酒精性肝病患者血浆外泌体差异蛋白的分析

目的筛选酒精性肝病(alcoholic liver disease, ALD)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为ALD患者的治疗和诊断提供参考依据。方法选取2021年5月至2021年10月在首都医科大学附属北京佑安医院住院并确诊为ALD的患者和健康体检者各3例,超速离心分离提纯外泌体,提取蛋白,串联质谱标签(tandem mass tag, TMT)标记后,采用定量蛋白组学技术对两者血浆中的外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选出差异蛋白,并用生物信息学分析差异蛋白的功能及其参与的生物学过程。结果共鉴定到可定量蛋白质387种,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05为标准筛选出差异蛋白27种,与健康对照组相比,ALD组上调蛋白15种、下调蛋白12种,生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了脂质的代谢、免疫反应和细胞的死亡等生物学过程,并与炎症反应、细胞的损伤和补体级联反应等信号通路密切相关。结论 TMT标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ALD早期诊断的血清学标志物及治疗靶点。     

慢加急性肝衰竭不同预后患者血浆外泌体差异蛋白的生物信息学分析

目的筛选不同预后慢加急性肝衰竭(ACLF)患者血浆外泌体中的差异蛋白,分析其功能及生物学过程,为患者临床诊断提供参考依据。方法前瞻性选取2019年7月—10月于首都医科大学附属北京佑安医院住院确诊的ACLF患者10例,随访90 d,患者死亡或肝移植归入肝移植/死亡组(n=5),患者存活归入生存组(n=5),两组一般资料指标比较采用Mann-Whitney U秩和检验。采用非标记(Label-free)定量蛋白质组学技术对血浆外泌体蛋白进行鉴定和定量分析,筛选差异蛋白并进行功能富集分析,使用R-3.5.1软件对差异蛋白进行层次聚类分析,分析其参与的生物学过程。结果外泌体蛋白质组学分析共鉴定出860种蛋白,以倍数上调>1.2倍或下调>1.2倍且P<0.05的标准筛选出差异表达蛋白116种,与肝移植/死亡组相比,生存组上调蛋白62种、下调蛋白54种。生物信息学分析结果显示,这些蛋白主要参与了免疫反应、信号转导、囊泡介导的转运、细胞死亡和增殖等生物学过程,并与炎症反应、糖类和氨基酸代谢、肝细胞损伤及再生等信号通路密切相关。结论非标记定量蛋白质组学技术筛选出的差异蛋白可能作为ACLF早期诊断及预后判断的血清学标志物。     

我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体定量蛋白质组学比较分析

目的 应用定量蛋白质组学方法比较我国利什曼原虫伽师株有毒力和无毒力前鞭毛体蛋白表达的差异。方法 将分离于我国新疆伽师县黑热病患者婴儿利什曼原虫JS5有毒力株前鞭毛体和无毒力株前鞭毛体经酶解后进行液相色谱串联质谱(Liquid chromatography-tandem mass spectrometry, LC-MS/MS)的非标记(Label-free)定量分析,利用MaxQuant软件查库,进行Label-free非标定量(LFQ)分析;每个样品重复3次质谱分析,只有1次有LFQ值的蛋白舍弃。结果 本研究共鉴定蛋白3 994个,有毒力和无毒力株间差异蛋白为298个(差异倍数>1.2或差异倍数<0.83,P<0.05),其中利什曼原虫有毒力株前鞭毛体特有表达蛋白15个,无毒力株前鞭毛体特有表达蛋白23个,二者间表达丰度有显著差异蛋白260个,其中有毒力前鞭毛体表达上调蛋白(高表达)78个,表达下调蛋白(低表达)182个。这些差异表达蛋白中已鉴定功能的蛋白分别涉及糖与脂质代谢、核酸代谢、压力反应、细胞骨架形成、细胞周期与增殖等生物功能。结论 利什曼原虫伽师株有毒力株和无毒力株前鞭毛体蛋白质组的表达存在差异,为筛选和鉴定与利什曼原虫感染相关关键分子奠定了基础。     

