基于网络药理学探讨藿朴夏苓汤“培土生金”治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的:采用网络药理学探索藿朴夏苓汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法 :首先从《雷公炮制药性解》《本草汇言》《中药大辞典》等书中对藿朴夏苓汤的药物归经规律进行挖掘。其次,运用中药系统药理学数据库与分析(TCMSP)平台检索该复方各味药的有效成分和作用靶点。并将经过Uniprot数据库检索的靶基因及TCMSP检索出的相应中药成分、中药名称输入Cyoscape3.7.1软件,使"药物-有效成分-靶点"网络可视化。然后运用GeneCards平台筛选疾病基因,并将该基因与药物靶蛋白取交集,通过STRING平台对交集靶点的相互作用关系进行探索,找寻藿朴夏苓汤治疗COVID-19的关键靶点,通过Cyoscape3.7.1软件构建PPI网络图。最后进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制及核心靶标,并绘制气泡图及柱状图以使结果可视化。结果:藿朴夏苓汤各药的归经以肺、脾、胃为主,并涉及心、肝、肾、三焦、大肠、小肠、膀胱等多个脏腑;"药物-有效成分-靶点"网络涉及10味中药、68个有效药物成分,217个靶基因;将药物基因与疾病基因取交集,根据基因相互作用关系获取65个关键基因。按照P<0.05的标准,GO富集到1 739条生物过程,39条细胞组成,110条分子过程,KEGG富集到PI3K-Akt信号通路、小细胞肺癌、乙型肝炎等与之密切相关的136条信号通路。结论:本文预测具有"培土生金"多脏腑治疗作用的藿朴夏苓汤,其主要化合物成分槲皮素、木犀草素、黄芩素等可能通过作用AKT1、MAPK1、RELA、CDKN1A、CCND1、CASP8等关键靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的治疗作用。     

十神汤治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学探寻十神汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分、关键靶点和作用机制,为该方的临床应用提供参考。方法:采用TCMSP数据库检索十神汤中葛根、升麻、陈皮、甘草、川芎、紫苏叶、白芷、麻黄、赤芍、香附的化学成分和作用靶点,并通过UniProt数据库查询靶点对应的基因;采用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析,通过度值(Degree)筛选关键靶点、通过DisGeNET数据库对关键靶点所属的类型进行归属;运用Cytoscape 3.7.2软件构建、分析网络;使用DAVID数据库对十神汤治疗COVID-19关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和KEGG通路富集分析,以探究其作用机制。结果:十神汤中的中药大多归肺、脾经,共有活性化合物213个,其265个靶点中有73个靶点是与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的受体血管紧张素转化酶2 (ACE2)在结肠中呈现共表达;关键靶点涉及CASP3、MAPK3、EGF、CTNNB1、CASP8、BCL2L1等;GO分析得到GO条目136个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目91个,细胞成分(CC)条目2...     

清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的收集清肺排毒汤(QFPDT)的主要活性成分、靶标,探讨其靶标与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)之间的联系以及多成分、多靶标的治疗机制。方法从ETCM、TCMID、NPASS数据库搜索QFPDT每味中药的归经、成分和靶标,用Cytoscape软件构建和分析网络,用DAVID和STRING对靶标进行功能富集分析。结果QFPDT里的中药大多数归肺经,其790个潜在靶标中的232个与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的受体血管紧张素转化酶II(ACE2)是共表达的;靶标包含7个两两相互作用的核糖体蛋白;重要靶标富集在病毒感染和肺部损伤2大类疾病通路上,且与HIV病毒的6个蛋白具有密切的相互作用;重要靶标调控内分泌系统、免疫系统、信号转导、翻译等生物学过程的一系列信号通路。结论QFPDT通过多成分、多靶标对机体起到整体调控作用。其首要作用部位是肺,其次是脾;通过调控若干与ACE2共表达的蛋白以及与疾病发生发展密切相关的一系列信号通路,起到平衡免疫、消除炎症的作用;靶向病毒复制必需的蛋白--核糖体蛋白而抑制病毒m RNA翻译,并抑制与病毒蛋白相互作用的蛋白而起到抗病毒作用。     

