佛山市南海区鼠类自然感染恙虫病东方体基因型分析

目的 调查佛山市南海区鼠类自然感染恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi, Ot)的情况，了解当地Ot基因型的分布及特点，为防控恙虫病提供科学依据。方法 2017年7月利用鼠夹和鼠笼，在佛山市南海区恙虫病高发镇街采集鼠类动物样本，应用巢式聚合酶链反应(nested polymearse chain reaction, nPCR)扩增技术检测Ot 56kDa型特异性抗原(type-specific antigen, TSA)基因核酸片段，通过核酸序列比对确定Ot基因分型。用MEGA 10.0.5、DNAStar 7.1、MegAlign等生物信息学软件进行同源性与遗传进化分析。结果 共捕获鼠类200只，褐家鼠检出56kDa TSA基因片段6份，黄胸鼠检出1份，阳性率为3.5%(7/200)。南海序列(L65、L68、L118、L119、L122、L150和L153)在核苷酸水平与Kawasaki、Gilliam、TA763、Kato、Kuroki、Karp基因型相似性为71.8%～100.0%,氨基酸水平相似性为54.9%～100.0%。同源性和系统进化分析表明，南海...     

珠海市恙虫病流行特征及恙虫病东方体分离研究

目的了解珠海市恙虫病流行特征并分离恙虫病东方体,从而为积极有效地预防做准备。方法对本地区恙虫病流行特征进行描述性分析;采用小白鼠腹腔接种法分离恙虫病东方体。结果珠海市恙虫病全年以散发为主,属夏秋型;男女病例分布无明显性别差异;各个年龄组均有病例分布,以41－70岁年龄段分布最多;患者职业以农民分布病例数最多。恙虫病东方体分离镜检可见：紫红色圆形、椭圆形、短杆状的恙虫病东方体颗粒。结论珠海恙虫病属夏秋型,且不同的年龄、职业的恙虫病患者分布存在差异。     

新疆昌吉部分地区动物感染恙虫病东方体调查

目的了解新疆昌吉部分地区野生动物自然感染恙虫病东方体(Ot)的情况。方法采用多种方法捕鼠类,提取DNA,应用巢式PCR检测Ot-Sta56基因;阳性核苷酸序列片段测序,通过美国国家生物技术信息中心网站对基因序列进行BLAST比较分析。结果共捕获鼠432只、鸟类53只,仅在木垒县的鼠类、鸟类脾样本中检测到阳性片段,感染率分别为5.3%、11.1%;其他县市未检测到阳性。DNA序列分析表明,鼠类、鸟类阳性标本中扩增产物的核苷酸序列相同,碱基长度均为442bp。BLAST表明目的基因与Karp型的碱基序列同源性最高(98.5%),应属于Karp型。结论新疆昌吉地区木垒县啮齿类及鸟类动物中可能存在Ot感染。     

海南省琼中黎族苗族自治县2019年恙虫病东方体分子流行病学及遗传进化分析

目的 通过分析海南省琼中黎族苗族自治县（简称“琼中”）98例不明原因发热患者的恙虫病流行特点,了解该地区恙虫病东方体菌株流行的情况,为该地区制定恙虫病防治策略和控制措施提供科学依据。方法 收集2019年 1月1日至2019年12月31日琼中黎族苗族自治县人民医院诊断为疑似恙虫病和不明原因发热患者血液样本,利用胶体金免疫层析法和巢式PCR方法对样本进行恙虫病东方体特异性IgM、IgG抗体和恙虫病东方体56kD型特异性抗原基因检测,同时使用预先设计的样本信息表收集患者的临床表现及流行病学信息。针对巢式PCR检测结果为阳性的样本,进行克隆及Sanger测序。对获得的患者临床信息及检测结果进行流行病学分析,将测序得到的序列进行基因遗传进化分析。结果 98例样本中,恙虫病IgM抗体阳性率为24.49%（24/98）,恙虫病IgG抗体阳性率为46.94%（46/98）,恙虫病PCR阳性率26.53%（26/98）,焦痂或皮疹13.27%（13/98）。根据诊断标准,最终诊断为恙虫病的患者为33例。感染人群主要以31~50岁的青壮年为主,职业主要为农民。该地区恙虫病的流行以营根镇、长征镇和红毛镇为主并涉及9个乡镇。流行时间有明细的季节性,以7月和11月为主要高发期。流行的基因型主要为Karp型和Gilliam型。结论 琼中为恙虫病的自然疫源地,该地区流行的恙虫病东方体基因型主要为Karp和Gilliam型,具有基因多态性。     

