一个复合杂合变异致遗传性凝血因子Ⅺ缺陷症家系分析

目的探讨一个遗传性凝血因子XI(coagulation factor Ⅺ, FⅪ)缺陷症家系成员的分子致病机制。方法提取外周血基因组DNA, 并采用Sanger测序法检测先证者的15个外显子、侧翼序列及家系成员的相应变异外显子区域, 并用反向测序予以验证;ClustalX-2.1-win软件分析变异氨基酸位点的保守性;用Mutation Taster、PolyPhen2、PROVEAN三个在线生物信息学软件分析变异的致病性;用Swiss-pdbViewer软件分析变异氨基酸对蛋白质结构的影响。结果基因分析显示先证者第10外显子存在c.1107C>A(p.Tyr369stop)杂合无义变异以及第13外显子存在c.1562A>G(p.Tyr521Cys)杂合错义变异;其父亲携带c.1107C>A杂合无义变异, 其母亲和女儿均携带c.1562A>G杂合错义变异, 丈夫为野生型。保守性分析表明Tyr521在进化过程中为高度保守位点。变异碱基致病性预测发现c.1107C>A和c.1562A>G均为致病性变异。蛋白质模型分析显示在野生型FⅪ蛋白结构中, Tyr5...     

一例经典型半乳糖血症患者的基因变异分析

目的 对1例Ⅰ型半乳糖血症患者及其家系成员进行致病基因GALT突变检测及结合患者表型进行生物信息学分析。方法 采集患者及其父母的外周血,应用高通量测序目标序列捕获技术进行家系全外显子组测序。应用Sanger测序技术对患者及其家系成员可疑致病突变位点进行验证。结果 Trio全外显子组测序结果显示,患者的GALT基因变异位点c.829T>C(p.S277P)和c.970C>G(p.P324A)为复合杂合变异,父亲为变异位点c.829T>C(p.S277P)的携带者,母亲为变异位点c.970C>G(p.P324A)的携带者。二者均为错义突变,目前未见文献报道,为未见报道的新突变。结论 通过检测1例Ⅰ型半乳糖血症患者及其家系,发现GALT基因2种未见报道的新突变,扩充了GALT基因致病突变谱,为疾病的临床诊断和遗传咨询提供依据。     

遗传性痉挛性截瘫56型患儿1例的 CYP2U1基因变异分析

目的分析1例表现为遗传性痉挛性截瘫(HSP)患儿的临床表型与遗传学特征。方法选取在2020年8月10日因"发现双下肢尖足2年"于郑州大学第三附属医院就诊的1例HSP女性患儿作为研究对象, 收集其相关临床资料。采集患儿及其父母的外周血样, 提取基因组DNA, 进行家系全外显子组测序(trio-WES), 对候选变异进行Sanger测序家系验证。利用生物信息学软件分析变异位点氨基酸序列的进化保守性。结果患儿为2岁10月龄女性, 临床表现为下肢肌张力增高、尖足、认知语言落后。Trio-WES检测提示患儿CYP2U1基因(NM₁83075.3)第2外显子存在父源的c.865C>T (p.Gln289*)和母源的c.1126G>A (p.Glu376Lys)复合杂合变异, 其中c.1126G>A (p.Glu376Lys)位点的氨基酸序列在多个物种中高度保守。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南, c.865C>T变异评级为可能致病变异(PVS1+PM2_Supporting), c.1126G>A变异评级为临床意义不明...     

四个遗传性耳聋家系的TMC1基因变异分析及产前诊断

目的对4个耳聋家系进行遗传性耳聋基因变异的筛查,为家系遗传咨询与产前诊断提供依据。方法应用二代测序技术对家系先证者进行耳聋基因检测,并对可疑基因变异采用Sanger双向测序对先证者及家系成员进行验证,确定可疑致病变异后,对3个家系高危胎儿进行产前诊断。结果家系1先证者检测到TMC1基因c.100C>T(p.R34X)和c.642+4A>C复合杂合变异,家系2先证者检测到TMC1基因c.582G>A(p.W194X)和c.589G>A(p.G197R)复合杂合变异,家系3先证者检测到TMC1基因c.1396_1398delAAC和c.1571T>C(p.F524S)复合杂合变异,家系4先证者检测到TMC1基因c.2050G>C(p.D684H)纯合变异,4个家系先证者父母均为携带者,其中c.642+4A>C、c.1571T>C(p.F524S)变异位点既往未见报道;产前诊断结果显示3个家系胎儿均不是患者,出生后随访至2019年9月,听力未见异常。结论TMC1基因变异是4个耳聋家系的可能致病原因,分子生物学的发现增加了对TMC1基因功能的认识并丰富了人类基因变异数据库,为家系遗传咨询和产前诊断提供了依据。     