基于网络药理学研究清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:基于网络药理学研究清肺排毒汤在治疗新型冠状病毒肺炎(Corona Virus Disease 2019,COVID-19)的作用机制。方法:使用TCMSP数据库对清肺排毒汤的中药活性成分进行检索、筛选;运用Gene Gards数据库对疾病靶点进行预测、筛选,构建活性成分-靶点网络图。将得到的靶点利用STRING进行蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络构建,并进行基因本体(gene ontology,GO)和KEGG富集分析,构建靶点-信号通路网络图。结果:本文显示共筛选到217个中药成分靶点,新型冠状肺炎(COVID-19) 200个相关靶点,从而得到药物-疾病的共同靶点51个,富集于生物过程及30条信号通路上,如TNF信号通路、IL-17信号通路、NF-κB信号通路及Th17细胞分化等。结论:本研究预测出清肺排毒汤治疗COVID-19的前五个主要活性成分是槲皮素、木犀草素、山奈酚、柚皮素、异鼠李碱;其主要是通过调节MAPK1、MAPK3、MAPK8、MAPK14、IL-6、RELA、STAT1等靶点,调控TNF、NF-κB等信号通路来抑制炎症反应、调节免疫功能,减轻肺损伤,保护神经功能,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎机制研究

目的:通过网络药理学方法探索穿心连治疗新型冠状病毒肺炎的作用靶点及分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选穿心莲的活性成分及相关的药物靶点,同时在GeneCards数据库筛选出新型冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,交集基因即为穿心莲治疗新冠肺炎的核心靶点。随后利用Cytoscape3.7.2软件和String数据库构建药物活性成分-靶点网络和蛋白质相互作用关系的网络图。最后通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并构建成分-靶点-通路图。结果:筛选出穿心莲的活性成分24个及作用靶点53个,新型冠状病毒肺炎的靶点259个,交集靶点14个。KEGG富集分析涉及通路17条,主要包括癌症、细胞凋亡、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、MAPK信号通路、神经营养蛋白信号通路等。结论:穿心莲中的多种活性成分可以通过介导多靶点、多通路发挥治疗新型冠状病毒肺炎的作用。     

基于网络药理学的宣肺败毒汤治疗新型冠状病毒肺炎机制研究

挖掘整理宣肺败毒汤(Xuanfei Baidu Tang,XFBD)的主要活性成分及其靶标,分析靶标与新型冠状病毒肺炎(COVID-19)之间的关联,探讨宣肺败毒汤多成分、多靶标治疗COVID-19的作用机制。从TCM-PTD,ETCM,TCMSP,SymMap数据库检索该方各味药的主要化学成分,从2015年版《中国药典》获取每味药材的归经信息,并从TCM-PTD,ETCM,TCMSP,TargetNet等数据库获取主要化学成分的靶标信息。采用Cytoscape软件构建网络模型并进行网络分析,用DAVID和STRING进行靶标功能富集分析。宣肺败毒汤13味中药有10味归肺经,其主要化学成分的1 224个潜在靶标中有326个与COVID-19相关,其中109个重要靶标富集在病毒感染和肺部损伤相关的疾病通路。这些重要靶标调控的主要通路涉及病毒感染、能量代谢、免疫炎症、细菌感染等方面。宣肺败毒汤通过多味中药配伍发挥多成分、多靶标整体调控作用,其主要作用病位在肺,其主要成分可通过调控病毒感染、免疫炎症、肝胆代谢功能和能量代谢等与新型冠状病毒肺炎发生发展相关的生物学过程,发挥平衡免疫炎症反应、对抗病毒感染与病毒蛋白转录、恢复机体肝胆代谢和能量代谢平衡等作用。     

