基于网络药理学及分子对接探究六君子汤治疗结直肠癌的作用机制

目的：采用网络药理学分析方法探究六君子汤治疗结直肠癌的药理机制。方法：应用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）检索六君子汤中的中药活性成分及作用靶点;通过Gene Cards、OMIM、TTD、Drug Bank四个数据库获取结直肠癌疾病靶点;借助STRING数据库及Cytoscape软件分析六君子治疗结直肠癌的关键靶点;运用Metascape平台进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析;利用AutoDock Vina软件进行分子对接,初步验证药物结合力。结果：筛选出六君子汤主要活性成分132个,主要包括槲皮素、山柰酚、柚皮素等;活性成分对应的作用靶点277个;结直肠癌疾病相关靶点1 508个;二者共同靶点138个,核心靶点有前列腺素氧化环化酶2(Prostaglandin-Endoperoxide Synthase 2,PTGS2)等。GO和KEGG结果分析表明六君子汤治疗结直肠癌可能涉及的信号通路有磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B、白细胞介素-17、T细胞受体等;分子对接结果显示,7-甲氧基2-甲基异黄酮、苜蓿毒素等主要活性成分与PTGS2、过氧化物酶体增...     

基于网络药理学及分子对接探讨脑脉泰胶囊治疗脑梗死的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术分析脑脉泰胶囊治疗脑梗死（Cerebral infarction,CI）的潜在作用机制。方法 通过TCMSP、TCMIP数据库检索、筛选脑脉泰胶囊的活性成分及其作用靶点,通过DrugBank、OMIM、PharmGkb、TTD、DisGeNET数据库筛选脑梗死疾病相关靶点,获取二者的交集靶点,作为脑脉泰胶囊治疗脑梗死的潜在作用靶点。使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-潜在作用靶点”网络,并分析网络中的关键活性成分;将交集靶点导入STRING数据库中进行蛋白互作（PPI）网络分析,筛选出潜在核心靶点;同时使用R 4.0.3软件对交集靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到140个活性成分及111个潜在作用靶点（交集靶点）;获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、木犀草素、白藜芦醇等关键活性成分;筛选得到IL6、TNF、CXCL8、PTGS2、STAT3、JUN、MAPK1等核心靶点;潜在作用靶点主要富集在IL-17、TNF、HIF-1、MAPK...     

基于网络药理学和分子对接研究丹参-赤芍药对治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究丹参-赤芍药对治疗结直肠癌（colorectal cancer,CRC）的作用机制,并进一步运用体外细胞实验进行验证。方法 通过TCMSP数据库筛选出丹参-赤芍药对活性成分及其对应的靶点,通过检索GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库检索获得CRC相关靶点,将丹参-赤芍活性成分靶点与CRC靶点取交集,采用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络,运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,运用R语言进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析;选取关键靶点及核心活性成分,使用AutoDock软件进行分子对接。通过体外细胞实验验证网络药理学结果,分别采用MTT及划痕实验检测丹参-赤芍药对对HCT116细胞增殖及迁移能力的影响,采用qRT-PCR及Western blotting检测丹参-赤芍药对对网络药理学核心靶点表达的影响。结果 网络药理学预测显示,丹参-赤芍药对活性成分206个,共有352个对应的靶基因,CRC疾病相关靶点9143个,得到交集靶点283个。通过PPI网络筛选得到丹参-赤芍药对治疗CRC的关键治疗靶点3个：雌激素受体1（estrogen receptor 1,ESR1）、黏着连接蛋白β1（catenin β1,CTNNB1）和视网膜母细胞瘤基因1（retinoblastoma 1,RB1）。GO功能和KEGG通路分析显示,关键靶点涉及磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K）-蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）信号通路、肿瘤坏死因子（tumor necrosis factor,TNF）信号通路、p53信号通路、缺氧诱导因子-1（hypoxia-inducible factor-1,HIF-1）、细胞凋亡等。分子对接结果显示关键靶点与重要活性成分结合构象稳定,筛选出丹参-赤芍药对治疗CRC的核心活性成分主要是黄芩苷、芍药内酯苷、苯甲酰芍药苷等。MTT及划痕实验表明,丹参-赤芍药对对HCT116细胞增殖和迁移能力具有明显的抑制作用（P＜0.05、0.01）;丹参-赤芍药对显著抑制ESR1和CTNNB1 mRNA表达水平（P＜0.05、0.01）,显著上调RB1 mRNA表达水平（P＜0.05）;显著下调ESR1、β-catenin、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（cystein-asparate protease-3,Caspase-3）和聚腺苷酸二磷酸核糖转移酶（poly-ADP-ribose polymerase,PARP）蛋白表达水平（P＜0.05、0.01）,显著上调RB1蛋白表达水平（P＜0.05、0.01）。结论 丹参-赤芍药对可能作用于ESR1、CTNNB1和RB1等靶点,通过PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路、HIF-1信号通路等相关通路,从而抑制CRC细胞的增殖和迁移能力。     

