DNA条形码技术在陕西省鼠形动物鉴定中的应用

目的 探究应用DNA条形码技术进行分子生物学鉴定的可行性,弥补形态学鉴定缺陷。方法 结合鼠疫监测工作,使用样方法、5 m夹笼法、夹夜法采集鼠形动物标本,所有标本形态学初步鉴定后基于线粒体细胞色素C氧化酶I亚基基因(COI基因)进行分子鉴定,计算遗传距离,构建系统发育树。结果 获得709只鼠形动物的COI基因序列,隶属于3目10科24属38种。COI基因序列显示种内遗传距离在3.6%以内, 平均为1.4%,种间遗传距离大于5.6%, 种间遗传距离显著大于种内遗传距离,属间、科间遗传距离界限不明显,对多只鼠形动物形态学鉴定结果进行了纠正。系统发育树显示同种个体聚为高支持度的单一分支,发现索氏仓鼠和中国仓鼠2个隐存种。结论 DNA条形码技术可对鼠形动物进行有效的鉴定,但因数据库的不完善,仍需将传统的分类学鉴定方法和现代分子生物学鉴定方法结合,以保证鉴定结果的准确性。     

基于COI基因的柴达盆地常见寄生蚤种的DNA条形码分析

目的 COI基因对柴达木盆地部分蚤种进行分子生物学鉴定,旨在完善蚤类传统形态分类法的不足。方法 PCR扩增68份蚤类标本的COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对;用MEGA 6软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树。结果 共测得柴达木盆地19种蚤的68条COI基因序列,种内遗传距离0.01%~2.9%,种间遗传距离3%~15.4%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。结论 NJ树显示同一物种形成高支持率的单系,种间分支很明显,表明COI可以作为DNA条形编码基因对柴达木盆地的常见蚤类进行物种鉴定。     

滇西横断山区家畜体表蜱类调查及鉴定

目的 调查滇西横断山区家畜体表蜱的种类。方法 采集家畜体表寄生的蜱虫,经形态学鉴定后,用PCR法扩增蜱虫样本的16S rRNA、12S rRNA、COI、ITS2的基因片断,测序后进行序列分析。结果 共采集成虫蜱样本1 874只,经形态学鉴定为1科、1属(扇头蜱属Rhipicephalus)、4种,其中微小扇头蜱(R. microplus)1 637只(占87.35%)),镰形扇头蜱(R. haemaphysaloides)218只(11.63%),短小扇头蜱(R. pumilio)11只(0.59%),血红扇头蜱(R. sanguineus)8只(0.43%)。样品分子鉴定结果与形态学鉴定结果一致。系统发育树分析显示,微小扇头蜱Y2 16S rRNA、12S rRNA、COI、ITS2的基因序列分别与来自印度(EU918188)、贵州(KC503259)、马来西亚(KM246873)、贵州(KC503274)的微小扇头蜱在同一分支上,而与以往云南发现的微小扇头蜱不在同一分支;镰形扇头蜱Y5的 16S rRNA、12S rRNA和COI基因序列分别与来自泰国(KC170743)、台湾(DQ003005)和湖南(KM083593)的镰形扇头蜱在同一分支上;短小扇头蜱Y6和Y01 的ITS2基因序列与来自澳大利亚的短小扇头蜱(AF271282)在同一分支上。结论 滇西横断山区家畜体表蜱以微小扇头蜱为优势种,短小扇头蜱为云南境内首次发现。     

甘肃省鼠疫疫源地蚤类DNA条形码分析

目的将DNA条形码技术应用到蚤类鉴定中,提高甘肃省鼠疫监测质量。方法在甘肃省鼠疫疫源地4个县(区)采集57份蚤类样本,PCR扩增细胞色素c氧化酶亚基(COI)基因片段,PCR产物进行测序;序列进行比对,采用Mega 7.0软件计算种内及种间遗传距离,邻接法构建系统发育树。结果共测得4科9属11种57条COI基因序列。发现种内遗传距离为0~1.8%,种间遗传距离为12%~25%;种间遗传距离显著大于种内遗传距离。进化树显示所有蚤类COI序列形成11个单一分支,种间分支明显。结论 DNA条形码能够用于甘肃省鼠疫疫源地蚤类的分子鉴定,克服形态学鉴定方法的缺陷。     

