广州市2004-2005年HIV-1毒株env基因V3区特征分析

目的了解广州市HIV-1流行株序列变异特征。方法随机选取广州市2004-2005年采集并确认的HIV-1抗体阳性的92份全血样本,提取其前病毒DNA,用nest-PCR分别扩增gag和env区基因,并测定、分析序列。结果经系统进化树分析92份样本中34份(36.9%)为CRF01_AE,40份(43.5%)为CRF07_BC,7份为CRF08_BC,7份为B,2份为B’,2份为C。V3环顶端四肽分析显示:14份CRF01_AEV3环顶端四肽存在GPGQ(9份)、GPGR(1份)、GPGK(2份)和GPGH(2份)4种类型;17份CRF07_BC和2份C亚型毒株V3环顶端四肽均为GPGQ;5份B亚型中4份为GPGR,1份为GLGR;2份B’亚型中1份为GPGQ,1份为GPGR。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示:50%(7/14)的CRF01_AE、88.2%(15/17)的CRF07_BC和2份C亚型毒株可能使用CCR5,2份B和1份B’亚型毒株可能使用CXCR4,其余毒株不能作出预测。结论广州市2004-2005年发现的HIV-1主要流行株CRF01_AEV3环顶端四肽变异较大,CRF07_BCV3环顶端四肽高度保守,该两种毒株中大部分可能为使用CCR5辅助受体的巨噬细胞噬性/NSI型毒株。     

广西HIV-1双阳家庭病毒基因亚型及细胞嗜性分析

目的了解广西地区HIV-1双阳家庭的病毒基因亚型分布特征,同时分析env基因V3环序列变异特征及其辅助受体使用情况。方法收集2014—2015年在广西南宁市、柳州市、桂林市、贺州市、钦州市和贵港市共6个市疾病预防控制中心确证为HIV-1感染者的血浆样本,研究对象共来自95个双阳家庭。采用巢式PCR扩增HIV-1 env区基因,利用Sequencher、Bio Edit、Mega软件对序列进行拼接、整理和分析。结果本研究共分析166例HIV-1双阳家庭感染者env基因V3环序列,共发现6种亚型毒株,其中CRF01-AE为146例,构成比最大(87.95%);发现2例非流行重组体(URF)0107亚型;对CRF01-AE、CRF07-BC和CRF08-BC三种亚型的基因距离进行分析,发现其基因离散率相差不大。在HIV-1不同亚型毒株的四种gp120 V3环顶端四肽中,主要以GPGQ为主(85.54%);共有110(66.27%)条序列的毒株被预测为使用CCR5作为辅助受体,56条(33.73%)被预测为使用CXCR4作为辅助受体,没有发现R5/X4双嗜性毒株。结论在广西HIV-1双阳家庭中,流行毒株以CRF01-AE为主;毒株的gp120 V3环顶端四肽以GPGQ为主。广西HIV-1双阳家庭病毒株主要表现为巨噬细胞嗜性的非合胞体诱导型。     

广西HIV-1毒株膜蛋白V3环氨基酸变异分析

目的了解广西HIV-01亚型膜蛋白v3环的氨基酸序列特征及变异特点。方法应用nest—PCR对46份来自广西主要流行区的HIV-1重组毒株env基因区进行扩增后，使用ABI 310型测序仪测序，然后应用CLUSTAL、MEGA和dnatools等生物学软件对env基因区V3环及其临近区域的氨基酸序列进行分析。结果46份基因序列，43份为CRF01-AE（93．48％），3份为CRF08-BC（6．52％）；V3环氨基酸序列分析显示，CRF01-AE毒株存在7种类型：GPGQ（74．4％）、GPGR（9．3％）、GPGK（4．7％）、GPGH（4．7％）、GPGA（2．3％）、GRGE（2．3％）和RPGE（2．3％），而CRF08-BC毒株V3顶端四肽为GPGQ；根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况，结果显示：60．47％的CRF01-AE重组毒株可能使用CCR5为辅助受体，39．53％不能对辅助受体的使用做出预测，CRF08-BC重组毒株100％可能使用CCR5。结论目前广西HIV-1的主要流行株是CRF01-AE；V3环序列高度变异，顶端四肽主要是GPGQ，可能为NSI型毒株。     

