药用石斛遗传多样性的SRAP标记研究

目的:利用SRAP分子标记技术进行药用石斛的遗传多样性研究。方法:采用在本实验中优化的SRAP反应体系,应用NTSYS软件对9种供试石斛的SRAP-PCR结果进行分析。结果:从中筛选得到40对多态性引物组合,共产生1 782条多态性条带,平均每个引物组合产生44.55条多态性条带,显示了较高的多态性比率。聚类分析40对引物组合的扩增结果,供试材料分为2大类,Jaccard’s遗传相似系数在0.3302~0.7892。结论:SRAP技术可有效地应用于药用石斛的遗传多样性及亲缘关系的研究。     

基于SRAP分子标记的天麻遗传多样性研究

目的 利用SRAP分子标记技术对天麻种质资源进行遗传多样性研究,为天麻不同亲缘物种间的分类及其优良种质资源的筛选提供依据。方法 采集7个不同生态区域的天麻种质资源,包括红杆G.elata f.elata、乌杆G.elata f.glauca和绿杆G.elata f.viridis 3种变型和红乌杂交天麻,共24份样品。运用SRAP分子标记方法构建天麻种质的DNA指纹图谱,从分子水平检测其遗传多样性。结果 33对引物扩增出637条多态性条带,多态性百分率达73.16%。24份天麻种质样品间相似度分布于0.404 0~0.908 0,整个群体之间的相似程度差异较大。其中红天麻样品间的相似度在0.906 6~0.996 4,遗传差异较小;乌天麻、杂交天麻和绿天麻样品间的相似度分别在0.410 4~0.999 6、0.541 0~0.950 4和0.578 2,遗传差异较大。AMOVA分析结果显示,天麻变型内变异大于变型间变异,天麻各变型间有很大的遗传分化(FST=0.33,P<0.05)。另外,人工栽培对遗传分化有影响,但不显著。结论 SRAP分子标记方法得到的24份天麻样品多态性丰富,能有效地反映出天麻的遗传多样性。红杆天麻的遗传性状较为稳定,与其他变型间缺乏基因交流,遗传多样性匮乏;其他2个变型具有较高的遗传多样性。     

明党参遗传多样性的SRAP分子标记

目的:研究明党参的遗传多样性,为明党参种质资源利用提供理论依据.方法:以10个不同居群的明党参为材料,通过SRAP分析,计算各样品间的遗传相似系数,在此基础上采用UPGMA方法进行聚类,构建树状图.结果:从160个引物组合中筛选得到17个多态性引物组合,共检测到363个基因位点,其中多态性位点有314个,平均每个引物组合产生18.47个多态性位点,多态性位点百分率为86.50%,显示了较高的多态性比率;各居群遗传相似系数在0.495 9～0.818 2;根据聚类结果可将10个不同居群的明党参分为两大类.结论:明党参不同居群间具有高度的遗传多样性;不同居群的亲缘关系与其地理分布有一定的相关性.     

基于ISSR和SRAP分子标记的黄精种质遗传多样性研究

目的 研究黄精Polygonati Rhizoma居群遗传多样性,为黄精药材资源保护和新品种培育提供依据。方法 以4个居群22个种源47份黄精种质资源为材料,选用14条ISSR和11对SRAP分子标记进行多态性检测、遗传多样性比较和聚类分析,揭示黄精种质的遗传多样性及地理分布特征。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出186和142条清晰带数,其中多态性条带数分别为185和140,多态性比率（percentage of polymorphic bands,PPB）分别为99.46%和98.59%;遗传多样性分析显示,ISSR和SRAP标记下基因分化系数（G_st）分别为0.279 9和0.231 6,即黄精遗传变异主要发生在种群内,居群间基因流（N_m）分别为1.286 4和1.659 3,遗传相似系数在0.053 3~0.948 1和0.032 8~0.967 7。聚类结果显示,相同黄精药材基原种质聚在一起,ISSR和SRAP标记分别将黄精居群分为5和3大类群,且以ISSR标记的聚类结果更符合实际地域分布。结论 黄精种质遗传多样性丰富,ISSR和SRAP标记可适用于黄精亲缘性鉴定,研究结果可为黄精资源的保护和育种提供一定参考。     

