基于网络药理学探讨莪术抗血栓作用机制

目的基于网络药理学探讨莪术抗血栓作用机制。方法利用TCMSP数据库获取莪术活性成分,从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取莪术活性成分靶点,利用Drug Bank等数据库收集血栓疾病基因,利用String工具构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape软件构建莪术活性成分-靶点-疾病网络,借助DAVID工具进行关键靶点KEGG通路富集分析,使用Cytoscape Clue Go插件进行生物学功能分析。结果经条件筛选,莪术活性成分共29个,抗血栓靶点20个,包括F2、F10、PTGS1等。莪术抗血栓机制可能涉及凝血信号通路、血小板激活通路。结论莪术可能通过多成分、多靶点等相互作用方式,干预多条信号通路,进而调控血栓形成和发展。     

基于网络药理学的参附汤作用机制分析

目的:探讨参附汤的功效物质基础和作用机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索参附汤2味中药人参、附子的化学成分和作用靶点。进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(PPI)网络、进行基因本体(GO)功能富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,研究参附汤作用机制。结果:化合物-靶点网络包含23个化合物和相应靶点118个,关键靶点涉及PTGS2,PTGS1,NCOA2,ADRB2等。PPI网络包含114个蛋白,关键蛋白涉及Akt,AP-1,p56蛋白等。GO功能富集分析得到GO条目236个,其中生物过程相关的条目191个,分子功能相关的条目20个,细胞组成相关的条目25个。KEGG通路富集筛选得到10条信号通路涉及calcium signaling pathway,neuroactive ligand-receptor interaction,apoptosis,pathways in cancer等。结论:本研究结果初步验证参附汤防治疾病的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供先导信息和基础。     

基于网络药理学的生脉散作用机制分析

目的:探讨生脉散的作用机制。方法:本研究选取生脉散中3味中药人参、麦冬、五味子含有的33个活性成分,通过Pharm Mapper服务器预测其活性成分的潜在靶点,进而构建化合物-靶点网络、构建蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络、进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析、进行基于京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)的生物通路富集分析,研究生脉散作用机制。结果:化合物-靶点网络包含249个节点,关键靶点涉及转甲状腺素蛋白(TTR)等。PPI网络包含155个节点,关键靶点涉及酪氨酸蛋白激酶Src(SRC),蛋白激酶Bα(Akt1)等。GO条目95个,其中生物过程相关的条目67个,分子功能相关的条目22个,细胞组成相关的条目6个。KEGG通路8条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer),前列腺癌(prostate cancer),胰岛素信号通路(insulin signaling pathway)等。结论:本研究结果初步验证了生脉散的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学的吴茱萸汤作用机制分析

目的:探讨吴茱萸汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索吴茱萸汤全方4味中药的化学成分和作用靶点。进而构建化合物-靶点网络、蛋白互作(PPI)网络、靶点-通路网络,研究吴茱萸汤作用机制。结果:化合物-靶点网络包含29个化合物和相应靶点77个,关键靶点涉及PTGS2,PTGS1等。PPI网络包含70个蛋白,关键蛋白涉及AP-1,BCL2,HSP90α等。基因本体(GO)条目145个,其中生物过程相关的条目100个,分子功能相关的条目23个,细胞组成相关的条目22个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及钙离子信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了吴茱萸汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。     

基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆的作用机制

目的基于网络药理学探讨肉苁蓉治疗血管性痴呆(vascular dementia,VD)的作用机制。方法采用TCMSP分析平台检索中药活性成分和中药靶点,利用GeneCards数据库和OMIM数据库筛选肉苁蓉治疗VD的作用靶点,构建蛋白互作网络(PPI),进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的中药-疾病靶点相关的信号通路。结果从肉苁蓉中筛选出4个有效成分,作用于60个血管性痴呆靶点,肉苁蓉治疗VD的核心基因主要有IL6、VEGFA、EGFR、CASP3、MYC、CCND1、FOS、PPARG、AR、RELA、NOS3、ICAM1等。中药-疾病靶点涉及的GO功能主要包括DNA结合转录激活活性、核受体活性、转录因子活性,直接配体调节的序列特异性DNA、乙酰胆碱受体活性、泛素蛋白连接酶结合、RNA聚合酶II转录因子结合等。中药-疾病靶标涉及的KEGG通路主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、前列腺癌信号通路、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、癌症中的蛋白多糖信号通路、PI3K-Akt信号通路、肝细胞癌信号通路、细胞凋亡信号通路、丙肝信号通路等。结论基于网络药理学探讨了肉苁蓉治疗血管性痴呆的分子机制,为中药现代化研究提供了理论基础。     

