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相似文献
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1.
目的 筛选参与肝细胞癌(HCC,简称肝癌)肿瘤进展的代谢重编程相关基因,明确HCC组织标本中ATP柠檬酸裂解酶(ACLY)表达情况,并纳入GEO数据,分析其与HCC临床病理指标的相关性及其在HCC生存预后中的作用。方法 下载TCGA数据库中的HCC表达数据,将50对癌组织与癌旁配对组织样本纳入差异表达基因分析,获得全基因表达谱列表;设置差异表达基因纳入标准,获得差异表达基因列表;通过GSEA、GO及KEGG三种富集方法筛选获得共同的HCC代谢重编程相关基因。采用qRT-PCR检测ACLY在临床组织标本中的表达情况。下载GSE14520数据集并将隶属GPL3921平台的221例生存数据完整的基因芯片表达数据和临床数据纳入研究,通过生存分析、Cox回归分析和临床相关性研究明确ACLY与HCC预后的关系。结果 通过基因富集分析筛选获得26个HCC代谢重编程相关基因。临床标本检测显示ACLY在癌组织中的表达显著高于癌旁组织(P<0.05)。相关性分析表明ACLY表达与TNM分期、CLIP分期和AFP相关(P<0.05);生存分析显示ACLY的表达与HCC总体生存率相关(P<0.05),并与HCC无复发生存有相关性趋势(P=0.05)。Cox回归分析表明ACLY的表达水平与HCC总体生存和术后无复发生存率相关(P<0.05)。结论 本研究获得了26个HCC代谢重编程相关基因,其中ACLY的异常表达与HCC分期显著相关;ACLY的表达水平与HCC预后显著相关,是HCC总体生存的独立风险因素。  相似文献   

2.
背景与目的 研究发现跨膜蛋白(TMEM)家族基因与肿瘤关系密切,TMEM201是TMEM家族的一员,其在肝细胞癌(HCC)中的表达与作用目前尚不清楚。因此,本研究通过生物信息学方法分析TMEM201在HCC中的表达与作用,并预测其在HCC中可能作用的通路,进而探讨机制。方法 在TIMER中分析TMEM201在泛癌中的表达。下载TCGA与GEO数据库中HCC患者数据,并收集106例HCC患者的手术标本与临床信息,分析TMEM201在肝癌组织与癌旁组织中的表达情况,并绘制生存曲线,分析TMEM201表达与HCC患者的预后关系。用单因素与多因素Cox分析判断HCC相关危险因素。根据TCGA与临床数据,分析TMEM201的表达与HCC患者临床病理特征的关系。应用String和GeneMANIA数据库绘制与TMEM201及其相关基因的网络图谱。通过TCGA数据库分析TMEM201与免疫细胞的关系。通过LinkedOmics数据库分析与TMEM201相关的共表达基因,并对共表达基因进行GO功能分析与KEGG通路预测。结果 泛癌分析结果显示,TMEM201在绝大部分肿瘤中呈高表达。多数据库及临床HCC标本免疫组化分析显示,TMEM201在HCC组织中的表达明显高于癌旁组织(均P<0.05),且TMEM201高表达患者生存时间明显短于低表达患者。单因素与多因素Cox风险回归提示TMEM201的表达是HCC患者总体生存率的独立危险因素。蛋白质互作网络、GeneMANIA数据库分析显示,TMEM201与SUN1、SUN2、LMNB1、EMD等基因存在明显相互作用。免疫浸润分析结果显示,TMEM201表达与树突状细胞、细胞毒性细胞、Th2细胞等明显有关。此外,功能富集分析显示,TMEM201与共表达基因参与了许多HCC的生物学过程、细胞组成、分子功能和作用通路。通路结果及相关性热图提示TMEM201与细胞周期高度相关。结论 TMEM201在HCC组织中高表达,是影响HCC患者预后的独立危险因素,TMEM201在HCC中的作用机制可能与免疫浸润的调节、细胞周期的调控有关。  相似文献   