不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞外泌体对巨噬细胞转录组的影响

目的 比较不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞来源外泌体对巨噬细胞转录组的影响。方法 通过转录组测序技术,比较经两株不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞(WB1和WN1)来源外泌体处理的巨噬细胞的转录组差异,筛选差异基因并使用KEGG分析、GO分析和蛋白互作网络分析,探索癌细胞来源外泌体影响巨噬细胞功能促进肺转移的潜在机制。结果 对比高肺转移肝癌细胞WN1和低肺转移肝癌细胞WB1来源外泌体处理的巨噬细胞转录组,存在318个差异表达基因【log2(差异倍数)≥1;P<0.05】,其中上调基因296个,下调基因22个;KEGG分析发现上调差异基因主要富集在PI3K-Akt信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等炎症分子相关的信号通路和细胞黏附相关的信号通路上;GO分析发现上调差异基因主要富集在血管形成、上皮间质转化和金属肽酶活动等条目中;更进一步的蛋白质相互作用网络分析筛选得到的核心基因Vegfa、Il6和Mmp3等也位于上述富集通路中。结论 巨噬细胞受不同肺转移潜能的大鼠肝癌细胞外泌体处理后,转录组存在显著性差异,高肺转移肝癌细胞来源外泌体可能通过调控巨噬细胞多个信号通路发挥促进肝癌肺转移的作用。     

旋毛虫肌幼虫期外泌体的分离和小RNA鉴定

目的 分离纯化旋毛虫肌幼虫分泌的外泌体,并进行鉴定,为研究旋毛虫免疫逃逸机制提供新的线索。方法 采用超速离心法提取旋毛虫肌幼虫期外泌体,通过透射电子显微镜、纳米颗粒跟踪分析、免疫印记和小RNA测序对其进行鉴定。结果 旋毛虫肌幼虫期外泌体为有膜的泡状物,直径约80～200 nm,表达外泌体特异性标记蛋白CD63和Enolase,含1 266个已知的miRNA。结论 经形态、粒径及标记蛋白分析证实成功分离旋毛虫肌幼虫期外泌体,同时构建旋毛虫肌幼虫期外泌体的小RNA文库,鉴定出多种功能性小RNA,为深入研究旋毛虫肌幼虫期外泌体内小RNA分子的应用提供数据。     

急性阻塞性睡眠呼吸暂停诱发房颤兔模型左心耳蛋白质组学分析

目的 通过蛋白质组学方法筛选急性阻塞性睡眠呼吸暂停（OSA）诱发房颤兔模型组与对照组左心耳组织差异表达蛋白，探讨急性OSA诱发房颤发生的分子生物学机制。 方法 12只成年新西兰大白兔随机分成对照组（n=6）和OSA诱发房颤组（n=6），应用TMT相对定量技术筛选差异表达蛋白并行生物信息学分析。 结果 以表达倍数变化1.2倍以上（上调超过1.2倍或下调超过0.83倍）且P < 0.05标准，54个蛋白差异有统计学意义，其中表达上调的有24个，表达下调的有30个。经过生物信息学分析发现差异蛋白的主要作用是结合、结构分子活性、催化活性、分子功能调节和转录调节，主要参与细胞进程、生物过程调节、生物调节、刺激反应和代谢进程等重要生物学过程。 结论 筛选出的差异蛋白可能与急性OSA诱发房颤的发生相关，为进一步研究OSA诱发房颤发病机制提供相关的理论依据。     