一例由 ABCC2基因新变异所致的Dubin-Johnson综合征患者的遗传学分析

目的探讨一例黄疸患者的的遗传学病因并进行鉴别诊断。方法收集患者及其父母的临床资料。通过高通量测序对患者代谢性肝病相关基因进行变异位点筛查, Sanger测序进行验证, 生物信息学分析对致病性进行预测。结果高通量测序结果显示ABCC2基因(NM₀00392)存在一个错义变异c.3011C>T(p.T1004I)和一个无义变异c.3541C>T(p.R1181X), Sanger测序验证后分别遗传自父母。两个变异尚未见报道, 经生物信息学分析皆为致病性变异。结论患者为ABCC2基因c.3011C>T(p.T1004I)和c.3541C>T(p.R1181X)复合杂合变异引起的Dubin-Johnson综合征患者, 其父母为携带者;本研究发现了ABCC2基因两个新变异, 拓宽了ABCC2基因致病变异谱;基因检测利于Dubin-Johnson综合征的准确鉴别诊断。     

NDP基因c.361C>T错义变异致诺里病一家系

目的分析1个诺里病家系的致病基因变异,确定其遗传学病因。方法对先证者核心家系4名成员的DNA样本进行全外显子组检测,筛选变异位点,确定致病基因。通过Sanger测序对核心家系及7名其他家系成员进行验证。结果全外显子组检测及Sanger测序结果显示先证者及另外3例男性患者的NDP基因均存在c.361C>T(p.Arg121Trp)半合子错义变异,先证者母亲、外祖母和2个表妹均为c.361C>T杂合变异携带者,正常表型男性家系成员均未检测到该变异,符合X连锁隐性遗传病的特点。结论NDP基因c.361C>T错义变异是该诺里病家系的遗传学病因。     

一个Alazami综合征家系的遗传学诊断与分析

目的对一个Alazami综合征家系进行遗传学病因分析。方法采集先证者及家系成员的外周血样, 提取基因组DNA, 行全外显子组测序, 生物信息学分析确定致病基因, Sanger测序对家系成员进行验证。结果该家系中两例患者均存在LARP7基因的母源性的c.94A>T(p.Lys32*)无义变异和父源性的c.1141A>G(p.Lys381Glu)的错义变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会致病性标准分类和功能预测软件分析, 确定二者是该Alazami综合征家系的遗传学病因。结论本研究发现了LARP7基因两个未见报道的变异, 丰富了LARP7基因变异谱。     

一个 MPV17基因变异引起线粒体DNA耗竭综合征家系的遗传学分析及产前诊断

目的探讨一例临床诊断为婴儿肝炎综合征的患儿的遗传学病因并对该家系进行产前诊断。方法对该家系先证者通过高通量测序进行代谢性肝病相关致病基因变异筛选, 并用Sanger测序验证其变异来源, 通过生物信息学方法对新报道变异致病性进行分析。结果高通量测序结果显示先证者为MPV17基因(NM₀02437)c.182T>C(p.F61S)与c.293C>T(p.P98L)复合杂合变异引起的线粒体DNA耗竭综合征患者, Sanger测序验证变异分别遗传自其父亲和母亲。其中c.182T>C(p.F61S)变异尚未报道, 经分析为可能致病性变异。结论 MPV17基因c.182T>C(p.F61S)与c.293C>T(p.P98L)复合杂合变异为该患儿的遗传学病因;本研究发现了MPV17基因的一个新变异, 拓宽了MPV17基因致病变异谱。     

临床表现不典型极早发型炎症性肠病28型患儿1例的临床与遗传学分析

目的探讨1例临床表现不典型极早发型炎症性肠病(VEO-IBD)28型患儿的临床特征与遗传学病因。方法选取2021年11月5日于山东大学附属儿童医院新生儿科就诊的1例临床表现不典型VEO-IBD28型患儿为研究对象。收集患儿临床资料, 采集患儿及其父母外周静脉血样, 应用高通量测序对患儿进行基因检测, 采用Sanger测序进行候选变异家系验证, 并进行生物信息学分析。结果患儿为50 d龄男性, 具有支气管炎、溃疡性口炎、湿疹、大便略稀等临床表现。高通量测序结果提示患儿IL-10RA基因存在c.299T>G(p.V100G)与c.301C>T(p.R101W)复合杂合变异, Sanger测序结果显示患儿父亲IL-10RA基因存在c.299T>G(p.V100G)杂合变异, 患儿母亲IL-10RA基因存在c.301C>T(p.R101W)杂合变异。IL-10RA基因c.299T>G与c.301C>T变异在HGMD数据库中均已见报道;经gnomAD、1000 Genomes、ExAC及ESP6500等数据库检索, c.299T>G变异未见收录, c.3...     

