中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

 【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

变性梯度凝胶电泳在遗传性多发性外生性骨疣基因诊断中的应用

目的:采用检测遗传性多发性外生性骨疣(hereditary multiple exostoses,HME)患者EXT2基因的突变,分析该方法的敏感性及用于HME基因诊断的可行性.方法:收集5个HME家系和3个HME散发患者,利用变性梯度凝胶电泳方法对EXT2基因的所有编码外显子及其旁侧内含子序列进行检测,并对出现异常构象的片段进行DNA测序分析.结果:在两个家系中分别发现了一种 A313T的无义突变和一种319insGT的移码突变.结论:在HME患者中发现了2个EXT2基因致病突变,DGGE可作为基因诊断理想的候选方法.     

中国南方人群遗传性痉挛性截瘫ＳＬＣ３３Ａ１基因的突变检测

【目的】 ＳＬＣ３３Ａ１基因已被报道是我国北方一个ＨＳＰ家系的致病基因,但研究未发现在欧洲的ＨＳＰ患者中有该基因的突变。本研究的目的是检测ＳＬＣ３３Ａ１是否为中国南方人群中遗传性痉挛性截瘫患者的致病性基因之一。【方法】 对收集到的７０例中国南方散发遗传性痉挛性截瘫的患者,提取基因组ＤＮＡ,并进行ＳＬＣ３３Ａ１基因所有编码外显子及外显子－内含子交界区域的直接测序;鉴定所发现的遗传变异,并同我们所收集到的５７例无血缘关系的正常人进行比对,以及生物信息学分析。【结果】我们只发现 ＳＬＣ３３Ａ１基因区域的８个已存在于数据库中的单核苷酸多态性,未发现任何致病性突变。【结论】 与国外学者的报道相符合,我们的７０例中国南方ＨＳＰ病人中没有ＳＬＣ３３Ａ１所导致的病人,故 ＳＬＣ３３Ａ１对ＨＳＰ的致病性需要进一步的核实、研究。     

EXT1基因Y271H突变致多发性外生性骨疣

目的:经家系分析探索多发性外生性骨疣的相关基因变异. 方法:采用聚合酶链式反应结合DNA直接测序法检测EXT1以及EXT2基因的突变热点区域,并利用PCR-RFLP检测技术进行突变筛查. 结果:该家系中2例患者的EXT1基因编码区第811位碱基处发生T→C的杂合突变,导致第271位的酪氨酸被组氨酸取代(Y271H),而家系内正常个体无此突变,在100例遗传非相关正常个体中也没有此突变,表明该突变是一种尚未见报道的新突变. 结论:EXT1基因的Y271H杂合突变是导致该家系发生多发性外生性骨疣的致病突变.     

青壮年不明原因夜间睡眠中猝死SCN5A基因型研究

【目的】研究中国汉族人群青壮年不明原因夜间睡眠中猝死(SMDS)病例的SCN5A基因型特征。【方法】选取120例中国汉族人群散发SMDS病例,提取其基因组DNA,对PCR产物(包含编码区及外显子-内含子拼接区)进行直接测序。鉴定基因内的遗传变异,以相同人群健康组作对照。【结果】120例SMDS散发病例中共发现SCN5A的11个突变位点,其中,Y1434Y、L1566L为编码区同义突变,V95I、R121Q、R367H、R1512W为已报道的错义突变,R513H、D870H、V1202M、V1764D、S1937F为本研究新发现的错义突变。【结论】首次较全面地获得了中国人SMDS病例SCN5A基因型特征,丰富了SMDS的分子病理学数据库,同时,为进一步探索心脏钠离子通道功能异常与SMDS发病机制的相关性提供了新的信息。     

