CCNA2在泛癌中的表达及其与预后和免疫浸润的关系

目的 通过生物信息学技术分析细胞周期蛋白A2 (CCNA2)在泛癌中的表达和预后价值，并深入探索CCNA2与免疫浸润的关系。方法 从UCSC Xena数据库下载癌症基因组图谱计划数据库中33种肿瘤的数据，分析CCNA2在33种肿瘤中的表达和预后价值。利用TISIDB数据库计算免疫浸润丰度，分析CCNA2与免疫检查点基因的相关性及其与肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性。利用GEPIA数据库获取肿瘤中与CCNA2相关的基因，进行基因本体以及京都基因和基因组数据库富集分析。结果CCNA2在多种肿瘤中普遍高表达，且CCNA2表达与生存率显著相关。同时，CCNA2表达与肿瘤免疫浸润和免疫检查点基因相关。CCNA2表达与不同类型肿瘤的肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性明显相关。结论 CCNA2可作为肿瘤不良预后和免疫浸润的生物标志物，为癌症治疗提供了新的思路。     

泛癌中CCL18的差异表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性分析

目的 旨在通过多数据库的分析来揭示CCL18在33种癌症类型中的表达、预后及其与免疫细胞浸润的相关性。方法 通过GTEx数据库、CCLE数据库、TCGA数据库综合分析CCL18在泛癌中的表达模式。单因素Cox回归用于分析CCL18在泛癌中的生存和预后。通过TIMER2.0数据库分析CCL18与免疫微环境的关系。分析了CCL18与免疫检查点基因表达谱、DNA错配修复基因(MMRs)和甲基转移酶编码基因的关系。Spearman用于分析CCL18表达水平与肿瘤突变负荷(TMB)和微卫星不稳定性(MSI)的关系。结果 在本研究中，发现CCL18在大多数癌症中异常过表达。CCL18与肿瘤患者的年龄、性别、肿瘤分期和免疫亚型等临床参数密切相关。单因素回归分析表明CCL18表达与患者在ACC、DLBC、LAML、UVM、CESC和LGG中的不良预后密切相关。在大多数癌症中，CCL18的表达与28种免疫细胞亚型、免疫相关通路、肿瘤微环境呈正相关。CCL18与主要组织相容性复合体、免疫激活剂、免疫抑制剂、趋化因子和趋化因子受体相关基因共表达。此外，CCL18与许多癌症中的肿瘤新抗原、肿瘤突变负荷、微卫星...     

CD276在泛癌中的免疫表达及预后

目的 探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法 采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达，采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响，进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性，采用基因集富集分析（GSEA） CD276的生物学功能，最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果 肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异（P <0.05）。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论 全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物，可将其作为新的免疫调节靶点，用于开发新的免疫治疗靶向药物，为肿瘤治疗提供新思路。     

细胞凋亡相关基因CD44在甲状腺癌组织中的表达及其与肿瘤侵袭和免疫细胞浸润关系的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法探讨细胞凋亡相关基因（ARGs）透明质酸受体蛋白CD44在甲状腺癌（THCA）组织中表达及其与患者临床病理特征和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的关系,为THCA的诊断和治疗提供新的研究方向。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库获得THCA凋亡相关的差异表达基因（DEGs）表达谱,选取表达上调的CD44基因,分析THCA组织和癌旁组织中CD44 mRNA表达水平;采用受试者工作特征（ROC）曲线对THCA组织与癌旁组织进行鉴别;采用基因本体功能注释（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因集富集分析（GSEA）对DEGs进行功能及通路富集分析;采用STRING数据库建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络,通过Cytoscape软件进行可视化;采用TIMER数据库分析THCA组织中CD44 mRNA表达和TILs浸润丰度之间的相关性;使用R语言分析CD44蛋白表达与免疫检查点的关系。选取110例THCA患者标本,采用免疫组织化学SABC法检测THCA组织及相对应的癌旁组织中CD44蛋白表达情况。结果：TCGA数据库分析,与癌旁组织比较,THCA组织中CD44 ...     

基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

目的：通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法：采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱（HPA）数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心（TISCH）数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源（TIMER2.0）、肿瘤免疫共基因小鼠（TISMO）、肿瘤免疫功能障碍与排斥（TIDE）和基因集癌症分析（GSCA）数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果：与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌（BRCA）、结肠腺癌（COAD）、食道癌（ESCA）、多形性胶质母细胞瘤（GBM）、头颈部鳞状细胞癌（HNSC）、肾透明细胞癌（KIRC）、肾性肾乳头状细胞癌（...     