慢性乙型肝炎与HBV相关慢加急性肝衰竭患者血浆外泌体差异miRNA的生物信息学分析

目的 探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者与HBV相关慢加急性肝衰竭(HBV-ACLF)患者血浆外泌体microRNA(miRNA)表达谱差异，分析其功能及生物学过程，以期获得可用于HBV-ACLF临床诊断的参考依据。方法 选取2021年10月—2022年6月青岛市市立医院感染科住院的6例CHB患者及青岛市第六人民医院血液净化中心接受治疗的6例HBV-ACLF患者。运用Illumina高通量测序技术对这些患者的血浆外泌体miRNA进行检测，筛选差异miRNA并进行功能富集分析，分析其参与的生物学过程。检测得到的外泌体差异miRNA以倍数上调>2倍或下调>2倍且P<0.05为标准筛选。计量资料两组间比较采用Mann-Whitney U秩和检验。计数资料两组间比较采用χ²检验。结果 筛选差异miRNA共249种，与CHB组相比，HBV-ACLF组上调miRNA 126种，下调miRNA 123种。生物信息学分析结果显示，这些差异表达miRNA主要参与了性腺发育、调控蛋白质稳定性、细胞对外界刺激反应等生物学过程，并与乙型肝炎、蛋白多糖在癌症中的作用、调节干细...     

酒精性肝病患者脂代谢相关差异蛋白的定量分析

目的应用串联质谱标记(TMT)技术筛选和鉴定酒精性肝病(ALD)患者肝脏组织中的差异蛋白, 对脂代谢相关蛋白和通路进行分析, 探索其功能及生物学过程。方法收集符合纳入标准的肝脏组织, 筛选出酒精性肝硬化患者样本8例, 正常对照组样本3例。采用TMT技术筛选差异蛋白并进行富集信号通路分析和蛋白质网络互作分析, 探索其参与的生物学过程。结果蛋白质组学分析鉴定出2组资料中有2 741种差异蛋白具有统计学意义(P < 0.05), 以P<0.05且|log2(foldchange)| >1的标准筛选出差异表达蛋白106种, 与对照组相比, ALD组上调蛋白12种, 下调蛋白94种。其中, 与脂代谢相关的上调差异蛋白有2种, 下调差异蛋白有14种。生物信息学分析结果显示这些蛋白在脂代谢中主要参与了脂质转运, 脂肪酶活性的调节, 脂肪酸结合以及胆固醇代谢等生物学过程, 并与过氧化物酶体增殖物激活受体信号通路、胆固醇代谢、甘油三酯代谢及脂肪细胞内脂解的调节等脂代谢相关信号通路密切相关。结论 16种脂代谢相关差异蛋白可能是ALD发病机制中的关键蛋白。     

食管鳞状细胞癌患者血浆α-2-HS-糖蛋白和S100A9蛋白水平及意义

目的评估食管鳞状细胞癌(ESCC)血浆外泌体中表达上调的α-2-HS-糖蛋白(AHSG)和S100A9蛋白是否有潜力作为ESCC早期诊断的血浆外泌体肿瘤标志物。方法通过对46例ESCC血浆标本及46例健康对照组血浆标本差异蛋白进行Western印迹验证,如果结果与蛋白质组学结果一致,接着再利用酶联免疫吸附(ELISA)实验进行大样本的蛋白定量验证。结果 Western印迹实验结果表明,AHSG和S100A9在ESCC患者血浆外泌体中表达量与对照组相比明显升高。ELISA验证结果表明,ESCC组和对照组血浆外泌体中AGSH和S100A9浓度存在显著差异。结论两种蛋白可以作为ESCC早期诊断的血浆外泌体肿瘤标志物,但尚需进行更大批次临床样本的实验验证,同时还需要对这两种蛋白的特异性进行分析。     

