酒精性肝病患者血浆外泌体差异蛋白的分析

目的筛选酒精性肝病(alcoholic liver disease, ALD)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为ALD患者的治疗和诊断提供参考依据。方法选取2021年5月至2021年10月在首都医科大学附属北京佑安医院住院并确诊为ALD的患者和健康体检者各3例,超速离心分离提纯外泌体,提取蛋白,串联质谱标签(tandem mass tag, TMT)标记后,采用定量蛋白组学技术对两者血浆中的外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选出差异蛋白,并用生物信息学分析差异蛋白的功能及其参与的生物学过程。结果共鉴定到可定量蛋白质387种,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05为标准筛选出差异蛋白27种,与健康对照组相比,ALD组上调蛋白15种、下调蛋白12种,生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了脂质的代谢、免疫反应和细胞的死亡等生物学过程,并与炎症反应、细胞的损伤和补体级联反应等信号通路密切相关。结论 TMT标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ALD早期诊断的血清学标志物及治疗靶点。     

非酒精性脂肪性肝病患者血浆外泌体差异蛋白分析*

目的 筛选非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者血浆外泌体差异蛋白,分析其功能及其生物学过程,为NAFLD患者临床诊断提供参考依据。方法 2020年7月～10月我院诊治的NAFLD患者3例和健康体检者3例,采用串联质谱标签(TMT)标记定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,了解其参与的生物学过程。结果 经外泌体蛋白质组学分析,共鉴定出蛋白质387种,以倍数上调＞1.2倍或下调＞1.2倍,且P＜0.05为标准筛选出差异表达蛋白34种;健康人比,NAFLD患者上调蛋白25种,下调蛋白9种;生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了脂质的储存和代谢、免疫反应、纤维素形成等生物学过程,并与胰岛素抵抗、炎症反应、细胞损伤等信号通路密切相关。结论 采用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选NAFLD患者差异蛋白可能为其诊治提供指引。     

基于数据非依赖性采集技术的扩张型心肌病血清蛋白质组学分析

目的 比较扩张型心肌病（DCM）患者和对照组血清蛋白的表达差异,探索DCM新的循环生物标志物。方法 使用数据非依赖性采集（DIA）技术的质谱分析方法鉴定两组样本蛋白质的表达情况,对鉴定出的差异蛋白进行基因本体（GO）富集分析、真核生物同源组（KOGs）分析、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果 与对照组相比,DCM患者血清中表达上调的蛋白144种,下调的蛋白10种。GO富集分析显示,差异蛋白参与细胞过程、生物调节、对刺激应答、代谢过程等生物学过程,发挥绑定功能、催化活性、分子功能调节等分子功能。KOG分析显示差异蛋白种类以细胞骨架最多。KEGG通路分析显示差异蛋白富集最多的通路为免疫系统。差异蛋白S10A8、S10A9富集于白细胞介素17(IL-17)信号通路,CO4A2、SDC1、GPV富集于细胞外基质受体交互通路。结论 本研究筛选出154种差异蛋白,可能成为DCM新的循环标志物。     

肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶转基因小鼠肝脏核糖核酸测序差异表达基因分析研究

目的:本研究通过对肝脏特异性Ⅰ型11β-羟基类固醇脱氢酶(11β-HSD1)转基因小鼠进行表型分析,并对其肝脏组织进行RNA测序(RNA-seq),获得长链非编码RNA(lncRNA)和信使RNA(mRNA)表达谱,重点分析与脂质代谢相关的mRNA和lncRNA的差异表达基因。方法:构建肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠;收集野生型和肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠的肝脏组织;油红O染色观察肝脏组织脂质蓄积情况;酶法测定肝脏组织三酰甘油含量;利用蛋白免疫印迹检测脂代谢相关蛋白表达情况;提取两组小鼠肝脏RNA,通过RNA-seq构建mRNA和lncRNA差异表达谱;通过GO和KEGG PATHWAY分析对差异表达的基因进行生物学过程的富集和脂质代谢通路的分析,筛选出与脂代谢相关的差异显著的mRNA和lncRNA;通过实时荧光定量PCR验证肝脏组织中部分差异显著的与脂代谢相关的基因表达水平。结果:肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠相比野生型小鼠,肝脏高度表达11β-HSD1蛋白,模型构建成功。与野生型小鼠相比,肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积,脂质合成通路激活。RNA-seq测序显示,两组样本中有323条差异表达的lncRNA和825条差异表达的mRNA。其中123条lncRNA表达上调,200条lncRNA表达下调;表达上调和下调的mRNA数目分别为376和449。进一步对其进行GO富集分析,结果显示差异表达的RNA主要参与脂质代谢、脂质生物合成和脂肪酸代谢等生物学过程。实时荧光定量PCR验证部分基因表达水平的结果与RNA-seq测序一致。结论:本研究获取了全面的肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠转录组信息,加深了对肝脏特异性11β-HSD1转基因小鼠肝脏脂质蓄积的理解,为脂肪肝的防治提供理论依据。     

类风湿关节炎合并干眼病患者血清中差异蛋白的分析

目的筛选类风湿关节炎(RA)合并干眼病(DED)患者血清中差异蛋白,分析其功能及生物学过程。方法选取RA患者20例纳入对照组,同时选取RA(病程1～20年,平均10年)合并DED患者20例纳入观察组,用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对两组血清中蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白;通过生物信息学分析差异蛋白功能及参与RA合并DED发病的生物学过程。结果共鉴定到345种蛋白,筛选出13种差异表达蛋白,其中上调蛋白9种、下调蛋白4种。13种差异蛋白在细胞代谢、生物调节、生物学过程中发挥重要作用,并具有分子结合功能,在RA合并DED发病过程中参与氧化应激、免疫和炎症反应、脂类代谢等过程。结论用Label-free定量蛋白质组学技术筛选出的相关血清差异蛋白,可作为诊断为RA合并DED早期血清学标志物。     

慢加急性肝衰竭不同预后患者血浆外泌体差异蛋白的生物信息学分析

目的筛选不同预后慢加急性肝衰竭(ACLF)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为患者临床诊断提供参考依据。方法前瞻性选取2019年7月—10月于首都医科大学附属北京佑安医院住院确诊的ACLF患者10例,随访90 d,患者死亡或肝移植归入肝移植/死亡组(n=5),患者存活归入生存组(n=5),两组一般资料指标比较采用Mann-Whitney U秩和检验。采用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,使用R-3.5.1软件对差异蛋白进行层次聚类分析,分析其参与的生物学过程。结果外泌体蛋白质组学分析共鉴定出860种蛋白,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05的标准筛选出差异表达蛋白116种,与肝移植/死亡组相比,生存组上调蛋白62种、下调蛋白54种。生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了免疫反应、信号转导、囊泡介导的转运、细胞死亡和增殖等生物学过程,并与炎症反应、糖类和氨基酸代谢、肝细胞损伤及再生等信号通路密切相关。结论非标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ACLF早期诊断及预后判断的血清学标志物。     