基于网络药理学和分子对接探讨枸杞子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的：基于网络药理学方法及分子对接研究枸杞子治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：采用网络药理学方法,通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,GeneCards、NCBI基因数据库及OMIM数据库,筛选枸杞子治疗AD的相关靶点,通过构建韦恩图,得到枸杞子-AD共同靶点,运用STRING数据库构建二者靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图,并且运用Cytoscape 3.8.0软件进行可视化处理,筛选关键基因,同时对药物-疾病共有靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）,并使用AutodockTools1.5.6进行分子对接,验证靶点与小分子的结合度。结果：通过筛选,共得到121个枸杞子-AD共有靶点,41个关键靶点,包括JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6等,GO分析发现,生物学过程主要与氧化应激、衰老等相关,KEGG通路分析富集在AGE-RAGE、HIF-1等信号通路。将靶点MAPK1与β-谷甾醇进行分子对接发现,结合活性较好。结论：本研究初步探讨了枸杞子治疗阿尔茨海默病的主要活性成分、相关靶点及其相关通路,发现其多成分、多靶点、多通路的特点,为后续实验验证提供了一定的参考和物质基础。     

基于网络药理学和分子对接探究地骨皮调血脂的作用机制

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体（peroxisome prol...     

基于网络药理学和分子对接探讨四物汤抗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术分析四物汤抗乳腺癌的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)获取熟地黄、白芍、川芎、当归的主要活性成分及其靶点,根据吸收、分布、代谢和排泄(absorption、distribution,metabolism and excretion,ADME)筛选中药活性组分...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压的作用机制。方法 运用TCMIP、Swiss和Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点;通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取高血压疾病靶点;黄芩苷作用靶点与高血压疾病靶点相映射得到二者交集靶点,将交集靶点导入STRING数据库中,获取交集靶点网络数据,将数据导入Cytoscape 3.8.2软件绘制作用靶点PPI网络图,并根据度值大小筛选出核心靶点;借助DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析;利用Vina 1.1.2软件进行黄芩苷与度值从大到小排名前5位的核心靶点的分子对接。结果 共获取黄芩苷作用靶点415个、高血压疾病靶点4 352个,经过靶点映射获取黄芩苷治疗高血压的作用靶点237个,进一步筛选出核心靶点60个;GO富集分析涉及信号转导、凋亡过程负调控等476个生物学过程,质膜、线粒体等61种细胞组分,蛋白质结合、蛋白激酶活性等128个分子功能;KEGG富集分析涉及PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等141条信号通路;分子对接结果显示黄芩苷与核心靶点表现出良好的亲和力,进一步验证了...     

基于网络药理学和分子对接探讨清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的潜在机制

目的：基于网络药理学及分子对接技术探讨清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的潜在机制。方法：查阅文献及数据库筛选清热散结胶囊的活性成分,利用Swiss Target Prediction获取有效成分的相应蛋白靶标,并利用Uni Prot数据库确定基因靶点标准化名称,通过Cyto Scape 3.7.2软件构建“中药-有效成分-靶点”作用网络。借助Gene Cards、Drug Bank和Pharm GKB数据库筛选慢性前列腺炎的疾病靶点,与药物有效成分靶点取交集后得到清热散结胶囊与慢性前列腺炎的共同靶点,利用STRING数据库构建清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的蛋白质-蛋白质相互作用并利用Cytoscape过滤查找蛋白质-蛋白质相互作用网络核心。通过Metascape数据库对共同靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,利用Py MOL及Vina软件进行分子对接验证,最后根据预测结果绘制清热散结胶囊治疗慢性前列腺炎的作用机制图。结果：筛选得到清热散结胶囊有效成分12个,去重对应靶点237个,慢性前列腺炎疾病靶点4 770个,共同靶点基因154个,蛋...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于网络药理学和分子对接研究白花蛇舌草和半枝莲药对治疗宫颈癌的作用机制

目的 通过网络药理学与分子对接方法探究白花蛇舌草Hedyotis diffusa和半枝莲Scutellaria barbata药对治疗宫颈癌的潜在活性成分及作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和STITCH数据库搜集白花蛇舌草和半枝莲药对的活性成分和靶点,在DisGeNET网站下载宫颈癌疾病靶...     