GSTM1基因编码区SNP位点T1270533G与鼻咽癌的相关性

目的 通过筛查GSTM1基因SNPs位点,研究该基因编码区单核苷酸多态位点T1270533G与鼻咽癌易感性和临床表型的关系.方法 用PCR方法对中国人群27个个体DNA标本进行扩增、纯化及测序,从中获得GSTM1编码区、调控区和侧翼区及部分内含子区SNP位点,所获数据进行LD分析.选择编码区多态性位点T1270533G(该位点在中国人群罕见等位基因频率为22.2%),用tetra-PrimerARMS-PCR结合测序方法对鼻咽癌患者和对照人群进行相关性分析.结果 通过测序共获取29个SNPs;其中13个SNPs位点之间均呈高度连锁不平衡;编码区多态性位点T1270533G的变异与鼻咽癌临床表型之间无明显关联(RR=0.170,95%CI=0.95-0.306 for homozygote TT).结论 编码区多态位点T1270533G虽然发生了碱基颠换,产生了错义突变,导致了氨基酸的改变,但并没有影响其解毒功能.该位点在鼻咽癌患者和对照人群中等位基因型频率差别很小,与中国广东地区鼻咽癌易感性无明显关联.     

胰岛素样生长因子2受体基因3′非翻译区的单核苷酸多态性及其生物信息学分析

目的：基因3′非翻译区（3′untranslated region ,3′UTR）中miRNA结合区域的遗传突变能够影响基因的表达调控,文中利用生物信息学技术预测胰岛素样生长因子2受体（insulin-like growth factor 2 receptor, IGF2R）基因3′UTR的遗传突变,并检测其对基因表达的影响。方法运用多个在线数据库,获取IGF2R基因3′UTR中具有最小等位基因频率（minor al-lele frequency, MAF）的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms, SNPs）,计算其在不同人种中的频率分布及各SNPs之间的连锁不平衡,并预测与其相应结合的miRNA。最后,检测在淋巴母细胞系中不同变体基因型对IGF2R基因mRNA表达的影响。结果在IGF2R基因3′UTR 的33个SNPs中,仅有5个SNPs（rs8191959、rs200237825、rs3832385、rs201568808、rs1050015）具有＞0．05的MAF,其中只有rs1050015基因型突变对mRNA表达水平差异具有统计学意义（P＝0．010）。结论IGF2R基因3′UTR的rs1050015突变能够促进其表达,可作为帮助预测癌症风险的遗传标志物及个体化治疗的潜在靶点。     

一个遗传性非综合征型耳聋家系的 GJB2基因突变分析

目的：对1个遗传性非综合征型耳聋家系的临床表型特征进行分析,并选取 GJB2基因进行突变检测。方法详细询问病史和临床检查后,提取患者及家系成员的外周血基因组 DNA ,PCR 扩增 GJB2基因的外显子及外显子和内含子的交界区域,然后对扩增产物进行 DNA 测序和 BLAST 比对进行突变分析。结果该家系所有患者为迟发性、渐进性、早期以高频听力下降为主的感觉神经性聋。 GJB2基因突变分析检测到6种单核苷酸多态,其中 c ．79G ＞ A （p ．Val27Ile）和 c ．341G ＞ A （p ． Glu114Gly）为已知单核苷酸多态,而位于3′‐UTR 的 g ．4159T ＞ C 、g ．5142G／T 、g ．5227G／A 、g ．5352T ／C 突变为本研究新发现。结论该家系未发现 GJB2外显子致病性突变,遗传性非综合征型耳聋存在明显的遗传异质性。     

dHMN-V型家系BSCL2基因和GARS基因突变分析

目的 报告1个远端型遗传性运动神经病V型(distal hereditary motor neuronopathy V, dHMN-V) 家系, 并探讨与BSCL2 (berardinelli-seip congenital lipody- strophy 2)基因和GARS基因 (glycyl tRNA synthetase)突变的关系.方法 对该家系进行临床及电生理检查,并应用PCR 直接测序法对先证者及其部分家系成员进行GARS基因全部17个外显子和BSCL2基因3号外显子突变检测.结果 该家系5代共13例患者,临床主要表现为成年起病,开始为单或双手大鱼际肌萎缩,逐渐出现小鱼际肌、手部骨间肌萎缩,遇冷挛缩,继而出现足趾骨间肌萎缩;肌电图提示运动神经神经传导速度降低,而感觉神经神经传导速度基本正常;突变分析结果显示该家系BSCL2基因3号外显子糖基化位点无突变,在GARS基因也未发现致病突变,仅在内含子区和外显子非编码区发现3个多态,分别为IVS18+136G→A, IVS17-6C→T和 C.-39G>C,其中IVS18+136G→A, IVS17-6C→T为新发现的2个多态.结论 dHMN-V具有临床和遗传异质性,其可能存在除BSCL2基因和GARS基因外的新的基因位点.     

