浙江省2003-2005年HIV-1感染者分子流行病学研究

目的掌握浙江省2003-2005年新发现感染者艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株基因亚型分布和变异情况。方法对2003-2005年浙江省境内检测新发现的HIV-1感染者进行一般流行病学调查并采集血样,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区进行扩增并测定其序列。结果采集143份血样,112份扩增阳性,检出CRF01-AE亚型43例,CRF07-BC 37例,CRF08-BC 11例,B亚型20例,CRF02-AG 1例。CRF01-AE分布在11个市中的9个市,主要存在于异性性途径感染者中(53.5%),并已成为外省籍注射吸毒感染者的主要构成(44.8%)。CRF01-AE和CRF07-BC的亚型组内平均离散率在静脉吸毒感染者和性传播感染者中比较,差异有统计学意义。结论浙江省2003-2005年新检出感染者HIV-1毒株呈现多重组型别特征,CRF01-AE成为分布最广的类别,呈现扩大流行的趋势。HIV-1在性乱人群之间的传播要比在注射吸毒人群复杂,变异更大。     

福建省HIV-1流行毒株基因分型与流行特征分析

目的了解HIV-I流行株在福建省感染人群中的基因亚型分布及流行特征。方法随机抽取福建省2003-2005年发现的70例HIV感染者血样，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得核心蛋白（gag）、包膜蛋白（env）及pol区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸序列进行测定和序列分析。结果选取46份流行病学资料以及不同基因区域序列资料完整的样本进入亚型分析，结果显示目标人群中存在B、C2种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE3种流行重组型，以及国内未见报道的B／F重组毒株、A1／D重组毒株等，其中以CRF01-AE重组毒株为主，占69．56％。基因亚型的流行特征分析显示，本省感染的HIV患者中以CRF01-AE重组型占多数，可能的新型重组型全部分布于境外感染者中；在性接触传播的感染者（71．74％）中呈现多种亚型分布的特征；随着时间变化福建省HIV感染者的亚型分布发生变化。结论福建省HIV-I亚型分布众多，各亚型在不同感染地分布不平衡，性乱人群中的亚型分布较为复杂，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

广西凭祥市和宾阳县HIV-1流行毒株gag基因的序列测定和亚型分析

目的了解广西壮族自治区凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的艾滋病病毒1型(HIV-1)毒株的亚型及各种亚型的分布特点。方法对HIV-1阳性的10例吸毒人员和1例受血者进行流行病学调查,采集外周静脉抗凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,并对获得的gag区基因的核酸片段进行测序和分析。结果宾阳县的6份样品为CRF08-BC重组株,凭祥市的4份样品均为CRF01-AF重组株,一份输血引起的样品为B’亚型。结论在凭祥市和宾阳县吸毒人群中流行的是不同的HIV-1重组株,而且在同一地区的亚型之间进化比较接近。以上资料表明,CRF08-BC和CRF01-AE在这两地区的静脉吸毒者中成为主要的流行株。     

昆明市2006年注射吸毒者中HIV-1基因亚型分析

目的研究分析昆明市2006年注射吸毒者中艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型流行情况,为更清楚地掌握昆明市HIV流行模式,制订抗病毒治疗方案和疫苗研发提供参考数据。方法采用“一对一”的问卷调查,收集基本人口学特征及HIV感染危险行为信息,采集血样,利用套式聚合酶链反应（Nested—PCR）对HIV前病毒的gag基因进行扩增,对扩增产物进行纯化、测序,通过构建系统进化树和在线比对来判定序列所属基因亚型。结果62名研究对象所感染HIV—lgag基因被成功扩增、测序、判定基因亚型。其中1人所感染的HIV-1为CRF01-AE重组型,其余均为CRF07BC重组型或CRF08-BC重组型。12名对象除注射海洛因外,还发生过商业性行为,感染CRF01-AE的对象就是发生过商业性行为的注射吸毒者。结论2006年发现的HIV-1阳性注射吸毒者中,CRF07-BC、CRF08-BC重组型毒株占据了绝对优势,同时存在CRF01-AE的流行。     