四例Dubin-Johnson综合征患者的临床表型与遗传学分析

目的探讨4例临床不明原因胆红素升高患者的临床表型特点与分子遗传学病因。方法收集患者的临床资料;提取患者基因组DNA, 应用二代测序技术对患者行遗传代谢性肝病相关基因变异筛查, 采用PCR和Sanger测序对可疑致病的基因变异位点行验证检测。结果 4例患者均为男性, 主要临床表现为皮肤眼白发黄, 无其他特殊不适症状;肝功能检查示胆红素升高, 以结合胆红素升高为主, 余肝功能指标无异常。基因检测提示4例患者均为ABCC2基因双杂合变异, 分别为c.3011C>T(p.T1004I)和c.3541C>T(p.R1181X)、c.1177C>T(p.R393W)和c.2077G>A(p.G693R), c.2125T>C(p.W709R)和c.4025C>A(p.S1342Y), c.2443C>T(p.R815X)和c.2556del(p.G853Efs*7), 其中c.3011C>T、c.2443C>T和c.2556del为既往文献未报道过的变异。结论经基因检测明确这4例患者均为ABCC2基因变异所致的Dubin-Johnson综合征。...     

McCune-Albright综合征患者3例的致病变异鉴定

目的对3例McCune-Albright综合征(MAS)患者进行候选基因GNAS的变异鉴定, 以明确其遗传学病因。方法选取2019年4月于山东省立医院就诊和2020年8月、2021年5月于北京协和医院就诊的共3例患者为研究对象。采用酚-氯仿法提取患者及其家系成员的外周血样基因组DNA, 通过全外显子组测序(WES)对候选致病变异进行筛查, 通过Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果测序显示家系1患者存在GNAS基因第8外显子的c.601C>T(p.Arg201Cys)杂合错义变异;家系2和家系3患者均存在GNAS基因第8外显子的c.602G>A(p.Arg201His)杂合错义变异。两种变异均为已知致病变异, 患者均为相应致病变异的嵌合体, 但比例有所不同。结论 WES是鉴定MAS等体细胞遗传病的有效方法。本研究联合应用WES和Sanger测序鉴定了MAS患者致病变异及其嵌合程度, 并证实其与患者的表型无明显相关性, 为遗传咨询和产前诊断提供了依据。     

八例原发性肉碱缺乏症基因突变分析北大核心CSCD

目的分析8例原发性肉碱缺乏症(systemic primary carnitine deficiency,CDSP)患者的SLC22A5基因突变情况。方法采用串联质谱技术对泉州地区77 511例样本进行遗传代谢病筛查,发现8例原发性肉碱缺乏症患者(其中有1例为母源性CDSP),应用MassArray技术结合Sanger测序法对CDSP患者SLC22A5基因突变位点进行检测,寻找可能的致病突变位点。对发现的新变异采用SIFT和PolyPhen-2进行蛋白功能预测。结果 8例患者均检测到SLC22A5基因突变,其中7例为复合杂合突变,1例为纯合突变。共发现6种突变类型,包括1种无义突变[c.760C>T(p.R254X)]和5种错义突变[c.51C>G(p.F17L)、c.250T>A(p.Y84N)、c.1195C>T(p.R399W)、c.1196G>A(p.R399Q)、c.1400C>G(p.S467C)]。其中,c.250T>A(p.Y84N)为SLC22A5基因新变异,新变异可能影响蛋白质的结构和功能。c.760C>T(p.R254X)突变频率最高,c.1400C>G(p.S467C)突变频率次之。结论本研究分析了8例原发性肉碱缺乏症患者的SLC22A5基因突变情况,从基因水平上证实了8例CDSP的诊断,发现了1个新的突变位点,丰富了SLC22A5基因的突变谱。     