新疆部分地区人群及动物感染恙虫病东方体调查

目的 调查新疆部分地区人群及动物感染恙虫病东方体(Ot)情况,并对媒介昆虫进行调查.方法 采用多种方法捕获可能感染Ot动物取脾,当地牧民静脉取血,从野鼠体表捕获恙螨,用试剂盒提取DNA,应用巢式PCR( nPCR)检测Ot-Sta56基因;接种昆明小白鼠进行Ot病原传代分离.结果 共采取人群血液2 430份,在6份血液中检测并分离到Ot;捕获动物13种5 783个(只),从5种啮齿动物(小家鼠、灰仓鼠、大砂土鼠、草原兔尾鼠、灰旱獭)、2种鸟类(麻雀、灰腹鹡鸰)的脾中检测并分离到Ot,从绵羊血液中检测到Ot.其他动物体内未检测到Ot.从野鼠体表分离恙螨5种,从博乐纤恙螨体内检测分离到Ot.基因序列分析表明,新疆地区存在恙虫病东方体的基因型以Karp型为主,可能存在Saitama型.结论 新疆地区存在人群及动物感染Ot,其基因型以Karp为主,可能存在Saitama型.     

恙虫病东方体Ot56蛋白序列生物信息学分析

目的分析恙虫病东方体Ot56蛋白序列中的变异区和保守区,为恙虫病的蛋白与核酸诊断提供参考。方法从Gen Bank获取目标序列,用Lasergene、MEGA、Vector NTI suite、Athe Port和NCBI Blast等工具进行分析。结果120条Ot56氨基酸序列的相似性为61.4％-100.0％,变异度为0.0～57．1;氨基酸的105-171、179～215、248～285、375～428和447～503区域为高变异区：膜外区200～400具有变异度高、抗原性强的特性。113条Ot56cDNA序列的相似性为41.8％～100.0％,变异度为0.0～116．1;其中303～481、562～667、756～842、1136～1243和1386～1568等5个区域属高变异区,而0～54、97～171、265～303、439～482、1015～1047和1477～1542为6个保守片段。结论恙虫病东方体Ot56蛋白具有5个高变异区,第200～400位氨基酸附近可能是株（型）特异性表位所在区域,其重组蛋白具有潜在的株（型）鉴定价值。根据cDNA6个保守片段设计引物,进行Ot56核酸检测可能在不同株（型）恙虫病东方体检测中具有较高的敏感性。     

恙虫病东方体0t56蛋白序列生物信息学分析

目的分析恙虫病东方体Ot56蛋白序列中的变异区和保守区,为恙虫病的蛋白与核酸诊断提供参考。方法从GenBank获取目标序列,用Lasergene、MEGA、Vector NTI suite、AthePort和NCBI Blast等工具进行分析。结果120条Ot56氨基酸序列的相似性为61.4%～100.0%,变异度为0.0～57.1;氨基酸的105～171、179～215、248～285、375～428和447～503区域为高变异区;膜外区200～400具有变异度高、抗原性强的特性。113条Ot56cDNA序列的相似性为41.8%～100.0%,变异度为0.0～116.1;其中303～481、562～667、756～842、1136～1243和1386～1568等5个区域属高变异区,而0～54、97～171、265～303、439～482、1015～1047和1477～1542为6个保守片段。结论恙虫病东方体Ot56蛋白具有5个高变异区,第200～400位氨基酸附近可能是株(型)特异性表位所在区域,其重组蛋白具有潜在的株(型)鉴定价值。根据cDNA6个保守片段设计引物,进行Ot56核酸检测可能在不同株(型)恙虫病东方体检测中具有较高的敏感性。     

105例恙虫病疑似患者巢式PCR检测结果分析

目的对泰州市靖江105例恙虫病疑似患者全血进行恙虫病东方体(Ot)检测,分析该地区恙虫病感染情况,为恙虫病预防控制提供科学依据。方法采集靖江市2013年10~11月的105例恙虫病疑似患者全血样品进行巢式PCR检测,并进行个案调查,记录结果,用描述性分析方法对检测结果及个案资料进行分析。结果 105例疑似患者中62例检出恙虫病东方体核酸阳性(阳性率59.0%)。发病人群年龄以50~80岁为主,占69.4%,实验室诊断病例中农民占82.3%,男女性别之比1:1.7。结论靖江市恙虫病发病率较高,应针对流行特征采取综合防制措施。     