昆明市静脉吸毒感染者HIV-1env基因C2-V4区序列特征分析

目的 分析昆明市静脉吸毒（intravenous drug user,IDU）感染者艾滋病病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1） env基因C2-V4区序列特征及代表性广谱单克隆中和抗体（broadly monoclonal neutralizing antibodies,bmNAbs）的表位变异。方法 在昆明市收集165份IDUHIV-1感染者血浆样品,提取RNA,通过逆转录得到cDNA,巢式聚合酶链反应（nested-polymerase chain reaction,nested-PCR）扩增HIV-1膜蛋白基因C2-V4区,应用BioEdit和MEGA等生物信息软件分析所获得序列的特征,并分析2G12、PGT135、PGT128、b12和VRC01等bmNAbs的表位变异。结果 165条序列主要为CRF08_BC （74.55%）和CRF07_BC （23.03%）重组毒株,各可变环变异程度由小到大为V3区 < C3区 < V4区,并且CRF08_BC样本的C2-C4、V3区、C3区和V4区基因离散率分别大于CRF_07BC的相应区域;V3环顶端四肽存在5种类型：GPGQ （95.76%）、GPGR （1.82%）、GPRQ （1.21%）、GPGL （0.61%）和RPGQ （0.61%）;辅助受体主要为CCR5（97.58%）。90%以上的CRF08_BC和CRF07_BC重组毒株存在与2G12识别相关的糖基化位点的缺失;而b12、VRC01、PGT135和PGT128等抗体识别的位点在CRF08_BC和CRF07_BC重组毒株中的变异率低。结论 CRF08_BC和CRF07_BC为昆明市IDU感染者的主要流行毒株;CRF08_BC基因离散率高于CRF07_BC毒株;V3区序列变异程度小于C3区及V4区;2G12、PGT135、PGT128、b12和VRC01等代表性bmNAbs表位在CRF08_BC和CRF07_BC毒株存在不同程度的变异。     

深圳地区HIV-1主要流行亚型Env基因V3环氨基酸变异分析

目的 了解深圳市HIV-1主要流行亚型Env基因V3环氨基酸序列变异特征.方法 采用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增HIV-1 Env区,对扩增产物进行基因测序,应用MEGA软件对序列进行整理和分析.结果 深圳市HIV-1主要基因亚型为01-AE亚型179例(54.41％),07-BC亚型86例(26.14％).共发现8种V3环顶端四肽类型,其中主要类型为GPGQ和GPGR; 07-BC、08-BC和C亚型顶端四肽全部为GPGQ,01-AE和B亚型顶端四肽具有多种形态且两亚型间的分布有统计学差异;GPGQ和GPGR在01-AE和C亚型的分布情况与全国相符,在B亚型中分布与全国相比有统计学差异;01-AE、B亚型V3区基因离教率明显高于其他亚型;B亚型V3区11和25位单独和同时被带正电荷氨基酸替代达19例和3例,而01_AE亚型有7例11位单独被正电荷取代,07-BC、08-BC、C亚型仅有1例11位单独被正电荷氨基酸取代.结论 2009年深圳市HIV-1毒株主要呈巨噬细胞嗜性,只有极少部分毒株转变为T细胞嗜性;B亚型相对其他亚型V3区具更大变异性.     

深圳地区吸毒人群HIV-1分子流行病学调查

目的 了解HIV-1毒株亚型在深圳地区吸毒人群中的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集1996-2008年深圳地区吸毒人群HIV确认阳性样本166例,应用巢式聚合酶链反应(nPCR)技术,对样本膜蛋白基因(env)进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定和分析.结果 166份样本中共存在CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC3种重组毒株以及B′、C、A13种亚型;其在所有分析样本中的比例分别为65.06%(108/166)、19.88%(33/166)、6.02%(10/166)、7.23%(12/166)、0.60%(1/166)和1.20%(2/166);系统进化分析发现,不同时间段HIV-1各亚型出现较明显的汇聚现象;3个不同时间段所流行的CRF01_AE、CRF07_BC亚型组内及与标准参考株间的基因离散率有较为显著性的增大趋势.结论 深圳地区吸毒人群HIV-1流行毒株以CRF01_AE重组亚型为主,其次是CRF07_BC重组亚型,也存在CRF08_BC、B′、C、A1亚型,并且各亚型在流行过程中已发生较大变异.     

