基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学方法研究枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 通过网络药理学方法，对枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制进行研究。方法 收集枳实薤白桂枝汤中5味药的有效化合物，预测这些化合物对冠心病的作用靶点，对这些靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络图构建、基因本体（gene ontology，GO）富集分析和KEGG通路注释分析，将这些化合物与靶点进行分子对接。结果 枳实薤白桂枝汤共收集到51个有效化合物，作用于31个冠心病相关靶点，PPI网络图显示ALB、ACE、REN、F2、NOS3、MAPK1、MMP9、MMP2、PPARG、SELE为10个联系最多的靶点，联系最密切的3组靶点为凝血组、斑块稳定组、其他保护组。GO富集分析显示出76个生物过程、26个分子功能、14个细胞成分，通路注释分析显示出19条通路，155组分子对接结果显示91组具有较好的结合活性。结论 枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多成分、多靶点的特点，可能通过抗凝血、稳斑块、抗氧化、抗炎症、降血脂、抑制RASS系统、增加NO保护、促进雌激素保护8个方面发挥治疗冠心病的作用。     

基于分子对接和网络药理学研究人参治疗冠心病的作用机制

目的 基于分子对接和网络药理学探讨人参治疗冠心病的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP),以化合物口服药物生物利用度(oralbioavail-ability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)为标准,筛选出人参的化合物以及治疗冠心病的作用靶点.通过String平台构建人参的靶点蛋白相...     

基于网络药理学研究瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接的研究方法分析瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的药物作用机制。方法 检索TCMSP数据库，筛选瓜蒌、薤白、半夏3味药物的主要活性成分并检索其作用靶点，根据GeneCards数据库查询与冠心病有关的靶点。Cytoscape3.7.2软件构建成分-靶点网络图，运用STRING绘制蛋白质相互作用（Protein-protein interactions，PPI）网络，分析相关生物功能注释和通路，用SYBYL-X 2.0软件完成靶基因与有效成分的分子对接。结果 筛选得到瓜蒌薤白半夏汤有效活性成分46个，药物相应靶点277个，疾病靶点450个，获取交集靶点82个，PTGS2、ADRB2、SCN5A、CASP3、NR3C2、AR等靶点处于网络图的核心位置。富集分析显示，主要通过RNA聚合酶II启动子转录的正调控、转录正调控，DNA模板、药物反应、基因表达的正调控、信号转导、缺氧反应、炎症反应等生物学过程干预冠心病；细胞组分主要涉及细胞外间隙、质膜、胞外区、胞质、细胞外泌体等；具有蛋白质结合、酶结合、蛋白质同源二聚体活性、细胞因子活性、受体结合、转录因子活性等分子功能。瓜蒌薤白半夏汤可能通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路、FoxO信号通路等发挥治疗作用；分子对接显示瓜蒌薤白半夏汤有效成分与核心靶点具有较好的结合能力。结论 本研究系统筛选了瓜蒌薤白半夏汤治疗冠心病的作用靶点和生物学机制，为后续深入研究中医药治疗冠心病的药物机制提供理论基础。     

基于复方网络药理学和分子对接技术研究丹蒌片治疗冠心病的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究丹蒌片在冠心病治疗过程中的活性成份以及可能的作用机制,为后续临床试验的广泛靶向代谢组学分析提供参考,为其治疗冠心病提供现代医学理论依据。首先通过TCMSP数据库获取丹蒌片复方中药材有效成份和药物潜在靶点,通过Drugbank和Genecards数据库筛选出冠心病疾病靶点,将筛选出的药物靶点与疾病靶点取交集,获取丹蒌片治疗冠心病的靶点集。通过String数据库对靶点集进行PPI分析,并筛选核心靶基因。基于Metascape数据库对交集基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最后采用Auto Dock、Pymol软件对丹蒌片关键作用成分与作用靶点进行分子对接验证和可视化处理。结果共筛选得到165个丹蒌片活性成份,344个药物靶点,获得冠心病疾病靶点947个,145个药物与疾病交集基因。通过GO功能富集分析和KEGG通路分析,结果主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示药物8种关键活性成分与作用靶点受体蛋白对接良好。该研究初步揭示了丹蒌片药物活性成份...     

