非特指型外周T细胞淋巴瘤microRNA的表达及其生物学信息分析

目的 探讨非特指型外周T细胞淋巴瘤中microRNA的特征性改变及其在发病机制中的作用.方法 应用高通量miRNA芯片技术对5例原发于淋巴结的非特指型外周T细胞淋巴瘤及5例反应性增生的淋巴结组织进行检测,筛选出特异性表达的miRNA,采用Targetscan、miRnada及mirdb软件对差异有统计学意义的miRNA进行靶基因预测,应用生物学信息方法对靶基因GO和信号通路进行分析.结果 miRNA表达谱分析显示,有20种miRNA在这两组样本中差异有统计学意义(P＜0.05),其中非特指型外周T细胞淋巴瘤组有13种miRNA明显上调,分别为kshv-miR-K12-12-5p,hsa-miR-1290,hsa-miR-5585-3p,hsa-miR-593-3p,hsa-miR-4763-3p,hsa-miR-3196,hsa-miR-4714-5p,hcmv-miR-UL148D,hsa-miR-4485,hsa-miR-4769-3p,hsvl-miR-H17,hsa-miR-1587,hsa-miR-4674,预测靶基因显著性GO有30个,信号通路30条;有7种miRNA明显下调,分别为hsa-miR-3913-5p,hsa-miR-614,hsa-miR-224-3p,hsa-miR-4694-3p,hsa-miR-513c-3p,hsa-miR-4677-3p,hsa-miR-218-2-3p,预测靶基因显著性GO有31个,信号通路4条.结论 有统计学意义的20种miRNA可能作为非特指型外周T细胞淋巴瘤与炎性反应性淋巴结增生鉴别指标.hsa-miR-1290、hsa-miR-4485、hsa-miR-3196、hsa-miR-614、hsa-miR-224-3p,可能参与非特指型外周T细胞淋巴瘤的发病机制,所涉及的靶基因有BCL2、C-myc、FOXA1、MAPT、NAT1、PSA、FUT4,影响的信号通路有MAPT通路、Wnt信号通路、NF-κB通路、Hippo信号通路、TGF-β信号通路、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ型(HTLV-1)感染相关信号通路.     

基于生物信息学分析关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及意义

目的 应用生物信息学方法探究关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及临床意义。方法 利用GEO2R在线工具分析GSE17681数据集中肺癌样本和对照样本的差异表达miRNA。利用miRTarBase数据库预测排在前3位的上调和下调miRNA的靶基因。利用DAVID数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析。通过STRING数据库构建靶基因间的蛋白互作网络及miRNA-基因互作网络，然后利用Cytoscape软件的cytoHubba插件分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因。利用UALCAN数据库分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因在肺鳞癌中的表达。最后利用Kaplan-Meier Plotter工具分析关键miRNA对肺鳞癌生存状况的影响。结果 共筛选出116个差异表达的miRNA,包括93个上调miRNA,23个下调miRNA。预测了前3位上调和下调miRNA的1282个靶基因，参与了肺鳞癌的相关通路，如癌症途径、MAPK信号通路等。通过miRNA-基因互作网络筛选到上调和下调的关键miRNA为hsa-miR-19a和hsa-miR-126,其调控的Hub靶基因分别为TNF、P...     

筛选三阴型乳腺癌差异表达 microRNA 的临床转化研究

目的：应用 microRNAs（miRNAs）芯片技术筛选成球培养法及贴壁培养法培养细胞系 MDA-MB-231差异表达的 miRNA,发现三阴型乳腺癌（TNBC）相关的 miRNA。方法用干细胞培养基成球培养法筛选 TNBC 干细胞,应用 miRNAs 芯片技术筛选成球培养法及贴壁培养法培养细胞系 MDA-MB-231差异表达的 miRNA,同时选取5例新鲜 TNBC 癌组织及其癌旁组织运用荧光定量 RT-PCR 对差异表达的 miRNAs 进行验证。运用靶基因预测软件预测差异表达 miRNAs 可能的调控靶基因。结果通过 miRNAs 芯片的检测及 SAM 软件分析,选取细胞培养数据中筛选得到 TNBC 干细胞较 TNBC 细胞表达上调的5个 miRNA（ hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-1231、hsa-miR-489-3p）,下调的4个 miRNA（ hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-18a-3p、U25）。荧光定量 RT-PCR 结果是 hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-18a-3p、U25表达上调,hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-489-3p、hsa-miR-1231表达下调。芯片检测结果及荧光定量 RT-PCR 结果一致的 miRNA 为 hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p,并对其进行生物信息学分析;分析出 MicroRNA-297所对应靶基因为 SLC7A6、SLC7A5、SLC25A44、7A5、AAK1、SMYD1、NDE1、PDE3B、STC1、SUSD1。结论 MicroRNA-297及其靶基因SLC7A5可能在乳腺癌发生发展及干性形成过程中发挥重要作用。     