云南省人类免疫缺陷病毒-1亚型分析

目的 研究云南省人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)亚型的地理及人群分布.方法 采集云南省2001-2006年1319名HIV-1感染者血液标本,分离血清后提取病毒RNA,用巢式PCR方法对gag基因片段进行扩增.扩增产物经基因序列测定,测序结果用进化树分析方法进行亚型分析.结果 成功获得了644名HIV感染者的基因序列,发现云南存在7种HIV-1亚型的流行,包括CRF08_BC、CRF07_BC、CRF07/08_BC,CRF01_AE、C、B'及URFB/C.C/CRF07_BC/CRF08_BC在各地均存在,而CRF01_AE主要存在于与缅甸接壤的德宏、保山、西双版纳和普洱.此外,还发现在感染C/CRF07_BC/CRF08_BC的人群中,61.6%(270/438)为注射吸毒感染,而感染CRF01_AE的人群中,注射吸毒传播仅占8.5%(15/177).结论 云南省存在7种HIV-1亚型流行,亚型分布与传播途径相关,并存在地域分布上的差异.     

HIV-1 gp41基因片段亚型多样性研究

〔目的〕应用HIV-1 env gp41基因分型技术进行出入境HIV感染者HIV-1亚型多样性研究。〔方法〕采用套式逆转录PCR方法对env gp41和gp120(C2-V3区)进行基因扩增、测序、亚型对比分析,以及应用威斯康星GCG公司软件进行系统树分析和用美国Los Alamos国家实验室的HIV-Blast软件进行序列的亚型鉴定。〔结果〕对22份样本的gp41和gp120(C2-V3区)的基因亚型进行对比分析,结果表明gp41和gp120(C2-V3区)在亚型上具有一致性。对65例来自中国、非洲、欧洲、美洲和东南亚的出入境HIV-1阳性者进行gp41扩增基因亚型分析,发现有A、B、C、D、F1、G亚型和重组亚型AC、01_AE、02_AG、07_BC、08_BC、06_cpx、18_cpx共计13种亚型,其中重组株占33.8%(22/65)。中国籍出入境感染者包括了A、B、C、D、F1、G亚型和重组亚型01_AE、02_AG、07_BC、08_BC在内的10种亚型,其中重组株占25%(7/28)。〔结论〕用gp41替代gp120(C2-V3区)进行HIV-1亚型分析较为理想。出入境人群中HIV感染者感染的HIV毒株几乎包括了全球流行的所有亚型,多种国内少见的亚型已经通过国际旅行者传入国内。     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

2018年珠海市HIV-1基因型及耐药分析

目的 了解2018年广东省珠海市新确诊且未接受抗病毒治疗的HIV-1抗体阳性病例不同感染途径病毒亚型分布和耐药情况。 方法 收集研究对象血浆标本207份,提取病毒RNA,采用巢氏RT-PCR扩增HIV -1多聚酶pol区,测序定型和耐药分析。 结果 在男男性行为者中流行基因型为CRF07_BC(43.3%)、CRF01_AE(36.1%)和CRF55_01B(13.4%);在异性性感染人群优势基因型为CRF01_AE(52.5%)、CRF07_BC(31.1%)和CRF08_BC(6.6%);在3例注射吸毒感染人群检出CRF01_AE;有1例血源性感染病例检测基因型为H亚型;在MSM和异性性感染人群产生低度耐药,低度耐药率分别为4.1%和4.9%;在注射吸毒和血源性传播感染人群未检出耐药病例。 结论 在经性传播途径感染HIV-1多种基因型共同流行,以CRF01_AE和CRF07_BC基因型为主;在四类人群未检出低度以上耐药病例,总体传播性耐药呈低度流行。     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