活血益心方干预急性冠脉综合征气虚血瘀证的代谢组学研究

目的:探讨活血益心方治疗急性冠脉综合征气虚血瘀证的作用机制。方法:13例急性冠脉综合征病人按随机数字表分为治疗组和对照组,利用高效液相色谱-质谱联用技术检测两组病人治疗前后的血清代谢物,并将两组病人与非冠心病人群的代谢谱进行对比分析,筛选出差异代谢物,预测与疾病治疗相关的代谢通路。结果:急性冠脉综合征人群具有特异的代谢谱,与非冠心病人群代谢谱存在显著差异。与对照组相比,活血益心方干预后,急性冠脉综合征人群血清熊去氧胆酸、鞘氨醇、甲基丙二酸等9种物质表达水平明显上调,去甲肾上腺素、丙酮酸、L-色氨酸等21种物质表达水平明显下调。差异代谢物通路分析发现,活血益心方治疗急性冠脉综合征的作用机制主要涉及2型糖尿病、低氧诱导因子(HIF)-1信号通路、环磷酸腺苷(cAMP)信号通路、烟酸和烟酰胺代谢、胆固醇代谢、泛酸和辅酶A生物合成、三羧酸循环、心肌细胞的肾上腺素能信号传导、氧化磷酸化。结论:鉴定出30个潜在生物标志物,涉及2型糖尿病、HIF-1信号通路、cAMP信号通路等15条代谢途径,主要参与心肌细胞的氧化应激、心肌细胞的兴奋-收缩偶联、动脉粥样硬化炎症反应、细胞凋亡和乙酰化反应等生物学过程...     

基于同位素标记的相对和绝对定量的糖尿病并发肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的: 比较糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者与糖尿病并发肺结核(diabetes mellitus complicated with pulmonary tuberculosis,DM-PTB)患者的血浆蛋白质谱差异,筛选DM-PTB潜在蛋白质生物标志物,为进一步探索DM-PTB的发病机制提供思路。方法: 采用回顾性研究的方法,选取于2017年1月至2018年1月在黑龙江省传染病防治院确诊的DM患者和DM-PTB患者各16例,采用基于同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白质组学技术分析两组间血浆蛋白质谱,以DM-PTB组对DM组蛋白表达量变化倍数>1.2或<0.83且P<0.05为标准筛选差异蛋白,并对差异蛋白进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析等生物信息学分析。结果: 共筛选出275个差异表达蛋白,其中有111个在DM-PTB组上调,有164个在DM-PTB组下调。GO分析显示,差异表达蛋白富集数目最多的生物学过程为细胞过程(92.00%,253/275),定位于细胞器(87.27%,240/275),分子功能为结合(90.55%,249/275)。KEGG代谢通路分析显示,差异表达蛋白共富集到26条代谢通路(错误发现率<0.05),富集数目最多的通路为黏着斑通路(22个蛋白),此外PI3K-Akt信号通路、胆固醇代谢通路、血小板激活通路、吞噬体通路和补体及凝血通路等与糖脂代谢和免疫相关的通路也发生了变化。结论: 本研究通过iTRAQ蛋白质组学方法筛选出了DM-PTB患者的差异表达蛋白,发现这些差异表达蛋白参与了与细胞活动、糖脂代谢和免疫调节相关的信号通路,提示上述通路的变化可能与DM-PTB的发病密切相关。     

基于iTRAQ技术的阿司匹林相关胃黏膜病变差异蛋白质组学研究

目的 应用同位素相对标记与绝对定量技术(isotope relative labeling and absolute quantification technique, iTRAQ)筛选阿司匹林相关胃黏膜病变的差异蛋白，分析生物信息，探讨阿司匹林导致胃黏膜病变的发病机制。方法 分别收集口服阿司匹林6个月以上患者的胃黏膜病变(包括胃炎、胃溃疡)标本作为实验组，未口服阿司匹林健康体检者的正常胃黏膜标本作为对照组，采用iTRAQ技术对差异蛋白进行筛选与鉴定。通过检索Gene Ontology数据库，针对细胞组分、生物学过程、分子功能对差异蛋白在功能方面进行富集；通过KEGG的Pathway数据库，定位差异蛋白到相应的生化代谢途径和信号转导途径，将不同的蛋白质富集到共同代谢途径中。结果 共鉴定出298个差异蛋白，与对照组相比差异有统计学意义，其中235个蛋白表达上调，63个蛋白表达下调。生物信息学分析发现差异蛋白主要参与了129种细胞组分、733种生物学过程、123种分子功能、55条信号转导通路。差异蛋白的基因分子功能主要包括异源性二聚体蛋白的活性、MAPK级联反应、受体激动剂活性、CCR10...     