基于SRAP分子标记的何首乌种质遗传多样性和群体结构研究

目的 探究何首乌Polygonum multiflorum种质的遗传多样性和居群结构,为何首乌种质资源的保护及合理利用提供参考。方法 采用SRAP分子标记方法,利用Structure 2.3.4、NTSYSpc、Popgen 32和MEGA 7软件对数据进行统计,获得何首乌居群的多样性水平、遗传距离、遗传分化程度、聚类结果和群体分析结果。结果 何首乌野生居群遗传多样性大于栽培居群,多样性主要来自居群间。野生居群中,四川和重庆居群的遗传多样性较高,何首乌样品间遗传距离与地理距离无明显相关性;何首乌样品的邻接法（neighbor joining,NJ）聚类结果与地理分布相符,相同采集点样品可聚在一起。结果还显示农户栽培品亲缘关系近,说明品种间存在相互引种情况。居群结构分析表明,大部分何首乌样品的血缘组成较为单一,且K=16时,样品分类效果最佳,而分类结果则与NJ聚类基本一致。结论 SRAP分子标记是何首乌遗传多样性估计和种群关系的有效分析工具,而地形复杂性可能是影响何首乌遗传多样性程度的重要因素,另外,广西所产棱枝何首乌在何首乌种群中表现出特异性,与其他种源遗传距离大,支持将其列为何首乌的...     

基于SRAP和SNP分子标记的国内穿心莲遗传多样性分析

为了阐明国产穿心莲的遗传多样性以及探讨遗传背景对穿心莲药材质量的影响,利用110对SRAP引物和1对SNP特异性引物,对我国7个省份13个样地的103份穿心莲样品进行遗传多样性分析。采用Powermarker V3.25和Mega 6.0软件分析群体的遗传结构,CodonCode Aligner软件分析功能基因单核苷酸多态性变异。聚类分析结果表明各穿心莲样品的遗传距离范围为0.01~0.09,CPS基因片段中未检测到SNP位点,国产各地穿心莲种质间遗传多样性较贫乏,这与穿心莲严格的自花授粉繁殖特性、我国各地引种穿心莲种源来源单一密切相关。遗传背景并非影响各地穿心莲质量差异的主要原因,穿心莲的良种选育以采用突变育种、多倍体育种和分子育种等方法为宜。     

基于ISSR和SRAP标记的栀子种质遗传多样性研究

目的对栀子遗传多样性进行研究,为栀子资源保护和新品种培育提供依据。方法采用12条ISSR和9对SRAP分子标记,以3个居群21份栀子种质资源为材料,通过多态性检测水平、遗传多样性比较和聚类分析,揭示栀子种质资源遗传多样性。结果 ISSR引物和SRAP引物分别扩增出125和80条带数,多态性条带数分别为100和74,多态性比率(PPB)分别为80.00%和92.50%,栀子居群的总体物种水平的等位基因观察数(Na)分别为1.461 3和1.579 2,有效等位基因数(Ne)分别为1.307 7和1.342 1,Nei's基因多样性指数(H)分别为0.173 1和0.197 4,Shannon's指数(I)分别为0.254 5和0.295 9;遗传多样性分析结果表明,ISSR和SRAP标记中3个居群之间的遗传多样性(Ht)分别为0.239 1和0.289 9,种间遗传多样性(Hs)分别为0.173 1和0.197 4,基因分化系数(Gst)分别为0.276 2和0.318 9,即72.38%和68.11%的遗传变异在种群内进行,居群间基因流(Nm)分别为1.310 3和1.068 0,证明居群间存在一定的基因流动(Nm1);UPGMA聚类分析表明,ISSR和SRAP标记将栀子资源分为2个类群,且以SRAP分析的聚类结果更符合实际居群。结论取样栀子种质有丰富的遗传多样性,遗传分化主要发生在居群内,SRAP标记更适合用于栀子遗传多样性分析,对栀子资源的保护和育种提供了参考。     

短葶山麦冬遗传多样性SRAP标记研究

目的对短葶山麦冬进行遗传多样性分析。方法利用SRAP分子标记技术对47份短葶山麦冬材料进行遗传多样性分析。结果 15对引物共扩增出323条多态性带,平均多态位点百分率为88.47%。平均引物多态信息量(PIC)为0.90。Nei’s基因多样性指数(H)为0.197 7,Shannon’s信息指数(I)为0.319 0。遗传分化系数(Gst)为0.252 8。UPGMA聚类表明遗传相似系数为0.59～0.99。结论短葶山麦冬遗传多样性水平较高,遗传变异主要在居群内。     