基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

基于网络药理学预测柴胡-黄芩药对治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选柴胡-黄芩药对有效成分及对应作用靶点,运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测,将两者进行映射,利用Cytoscape 3.7.2软件构建PPI网络并进行GO富集分析与KEGG通路分析。结果:根据筛选条件得到53个化合物、730个对应的作用靶点、247个疾病潜在靶点。GO功能富集分析得到GO条目1131个,其中生物过程(BP)条目1087个,细胞组成(CC)条目11个,分子功能(MF)条目33个。KEGG通路富集筛选得到102条信号通路。结论:本研究预测出柴胡-黄芩药对治疗COVID-19的主要成分前六位是黄芩素、汉黄芩素、金合欢素、槲皮素、山柰酚、异鼠李碱。通过调节IL-6、IL1B、AKT1、IL1A、MAPK8、CASP8、STAT1、CCL2等靶点,调控TNF、IL-17等信号通路达到抑制炎症、调节细胞凋亡、减轻肺损伤的作用,从而达到治疗COVID-19的目的。     

基于网络药理学探讨金柴饮治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法研究金柴饮治疗新冠肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)、SwissTarget Prediction平台、GeneCards、OMIM等疾病靶点数据库,得到金柴饮治疗新冠肺炎的作用靶点.借助String数据库和Cytoscape3.8.0软件构建蛋白质相互作用网络(PPI...     

基于网络药理学和分子对接法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索正阳汤组方中9味中药的活性成分及作用靶点.利用GeneCards数据库筛选COVID-19相关的靶点,利用R软件将药物靶点与疾病靶点取交集,将交集靶点输入STRING平台获得蛋白互作关系...     

基于网络药理学探讨藿香正气方治疗妊娠期新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的?采用网络药理学方法分析藿香正气方治疗妊娠期新型冠状病毒肺炎的作用机制，探究其多成分—多靶点—多通路的相关关系。方法?运用中药系统药理学分析平台（TCMSP）筛选藿香正气方中的活性成分，SwissTargetPrediction服务器收集成分靶点，人类基因数据库（GeneCards）获取妊娠期新型冠状病毒肺炎靶点，将成分靶点与疾病靶点映射，获取共有靶点。STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络，用Cytoscape3.3.0软件进行拓扑参数分析，得到核心靶点，并构建“药物—成分—靶点—疾病”网络。DAVID数据库对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。结果?筛选得到藿香正气方中84个活性成分，1 007个成分靶点，疾病靶点236个，两者交集靶点72个。涉及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、白细胞介素6（IL-6）、MAPK3、MAPK8、肿瘤坏死因子（TNF）、表皮生长因子受体（EGFR）、IL-2等31个核心靶点。GO富集分析显示448个条目，主要集中于细胞凋亡的调控、氧化应激反应、对细胞因子刺激的反应等过程。KEGG富集分析有52条通路，主要参与Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、ErbB信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路和癌症、免疫、凋亡等相关通路调控。结论?藿香正气方的有效成分可通过作用于MAPK1、IL-6、MAPK3、MAPK8、TNF、EGFR等靶点调节多条信号通路，发挥对妊娠期新型冠状病毒肺炎的治疗作用。     

基于整合药理学探讨清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的功效及作用机制

目的:采用整合药理学方法预测清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的现代功效及作用机制,为其进一步开发研究及临床应用提供参考。方法:依托中医药整合药理学研究平台V2. 0,预测清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎的的关键靶标和作用通路,绘制"方剂-中药-疾病-关键靶标-作用通路"多维网络图,中西医结合探讨其临床作用及作用机制。结果:预测得到的清肺排毒汤排名前20的核心靶标如细胞肿瘤抗原p53(tp53),蛋白激酶B1(Akt1)以及系列核因子核转录因子-κB(NK-κB)p105亚基(NFKB1),核因子p65亚基(RELA),人NK-κB抑制蛋白α(NFKBIA)等大多与肺部损伤相关。推测清肺排毒汤可能通过调控白细胞介素(IL)信号通路、肾上腺素受体,C型凝集素域家族7成员A(CLEC7A)/炎症途径,磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)炎症信号传导通路,tp53调节的DNA修复基因的转录等相关信号通路,针对肺炎、发烧咳嗽等症状起治疗作用。研究结果表明,清肺排毒汤具有抗炎、抗病毒、増强免疫力、抑制肺纤维化发展、保护心肺、治疗哮喘、调理胃肠道等临床疗效多方面功效,且合方之原方间呈现出较好的协同作用又各有侧重。结论:预测清肺排毒汤可通过多途径、多靶点、多环节防治COVID-19,且合方功效优于原方,适用于COVID-19各个病程的治疗。本研究结果为预测清肺排毒汤的临床应用提供理论依据,同时为中医药防治现代传染性疾病提供研究思路。     

