基于网络药理学和分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死作用机制

目的基于网络药理学及分子对接技术探讨复元醒脑汤治疗脑梗死的作用机制。方法利用TCMSP、中医药综合数据库(TCMID)、有机小分子生物活性数据库(PubChem)、Uniprot及Swiss Target Prediction数据库对复元醒脑汤的药物活性成分及作用靶点进行筛选, 应用GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank和PharmGKB数据库筛选脑梗死疾病靶点, 将复元醒脑汤中药物靶基因与脑梗死疾病靶基因相交集, 将交集靶点导入Cytoscape 3.8.2软件构建成分-靶点网络, 使用STRING数据库及Cytoscape 3.8.2软件构建PPI网络, 筛选核心靶点。对复元醒脑汤-脑梗死疾病共同靶点基因进行GO功能富集及KEGG通路富集分析, 得出相关信号通路, 运用AutoDock与Pymol软件对预测靶标与其对应的成分进行分子对接。结果得到复元醒脑汤治疗脑梗死的有效成分80个, 复元醒脑汤-脑梗死共同靶点214个, 核心靶点MAPK1、RELA、TP53、JUN、AKT1、HSP90AA1等与脑梗死疾病的关键靶点相互关联, 参与调控对药物的反应、对脂多糖的反应...     

基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制

目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨药食两用中药栀子致肾损伤的毒理机制

目的：通过网络药理学和分子对接探索栀子导致肾损伤的毒理机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库筛选栀子活性成分和潜在靶点，同时用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点。利用NCBI临床突变数据库、人类基因注释数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库检索肾损伤的靶点。通过Venny软件对药物相关靶点与疾病靶点取交集，认为是栀子导致肾损伤的潜在靶点。在Cytoscape 3.8.0中构建“中药-化学成分-潜在靶点-疾病”网络并进行拓扑分析。在STRING平台构建潜在靶点的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks, PPI)。通过Metascape平台对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.0构建“关键通路-潜在靶点-化学成分”网络，并进一步筛选栀子导致肾损伤的关键靶基因及有效...     

“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的网络药理学分析及分子对接验证

目的 采用网络药理学和分子对接探讨及验证“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病(MAFLD)的主要物质基础及作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)和Swiss Target Prediction在线网站收集柴胡、白芍的活性成分和治疗靶点;在Therapeutic Target Database、Drugbank、DisGeNET数据库中获取MAFLD的疾病靶点并构建韦恩图,筛选中药与疾病的交集靶点;利用Cytoscape 3.9.0软件绘制“中药-活性成分-疾病-交集靶点”网络并进行网络拓扑分析,筛选“柴胡-白芍”药对治疗代谢相关脂肪性肝病的核心成分;借助STRING数据库获取交集靶点蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络参数,借助Cytoscape 3.9.0构建PPI网络并进行网络拓扑分析,筛选核心靶点。采用Metascape平台分析“中药-疾病”交集靶点参与的生物过程及信号通路,使用微生信平台将结果绘制成柱状图和气泡图进行可视化,绘制“中药-核心成分-核心靶点-生物功能-信号通路”网络,可视化“柴胡-白芍”药对治疗MAFLD的主要作用机制。采用分子对接技术验证核心成...     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压的作用机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨红花治疗肺动脉高压(pulmonary hypertension, PH)的作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台、本草组鉴数据库、中医综合数据库、中国知网检索红花的活性成分,并采用Swiss Target Prediction数据库预测相关靶标。在GeneCards数据库、DrugBank数据库、TTD数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、DisGeNET数据库中检索PH疾病靶标。采用STRING数据库构建红花活性成分靶点及PH疾病靶标的蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并利用Cytoscape3.7.2软件获得红花治疗PH的潜在靶点的PPI网络,拓扑分析筛选红花治疗PH的潜在核心靶点。应用DAVID数据库及Metascape数据库对潜在核心靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析,并构建“红花-活性成分-靶点-通路-PH”网络...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨药对赤芍-牡丹皮治疗银屑病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术研究赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索赤芍-牡丹皮的化学成分及其相关靶点,利用DisGeNET数据库检索银屑病相关靶点,通过Venny 2.1.0映射得到赤芍-牡丹皮治疗银屑病的交集靶点,利用STRING数据库及Cytoscape3.7.1构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）,利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;利用Cytoscape3.7.1软件构建网络互作图。采用AutoDock4.2.1软件评价主要药效成分与核心靶点的结合作用力。结果:筛选得到赤芍-牡丹皮药对通过11个活性成分作用于70个交集靶点,通过调控细胞的氧化刺激反应和生物刺激反应等生物过程以及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)通路、辅助性T细胞17(TH17)细胞分化等相关途径共同发挥治疗银屑病作用。分子对接结果表明,赤芍-牡丹皮中槲皮素(Quercetin)、芍药苷(Paeoniflorin)、山柰酚(Kaempferol)、芍药醇(Baicalein)与AKT1、VEGFA、MAPK1、MAPK8、AKT1、JUN、TNF具有较好的结合能力。结论:通过网络药理学和分子对接技术系统地探讨赤芍-牡丹皮药对治疗银屑病的作用机制,为后期的实验提供了理论依据。     