3.
目的 研究HILPDA基因在肝细胞癌(HCC)中的表达情况,探讨低氧脂滴诱导相关蛋白(HILPDA)潜在的临床应用价值。方法 从TCGA数据库中下载HCC的mRNA测序数据和病人的临床数据,分析肝癌及癌旁组织中HILPDA表达的差异,应用单因素分析、多因素Cox回归分析HILPDA的表达水平与病人预后的关系。应用基因集富集分析(GESA)方法探讨HILPDA的可能作用机制。应用TIMER数据库分析HILPDA基因表达与免疫细胞浸润分度的关系。结果 HILPDA基因在HCC组织中表达水平高于癌旁组织,HILPDA表达水平与肿瘤直径(P<0.001)、淋巴结是否转移(P<0.01)、病理学分级(P<0.05)和血清AFP水平(P<0.01)相关。单因素分析、多因素Cox回归方法分析表明,HILPDA表达水平是HCC病人独立预后因素,高表达的病人预后较差。应用TIMER数据库,HILPDA表达水平与Th1细胞和Macrophage细胞免疫浸润相关(P<0.001)。结论 HILPDA可能是HCC预后因子和潜在的分子治疗靶点。  相似文献   

4.
目的分析载体膜蛋白3(SCAMP3)在肝细胞癌中的表达和对预后的影响以及基因集富集分析。方法通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析SCAMP3表达和预后。收集2021年1月期间丽水市中心医院4例肝细胞癌患者的癌组织及癌旁组织检测SCAMP3的表达。基于TCGA数据, 单因素和多因素Cox回归分析SCAMP3表示与肝细胞癌患者预后关系。利用基因集富集分析探索SCAMP3的生物学作用。结果 TCGA数据库中, 肝细胞癌组织中SCAMP3表达高于正常肝组织, 差异有统计学意义(Z=-8.38, P<0.001)。基于SCAMP3表达的中位数将患者分为低表达组(n=185)和高表达组(n=185), SCAMP3高表达患者总体生存率更低。手术切除的4例肝细胞癌患者癌组织和癌旁组织, 癌组织中SCAMP3 mRNA、蛋白相对表达均高于癌旁组织, 差异均有统计学意义(t=8.55、6.24, 均P<0.001)。多因素Cox回归分析, SCAMP3表达越高, 死亡风险越高(HR=1.466, 95%CI:1.143~1.881, P<0.001)。基因集富集分析在SCAMP3高...  相似文献   

5.
目的:探讨HLJ1基因在肝细胞癌(HCC)组织中的表达及其生物学意义。方法:采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测32例HCC组织及其对应的癌旁肝组织(PLCT)中HLJ1基因的mRNA表达水平;分析HLJ1与肝硬化、HCC的结节数目、静脉浸润、分化程度和肝外转移等临床病理特征的关系。结果:HCC组织中HLJ1 mRNA的表达水平显著性低于PLCT[(1.18±0.82)vs.(1.92±1.15),P<0.05)],其HLJ1 mRNA低表达组(n=18)和高表达组(n=14)在静脉浸润(P=0.001)和细胞分化程度(P=0.010)方面差异显著,而在性别、有无肝硬化、结节数目和肿瘤直径等因素的组间差异无显著性(P>0.05)。结论:HLJ1在HCC中表达显著性下调;HLJ1有可能参与HCC的细胞分化和侵袭转移。  相似文献   

6.
目的探讨肝细胞癌(HCC)中SFRP1和APC基因启动子甲基化状态及其mRNA表达的关系。方法应用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)和逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)技术,检测30例肝细胞癌(HCC组)及相应的癌旁组织(癌旁组)和10例正常肝组织(正常对照组)中SFRP1及APC基因启动子甲基化状态和mRNA的表达水平,分析甲基化与某些临床参数与mRNA表达的关系。结果HCC组、癌旁组及正常对照组中的SFRP1和APC基因启动子甲基化率分别是11/30,4/30,0/10和14/30,5/30,0/10;HCC组明显高于其余两组(P〈0.05)。SFRP1基因启动子甲基化与临床资料无关(P〉0.05);APC基因启动子甲基化与年龄(〈60)岁和癌肿无假包膜有关(P〈0.05)。HCC组SFRP1基因mRNA表达明显低于其余两组(P〈0.05),各组APC基因mRNA表达差异无显著性。两基因甲基化之间无相关性。结论SFRP1和APC基因启动子甲基化与HCC的形成和进展有关,但HCC组织中基因甲基化与mRNA表达的关系尚不明确。  相似文献   