基于网络药理学和分子对接研究华蟾素治疗胃癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究华蟾素治疗胃癌的作用机制。方法 通过药物靶点预测网站获得华蟾素成分靶点,疾病数据库获取胃癌疾病基因,将两者共同靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路分析,Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络和药物-靶点-疾病相互作用网络。通过Kaplan-Meier分析关键靶点与胃癌预后的相关性,分子对接分析华蟾素成分与关键靶点的结合情况,最后筛选出核心靶点,并通过TCGA、GEO数据库进行单因素、多因素Cox回归分析以验证其与胃癌预后的关系。结果 华蟾素治疗胃癌涉及70个靶点、1 399个生物学过程、75个分子功能、145条信号通路,通过药物-靶点-疾病相互作用网络筛选出关键化合物5个、关键靶点10个,其中与胃癌预后相关的有7个。华蟾素主要成分与胃癌关键靶点间有较好的结合活性,核心靶点为EGFR、MAPK3、ALB,与胃癌预后密切相关。结论 华蟾素治疗胃癌的关键成分为华蟾毒它灵、蟾毒它灵、华蟾酥毒基、蟾蜍色胺C、蟾毒灵,它们可能通过多靶点、多途径来发挥作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨活血温通方治疗冠心病的作用机制＊

目的 基于网络药理学和分子对接的方法探究活血温通方治疗冠心病的作用机制。方法 通过TCMSP平台检索活血温通方药物靶点，通过GeneCards数据库检索冠心病疾病靶点，使用Cytoscape软件绘制“活血温通方-冠心病网络图”，通过STRING数据库绘制蛋白质互作网络图，利用DAVID数据库进行基因富集分析，利用Autodock vina软件进行分子对接。结果 检索得到活血温通方药物靶点158个，疾病靶点3095个。核心成分为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷甾醇、7-甲氧基-2甲基异黄酮、刺芒柄花素、黄芩素等，核心靶点为TP53、IL6、VEGFA、MYC、MAPK1、EGFR等。KEGG通路富集分析得到103个条目，涉及PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心蛋白具有较好的结合能。结论 活血温通方治疗冠心病是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果，其机制可能涉及抑制细胞凋亡、减轻炎症、促进血管新生等方面。     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于网络药理学和分子对接法的益智清心方治疗阿尔茨海默病作用机制探索

目的:运用网络药理学及分子对接方法探讨益智清心方(YZQXF)对阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)的作用靶点,构建活性成分-靶点-通路网络并分析其作用信号通路,探讨其对AD的防治作用及可能的分子机制。方法:根据YZQXF药味组成,在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索各药材的有效化学成分及各成分相应的作用靶点;利用GeneCard、OMIM、PharmGKB、TTD、DrugBank数据库搜索AD相关靶点,同时将药物靶点及疾病靶点数据进行比对,获得交集靶点,上传STRING 11.5数据库对其进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析并找到核心靶点;通过Cytoscape 3.7.1构建YZQXF治疗AD的活性成分-作用靶点-通路网络;借助BioConductor软件的R语言包对作用靶点进行基因本体(GO)注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后将核心基因分别与关键靶标进行分子对接,验证YZQXF关键成分与核心靶点的作用特征。结果:YZQXF中共有43个化学成分作用于2871个AD相关靶点,共存在129个化学成分-靶点相互作用关系。YZQXF治疗AD的关键成分包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、四氢小檗碱、豆甾醇、原阿片碱、杨梅酮、氧代小檗碱、巴马汀、马卡因、小檗碱,核心靶点为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、Myc、Fos、MAPK14、Jun、核转录因子-κB p65(RELA)、蛋白激酶B1(Akt1)、MAPK8、白细胞介素-1β(IL-1B)、肿瘤蛋白p53(TP53)。GO富集得到2359个生物过程条目,主要涉及对脂多糖的反应、对细菌来源的分子反应等生物过程,膜筏、膜微域等细胞组分及G蛋白偶联受体活性、神经递质受体活性等分子功能。KEGG通路富集得到168个通路,主要包括流体剪切应力与动脉粥样硬化(fluid shear stress and atherosclerosis)、糖尿病并发症晚期糖基化终末产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路(AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications)等。分子对接结果显示,YZQXF中的关键活性成分与治疗AD的核心靶点有较好的结合性。结论:YZQXF可通过多种活性成分、多个关键靶点及多种作用途径治疗AD。     