基于线粒体COI基因序列进行库蠓二囊亚属近似种的分子鉴定

目的 通过采用线粒体COI基因进行库蠓近似种分子鉴定的方法,来弥补传统形态学在种类鉴定中存在的操作繁琐、难度大等不足,从而实现库蠓近似种的快速、准确鉴别。方法 采用DNA测序的方法获得库蠓属二囊亚属的林岛库蠓(C. gaponus)、标翅库蠓(C. insignipennis)、无害库蠓(C. innoxius)、连斑库蠓(C. jacobsoni)、南山库蠓(C. lansangensis)、新竹库蠓(C. liui)、长喙库蠓(C. longirostris)、异域库蠓(C. peregrinus)等8种库蠓近似种的部分线粒体COI序列,并对其进行分子鉴定;基于Kimura 2-parameter模型分析遗传距离,同时应用MEGA 6.0软件以荒川库蠓C. arakawai为外群构建系统发育树。结果 8种库蠓COI序列长度约650 bp;遗传距离在种内和种间具有统计学差异(t=119.452,P<0.05);系统发育树中不同库蠓种类各自构成单系(群),同种类不同地理种群聚为一支。结论 本研究证实了线粒体COI序列可用于进行库蠓近似种的分子鉴定。     

中哈边境阿拉山口口岸输入性猫栉首蚤指名亚种线粒体COI和COII基因序列分析

目的 分析阿拉山口口岸地区输入性猫栉首蚤指名亚种细胞色素C氧化酶I(COI)和II(COII)基因特征和系统进化关系。方法 从2014年1月入境集装箱死猫体表采集蚤类样本,形态学鉴定完毕后提取DNA,PCR 扩增COI和COII基因并测定序列,使用Mega 6.0通过ML法构建系统发育树。结果 猫栉首蚤指名亚种COI和COII基因富含A+T,碱基突变多为置换突变,无移码,缺失和插入突变;Blast显示与澳大利亚猫栉首蚤指名亚种同源性较高(99%)。结论 COI基因序列存在足够的变异能够区分亲缘关系很近的种类,为外来或新发现的蚤种的鉴别提供了分子水平的技术依据。     

江西省赣州市蜱携带立克次体和埃立克体的调研

目的 了解江西省赣州市蜱的种类及其携带的病原体,为蜱传疾病的防控提供科学依据方法 在野外用布旗法和在动物体表采集蜱,进行种类鉴定。用PCR法扩增立克次体(Rickettsia sp.)gltA基因和埃立克体(Ehrlichia sp.)16S rRNA基因片段并测序,进行系统进化分析结果 江西省赣州市4县采集的395只蜱的种类包括2属4种,分别为血蜱属的长角血蜱(Haemaphysalislongicornis)、嗜群血蜱(H. concinna)、具角血蜱(H. cornigera)和扇头蜱属的微小扇头蜱(Rhipicephalus microplus)。395只蜱分为43批检测立克次体和埃立克体,共有18批阳性。系统进化分析显示,龙南县22批蜱中检测到16批阳性,来源于具角血蜱的LN1615株与扇头蜱立克次体(R. rhipicephali)处于同一分支,来源于微小扇头蜱的LN1620株与马赛立克次体(R. massiliae)处于同一分支,其余的12株来源于具角血蜱和2株来源于微小扇头蜱,与日本立克次体(R. japonica)处于同一分支。崇义县CY1602株来源于嗜群血蜱与R. raoultii处于同一分支。于都县YD1606株为来源于长角血蜱的埃立克体,与2010年Yonaguni206(HQ697589)、Yonaguni138(HQ697588)和2009年HLAE178(GU075695)处于同一分支。安远县微小扇头蜱检测均为阴性结论 本文对江西省赣州市采集的蜱进行了鉴定,首次在江西省赣州市的蜱中检测到日本立克次体、扇头蜱立克次体、马赛立克次体、R. raoultii和埃立克体,为江西省蜱种类的调查及其传播疾病的预防控制提供根据。     

