基于网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌的作用机制

目的：通过网络药理学探讨玉屏风散治疗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对玉屏风散中所含药物进行检索,得到玉屏风散活性成分所对应的靶基因,再利用GeneCards数据库筛选肝细胞癌所对应的基因,利用Cytoscape 3.7.2软件绘制“药物-疾病-成分-靶点”网络图。使用STRING数据库将所得数据进行导入,构建玉屏风散治疗肝细胞癌的核心靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,然后将以上所得数据导入至Cytoscape 3.7.2中进行网络拓扑参数分析,并以Degree值大于平均值进行筛选,最终得到玉屏风散治疗HCC的核心靶点的相关信息,将核心靶点在DAVID数据库中进行导入,以进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果：玉屏风散的活性成分对应靶点共92个,其中有效成分包括细胞肿瘤抗原P53、凋亡调节剂Bcl-2、血管内皮生长因子受体2、白细胞介素-6(IL-6)等,在其治疗肝细胞癌中共筛选出IL-6、TP53、TNF、NOS3、ESR1、JUN、PTGS2等26个的核心靶点。结论：玉屏风散治疗...     

当归四逆汤治疗肝细胞癌作用机制的网络药理学分析

目的:通过对当归四逆汤的网络药理学分析,探讨当归四逆汤治疗肝细胞癌的潜在抗肿瘤靶点及作用机制,为后续研究提供有针对性的指导。方法:利用Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP)网站及Swiss Target Prediction网站建立当归四逆汤有效成分及靶点数据库,利用Comparative Toxicogenomics Database(CTD),Therapeutic Target Database(TTD),Human Phenotype Ontology(HPO)网站建立肝细胞癌相关靶点数据库,并与当归四逆汤靶点数据库相匹配。在匹配结果的基础上,应用STRING网站分析靶标之间的相互作用,并利用The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)网站进行基因本体论(gene ontology,GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,运用Cytoscape 3. 6. 0软件进行网络分析。结果:共发现当归四逆汤治疗肝细胞癌的56个可能的重要靶点,经GO富集分析得到106个细胞生物学过程,经KEGG富集分析得到23个相关通路,其中主要包括TNF信号通路,FoxO信号通路,Toll样受体信号通路,p53信号通路,磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路,腺苷酸激活蛋白激酶(AMPK)信号通路,两面神激酶(JAK)/信号传导及转录激活因子(STAT)信号通路等。结论:当归四逆汤对肝细胞癌的治疗作用可能是多靶点、多途径、多层次的。并且可以推测槲皮素和山柰酚可能是其中比较重要的2个有效成分,PI3K/Akt信号通路和MAPK信号通路可能是本方发挥作用比较重要的两条信号通路。本研究不仅有助于更好地理解当归四逆汤抗肝细胞癌的作用机制,而且提供了利用网络药理学开发新的中医药候选药物的策略。     

基于网络药理学和分子对接分析双莲方治疗肝细胞癌的作用机制

目的 使用网络药理学和分子对接方法,探讨双莲方治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的潜在作用机制.方法 在TCMSP平台筛选双莲方活性成分与靶点,使用GeneCards数据库得到HCC靶点.利用Cytoscape软件构建"中药-活性成分-靶点-疾病"网络和PPI网络,并使用Autod...     

基于网络药理学的麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘作用机制

目的利用网络药理学技术,探索麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的作用机制。方法基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取麻黄、甘草的化学成分及其作用靶点,UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,通过OMIM数据库获取哮喘相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建"中药活性化合物-关键靶标-主要通路"多维网络关系图。结果筛选出115个活性成分,12个作用于小儿哮喘的蛋白靶点;GO富集(P0.01)提示有24个生物过程条目、3个分子功能条目、3个细胞组分条目,KEGG富集29条通路(P0.01),关键靶点包括TNFRSF1A、TNF、IKBKG、TP53、NFKBIA、IKBKB等,关键通路包括细胞凋亡、NF-κB信号通路、TNF信号通路、小细胞肺癌、脂肪细胞因子信号通路、RIG-I样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等。结论该研究通过网络药理学初步揭示了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的多维调控网络,从多角度探索了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的潜在分子机制及药理作用,为其的临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学和免疫浸润探讨荜茇抗血吸虫病相关肝细胞癌的作用机制