7.
目的 :探讨KCTD8基因在乳腺导管内癌中的蛋白表达水平及其与临床因素、预后的相关性。方法:收集27例乳腺导管内癌患者癌组织和癌旁组织,应用免疫组织化学技术分析KCTD8基因在各组织中的蛋白表达水平,运用统计学方法分析KCTD8蛋白表达水平与乳腺导管内癌患者临床因素和预后生物指标间的相关性。利用TCGA数据库分析KCTD8基因与乳腺癌(含导管内癌)预后的关系。结果:KCTD8基因在乳腺导管内癌组织中的蛋白表达水平下降(P<0.05),且其蛋白表达水平的降低与肿瘤大小相关(P<0.05)。TCGA数据库发现乳腺癌(含导管内癌)组织中KCTD8基因的表达和异常高甲基化均影响患者的预后。结论:KCTD8基因蛋白表达水平降低可能参与乳腺癌的发展,影响患者预后。  相似文献   

8.
目的分析不同部位直肠癌生物节律基因Timeless的表达及与预后的关系,为患者个性化治疗及预后监测提供参考。 方法选取2012年4月至2015年4月淮安市第一人民医院分院收治的384例直肠癌患者作为样本来源,根据肿瘤位置不同分为高位组(n=64)、中位组(n=122)和低位组(n=198)。分别采用实时荧光定量PCR和免疫组织化学检测各组癌组织和癌旁正常组织中Timeless mRNA及蛋白表达水平,并分析其与临床特点及生存情况的关系。 结果高、中和低位癌三组直肠癌组织Timeless mRNA及蛋白表达水平均高于癌旁正常组织,差异均有统计学意义(P<0.01);三组间癌组织Timeless mRNA及蛋白表达水平比较,表现为:低位组>中位组>高位组(P<0.05)。Timeless mRNA及蛋白在肿瘤大小、分化情况、TNM分期及生存情况上的表达差异有统计学意义(P<0.05)。Cox回归分析显示,肿瘤位置、TNM分期及Timeless表达是影响直肠癌预后的独立危险因素(P<0.05)。 结论Timeless在直肠癌中高表达,尤其以低位直肠癌最明显,其表达程度与肿瘤大小、分化情况、TNM分期及生存情况密切相关,是影响其预后的独立危险因素之一。  相似文献   

9.
目的探讨heparanase-1(HPR-1)和syndecan-1在孤立性大肝癌、结节性肝癌和小肝癌中的表达及其临床意义。方法选用30例肝细胞癌(HCC)癌组织和癌旁组织标本,用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测标本中的HPR1和Syndecan-1的表达,并结合临床病理资料进行分析。结果HPR-1 mRNA在HCC中的表达较癌旁肝组织高,差异有显著性意义(P=0.037);Syndecawl在HCC中的表达较癌旁组织低,差异有显著性意义(P=0.007)。本研究显示HPR-1的高表达和Syndecanl的低表达同有无包膜、静脉浸润密切相关,而同性别、细胞分化程度、肝硬化程度无关。将30例HCC分为孤立性大肝癌组,结节性肝癌组和小肝癌组分析发现:孤立性大肝癌组同结节性肝癌组HPR-1mRNA的表达有着显著性差异(P〈0.05)。结论HPR1基因和Syndecan-1基因与HCC的发生发展和侵袭转移密切相关;孤立性大肝癌较结节性肝癌具有较好的生物学行为。  相似文献   