再灌注治疗对急性心肌梗死患者血浆外泌体微小RNA差异表达的影响

目的 观察冠状动脉再灌注治疗对急性心肌梗死(AMI)患者血浆外泌体微小RNA(miRNA,miR)差异表达的影响。方法 选取2022年10月至11月于深圳市龙岗区第三人民医院确诊的3例老年男性AMI患者,进行冠状动脉再灌注治疗,留取患者入院时、术后2 h和术后24 h静脉血,应用miRNA测序技术筛选3例患者血浆外泌体中共同差异表达miRNA后,对其靶基因进行生信分析,利用定量聚合酶链反应验证其中差异表达的miR-499a-5p。结果 与入院时比较,术后2 h血浆外泌体miRNA有418个上调和406个下调,术后24 h血浆外泌体miRNA有320个上调和225个下调(P<0.05);与术后2 h比较,术后24 h血浆外泌体miRNA有344个上调和350个下调(P<0.05)。Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes富集分析显示,差异表达的miRNA富集在磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B、缺氧诱导因子1和血管平滑肌收缩等通路。Gene Ontology富集分析显示,差异表达的miRNA靶基因分子功能方面主要富集于蛋白结合和DNA结合;...     

Proteomic analysis of plasma from rheumatoid arthritis patients with mild cognitive impairment

Rheumatoid arthritis (RA) patients may suffer from comorbid neuropsychiatric symptoms including mild cognitive impairment (MCI). Although comorbidity of MCI is common, there are currently no validated plasma biomarkers to aid MCI diagnosis. This study screened plasma from patients with RA with and without comorbid MCI to identify potential biomarkers useful in the differential diagnosis of comorbid MCI. Plasma samples were collected from patients with RA without comorbid MCI, with comorbid MCI, and from healthy controls. Plasma samples were examined by tandem mass tags (TMT) combined with two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (2D-LC-MSMS) to analyze protein expression. Differentially expressed proteins were identified by bioinformatics and validated by enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). A total of 746 reliable proteins and 158 differentially expressed proteins were identified. Fourteen patients with RA-MCI showed differential protein expression (six proteins upregulated and eight proteins downregulated) compared with those patients without MCI and with healthy controls. Bioinformatics analysis showed that the differentially expressed proteins were primarily involved in biological processes, such as cell adhesion, coagulation, apoptosis, and body fluid regulation. The results of the ELISA experiments, similar to those of the proteomic analysis, demonstrated that sonic hedgehog (SHH) was upregulated and serum paraoxonase (TTR) was downregulated in patients with RA-MCI. These results indicate that SHH and TTR may be candidate plasma biomarkers that could be used to distinguish patients with RA and comorbid MCI from those without comorbid MCI.     

基于同位素标记的相对和绝对定量的糖尿病并发肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的: 比较糖尿病(diabetes mellitus,DM)患者与糖尿病并发肺结核(diabetes mellitus complicated with pulmonary tuberculosis,DM-PTB)患者的血浆蛋白质谱差异,筛选DM-PTB潜在蛋白质生物标志物,为进一步探索DM-PTB的发病机制提供思路。方法: 采用回顾性研究的方法,选取于2017年1月至2018年1月在黑龙江省传染病防治院确诊的DM患者和DM-PTB患者各16例,采用基于同位素标记的相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)蛋白质组学技术分析两组间血浆蛋白质谱,以DM-PTB组对DM组蛋白表达量变化倍数>1.2或<0.83且P<0.05为标准筛选差异蛋白,并对差异蛋白进行基因本体(Gene Ontology,GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析等生物信息学分析。结果: 共筛选出275个差异表达蛋白,其中有111个在DM-PTB组上调,有164个在DM-PTB组下调。GO分析显示,差异表达蛋白富集数目最多的生物学过程为细胞过程(92.00%,253/275),定位于细胞器(87.27%,240/275),分子功能为结合(90.55%,249/275)。KEGG代谢通路分析显示,差异表达蛋白共富集到26条代谢通路(错误发现率<0.05),富集数目最多的通路为黏着斑通路(22个蛋白),此外PI3K-Akt信号通路、胆固醇代谢通路、血小板激活通路、吞噬体通路和补体及凝血通路等与糖脂代谢和免疫相关的通路也发生了变化。结论: 本研究通过iTRAQ蛋白质组学方法筛选出了DM-PTB患者的差异表达蛋白,发现这些差异表达蛋白参与了与细胞活动、糖脂代谢和免疫调节相关的信号通路,提示上述通路的变化可能与DM-PTB的发病密切相关。     