乳腺癌microRNA表达谱的初步研究

目的:探讨miRNA基因表达谱的筛选及其在乳腺癌发生发展中的作用.方法:收集8例患者的新鲜乳腺癌组织及配对癌旁组织,利用miRNA芯片对其进行实验分析, 并采用 real time-PCR验证芯片结果的准确性,生物信息学分析其作用靶点.结果:通过SAM软件,相对癌周组织在乳腺癌组织中查出上调的miRNA基因3个,下调的miRNA基因23个.其中显著上调的为hsa-miR-155和hsa-miR-193b.显著下调的为hsa-miR-145,hsa-miR-381,hsa-miR-132,rno-miR-10b,hsa-miR-199b-5p,hsa-miR-100,hsa-miR-335,hsa-miR-497和hsa-miR-99a.实时定量验证芯片结果准确可靠,生物信息学发现不同miRNA对应的靶基因分别为FOXA1、 HOXA1、SMAD7和PSTON等.结论:筛选得到乳腺癌miRNA的差异表达谱靶点非常广泛,涉及到细胞周期调控,转录调控等,可能在乳腺癌的发病机制中发挥潜在作用.     

神经母细胞瘤血浆外泌体差异表达miRNA靶基因预测及生物信息学分析

目的通过生物信息学分析筛选出神经母细胞瘤外周血血浆外泌体中差异表达miRNA,并对其靶基因功能进行分析预测。方法从高通量基因表达数据库下载数据集GSE128004,分析神经母细胞瘤血浆外泌体中miRNA的差异表达;通过miRTarBase数据库筛选差异表达miRNA的靶基因;进一步通过运用clusterProfiler进行靶基因的基因本体(GO)功能富集与京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)通路富集。结果经筛选发现,数据集GSE128004包含41个表达差异在2倍以上的血浆外泌体miRNA。靶基因预测显示,hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-196b-5p, hsa-miR-127-3p, hsa-miR-410-3p和hsa-miR-487b-3p为靶基因最多的前5个差异表达miRNA。GO功能分析发现,这些靶基因大都在细胞运动正调节、细胞迁移正调节、血管生成等生物过程富集;在膜侧、细胞-基底连接、细胞-基底黏附连接、焦点黏连等细胞组成富集;在蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、蛋白异二聚体化活性、转录因子活性和RNA聚合酶Ⅱ核心启动子近端区序列特异性结合等分子功能富集。KEGG分析显示:这些差异表达miRNA的靶基因主要参与磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B信号通路、癌症相关miRNA、丝裂原活化蛋白激酶信号通路等通路富集。结论 hsa-miR-199a-3p, hsa-miR-127-3p和hsa-miR-410-3p可能作为神经母细胞瘤的潜在生物标志物或治疗靶标,进一步为该病的发病机制提供研究思路。     

基于转录组的华法林作用后肝细胞miRNA表达谱的分析

目的 探究miRNA与华法林药物反应性的关系。方法 用Illumina测序平台对华法林干预不同时间后的LO2肝细胞系进行全转录组测序,通过数据清理、质控、比对,与新miRNA预测,筛选组间差异基因,预测miRNA靶基因,从而发现新的华法林变异基因及其信号通路。结果 运用生物信息学分析方法预测到359个新miRNA,3组组间差异miRNA共220个,其中168个差异miRNA为上调趋势,52个差异miRNA为下调趋势。差异miRNA通过韦恩图取交集,在3组对比分析中均存在差异的miRNA共有7个,分别是19＿42692、5＿15895、4＿13863、2＿6317、2＿3682、X＿46770和hsa-miR-3656。用实时荧光定量聚合酶链反应验证的表达趋势与测序结果均为上调表达,说明测序结果准确性较高,可以用于后续的功能分析。结论 本研究基于全转录组测序方法经过鉴定及筛选出的miRNAs可能在华法林耐药机制中发挥显著作用,这些可能为华法林剂量的研究提供了新的见解和策略。     

