差别显示聚合酶链反应筛选出血性中风相关基因

目的：筛选及鉴定出血性中风相关基因。方法：应用差别显示聚合酶链反应(differential display PCR，DD—PCR)技术比较出血性中风病人脑组织出血部位及正常边缘部位的基因表达，并用RT—PCR研究其出血部位及周边正常部位基因的mRNA水平表达情况。结果：经DD-PCR筛选到17个差异片段，其中1个可能为出血性中风相关基因，即人类E2A／HLF融合蛋白mRNA，此基因经RT-PCR证实在出血性中风病人脑组织中高于正常组织。结论：E2A／HLF可能为出血性中风相关基因，在后发病机制中有一定的作用。     

PRM1,一个新的候选结肠癌相关CT抗原基因的识别及其在结肠癌组织中的表达分析

目的筛选新的肿瘤／睾丸抗原相关基因，为肿瘤的诊断和治疗提供理论依据。方法利用文献报道的大规模平行信号测序技术获得的人类33种正常组织的基因表达谱，经生物信息学分析筛选出睾丸富集表达基因。利用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）技术，在15种人类正常组织中对候选基因进行验证，最后利用荧光定量PCR技术对睾丸特异基因在结肠癌组织和癌旁组织中的表达差异进行分析。结果在15种人类正常组织中，PRM2，PRM1，TNP1，AKAP4，TCP11为睾丸特异性表达，在其它组织中均无表达。其中PRM1基因在50％（6／12）的结肠癌组织中有明显的上调（〉2倍）。其它基因在结肠癌中表达与癌旁组织比较无统计学差异。结论PRM]可能是一个新的CT基因，结果显示PRM1基因可能会在结肠癌的分子诊断或者免疫治疗中起到重要作用。     

高转移肺癌细胞株95 D中特异表达的C3orf1基因分析

目的 进一步了解肺癌转移的分子机制,筛选高转移肺癌中差异表达的基因。方法 利用荧光差异显示技术（DD—PCR）获得差异片段,对这些片段进行克隆和序列分析。通过在GenBank中同源性检索,查找差异片段相对应的同源基因。利用定量PCR检测验证该基因表达的差异性,并对该基因的结构进行预测。结果 通过DD—PCR得到9个差异片段,其中一个片段对应于C3orf1基因。定量PCR验证的结果表明,C3orf1基因在高转移肺癌中的表达量显著高于其他被测试的5种肿瘤细胞。该基因的读码框长858bp,编码285个氨基酸,分子量约32200。蛋白质结构预测分析发现,该基因含有7个类似表皮生长信号区,N端有一含有24个氨基酸的信号肽,并且还可能有3个2S-2Fe铁氧化还原蛋白铁硫结合信号区,2个维持自身静态平衡的VWFC信号区和2个硫解酶活性区。结论 C3orf1基因在高转移肺癌中异常表达,可能是分泌型的生长因子类蛋白,刺激细胞的生长。     

ATP/GTP结合蛋白1基因在胃癌及食管癌组织中高表达

目的:应用荧光mRNA差异显示技术(DD-PCR),筛选胃癌及食管癌相关基因的异常表达。方法:收集临床胃癌组织样本,通过荧光差异显示技术(DD-PCR)获得胃癌样品中差异的片段,对这些片段进行克隆和测序。通过在GenBank中同源性检索,查找与差异片段相对应的同源基因。利用半定量PCR及定量PCR方法检验该基因在胃癌及食管癌组织中与其对应正常组织之间表达的差异。结果:通过DD-PCR获得的一个差异表达片段的序列对应于ATP/GTP结合蛋白1基因(A/GT-PBP1)。半定量PCR及荧光定量PCR技术检测结果表明,A/GTPBP1基因在胃癌及食管癌组织中的表达量高于其对应的正常组织(胃癌,P<0.01;食管癌,P<0.01)。该基因包含25个外显子,读码框长3561bp,编码1186个氨基酸,蛋白质相似性分析表明该蛋白为G蛋白家族成员。结论:A/GTPBP1在胃癌组织中异常表达,可能在胃癌发生过程中起调节作用。     