基于非标记定量技术的继发性肺结核患者血浆蛋白质组学研究

目的 研究继发性肺结核患者特异蛋白标志物的血浆蛋白质组学,寻找继发性肺结核特异性蛋白标志物。方法 应用非标记(label-free)定量蛋白质组学技术检测30例继发性肺结核患者(结核组)和30名健康对照者(对照组)血浆蛋白质谱,结核组某蛋白丰度较对照组差异倍数>2(上调)或<0.5(下调)及两组某蛋白丰度经t检验P<0.05的蛋白被认为是差异蛋白。应用基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)等分析软件对差异蛋白进行生物信息学分析。两组间蛋白平均丰度的差异分析采用t检验,以P<0.05为差异有统计学意义。结果 结核组与对照组比较共发现518个差异表达蛋白,其中有256个差异蛋白表达上调,262个差异蛋白表达下调。生物信息学分析发现差异蛋白的分子功能主要集中在结合(29.79%,406/1363)和蛋白质结合(24.80%,338/1363);参与生物学过程主要为参与细胞过程(14.75%,467/3167)和代谢过程(11.11%,352/3167);差异蛋白的细胞定位分析发现,大部分蛋白定位在细胞内(22.07%,389/1763)及细胞(22.01%,388/1763)。KEGG分析发现背腹轴形成通路及黏着斑形成通路等17个上调通路与1个下调通路在结核组与对照组间具有差异性。结论 结核组患者的血浆蛋白发生了明显的改变,这为探索继发性肺结核发生发展的机制提供了有价值的线索。     

非酒精性脂肪性肝病合并2型糖尿病患者外周血miR-17、miR-20a和miR-20b变化及其临床意义*

目的 探讨非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)合并2型糖尿病(T2DM)患者外周血miR-17、miR-20a和miR-20b变化及其临床意义。方法 2018年12月～2020年6月我院收治的T2DM患者46例和NAFLD合并T2DM患者50例(轻度19例、中度17例和重度14例)。采用实时荧光定量RT-PCR法检测血清miR-17、miR-20a和miR-20b mRNA水平。采用多因素Logistic回归分析NAFLD合并T2DM发生的独立危险因素,应用受试者工作特征曲线(ROC)下面积(AUC)分析各指标诊断严重NAFLD的效能。结果 NAFLD合并T2DM患者外周血miR-17、miR-20a和miR-20b mRNA水平分别为(5.6±1.3)、(3.8±0.9)和(1.8±0.5),显著高于T2DM患者【分别为(4.4±1.1)、(3.1±0.6)和(1.4±0.4),P<0.05】;重度NAFLD组血清miR-17、miR-20a和miR-20b mRNA水平分别为(6.0±1.1)、(4.0±0.8)和(1.9±0.5),显著高于中度患者【分别为(4.4±1.0)、(3.4±0.6)和(1.5±0.4),P<0.05】或轻度患者【分别为(4.1±0.6)、(2.8±0.8)和(1.2±0.3),P<0.05】;多因素Logistic回归分析显示,BMI、血清LDL-C、miR-17、miR-20a和miR-20b是NAFLD合并T2DM发生的独立危险因素(P<0.05);ROC分析结果显示,血清miR-17、miR-20a和miR-20b诊断严重NAFLD的AUC分别为0.75、0.74和0.70。结论 NAFLD合并T2DM患者外周血miR-17、miR-20a和miR-20b水平显著升高,可能参与了NAFLD的发病过程,对判断NAFLD的严重程度具有一定的意义。     