CPEB4的表达与肿瘤临床病理特征和预后关系的生物信息学分析

目的 探讨CPEB4基因在肿瘤中是否为一种肿瘤标志物并评估CPEB4在泛癌中的预后状况、临床相关性分析及肿瘤微环境之间的关系。方法 在线检索PubMed、中国知网、维普和万方数据库中存在CPEB4关于人体肿瘤表达的相关文献,纳入并汇总相关肿瘤细胞中表达情况的研究,对符合标准的文献提取出相应的临床数据并进行Meta分析。提取癌症基因组图谱（TCGA）数据库中的样本信息进行泛癌分析并拓展CPEB4高低表达组对不同肿瘤患者的临床相关性研究、预后程度与免疫之间的关系。结果 荟萃分析结果显示CPEB4为晚期肾透明细胞癌、非小细胞肺癌、神经胶质瘤、结直肠腺癌、胃腺癌患者的不良预后因子;对泛癌差异分析结果统计,CPEB4在肿瘤中为两极化因子,针对泛癌中CPEB4表达与肿瘤突变负荷（TMB）、微卫星不稳定性（MSI）、免疫细胞相关性与其他免疫相关基因之间的关系并进行GSEA通路富集分析,验证并拓展荟萃分析的结果。结论 CPEB4作为泛癌中的矛盾因子,可作为肿瘤患者病情的检测指标及预后的重要参考因素。     

IL-33调控肿瘤免疫微环境中IFN-γ的生物信息学分析

目的 通过生物信息学方法分析白细胞介素-33(interleukin-33,IL-33)对肿瘤免疫微环境的影响,探讨在肿瘤免疫微环境中IL-33上调干扰素-γ(interferon-gamma, IFN-γ)表达的机制。方法 应用生存曲线在线分析工具分析IL-33表达对患者生存时间的影响。从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载数据,进行基因本体论(gene ontology,GO)分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析和蛋白网络相互作用分析,探讨IL-33对相关基因的功能和信号通路的影响。从临床蛋白质组肿瘤分析协会(Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium, CPTAC)蛋白和蛋白磷酸化组数据库中下载数据,分析IL-33表达与异质性胞核核糖核蛋白D(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D,HNRNPD或AU-rich element binding factor 1,AUF1)表达的相关性。结果 生存曲线在线分析结果显示IL-33的高表达显著改善多种癌症生存预后。在IL-33受体St2敲除鼠结肠癌模型中,IFN-γ表达显著下调。IL-33影响的基因主要富集于对IFN-γ的反应,对IFN-β的反应,固有免疫调控等信号通路和生物过程中。CPTAC蛋白质组数据分析提示IL-33和AUF1表达显著负相关(r=-0.64,P<0.001)。结论 IL-33在肿瘤免疫微环境中可以增强免疫细胞IFN-γ的表达,IL-33可以通过下调AUF1的表达,阻止AUF1所属的“AUF1和信号转导调控复合体”对IFN-γ mRNA的攻击。     

TIMP1基因表达与结直肠癌预后及免疫浸润相关性研究

目的 探索组织金属蛋白酶抑制剂1（TIMP1）基因表达与结直肠癌预后及免疫浸润的相关性。方法 使用癌症基因组图谱（TCGA）数据库RNA表达数据分析TIMP1基因表达水平与结直肠癌患者临床病理特征的相关性,并分析TIMP1在结直肠癌和正常组织中的表达。采用Kaplan-Meier生存分析和Cox回归分析TIMP1与预后的相关性。采用基因集合富集分析（GSEA）和单样本基因集富集分析（ssGSEA）研究TIMP1的富集通路和功能,并进行免疫细胞浸润的关联分析。结果 TIMP1在结直肠癌中高表达,并和结直肠癌患者的预后不良有关,ECM通路、MAPK通路及免疫相关通路等可能是TIMP1调控的关键通路。同时,TIMP1在结直肠癌中的表达与免疫浸润水平有关。结论 TIMP1可作为结直肠癌的潜在治疗靶点和预后生物标志物。     