基于网络药理学预测银杏蜜环口服溶液治疗冠心病与焦虑症的分子机制

目的:对银杏蜜环口服溶液进行网络药理学研究,探究其治疗冠心病与焦虑症的分子作用机制。方法:通过比较毒理基因组学数据库(Comparative Toxicogenomics Database,CTD)数据库获得银杏蜜环口服溶液有效成分和通过人类表型本体(HPO)数据库和Disease Connect数据库获得冠心病、焦虑症的靶点基因,运用STRING数据库,构建银杏蜜环口服溶液有效成分和冠心病,焦虑症的靶点基因网络。通过DAVID数据库综合比较分析,获得银杏蜜环口服溶液治疗冠心病,焦虑症的靶点基因的基因本体(Gene_Ontology,GO)功能和生物学通路。结果:银杏蜜环口服溶液的靶点基因网络有磷酸酶与张力蛋白同源物(PTEN),白细胞介素-10(IL-10),Smad3等32个基因,557个GO功能如生物质量调控、脂质稳态、睡眠的恒定机制等,20条京都基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)与冠心病重叠;有死骨片蛋白1(SQSTM1),超氧化物歧化酶1(SOD1),对氧磷酶1(PON1)等16个基因,260个GO功能如发育过程、细胞成分组织、声音的感官知觉等,10条KEGG通路与焦虑症重叠。经文献验证有10条通路和冠心病相关,4条通路与焦虑症有关。结论:银杏蜜环口服溶液可能通过干预MAPK信号通路同时对冠心病和焦虑症起到治疗效果。     

基于网络药理学与分子对接的半夏泻心汤治疗腹泻型肠易激综合征作用机制研究

目的：通过网络药理学及分子对接研究半夏泻心汤治疗腹泻型肠易激综合征（IBS-D）的分子作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中检索半夏泻心汤主要的有效成分和靶标。在GeneCards、OMIM、DrugBank、PharmGKB数据库中寻找IBS-D的疾病效应靶点,并应用Cytoscape软件构建半夏泻心汤药物-活性成分-靶点网络。对药物成分靶点与疾病靶点取交集,利用STRING数据库建立蛋白质的交互作用网络,以解析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）关系。对核心靶点展开基因本体（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用AutoDock软件对主要的活性成分与核心蛋白进行分子对接,以评价其结合能力。结果：半夏泻心汤中含有143个活性化合物;化合物靶点与IBS-D疾病靶点有58个交集靶点;通过药物-活性成分-靶点网络推测半夏泻心汤治疗IBS-D的关键成分有槲皮素、汉黄芩素、山柰酚、金合欢素、甘草查耳酮A、黄芩素等,PPI网络中核心靶点为原癌基因蛋白Jun (JUN)、FOS、核转录因子-κB (NF-κB) p65 (RELA)、蛋白激酶B1 ...     