基于mRNA和miRNA芯片探索影响结直肠癌肝转移的靶基因

摘要： 目的 筛选与结直肠癌 （CRC） 肝转移相关的靶基因。方法 从Gene Expressed Omnibus （GEO） 数据库下载mRNA和miRNA的表达谱 （GSE30687和GSE44121）。通过limma函数包分析得出差异表达mRNA和差异表达 miRNA。基于DAVID在线工具进行差异表达mRNA的GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用TargetScan筛选由差异表达miRNA调节的靶基因, 并构建miRNA-mRNA调节网络。结果 与原发性CRC样品相比, 在具有肝转移的CRC样品中筛选出180个差异表达mRNAs, 其中116个表达下调, 64个表达上调, 另外筛选出15个差异表达 miRNAs, 表达上调的有6个, 表达下调的有9个。差异表达mRNAs富集于32个GO terms中, 如阴离子运输、 细胞的顶端部分、 脱氧核糖核酸酶活性等。另外, 这些差异表达mRNAs主要富集在包括类固醇生物合成和霍乱弧菌感染在内的2条通路中。miRNA-mRNA调控网络包括50个miRNA-mRNA关系对, 其中具有较高节点度的基因为纤连蛋白 1 （FN1） 和骨髓嗜病毒整合位点1 （MEIS1）。结论 FN1和MEIS1基因可能是大肠癌肝转移的潜在生物标志物。     

Chir99021联合PD0325901对小鼠胚胎干细胞中miRNAs差异表达的影响

目的：通过研究Chir99021联合PD0325901对小鼠胚胎干细胞中miRNAs差异表达的影响,为揭示胚胎干细胞的自我更新和分化的机制提供更多线索。方法采用miRNA基因芯片技术检测Chir99021联合PD0325901处理组和PD0325901处理组miRNAs的表达谱差异。选取3倍以上及通过查文献与胚胎干细胞自我更新相关的1.5倍以上3倍以下的miRNAs,采用实时荧光定量PCR法验证,利用miRDB、Miranda两个数据库交叉预测差异表达的靶基因,并应用KEGG Pathway进行靶基因功能富集分析。结果与PD0325901单独处理相比,Chir99021联合PD0325901处理组有47种miRNAs上调1.5倍以上,75种miRNAs下调1.5倍以上;用实时荧光定量PCR验证差异表达的miRNAs,结果显示13个miRNAs与芯片结果相符。靶基因预测分析显示,miR-466a-5p、miR-466d-5p处于重要位置,Plcb1、Prkcb处于关键基因位置。结论 Chir99021可引起小鼠胚胎干细胞中的miRNAs差异表达,差异表达的miRNAs可能通过调控Plcb1、Prkcb基因而影响胚胎干细胞的自我更新。     

缺氧预处理诱导大鼠心肌细胞差异表达microRNA的芯片筛选与生物信息学分析

目的筛选缺氧预处理(hypoxia preconditioning,HPC)诱导成年大鼠心肌细胞差异表达的microRNA(miRNA),并预测分析miRNA调控的靶基因与功能。方法体外分离培养成年大鼠心室肌细胞,分为对照组(CON)和缺氧预处理组(HPC),CON组细胞正常培养,HPC组细胞经历10 min缺氧和30 min再给氧,提取心肌细胞总RNA,行miRNA芯片筛选,qRT-PCR验证芯片结果。利用软件预测差异表达miRNA调控的靶基因,分析靶基因富集的基因功能(gene ontology,GO)和信号通路(pathway)。结果与CON组相比,HPC可诱导大鼠心肌细胞miRNA表达谱发生明显改变,共有12个miRNA上调,14个miRNA下调(P<0.01,FDR<0.05);选择其中荧光信号值>500的7个miRNA,用于生物信息学分析。qRT-PCR检测miR-133b-5p、miR-664-1-5p、miR-6216水平,变化趋势与芯片结果一致。生物信息学分析显示差异表达miRNA所调控的靶基因功能明显富集于27个GO和6条信号通路。结论 HPC可诱导成年大鼠心肌细胞miRNA表达谱明显改变,这些差异表达miRNA可能通过调控靶基因参与HPC介导的心肌细胞保护作用。     

基于GEO公共芯片平台探究右美托咪定在大鼠心脏保护中的作用机制

目的 通过生物信息学分析右美托咪定(dexmedetomidine, DEX)对大鼠心肌miRNA及mRNA表达谱的影响，构建miRNA-mRNA调控网络，探究DEX在大鼠心脏保护中的作用机制。方法 从公共基因芯片数据平台下载经DEX预处理大鼠缺血再灌注损伤心肌的miRNA基因芯片数据集GSE126105和mRNA数据集GSE126104,筛选差异表达miRNA和mRNA。利用miRWalk数据库对差异表达的miRNA靶基因进行预测。用Metascape数据库对预测靶基因进行基因本体论(gene ontology, GO)和基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析，应用Cytoscape对模块中基因的共表达关系可视化并应用cytoHubba插件筛选Hub基因。结果 给药组大鼠心肌较对照组有5个miRNA和165个mRNA差异表达。将miRWalk数据库预测的miRNAs的靶基因和差异表达的mRNA应用韦恩图取交集，得到42个共同基因，基于此结果构建了miRNA-mRNA调控网络，对此网络基因进行功能富集...     

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Journal of Neuroimmune Pharmacology -