内质网蛋白驻留受体2蛋白对胰腺癌恶性生长的影响及机制研究

目的:探讨赖氨酸-天冬氨酸-谷氨酸-亮氨酸(KDEL)内质网蛋白驻留受体2(endoplasmic reticulum protein retention receptor 2,KDELR2)对胰腺癌细胞恶性生长的影响,并初步探究相关作用分子机制。方法:通过癌症基因组学数据分析平台(UCSC XENA)分析KDELR2 mRNA在泛癌和人胰腺癌组织中的表达水平;通过癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)分析其表达水平与胰腺癌患者临床病理特征及生存预后的关系;采用基因本体功能富集分析(Gene Ontology, GO)、京都基因和基因组数据库富集分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)探索KDELR2相关差异表达基因参与调节的信号通路;通过ssGSEA算法分析KDELR2免疫浸润情况。应用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)和蛋白质印迹实验检测不同胰腺癌细胞系(BXPC-3、MIA PaCa-2、PANC-1、PaTu 8988-T)以及正常人胰腺导管上皮细胞(HPNE)中KDELR2的mR...     

肿瘤突变负荷与免疫细胞浸润联合分析在胃癌预后评估中的临床意义

目的 研究肿瘤突变负荷(TMB)对胃癌(GC)患者预后的影响,并进一步探讨TMB与免疫细胞浸润的关系。方法 从TCGA数据库中下载GC患者体细胞基因突变数据、转录组数据及临床数据,使用R语言“maftools”软件包分析基因突变概况,并计算每个样本的TMB。将样本按TMB的高低分为两组,进行生存分析。使用“limma”包对高、低TMB两组的表达谱进行差异分析,利用R语言对差异基因进行GO及KEGG通路富集分析。基于ImmPort数据库筛选出差异免疫基因共97个。通过Cox回归分析,筛选出4个预后相关基因构建预后模型。通过TIMER数据库进一步评估GC突变基因和免疫细胞浸润之间的相关性。最后,使用Cox回归模型与生存分析评估免疫细胞的预后价值。结果 通过TCGA数据库共筛选出胃癌样本375例,正常样本32例。其中375例样本中C>T单核苷酸突变发生次数最多,GC中突变率最高的三个基因是TTN、TP53和MUC16;使用Kaplan-Meier法进行生存分析,发现高TMB值与更好的生存结果相关;筛选出816个差异表达基因进行基因通路富集分析,发现这些基因主要在肌肉系统的形成与含胶原蛋...     

基于生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及临床意义

目的 通过生物信息学分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达及其对临床治疗和预后评估的意义。方法 下载癌症基因组图谱（the Cancer Genome Atlas,TCGA）数据库中多种肿瘤表达资料,采用R语言分析FAM83H-AS1在多种癌症中的表达情况。单独分析FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达情况,并通过基于基因表达水平值的交互式分析平台（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）在线数据库验证表达情况。利用TCGA数据库下载并分析生存资料,明确FAM83H-AS1表达水平与乳腺癌患者预后的关系,并利用GEPIA及Kaplan-Meier Plotter进行双重验证。同时利用TCGA临床信息分析FAM83H-AS1与临床病理分期的关系,运用R语言分析FAM83H-AS1与肿瘤微环境、免疫检测点相关基因及肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）的相关性,并进行基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）。结果 FAM83H-AS1在多种癌症中表达异常,其中在乳腺癌中的表达显著升高,且高表达FAM83H-AS1的乳腺癌患者总生存率显著降低。此外,不同临床分期的乳腺癌患者FAM83H-AS1的表达水平不同。FAM83H-AS1与乳腺癌样本中的基质细胞评分及免疫细胞评分均呈负相关,与一些免疫检测点相关基因表达具有相关性,TMB雷达图结果提示FAM83H-AS1在乳腺癌中的表达与TMB存在正相关性,GSEA结果提示FAM83H-AS1的表达与错配修复功能呈正相关性。结论 FAM83H-AS1基因在乳腺癌中高表达,与患者的不良预后、临床病理分期、肿瘤微环境及TMB均有相关性。同时FAM83H-AS1与免疫检测点相关的一些基因及错配修复基因存在相关性,以上可能为临床乳腺癌的治疗、预测预后及基因靶向药物的研制提供理论依据。     

LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性分析

目的 分析层粘连蛋白3（Laminin subunit alpha 3,LAMA3）在泛癌中的表达水平及其与泛癌患者预后、免疫微环境之间的关系。方法 本研究从多个数据库中收集转录组、预后、免疫相关数据,可视化分析LAMA3在泛癌中的表达水平及其与泛癌预后、免疫微环境的相关性。结果 与正常组织相比,LAMA3在11种肿瘤中显著高表达,如结肠癌（colon adenocarcinoma,COAD）,肾透明细胞癌（kidney renal clear cell carcinoma,KIRC）,胰腺癌（pancreatic adenocarcinoma,PAAD）等;在11种肿瘤中显著低表达,如胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme, GBM）、脑低级别胶质瘤（brain lower grade glioma,LGG）、皮肤黑色素瘤（skin cutaneous melanoma,SKCM）等。LAMA3表达水平不仅与包括PAAD在内的多种肿瘤预后显著相关,还与SKCM等多种肿瘤的肿瘤突变负荷（tumor mutation burden,TMB）、微卫星不稳定性（microsatellite instability,MSI）和肿瘤免疫浸润显著相关。此外,基因共表达分析结果表明LAMA3与多种常见的免疫基因表达显著相关。结论 LAMA3可作为泛癌预后、免疫治疗反应评估的生物标志物。     

m7G相关lncRNAs是影响结肠癌患者预后和肿瘤微环境的潜在生物标志物

目的 探讨m7G-lncRNAs能否作为结肠癌患者预后及肿瘤微环境的生物标志物。方法 TCGA数据库筛选m7G-lncRNAs（|Pearson R|>0.4,P<0.001）,多因素Cox分析构建m7G-lncRNAs风险模型。使用ROC和C-index曲线对风险模型进行验证。构建诺莫图和诺莫图的校准曲线用于预测结肠癌患者的预后。点柱图和K-M生存曲线评估风险打分对患者临床分期和预后的影响。CIBERSORT和ESTIMATE探究高低风险组患者肿瘤微环境和免疫细胞浸润程度的联系,同时分析风险打分对结肠癌患者微卫星不稳定性,干细胞指数和免疫检查点表达的影响。使用相互作用基因搜索工具（STRING）构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,挖掘m7G-lncRNAs调控的关键靶点。最后,使用蛋白印迹实验在4对结肠癌组织与癌旁正常组织中验证这些关键靶点的表达。结果 从TCGA数据库鉴别出1722个m7G-lncRNAs。多因素Cox分析筛选出12个lncRNAs用于构建风险模型,其中AC003101.2、AC005014.2、AC008760.1、AC092944.1、AL1161729.4、AL301422.4、AP001619.1、AP003355.1和ZEB1-AS1为高风险lncRNAs,AC025171.4、AC073957.3及TNFRSF10A-AS1为低风险lncRNAs。ROC曲线显示风险模型对患者1年、3年、5年生存预测的AUC值分别为0.727、0.747、0.794。诺莫图预测患者预后的AUC值为0.794,校准曲线显示诺莫图对患者生存的预测与患者实际的生存基本一致。高风险组患者的T分期（T1~T2 vs T3~T4：P=0.034）、N分期（N0 vs N2：P=7.8e-08; N1 vs N2：P=0.00081）以及M分期（M0 vs M1：P=0.007）均高于低风险组患者。低风险组患者常伴随高微卫星不稳定状态（MSS vs MSI-H：P=0.034）。肿瘤干性指数与风险得分呈负相关（r=-0.19;P=7.3e-05）。高风险组患者基质细胞打分（P=0.0028）以及总打分（P=0.007）明显高于低风险组患者较高,激活的肥大细胞（r=-0.11;P=0.045）和静息CD4+T细胞（r=-0.14;P=0.01）的表达也较低。多数免疫检查点在高风险患者中高表达（P<0.05）。蛋白印迹实验表明m7G-lncRNAs调控的关键靶点ATXN2 （P=0.006）and G3BP1（P=0.007）在4对结肠癌组织中表达均高于配对的癌旁正常组织。结论 12个m7G-lncRNAs构建的风险模型对结肠癌具有重要的预后价值,同时也能反映结肠癌患者肿瘤微环境及免疫治疗的疗效。     