不同亚型HIV感染者免疫恢复研究将助力精细化抗病毒治疗

正据2018年我国分子流行病学调查结果显示,HIV-1 CRF01_AE和CRF07_BC分别占当年报告感染者人群的36.2%和40.8%,其已成为我国艾滋病主要流行毒株。现今,有关艾滋病治疗后免疫恢复的研究大多数针对是欧美地区的HIV-1 B亚型患者,而对于感染CRF01_AE和CRF07_BC亚型人群研究较少,因此有必要深入探究不同亚型患者的免疫恢复进展情况及其与宿主免疫之间相互作用的差异,这对于制订更加精细化的HIV治疗方案至关重要。     

无锡市2013-2016年HIV-1亚型及进化分析

目的了解无锡市HIV-1亚型流行及进化特征,为预测本地HIV-1疫情变化提供参考依据。方法样本来源于2013年4月至2016年7月无锡市部分CD4+T淋巴细胞监测队列,进行HIV-1基因的扩增和测序,采用ChromasPro 1.6和MEGA 7.0软件构建HIV-1序列数据库;采用FastTree 2.1.10和BEAST 1.7.2软件和贝叶斯系统进化推断法重构HIV-1历史传播情况,采用SPSS 22.0软件进行统计学分析。结果有205例HIV-1感染者,其中≥50岁占32.68%(67/205)。共检测出CRF01_AE、CRF07_BC、CRF67_01B、B、CRF08_BC、CRF68_0B、CRF78_cpx 7种HIV-1基因型及1例独特重组型。流行亚型以CRF01_AE(51.67%,93/180)及CRF07_BC(17.22%,31/180)为主,不同亚型之间传播方式的差异有统计学意义(χ2=16.99,P≤0.05)。CRF67_01B型(12.78%,23/180)所占比例较高。贝叶斯系统进化推断法分析结果显示,无锡市CRF67_01B型进化率为2.29×10-3,最近共同祖先时间约为2003.10年,与江苏省及安徽省来源的参考株可能存在亲缘关系,CRF67_01B型于2003年开始在无锡市出现传播。结论2013-2016年无锡市HIV-1亚型复杂多样,CRF67_01B型已经开始在无锡市流行,应持续监测HIV-1亚型变化,从分子角度为疫情预测提供参考依据。     

北京地区2006 - 2010年女性HIV-1感染者流行毒株分子特征研究

目的分析北京地区女性HIV-1感染者流行毒株分子特征。方法随机采集2006 - 2010年北京地区新发现女性HIV-1感染者的抗凝全血标本100份,分离血浆,提取病毒RNA,用反转录藻式聚合酶链反应扩增病毒gag基因,并进行序列测定和亚型分析。结果系统进化分析确定北京地区女性HIV-1感染者存在A1(1),A2(1),B(3),B''(23),C(8),G(2),H(1),CRF01_AE(18),CRF02_AG(3),CRF06_cpx(1),CRF07_ BC(4),CRF08_BC(4)和B''/C (3) 13种亚型,其比例分别为1.22%,1.22%, 3.66%, 28.05%, 9.76%, 2.44%,1.22%, 21.95%, 3.66%,1.22%,17.07%, 4.88%和3.66%, B'', CRFO1_AE和CRF07_BC为主要亚型,6种少见亚型(A1,A2,G,H,CRF02_AG和CRF06_cpx)合计占1.0%。结论北京地区女性HIV-1感染者流行毒株遗传多样性高于男性,B’亚型比例高,少见亚型比例也较高。     

深圳市2002-2009年HIV-1 CRF01-AE亚型Env基因V3环变异研究

目的了解深圳市2002-2009年CRF01-AE亚型Env基因V3环变异特征。方法采用Nested-PCR扩增Env区,对扩增产物进行测序,利用MEGA软件进行基因序列整理和分析。结果从2002-2009年,深圳市CRF01-AE亚型Env基因离散率从9.09%增长至13.13%,呈逐年递增趋势;共发现10种V3环顶端四肽类型,其中主要类型为GPGQ(77.38%)、GPGR(16.32%),所有类型顶端四肽比例在各年份存在上下波动趋势;每个时间段都有至少91.00%毒株使用CCR5作为辅助受体,1.00%～9.00%毒株不能做出预测,没有可被预测为使用CXCR4为辅助受体的毒株。结论从2002-2009年深圳市CRF01-AE亚型病毒变异随流行时间不断加大;V3环顶端四肽类型中GPGR比例变化最大;深圳地区大部分CRF01-AE毒株为巨噬细胞嗜性。     