海南省680例不明原因发热患者恙虫病东方体感染调查

目的 了解海南省不明原因发热患者的恙虫病东方体检感染情况,为不明原因发热患者恙虫病防治提供指导。方法 收集2018—2021年海南医学院第一附属医院、海南医学院第二附属医院、海口市人民医院和琼中黎族苗族自治县人民医院临床诊断为不明原因发热患者血液样本,利用胶体金免疫层析法和PCR方法分别对样本进行恙虫病东方体特异性IgM、IgG抗体和恙虫病东方体56kD型特异性抗原基因检测,同时收集样本的临床及流行病学信息,并进行流行病学分析。结果 共收集临床不明原因发热患者血样680份,恙虫病东方体IgM、IgG抗体和56kD型特异性抗原PCR阳性率分别为23.97%(163/680)、36.62%(249/680)和20.88%(142/680),焦痂或皮疹率为12.06%(82/680)。根据诊断标准,最终诊断为恙虫病的患者为223例,其中男性111例（49.78%）,女性109例（48.88%）,平均年龄（53.14±15.12）岁,其中40～<60岁98例（占43.95%）,感染人群民族中汉族136例（占60.99%）,农民93例（41.70%）,秋季发病114例（51.12%）。临床...     

抗恙虫病东方体噬菌体抗体库的构建和初步筛选

目的 构建抗恙虫病东方体噬菌体抗体库并进行初步筛选,获得与恙虫病东方体膜抗原特异性结合的抗体克隆,为研制恙虫病的快速诊断试剂盒奠定基础.方法 从感染恙虫病东方体小鼠的脾细胞中提取RNA,经逆转录、PCR扩增出抗体轻链和重链基因,将轻链基因和表达载体pComb3进行酶切、连接.转化大肠杆菌XL1-blue,构建轻链库;再对轻链重组质粒和重链Fd基因进行酶切、连接,转化大肠杆菌XL1-blue,构建组合文库,以辅助噬菌体VCS M13进行超感染.用恙虫病东方体56 kDa型特异性抗原作为筛选抗原,进行4轮富集筛选后用ELISA法进行阳性克隆的鉴定.结果 构建了库容为3.46×106的鼠源性抗恙虫病东方体的噬菌体Fab片段抗体库.经过4轮富集筛选,抗体库中的目的 抗体得以富集约160倍,并用ELISA法对其进行鉴定,得到了7个阳性克隆.结论 构建的抗恙虫病东方体噬菌体抗体库,库容为3.46×106,滴度为2.5×1012 cfu/ml,基本上达到了建库要求,能够满足多样性的需求,并成功的筛选出抗恙虫病东方体56 kDa蛋白的抗体,用过氧化物酶标记的抗M13抗体进行了初步鉴定,认为具有一定的特异性.     

Genotype identification of Orientia tsutsugamushi isolated from Nan Peng Lie Islands in China

目的：为确定我国南澎列岛是否为恙虫病疫源地,对来自该地的８个恙虫病东方体分离株进行基因鉴定。方法;应用套式聚合酶链反应（NPCR）和限制片段长度多态性分析（RFLP）,NPCR的引物来自恙虫病东方体５６kDa蛋白基因,NPCR阳性产物由HincII和PstI消化并产生特异性酶切图谱予以分析。结果;南澎列岛的8个恙虫病东方体分离株属三个型,即Karp,Kato和一新型恙虫病东方体。结论：南澎列岛是恙虫病疫源地。     

广州市登革1型病毒基因组测序及系统进化分析

目的：对引起2002年广州登革热的登革1型病毒分离株（71/02GZ）进行全基因组测序和系统进化分析。方法：采用C6/36细胞培养71/02GZ,分别采用RT-PCR,5’RACE和3’RACE扩增基因组中编码区序列、5’和3’末端非编码区序列,PCR产物克隆到载体并测序,拼接成全基因组序列,分别基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt进行系统进化分析。结果：71/02GZ株基因组全长10 735 nt,两端非编码区（NCR）长度分别为94 nt和462 nt。基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt的进化分析结果显示71/02GZ株和2002年广州分离株（GZ01/02,GZ/218/2002）,1995年广东分离株（GD23/95,GD01/95）、1995年广州分离株（GZ01/95）组成一个基因型;而1999年广东分离株（GD05/99）,1997年广东分离株（GD14/97）和1980年广州分离株（GZ/80）属于另一个基因型;另外,71/02GZ株同1998年印度尼西亚分离株（98901530 DF DV-1-ID）的同源性最高。结论：71/     