10.
目的 探索HCC临床标本中环指和WD重复结构域相关蛋白3(ring finger and WD repeat domain 3,RFWD3)的表达情况,并结合临床资料分析其与HCC预后的相关性。方法 采用RT-PCR、Western blotting和免疫组化(IHC)法检测40例HCC患者癌组织及癌旁正常肝脏组织中RFWD3的mRNA及蛋白表达量,并运用GEPIA数据库分析RFWD3的表达和生存情况作为补充验证,同时结合临床资料分析其与HCC预后之间的相关性。结果 RT-PCR、Western blotting和IHC检测发现,与癌旁组织相比,HCC组织中RFWD3的表达显著升高(P<0.05)。临床资料分析发现,RFWD3的高表达与HCC肿瘤大小显著相关(P<0.05)。生存分析发现,RFWD3高表达的HCC患者拥有更低的总体生存率和无瘤生存期(P<0.05)。结论 RFWD3基因的高表达参与了HCC的发生和发展,可能是HCC一个重要的不良预后因素。  相似文献   

11.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是肝癌中最常见的种类,HCC患者的预后生存情况较差,其有效的预后预测也面临巨大挑战。许多研究已证实E2F基因家族和免疫微环境相关的基因标志物是癌症的重要预后因素,因此,本研究利用TCGA数据库筛选E2F基因家族和免疫微环境相关的HCC基因标志物,建立新的HCC风险评分模型,并预测HCC潜在治疗靶点。方法:TCGA数据库中下载大型HCC (LIHC)队列(424例样本)。进行了基因集富集分析、基因集单样本富集分析和基因集单样本富集分析分数聚类后的基因表达差异分析,通过Lasso回归筛选标志基因并建模,根据模型计算患者得分并将患者分为高风险组和低风险组。使用受试者工作特征曲线(ROC)、Kaplan-Meier生存曲线、Cox回归分析等多种统计学方法以验证模型的可靠性。所有统计分析均使用R语言软件。最后在Cbioportal数据库查询风险模型的标志基因在TCGA-HCC样本中的基因变异情况,从String数据库中下载蛋白互作信息并用Cytoscape软件进行可视化分析。结果:确认了与HCC密切相关的E2F靶点基因组和免疫相关差异基因后,从中筛选到了与HCC患者...  相似文献   

12.
目的 利用TCGA及Oncomine数据库,分析SUB1在肝癌组织中的表达水平;评价SUB1在肝癌患者中的预后价值;利用基因集富集分析(GSEA)及及基因集变异分析(GSVA)分析受SUB1影响的细胞通路。方法 下载TCGA的肝癌队列RNA-seq数据,通过质量控制及标准化后分析其在肝癌组织及癌旁的表达变化,进一步在Oncomine数据库中进行分析验证;根据SUB1中位数表达量将TCGA数据库肝癌队列患者分为高表达及低表达两组,进行总生存(OS)分析及无复发生存(RFS)分析;GSEA及GSVA方法用于分析受SUB1调控的细胞通路。结果 SUB1在肝癌组织中的表达高于癌旁组织,P<0.0001;高表达SUB1的肝癌患者OS及RFS均低于低表达SUB1的肝癌患者;高表达SUB1可激活细胞周期、DNA复制等细胞通路。结论 SUB1在肝癌组织中高表达, SUB1可以作为肝癌患者总体生存和无病生存的预后因素。SUB1高表达激活了DNA复制及细胞周期等细胞通路。  相似文献   

13.
[摘 要] 目的 探讨肝细胞性肝癌(HCC)相关基因的差异表达、富集通路和蛋白互作网络,分析差异表达基因与HCC预后的关系。方法分析TCGA数据库中HCC相关RNAseq数据,筛选差异表达基因,明确基因富集的GO和KEGG通路,构建蛋白互作网络,找到核心蛋白,通过生存分析,明确核心基因与HCC预后的关系。结果 通过纳入标准筛选268个差异表达基因,显著富集在GO:mitotic nuclear division (P<0.001),cell division(P<0.001)和negative regulation of growth(P<0.001)及KEGG通路(hsa04110:Cell cycle) (P<0.001),均与细胞分裂与增殖密切相关。通过构建蛋白互作网络,筛选核心基因TOP2A,并在临床样本中得到验证(P<0.001)。生存分析显示,TOP2A的表达量与总体生存时间显著负相关(P=0.002)。结论TCGA高通量数据分析是筛选肿瘤预后靶点的有效途径,TOP2A的高表达是肝细胞性肝癌预后的不良因素。  相似文献   