一例 FARS2基因变异所致联合氧化磷酸化缺陷14型患儿的遗传学分析

目的探讨一例表现为无诱因惊厥发作、生长发育迟缓、血乳酸值升高的2月龄患儿的遗传学病因。方法应用二代测序技术对患儿进行全外显子组和线粒体环基因测序, 用Sanger测序对候选致病变异进行验证, 依据美国医学遗传学及基因组学学会相关指南进行致病性分析。检索PubMed、万方数据库和中国知网数据库中FARS2变异所致的联合氧化磷酸化缺乏症14型(COXPD14)的病例报道, 总结其临床特征及基因变异谱。结果全外显子组测序提示患儿携带FARS2基因c.925G>A(p.G309S)和c.405C>A(p.H135Q)复合杂合变异;Sanger测序证实这两个变异分别遗传自母亲和父亲。其中c.925G>A为HGMD数据库已收录的致病变异, c.405C>A预测为疑似致病变异。检索文献另发现30例COXPD14患者, 其FARS2变异类型包括错义变异、剪接变异、读码框内碱基缺失和编码区微缺失。结论 COXPD14临床表现以发育迟缓(96%)、癫痫发作(97%)和乳酸升高(96%)最为经典。FARS2基因c.925G>A(p.G309S)和c.405C>A(p.H1...     

一例 UBR1基因新变异所致Johanson-Blizzard综合征患儿的分析

目的对一例表现为发育迟缓、营养不良及特殊面容的患儿进行临床检查和遗传学分析。方法收集患儿的临床资料, 对患儿及其父母进行家系全外显子组测序, 对候选变异用Sanger测序进行验证。结果患儿具有特殊面容, 包括鼻翼发育不全、头皮缺损和牙齿畸形, 并有胰腺外分泌不足导致的反复腹泻。基因测序显示患儿携带UBR1基因c.3167C>G(p.S1056X)和c.1911+14C>G复合杂合变异, 分别遗传自其父亲和母亲。生物信息学分析显示c.3167C>G为无义变异, 既往未见报道;c.1911+14C>G为已知剪接变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南, 两个变异分别判断为致病和疑似致病变异。结论患儿被确诊为UBR1基因复合杂合变异导致的Johanson-Blizzard综合征。新发现的变异扩展了UBR1基因的变异谱, 并为该家系的遗传咨询及再生育指导提供了依据。     

两例家族性高胆固醇血症患者的临床表型及 LDLR基因变异分析

目的探讨两例家族性高胆固醇血症(familial hypercholesterolemia, FH)患者的临床表型与致病变异的关系。方法对先证者1和先证者2进行全外显子组测序并重点分析血脂异常相关的基因变异, 用Sanger测序对候选变异进行家系验证。结果全外显子组测序提示先证者1携带LDLR基因c.1360G>A(p.D454N)和c.292G>A(p.G98S)杂合变异, 先证者2携带LDLR基因c.321T>G(p.C107W)杂合变异。根据美国医学遗传学与基因组学学会相关指南, 判断c.1360G>A(p.D454N)为疑似致病变异(PM1+PM2+PP2+PP3+PP4+PP5), c.292G>A(p.G98S)为意义未明变异(PM1+PP2+PP3), c.321T>G(p.C107W)为疑似致病变异(PM1+PM2+PP2+PP4+PP5)。先证者1采用PCSK9抑制剂治疗效果显著, 先证者2则无明显疗效。结论两名先证者分别携带LDLR基因复合杂合变异和杂合变异, 其基因型的差别可能与临床表型以及对PCSK9抑制剂治疗的反应的差别有关...     

一例卡尔曼综合征并45, X/46, XY嵌合体患者的遗传学分析

目的对一例性腺功能低下伴嗅觉减退并45, X/46, XY嵌合体的卡尔曼综合征(Kallmann syndrome, KS)患者进行基因变异分析, 明确其致病原因。方法收集患者及父母外周静脉血样行基因测序分析, 并通过Sanger测序进行家系分析及位点验证。结果患者存在PROKR2基因c.533G>C(p.W178S)、c.308C>T(p.A103V)复合变异。Sanger测序结果显示父亲携带c.533G>C(p.W178S)杂合变异, 母亲携带c.308C>T(p.A103V)杂合变异。c.533G>C(p.W178S)为可疑致病变异, c.308C>T(p.A103v)为临床意义不明确的变异。结论本例45, X/46, XY嵌合体患者异常性染色体数目减少并未造成生物功能方面的改变。在临床工作中应提高对KS的认识和鉴别诊治。对于临床考虑诊断为KS的患者, 早期完善基因检测有助于明确诊治、判断预后、遗传咨询及后期随访管理。     