西黄丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学探究和分子对接验证

目的：采用网络药理学和分子对接的方法探究西黄丸防治非小细胞肺癌（NSCLC）潜在分子机制。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及BATMAN-TCM数据库中筛选分析西黄丸的有效活性成分及作用靶点。在GeneCards数据库与人类孟德尔遗传数据库（OMIM）中检索获取NSCLC的相关靶点,选取与西黄丸的交集靶点作为研究靶点。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图。采用Cytoscape 3.7.0软件构建药物-靶点-疾病可视化互作网络图。使用DAVID数据对筛选分析出的关键靶点,进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后运用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果：通过筛选得到西黄丸51个主要活性成分,包括槲皮素、β-谷甾醇等,其中作用于NSCLC的靶点有178个,关键靶点有MAPK1、JUN、AKT1、TP53、RELA等。GO和KEGG分析结果显示,西黄丸治疗NSCLC的机制涉及多个生物学过程及PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等多种信号通路。药物有效活性成分与关键靶点对接活性良好。结论：网络药理学分析显示西黄丸治疗NSCLC是多成分、多靶点、多通路协同起效,为后续相关实验提供了充分的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。     

分子生物学与证本质的研究

证候学是中医学理论体系的核心,中医证本质的研究是中医研究的热点。本文从生物学角度探讨其对证本质研究的意义和作用。     

分子蒸馏技术在富集香附油有效成分中的应用

目的：采用分子蒸馏技术对超临界萃取的香附油有效部位进行精制；方法：用气相色谱-质谱分析、高效液相色谱技术分析不同温度下的蒸馏物；结论：分子蒸馏技术是较为理想的液-液分离技术。     

黄芩中四种主要黄酮成分与环氧酶-2的分子对接研究

目的:黄芩中四种主要黄酮与COX-2进行分子对接。方法:采用软件Molegro Virtual Docker(MVD),以选择性COX-2抑制剂SC-558和6COX共结晶复合物作为受体模板,建立COX-2的活性位点,并对黄芩苷等四种黄酮进行分子对接。结果:黄芩苷、汉黄芩苷、黄芩素、汉黄芩素与6COX发生分子对接的MVD分值分别为-121.64KJ/moL、-124.76KJ/moL、-96.11KJ/moL和-96.68KJ/moL。黄芩苷、汉黄芩苷以及SC-558均能作用于以Leu352,Phe518,Gly526,Val523,Ala527和Ser353等氨基酸残基组成的活性位点。结论:黄芩苷等四种黄酮与COX-2能够成功进行分子对接,其对接位点信息有助于该类化合物抑制COX-2的活性机制的阐释。     

国产低分子肝素治疗不稳定型心绞痛的疗效及安全性

目的比较国产低分子肝素与进口低分子肝素治疗不稳定型心绞痛的疗效及安全性。方法将120例不稳定型心绞痛患者随机分为治疗组60例和对照组60例,在常规治疗的基础上,分别选用国产低分子肝素5000 IU和进口低分子肝素60 mg腹部皮下注射7 d,2次/d。观察①治疗期间心绞痛每日发作次数;②硝酸甘油含服的日均用药量;③ECG ST段变化;④出血、血细胞异常及发生急性心肌梗死和猝死情况。结果与本组治疗前相比,2组治疗后心绞痛发作次数及硝酸甘油用量均明显减少,有显著性差异;治疗后组间比较均无显著性差异。治疗7 d后2组心电图中ST段压低均有改善,但无显著性差异。治疗组和对照组不良反应的发生率分别为8%和10%,二者之间无显著性差异。结论不稳定型心绞痛应用国产低分子肝素和进口低分子肝素可以达到同样效果,不良反应相近。     

展望分子海洋药物学

随着现代生物技术的发展，海洋药物的研究已达到分子水平。本文从海洋药用生物的鉴定及其分类进化、分子遗传标记育种、外源药物基因表达、病虫害防治、药用有效成分的代谢调控、海洋生物药物功能基因的研究和开发等六个方面对分子海洋药物学进行了概述和展望。     