遗传性多发性外生性骨疣Ⅱ型与Ⅳ型致病基因的克隆

运用位置克隆与同源筛选相结合的方法克隆了位于１１ｐ１１的ＥＸＴ２基因，并对２０个ＥＸＴ家系的３７个病人进行了ＳＳＣＰ和测序分析。结果发现２个病人含有ＧＧ插入突变，证实了所克隆基因为ＥＸＴ２基因。同时，运用同源筛选法克降了ＥＸＴ４基因，并将其定位地１ｐ３６．１带。     

遗传性多发性外生性骨疣Ⅱ型与Ⅳ型致病基因的克隆

运用位置克隆与同源筛选相结合的方法克隆了位于１１ｐ１１的ＥＸＴ２基因，并对２０个ＥＸＴ家系的３７个病人进行了ＳＳＣＰ和测序分析。结果发现２个病人含有ＧＧ插入突变，证实了所克隆基因为ＥＸＴ２基因。同时，运用同源筛选法克隆了ＥＸＴ４基因，并将其定位于１ｐ３６．１带     

Mutation analysis and prenatal diagnosis of EXT1 gene mutations in Chinese patients with multiple osteochondromas

Background  Multiple osteochondromas (MO), an inherited autosomal dominant disorder, is characterized by the presence of multiple exostoses on the long bones. MO is caused by mutations in the EXT1 or EXT2 genes which encode glycosyltransferases implicated in heparin sulfate biosynthesis.

Methods  In this study, efforts were made to identify the underlying disease-causing mutations in patients from two MO families in China.

Results  Two novel EXT1 gene mutations were identified and no mutation was found in EXT2 gene. The mutation c.497T>A in exon 1 of the EXT1 gene was cosegregated with the disease phenotype in family 1 and formed a stop codon at amino acid site 166. The fetus of the proband was diagnosed negative. In family 2, the mutation c.1430-1431delCC in exon 6 of the EXT1 gene would cause frameshift and introduce a premature stop codon after the reading frame being open for 42 amino acids. The fetus of this family inherited this mutation from the father.

Conclusions  Mutation analysis of two MO families in this study demonstrates its further application in MO genetic counseling and prenatal diagnosis.

     

Identification of mutation in a candidate gene for hereditary multiple exostoses type II

OBJECTIVE To identify possible mutations in our previously cloned candidate gene for hereditary multiple exostoses type II (EXT2) in affected members of EXT families so as to confirm that it is the disease-causing gene.

METHODS The mutation was detected first by single strand conformational polymorphism (SSCP) of all coding exons of the candidate gene and then by sequencing analysis.

RESULTS After analyzing 37 patients from 20 Chinese EXT families by SSCP and DNA sequencing analysis, one 2-bp insertion mutation was identified in this candidate gene in affected members of an EXT family. This mutation resulted in the frameshift and generated a truncated gene product consisting of 105 amino acids.

CONCLUSIONS The identification of the mutation in the candidate gene indicates that this novel gene is responsible for EXT2 (one of the disease-causing gene of EXT).

     

中国汉族与蒙古族结肠癌患者KRAS, NRAS, PI3KCA, BRAF基因突变频率及分布测定

目的：测定中国汉族与蒙古族结肠癌患者KRAS, NRAS, PI3KCA, BRAF基因突变频率及分布情况,进而评估基因突变与临床病理特征的关联。 方法：在内蒙古自治区人民医院收集需手术治疗的汉族及蒙古族结肠癌患者。术中切取肿瘤组织,石蜡包埋,DNA提取。基因突变检测试剂盒测定KRAS, NRAS, PI3KCA, BRAF基因突变情况。 结果：汉族右半结肠癌KRAS及PI3KCA基因突变频率显著高于左半结肠癌（P<0.05）。T3+T4组蒙古族结肠癌患者KRAS基因突变显著高于T1+T2组（P= 0.029）。此外,汉族右半结肠KRAS基因突变频率明显高于蒙古族突变频率（P= 0.025）。 结论：汉族与蒙古族结肠癌患者KRAS, NRAS, PI3KCA, BRAF基因突变频率相似,然而,汉族右半结肠KRAS基因突变率明显高于蒙古族突变率。后续的研究应着重于评估这种差别对右半结肠癌靶向治疗有效率及预后情况的影响。 关键词：结肠癌, 基因突变,汉族,蒙古族     