基于SSR分子标记的滇重楼遗传多样性研究

目的研究滇重楼Paris polyphylla var.yunnanensis自然居群的遗传多样性,为滇重楼资源的保护和合理利用提供数据。方法采用SSR分子标记对滇重楼5个不同居群共115份样品进行遗传多样性分析。结果筛选出8对可用SSR引物,多态位点百分率(PPB)为100%,多态信息量(PIC)为0.745 6。在居群水平和物种水平上,观测等位基因数(N_a)分别为8.425 0和17.750 0,有效等位基因数(N_e)分别为4.960 9和7.500 7,观测杂合度(H_o)分别为0.295 5和0.294 8,期望杂合度(H_e)分别为0.654 8和0.774 4,Shannon’s信息指数(I)分别为1.520 1和2.038 6。遗传分化系数(F_(st))为0.172 8,基因流(N_m)为1.196 6。利用UPGMA聚类分析,将5个居群分为2类。结论滇重楼遗传多样性水平较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化。对保护和发展滇重楼资源提出若干措施,为滇重楼的保护和科学可持续利用提供参考。     

金钗石斛居群遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建

目的 探讨不同地区金钗石斛Dendrobium nobile居群间的遗传多样性及遗传分化关系。方法 基于引物结合位点间扩增（inter-primer binding site，iPBS）分子标记对广西5个县共35份金钗石斛进行遗传关系、遗传多样性和种群间遗传分化分析，并构建能区分35份金钗石斛种质的DNA指纹图谱。数据分析使用NTSYS-pc 2.10e统计软件计算遗传相似系数并构建聚类分析图谱，采用Popgene 1.32软件计算遗传多样性指数与居群遗传分化系数。结果 8条iPBS引物共扩增出158条条带，多态性条带为143条，多态条带百分率（percentage of polymorphic bands，PPB）为90.51%；在遗传距离0.70处，35份种质分为7大类群，居群在分子水平上出现明显分化；遗传相似系数（genetic similarity coefficient，G_s）变化范围为0.559 0～0.975 9，变幅为0.416 9；平均观测等位基因数（observed number of alleles，N_a）、平均有效等位基因数（effective number of alleles，N_e）、Nei’s基因多样性指数（Nei’s gene diversity index，H_e）、Shannon多样性信息指数（Shannon information index，I）分别为1.898 7、1.505 0、0.300 7、0.454 2，居群间存在丰富遗传多样性；基因多样度（total genetic diversity，H_t）、各居群基因分化系数（gene diversity within population，H_s）、居群间遗传分化系数（coefficient of gene differentiation，G_st）分别为0.299 8、0.214 9、0.283 0，居群间遗传变异占总变异的28.30%，居群内的遗传变异占总变异的71.70%，遗传变异主要来源于居群内部；基因流（gene flow，N_m）为1.266 5，居群间存在较高水平的基因交流。引物2219和2399可单独鉴别出35份种质，试验基于引物2399的“0，1”矩阵构建35份种质的指纹图谱，此图谱可为金钗石斛品种的分类与鉴定提供参考。结论 金钗石斛居群间遗传多样性较丰富，总变异主要来源于居群内变异，居群间存在较高水平的基因交流。揭示了金钗石斛种质间的遗传关系及其居群遗传多样性，为野生金钗石斛种质的保护工作的开展奠定基础。     

基于AFLP分子标记的广藿香遗传多样性分析

目的:采用扩增片段长度多态性(AFLP)分子标记方法研究广藿香的种质遗传多样性.方法:采用12对引物对14个品种共212个样本进行AFLP分析;利用POPGENE 32,Arlequinver 3.5,MEGA7,NTSYSpc 2.10e等生物学分析软件进行多态性参数计算、主坐标分析以及聚类分析.结果:12对引物共扩...     