网络药理学方法探讨活血化瘀中药治疗冠心病作用机理

目的:采用网络药理学方法研究活血化瘀中药,探索其治疗冠心病有别于西药的独特作用机理。方法:选择活血化瘀中药丹参、红花、川芎、灯盏花、桃仁、三七、赤芍为研究对象,依据TCMD2009数据库得到其对应的322个化学成分,进而在STITCH数据库中搜集得到与化学成分对应的218个靶标;选取治疗冠心病的临床常用西药的作用靶标;通过文献查找与冠心病密切相关的靶标;利用Reac-tome数据库找到靶标所在的通路;采用Cytoscape软件分别构建出活血化瘀中药作用网络、西药作用网络及冠心病疾病网络模型。结果:网络拓扑结果分析表明,所建立3个网络模型是服从幂律分布的无标度网络,无标度特性值按冠心病、西药和中药分别为γ1=1.741,γ2=1.719,γ3=1.808,网络模型具有稳定性和鲁棒性。3个网络对比计算筛选得到中药与西药治疗冠心病相同的作用节点138个,中药独特作用节点397个。结论:中药治疗冠心病确存在有别于西药治疗的独特作用途径,有待深入分析和挖掘。     

基于网络药理学及分子对接分析熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制

目的:通过网络药理学及分子对接探讨熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。方法:基于毒性与基因比较数据库(comparative toxicogenomics database,CTD),Drug Bank数据库,中药系统药理学数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)等检索熊果酸的潜在治病靶点。通过DAVID生物信息学资源(DAVID bioinformatics resources)数据库对潜在靶点进行通路富集分析,STRING进行蛋白相互作用,采用分子对接技术(i GEMDOCK,Systems Dock)对熊果酸和类风湿性关节炎靶标蛋白进行能量匹配。筛选发挥抗类风湿性关节炎作用的潜在靶点。结果:收集相关靶标蛋白66个,DAVID通路富集得到27条信号通路(P0.01),其中类风湿性关节炎通路关键靶标蛋白11个(基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,白细胞介素-6,转录因子AP-1,肿瘤坏死因子,血管内皮生长因子A,集落刺激因子-2,白细胞介素-1β,转化生长因子-β1,细胞黏附分子-1,原癌基因蛋白c-Fos)。通过蛋白相互作用发现有4个靶标蛋白具有实验数据支持。通过分子对接表明熊果酸主要通过基质金属蛋白酶-1,基质金属蛋白酶-3,肿瘤坏死因子,转录因子AP-1,白细胞介素-1β发挥抗类风湿性关节炎的作用。结论:本研究结果初步揭示熊果酸抗类风湿性关节炎的分子机制。     

基于网络药理学和分子对接探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤的作用机制

目的 基于网络药理学和实验验证探究防己茯苓汤治疗缺血再灌注急性肾损伤（AKI）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库和文献挖掘收集防己茯苓汤活性成分,利用SwissTargetPrediction预测活性成分作用靶点;借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、疾病相关的基因与突变位点数据库（DisGeNET）、治疗靶标数据库（TTD）收集AKI靶点;利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用Metascape平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图和活性成分-作用靶点-信号通路网络图;使用AutoDock进行分子对接;最后采用动物实验验证分析结果。结果 筛选出防己茯苓汤活性成分137种及药物靶点858个,AKI疾病靶点1 294个,防己茯苓汤治疗AKI作用靶点267个,其中磷脂酰肌醇3-激酶调节亚基1（PIK3R1）、磷脂酰肌醇3-激酶催化亚单位α（PIK3CA）、原癌基因酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1（Akt1）、促分裂原活化的蛋白激酶3（MAPK3）为防己茯苓汤治疗AKI的关键靶点,GO富集分析得到1 609个结果,主要涉及细胞对脂质的反应、膜筏、蛋白激酶活性等,KEGG通路分析则与PI3K/Akt信号通路、趋化因子信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路等140条通路有关,分子对接则发现核心活性成分和关键靶点均有良好的结合能力,苏木精-伊红（HE）染色结果表明防己茯苓汤能明显改善AKI的病理学状态,血清学结果则显示血清肌酐（SCr）、尿素氮（BUN）水平明显下降。结论 该研究初步探讨了防己茯苓汤治疗AKI的作用机制,发现防己茯苓汤治疗AKI具有多成分、多靶点、多通路的作用特点,为后续进一步深入研究具体作用机制奠定基础。