4A5基因的剪接位点改变c.1517-IG＞T,该突变可导致Alport综合征,该发现丰富了引起Alport综合征的COL4A5基因的突变谱.