沉默MCM7基因后肝癌SMMC-7721细胞差异表达基因的筛选

目的:探究微小染色体维持蛋白7(minichromosome maintenance protein 7,MCM7)基因在调节肝癌细胞生长的相关机制.方法:通过s i R N A干扰技术沉默人肝癌SMMC-7721细胞中的MCM7基因表达,采用人全基因组表达谱芯片,筛查MCM7沉默后差异表达基因,进行生物信息学分析,并对部分差异表达基因进行蛋白免疫印迹法(Western blot)验证.结果:芯片筛选出在人肝癌SMMC-7721细胞中沉默MCM7基因后差异表达基因1010个,其中上调基因391个,下调基因619个.这些基因主要涉及生物大分子代谢、细胞周期调控、细胞增殖、细胞凋亡等方面,参与胞吞、肿瘤相关通路、P53信号通路、mTOR信号通路等通路的改变.Western blot对部分差异基因表达验证的结果显示CCND1、SKP2和JUP蛋白表达均下调,与芯片检测结果一致.结论:应用人基因表达谱芯片,成功筛选出沉默MCM7基因后人肝癌细胞SMMC-7721差异表达基因,为探究MCM7基因影响肝癌细胞生长提供了有效线索.     

肝癌相关差异基因的生物信息学分析

目的采用生物信息学方法对肝癌差异表达基因进行基因功能和信号通路分析,为临床筛选肝癌发生、发展的相关分子标志物及药物靶点提供理论基础。方法从公共数据库(GEO)中获取18例肝癌组织和18例癌旁组织的基因表达阵列数据进行生物信息学分析,筛选差异表达基因。利用DAVID和STRING数据库对差异表达基因进行基因功能、信号通路和蛋白相互作用分析。结果通过对两组数据的差异表达基因筛选,共获得1 108个差异表达基因,其中上调基因605个、下调基因503个。差异表达基因主要涉及细胞周期、DNA复制、癌通路、p53信号通路、黏附、补体途径、三大营养物质代谢及性激素代谢等。通过STRING数据库分析列出位于前20位蛋白互作网络的中心节点蛋白。结论本研究采用生物信息学方法对肝癌基因芯片数据进行挖掘,从基因水平探讨肝癌发生发展的物质基础、分子功能和生物学过程,为肝癌发生的机制研究、肿瘤标志物的筛选及药物靶点选择提供参考。     

二甲双胍在大鼠酒精性肝损伤中的保护作用及其机制

酒精性肝病(ALD)的发病与脂质代谢紊乱、肝细胞线粒体内脂肪酸氧化障碍和氧化应激等有关[1-2].腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)被称为细胞的"代谢感受器",存在于线粒体内,其信号通路是调节细胞能量状态的中心环节,AMPK激活后可以提高胰岛素敏感性、增加脂肪酸氧化及改善氧化应激.二甲双胍是AMPK的变构激活剂,可以通过调节AMPK、胰岛素受体(INSR)和固醇调节元件结合蛋白(SREBP)的表达来改善胰岛素抵抗,减轻酒精所致的肝脏损伤.本研究旨在探讨二甲双胍通过改善胰岛素抵抗而预防酒精性肝病的作用机制.     