骨形成发生蛋白-7成熟肽基因克隆及序列测定

目的：克隆人骨形态发生蛋白-7成熟肽基因。方法：根据Genebank人骨形态发生蛋白-7基因序列合成两条引物，从培养的人胎儿软骨细胞中提取mRNA，利用bnestep RT—PCR技术扩增出人骨形态发生蛋白-7成熟肽的基因序列，将PCR扩增产物基因片段连接克隆载体质粒中转化大肠杆菌DH5a进行克隆筛选鉴定及测序。结果：琼脂糖凝胶电泳检测RT—PCR产物显示-长约456bp的条带，阳性克隆质粒经双酶切可切出约456bp的片段，DNA测序结果与Genebank中的序列相符。结论：利用RT—PCR技术可成功的从人胎儿软骨细胞中克隆出人BMP-7成熟肽基因。     

高原藏羚羊胱硫醚-γ-裂解酶基因克隆与全序列测定

目的探讨克隆高原藏羚羊胱硫醚-γ-裂解酶（CSE）基因编码区并检测其在成年高原藏羚羊组织中的表达,同时探讨高原藏羚羊低氧适应的分子生物学机制。方法从高原藏羚羊组织中提取总RNA,通过逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）获得高原藏羚羊cDNA,并进行鉴定和测序。结果将含有目的片段克隆后经测序和Blast分析,结果显示其部分编码序列与GenBank中牛CSE蛋白基因序列同源性96．47％,表明本实验所克隆的序列为CSE蛋白基因。根据已知人、褐家鼠、小鼠、野猪、食蟹猴、家牛CSEcDNA序列和Pnaman软件设计高原藏羚羊cse基因的引物。结论CSEmRNA可能在高原藏羚羊机体较为广泛的区域中发挥着作用,同时为高原低氧适应相关基因的研究提供了实验依据。     

结肠癌中EZH2和Ki-67表达的临床意义

目的探讨果蝇zesle基因增强子2（EZH2）、增殖细胞核抗原（Ki-67）在正常结肠黏膜、腺瘤组织与结肠癌组织中的表达及其二者之间的相关性。方法采用免疫组织化学SP法检测EZH2、Ki-67在20例正常结肠黏膜、25例腺瘤组织及64例结肠癌组织中的表达情况。结果 EZH2在肠癌组织中阳性表达率为70.3%,明显高于正常结肠黏膜和腺瘤组织中的表达,差异有统计学意义（P〈0.05）。Ki-67在肠癌组织中阳性表达率为81.3%,明显高于正常结肠黏膜中的表达,差异有统计学意义（P〈0.05）。EZH2的表达与结肠癌的Dukes分期和淋巴结转移有关,而与性别、年龄、发病部位、分化程度等无关。Ki-67的表达与结肠癌的Dukes分期有关,与性别、年龄、发病部位、分化程度和淋巴结转移等无关。在结肠癌组织中,EZH2与Ki-67呈正相关,r=0.78。结论 EZH2和Ki-67可能在结肠癌的发生和发展中起协同作用,可作为判定结肠癌恶性程度及预后的参考指标。     

胃癌组织中EphB2受体胞外区结构域的克隆和序列测定

目的对胃癌组织中酪氨酸蛋白激酶EphB2受体胞外区结构域进行克隆。方法从胃癌患者手术切片标本中提取RNA，进行RT—PCR，将扩增片段克隆人pUC19质粒，进行测序及酶切鉴定。结果克隆片段序列正确。结论为进行表达、筛选与之相互作用的蛋白，阐明其生理功能打下基础。     