CD40LG是与浸润性乳腺癌肿瘤微环境中免疫和基质相关的预后标志物

目的 旨在寻找与浸润性乳腺癌（BRCA）发生相关的肿瘤微环境（TME）相关基因,以预测其预后并为临床提供治疗靶点。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中检索到RNA转录组数据和临床相关数据。利用ESTIMATE算法计算基质评分和免疫评分。然后通过取交集筛选出差异表达基因（DEGs）。利用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和单变量COX回归分析来确定DEGs中的核心基因。选取一个核心基因进行GSEA集富集分析和CIBERSORT分析,以分别区分核心基因表达的功能和肿瘤浸润免疫细胞（TICs）的比例。最终用Western blot和qRT-PCR对CD40LG的表达水平进行临床验证。结果 从TCGA中提取了1222个样本（124个正常样本和1098个肿瘤样本）进行分析,共获得了487个DEG。这些基因主要富集在与免疫相关的途径中。进一步的交叉分析揭示了11个关键基因,包括CD40LG、ITK、CD5、CD3E、SPN、IL7R、CD48、CCL19、CD2、CD52和CD2711,这些基因被证明与乳腺癌TME状态相关。挑选了CD40LG进行进一步研究,结果表明,CD40LG高表达BR...     

基于生物信息学筛选与鉴定宫颈癌的生物标志物微小染色体维持蛋白2

目的 应用生物信息学技术分析筛选影响宫颈癌预后的关键基因并深度挖掘基因功能.方法 从基因表达汇编(GEO)数据库下载宫颈癌微阵列数据集(GSE6791、GSE39001、GSE55940、GSE63678),合并和批量标准化后筛选差异表达基因(DEG).对DEG进行基因本体(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)...     

基于生物信息库病例分析ECT2在子宫内膜癌中的表达及临床意义

目的 通过多种数据库分析ECT2在子宫内膜癌(UCEC)的表达水平、预后情况及潜在功能。 方法 利用GEO、STRING、Cytoscape筛选UCEC关键基因。联合TIMER2.0、UALCAN、肿瘤基因组图谱(TCGA)进行预后分析,运用LinkedOmics及Metascape在线分析工具行共表达基因筛选和功能富集分析。TIMER2.0分析关键基因与多肿瘤免疫浸润细胞关联性。 结果 共筛选出245个DEGs,ECT2为关键基因,其表达水平与UCEC肿瘤分级、分期及预后生存期有关联,另外发现ECT2与肿瘤增殖和免疫浸润细胞有关联。 结论 ECT2在UCEC中高表达,且与UCEC的不良预后有一定的关联性,这可能为UCEC治疗提供新靶点。     

多免疫基因预后模型在评估结直肠癌生存和预后中的作用：基于TCGA数据库的研究

目的：通过生物信息学方法筛选与结直肠癌预后相关的免疫基因并构建多免疫基因预后模型，以期为结直肠癌生存和预后的评估提供重要的临床资料，并为肿瘤免疫在结直肠癌中的研究提供思路。方法：从TCGA数据库下载结直肠癌基因表达数据和临床病理数据，对其进行差异分析后获得差异表达的基因；从ImmPort免疫基因数据库下载免疫基因，与结直肠癌差异基因取交集后获得差异表达的免疫基因；进一步对差异免疫基因进行生存分析获得结直肠癌预后相关基因，以此构建多免疫基因预后模型(预后模型);然后，通过生存分析预后模型风险评分对结直肠癌生存的影响，利用ROC分析以及绘制风险曲线验证预后模型风险评分在评估结直肠癌预后中的准确性；通过独立预后分析预后模型风险评分是否可作为评估病人预后的独立风险因子；最后，分析免疫基因与转录因子及免疫细胞的相关性。结果：免疫基因预后模型风险评分高风险组预后较差(P<0.01);预后模型风险评分能对结直肠病人预后进行准确分组，并且在对结直肠预后的分析中具有较高的准确性(AUC=0.861);免疫基因与转录因子以及免疫细胞之间存在一定的相关性。结论：预后模型能准确评估病人预后，并且高风险组...     