基于非依赖性全扫描采集蛋白组学技术初步研究继发性多房棘球蚴病小鼠差异表达蛋白

目的　通过高分辨质谱数据非依赖性全扫描采集（data independent acquisition,DIA）蛋白组学技术鉴定多房棘球蚴病小鼠不同肝脏组织的差异表达蛋白,寻找其中可能与多房棘球蚴病致病相关的关键蛋白。方法　分离多房棘球蚴病青海田鼠体内原头节,用原头节感染雌性昆明小鼠（6～8周龄）进行造模。小鼠分为实验组与对照组,实验组注射约3 000个原头节,对照组注射等量生理盐水。两组小鼠培养1年后取实验组和对照组小鼠肝脏组织进行病理学检查,另取实验组小鼠肝脏病灶组织（病灶组）、病旁组织（病旁组）及对照组小鼠正常肝脏组织（正常组）进行蛋白DIA定量分析并筛选差异表达蛋白,对差异蛋白进行生物信息学分析。结果　在病灶组与正常组间检出1 020种差异表达蛋白,其中671种上调蛋白、349种下调蛋白;在病旁组与正常组间检出495种差异表达蛋白,其中327种上调蛋白、168种下调蛋白。京都基因和基因组百科全书（KEGG通路）富集分析显示,这些差异表达蛋白参与过氧化物酶体、过氧化物酶体增殖激活受体（PPAR）信号通路、脂肪酸降解等重要通路。通过文献检索,发现过氧化物酶体及PPAR信号通路与肝损伤相关,在这两条通路中共筛选出脂肪酸转运蛋白1（Fabp1）、肝衰竭与长链脂酰CoA合成酶（Acsl1）、酰基辅酶A氧化酶1（Acox1）、三羟酰辅酶A脱氢酶（Ehhadh）、乙酰辅酶A酰基转移酶1b（Acaa1b）等几种可能与多房棘球蚴病致病相关的差异表达蛋白,这些差异蛋白在实验组小鼠体内表达量均显著下调。结论　多房棘球蚴病小鼠肝脏内有大量蛋白质差异表达,其中Fabp1、Acsl1、Acox1、Ehhadh及Acaa1b等蛋白可能与多房棘球蚴病发病相关。     

昼夜节律对肝脏胆固醇代谢的影响

目的:分析昼夜节律对肝脏脂代谢相关基因表达谱的影响,研究胆固醇代谢相关基因的昼夜节律性,以及高脂饮食、节律调节因子的缺失等因素对节律的影响。方法:选取小鼠肝脏组织昼夜节律表达谱的相关数据,利用CirGRDB数据库Lomb-Scargle周期表算法预测时间序列的周期,分析基因表达的昼夜节律性,并分析胆固醇代谢通路中具有昼夜节律性的基因,分析肝脏胆固醇代谢基因的昼夜节律变化。结果:小鼠肝脏中具有昼夜节律性的胆固醇代谢基因主要功能在于胆固醇合成、胆固醇排泄、胆汁酸的排泄、脂蛋白脂解酶的抑制,可能与动脉粥样硬化相关,高脂饮食对节律性影响较少,节律控制因子影响相关胆固醇代谢基因的节律。结论:肝脏中部分胆固醇代谢通路基因具有昼夜节律性,其节律性不受高脂饮食影响,节律紊乱可干扰肝脏胆固醇代谢的节律性。     

基于iTRAQ的定量蛋白质组学技术探索 淡色库蚊越冬机制

目的　比较淡色库蚊越冬后与滞育准备阶段蛋白表达差异,探索淡色库蚊越冬休眠（滞育）的机制。方法　采用同位素标记相对和绝对定量（iTRAQ）技术,对越冬滞育及准备阶段淡色库蚊进行定量蛋白质组学分析。结果　淡色库蚊越冬滞育前后共鉴定出244种差异表达蛋白,其中上调蛋白126种、下调蛋白118种。生物信息学分析表明,这些差异表达蛋白与能量产生及转化、脂代谢、细胞骨架重塑、糖代谢、蛋白质转运、分子伴侣、应激耐受以及各种代谢酶等有关。结论　本研究首次采用现代蛋白质组学工具鉴定淡色库蚊越冬滞育相关蛋白,初步揭示了与淡色库蚊越冬滞育相关的KEGG通路及蛋白,进一步扩展了对蚊媒越冬滞育机制的理解。     