差异显示基因EEG1在原发性肝细胞癌中的表达及其临床意义

目的研究和克隆原发性肝细胞癌（HCC）相关基因,探索其在肝癌发病中的临床意义。方法采用mRNA差异显示技术,分析肝细胞癌和癌旁正常肝组织间基因的差异表达,获得差异表达基因片段,对其进行克隆,测序,并用RTPCR方法,检测所获得的基因在44对肝细胞癌及相应癌旁正常肝组织中差异表达的情况,分析该基因表达与HCC临床病理特征的关系。结果克隆了一个肝癌相关基因EEG1,其在肝癌组织中的表达水平明显低于癌旁正常肝组织,仅为正常组织表达量的0．586&#177;0．346倍（P〈0．05）。EEG1基因在肝癌组织中的表达下调与肝癌的早期分化程度密切相关（P〈0．05）。结论差异表达基因EEG1可能在HCC的早期发病中起着重要作用,有望成为肝癌的早期诊断指标。     

结肠癌与正常结肠组织基因表达谱的差异性研究

目的:研究结肠癌与正常结肠黏膜组织的基因表达谱差异.方法:收集经病理证实的结肠腺癌组织和正常结肠黏膜组织各2例,抽提、纯化mRNA,制戍荧光标记cDNA探针,与含有17 101个cDNA的SBC人16K基因表达谱芯片杂交,计算机软件筛选差异表达基因.结果:与正常结肠组织比较,共筛选出1 714条差异表达基因,其中表达上调有992条(57.88%),下调有722条(42.12%),差异表达最多的基因为与蛋白结合相关的基因,约占27.13%,其余还与代谢(18.49%)、细胞凋亡(16.74%)、细胞周期(9.92%)、信号特导(7.88%)及物质运输(4.96%)等多种作用有关.结论:基因表达谱芯片技术可以有效地筛选出结肠癌组织和正常结肠组织的差异表达基因,可应用于结肠肿瘤发病机制的研究.     

卵巢癌基因表达的cDNA微阵列研究

目的应用基因表达谱芯片研究人卵巢癌组织和正常卵巢组织中差异表达的基因,筛选出与卵巢癌发生发展相关的基因,并对这些基因的功能进行初步分析.方法采用cDNA芯片技术从有关癌基因和抑癌基因、细胞周期和细胞凋亡相关、DNA合成、转录和修复以及细胞信号传递等肿瘤相关的2304个基因中,分析研究卵巢癌基因表达谱,即寻找出不同于正常卵巢组织而只在卵巢癌实体瘤中上调或下调的特殊基因.结果与正常卵巢组织比较,卵巢浆液性囊腺癌组织表达有明显差异的基因92个,卵巢粘液性囊腺癌差异表达基因110个,卵巢浆液性囊腺癌和粘液性囊腺癌均呈差异表达的基因65个,卵巢浆液性囊腺癌和粘液性囊腺癌中不同的差异表达基因共有173个.结论与卵巢癌有关的基因涉及多种细胞生物学过程,说明卵巢癌的发生是一个多步骤、多基因调控的过程.基因芯片技术实现了基因分析的快速、高通量、微型化和自动化,它为同时分析几百个基因状况提供了一个有效的方法,所获得的差异基因表达谱为深入研究特异相关基因提供了参考.     

白血病原代骨髓基质细胞对柔红霉素作用下Jurkat细胞基因表达的影响

目的研究白血病患者骨髓基质细胞（BMSCs）抑制柔红霉素（DNR）诱导Jurkat细胞凋亡过程中Jurkat细胞相关基因表达的变化,并进一步分析差异表达基因在BMSCs对Jurkat细胞保护过程中的意义.方法采用Percoll体外分离初治急性白血病患者骨髓单个核细胞,贴壁培养BMSCs;采用抑制性消减杂交技术等分子生物学方法建立白血病BMSCs保护的Jurkat细胞差异表达基因的cDNA文库;并对差异表达的基因进行初步鉴定与分析.结果成功地建立了白血病BMSCs保护的Jurkat细胞上调和下调差异表达基因的cDNA文库;初步筛选克隆到30个上调差异表达基因和22个下调差异表达基因cDNA片段;其功能主要与细胞周期调控、细胞凋亡、细胞能量代谢相关.结论白血病患者BMSCs能诱导Jurkat细胞基因发生差异表达,为探讨白血病患者BMSCs保护白血病细胞逃避化疗药物杀伤的分子机制进行了前期研究.     