目的：通过网络药理学和免疫浸润探讨中药荜茇抗血吸虫病相关肝细胞癌的作用机制。方法：通过TCMSP、TCMIP数据库查找荜茇主要化学成分及其作用靶点;通过GeneCards、OMIM、TTD数据库收集血吸虫病及肝细胞癌相关靶点,构建“药物-成分-靶点”和“成分-靶点-通路”网络图,对药物和疾病的交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析;通过R语言对交集靶点进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过GEPIA和UALCAN数据库对潜在靶点进行表达差异及生存预后分析;通过TIMER数据库对核心靶点进行免疫浸润分析。结果：获得荜茇抗血吸虫病及肝细胞癌潜在靶点11个,其中肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-1β(IL-1β)、白细胞介素-6(IL-6)、白细胞介素-10(IL-10)、环加氧酶2(PTGS2)等可能是荜茇发挥作用的潜在靶点;KEGG通路富集主要涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、C型凝集素受体信号通路等,生物信息学结果表明葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G6PD)可能在荜茇治疗血吸虫病相关肝细胞癌过程中发挥重要作用。结论：本研究初步预测了荜茇...     

基于网络药理学探究柴胡-石菖蒲治疗癫痫的作用机制

目的：基于网络药理学方法探讨中药配伍“柴胡-石菖蒲”的有效活性成分,探讨该药对配伍同疾病的相关通路和关键靶点,明确治疗癫痫的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台检索中草药柴胡、石菖蒲的有效活性成分及靶点,在GeneCards数据库中查找癫痫疾病相关的基因靶点,通过String数据库建立蛋白质相互作用网络,在Metascape软件中对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：获得柴胡的有效成分56种,石菖蒲的有效成分28种,药物靶点285个,疾病靶点1 523个,筛选得到潜在药物治疗靶点71个。GO功能富集分析结果表明主要可能与对激素的反应、细胞对氮化合物的反应、细胞群增殖的负调控等有关。KEGG信号通路富集分析结果表明主要与癌症通路、缺氧诱导因子（Hypoxia Inducible Factor,HIF）-1信号通路及白细胞介素（Interleukin,IL）-17信号等通路相关。结论：柴胡-石菖蒲药对能通过多种有效活性成分、多种途径、多种靶点起到控制癫痫的作用。     

基于网络药理学分析钩藤-白芍治疗小儿抽动障碍的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨钩藤、白芍治疗小儿抽动障碍(TD)的作用靶点及相关信号通路,以明确其作用机制.方法:在TCMSP数据库中检索钩藤、白芍化学成分并筛选作用靶点,并检索相关文献进行补充;从GENECARD、OMIM、TTD及DrugBank数据库检索与抽动障碍相关的疾病靶点,利用Cytoscape 3.7.0软件构建化合物-靶点网络,并筛选核心网络,进行GO功能和KEGG通路富集分析.结果:共筛选出钩藤治疗TD的化合物30种,与之相对应的作用靶点590个;白芍治疗TD的化合物7种,与之相对应的作用靶点81个.活性成分靶点与抽动障碍疾病靶点的交集基因共37个,交集基因的PPI网络共包含节点37个、边198条,平均节点度值为9.89.GO分析结果显示,上述交集基因的分子功能主要包括G蛋白耦联受体活性、儿茶酚胺结合、神经递质受体活性等,生物过程主要涉及腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号、化学突触传递等,细胞组分主要包括突触膜固有成分、突触后膜等.KEGG分析结果显示,信号通路主要涉及神经活性配体-受体相互作用信号通路、钙信号通路、cGMP-PKG信号通路、cAMP信号通路、PI3K-Akt信号通路等.结论:本研究初步验证了钩藤-白芍治疗TD的药理学作用机制,为进一步从细胞生物学层面验证其作用机制奠定了基础.     