下肢动脉硬化闭塞症膝下病变潜在机制的加权基因共表达网络和免疫浸润分析

目的]探讨下肢动脉硬化闭塞症膝下病变的潜在机制和免疫相关性。 [方法]从高通量基因表达数据库下载GSE100927数据集,利用R语言软件Limma数据包和加权基因共表达网络分析筛选与下肢动脉硬化闭塞症膝下病变相关的基因并进行信号通路富集分析;构建蛋白-蛋白相互作用网络并筛选下肢动脉硬化闭塞症膝下病变相关的核心基因,分析核心基因在下肢动脉硬化闭塞症膝下病变样本与对照样本间的差异,利用受试者工作特征曲线下面积评价核心基因的诊断效能。采用反卷积算法(CIBERSORT)评估各样本中免疫细胞分布并计算不同免疫细胞在下肢动脉硬化闭塞症膝下病变样本与对照样本间的差异。 [结果]筛选获得下肢动脉硬化闭塞症膝下病变差异表达上调基因153个,差异表达下调基因63个,加权基因共表达网络分析结果表明下肢动脉硬化闭塞症膝下病变基因差异表达以上调为主,涉及胆固醇代谢、血小板活化等信号通路;蛋白酪氨酸磷酸酶受体C型(PTPRC)、Spi-1原癌基因(SPI1)、集落刺激因子1受体(CSF1R)和Fcγ受体Ⅲa(FCGR3A)可能是下肢动脉硬化闭塞症膝下病变的核心基因,且诊断效能较好。下肢动脉硬化闭塞症膝下病变与单核细胞的浸润程度呈正相关(r＝0.419,P＝0.037),与M2型巨噬细胞的浸润程度呈负相关(r＝－0.491,P＝0.013)。 [结论]下肢动脉硬化闭塞症膝下病变涉及胆固醇代谢、血小板活化等多种信号通路;与单核细胞、巨噬细胞介导的免疫反应密切相关;PTPRC、SPI1、CSF1R和FCGR3A可能是下肢动脉硬化闭塞症膝下病变的核心基因。     

基于非依赖性全扫描采集蛋白组学技术初步研究继发性细粒棘球蚴病小鼠肝脏差异表达蛋白

目的　寻找细粒棘球蚴病（CE）小鼠肝脏差异表达蛋白,为细粒棘球蚴病靶向治疗药物研发提供借鉴。方法　8只6～8周龄昆明种雌性小鼠随机分成CE组和对照组,CE组小鼠经腹腔注射接种约2 000个细粒棘球绦虫原头节,对照组小鼠注射等量生理盐水,饲养350 d后处死两组小鼠。收集CE组小鼠病灶肝脏（病灶组）、病灶旁肝脏组织（病旁组）及对照组小鼠肝脏组织（对照组）,采用非依赖性全扫描采集（data independent acquisition,DIA）蛋白组学技术比较病灶组与对照组、病旁组与对照组差异表达蛋白,并进行蛋白基因本体论（GO）富集分析、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果　病灶组与对照组、病旁组与对照组间同时存在26种差异表达蛋白,其中8种上调表达蛋白、18种下调表达蛋白。GO功能富集注释分析结果显示,这些差异表达蛋白主要富集在内质网膜等细胞内成分中,通过氧化还原酶实现催化等分子功能,参与氧酸代谢、羟基酸代谢等生物代谢过程。KEGG通路富集分析结果显示,酰基辅酶A氧化酶1(Acox1)参与脂肪酸氧化过程中的初级胆汁酸生物合成,影响过氧化物酶体信号通路;肝脏型脂肪酸结合蛋白（Fabp1）通过脂肪细胞因子信号通路参与脂肪酸转运,影响脂质代谢所参与的过氧化物酶体增殖激活受体（PPAR）信号通路。结论　与正常小鼠相比,CE小鼠肝脏组织蛋白质表达具有差异性,其中部分差异表达蛋白可能与CE潜在药物靶点相关。     