膀胱移行细胞癌细胞周期相关基因的筛选

[目的]探讨人膀胱移行细胞癌细胞周期相关基因的表达变化口[方法]使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与细胞周期相关的差异表达基因。[结果]以正常膀胱黏膜组织为对照，11例膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与细胞周期相关的差异表达基因有10个，其中明显上调基因7个，明显下调基因3个。[结论]膀胱肿瘤的发生与发展与多种细胞周期相关基因的异常表达有关。     

参与大肠腺瘤癌变过程的信号通路初探

目的 了解参与大肠腺瘤癌变这一生物学进程的信号通路。方法 分别提取正常大肠黏膜、大肠腺瘤、Dukes A、Dukes B和Dukes C-D大肠腺癌组织的总RNA,生物素标记cRNA探针,分别与5张Affymetrix U133 PLUS 2.0基因芯片（涵盖47 000个转录本,38 500个功能已知基因）杂交,Gene Scanner 3000扫描,GCOS 1.2软件处理杂交信号,按大肠腺瘤/正常大肠黏膜、大肠腺癌（包括Dukes A、Dukes B和Dukes C-D大肠腺癌）/大肠腺瘤两组分别筛选表达差异基因。然后应用Pathway V1.0软件对两组表达差异基因中共同上下调的基因进行信号通路分析。结果 大肠腺瘤/正常大肠黏膜和大肠腺癌/大肠腺瘤两组分别有2 950和742个表达差异基因。其中有463个表达差异基因在两个比较组中均共同表达,而279个表达差异基因是大肠腺癌特异表达的。对463个和279个表达差异基因中的上调基因分别进行信号通路分析,结果显示分别有88个和17个信号通路参与大肠腺瘤癌变这一进程（P＜0.05）,其中有大部分通路与肿瘤微环境及遗传不稳定性相关。而742个表达差异基因中的282个下调基因属于28个信号通路,这些通路与正常大肠功能的逐步丧失密切相关（P＜0.05）。结论 大肠癌的发生与发展和浸润转移是多阶段、多基因参与的进程,涉及众多的信号通路。研究结果为系统探索大肠癌发生的分子机制提供了线索,对大肠癌的早期诊断、治疗及预后具有一定的指导意义。     

Differential gene expression profiling of oesophageal squamous cell carcinoma by DNA microarray and bioinformatics analysis

Differential gene expression profiling was carried out on primary tumour tissues and adjacent non-neoplastic tissues from patients with oesophageal squamous cell carcinoma (ESCC). RNA extracted from ESCC tissues and matched normal oesophageal epithelium of four ESCC patients was analysed using whole-genome microarrays. Bioinformatics analysis was also carried out to ascertain which genes and pathways may be important in the carcinogenesis of ESCC. A total of 570 genes were identified that differed significantly in expression: 303 genes were up-regulated and 267 genes were down-regulated in ESCC tissues compared with normal oesophageal epithelium. Gene ontology analysis showed that the primary molecular functions of these genes were related to the extracellular region, collagen and endopeptidase inhibitor activity. Pathway analysis revealed seven pathways or networks highly associated with the differential expression profile. Gene set analysis showed that the POD1_KO_UP gene set was significantly enriched, containing 15 matching genes. Thus, a large number of genes are involved in the carcinogenesis of ESCC and participate in various cell processes and pathways.     

Gene expression profile of salivary adenoid cystic carcinoma associated with perineural invasion