浦东新区MSM HIV-1分子流行病学的研究

目的了解上海市浦东新区近年来男男性行为人群(MSM)中,未经抗病毒治疗的艾滋病病毒1型(HIV-1)抗体阳性者,其HIV-1亚型分布和原发性耐药特征,监测该地区MSM HIV-1毒株的最新流行情况,为当前该区制定艾滋病防治策略提供科学依据。方法选取2011年至2014年4月份期间确认的MSM HIV-1感染者血浆标本70份,应用巢式反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增pol基因,并对扩增产物进行测序,用Mega 6.0软件将测序结果与各亚型国际参考株比对,根据系统进化树分析确定基因亚型及其特征以及耐药情况。结果获62份pol区基因全序列片段,得到CRF01-AE、CRF07_BC、01B(CRF01_AE与B重组亚型)和B四种亚型。分布显示:CRF01-AE占58.06%(36/62),CRF07_BC占30.65%(19/62),01B占6.45%(4/62),B占4.84%(3/62)。离散率显示:CRF01-AE亚型的平均离散率为(2.1±0.2)%(n=36),CRF07-BC亚型的平均离散率也为(2.1±0.2)%(n=19),B亚型的平均离散率为(5.7±0.6)%(n=3),01B重组亚型的平均离散率为(6.3±.0.6)%(n=4)。耐药特征:62例中有7例分别产生了对核苷类反转录酶抑制剂(NRTIs)、非核苷类反转录酶抑制剂(NNRTIs)及蛋白酶类抑制剂(PIs)的耐药突变,其中2例产生了低度耐药,4例具有潜在的耐药特点。结论上海市浦东新区2011年至2014年4月间,MSM新确证HIV-1感染者中,基因亚型呈多元化趋势,以CRF01-AE和CRF07-BC为主,并已形成了浦东新区范围内的局部流行趋势,新的01B重组毒株已在浦东新区开始出现;HIV-1原发耐药株的传播尚处于低度流行水平,密切监视其流行趋势已显十分必要。     

广西一株HIV-1 CRF01＿AE/CRF07＿BC独特重组毒株的鉴定

目的对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源。方法利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图。对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源。结果扩增及测序后,获得一条长度为8 943 bp(HXB2:649～9 599)的HIV-1近似全长基因组序列。断点分析表明,该序列的重组模式是以CRF01_AE为骨架插入CRF07_BC片段,其中片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ来自CRF01_AE毒株,片段Ⅱ和Ⅳ来自CRF07_BC毒株,4个重组断点相对应于HXB2的位置分别为3 957、4 224、5 560和5 899。亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ成簇的CRF01_AE序列主要来自东南亚国家如泰国、老挝、越南。片段Ⅱ和Ⅳ则与我国西南地区吸毒人群中的CRF07_BC序列聚集。结论获得一株由CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的HIV-1独特重组毒株,其亲本病毒中的CRF01_AE可能与东南亚国家的毒株同源,而CRF07_BC可能来自我国西南地区的吸毒人群。     

出入境人群HIV-1型env C2-V3区段基因序列分析和亚型研究

目的 了解出入境人群艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)感染者毒株基因亚型分布及流行特征.方法 收集2001年以来上海口岸HIV抗体检测确认阳性的血样标本,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应进行体外扩增,获得包膜蛋白区基因(env)的核酸片段,测定其序列和进行亚型分析.结果 获得20例标本的亚型分析结果,共检出8个亚型,包括B亚型7例,CRF02-AG 3例,C亚型3例,CRF01-AE 2例,A亚型2例,B、CRF07-BC和CRF08-BC亚型各1例.上海口岸HIV-1毒株亚型分布于11个国家和地区,主要流行B亚型.结论 上海口岸流行的HIV-1毒株复杂多样,出入境人员是我国HIV毒株输入的主要渠道,流行毒株以性接触传播为主.     