汉族联合垂体激素缺乏儿童PROP1及PIT-1的基因突变分析

目的分析汉族联合垂体激素缺乏（CPHD）儿童PROP1及PIT-1基因突变及其特点。方法研究对象为7例汉族CPHD儿童和50例身高正常的汉族成年人。分别取其外周血5ml,提取基因组DNA,应用聚合酶链式反应（PCR）扩增PROP1基因全部3个外显子及PIT-1基因的全部6个外显子及其周围部分内含子。应用正反向引物对PCR产物进行直接DNA序列测。结果在7例汉族CPHD儿童中未发现PROP1及PIT-1基因致病突变;但检测出4个PROP1基因多态性,即27T〉C、59A〉G、109＋3C〉A和424G〉A。结论 PROP1及PIT-1基因突变不是本研究7例汉族CPHD儿童的主要致病原因。     

连接蛋白基因突变在散发耳聋人群中的病因学分析

目的探讨连接蛋白基因突变在散发耳聋患者发病机制中的意义,绘制北方耳聋人群连接蛋白基因突变谱。方法利用遗传性耳聋遗传资源收集网络所收集的遗传性聋病资源,在耳聋人群中进行系列连接蛋白基因（GJB2、GJB3和GJB6基因）突变检测。PCR扩增连接蛋白基因编码区,应用直接测序法进行突变检测,并对实验结果进行整理、生物信息学和统计学分析。结果（1）研究对象为214例散发聋病患者,包括语前聋66例,语后聋94例,听神经病32例和大前庭水管综合征（EVAS）22例。正常听力者86名作为对照。（2）在本组中共检测到各种连接蛋白基因序列改变16种（其中GJB2基因9种、GJB3基因6种、GJB6基因1种）;携带各种连接蛋白基因序列改变的患者共有157例,占73．36％（157／214）;其中有34例携带致病突变,占15．89％（34／214）明显高于对照组（1．18％。x^2=12．9072,P=0．000）。在语前聋组中GJB2—235delC发生率最高为16．67％。结论通过本研究发现,在北方汉族耳聋人群中GJB2基因的235delC突变所占比例最高,是语前听力损失患者中的主要病因,而GJB2基因的35delG和GJB6基因的大片段缺失[△（GJB6／D13S1830）]在中国耳聋人群中并不常见。     

POLG Mutations Are Probably Rare in the Han Chinese Population

Objective Mutations in polymerase gamma gene (POLG) are believed to be an important cause of early and juvenile onset of non-syndromic intractable epilepsy. The aim of this study is to investigate the incidence/prevalence of POLG pathogenic variants in epilespy patients of Han population through sequencing it.Methods Han Chinese patients with seizures prior valproic acid (VPA) exposure at Shanghai Children’s Hospital were collected from 2015 to 2019. The clinical diagnosis was based on the 2014 Consensus Statement of Epilepsy by the International League against Epilepsy (ILAE). Blood sampling were performed before VPA treatment. The POLG gene DNA was sequenced by either the first or the next generation sequencing (NGS). The POLG variant burden was illustrated. Liver functions were tested to describe whether they experienced VPA toxicity.Results Totally 216 Han Chinese patients were included, aged from 1 month to 15 years old, 102 were male and 114 were female. The onset age was 1 month old to 13 years old, and the epilepsy course ranged from 2 weeks to about 3 years. VPA treatment was delivered for the generalized or intractable partial seizures at standard dosage. No patient experienced hepatic toxicity following VPA exposure. DNA sequencing data showed no patient had either a homozygous mutation or compound heterozygous mutation of POLG. Single heterozygous mutations of c.1150G>T and p.D384Y were found in 2 patients, and single heterozygous mutation of c.156_158dupGCA was found in 1 patient. None of these variants showed clinical significance.Conclusions Functional modifying POLG homozygous mutations and compound heterozygous mutations were not detected and VPA toxicity was not seen in the current study. POLG mutation frequency might be rare in Han Chinese, and standard VPA therapeutic dosage might be safe for Han Chinese patients.