恙虫病东方体Karp株Sta56基因的克隆及序列比较的研究

目的 扩增恙虫病东方体Karp株主要表膜抗原Sta56的开放读码框(ORF)全长，并进行序列比较研究。方法 小鼠接种传代和体外细胞扩增分离恙虫病东方体Karp株，用PCR方法扩增恙虫病东方体Karp株Sta56基因，并采用TA克隆技术构建测序载体，对测序结果进行同源性分析比较。结果 扩增出Sta56的ORF全长，并TA克隆到测序载体pMD18—T vector，测序结果与Karp标准株的同源性为99．4％。结论 Sta56全长ORF克隆扩增成功，为进一步构建表达载体，进行Sta56蛋白表达研究提供基础。     

2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高(97.7%)。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。     

广州地区恙虫病流行病学和临床特征分析

目的 了解广州地区恙虫病的流行病学及临床特点.方法 对广州医学院第二附属医院1985～2012年收治的208例恙虫病患者的资料进行回顾性分析.结果 所有病例均有草丛接触史;平均年龄为52.7岁,以50岁以上人群为主,年龄分布无明显性别差异;发病时间主要集中在5～10月份.大多数患者有明显的毒血症症状,主要临床表现及其发生率如下:发热(100％)、焦痂或溃疡192例(92.3％)、浅表淋巴结肿大117例(56.3％)、皮疹92例(44.2％)、肝脾肿大58例(27.9％),病程中可发生中枢神经、血液、呼吸、消化、肾脏、心脏多个重要脏器的功能损害,外斐试验阳性122例(65.6％).首诊确诊率为51.9％,病死率为6.7％.结论 广州地区恙虫病的季节分布以夏季型和秋季型为主,该疾病表现为发病高龄化,临床表现复杂,多并发症,高误诊率等特点.因此,建议对医务人员进行恙虫病知识的定期培训,提高早期诊断能力.     

广州2002年登革病毒流行株的分离鉴定及进化分析

目的从2002年广州采集的可疑登革病人血清中分离登革病毒,明确流行株的血清型及基因型,并鉴定该分离株的毒力。方法采集疑似登革热患者血清20份,应用C6／36细胞体外培养的方法进行病毒分离,并合成登革病毒通用引物,进行逆转录一聚合酶链反应(RT-PCR)后,将PCR扩增产物克隆到T载体进行序列测定和比对。确定血清型后,进一步扩增在病毒进化上有代表意义的病毒血清型特异性E／NS1连接区基因片段,测序后用邻位相连(N—J)法构建登革病毒进化树,分析此次登革病毒流行株的来源。通过乳鼠脑内接种及空斑实验,测定分离株的毒力。结果上述20份血清标本中,5份标本出现明显的细胞病变,主要表现为细胞融合,形成大小不一的空泡和网状结构。RT-PCR扩增、序列测定证实为登革病毒Ⅰ型。E／NS1连接区基因序列片段分析表明,2002年广州分离株(DEN-1／GZ2002)的核苷酸序列与基因型Ⅳ型的DEN—1／T14株(澳大利亚,1981)同源性最高,达98％。N—J法构建进化树显示：11株DEN-1病毒分成3个基因群,分别与Rico-Hesse1990分型中的Ⅰ,Ⅳ和Ⅴ型以及Ana P．Goncalvez 2002年分型中的亚洲型,南太平洋型和美N／tbN型相符,本室分离的DEN-1／GZ2002株属于Ⅳ型或者称南太平洋型。DEN-1／GZ2002株脑内接种乳鼠11d左右导致乳鼠弓背,后肢麻痹、瘫痪,直至死亡。感染Vero细胞8d后可见小而不透明的空斑,病毒滴度可达10^6pfu／ml,TCID50为4．37log pfu／0．2ml。结论2002年广州登革热流行为登革病毒Ⅰ型感染所致,病毒基因型为Ⅳ型,本实验虽然未明确毒力相关基因,动物实验及细胞感染实验证实该分离株的毒力较弱。     