基于网络药理学预测北沙参治疗肺癌的作用机制

目的:预测北沙参治疗原发性支气管肺癌的潜在靶点及信号通路。方法:检索北沙参的化学成分及药物作用靶点及原发支气管肺癌的疾病靶基因。构建蛋白互作网络(PPI)。进而行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,构建可视化的"化合物-靶点-通路"网络,并对网络进行拓扑分析。结果:获得8个化合物,173个化合物靶点,1885个肺癌相关靶基因。PPI蛋白互作网络共98个节点,11个关键节点。GO功能富集分析得到100个GO条目,KEGG通路富集分析得到68条信号通路。PPI蛋白互作网路中的11个关键靶点有5个富集在前10位信号通路中,依次为:JUN、EGF、TNF、FOS、MYC。结论:初步预测北沙参治疗原发性支气管肺癌之间的作用途径可能通过靶向JUN、EGF、TNF、FOS、MYC五个关键蛋白起作用。     

基于网络药理学分析北刘寄奴的活性成分及其药效作用机制

目的:基于网络药理学研究北刘寄奴药理作用的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选北刘寄奴的化学成分、作用靶点、治疗疾病。通过蛋白数据库预测候选活性靶点相互关系,用生物信息学技术分析靶点的功能,通过基因本体(GO)功能和通路富集分析,研究北刘寄奴作用机制。结果:筛选共获得5个有效化合物(其中1个化合物没有相应的靶点),共44个相关靶点,涉及79种疾病。PPI网络中有44个靶点,关键靶点有EGFR、CCND1等。基因功能富集结果分析共涉及12个条目,包括细胞组成5个,分子功能2个,生物过程5个。通路富集分析得到7条通路,包括乙型肝炎、PI3K-Akt信号通路、细胞凋亡等。结论:北刘寄奴中木犀草素等活性成分通过作用于PTGS1、PRSS1、NCOA2等靶点,协同参与多条通路的调节,发挥其抗炎、抗菌等作用。     

基于网络药理学及实验研究探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的作用机制

该研究目的在于利用网络药理学方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的作用机制,并通过胃癌细胞SGC7901体外模型对黄芪-莪术的药效和关键靶点进行实验验证。首先,采用CCK-8法证明黄芪-莪术对胃癌细胞SGC7901增殖的直接影响。然后,使用网络药理学的方法探究黄芪-莪术药对治疗胃癌的关键活性成分、关键靶点和关键信号通路。结果显示,黄芪-莪术药对包含18个潜在活性成分,例如槲皮素、山柰酚和姜黄素等。基因本体论功能富集及京都基因和基因组百科全书通路富集分析提示,黄芪-莪术药对治疗胃癌的主要靶点涉及蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的调节、MAPK活性的激活、半胱氨酸型内肽酶活性和蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性的负调节等。HIF-1信号通路、ABC转运蛋白、细胞色素P450对异生素的代谢、p53信号通路和细胞凋亡等信号通路是黄芪-莪术作用于胃癌的关键通路。随后,在体外实验中证明,黄芪-莪术药对能够显著下调多药耐药基因(ABCB1)、表皮生长因子受体(EGFR)、磷酸化蛋白激酶B(p-AKT)、低氧诱导因子-1(HIF1A)、B-细胞淋巴瘤因子2(BCL2)、乳腺癌易感基因1(BRCA1)、DNA聚合酶θ(PO...     

基于网络药理学的叶下珠作用机制分析

目的:采用网络药理学方法,研究探讨叶下珠的药理作用机制。方法:通过文献挖掘、TCMSP和BATMAN-TCM等数据库收集筛选叶下珠中化学成分和对应靶点,运用Cytoscape 3.7.2和STRING数据库构建化合物-靶点网络和PPI网络,筛选叶下珠发挥治疗作用关键成分及靶点。在DisGenet、DrugBank、OMIM等数据库中收集叶下珠候选靶点对应的疾病,构建候选靶点-疾病网络,通过DAVID对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,构建叶下珠关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络,预测探讨叶下珠治疗相关疾病的作用机制。结果:共收集叶下珠化合物356个,筛选154个活性化合物及651个靶标蛋白,PPI网络分析共得到36个候选靶点,对应82个化合物。关键成分有鞣花酸、柯里拉京等10个化合物,获得PTGS2、HSP90AA1、CASP3、ESR1、TNF和AKT1等10个关键靶点,对应结肠肿瘤、再灌注损伤、炎症、脑缺血和腺癌等17种疾病。GO、KEGG和关键成分-关键靶点-信号通路-疾病网络分析结果显示,其主要通过调控癌症信号通路、免疫炎症相关通路及细胞增殖凋亡信号通路等,发挥抗肿瘤、抗...     