基于网络药理学、分子对接与实验验证探究钩藤治疗热性惊厥的作用机制

目的 通过网络药理学与分子对接技术探究钩藤Uncaria rhynchophylla治疗热性惊厥的作用机制,并进行实验验证。方法 通过TCMSP与BATMAN-TCM数据库检索钩藤活性成分及相关作用靶点,用TCMSP、PubChem数据库和SwissADME平台对活性成分进行筛选;通过GeneCards数据库和OMIM数据库提取热性惊厥疾病靶点,经Uniprot数据库进行蛋白-基因symbol转换;药物靶点与疾病靶点取交集绘制Venn图,通过STRING数据库绘制蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,使用Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-活性成分-关键靶点-疾病”网络,采用DAVID v6.8在线分析平台对关键靶点进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,利用Cytoscape 3.7.2软件将富集分析结果可视化并将分析所得关键化合物及靶点进行分子对接。通过免疫组化、Western blotting及脑片膜片钳技术对钩藤的作用机制进行验证。结果 得到钩藤活性成分29个,活性成分对应靶点297个,活性成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点81个。KEGG通路富集分析结果显示,钩藤治疗热性惊厥主要作用于神经元配体-受体相互作用、尼古丁成瘾、环磷酸腺苷信号通路。GO功能富集分析结果显示,尼古丁反应、质膜和细胞外配体门控离子通道活性显著性最大。免疫组化及Western blotting结果显示,钩藤显著抑制热性惊厥模型乳鼠脑组织中N-甲基-D-天冬氨酸受体2A（N-methyl-D-aspartic acid receptor 2A,NMDAR2A）、N-甲基-D-天冬氨酸受体2B（N-methyl-D-aspartic acid receptor 2B,NMDAR2B）的表达（P＜0.05、0.01、0.001）。脑片膜片钳实验结果显示,钩藤对海马CA1区锥体神经元NMDA受体诱发兴奋性突触后电流（NMDA receptor evoked excitatory postsynaptic currents,eEPSC_NMDA）具有抑制作用。结论 通过网络药理学及分子对接技术发现了钩藤治疗热性惊厥的活性成分及作用靶点,通过免疫组化、Western blotting及膜片钳技术证实了钩藤对NMDAR的抑制作用,为进一步研究钩藤治疗热性惊厥的作用机制、药物研发等提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.     

基于网络药理学和分子对接探讨泽泻三萜抗肝纤维化的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探究泽泻三萜成分抗肝纤维化的潜在作用机制.方法 根据数据库筛选及文献调研选取以泽泻三萜中8种活性成分为研究对象,利用Swiss Target Prediction网络平台预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取与肝纤维化有关的靶点,借助Cytoscape 3.7.2软...     

基于网络药理学和分子对接的文殊兰抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学筛选文殊兰的主要活性成分及其靶点,探究文殊兰抗肿瘤的潜在作用机制.方法 通过TCMID数据库检索文殊兰的化学成分,再经Batman与Swisstargets并结合相关文献筛选出文殊兰的主要活性成分及其潜在靶点,建立靶点数据;通过GeneCards、NCBI数据库筛选出肿瘤相关靶点;用Cytoscap...     

基于网络药理学、分子对接和动物实验探讨菟丝子醇提物抗乳腺癌作用机制

目的 基于网络药理学、分子对接及体内实验验证探讨菟丝子醇提物抗乳腺癌的疗效及作用机制。方法 借助SwissADME平台筛选课题组前期通过UPLC/Q-TOF-MS分析得到的46个菟丝子醇提物候选化合物,利用TCMSP、ETCM、BATMAN-TCM数据库预测其潜在靶点; GeneCards、OMIM、DrugBank数据库收集疾病靶点。取交集构建“成分-靶点”和蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络,利用DAVID数据库进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析,并建立“成分-靶点-通路”网络,采用AutoDock等软件对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。建立4T1荷瘤小鼠模型,设置模型组、环磷酰胺（20 mg/kg）组和菟丝子醇提物低、中、高剂量（3.12、6.24、12.48 g/kg）组,连续给药14 d,观察菟丝子醇提物对小鼠体质量、脾脏和胸腺指数的影响;小动物活体成像检测肿瘤细胞光子数;苏木素-伊红（hematoxylin-eosin,HE）染色检测瘤组织病理变化; Western blotting检测肿瘤组织磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B（phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinaseB,PI3K/Akt）信号通路及凋亡相关蛋白表达。结果 网络药理学筛选得到17种菟丝子活性成分及靶点428个,乳腺癌疾病靶点1 534个,交集靶点184个,其中AKT1、雌激素受体1（estrogen receptor 1,ESR1）、表皮生长因子受体（epidermalgrowth factor receptor,EGFR）、肿瘤蛋白p53（tumor protein p53,TP53）等9个为核心靶点,与槲皮素、芹菜素等7个核心成分分子对接结果良好。通过KEGG和GO分析发现,PI3K/Akt信号转导通路可能是菟丝子抗乳腺癌的重要途径。动物实验结果证实成功构建4T1荷瘤小鼠模型,与模型组比较,菟丝子醇提物组小鼠体质量、胸腺指数显著升高（P＜0.05、0.01）,脾脏指数及肿瘤细胞光子数显著降低（P＜0.05、0.01）,同时瘤组织可见部分坏死区域,细胞核呈溶解现象。菟丝子醇提物组显著下调p-PI3K、p-Akt、B淋巴细胞瘤-2（B-cell lymphoma-2,Bcl-2）蛋白表达（P＜0.05、0.01）,上调Bcl-2相关X蛋白（Bcl-2 associated X protein,Bax）表达（P＜0.05、0.01）,升高Bax/Bcl-2值（P＜0.05、0.01）。结论 菟丝子醇提物能够明显抑制荷瘤小鼠肿瘤的生长,其作用机制可能与调控PI3K/Akt通路、促进细胞凋亡有关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...