广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株E基因序列分析

目的测定广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株的E基因序列并进行分析。方法收集广州市2006年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发生树,进行生物信息学分析。结果59份标本中38份病毒分离培养阳性,获得广州市2006年Ⅰ型登革病毒流行株GZ2006/1707的E基因序列,其同源性与东南亚缅甸、泰国、柬埔寨等地的流行株接近,但与广州市2002年Ⅰ型登革病毒流行株GZ2002/281较远。结论广州市2006年流行的登革病毒属输入性,但与2002年流行的登革病毒有不同的输入源。     

重庆地区2009年手足口病病原分离鉴定及病毒基因组特征

目的 对2009年重庆市手足口病(hand-foot-mouth disease, HFMD)患儿粪便标本的病原进行分离鉴定及全基因组序列测定,并同相关毒株序列进行同源性比对和进化分析,以了解新分离病毒基因组序列特征及可能的传播来源.方法 将47例手足口病患儿临床标本接种人横纹肌肉瘤细胞(human rhabdomyosarcoma,RD)进行分离培养,采用EV、EV71、Cox A16特异性引物对出现细胞病变的细胞上清进行PCR鉴定,同时电镜观察病毒颗粒形态,将鉴定的病毒基因组分为4个片段进行RT-PCR扩增,扩增产物纯化后进行PCR测序.通过末端重叠序列拼接成全长病毒基因组序列,利用生物信息学软件对序列进行比对分析,绘制进化树.结果 在47例HFMD患儿临床标本接种RD细胞培养中,有7份观察到明显的细胞病变,通过RT-PCR检测有3份呈EV特异性引物及EV71特异性引物阳性,而所有标本Cox A16特异性引物检测为阴性,EV71特异性引物的PCR产物测序结果证实为EV71病毒,同时用电镜观察形态病毒感染的RD细胞,为圆形无包膜病毒颗粒,证实所分离病毒为EV71.测序获得的3株EV71病毒基因组全长分别为7 409、7 406 nt和7 404 nt,其VP1氨基酸序列同源性达99%以上.Blast分析表明重庆毒株Chongqing-2-09-China(GQ994990.1)、Chongqing-3-09-China (GQ994991.1)均与安徽阜阳2008年分离的3株EV71毒株同源性较高,重庆毒株Chongqing1-09-China (GQ994989.1)与2005年台湾分离984 polyprotein、1235 polyprotein序列毒株同源性最高,进化分析表明属于C4基因亚型.结论 新分离的重庆EV71毒株基因组序列符合肠道病毒特征,与国内2008年安徽阜阳及台湾2005年分离的EV71病毒可能具有相同来源.     

2012-2013年广州地区鼻病毒感染的流行病学调查

目的了解2012-2013年广州地区呼吸道感染人群中人鼻病毒(HRV)感染的流行特征。方法收集2012-2013年广州市5家哨点医院符合条件的有发热并伴有呼吸道感染症状患者的咽拭子标本2 124份,采用实时荧光定量PCR检测标本中HRV的核酸,同时结合患者的临床基本信息,分析HRV的感染情况、人群分布和时间分布等。对HRV阳性的标本进一步进行流感病毒(IFV)、呼吸道合胞病毒(RSV)等7种常见呼吸道病毒的检测,以了解其共感染情况。结果共收集咽拭子2 124份,1 254份来自门诊急诊病例,870份来自住院病例;男性1 253份,女性871份,男女检出率无明显差异;年龄范围0个月到103岁。HRV检测阳性的标本有101份,阳性检出率为4.76%;阳性标本中20例混合感染了至少一种其他呼吸道病毒,占HRV阳性标本的19.80%;IFV是最常见的混合感染病毒。HRV全年散发,秋季检出率最高(6.13%),冬季最低(1.51%),不同季节检出率差异有统计学意义(χ2=10.592,P0.05)。尤以感染0~4岁的婴幼儿和65岁的老年人为主,中青年检出率低。结论广州地区HRV以感染儿童和老年人为主,尤其是4岁以下的婴幼儿;全年均可发生;男女感染率无明显差异;与IFV混合感染率较高。