绍兴市HIV-1未治疗人群潜在耐药性研究

目的了解浙江省绍兴市新确诊HIV-1感染者传播性耐药情况。方法分析2013年-2014年绍兴地区新确认未经抗病毒治疗的130例HIV-1感染者样本,采用逆转录PCR和巢氏PCR方法扩增HIV-1的pol基因区全长,构建系统进化树分析基因亚型,参照美国斯坦福大学HIV耐药数据库,确定HIV耐药突变位点及其对各种抗逆转录病毒药物的敏感性。结果共90例样品获得合格的pol区序列结果,发现CRF01_AE、CRF07_BC、CRF08_BC、B和重组亚型CRF01_AE/CRF07_BC 5种亚型。34例样品出现耐药突变,占37.78%;7例样品同时存在2个耐药突变,均为次要耐药位点,其中CRF01_AE亚型4例,CRF07_BC、CRF08_BC和B亚型各1例;27例样品出现1个耐药突变,其中主要耐药位点突变11例(12.22%),次要耐药位点突变23例(25.56%)。NNRTIs的耐药突变位点包括V179D/E、K103N;蛋白酶区的次要耐药突变位点有A71V、L10I、L31I、I47M;整合酶区的次要耐药突变位点包括L74I/M、L68V、E157Q、A128T。结论绍兴市HIV原发耐药突变率相对较高,HIV病毒有较高的潜在耐药性,应加强监测。     

有偿供血者HIV感染分子流行病学研究

目的:了解河北省有偿献血员中HIV-1基因亚型特点和传播途径。方法:采集HIV感染者的全血样品,分离外周血单核细胞(PBMC),提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应(nested-PCR),扩增HIV-1的env基因的C2-V3区并进行序列测定和亚型分析。结果:对7份HIV-1感染者的样品,扩增得到了7份HIV-1 env C2-V3基因片段,经序列测定和基因分析7份样品均为B′亚型。组内基因离散率8.83%±4.01%(n=7),基因序列与云南瑞丽株rl42(泰国B亚型)相近。V3环顶端四肽存在3种类型:GPGQ(4/7)、GPGR(2/7)以及GPGK(1/7)。结论:在河北省有偿献血员中B′亚型仍是主要的流行亚型,可能来源于云南吸毒人群。V3环顶端四肽以GPGQ为主。     

珠海市男男性行为人群HIV-1感染者原发性耐药基因突变分析

目的 研究珠海市男男性行为（MSM）人群中未经治疗的HIV-1感染者耐药突变发生和基因亚型分布。方法 采集2011—2016年珠海市386名未经治疗的MSM人群HIV-1抗体阳性血浆标本,提取病毒RNA,采用In-house方法扩增HIV-1 pol基因并进行测序,通过系统进化树和数据库分析基因亚型和耐药情况。结果 共得到309份样本的pol区序列。CRF07_BC（占48.87%,151/309）和CRF01_AE（占32.03%,99/309）重组亚型占主要地位,其次是CRF55_01B亚型（30/309,占9.71%）。原发性耐药率为1.29%（4/309）,传播性耐药（TDR）相关突变率为15.53%（48/309）,30例CRF55_01B亚型中有25例出现TDR相关突变,位点均在非核苷类反转录酶抑制剂（NNRTIs）的V179E。结论 珠海市MSM人群HIV-1基因亚型以CRF01_AE和CRF07_BC重组亚型为主,其他多种基因亚型共同流行;该人群HIV-1耐药率处于低度水平,应关注复杂的亚型组成、CRF55_01B亚型高占比及大部分携带V179E突变等特点,加强对该人群耐药株的监测。