多发性硬化症患者外周血T细胞中差异表达基因及信号通路的生物信息学分析

目的探讨多发性硬化症(MS)患者外周血T细胞中发生差异变化的致病相关基因及关键通路。方法首先,从GEO数据库下载了GEO数据系列GSE43591,GSE13732,GSE32988,包含了42例T细胞实验样本和35例健康对照样本的基因芯片数据;其次,在R软件中使用limma包等筛选鉴定出差异表达基因(DEGs),并进行了层次聚类分析。最后,通过两两取交集,得到了77个上调DEGs和61个下调DEGs,然后采用包括DAVID、PATHER、Reactome、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba应用程序等多种方法进行基因功能和通路富集分析、PPI网络分析和关键基因分析。结果最重要的关键DEGs,包括EIF4E、RPL37A、RPS24、RPL31、EIF4G1、HIST2H2BE、CCL5、NACA、SMC3、SRSF11、TPR、ZEB1、CCR2、HNRNPA0、OTUD1、PURA;一些涉及MS患者致病相关的通路如:白细胞介素(IL)-10信号、趋化因子和细胞因子信号通路介导的炎症、脂肪细胞因子信号通路、瘦蛋白信号、趋化因子信号通路;涉及及生物过程如:单核细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞趋化作用的正调节、趋化因子介导的信号通路、病毒转录、T细胞趋化作用的正调节;涉及的分子功能如:RNA结合、CCR1趋化因子受体结合、蛋白结合、CCR5趋化因子受体结合、多聚(A)RNA结合、热休克蛋白结合等。结论关键致病基因可能通过多种信号途径引起MS,并参与其他一些自身免疫性、炎症性疾病的发病过程。     

人肺腺癌细胞超保守区的生物信息学分析

目的:使用生物信息学的方法,分析肺癌细胞(A549)经慢病毒感染后,过表达超保守区基因与正常肺癌细胞之间的差异基因,并进行基因功能和信号通路分析,为肺癌研究提供差异基因。方法:在公共数据库(GEO)中下载6个肺癌细胞差异基因表达阵列数据进行生物信息学分析,筛选出相关的差异基因。使用DAVID和STRING数据库对差异基因表达进行基因功能、信号通路和蛋白互作用分析。结果:共得到230个差异基因,其中217个表达上调,13个表达下调;GO富集分析显示差异基因主要定位于细胞膜外,参与血管内皮生长因子的调节;KEGG信号通路分析显示差异基因主要表现在化学致癌上;蛋白互作网络显示主要的相关蛋白是CFH、MUC5B、PTGS2、LRRK2。结论:本研究从生物信息学方法对数据进行处理,在基因水平上表明肺癌细胞过表达超保守区后存在差异基因,为基础研究筛选出差异,进而服务于临床。     

抗病毒治疗对HIV相关神经认知障碍病人脑组织基因表达谱的改变及生物信息学分析

目的分析抗病毒治疗(ART)对艾滋病病毒(HIV)相关神经认知障碍病人脑组织基因表达谱的改变及关键蛋白作用,为临床预防、早期诊断及治疗提供一定的理论参考依据。方法从美国国立生物技术信息中心(NCBI)基因芯片公共数据库中下载一组来自美国纽约的HIV相关神经认知障碍(HAND)病人治疗组(11人)、未治疗组(12人)和非病人(7人)尸检脑组织基因芯片数据,将数据导入分析软件GCBI、GenClip 2.0、NetworkAnalyst、GATHER等,分析基因表达谱、蛋白-蛋白相互作用网络、分子生物学过程及基因功能,寻找ART病人的关键节点基因。结果共发现242(0.44%)个差异表达基因,其中表达上调5个,下调237个。这些差异表达基因主要涉及神经元信号传递、突触传递、细胞信号传导等生物学功能,参与钙信号通路、Wnt信号通路、牛磺酸和牛磺酸代谢、谷氨酸代谢、MAPK信号通路,基因GSK3B和PAK1对于HAND治疗效果有一定预测能力,主要参与神经系统的调节作用。结论 242个差异表达基因能简单反映出ART对病人的治疗机制,差异表达基因主要参与神经元信号传递、突触传递、细胞信号传导等生物学功能,关键基因GSK3B、PAK1对HAND的治疗有一定的预测能力,并可能受到Wnt和MAPK信号通路的调节而发挥生物学功能。