14.
BC047440基因在肝细胞癌中的表达及其意义   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
目的:探讨肝癌相关的新基因BC047440在肝细胞癌(HCC)中的表达及其病理学意义。方法:采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)半定量检测36例HCC及其相应的癌旁肝组织中BC047440 mRNA的表达,并将该基因在HCC中的表达分为过高表达组及较高表达组,分析其与肿瘤病理变化的关系。〖KG(*8〗结果:36例HCC中BC047440基因mRNA的表达较癌旁肝组织高,其平均光密度比值分别为0.2594±0.0928和0.0942±0.0443,差异有极显著性意义(P<0.01);过高表达组与较高表达组相比较,前者肝癌直径较大,门静脉受侵较严重,差异有显著性(P<0.05)。结论:BC047440基因与HCC的发生、发展和侵袭转移有关。  相似文献   

15.
目的:探讨Period1在肝细胞癌(HCC)组织中的表达及意义。 方法:用RT-PCR与Western blot法检测30例HCC组织与其癌旁肝组织及5例正常肝组织中Period1 mRNA与蛋白表达;甲基化特异性PCR检测HCC组织与癌旁肝组织中Period1启动子甲基化水平;免疫组化检测67例HCC组织及其癌旁肝组织石蜡切片中Period1蛋白的表达;分析Period1的表达与HCC患者临床病理特征及预后的关系。 结果:HCC组织Period1 mRNA和蛋白的表达水平均较癌旁肝组织与正常肝组织明显降低(均P<0.05),而两者在癌旁肝组织与正常肝组织间差异无统计学意义(均P>0.05);HCC组织Period1启动子甲基化水平较其癌旁肝组织明显增高(均P<0.05)。HCC组织石蜡切片中Period1阳性表达率为47.8%,而癌旁肝组织阳性表达率为83.6%,差异有统计学意义(P<0.05);Period1表达与HCC分化程度、结节数目、有无静脉浸润有关(均P<0.05);Period1阳性表达HCC患者中位复时间与中位生存时间均明显短于阳性者(均P<0.05)。 结论:Period1在肝癌中表达下调可能与HCC的发生发展和侵袭转移密切相关;启动子甲基化可能是Period1表达下调的重要机制。  相似文献   

16.
目的 探讨LKB1基因在肝细胞性肝癌(HCC)中的表达及其与肝细胞癌患者预后的关系。方法 采用免疫组化技术检测70例HCC患者肝癌及癌旁组织和20例正常肝组织中LKB1蛋白的表达,采用x2检验分析LKB1表达与临床病理因素的关系。对该组70例患者进行随访,并应用COX比例风险回归模型对其预后影响因素进行评估。结果 LKB1蛋白在HCC组织中的阳性表达率明显低于正常肝组织和癌旁组织(P<0.05)。HCC患者中,LKB1蛋白表达与HCC的分化程度,门静脉侵袭,TNM分期有关(P<0.05)。LKB1阳性表达的患者生存时间比阴性表达的显著延长(P<0.05)。门静脉侵袭、胆管癌栓、TNM分期和LKB1表达是影响HCC预后的独立危险因素(P<0.05)。结论 LKB1蛋白表达是影响HCC患者生存时间的独立因素之一,检测LKB1蛋白可能为HCC患者预后判断提供参考。  相似文献   

17.
目的研究SIPAI(signal-induced proliferation-associated gene 1)基因在肝细胞癌(HCC)中的表达情况及其临床意义。方法采用实时定量PCR检测30例新鲜HCC标本中SIPA1 mRNA相对含量。用免疫组织化学S-P法检测86例石蜡HCC标本和8例正常肝组织中SIPA1的表达情况,研究其与HCC临床病理学资料及预后的关系。结果与癌旁组织比较,在癌组织中SIPA1 mRNA表达下调(t=2.216,P=0.045)。86例HCC中,SIPA1在癌组织的阳性表达率和癌旁组织中阳性表达率分别为43.0%(37/86)和87.2%(75/86)(χ^2=36.96,P〈0.01)。有静脉侵袭的肝癌标本中癌旁组织SIPA1呈低表达(U=647.50,P=0.019)。SIPA1蛋白在癌旁组织中表达存在个体差异,低表达组术后复发率较高(P=0.000),生存期较短(P=0.006)。结论SIPA1在HCC中可能发挥肿瘤抑制基因的作用,且对抑制HCC的复发转移有重要作用。  相似文献   