非酒精性脂肪性肝病患者血清胱抑素C、脂蛋白α和nesfatin-1水平变化及其临床意义探讨*

目的 探讨非酒精性脂肪性肝病(NAFLD)患者血清胱抑素C(CysC)、脂蛋白α(Lp-α)和人新饱食分子蛋白1(nesfatin-1)水平变化及其临床意义。方法 2019年7月～2021年11月我院诊治的NAFLD患者119例和同期经年龄和性别匹配的健康体检者65例,采用ELISA法检测血清CysC、Lp-α和nesfatin-1水平,应用受试者工作特征曲线下面积(AUC)评估血清指标评估重度NAFLD的效能。结果 NAFLD患者血清CysC水平为(1.5±0.4)mg/L,显著高于对照组【(0.8±0.2)mg/L,P＜0.05】,而血清Lp-α和nesfatin-1水平分别为(88.5±18.6)mg/L和(0.9±0.2)ng/mL,显著低于对照组【分别为(140.3±29.5)mg/L和(1.6±0.3)ng/mL,P＜0.05】;重度NAFLD患者血清CysC水平为(1.9±0.3)mg/L,显著高于中度患者【(1.6±0.3)mg/L,P＜0.05】或轻度患者【(1.2±0.2)mg/L,P＜0.05】,而血清Lp-α和nesfatin-1水平分别为(63.6±15.9)mg/L和(0.4±0.1)ng/mL,显著低于中度患者【分别为(88.2±14.3)mg/L和(0.9±0.2)ng/mL,P＜0.05】或轻度患者【分别为(104.3±17.8)mg/L和(1.2±0.3)ng/mL,P＜0.05】;Logistic回归分析显示血清CysC、空腹血糖、甘油三酯、低密度脂蛋白胆固醇高水平或血清Lp-α和nesfatin-1低水平是严重NAFLD发生的独立危险因素(P＜0.05); 联合应用血清CysC、Lp-α和nesfatin-1水平评估重度NAFLD发生的AUC为0.887,显著高于三项指标单独评估的0.738、0.773和0.776(P＜0.05),其灵敏度、特异度和准确度分别为86.7%、80.9%和82.4%。结论 NAFLD患者血清CysC水平升高,而血清Lp-α和nesfatin-1水平降低,它们水平的变化与肝脂肪变程度相关,其临床意义值得探讨。     

溃疡性结肠炎血清差异蛋白的筛选研究

目的 应用蛋白质组学寻找溃疡性结肠炎(UC)血清差异蛋白,初步探索UC可能的生物标志物.方法 收集UC患者30例和健康对照者30名的血清标本,双向凝胶电泳(2-DE)分离等量混合血清的蛋白质,运用图像分析软件进行比较和分析,识别差异表达蛋白质.应用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)鉴定部分差异蛋白质点.结果 UC组和对照组之间年龄、体重指数、吸烟情况和饮酒量的差异均无统计学意义(P值均＞0.05).初步筛选出UC患者与健康对照者存在明显差异的39个蛋白点,选择其中9个点,经质谱分析发现触珠蛋白、热休克转录因子2、受体酪氨酸激酶、醛脱氢酶、载脂蛋白C-Ⅲ、中心粒旁物质1在UC患者中表达水平升高,角蛋白1、细丝蛋白A结合蛋白1、肌球蛋白3在UC患者中表达水平降低.结论 采用蛋白质组学2-DE和质谱技术,筛选并鉴定出与UC相关的9个血清蛋白质,为提供新的UC生物学行为研究分子标志物奠定基础.     

基于质谱与生物信息学的冠状动脉严重钙化患者血浆蛋白质组学研究

目的:基于非标记蛋白组学方法筛选冠状动脉(冠脉)严重钙化病变患者外周血浆中的特异性蛋白质标志物.方法:采用数据非依赖采集质谱技术检测30例冠脉严重钙化病变患者与30例非钙化对照人群血浆,生物信息学软件进一步分析差异表达蛋白质数据.结果:冠脉严重钙化病变患者与非钙化人群血浆相比较,共筛选出表达量差异2倍以上的差异蛋白共2...