新疆第四次HIV分子流行病学调查分析

目的分析新疆四地(州、市)部分艾滋病病毒(HIV)阳性人群中HIV毒株的序列,了解新疆HIV-1亚型的流行趋势。方法2015年选取新疆伊犁哈萨克自治州、阿克苏地区、吐鲁番地区和克拉玛依市为现场,采集HIV阳性人群样本250份进行HIV-1亚型的检测、分析和流行病学调查。结果成功获得序列206条,190条序列为CRF07-BC亚型、占92.23%,16条为其他亚型、占7.77%,其中7条为CRF01-AE亚型、1条为CRF08-BC亚型、1条A亚型、3条B亚型、3条为Disc、1条为Urf。结论新疆HIV毒株亚型有由单一性向多向性和复杂性演变的变化趋势,应加强HIV分子流行病学调查以监测新疆HIV的流行趋势。     

桂北地区HIV-1感染者HIV-1病毒亚型分布观察

目的观察桂北地区HIV感染者HIV-1病毒亚型分布。方法采集桂北地区80例HIV-1感染者的静脉血,提取其中单个核细胞的DNA,用巢氏PCR扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V3区,对PCR纯化产物进行测序,并应用GCG软件等对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到env基因序列55份,分属4个亚型,分别为B型1份,CRF07-BC型19份,CRF08-BC型23份,CRF01-AE型8份,C型4份。感染途径为静脉吸毒者16例,性34例,非法献血2例,不详3例。16例吸毒感染者中CRF08-BC型12例,CRF07-BC型4例。34例性行为感染者中CRF07-BC型19例,CRF08-BC型11例,CRF01-AE型4例。结论桂北地区HIV感染者存在HIV-1亚型多样。静脉吸毒感染者以CRF08-BC型为主。性行为感染者以CRF07-BC型和CRF08-BC型为主。     

四川省2014年HIV-1分子流行病学调查北大核心

目的了解四川省艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)流行毒株的亚型、人群和地域分布。方法通过抽样调查的方法,采集2014年7-9月新报告的、未经抗病毒治疗的HIV-1感染者的血样400份,采用巢式聚合酶链反应(Nested PCR)扩增HIV-1 pol和gag基因区,对获得的核酸序列进行系统进化分析。比较不同亚型毒株感染者首次随访的CD4^+T淋巴细胞(简称CD4细胞)水平。结果四川省HIV-1流行毒株的亚型有:CRF07_BC(58.22%)、CRF01_AE(29.50%)、CRF08_BC(4.96%)、CRF85_BC(3.39%)、B(2.09%)、C(0.78%)、CRF02_AG(0.52%),以及CRF07_BC/CRF01_AE重组型(0.52%)。毒株分布显示出明显的地域特征。CRF01_AE感染者的基线CD4细胞水平更低。结论以C亚型为骨架的BC重组亚型,在四川省表现出明显的流行优势。提示应结合流行毒株有针对性地提供艾滋病防治工作建议。     

武汉市HIV-1相关基因序列分析及亚型分布

目的研究武汉市HIV感染人群中的HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法采集武汉市60名已被确认为HIV-1感染者的抗凝全血样品,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应方法（nested-PCR）扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V5区及gag基因的部分区段,对PCR纯化产物直接测序,并应用GCG软件对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到60份样品的结果,其中env基因序列45份、gag基因序列52份。依据env和gag区基因序列,与HIV-1各个亚型国际参考株比较,通过系统进化分析,最后确定武汉市样品分属5个亚型,分别为HIV-1B亚型中的泰国B（B’）亚型32份,流行重组型CRF07-BC12份,流行重组型CRF01-AE9份,A亚型1份和C亚型6份。结论武汉市存在多种HIV-1亚型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