18.
背景与目的:肝细胞癌(HCC)是一种全球常见的恶性肿瘤,具有高复发率和高病死率。铜死亡是一种新型的程序性细胞死亡,涉及肿瘤细胞的增殖和生长、血管生成和转移。因此,本研究探讨铜死亡相关基因(CRGs)在HCC中的表达与预后的关系,并建立预后相关的列线图模型以及分析CRGs与HCC免疫细胞浸润的关系。方法:使用R语言“limma”包对TCGA数据库下载的HCC组织与正常组织的数据中CRGs进行差异表达分析;“clusterProfiler”包进行GO和KEGG分析;单因素Cox回归分析筛选与预后相关的CRGs,LassoCox回归分析构建HCC中CRGs相关预后评分模型;“ggsurvplot”包以总生存(OS)为结局绘制Kaplan-Meier生存曲线;“survival ROC”包绘制ROC曲线评估预后评分的准确性;“regplot”和“rms”包绘制列线图和校准曲线;利用TIMER数据库分析CRGs的表达与6种免疫细胞丰度之间的关系。结果:与正常组织相比,HCC组织19个CRGs中的16个有差异表达(上调:PDHB、PDHA1、MTF1、LIPT1、LIPT2、LIAS、GLS、DL...  相似文献   

19.
FHITmRNA和WWOXmRNA在乳腺癌中的表达及其临床意义   总被引:2,自引:0,他引:2       下载免费PDF全文
目的观察乳腺癌组织中FHIT mRNA和WWOX mRNA表达情况,并探讨其与临床病理学指标的关系。方法以逆转录-聚合酶链反应(RT—PCR)法检测51例乳腺癌及癌旁组织标本中染色体脆性位点抑癌基因FHIT mRNA和WWOX mRNA表达,半定量分析电泳结果。以免疫组化法检测乳腺癌石蜡标本中的雌激素受体(ER)、孕激素受体(PR)和HER-2基因状态。结果51例配对标本中,WWOX mRNA表达在乳腺癌组织及癌旁非癌乳腺组织中差异有显著性(P〈0.01);FHIT基因的mRNA表达在乳腺癌组织及癌旁非癌乳腺组织中差异有显著性(P〈0.01)。FHIT mRNA和WWOX mRNA在乳腺癌组织中的低表达呈正相关(rs=0.354,P〈0.05)。FHIT mRNA和WWOX mRNA的表达与临床病理分期有关(P〈0.05),WWOX mRNA的表达与腋淋巴结转移有关(P〈0.05)。结论FHIT和WWOX基因系重要的候选抑瘤基因,与其他预后指标的联合检测可望对患者的治疗预后作出更准确的预测。  相似文献   

20.
目的 探讨长链非编码RNAMIAT在肾透明细胞癌中的表达情况及与患者临床指标的相关性,分析其作为肾透明细胞癌分子标记物的可能性。方法 通过荧光定量PCR方法 检测MIAT在40例肾透明细胞癌组织和40例癌旁正常组织中的表达情况,同时结合TCGA数据库分析MIAT表达水平与肾透明细胞癌患者临床指标和预后的关系。结果 MIAT在肾透明细胞癌组织中的表达明显高于癌旁正常组织,在肾癌细胞系中的表达明显高于正常肾小管上皮细胞,差异均具有统计学意义(P<0.05)。TCGA数据库资料分析表明,MIAT表达水平与肾癌患者T分期(P<0.001)、M分期呈正相关(P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析表明,高表达MIAT的肾癌患者总体生存时间明显低于低表达MIAT的肾癌患者(Log-rankP<0.05)。结论 MIAT在肾透明细胞癌组织和肾癌细胞系中高表达,有可能成为肾透明细胞癌的分子标记物。  相似文献   

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