基于网络药理学的当归四逆汤“当归-桂枝”治疗痛经的作用机制研究

目的：通过网络药理学探讨当归四逆汤中“当归-桂枝”药对对治疗痛经的可能作用机制。方法：通过中药系统药理学平台（TCMSP）检索当归四逆汤中当归与桂枝的化学成分和靶点,再通过Drug Bank数据库查询痛经相关靶点,进而构建化合物-疾病靶点网络和蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,进行基因功能富集分析和通路富集分析,并构建靶点-通路网络。结果：在中药当归中共筛选出潜在活性成分2个,桂枝活性成分7个,二者活性成分的作用靶点分别为69个和74个,其中作用于痛经的相关靶点有6个,涉及PGR、 PTGS1、 PTGS2等。化合物-疾病靶点网络共包含了7个化合物和对应靶点6个,关键化合物涉及β-谷固醇等。PPI网络包含6个节点,关键的作用靶点共涉及PTGS2、 ESR1、PGR等。基因本体（GO）富集分析得到条目4个,其中包括生物过程的相关条目有2个,与分子功能相关的条目共有2个。KEGG通路5条,涉及脂肪细胞中脂肪分解的调节、花生四烯酸的代谢和利什曼病等。结论：基于网络药理学的研究方法初步验证了当归-桂枝药对其治疗痛经的作用机制,并为进一步深入研究其作用机理奠定了良好的基础。     

基于网络药理学研究归肾丸对薄型子宫内膜大鼠的治疗作用机制

目的:该研究通过网络药理学的方法探讨归肾丸治疗薄型子宫内膜的关键核心靶点及相关信号通路等作用机制,进一步运用动物实验加以验证所得靶点,验证归肾丸对薄型子宫内膜的影响.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索归肾丸中8味中药组成的有效化学成分、活性成分靶点和靶点简称;运用GeneCards数据库和...     

基于网络药理学探讨半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制

目的:运用网络药理学方法研究半夏泻心汤治疗消化不良的作用机制。方法:运用TCMSP数据库获取半夏泻心汤有效成分及预测药物作用靶点,运用毒性与基因比较数据库(CTD数据库)获取消化不良疾病基因,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行蛋白网络可视化处理,使用DAVID工具进行GO及KEGG信号通路分析,运用cytoHubba、MCODE插件筛选关键基因。结果:半夏泻心汤靶点与消化不良疾病的交集基因共147个,功能涉及药物反应、一氧化氮合成、血管收缩、神经激素受体等方面,KEGG信号通路分析结果显示交集基因富集于与神经系统密切相关的神经活性配体-受体互作通路、胆碱能、5-羟色胺能、多巴胺能突触,及与胃肠动力密切相关的钙信号、cAMP信号、cGMP-PKG信号通路。筛选得DRD2、ADRA2C、ADRA2A、CXCL8、CHRM4、OPRM1、OPRD1、PTGER3、ADRA2B、DRD4、CHRM2共11个关键靶点基因,这些基因或蛋白与神经递质和受体、胃肠动力和感觉密切相关。结论:半夏泻心汤治疗消化不良是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节神经递质、...     