保定市1株新型HIV-1重组毒株的近似全长基因组鉴定分析

目的?对保定市新发现的1株pol区不能明确分型的HIV-1毒株（BD226AJ）进行近似全长基因组扩增,并分析其亚型、重组模式和基因特点。方法?提取患者血浆中HIV-1RNA并逆转录为cDNA,使用近末端稀释法分2段对其进行近似全长基因组扩增并测序。使用jpHMM和SimPlot 3.5软件对近似全长基因组序列进行重组模式和重组断点分析,采用MEGA 6.0软件分片段构建Neighbor-joining系统进化树进一步确认重组断点的准确性。构建该近似全长基因组序列及各亚型片段Neighbor-joining系统进化树,分析该毒株的亲本来源。结果?经过近似全长基因组扩增、测序、序列拼接后,获得1条长度为8830 bp的HIV-1近似全长基因组序列。重组分析结果显示,该序列是由CRF01_AE和B亚型重组形成的,其近似全长基因组序列被3个断点分成了4个亚型片段,分别为ICRF01_AE（HXB2, 823—4224 nt）、ⅡB（HXB2,4225—5991 nt）、ⅢCRF01_AE（HX B2,5992—9295 nt）、ⅣB（HXB2,9296—9406 nt）。各亚型基因片段的系统进化树分析进一步表明该序列的可能亲本来源为CRF01_AE和B亚型。HIV BLAST的结果显示,该序列与CRF112_01B的相似性为96%,系统进化树分析进一步验证该序列与北京市男男性行为者（men who have sex with men,MSM）中的CRF112_01B序列聚集。结论?本研究在保定市MSM人群中发现了1例由CRF01_AE和B亚型重组的新型重组毒株CRF112_01B,提示HIV-1 CRF112_01B已通过MSM人群传入河北,并开始在保定市传播,因此加强该亚型或者类似新型毒株的监测,对有关部门采取针对性防控措施和遏制新型重组毒株在本地区的传播和流行具有重要意义。     

云南省临沧市2012年HIV-1基因型和耐药传播警戒线调查

目的了解2012年临沧市未经抗病毒治疗的艾滋病病毒I型（HIV1）感染者中,病毒的基因型分布和耐药株传播水平。方法根据HIV-1耐药警戒线调查实施方案,对2012年2—7月,临沧市符合方案要求的50份年龄在18—25岁的、新发现的HIV-1感染者的血浆样本,进行耐药基因型检测和耐药株传播水平分析。结果50份血浆样本中,36份完成了基因型及耐药鉴定。通过进化分析对pol区进行分型,75．0％（27／36）的样本为CRF08-BC,其他依次为URF—BC（8．3％,3／36）、CRF07-BC（5．6％,2／36）、CRF01-AE（5．6％,2／36）和c亚型（5．6％,2／36LURF—BC重组中有两例重组模式相同。获得的序列中未检测到监测相关的耐药突变（Surveillancedrugresistancemutations,SDRM）,按照耐药警戒线的统计方法估算,耐药株流行率〈5％。结论临沧市目前主要流行的HIV-1亚型为CRF08-BC,HIV-1耐药株处于低度流行水平。为控制耐药传播水平的上升,在加强重点人群艾滋病防治的基础上,应加强规范艾滋病抗病毒治疗及科学管理,同时有计划地开展相关的耐药监测。     

凉山州2009年HIV-1主要流行区分子流行病学调查

目的了解凉山州艾滋病病毒I型(HIV-1)流行毒株的亚型、传播途径和病毒在人群中的分布。方法运用反转录巢式聚合酶链反应(PCR)的方法,扩增2009年凉山州266份血浆样本中HIV的gag基因片段。对获得的核酸序列进行系统进化分析。结果凉山HIV-1的流行毒株为CRF07_BC和CRF08_BC毒株,其中CRF07_BC比例为98.3%,为最主要的流行毒株。266份HIV-1阳性样本中,静脉注射吸毒感染者的比例为63.5%,其次为异性性接触感染者,比例为14.3%。结论凉山HIV-1感染者最主要的感染途径是静脉注射吸毒,最主要的流行毒株是CRF07_BC毒株,具有共同的病毒来源。     

上海市浦东新区HIV-1感染者基因亚型分析

目的了解浦东新区艾滋病病毒1型(HIV-1)感染者的病毒亚型分布特征,为该区制定针对性的艾滋病防治策略和措施提供科学依据。方法采用分层抽样的方法选取浦东新区242例HIV-1感染者的血浆标本,应用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,将PCR产物测序分析,确定基因亚型,并结合现场流行病学调查资料进行分析。结果获得186份pol区基因片段,HIV-1亚型分布显示,CRF01_AE比例最大,为52.69%,其次为CRF07_BC,31.72%,B,5.91%。CRF08_BC未在同性性传播者中发现,在异性性传播者中占5.36%。CRF01_AE与B亚型重组体在25岁以下年龄组和外地户籍感染者中相对较高,分别为12.20%和6.25%。在同性性传播者中发现2例CRF01_AE和CRF07_BC的重组体。结论浦东新区HIV感染者HIV-1型流行株呈现多样化的特点,且分布与年龄、户籍、文化程度以及传播途径相关。     