Adenoid cystic carcinoma (ACC) is a common salivary gland malignancy characterized by slow but progressive clinical course, proclivity for hematogenous spread and perineural invasion (PNI) that exhibits inherent resistance to complete surgical resection, systemic chemotherapy and conventional radiotherapy. The molecular alterations that underlie its PNI are poorly characterized. We report the combined use of laser capture microdissection (LCM) and high-throughput cDNA microarray to monitor in vivo gene expression profile of salivary ACC and to correlate the profile with PNI. Consecutive section staining with hematoxylin & eosin was applied to 15 cancerous tissues, among which 6 were judged as PNI. Pure cancer cells adjacent to the nerve tracts from 6 cancerous tissues judged as PNI were laser captured, and pure cancer cells from the same 6 tumors distant from the nerve tracts were also procured. Total RNA was extracted, amplified and subjected to cDNA microarray-based expression analysis. The patterns of gene expression were verified by quantitative real-time PCR and immunohistochemistry. As to the result of 6 arrays, a total of 53 genes were identified as being 2-fold or more differentially expressed in PNI cancer cell group as compared to non-PNI cancer cell control. Out of the 53 genes found consistently differentially expressed, 38 were up-regulated and 15 down-regulated. The combined use of LCM and cDNA microarray analysis provides a powerful new approach to monitor the in vivo molecular events of PNI in salivary ACC. These identified novel genes deserve further investigations to elucidate their clinicopathological significance.     

miR-452在肾透明细胞癌中的异常表达研究

目的检测miR-452在肾透明细胞癌组织中的表达差异,探讨miR-452在肾癌发生过程中的作用。方法提取20例肾透明细胞癌及其相应癌旁组织的总RNAs,通过逆转录(RT)方法获得cDNA后,采用实时定量PCR(RT-qPCR)技术检测组织中miR-452的表达差异,并分析其与肾癌患者临床病理特征的关系。结果与相应的癌旁组织相比,miR-452在肾透明细胞癌组织中显著高表达,癌组织较癌旁组织升高约4.69倍,但其异常表达与肾癌患者临床病理特征并无显著相关性。结论 miR-452在肾透明细胞癌组织中明显高表达,其可能作为重要的致癌基因参与了肾癌的发生与发展过程,可能成为潜在的肾癌标志物,为肾癌的早期诊断及治疗提供新靶点。     

结肠癌组织中SATB1的表达及其临床意义

目的探讨SATB1异常表达与结肠癌发生、发展及预后的关系。方法分别用RT-PCR和Western blot法检测SATB1在25例结肠癌活检组织及相应癌旁正常组织中mRNA和蛋白表达水平;采用免疫组化检测58例结肠癌石蜡组织切片中SATB1的表达,分析其与结肠癌临床病理因素的关系及预后意义。结果 SATB1 mRNA和蛋白在92%(23/25)结肠癌活检组织中的表达水平高于其癌旁正常组织;58例结肠癌石蜡组织中,SATB1蛋白强阳性率为46.6%(27/58)。统计学分析结果显示,SATB1强阳性与结肠癌Dukes分期和远处转移密切相关,而与性别、年龄、病理分级、肿瘤大小、淋巴结转移无显著相关性。结论 SATB1在结肠癌中高表达,其表达水平与肿瘤进展相关,可作为预测结肠癌进展和转移的分子标记物。     

失血性休克大鼠肝脏基因表达谱的变化

目的 应用基因芯片技术分析失血性休克组(hemorrhage shock,HS)及对照组(sham hemorrhage shock,SHAM)大鼠肝脏差异基因表达谱,从分子水平探讨HS可能的病理生理机制.方法 20只雄性Wistar大鼠随机分成SHAM组和HS模型组,每组10只.采用5705点的大鼠寡核苷酸芯片分别检测HS大鼠及SHAM大鼠肝脏基因表达谱,重复三次并计算Ratio(R)均数,R≥2时表示基因上调;R≤0.5时表示基因下调.对差异表达基因的功能进行分析并用RT-PCR对其中9条基因的表达水平进行验证.结果 在大鼠5705条靶基因中,初步筛选出86条差异表达基因,其中上调基因72条,下调基因14条.根据基因的生物学功能,差异表达基因主要为:物质转运相关基因、转录调节相关基因、信号转导相关基因、应激反应相关基因、代谢相关基因、发育相关基因、细胞黏附相关基因等.结论 HS的发生是由多基因参与的复杂调控过程;芯片试验结果对进一步探讨HS可能的病理生理机制以及为探求HS治疗的新靶点提供了依据.