不同来源丹参种质遗传多样性的SRAP标记分析

目的 解决丹参育种工作中的丹参种质资源的鉴别与分类.方法 利用SRAP分子标记技术对48个不同来源的丹参种质进行了遗传多态性的分析,并对其进行了类群的划分.结果 利用筛选到的15对SRAP引物组合从材料中检测到了120个等位位点.利用不加权成对群算术平均法(UPGMA)对丹参种质进行聚类分析可以将其分为两大类群,每一类群包含3个亚群.结论 不同丹参种群间遗传距离与空间距离之间的关系较为复杂,不同地区间丹参种质的遗传分化不均衡.随着丹参种质驯化程度的增加,种质问的遗传距离有所增加.     

基于SRAP分子标记技术研究浙江产细叶石仙桃的遗传多样性

目的以药用植物细叶石仙桃为材料,利用SRAP分子标记技术进行遗传多样性研究,为进一步开展该物种的保护奠定基础。方法从81对SRAP引物组合中,共筛选出7对用于SRAP-PCR,对浙江省境内5个自然居群的68份细叶石仙桃进行了遗传多样性分析。结果共获得197个电泳谱带,其中多态性条带为190条,每对引物平均提供27.29个标记信息,平均有效等位基因数目(N_e)为1.238 1。在物种水平上,多态位点百分率(PPB)为96.45%,N_ei’s基因多样性指数(H)为0.188 2,Shannon’s信息指数(I)为0.312 5;在居群水平上,PPB为30.46%~46.19%,平均为40%,H为0.089 1~0.155 9,平均0.120 8,I为0.138 7~0.234 9,平均0.186 4;5个居群的基因分化系数(G_(st))为35.81%,基因流(N_m)为0.896 3。UPGMA聚类结果表明,68份样品可分成5组,同一居群的细叶石仙桃聚于同一分支。结论细叶石仙桃具有较高的遗传多样性水平,居群间也存在一定的遗传分化和基因交流,但大部分遗传变异存在于居群内。     

基于EST-SSR分子标记的栀子野生群体遗传多样性研究

目的研究栀子Gardenia jasminoides野生群体遗传多样性,为栀子野生植物资源的保护和合理利用提供科学依据。方法利用14对EST-SSR引物对栀子19个野生群体573个个体进行研究,计算遗传参数,分析遗传多样性,进行聚类分析。结果检测到75个等位基因,发现栀子野生群体有较高的遗传多样性水平(He=0.703),栀子野生群体的基因多样度(Nei)平均为0.603,Shannon多样性指数(I)平均为1.10;群体间表现为中等程度的遗传分化(Fst=0.141)和较高水平的基因流(Nm=1.523),AMOVA方差分析结果(0.124)显示群体变异主要以群体内变异为主,Mantle检验分析结果显示地理距离与遗传距离相关程度较低,TPM检验结果显示栀子73.7%的群体在历史近期经历过瓶颈效应。结论栀子野生群体目前保持有较高的遗传多样性水平。     

基于ISSR分子标记的野生山莨菪遗传多样性研究

目的通过对甘肃、青海山莨菪Anisodus tanguticus遗传多样性研究,为野生山莨菪资源的保护提供依据。方法采用ISSR分子标记技术,对11个野生山莨菪居群的127份DNA进行扩增,对其扩增条带进行遗传多样性分析,在所得遗传距离的基础上进行UPGMA聚类和Mantel检验地理距离,对野生山莨菪居群间遗传多样性差异进行分析。结果 10条ISSR引物共检测到131个条带,每条引物11~15个,平均13.1个,共858个多态性位点;居群平均多态性位点百分率(PPB)59.54%;Nei’s遗传多样性指数(H)为0.220 4,Shannon信息指数(I)为0.325 4;遗传距离变化范围0.073 3~0.306 2;Mantel检验P=0.002。结论 11个野生山莨菪居群间具有较高的遗传多样性,各居群间遗传距离与地理距离显著相关,甘肃,青海山莨菪居群间存在较高多态性,物种遗传多样性较为丰富,对野生山莨菪资源的保护与可持续利用提供了参考。     