基于网络药理学的青黛治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的:利用网络药理学方法探究青黛治疗溃疡性结肠炎(UC)的作用机制,为临床上应用青黛治疗UC提供参考。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt、GeneCards、OMIM数据库,筛选出青黛治疗UC的有效化学成分及靶点,并建立可视化网络模型;利用Cytoscape 3.7. 0软件绘制成分-靶点网络关系图,并分析青黛治疗UC的核心靶点;采用Metascape基因注释工具对靶点进行生物通路富集分析。结果:共筛选出青黛化学成分29个,其中与UC相关的有效成分7个,分别是10H-吲哚并[3,2-b]喹啉、异靛蓝、靛蓝、6-(3-氧代吲哚-2-亚甲基)吲哚并[2,1-b]喹唑啉-12-酮、靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪;成分对应的治疗UC作用靶点18个,包括环加氧酶1 (PTGS1)、雌激素受体1 (ESR1)、丝氨酸蛋白酶1 (PRSS1)、雄激素受体(AR)、糖原合成酶激酶-3β(GSK3B)、细胞有丝分裂检验点激酶1 (CHEK1)、过氧化物酶增殖激活受体γ(PPARG)、乙酰胆碱酯酶(ACHE)、代谢活化酶细胞色素P450-1A1 (CYP1A1)、方烃受体(AHR)、B细胞淋巴瘤-2 (Bcl-2)、半胱氨酸蛋白酶-3 (CASP3)、半胱氨酸蛋白酶-8 (CASP8)、半胱氨酸蛋白酶-9 (CASP9)、蛋白激酶C-α(PRKCA)、对氧磷酶1 (PON1)、转录因子p65 (RELA)、B细胞κ轻肽基因增强子抑制因子激酶β(IKBKB);上述有效成分及靶点经Cytoscape 3.7. 0网络可视化后筛选出包括靛玉红、β-谷甾醇、异维他嗪在内的关键成分与PTGS1、ESR1、PRSS1、CASP3、CASP8、CASP9在内的核心基因;生物富集分析显示,青黛可能主要参与外源性凋亡信号通路、对有毒物质的反应、对有机环化合物的反应、对抗生素的反应、对类固醇激素的反应及参与调节外源性凋亡信号通路等生物过程,通过调控凋亡、p53、白细胞介素-17 (IL-17)等信号通路发挥治疗UC的作用。结论:通过网络药理学预测青黛可能是通过抑制肠道细胞凋亡、抑制肠道炎症症状、促进受损黏膜修复起到治疗UC的作用,为临床应用青黛治疗UC提供参考。     

基于网络药理学探讨抗感方抗病毒作用机制

目的 基于网络药理学方法 研究抗感方治疗冠状病毒、呼吸道合胞病毒(RSV)的作用机制.方法 借助TCMSP数据库筛选出抗感方活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选出冠状病毒 、RSV的疾病靶点.利用Cytoscape软件 、STRING数据库分别构建"药物-成分-靶点-疾病"的相互作用和潜在靶点PPI网...     

基于网络药理学探讨验证白藜芦醇抗NAFLD作用

目的:基于网络药理学、分子对接技术预测白藜芦醇抗非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)的分子机制,并根据结果在细颗粒物(PM2.5)染毒的肝细胞模型中进行验证.方法:首先通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、PubChem、DrugBank、SwissTargetPrediction数据库获取白藜芦醇相关靶点,与...     

基于网络药理学麻黄治疗肺炎的作用机制研究

目的基于网络药理学分析麻黄治疗肺炎的作用机制。方法使用TCMSP数据库收集麻黄的活性成分及靶点,通过uniprot网站筛选基因名称。使用Genecards及OMIM数据库筛选肺炎相关基因并与麻黄靶基因取交集。使用string网站构建蛋白互网络(PPI网络),并使用Cytoscape软件构建"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络,最后使用RGUI软件中CludterProfiler包进行GO富集分析和KEGG代谢通路分析。结果筛选麻黄靶点及靶基因得到21个成分的234个靶基因名称,与肺炎相关基因取交集后得到101个公共靶基因。"麻黄-靶蛋白-靶基因-肺炎"网络中degree值超过10的基因有PTGS1、NCOA2,麻黄成分有quercetin、kaempferol、luteolin、naringenin、beta-sitosterol、Stigmasterol。PPI网络中degree值50以上的有白细胞介素-6(IL-6)、表皮生长因子受体(EGFR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、有丝分裂原激活蛋白激酶(MAPK8)、Myc原癌基因蛋白(MYC)。GO富集和KEGG富集发现麻黄-肺炎体系中生物过程参与最多,且细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路是主要参与的信号通路。结论麻黄-肺炎体系存在着多分子、多靶点、多通路的作用机制。麻黄可能是通过调控IL-6、细胞凋亡通路、TNF信号通路、PI3K-Akt通路、P53信号通路等干预体内多种生物过程的方式治疗肺炎。     

基于网络药理学的四君子汤作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。