基于生物信息学NOP2在肝癌中的预后价值研究

目的：基于生物信息学探究NOP2核仁蛋白(NOP2 nucleolar protein, NOP2)在肝癌预后中的价值。方法：采用CIBERSORT和ESTIMATE计算方法,计算497例(其中54例有癌旁组织)肝癌病人的肿瘤浸润免疫细胞(TICs)的两个主要评分。通过Cox回归分析寻找出差异表达基因(DEGs)。同时进一步收集蚌埠医学院第一附属医院行肝切除术的原发性肝癌病人10对癌组织及相邻癌旁组织进行qRT-PCR分析。结果：NOP2的表达水平与肝癌的病理特征(较晚的M分期)呈正相关,与病人的生存时间呈负相关。通过基因集富集分析(GSEA)发现NOP2高表达的基因主要富集于与免疫相关通路。进一步研究证实6种免疫细胞与NOP2表达呈正相关,包括M0巨噬细胞、静止期自然杀伤细胞、激活期CD4⁺记忆T细胞、CD8⁺T细胞、滤泡辅助性T细胞、调节性T细胞。5种免疫细胞与NOP2的表达水平呈负相关,包括记忆B细胞、嗜酸性粒细胞、M2巨噬细胞、单核细胞、休止期CD4⁺记忆T细胞。且qRT-PCR显示NOP2在肝癌中呈高表达,在癌...     

生物信息学分析MGP基因在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤免疫浸润和患者预后的关系

 目的 应用生物信息学方法探讨羧基谷氨酸蛋白（matrix gamma linolenic acid protein,MGP）基因在卵巢癌组织中的表达情况,并分析MGP与肿瘤免疫浸润及患者预后的关系。方法 通过The Cancer Genome Atlas（TCGA）和Genotype-Tissue Expression（GTEx）数据库比较MGP mRNA在卵巢癌患者与正常卵巢组织中的表达差异。通过Gene Set Enrichment Analysis（GSEA）方法分析MGP是否参与调控信号通路。使用Tumor IMmune Estimation Resource（TIMER）网站分析卵巢癌患者中MGP基因表达情况与肿瘤微环境免疫细胞浸润的关系,并进一步验证其与卵巢癌患者预后的关系。结果 与正常卵巢组织相比,MGP mRNA在卵巢癌组织中低表达;MGP高表达的卵巢癌组织样本显著富集在自然杀伤细胞介导细胞毒性、CCR5、NKT、IL-17、TH1/TH2等相关信号通路上。在卵巢癌组织中,MGP表达水平与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。Kaplan-Meier和log-rank检验结果显示,CD4+ T细胞、巨噬细胞浸润水平和MGP表达水平与患者预后密切相关（P < 0.05）。COX回归模型分析显示,患者年龄、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平、MGP表达水平与患者预后呈正相关,而CD8、CD4 T细胞浸润水平与患者预后呈负相关（P < 0.05）。结论 在卵巢癌组织中,MGP高表达与患者预后差密切相关,MGP高表达与CD8+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞浸润水平呈显著正相关。     

ELK3在胃癌中的表达特征和功能分析

目的 探讨ELK3在胃癌中的表达特征和潜在功能。方法 采用非配对t检验、χ2检验分析E-MTAB-6693数据集ELK3在胃癌的表达特征;Kaplan-Meier生存分析、单因素和多因素Cox回归分析ELK3对预后的预测能力。Chip-Atlas、ChipBase、基因转录调控数据库、hTFtarget预测并构建ELK3转录调控网络。R软件“org.Hs.eg.db”包对靶基因进行功能富集分析。Cibersort工具分析胃癌组织中浸润性免疫细胞的比例,并计算Pearson系数分析ELK3与这些细胞的相关性。使用基因表达谱分析人类蛋白图谱公共数据库验证ELK3的表达。收集5组胃癌临床样本,利用rt-PCR验证ELK3的mRNA水平表达,利用Western blot验证ELK3在配对胃癌组织中蛋白水平表达差异。结果 在公共数据集和临床样本中ELK3在胃癌中高表达（P<0.05）;其表达随M分期、AJCC分期、神经侵袭的进展而升高（P<0.05）。χ2检验表明ELK3表达水平与N分期、AJCC分期、Lauren分型、分化程度、病理分型、微卫星状态相关（P<0.05）。ELK3高表达患者的总体生存期和无病生存期较低表达患者显著降低,是胃癌的独立预后因素（P<0.05）。综合鉴定出176个潜在的ELK3转录调控靶基因,富集分析表明ELK3可能调控 Rap1、AMPK、趋化因子、VEGF、TNF、肿瘤PD-L1/PD-1信号（P<0.05）。ELK3表达与胃癌中调节T细胞、滤泡辅助性T细胞、CD8+T细胞数量呈负相关（P<0.05）。结论 ELK3在胃癌中充当癌基因,可能促进胃癌细胞发生、发展和免疫逃避。