高山大黄的显微及分子鉴定研究

目的:对蓼科药用植物高山大黄进行显微及分子鉴定研究。方法:采用石蜡切片、粉末制片对高山大黄根及根茎的横切面组织结构和粉末特征进行显微研究,并采用mat K基因序列分析技术对高山大黄进行了分子鉴定研究。结果:高山大黄根横切面中皮层宽,薄壁细胞中可见草酸钙簇晶,木质部宽广,导管径向排列;根茎髓部宽广,无异形维管束存在;粉末中草酸钙簇晶多,棱角大多短钝,导管木质化,多网纹导管,淀粉粒小而多。高山大黄mat K序列全长1 524 bp,在基因上游106、218、222、365、522、615、711、759、801、852处存在十处碱基替换,且在950-955处存在CAAGAA6个碱基插入。结论:本研究获得了高山大黄比较全面的鉴定信息,上述显微特征可作为高山大黄显微鉴定依据,其mat K基因序列分析为高山大黄DNA条形码研究奠定基础。     

基于形态和DNA序列分析的海龙类药材商品的基原调查

目的:为市售海龙药材的鉴别以及建立质量控制标准提供科学依据。方法:对我国主要药材市场的海龙类商品进行收集,并通过形态鉴别和DNA分子鉴别确定海龙商品基原。结果:共有刁海龙Solenognathus hardwickii(Gray,1830)、拟海龙Syngnathoides biaculeatus(Bloch,1785)、舒氏海龙Syngnathus schlegeli Kaup,1856、宝珈枪吻海龙Doryichthys boaja(Bleeker,1850)、黑斑刁海龙Solegnathus lettiensis Bleeker,1860、斗氏刁海龙Solegnathus dunckeri Whitley,1927、多棘刁海龙Solegnathus spinosissimus Günther,1870、粗吻海龙Trachyrhamphus serratus(Temminck et Schlegel,1847)、光粗吻海龙Trachyrhamphus bicoarctatus(Bleeker,1857)、长吻粗吻海龙Trachyrhamphus longirostris Kaup,1856、葛氏海蠋鱼Halicampus grayi Kaup,1856等11种基原,其中黑斑刁海龙、斗氏刁海龙、光粗吻海龙、长吻粗吻海龙为首次在中药市场中发现。结论:本文所进行的DNA序列分析结合形态鉴别方法也对其他中药材的市场调查和商品基原鉴别研究提供了模式。     

分子生药学教学调研分析及展望

该文以问卷的形式对我国28所机构的分子生药学教学状况进行了调研,调研内容包括本科和研究生开课时间、专业、学时、课程性质、授课方式方法、理论和实践课内容、考核方式、教材选用、教学成果以及师资状况等,并用SPSS对调研结果进行了统计学分析。调研结果显示, 经过20年的发展,我国至少已有20所院校针对本科生和研究生开设了分子生药学课程,分子生药学教育在我国呈现出良好的发展势头。同时,为促进该学科的纵深发展,应增加对该学科的投入并改善实践教学条件。     

论分子生物学在中医学的应用及其意义

本文从分子生物学在中医理论、中医临床、中药研究及中西医结合等方面的应用论述了其对中医学的意义。分子生物学将会促进中医学的进一步发展与完善。     

Analysis of mechanisms of Shenhuang Granule in treating severe COVID-19 based on network pharmacology and molecular docking

ObjectiveSevere cases of coronavirus disease 2019 (COVID-19) are expected to have a worse prognosis than mild cases. Shenhuang Granule (SHG) has been shown to be a safe and effective treatment for severe COVID-19 in a previous randomized clinical trial, but the active chemical constituents and underlying mechanisms of action remain unknown. The goal of this study is to explore the chemical basis and mechanisms of SHG in the treatment of severe COVID-19, using network pharmacology.MethodsUltra-performance liquid chromatography-quadrupole time-of-flight mass spectrometry was employed to screen chemical constituents of SHG. Putative therapeutic targets were predicted by searching traditional Chinese medicine system pharmacology database and analysis platform, SwissTargetPrediction, and Gene Expression Omnibus (GEO) databases. The target protein–protein interaction network and enrichment analysis were performed to investigate the hub genes and presumptive mechanisms. Molecular docking and molecular dynamics simulations were used to verify the stability and interaction between the key chemical constituents of SHG and COVID-19 protein targets.ResultsForty-five chemical constituents of SHG were identified along with 131 corresponding therapeutic targets, including hub genes such as HSP90AA1, MMP9, CXCL8, PTGS2, IFNG, DNMT1, TYMS, MDM2, HDAC3 and ABCB1. Functional enrichment analysis indicated that SHG mainly acted on the neuroactive ligand-receptor interaction, calcium signaling pathway and cAMP signaling pathway. Molecular docking showed that the key constituents had a good affinity with the severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 protein targets. Molecular dynamics simulations indicated that ginsenoside Rg4 formed a stable protein–ligand complex with helicase.ConclusionMultiple components of SHG regulated multiple targets to inhibit virus invasion and cytokine storm through several signaling pathways; this provides a scientific basis for clinical applications and further experiments.