出入境人群HIVenv基因部分序列特征和亚型研究

目的 对出入境人员中的艾滋病病毒(HIV)感染者进行病毒基因型测定，监测国内外流行的HIV毒株的状况及其变化。方法 用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)或直接套式PCR方法扩增HIVenv基因C2-V3区及其邻近的基因片段，然后直接进行核苷酸序列测定，与国际标准亚型序列比较，确定基因型并进行系统分析。结果 2003年确认的19例HIV阳性样品中，15例扩增出目的基因片段并进行了序列测定，确定为B亚型4例，B’亚型2例，D亚型2例，CRF01-AE重组亚型1例，CRF02-AG重组亚型6例。这些不同亚型的HIV-1感染者来自包括中国在内的6个国家。HIV-1基因型的分布与我国国内有很大不同。结论 出入境人群中HIV-1基因型种类多且复杂，监测出入境人群HIV基因型及其变化对于发现和鉴定新型变异毒株十分重要。     

大连市HIV-1亚型分布及流行特征分析

目的了解大连市近年新确证艾滋病病毒（HIV）感染者HIV-1的基因亚型分布及其流行特征。方法对144份全血标本分离血浆,提取核糖核酸,巢式聚合酸链反应扩增及序列测定,对测得的序列进行生物信息学分析,确定基因亚型,分析流行特征。结果 144份全血标本中,得到103例HIV感染者的有效基因序列,包括CRF01-AE、B（B’）、C、CRF-BC亚型及未确定重组型。其中CRF01-AE重组型占62.14%（64/103）,B（B’）占25.24%（26/103）,C亚型占1.94%（2/103）,BC重组型占9.71%（10/103）,未确定重组型占0.97%（1/103）。系统进化树显示,大连毒株与东北、北京等地区的毒株亲缘关系较近,存在交叉传播。结论大连市HIV感染者中,CRF01_AE为主要流行亚型,性途径尤其是男男同性传播是各亚型主要传播途径,与全国范围分子流行病调查结果有统计学差异。     

重庆市HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的对重庆市流行的艾滋病（AIDS）病毒1型（HIV-1）进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据.方法用套式聚合酶链反应（nested-PCR）对31份重庆市HIV-1抗体阳性者外周血单个核细胞（PBMC）中前病毒DNA的膜蛋白基因的C2-V3区,及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析.结果31份标本中有21份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为67.6%.经过基因离散率计算和系统树分析后证实：1份标本为CRF01-AE流行重组毒株,20份标本为HIV-1 BC重组毒株.结论目前重庆市HIV-1 BC重组病毒为优势流行株,为有效控制HIV流行,需要重点在吸毒人群中开展行为干预措施.     

河南和新疆地区HIV-1毒株gp120和gag基因的变异分析

目的分析中国河南和新疆地区艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株gp120和gag基因全长序列的变异特征。方法PCR扩增河南和新疆HIV-1确认阳性样本前病毒DNA gp120和gag全长基因,测序得到40份gp120和41份gag基因序列,用GCG软件包等软件进行分析。结果河南省HIV-1毒株为B′亚型,新疆维吾尔自治区HIV-1毒株为CRF07 BC亚型。B′亚型毒株gp120基因中变异程度最大的区段是V5区段,最小的是C1区段;CRF07BC亚型毒株中变异最大的是V1区段,最小的是C4区段。两种亚型毒株gp120和gag基因的Ks/Ka值<1(P<0.05)。结论对于病毒基因全长序列的分析可以更多地反映病毒的特性。gp120基因各个区段在B′和CRF07BC亚型毒株中的变异程度不一致。B′和CRF07 BC亚型毒株的gp120基因和gag基因都受到正向选择压力的作用。