MFSD8变异所致的成人起病的神经元蜡样脂褐质沉积症7型患者1例的临床特征及遗传学分析

目的探讨1例成人起病的神经元蜡样脂褐质沉积症7型(CLN7)患者的临床表型及基因变异特点。方法选择2021年6月于河南省人民医院被确诊为CLN7女性患者为研究对象。采用回顾性分析方法, 对该例患者的临床病例资料、辅助检查及基因检测结果进行分析。结果患者年龄为39岁, 其主要临床表现为进行性视力下降、癫痫、共济失调和轻度认知减退;其神经影像学检查结果显示以小脑为主的全脑萎缩;眼底照相显示视网膜色素变性(RP);皮肤组织病理学活检可见腺体外周间质细胞较多的脂褐素颗粒沉积。全外显子组测序(WES)提示患者MFSD8基因存在c.1444C>T(p.R482*)和c.104G>A(p.R35Q)复合杂合变异, 其中c.1444C>T为已被文献报道的致病性无义变异, 而c.104G>A为迄今尚未见报道的错义变异, Sanger测序显示患者的女儿、儿子及患者兄长分别携带c.1444C>T(p.R482*)、c.104G>A(p.R35Q)、c.104G>A(p.R35Q)变异, 符合CLN7常染色体隐性遗传致病特点。结论本研究发现迄今发病年龄最晚的CLN7病...     

宁波地区腺苷脱氨酶2缺乏症致病基因携带者筛查

目的 分析宁波地区腺苷脱氨酶2缺乏症（DADA2）致病基因ADA2携带率，为宁波地区DADA2的诊治提供循证医学依据。方法 采用回顾性分析方法对宁波市妇女儿童医院2019年01月至2023年01月的4039例进行全外显子组测序受检者的原始数据进行ADA2基因致病和可能致病性变异携带者筛查，分析致病基因携带者变异的类型和携带率。结果 共发现46例ADA2基因致病性杂合变异携带者，总携带率为1.15%(46/4039),8种不同的变异类型包括c.1065C>A(p.F355L)、c.1380G>C(p.M460I)、c.916C>T(p.R306X)、c.629T>A(p.I210N)、c.321delA(p.A109Lfs*11)、c.1358A>G(p.Y453C)、c.278T>C(p.I93T)和c.139G>T(p.G47W)。其中p.F355L人群携带率最高为0.79%(32/4039)，其次为p.M460I和p.R306X位点，人群携率分别为0.10%和0.07%，其他5种变异位点携带率≤0.05%，为罕见变异位点。结论 通过筛查明确...     

FBN1基因变异患者4例的临床表现及遗传学分析

目的探讨4例疑似马凡综合征(MFS)患者的遗传学病因。方法选取2019年9月12日至2021年3月27日就诊于四川大学华西第二医院的4例疑似MFS的男性患者及其家系成员作为研究对象。采集患者及其亲属的外周静脉血样, 提取基因组DNA, 对其进行家系全外显子组测序, 并用Sanger测序对候选变异进行验证。根据美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)变异相关指南判定变异的致病性。结果全外显子组测序结果提示4例患者FBN1基因分别存在第5外显子c.430₄33del(p.His144fs)缺失变异、第6外显子c.493C>T(p.Arg165*)无义变异、第44外显子c.5304₅306del(p.Asp1768del)缺失变异以及第42外显子c.5165C>G(p.Ser1722Cys)错义变异。根据ACMG变异相关指南, c.430₄33del和c.493C>T变异评级为致病性变异(PVS1+PM2_Supporting+PP4;PVS1+PS1+PS2+PM2_S     

Joubert综合征二个家系的临床特征与遗传学分析

目的探讨2个Joubert综合征家系的临床特征与遗传学病因。方法选取2020年11月27日、2021年1月22日于河南省人民医院就诊的2个Joubert综合征家系为研究对象。分析2个家系的临床特征, 采集先证者及其家系成员外周血样, 提取基因组DNA, 进行高通量基因测序分析, 应用Sanger测序对致病变异位点进行验证, 并对家系2高危胎儿进行产前诊断。结果家系1先证者为胎儿, 宫内孕23+5周, 超声及磁共振均表现为"小脑蚓部发育不良"及"臼齿征", 引产胎儿无明显临床表型异常, 基因检测提示其INPP5E基因存在c.812+3G>T和c.1828G>C复合杂合变异, 临床诊断为Joubert综合征1型。家系2先证者表现为生长发育迟缓、智力低下、有特殊面容、肌张力低下、右足六趾畸形, 磁共振提示小脑发育不良及"臼齿征", 先证者ARMC9基因存在c.485C>G和c.1878+1G>A复合杂合变异, 临床诊断为Joubert综合征30型。产前诊断提示家系2胎儿ARMC9基因携带c.485C>G杂合变异, 新生儿随访临床表型正常。结论 INPP5E基因c...