基于COI与18S rRNA基因序列的4种肉食螨DNA条形码研究

目的　基于线粒体细胞色素C氧化酶亚基I（COI）与核糖体18S小亚基（18S rRNA）基因序列,分析确定4种肉食螨合适的DNA条形码,从而进一步完善肉食螨DNA条形码数据库。方法　2018年5月—2019年7月于安徽省阜阳、芜湖、铜陵等3市小型面粉作坊采集分离肉食螨样本,经形态学鉴定后,提取单个螨基因组DNA,经PCR扩增、克隆和测序获得COI与18S rRNA基因序列,所获序列进行BLAST比对。结合已报道肉食螨序列,用ClustalX 1.83软件进行多序列比对,基于MEGA X软件进行序列分析并计算遗传距离,采用最大似然法构建系统发育树。结果　马六甲肉食螨、转开肉食螨、鳞翅触足螨分子鉴定结果与形态学一致,而GenBank中缺少网真扇毛螨相关序列。4种肉食螨COI与18S rRNA 基因序列（A + T）分别为69.6%和55.1%,碱基替换数分别为137对和46对。基于COI与18S rRNA基因序列变异位点分析,发现4种肉食螨种间变异位点分别为154 ~ 321个和58 ~ 99个。4种肉食螨COI与18S rRNA基因序列种内遗传距离均≤ 0.020,种间遗传距离分别为0.235 ~ 0.583和0.078 ~ 0.114。基于COI与18S rRNA基因序列的系统发育树显示,4种肉食螨均能各自聚为一支,支持率均达100%,与形态学鉴定结果一致。结论　线粒体COI基因序列作为4种肉食螨DNA条形码优于18S rRNA基因序列,更适用于探索肉食螨的属、种低阶元亲缘关系。     

DNA条形码技术鉴定我国部分白蛉蛉种

目的 探讨DNA条形码技术在白蛉物种鉴定中的可行性。方法 通过研究白蛉亚科3个属9个物种的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I基因序列,以Kimura双参数模型进行种内种间遗传距离分析、使用邻接法构建系统发育树。结果 种内平均遗传距离(0.8%)远远小于种间平均遗传距离(11.2%),同种个体聚为高支持度的单一分支。结论 基于线粒体COI基因的DNA条形码可以将不同蛉种很好的区分开来,可以作为一种有效的工具在白蛉物种鉴定中应用。     

内蒙古部分地区草原革蜱携带无形体检测与进化分析

目的 探究内蒙古地区草原革蜱无形体感染情况,鉴定蜱传无形体种属并进行系统进化分析。方法 基于无形体16S rRNA基因、groEL基因和MSP4基因合成特异引物,对内蒙古地区采集的蜱虫标本进行PCR扩增,将阳性样本进行测序和分析并构建系统发育进化树。结果 将采集的905只蜱虫经形态学鉴定后将168只饱血蜱与737只未饱血蜱分为220个蜱虫混合样本,经检测有41个无形体阳性样本均来自于单只饱血蜱样本,总阳性检出率为4.53%(41/905),其中呼伦贝尔地区阳性率为1.03%(3/292);赤峰地区阳性率为3.13%(17/543);鄂尔多斯地区阳性率为30%(21/70),Blast比对分析结果显示与绵羊无形体同源性高达99%以上。系统发育进化树和同源性比对分析结果显示内蒙古地区16S rRNA基因的序列与新疆绵羊无形体xjmns03(JN400674)同源性最高,为99.49%;groEL基因序列与苏丹青尼罗州绵羊无形体G-BN-40(MG383903)同源性最高,为98.77%;MSP4基因序列与与陕西绵羊无形体D/SX786(MN307493)同源性最高,为100.00%。结论 内蒙古地区存在蜱传绵羊无形体,鄂尔多斯地区阳性率最高,为避免蜱传疾病对动物及人类健康造成危害,应重点对鄂尔多斯地区进行科学防控。     