基于网络药理学探索除湿防疫散治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学,初步探索除湿防疫散(CSFYS)治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制.方法 利用TCMSP、OMIM、GeneCards数据库获取CSFYS的活性成分、药物及疾病的相关靶点.通过String数据库构建蛋白互作网络,并在Cytoscape软件中进行可视化处理.基于DAVID数据库完成G...     

疏风解毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎机制的网络药理学探讨

目的:基于网络药理学研究疏风解毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:使用TCMSP数据库对疏风解毒颗粒的中药活性成分进行检索、筛选;运用GeneGards数据库对疾病靶点进行预测、筛选,将上述二者的共同靶点输入String数据库获取靶标蛋白互作网络关系,利用Cytoscape 3.7.2软件构...     

基于网络药理学的麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎潜在机制研究

目的:运用网络药理学探究麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在机制.方法:从TCMSP、TCM-ID数据库检索并筛选得到麻黄汤中的主要活性成分;通过检索Pub Chem数据库得到每种活性成分的SMILES结构并导入Swiss数据库得到预测靶点;采用CTD数据库筛选得到ARDS的已知治疗靶点,使用Unipr...     

基于网络药理学探讨麻杏苡甘汤加味抗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的:探讨麻杏苡甘汤加味治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶标及可能的机制.方法:从TCMSP以及BATMAN-TCM数据库中按照一定规定方法挑选出麻杏苡甘汤加味的活性成分及主要分子靶标.从OMIM及GeneCards中获得COVID-19的靶点.利用Bioinformatics&Evolutionary ...     

基于网络药理学探讨"肺炎预防1号"防治新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学探索肺炎预防1号防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 基于中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索肺炎预防1号的化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30％和类药性(DL)≥0.18为标准筛选主要活性成分;运用Swiss Target Prediction系统依次检索各活性...     

基于方证对应探讨中药复方分期治疗新型冠状病毒肺炎的网络药理学机制

目的 运用网络药理学的方法,以《新型冠状病毒感染的肺炎诊疗方案》第7版中的轻型(湿热蕴肺证)、普通型(湿毒郁肺证)、重型(气营两燔证)、危重型(内闭外脱证)和恢复期(气阴两虚证)5个证型及其对应复方为研究对象,分析探讨中医分期治疗新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)过...     

基于网络药理学的麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)作用机制探讨

目的通过网络药理学探讨麻杏石甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用靶点及信号通路,阐述其可能的作用机制。方法从TCMSP和TCMID数据库搜索麻杏石甘汤4味中药的活性成分及靶点,使用GeneCards及NCBI数据库获取COVID-19靶点;通过STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络。利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。结果从麻杏石甘汤4味药材中筛选获得127个化合物和相应靶点237个。将麻杏石甘汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到49个关键靶点。GO功能富集分析得到GO条目155个(P<0.01),KEGG通路富集分析筛选得到90条信号通路(P<0.01)。构建药物-化合物-作用靶点-疾病网络,显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、木犀草素等活性化合物在整个网络中发挥着关键作用。结论麻杏石甘汤作用于COVID-19的PPI网络中IL-6、TNF、MAPK8、MAPK3、CASP3、TP53、IL-10、CXCL8、...