基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的：运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonary fibrosis,PF)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果：筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B (PI3K...     

基于网络药理学探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制

目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病...     

基于网络药理学探析瑞香狼毒活性成分治疗晚期肝细胞癌的分子机制＊

目的 探析瑞香狼毒活性成分治疗晚期肝细胞癌的分子机制。方法 首先通过检索中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）筛选瑞香狼毒中的活性成分及其对应的靶蛋白分子,通过IPA软件数据库筛选晚期肝细胞癌相关分子。利用软件网络分析功能分别构建靶蛋白分子和晚期肝细胞癌相关分子的分子网络。通过软件比较功能,分析二者共同作用的生物学通路及作用位点。结果 从中药瑞香狼毒中筛选出4个活性成分,其对应的靶蛋白共18个,从IPA软件中选出晚期肝细胞癌相关基因共40个。前者主要的分子网络功能是与组织损伤、机体异常及心血管疾病相关,后者的分子网络功能主要与癌症、消化道疾病及肝脏疾病相关分子有关,且各自有不同的信号通路富集。对比前5位共有的信号转导通路,发现PI3K/AKT信号通路是共有的重要信号通路之一。PI3KCG、HSP90、PTGS2是瑞香狼毒活性靶蛋白中调控PI3K/AKT信号通路的作用分子。结论 本研究推测瑞香狼毒可能通过PI3KCG、HSP90、PTGS2调控PI3K/AKT信号通路,来抑制肿瘤血管生成,发挥抗肿瘤作用。     

基于网络药理学探讨二至丸治疗肝细胞癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法,探究二至丸治疗肝细胞癌(HCC)的可能作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集二至丸成分--女贞子和墨旱莲的候选活性成分及其对应的靶标。利用Uni Prot数据库和人类基因组注释数据库(Genecards)结果相比对,获得二至丸与肝细胞癌重合的潜在靶标基因。使用Cytoscape3.6.0软件构建二至丸的"候选成分-作用靶标"网络。使用omicshare平台将药物靶蛋白和疾病靶点相映射,并绘制Venn图。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与二至丸的活性成分进行分子对接。利用Database for Annotation,Visualization and Integration Discovery(DAVID)生物信息资源数据库,对二至丸的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和GO分类富集分析。结果:共从二至丸中筛选得到21个候选活性成分,包括β-谷甾醇(beta-sitosterol),槲皮素(quercetin),木犀草素(luteolin),去甲蟛蜞菊内酯(demethylwedelolactone),山柰酚(kaempferol)等,和151个作用靶标,包括肿瘤坏死因子(TNF),血管内皮生长因子(VEGF),氨基端激酶(c-JUN),原癌基因(c-MYC),基质金属蛋白酶-9(MMP-9)等,主要涉及乙型肝炎(Hepatitis B),TNF,磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt),肿瘤抑制基因p53,Toll样受体家族(Toll-like receptor)等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了二至丸治疗肝细胞癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

基于网络药理学和分子对接技术的白芍治疗抑郁症作用机制探讨

目的:利用网络药理学方法和分子对接技术探讨白芍治疗抑郁症的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选出白芍的活性成分及相关靶点;使用DisGeNET、GeneCards等数据库筛选抑郁症潜在靶点,得到活性成分与疾病的交集靶点;通过STRING数据库构建活性靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用R语言中CludterProfiler程序包进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)代谢通路分析;采用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点-通路网络;通过Discovery Studio 2016软件对核心配体小分子和受体大分子进行分子对接分析。结果:筛选得到白芍相关活性化合物8个,相关靶点77个,白芍与抑郁症的共同靶点67个,β-谷甾醇、山柰酚和蛋白激酶B1 (Akt1)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶8(MAPK8)和孕激素受体(PGR)可能是白芍治疗抑郁症的有效化合物和作用靶点。GO功能富集分析筛选得到生物过程、细胞组成、分子功能分别为2825、189、358条;KEGG富集筛选得到糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、神经活性配体-受体相互作用、TNF、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-Akt等信号通路;分子对接结果表明,PGR与成分丁子香萜、β-谷甾醇、谷甾醇、芍药二酮和山柰酚均具有良好的亲和力。结论:白芍治疗抑郁症具有多成分、多靶点、多通路的特点,其作用机制可能与神经活性配体-受体相互作用、PI3K-Akt信号通路和TNF信号通路等相关。     