宁夏啮齿动物DNA条形码分析

目的 促进宁夏不同地区人兽共患病自然疫源地宿主动物的准确分类和鉴定,提高形态分类的准确性,探讨DNA条形码技术分型的可行性。方法 在宁夏不同地区及生境采集啮齿动物标本154份,扩增标本的COI基因部分序列,并进行测序和相关分析。结果 捕获的19个形态种的啮齿类动物中,通过COI基因的分析发现20个分子种。形态上鉴定为黑线仓鼠的标本存在2个分子种;贺兰山鼠兔在分子上与褐斑鼠兔比较接近,遗传距离为3.6%;结论 DNA条形码可以用于啮齿动物标本的准确鉴定,纠正形态鉴定的错误;可以发现形态无法区分的隐含种,可以更好的研究啮齿类的分类及进化关系。     

DNA barcoding for identification of sand fly species (Diptera: Psychodidae) from leishmaniasis-endemic areas of Peru

Phlebotomine sand flies are the only proven vectors of leishmaniases, a group of human and animal diseases. Accurate knowledge of sand fly species identification is essential in understanding the epidemiology of leishmaniasis and vector control in endemic areas. Classical identification of sand fly species based on morphological characteristics often remains difficult and requires taxonomic expertise. Here, we generated DNA barcodes of the cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) gene using 159 adult specimens morphologically identified to be 19 species of sand flies, belonging to 6 subgenera/species groups circulating in Peru, including the vector species. Neighbor-joining (NJ) analysis based on Kimura 2-Parameter genetic distances formed non-overlapping clusters for all species. The levels of intraspecific genetic divergence ranged from 0 to 5.96%, whereas interspecific genetic divergence among different species ranged from 8.39 to 19.08%. The generated COI barcodes could discriminate between all the sand fly taxa. Besides its success in separating known species, we found that DNA barcoding is useful in revealing population differentiation and cryptic diversity, and thus promises to be a valuable tool for epidemiological studies of leishmaniasis.     

应用形态学及DNA条形码技术鉴别广西横县地区两种豆螺

目的 目的 应用形态与DNA条形码技术鉴别广西横县两种形态相似、 栖息生境相同的豆螺——硬豆螺 （Bithynia ro? busta） 与赤豆螺 （Bithynia fuchsiana）。方法 方法 在广西横县的河流、 沟渠和池塘等生境采集赤豆螺和硬豆螺, 观察两种豆 螺的外部形态并测量其主要参数, 比较螺的雄性生殖系统形态。此外, 应用基于COI基因的DNA条形码技术进行螺种鉴 别, 并构建系统树。结果 结果 共采获两种豆螺29个, 包括19个赤豆螺和10个硬豆螺。两种豆螺的个体外形基本一致, 其 壳高、 壳宽及形状相近, 雄性生殖系统形态相似。COI基因序列变异较小, 22条序列共有11个变异位点。经序列的整理 和剪切后, 22个个体的COI基因片段均为517 bp, 无插入、 缺失位点。基于COI基因序列构建的系统树表明两类群的个 体明显聚为一支。结论 结论 根据形态学和COI基因序列证据, 采自广西横县的赤豆螺与硬豆螺可能为同种异名。     

基于DNA条形码技术鉴定青海柴达木盆地小型兽类

目的 为弥补传统形态分类方法不足,提高小型兽类现场鉴定成功率和准确性。方法 将采自青海省柴达木盆地总计3目5科12属145只小型兽类进行COI基因序列检测。结果 分析所测全部COI基因序列,种内遗传距离0.01%~2.2%,种间遗传距离10.9%~15.6%,种间遗传距离显著大于种内遗传距离。属间遗传距离16.2%~21.3%,科间遗传距离16.2%~27.0%, NJ树显示同种个体聚为高支持度的单一分支,在14个形态种中共发现17个分子种。讨论 研究结果表明DNA条形码技术能纠正传统形态学鉴定中的错误, 提高动物分类鉴定的准确性。     

Molecular phylogenetic relationship of Paragonimus pseudoheterotremus

A part of the mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene and the nuclear ribosomal DNA second internal transcribed spacer 2 (ITS2) of a newly described lung fluke, Paragonimus pseudoheterotremus, were sequenced and compared with P. heterotremus, the species with a similar morphology. Pairwise distance of COI sequences revealed a genetic difference between P. heterotremus and P pseudoheterotremus with a nucleotide difference of COI sequences between these two species of 10.6%. The constructed phylogenic tree with high bootstrap proportion suggested that P. pseudoheterotremus is a sister species of P. heterotremus.