基于SSR分子标记的灯盏花遗传多样性分析

目的 研究灯盏花Erigeron breviscapus居群遗传多样性,为灯盏花资源的合理利用与保护提供科学依据。方法 采用12对简单重复序列（SSR）分子标记对灯盏花16个野生居群共243个样品进行遗传多样性研究,计算遗传多样性参数,并进行主坐标分析和结构聚类分析。结果 共检测到209个等位基因,平均每个位点的等位基因数为17.417个;基于12对SSR引物和16个灯盏花居群,观测杂合度（H₀）分别为0.603,0.613,期望杂合度（H_e）分别为0.658,0.659,香浓（Shannon）信息指数（I）分别为1.443,1.446,遗传分化系数（F_st）0.123,基因流（N_m）2.077;分子方差分析（AMOVA）与遗传分化分析结果显示主要变异来源于居群内个体间变异;居群间遗传距离和遗传一致度分别为0.107（YA和XY）~0.713（SZ和XZD）,0.490（SZ和XZD）~0.899（YA和XY）;主坐标分析和结构聚类分析分别将16个居群分为2组。结论 SSR分子标记结果显示,灯盏花居群遗传多样性较高,居群内和居群间具有一定的遗传分化和N_m;遗传变异主要存在于居群内个体间。该实验结果可为灯盏花后续的优良种质选育等研究提供参考依据。     

重庆何首乌遗传多样性的SRAP研究

目的：采用新型分子标记SRAP对重庆地区何首乌资源进行遗传多样性研究,为何首乌种质资源的分类、鉴定和选种打下良好的理论基础。方法：选择重庆各地区形态差异较大的16份何首乌材料进行SRAP多态性分析,利用DPSv 3.01和UPGMA法进行聚类分析,构建遗传系统树。结果：从155个引物组合中筛选出104个多态性组合,共扩增产生了250个多态性位点,聚类分析结果显示,16份材料可以分为2大类和1个特异类,Nei&Li相似系数在0.23～0.99,平均遗传距离为0.44。结论：何首乌资源遗传关系大体上符合地域差异,但也不能完全按照地理位置来判定它们的亲缘关系,应有少量的变异,SRAP技术研究中药资源多样性具有极大的优越性和可行性。     

霍山石斛微卫星标记的筛选及遗传多样性分析

目的:利用磁珠富集法构建霍山石斛的微卫星文库,用筛选出的微卫星引物对安徽霍山居群的24株野生霍山石斛进行遗传多样性分析.方法:根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,用3'端生物素标记的探针与两端连接已知序列人工接头的霍山石斛基因组DNA酶切片段杂交,杂交复合物结合到包被有链亲和素的磁珠上,洗脱并收集吸附在磁珠上的含有微卫星的片段.经过克隆和测序,再根据微卫星两侧的保守序列设计引物,最后利用从中筛选出的微卫星引物对霍山石斛居群进行遗传学分析.结果:本实验共筛选得到12对多态性位点丰富、带型清晰、重复性好的引物,并检测到65个等位基因,每个位点的等位基因数从2到8个不等,平均预期杂合度(HE)和平均观察杂合度(HO)分别为0.638,0.500.12个多态性位点的哈温平衡检测结果显示有2个位点显著偏离哈温平衡(P＜0.05),可能是由于存在无效等位基因.连锁不平衡检测结果表明有3对位点显著连锁不平衡(P＜0.05);结论:这些微卫星标记可以用于霍山石斛的居群遗传学分析.     

药用石斛ISSR分子标记研究

目的:探索药用石斛鉴别的分子生物学方法,为药用石斛质量控制提供理论依据。方法:采用ISSR-PCR方法扩增药用石斛DNA片段,根据基因分型能力筛选ISSR引物,并建立药用石斛鉴别条形码。结果:筛选出两条Rp值大于8的引物,能完全区分6个种共8个类群的药用石斛。结论:ISSR分子标记可用于药用石斛的种类和产地鉴定。     

金钗石斛化学成分的研究

目的研究金钗石斛Dendrobium nobile Lindl.的化学成分。方法金钗石斛95%乙醇提取物采用硅胶、Sephadex LH-20进行分离纯化,根据理化性质及波谱数据鉴定所得化合物的结构。结果从中分离得到8个化合物,分别鉴定为毛兰素(1)、石斛酚(2)、拖鞋状石斛素(3)、毛兰菲(4)、4,5-二羟基-2-甲氧基-9,10-二氢菲(5)、香豆素(6)、棕榈酸甲酯(7)、邻苯二甲酸二丁酯(8)。结论化合物1、3、5、6、7、8均为首次从该植物中分离得到。