基于网络药理学探讨桔梗-苦杏仁与肺癌相关分子机制

目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。     

黄芪-莪术药对基于网络药理学的抗大肠癌分子机制

目的:运用计算机网络药理学技术预测黄芪-莪术药对治疗大肠癌的作用靶点和信号通路,进一步分析其抗大肠癌物质基础和作用机制。方法:通过Therapetutic Target Database(TTD),Drugbank数据库收集大肠癌疾病作用靶点;从中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得黄芪、莪术所含中药成分;运用Chem Mapper,Pharm Mapper数据库预测所选中药成分作用的疾病靶点;采用Cytoscape软件建立"化合物-疾病靶点"网络模型;利用Clue GO插件对靶点进行基因功能(GO)分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:黄芪-莪术药对活性化合物-大肠癌疾病靶点网络包含56个化合物和54个靶点,关键靶点涉及AMP激活蛋白激酶α1(PRKAA1),前列腺素内过氧化物合酶1(PTGS1),环氧化酶2(PTGS2),胸苷酸合成酶(TYMS),肝羧酯酶1(CES1),血管内皮生长因子B(VEGFB),血管内皮生长因子A(VEGFA),谷胱甘肽S-转移酶P(GSTP1),丝氨酸羟甲基转移酶(gly A)等;靶点的基因功能偏向于肽基酪氨酸的磷酸化,调节细胞外调节蛋白激酶(ERK) 1和ERK2信号串联,内皮细胞凋亡过程的负调节等;重要的KEGG通路涉及癌症通路,Ras信号通路,Rap1信号通路,磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路等。结论:黄芪-莪术药对通过抑制肿瘤细胞增殖分化、促进肿瘤细胞凋亡、抗肿瘤新生血管生成以及增强机体免疫的多表型干预的网络模式产生抗大肠癌活性,其作用信号通路与Ras信号通路,Rap1信号通路,PI3K/Akt信号通路最为相关。     

基于网络药理学的丹参治疗哮喘作用机制初探

目的 运用网络药理学方法探讨丹参治疗哮喘的作用靶点及通路。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取丹参活性成分及潜在靶点;应用OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank和DisGeNET数据库收集哮喘靶点,利用R语言获得丹参治疗哮喘的作用靶点,依据STRING 11.0数据库获取蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;在Metascape平台进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体（GO）分析,运用Cytoscape 3.5.1软件构建丹参治疗哮喘的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,采用MOE 2019软件对重要化合物进行分子对接验证。结果 筛选得到丹参治疗哮喘的59个化学成分、108个靶点及20条关键通路。其中,隐丹参酮主要通过肿瘤坏死因子（TNF）、Toll样受体4（TLR4）等蛋白抑制核转录因子-κB（NF-κB）通路,减轻哮喘气道炎症;丹参酮Ⅱ_A主要通过核转录因子-κB抑制剂α（NFKBIA）等减弱TNF-α和NF-κB表达,抑制NF-κB通路,减轻炎症损伤;木犀草素主要通过蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）和信号传导与转录激活因子3（STAT3）等介导磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）-Akt和Janus激酶-信号转导子与转录激活因子（JAK-STAT）通路,通过缓解气道炎症、改善气道重塑和免疫调节治疗哮喘。分子对接显示,三者与疾病靶点生物亲和力高。结论 丹参可以通过多成分、多靶点、多途径发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学的四君子汤作用机制分析

目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。